乌鲁木齐市结核分枝杆菌群体遗传学研究

目的 对乌鲁木齐市结核分枝杆菌进行群体遗传学研究,揭示其遗传变异情况、单倍型分布和群体历史动态。方法 使用全基因组测序技术对乌鲁木齐市七区一县的结核分枝杆菌群体进行测序,通过单核苷酸多态性进行基因分型,开展群体遗传多样性、遗传结构、基因流动和历史动态分析。结果 结核分枝杆菌群体样本共457个,其中检测出22个单倍型,单倍型多样性(H_(d))为0.890 49,核苷酸多态性(π)为0.496 83,群体遗传多样性较高。AMOVA分析显示,结核分枝杆菌群体遗传变异主要发生在群体内,群体间遗传分化系数(F_(st))为0.068 9,基因流(N_(m))为3.42,结核分枝杆菌群体间有较高的基因流动。中性检验和错配分析表明乌鲁木齐市结核分枝杆菌群体可能没有经历明显的快速扩张事件。结论 乌鲁木齐市结核分枝杆菌群体遗传性较高,主要发生群体内遗传变异,具有明显基因流动。

云南地区汉族群体21个常染色体短串联重复序列基因座遗传多样性及群体遗传学关系

目的调查21个常染色体短串联重复(short tandem repeats,STR)序列基因座在云南汉族人群中的遗传多态性,为法医学个体识别及亲子鉴定提供基础数据。同时基于不同试剂盒19个重叠位点的遗传信息,探索22个中国群体遗传结构及群体间的遗传关系。方法采用AGCU EX22荧光检测试剂盒对1418份云南汉族个体的21个STR基因座及Amelogenin基因进行扩增,利用3130xl基因分析仪对扩增产物进行分型,利用GeneMapper®ID软件进行分析,统计21个STR基因座的等位基因频率和群体遗传学参数。利用Phlip3.695软件计算遗传距离,并利用SPSS 21.0、MVSP和Mega 7.0软件分别作多维尺度分析、主成分分析和系统发生分析。结果基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,且各基因座之间均不存在连锁现象,21个STR基因座三联体累积非父排除概率为0.999999993,累积个体识别能力为0.99999999999999999999999993。群体遗传关系比较发现云南汉族群体和周边汉族群体有较近的遗传关系(Nei遗传距离≤0.0049),在多维尺度分析、主成分分析及进化分析中表现出极强的遗传亲和性。结论21个常染色体STR基因座的等位基因在云南汉族群体表现出高度的多态性,适合法医学个体识别和亲缘关系鉴定的实际需求。云南汉族群体与周边汉族群体拥有较近的遗传关系。

东北马鹿微卫星CM41S16和CM12S18遗传标记的群体遗传学参数分析

目的利用东北马鹿微卫星DNA遗传标记用于鹿药材的生物鉴别。方法采用微卫星识别工具(MISA)对欧洲马鹿和中亚马鹿基因组进行生物信息学分析,获得东北马鹿同源微卫星DNA 20个遗传标记;随机选择2个具有一定多态性的微卫星遗传标记,对随机抽取的48头东北马鹿血样DNA进行PCR-STR扩增、电泳分离和分型、等位基因测序及群体遗传学参数调查。结果CM41S16和CM12S18基因座具有高度多态性,群体遗传学参数显示CM41S16和CM12S18基因座均有5个等位基因及15种基因型,等位基因频率分布范围分别为0.0417~0.3333和0.0729~0.3333,多态性信息量(PIC)为0.6206和0.7212,个体识别率(DP)分别为0.8396和0.9035。结论CM41S16和CM12S18具有高度多态性,可以用于鹿药材生物鉴别。

内蒙古西部地区蒙古族、汉族4项人类群体遗传学特征的研究

从1998～2001年调查了内蒙古自治区鄂尔多斯市、锡林郭勒盟、巴彦淖尔盟的蒙古族、汉族6个群体的拇指类型、环食指长、指甲类型、足趾长等4项人类群体遗传学指标,共获有效资料2760例。研究表明:(1)6个群体的直型拇指出现率均在60%以上,且均无性别间明显差异;(2)6个群体环指长率均远高于食指长率,有4个群体存在性别间显著差异;(3)各群体均表现出长型指甲最多、方型次之、扁型最少;(4)6个群体均多为拇趾长型,且各群体均无性别间显著差异;(5)4项指标之间无明显相关关系。

贵州彝族白族8项群体遗传学性状的特征

目的:探讨贵州彝族、白族群体部分遗传性状出现率分布及其特征间的相关关系。方法:采用群体遗传学公认的方法,调查了879人(彝族472人、白族407人)8对群体遗传学性状,使用SPSS13.0统计软件包进行民族间、性别间以及两两特征间相关性的统计学处理。结果:贵州彝族翻舌、卷舌、唇厚、下颏类型、利手、拇指类型、中指毛、小指弯曲8对遗传性状显性出现率分别为56.8%、8.3%、11.7%、58.1%、86.2%、39.0%、56.4%、53.0%;白族则分别为62.4%、8.8%、15.0%、50.9%、91.2%、44.5%、60.4%、49.6%。结论:①贵州彝族、白族群体在下颏类型和利手2对性状间存在显著性差异(P<0.05)。②彝族卷舌男女间存在显著性差异,白族拇指类型男女间存在显著性差异(P<0.05)。③8项群体遗传学特征间相关性较小。

应用STR研究广西地区少数民族的群体遗传学关系

目的 :研究我国广西地区不同少数民族及其亚群的遗传学关系。方法 :选择 6个具有遗传稳定性的STR位点 (D3S135 8,vWA ,FGA ,D5S818,D13S317,D7S82 0 )作为分子遗传标记 ,收集中国广西阳朔壮族、宛田瑶族血液样本 ,使用ABI377全自动测序仪进行STR分型 ,并结合已公开发表的广西地区其他民族的 6个STR位点群体遗传学资料 ,进行Hardy Weinberg平衡检验 ,计算H ,PIC ,DP和PPE ,采用Nei′s法计算各人群间的遗传距离 ,采用组间平均连锁法进行聚类分析 ,采用UPGMA法绘制系统发生树。结果 :15个人群的 6个STR位点基因型分布符合Hardy Weinberg平衡定律 (P >0 .0 5 ) ;H分布在 0 .6 4 82～ 0 .92 99,PIC分布在 0 .5 70 6～ 0 .86 6 2 ,DP分布在 0 .82 5 8～ 0 .970 6 ,PPE分布在 0 .4 2 15～ 0 .9917;广西京族与东兴京族的遗传距离最小 (0 .0 0 0 7) ,广西仡佬族与宛田瑶族遗传距离最大 (0 .2 391) ;聚类分析与系统发生树结果一致 ,15个人群大致分为 2组。结论 :6个STR位点在广西15个民族群体中总体上存在较高的杂合度、遗传多态性和个体识别力 ;广西不同民族之间存在一定的基因交流 。

群体遗传学研究中的数据处理方法Ⅰ.RAPD数据的AMOVA分析

近年来 ,RAPD数据和AMOVA分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传学研究。然而 ,由于RAPD标记具显性特点 ,加上目前进行AMOVA分析所依赖的RAPDistance软件不完善 ,使得对RAPD数据进行AMOVA分析时存在许多不足。本文介绍了AMOVA分析的基本过程 ,同时引入一个新的程序DCFA用以替代RAPDistance ,并详述了将DCFA与WINAMOVA联用 ,对RAPD数据进行AMOVA分析的具体步骤与注意事项。最后 ,以产自中国和巴西 8个普通野生稻 (Oryzarufipogon)天然群体为例 ,演示了对RAPD表型数据进行AMOVA分析的过程 ,讨论了AMOVA分析结果在群体遗传结构上的意义。通过对AMOVA算法的分析 ,同时比较 4种距离系数所得AMOVA结果 ,我们认为在进行AMOVA分析时选择NEI LI距离和欧氏距离平方较为合适 。

一个实用的群体遗传学分析软件包——GENEPOP3.1版

GENEPOP是一个非常实用的群体遗传学分析软件包 ,适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。它主要有以下 3个方面的用途 :1)进行正合检验 ,如对哈迪_温伯格平衡、种群差异和位点间的连锁不平衡进行检验 ;2 )估算经典的群体遗传学参数 ,如Fst和其它相关指数及基因频率等 ;3)可把GENEPOP的输入文件转换为其它常用的群体遗传学分析软件包 (如BIOSYS、FSTAT和LINKDOS)所要求的输入文件格式。与软件BIOSYS相比 ,它在所用的统计学检验方法。

贵州苗族、水族5项群体遗传学特征的研究

对贵州苗族、水族人群共913人(苗族448人,水族465人)的叠舌、卷舌、前额发际、耳耵聍和足趾长5项群体遗传学特征进行了调查.结果显示:两民族叠舌、卷舌、前额发际和耵聍4项群体遗传学特征存在显著性差异(P<0.05或P<0.01),足趾长差异不明显(P>0.05);两民族性别间前额发际差异极显著(P<0.01),苗族男女间卷舌差异明显(P<0.01);5项群体遗传学特征间相关性不大;贵州苗族与水族遗传距离较远.

植物分子群体遗传学研究动态

分子群体遗传学是当代进化生物学研究的支柱学科,也是遗传育种和关于遗传关联作图和连锁分析的基础理论学科。分子群体遗传学是在经典群体遗传的基础上发展起来的,它利用大分子主要是DNA序列的变异式样来研究群体的遗传结构及引起群体遗传变化的因素与群体遗传结构的关系,从而使得遗传学家能够从数量上精确地推知群体的进化演变,不仅克服了经典的群体遗传学通常只能研究群体遗传结构短期变化的局限性,而且可检验以往关于长期进化或遗传系统稳定性推论的可靠程度。同时,对群体中分子序列变异式样的研究也使人们开始重新审视达尔文的以"自然选择"为核心的进化学说。到目前为止,分子群体遗传学已经取得长足的发展,阐明了许多重要的科学问题,如一些重要农作物的DNA多态性式样、连锁不平衡水平及其影响因素、种群的变迁历史、基因进化的遗传学动力等,更为重要的是,在分子群体遗传学基础上建立起来的新兴的学科如分子系统地理学等也得到了迅速的发展。文中综述了植物分子群体遗传研究的内容及最新成果。

6个中国固有绵羊品种的群体遗传学分析

从 3 0个随机引物中筛选出 5条 ,对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共 6个绵羊品种的基因组进行扩增分析 ,然后用 6种聚类方法 (欧氏距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基 )进行聚类。结果表明 ,分布在我国西北部的绵羊品种以及大尾寒羊在大多数情况下总是先聚在一起 ,相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊总是和西北部的品种间距离较远。同羊和小尾寒羊之间距离也很远 ,较接近品种志中的记载。

贵州(亻革)家人和仫佬族4项人类群体遗传学特征

目的了解贵州((亻革))家人和仫佬族人类群体遗传学特征的分布情况。方法采用整群随机抽样方法,对贵州412名(亻革)家人(男性217人,女性195人)和342名仫佬族(男性156人,女性186人)的拇指类型、中指毛、环食指长和小指弯曲等4项遗传特征进行调查。结果贵州(亻革)家人拇指类型、中指毛、环食指长和小指弯曲的显性性状出现率分别为47.6%、53.2%、17.2%和45.4%,仫佬族分别为7.6%、27.8%、5.3%和95.0%,两民族同一遗传特征出现率间差异均具有极显著性(P<0.01)。(亻革)家人环食指长与小指弯曲,仫佬族拇指类型与小指弯曲之间存在明显的遗传关联性(P<0.01)。结论贵州(亻革)家人、仫佬族拇指类型、中指毛、环食指长和小指弯曲等4项遗传特征分布存在民族差异,且彼此相关性极小。

安徽汉族头面部9项人类群体遗传学指标研究

抽样调查了安徽省滁州市348例(男212,女136)汉族的9项头面部遗传学指标(内眦褶、上眼睑皱褶、门齿类型、鼻梁类型、鼻孔形状、下颏类型、耳垂类型、额头发际、头发类型),分析了各指标间的关系,并与国内其他族群进行比较研究.结果表明:(1)仅有上眼睑皱褶、凸鼻梁和尖形发际出现率在性别间的差异具有统计学意义(p≤0.05);(2)仅鼻孔形状-内眦褶一对性状的相关性具有统计学意义(p≤0.05);(3)在选取的17个族群中,安徽汉族的内眦褶、上眼睑皱褶和有耳垂的出现率居较低水平,窄鼻孔和尖形发际出现率居中等偏低水平,铲形门齿出现率居中等偏高水平,凸鼻梁、突型下颏和卷发出现率居较高水平;(4)聚类分析结果显示安徽汉族的头面部9项群体遗传指标具有南方族群的特征.

群体遗传学研究中STR数据的统计方法应用

STR作为遗传多态性较高的标记,被广泛地运用于群体遗传学的研究。对于STR分型产生的基因型频率及等位基因频率数据,文章总结了各种参数指标的计算及分析方法。其中参数指标包括杂合度、多态信息量、连锁不平衡系数、近交系数、遗传距离以及固定指数等;分析方法包括主成分分析、系统发生树、分子方差分析、R矩阵、地理信息系统以及空间自相关分析。通过这些参数指标及分析方法的使用,可以既直观又科学地揭示群体遗传结构、群体间遗传分化以及人类起源与进化等群体遗传学中研究的关键问题。

鄂温克族与鄂伦春族的群体遗传学研究

对我国鄂温克族(包括内蒙古额尔古纳左旗的原“雅库特“猎人、陈巴尔虎旗原“通古斯”牧民和鄂温克旗原“索伦”牧民三个人群)和居住在内蒙古鄂伦春族自治旗和黑龙江呼玛县的鄂伦春族进行了群体遗传学调查。调查的指标和例数为:近亲结婚率与异族通婚率809起,容貌特征及人体测量655人,血型(ABO、MN和Rh抗D)1515人,皮纹1047人,血压755人,色觉1427人,苯硫脲味觉1080人和女子初潮年龄428人。 分析结果表明,鄂温克族的三个人群之间的遗传距离较大,这可能是人群起源上的不同造成的,也可能有遗传漂变以及生活环境条件在各个小隔离群中的作用。分析结果还表明,鄂伦春族猎民和鄂温克旗的鄂温克族牧民在许多遗传性状上都很相近,支持了史料上记载的这两个人群可能有共同来源的说法,或者有共同的血缘成分。

江苏地区汉族人群六个短串联重复基因座的群体遗传学研究(英文)

采用复合扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳分型和银染显示的方法 ,对江苏地区汉族人群中 111个无关个体的 6个短串联重复 (STR)基因座 (CSF1PO ,TPOX ,TH0 1,D16S5 39,D7S82 0和D13S317)进行了群体遗传学研究。经X2 检验 ,6个基因座的基因型频率符合Hardy Weinberg平衡定律 (P >0 .0 5 )。它们的联合个体识别率 (DP)值 >0 .9999;联合非父排除率 (PE)值 >0 .9882。这 6个基因座在江苏地区汉族人群中显示了高度的多态性和良好的鉴别能力 。

青海高原牦牛血液蛋白基因座群体遗传学分析

以中心产区简单随机抽样在青海省西宁市共抽取青海高原牦牛76头,用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和水平淀粉凝胶电泳技术检测21个编码血液蛋白(酶)结构基因座的多态性,并进行中性检验及连锁不平衡分析。结果表明:在所检测的21个基因座中,有6个存在多型,多态位点百分比为28.57%,群体内遗传变异水平相对较低,21个基因座平均有效等位基因数、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为1.118、0.0665、0.0729和0.0603。CA、LDH1和ADH 3个基因座杂合子缺失达到极显著水平(P<0.001),而Alp杂合子呈极显著增加状态(P<0.001)。除Alp外,其余5个多态基因座均为中性基因。除Alp-CA和LDH1-ADH 2对基因座组合处于连锁不平衡状态外,其余13对基因座组合和群体水平上均处于连锁平衡状态(P>0.05)。

海洋动物群体遗传学的研究进展

近年来,海洋动物群体遗传学已经成为海洋生态研究的热点和重要研究领域。介绍了影响海洋动物群体遗传结构的因素,阐述了海洋动物群体遗传的变化规律,概括了多年来国内外海洋动物群体遗传学的研究成果和研究进展,详细介绍了海洋动物群体遗传类型和海洋动物群体遗传学常用的遗传标记,并对今后海洋动物群体遗传学的研究方向进行了展望。

江西赣州和广东梅州客家人手足4项群体遗传学指标的比较

抽样调查了520例(男343例,女177例)江西赣州客家人和203例(男68例,女135例)广东梅州客家人的手足4项人类群体遗传学指标(拇指类型、环示指长、指甲类型、足趾类型).结果表明:(1)两地客家人的手足4项指标类型的出现率在性别之间的差异均不具有统计学意义(p>0.05);(2)4项指标在两地客家人中的男性群体间和女性群体间的差异没有统计学意义(p>0.05);(3)两地客家人与其他地区的10个族群相比,直型拇指出现率均处于较低水平,非扁型指甲和拇趾长出现率均处于中等水平;(4)聚类分析结果表明,江西赣州客家人具有典型的北方族群特征,广东梅州客家人具有南方族群特征.

贵州白族16项群体遗传学特征的调查分析

目的了解贵州白族人群的16项群体遗传学特征。方法用随机整群抽样方法,调查406名双亲均为同一民族的贵州白族人的16项群体遗传学特征。结果贵州白族发色以黑色为主,发旋右旋多见;长睫毛者多;眼色以黑色为主,眼裂方向水平位与斜位接近;宽型鼻孔略高于窄型,鼻尖方向绝大部分为直鼻型;干型盯眝多见;唇厚以薄型多见,口裂宽度以窄型多见,铲型门齿略多,卷舌和非卷舌接近,大多能叠舌;通贯纹多见,有中指毛者略低于无中指毛者,足趾长以第二趾长多见。16项群体遗传学特征在白族男女间均无差异;在总共120对组合特征中,有24对具有关联性。结论 16项群体遗传学特征具有民族特异性及地域差异;且各特征间具有一定的相关性。