基于PCR的消减杂交法克隆脑胶质瘤肿瘤相关基因和抑癌基因

背景与目的:脑胶质瘤是神经系统常见肿瘤,其发病机制尚不清楚。本研究运用基于PCR的消减杂交法克隆脑胶质瘤肿瘤相关基因和抑癌候选基因,并探讨胶质瘤的分子生物学发病机制。方法:从人脑胶质瘤组织标本中提取mRNA,反转录成cDNA,然后采用基于PCR的消减杂交法克隆脑胶质瘤肿瘤相关基因和抑癌基因。结果:在肿瘤相关候选基因组克隆到人星形细胞内富含的磷酸蛋白PEA15(phosphoproteinenrichedinastrocytesof15)和酸性纤维蛋白生长因子(acidfibroblastgrowthfactor,aFGF)同源物等基因,在抑癌候选基因组克隆到干扰素诱导蛋白17和ndr2等。ndr2在正常脑组织中广泛表达,在胶质瘤组织内无表达。结论:ndr2基因是抑癌候选基因,可能在胶质瘤的发生中起一定作用。

胃癌和大肠癌中肿瘤相关基因NGX6的表达

目的:研究肿瘤相关基因NGX6在胃癌与大肠癌组织以及其配对癌旁正常组织中的表达,探讨此基因在胃癌、大肠癌发生发展中的作用.方法:采用RT-PCR方法、点杂交、Northern-blot方法分别检测34例胃癌、34例大肠癌患者癌瘤组织、癌旁(手术切缘,距肿瘤5cm以上)正常组织NGX6基因表达.结果:RT-PCR显示:NGX6基因在73.5%的大肠癌组织(25/34)和93.8%的有淋巴结或远处转移的大肠癌组织(15/16)中存在表达减弱或不表达,其表达下调率明显高于相应的癌旁组织和无淋巴结或远处转移大肠癌(26.5%、55.6%,P<0.05)。但此基因表达与大肠癌病理类型无显著相关性。点杂交和Northern-blot证实了RT-PCR结果。而胃癌与配对癌旁正常组织中未发现NGX6表达水平改变(表达下调率:29.4%vs41.2%,P>0.05).结论:NGX6基因在大肠癌中表达下调,此基因的低表达在大肠癌的发生和转移中起着一定的作用,但可能与胃癌的发生无关.

3株肺癌细胞中9个肿瘤相关基因的启动子甲基化状态和部分基因表达的相关性

目的 对 3株肺癌细胞中 9个肿瘤相关基因的启动子甲基化状态和部分基因表达的相关性进行评估。方法 通过甲基化特异性多聚酶链反应法 (MSP)结合DNA测序来确定 3株肺腺癌细胞株 (A5 4 9,SH77和SPE A 1)中 9个基因的启动子CpG岛的甲基化状态 :APC ,CDH13,DAPK1,MGMT ,MYOD1,p16 INK4a,p73,RAR β和WT1基因。同时采用半定量RT PCR的方法来量度下列 5个基因的表达 :CDH13,MGMT ,MYOD1,RAR β和WT1基因。结果 在 9个受检基因之中 ,下列 4个基因在三株细胞中均呈同样的甲基化谱式 :仅有去甲基化 :APC和DAPK1,以及兼有甲基化和去甲基化 :p73和p16 INK4a。而其余 5个基因则表现为不同的甲基化模式。尽管 ,这 5个基因的表达谱式大体上符合其启动子CpG岛甲基化的表达静息的原则 ,个别的例外亦是有的。这提示着与DNA甲基化状态无关的机制可能也会参与该基因的表达调控。

胃癌血清肿瘤相关基因超甲基化检测及其意义

目的:探讨检测胃癌患者血清中肿瘤相关基因超甲基化的可行性及其意义。肿瘤患者的血清中游离DNA存在质或量的变化,是可能的肿瘤标志物。DNA甲基化不改变DNA序列和遗传密码,具有可逆性,被认为是基因转录调控的表观遗传机制之一。抑癌基因启动子超甲基化通常导致基因的转录失活,其功能的丧失,参与肿瘤的发生。方法:通过甲基化特异性PCR(MSP)检测52例胃癌组织和配对血清的hMLH1、E-cadherin、GSTP1、p15和p16基因的启动子超甲基化。20例健康体检者血清作为对照。结果:在胃癌组织中检测到hMLH1、E-cadherin、GSTP1、p15和p16基因的启动子超甲基化率分别为28.8%、76.9%、23.1%、59.6%和69.2%;在患者血清中检测到hMLH1、E-cadherin、GSTP1、p15和p16基因的启动子超甲基化率分别为13.5%、38.5%、15.4%、25.0%和30.8%。84.7%的患者血清可以检测到异常甲基化。所有血清中检测到异常甲基化的患者,其肿瘤组织也能检测到相应基因的异常甲基化。对照组血清未检测到任何异常甲基化。结论:MSP检测血清异常甲基化是一种具有较高灵敏度和特异性的方法,可以在大部分胃癌患者血清中同时检测到多个肿瘤相关基因的异常甲基化,可以将其作为胃癌诊断的辅助手段。

胃癌及癌旁组织多个肿瘤相关基因超甲基化

目的检测胃癌及癌旁组织肿瘤相关基因超甲基化状态,探讨多个肿瘤相关基因启动子超甲基化与胃癌发生的关系。方法应用甲基化特异性聚合酶链反应,检测23例手术切除的胃癌组织、癌旁组织和10例胃镜活检正常的胃黏膜组织的hMLH1、E-cadherin、GSTP1、p16和p15基因启动子区域的超甲基化状态。结果正常胃黏膜组织未检测到所选基因的超甲基化,22例(95.7%)胃癌组织和7例(30.4%)癌旁组织中检测到超甲基化。在17例(73.9%)胃癌组织和5例(21.7%)癌旁组织可以检测到2个以上基因的超甲基化;E-cadherin、p15和p16三个基因的甲基化率分别为78.3%、82.6%、60.8%,明显高于hMLH1和GSTP1的34.8%和17.4%。结论胃癌组织和邻近的癌旁组织中可以同时检测到多个肿瘤相关基因的甲基化,启动子区域超甲基化导致的基因功能失活可能发生在胃癌肿瘤形成的早期。

非小细胞肺癌11个肿瘤相关基因启动子CpG岛甲基化的研究

目的观测11个基因在非小细胞肺癌中的甲基化谱,探讨肺癌基因诊断的新途径。方法应用甲基化特异性的PCR(m ethyl-spec ific PCR,MSP)。方法检测甲基化率,回收产物测序。结果11个基因中有6个基因在癌组织中的甲基化率均>40%并且高于癌旁组织,6个基因的甲基化率分别是APC 61%,RASSF1 a 55%,p73 45%,p16 INK4 a 43%,CDH13 43%及RAR-β41%,>65岁组RASSF1 a、p16 INK4 a和RAR-β甲基化率高于≤65岁组;吸烟史组APC、RASSF1 a、p16 INK4 a和CDH13的甲基化率高于无吸烟史组;腺癌组APC、CDH13和RAR-β甲基化率高于鳞癌组,而鳞癌组p16 INK4 a甲基化率高于腺癌组;RASSF1 a和p16 INK4 a甲基率随TNM临床分期而逐渐增加。结论6个基因甲基化率的发生具有肿瘤特异性,并且相关基因的甲基化与NSCLC患者的病理生理密切相关,我们的研究为早期诊断NSCLC提供帮助。

脑胶质瘤细胞体外促进人骨髓间充质干细胞肿瘤相关基因表达

目的观察与人脑胶质瘤细胞共培养后的人骨髓间充质干细胞(human bone marrow-derived mesenchymal stromal cells,h MSCs)中肿瘤相关基因表达的变化,初步评估h MSCs在人脑胶质瘤环境中的生物安全性在致瘤性方面的风险。方法将h MSCs与人脑胶质瘤细胞U251于体外共同培养5d后,通过肿瘤基因芯片、实时定量RT-PCR及Western-blot实验检测h MSCs中肿瘤相关基因表达水平的变化。结果基因芯片结果显示,与单独培养的h MSCs对比,与人脑胶质瘤细胞U251共同培养后的h MSCs中存在SPINT2、TK1、STC1、MMP1、CCND1、SORT1、SEPT6、CDC20、SHB、CDK5、RELA、XRCC4、KIT、CTPS、CAPNS1及ETV6等16个肿瘤相关基因的表达明显上调(3倍以上),而无一基因表达下调;实时定量RT-PCR结果显示癌基因KIT、CAPNS1、TK1、MMP1、CCND1、CDC20、RELA以及STC1在共培养组h MSCs中呈表达上调;Western-blot结果显示癌基因KIT、MMP1、CCND1以及RELA的蛋白水平在共培养组h MSCs中呈表达上调。结论 h MSCs在脑胶质瘤细胞的影响下可出现部分癌基因的高度表达,提示了对于h MSCs应用于对脑胶质瘤进行基因治疗的生物安全性在致瘤性方面的风险需引起关注及深入研究。

肿瘤相关基因fgfr3 mRNA在白血病细胞中的表达及其临床意义

本研究旨在了解白血病细胞中fgfr3基因的表达水平及其和临床的关系。应用RT-PCR法检测4个白血病细胞系及96例白血病患者和14例对照者骨髓样本中fgfr3mRNA的表达,并分析了其与临床指标及染色体异常的相关性。96例白血病患者包括36例AML,29例ALL和31例CML。结果表明:fgfr3基因在K562和U937细胞中有表达,而在HL-60和SHI-1细胞中无表达。AL组和CML组fgfr3基因的阳性率(分别为46.15%和51.61%)与对照组相比,差异有统计学意义(p<0.05)。AML组和ALL组fgfr3基因的阳性率(分别为44.44%和48.28%)均高于对照水平,差异有统计学意义(p<0.05)。fgfr3基因的阳性表达与外周血高白细胞计数(≥20×109/L)呈显著性正相关(p<0.05)。ALL患者中fgfr3基因的表达与bcr/abl融合基因的异常呈显著正相关(r=0.151,p<0.05)。而AL患者fgfr3基因的阳性表达与染色体预后分组无显著相关性。结论:AL和CML患者均存在fgfr3基因的过表达,提示fgfr3基因可能参与了AL和CML的发病。

组织芯片研究直肠癌中肿瘤相关基因的表达

目的探讨人直肠癌和相应癌旁正常直肠黏膜组织中肿瘤相关基因的表达及其临床意义。方法取54例直肠癌、40例癌旁直肠黏膜组织制成54点和130点两块组织芯片,采用免疫组织化学法检测直肠组织芯片中p53、cyclin D1、bcl-2、β-catenin、c-myc、COX-2以及nm23-h1的表达。结果p53、cy-clin D1、bcl-2、β-catenin、c-myc、COX-2以及nm23-h1在直肠癌和正常直肠黏膜组织中的表达差异有统计学意义(P<0.05),其中p53与bcl-2表达之间呈正相关(r=0.332,P=0.001),β-catenin与c-myc的表达呈正相关(r=0.447,P=0.000)。在直肠癌组织中,β-catenin与年龄有关,>60岁患者中β-catenin表达率高于<60岁患者(P=0.032)。β-catenin和bcl-2虽与组织学有关,但却表现为分化程度高组织表达率高(P=0.001,P=0.006)。cyclin D1的表达与临床分期有关(P=0.039),与其他病理资料无关。nm23-h1的表达与组织分化程度、远处转移以及Duke分期有关(P=0.003,P=0.022,P=0.002),与其他临床病理资料无关。p53、c-myc、COX-2的表达与临床病理资料无关。结论p53、cyclin D1、bcl-2、β-catenin、c-myc、COX-2以及nm23-h1的异常表达与直肠癌的发生可能有关,尤其是p53、cyclin D1、bcl-2的高表达可能有助于直肠癌的早期诊断。cyclinD1的表达可能还参与了直肠癌的临床进展,nm23-h1与肿瘤的转移相关,该基因的低表达预示肿瘤的较强侵袭潜能。

胃癌组织中肿瘤相关基因甲基化及其表达与叶酸和代谢酶MTHFR基因多态性的关系

目的:探讨人胃癌组织中癌基c-myc,抑癌基因p16INK4A,p21WAF1,错配修复基NhMLH1和hM2SH2的甲基化状态及其表达与叶酸、MTHFR基因多态性的关系．方法:胃癌38例手术切除标本的癌区、癌旁和外周正常黏膜组织,运用FOL ACS:180自动化学发光系统测定叶酸含量,PCR-RFLP技术检测MTHFR基因677(C→T)和1298(A→C)两个常见多态,并分别以Real—time RT-PCR和甲基化特异性PCR (MSP)技术检测肿瘤相关基因的表达和甲基化状态．结果:c-myc表达升高,p16INK4A,hMLH1和hMSH2表达降低的胃癌黏膜组织其基因启动子区异常甲基化．p21WAF1,hMSH2表达降低, p16INK4A高甲基化者叶酸水平明显降低,c-myc低甲基化和表达升高者中均存在低叶酸水平．MTHFR 677CC基因型的胃癌黏膜组织p16INK4A甲基化升高且表达降低,而其余肿瘤相关基因的甲基化及其表达与MTHFR两个常见多态均无明显相关性．结论:DNA甲基化在胃癌的发生、发展中具有重要作用,叶酸水平和MTHFR基因多态性通过影响部分肿瘤相关基因的甲基化状态而调控其表达．

肿瘤相关基因表达检测寡核苷酸芯片的制备及其初步应用

为研制肿瘤相关寡核苷酸芯片 ,并实现其在抗肿瘤反义核酸“癌泰得”作用机理研究方面的初步应用 ,制备了包含近 450种肿瘤相关基因特异寡核苷酸探针的寡核苷酸芯片 ,建立了相应的质控标准 .“癌泰得”用脂质体转染HepG2肿瘤细胞 ,提取细胞总RNA反转录并荧光标记cDNA ,用制备的寡核苷酸芯片检测肝癌细胞HepG2的肿瘤相关基因表达水平 ,用软件分析获得其差异基因表达谱 .0 4μmol/L的反义核酸“癌泰得”作用于HepG2细胞 15h后 ,MDNCF、DHS等基因mRNA表达下调 ,MUC2、MPP11、LAT、HRIF B、JNK3A1等mRNA基因表达上调 ,初步检测到了“癌泰得”的抗肿瘤作用可能的相关基因 ,为进一步的分子作用机理的探讨奠定基础 .结果表明 ,制备的肿瘤相关芯片敏感度高、特异性高、重复性均较好 ,可用于检测肿瘤相关基因的表达谱 。

肝癌染色体高频缺失区肿瘤相关基因cSNP在HBV患者和正常人群中的多态分布研究

从定位于肝癌高频缺失区的肿瘤相关基因入手,查询单核苷酸多态性(SNP)数据库信息,获得编码区SNP(cSNP)序列,设计引物,根据SNP位点设计寡核苷酸探针,构建SNP芯片．分别从正常人和HBV患者血样中提取基因组DNA,PCR扩增标记含SNP位点的序列,将地高辛标记的PCR产物与SNP芯片杂交．结果表明,正常人基因组与HBV患者基因组肿瘤相关基因SNP之间存在差异,检测到EGFL3(rs947 345),Gas- pase9(rs2 308 950),E2F2(rs3 218 171)三个cSNP位点的基因频率在两组人群中差异显著．HBV患者中存在的高频多态位点可能与其肝癌易感性相关．

食管癌高发区人群肿瘤相关基因(p53,PCNA)与预后的关系

目的 :探讨食管癌相关基因p5 3和PCNA改变与患者生存期的关系。方法 :本研究以 114例高发区食管癌患者为研究对象 ,采用组织病理学和免疫组织化学等方法检测p5 3和PCNA基因在食管癌组织中的表达状况 ,结合患者的临床资料 ,肿瘤分期和组织病理学分级 ,分析发生不同分子变化的食管癌患者的生存风险 ,揭示p5 3和PCNA与食管癌预后的关系。结果 :p5 3高表达与低表达组间无显著差异 ;PCNA高表达患者生存期小于低表达患者 ;Cox回归模型多因素分析结果显示 ,TNM分期、分化程度和年龄对患者生存期的影响较大 ,且有显著性 (P <0 .0 5 )。结论 :p5 3和PCNA不能作为独立的食管癌预后因子 ,而TNM分期仍然是最重要的食管癌预后指标。

肿瘤相关基因对大肠肿瘤临床诊断及预后应用的研究

目的 探讨Ｒａｓ，Ｐ５３基因对大肠肿瘤的早期诊断及预后的临床应用价值。方法 用聚合酶链反应－单链构象多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）ＥＢ染色技术对２５例大肠肿瘤原发灶组织进行了Ｋｉ－，Ｎ－ｒａｓ第１处显子和Ｐ５３基因５～８外显子的点突变进行检测。息肉性腺瘤组织中１／２（５０％）发生了Ｋｉ－ｒａｓ点突变。在大肠癌组织中，存在Ｎ－ｒａｓ点突变、Ｋｉ－ｒａｓ点突变、Ｐ５３基因５～８外显子突变。

ODC反义RNA转染细胞的肿瘤相关基因表达及其致瘤性

鸟氨酸脱羧酶(ODC)是多胺生物合成途径中的限速酶，其活性的异常升高和继之引起的多胺堆积与肿瘤的发生、发展及转移密切相关。我们曾自行构建人ODC反义RNA真核表达质粒，并转染人肺鳞癌细胞，观察到稳定转染细胞株的生长速度减慢；大分子生物合成受到抑制；ODC mRNA表达减少和ODC活性降低等。

黑斑息肉综合征肿瘤相关基因初步筛选

目的探索黑斑息肉综合征(PJS)肿瘤特异性相关基因。方法用基因芯片技术研究PJS息肉的基因表达谱,筛选出差异表达基因,建立和研究PJS与肿瘤相关的差异基因表达。结果 大肠PJS息肉411个基因差异表达,其中上调的有197个基因,下调表达的有214个。在基因芯片总共144个癌基因与抑癌基因中,共有13个基因发生差异表达,其中PTTG1、LCN2、LATS2、MADH4、RALB、HRAS、APC、USP4为高表达;IGF2R、ELF3、EGFR、MCAM、ERBB2为低表达。结论这些肿瘤相关基因的差异表达,可能与PJS容易发生恶性肿瘤的潜能有关。

人胃癌细胞肿瘤相关基因的表达与甲基化调控

目的:旨在阐明胃癌的发生中多种抑癌基因和癌基因的甲基化情况,以期为进一步深入探索通过改变抑癌基因的甲基化而为胃癌治疗提供新方法. 方法:培养人胃癌细胞株MKN-45和HGC-27两种细胞,在MTT确定去甲基化制剂5-氮脱氧胞苷(5-aza- 2’-deoxycytidine,5-aza-dC)浓度和时间对细胞生长活力没有影响后,分别以2,5,和10μmol/L,浓度分别干预24和72 h,然后提取其DNA和RNA,用RT-PCR的方法检测p16INK4A,p21WAF1,p53,c-Ha-ras和c- myc等多种基因的表达情况;同时以流式细胞仪分析药物干预后的MKN-45和HGC-27的细胞周期变化; DNA分析则通过亚硫酸氢盐修饰和测序和甲基化特异性PCR(MSP)的方法检测p16INK4A基因及c-myc启动子区甲基化的情况. 结果:我们所采用的5-aza-dC的浓度和时间对细胞的生长无显著性影响.5-aza-dC干预前,MKN-45和HGC-27两种胃癌细胞系中均有p16INK4A表达,5-aza- dC干预后在MKN-45和HGC-27两种胃癌细胞系中p16INK4A的表达增强,且不同的胃癌细胞株表达增强最明显时的时间与浓度不同.-p53,p21WAF1,c-myc,c-Ha-ras 等多种基因在干预前后均有表达,且在干预前后无明显变化.在5-aza-dC干预后,HGC-27细胞周期阻滞在G1期,而MKN-45细胞的周期无明显改变.p16INK4A启动子区存在甲基化使得该基因的表达减少,在去甲基化试剂处理后使其表达增强. 结论:人胃癌细胞系MKN-45和HGC-27中,p16INK4A 启动子甲基化是其在表达减弱的主要原因,其去甲基化程度取决于5-aza-dC干预的时间和浓度.

肿瘤相关基因hyrdC基因重组腺病毒的构建和鉴定

目的利用AdEasy腺病毒载体系统构建携带hyrdC基因的高滴度重组腺病毒，为进一步研究hyrdC基因的功能及机制做准备。方法以逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）法扩增hyrdC基因，构建腺病毒重组质粒pShutth—CMV—hyrdC，线性化后采用电穿孔法与腺病毒骨架质粒pAdEasy-1共同转化BJ5183感受态大肠杆菌，挑选重组质粒将其转染293细胞，获得高滴度重组腺病毒Ad—hyrdC。结果成功地制备了高滴度携带hyrdC基因的重组腺病毒。结论采用AdEasy腺病毒载体系统能够构建携带hyrdC基因的重组腺病毒，为进一步研究hyrdC基因的功能及机制奠定了基础。

抑制性消减杂交技术与肿瘤相关基因克隆新进展

抑制性消减杂交 (SSH)技术是以抑制性PCR为基础的基因差异显示克隆技术 ,近年来已成功应用于疾病相关基因的克隆 ,特别是肿瘤相关基因的克隆。

一个新的肿瘤相关基因──CYP2C19

细胞色素Ｐ４５０ ２Ｃ１９（ＣＹ２Ｃ１９）又称为Ｓ－美芬妥英羟化酶，它的两个突变型等位基因ＣＹＰ２Ｃ１９ｍ１和ＣＹＰ２Ｃ１９ｍ２是引起ＣＹＰ２Ｃ１９酶活性缺陷的原因，运用等位基因特异扩增法（ＡＳＡ）对肺癌患者、膀胱癌患者及正常人进行了ＣＹＰ２Ｃ１９基因分型研究，以探索ＣＹＰ２Ｃ１９酶活性与肺癌、膀胱癌易患性的关系，经过对７４例肺癌患者、５０例膀胱癌患者和７０例对照组的测定。