多重PCR结合飞行质谱技术检测40%非缓冲甲醛固定组织中的降解DNA

目的利用多重PCR结合飞行质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)检测40%非缓冲甲醛固定组织中降解DNA的SNP位点,提高微量降解检材DNA的检测时限,评估法医学应用效能。方法提取保存在非缓冲40%甲醛溶液中不同天数的人体组织DNA,用MALDI-TOF MS技术平台检测自行设计的67个X-SNP位点。STR和mini STR位点的检测时限评估用Amp FSTR identifiler和Amp FSTR Mini Filer试剂盒完成。结果 40%非缓冲甲醛固定组织的STR和mini STR位点检测时限分别为7 d和15 d;用MALDI-TOF MS技术平台检测67个X-SNP位点,检测片段均小于105 bp,其中44个独立遗传X-SNP位点的检测时限可达44 d。结论 MALDITOF MS技术平台检测X-SNP位点可明显提高降解DNA样本的检测能力。

PCR-MS HPV检测联合TCT在社区宫颈癌筛查中的应用

目的探讨人乳头状瘤病毒(HPV)基因检测联合宫颈薄层液基细胞学(TCT)在社区宫颈癌筛查中的临床病理意义。方法收集2013年10—12月社区宫颈癌筛查病人资料,以同期本院门诊病人作为对照组,进行两者TCT及宫颈活检结果的统计与比较。结果社区宫颈癌筛查中HPV阳性患者的TCT及宫颈活检阳性检出率明显高于同期本院门诊病人,具有统计学意义。结论 PCR-MS HPV检测具有准确、快速、经济等优点,作为初筛方法,适合在大规模人群的宫颈癌筛查中推广。

食品中沙门氏菌快速检测技术研究进展

沙门氏菌的检验在食品微生物检验中具有十分重要的意义。本文主要针对基于免疫学的快速检测方法-酶联免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)、基于分子生物学的聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)和基于蛋白质的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)在食品中沙门氏菌快速检测的应用进行了分析与比较。基于3种不同原理的检测方法各有其优缺点,ELISA方法成本低,操作简单但检出限高;PCR方法成本较高,但检测快速、灵敏度高且检出限低;MALDI-TOF MS检出限低但需要完善的细菌库进行比对。因此建议将含内控的荧光定量PCR与LAMP法作为食品中检测沙门氏菌的主要方法。

MALDI-TOF MS技术在非结核分枝杆菌鉴定及分型中的应用价值

目的探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对非结核分枝杆菌(NTM)的鉴定及分型价值。方法回顾性分析2017年1月至2019年4月焦作市疾病预防控制中心结核分枝杆菌培养与抗酸染色阳性的菌株资料,排除重复菌株(取自相同时间、相同患者)后,以剩余的98株菌株作为研究对象。所有菌株均接受双重引物聚合酶链反应(Duplex-PCR)与MALDI-TOF MS检测,以Duplex-PCR为金标准,分析MALDI-TOF MS鉴定NTM的效能;以基因测序为金标准,分析MALDI-TOF MS鉴定NTM分型的效能。结果MALDI-TOF MS鉴定NTM的准确度为94.90%,灵敏度为90.00%,特异度为96.15%,阳性预测值为85.71%,阴性预测值为97.40%,鉴定结果与金标准的一致性Kappa值为0.846;20例NTM中,Duplex-PCR鉴定出脓肿分枝杆菌14例,隐藏分枝杆菌、福西亚分枝杆菌、马赛分枝杆菌各2例;1例马赛分枝杆菌未能被MALDI-TOF MS鉴定出,其余鉴定结果均与金标准相符合,符合率为95.00%。结论MALDI-TOF MS技术能准确鉴定NTM及NTM分型,在NTM的实验室诊断中具有较高应用价值。

Optochin试验和胆汁溶解试验及MALDI-TOF MS在肺炎链球菌鉴定中的应用价值

目的以分子生物学检测方法为金标准,对奥普托辛(Optochin)试验和胆汁溶解试验及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)3种鉴定肺炎链球菌的方法进行比较研究,探讨适合临床微生物实验室应用的准确快速鉴定肺炎链球菌的方法。方法282株疑似肺炎链球菌的α溶血链球菌分别用Optochin试验、胆汁溶解试验和MALDI-TOF MS质谱进行鉴定,并与肺炎链球菌特异性基因SPN0001 PCR扩增结果比较。以行×列队卡方检验统计分析3种方法在鉴定肺炎链球菌中的检测性能。结果282株α溶血链球菌SPN0001基因检测阳性234株,阴性为48株;Optochin敏感(Opt^(s))213株,耐药(Opt^(r))69株;胆汁溶解试验阳性235株,阴性47株;经MALDI-TOF MS鉴定为肺炎链球菌247株,鉴定为非肺炎链球菌35株。单独胆汁溶解试验、Optochin试验或MALDI-TOF MS联合胆汁溶解试验检测的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值和约登指数达到最高,均为100.00%、97.92%、99.57%、100%、0.98。Optochin试验、胆汁溶解试验及MALDI-TOF MS对282株α溶血链球菌鉴定结果的差异有统计学意义(χ^(2)=14.381,P<0.05)。结论在鉴定肺炎链球菌方法中,MALDI-TOF MS鉴定肺炎链球菌快速且敏感性高,胆汁溶解试验的特异性最高,Optochin试验的敏感性和特异性均不理想,临床实验室可以用MALDI-TOF MS进行初筛,并用胆汁溶解试验进行验证。

海鲜产品中空肠弯曲菌2种检测标准的比较

目的 利用GB 4789.9—2014《食品安全国家标准食品微生物学检验空肠弯曲菌检验》(以下简称GB4789.9法)与T/CPMA 006—2019《空肠弯曲菌、结肠弯曲菌检验方法》(以下简称T/CPMA 006法)2种标准方法检测贝类样品中空肠弯曲菌的阳性率,并用模拟样本以2种检测标准对空肠弯曲菌的最低检出浓度及检出率差别开展讨论。方法 2020年11—12月采集深圳市某市场39份贝类海鲜样品,分别用GB4789.9和T/CPMA 006的2种标准方法进行空肠弯曲菌检测,对于检测阴性的标本,实验室掺入终浓度分别为100、101、102、103、104、105CFU/g的活菌进行模拟实验,每个浓度模拟3个样品,分析比较2种标准方法的最低检出浓度。根据最低检出浓度,实验室掺入终浓度分别为103和104CFU/g的空肠弯曲菌活菌,每个浓度各10份样品,比较2种标准方法的检出率差异。利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF)和荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)作为菌落验证和辅助检测。结果 39份原始样品中T/CPMA 006检测标准的空肠弯曲菌阳性率为2.6%(1/39),而GB 4789.9标准方法均未检出。模拟样本的结果显示,GB 4789.9和T/CPMA 006的最低检出浓度分别是103和101CFU/g,T/CPMA 006比GB 4789.9的最低检出浓度低2个数量级。当样品中空肠弯曲菌终浓度为103和104CFU/g时,GB 4789.9的检出率分别为10%(1/10)和20%(2/10),过滤培养法的检出率皆为100%(10/10)。结论 海鲜中也存在空肠弯曲菌的污染,此前国内未见报道。与GB 4789.9标准方法相比,T/CPMA 006标准可显著提高海鲜样品中空肠弯曲菌的检出率,并将最低检出浓度降低2个数量级。

医院感染常见病原体快速检测方法的研究进展

病原微生物的分离培养仍是目前发现医院获得性感染最直接的证据,但相对较长的报告周期不能满足医院对获得性感染早期发现、早期干预的需求。随着分子生物学技术的兴起和发展,大量基于基因水平和蛋白水平的微生物快速诊断技术被迅速应用于临床微生物实验室。分子杂交技术、基因芯片技术等不仅可以大大减少结果报告时间,而且可以对菌株进行种属水平间差异的检测;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术的应用更是填补了蛋白组学在微生物领域中应用的空白;宏基因组二代测序技术也日渐成熟,目前已被成熟地应用于无菌体液等病原体的检测中。基于多位点序列分析技术的病原体同源性分析也被广泛应用于多项研究。本文仅对医院获得性感染微生物的快速诊断技术做一简要综述,以期为开发医院获得性感染病原体的快速检测技术提供借鉴和参考。