苏钟猪脂蛋白脂肪酶的组织表达谱及其生物信息学分析

为进一步了解猪LPL基因的结构和功能,本研究以苏钟猪为试验对象,利用实时荧光定量PCR方法,分析该基因在苏钟猪5种不同组织(心脏、肝脏、肾脏、皮下脂肪和背最长肌)中RNA水平的表达谱信息;对苏钟猪LPL基因的CDS区域进行了克隆测序,并用生物信息学方法分析了苏钟猪LPL蛋白水平的结构和功能。结果表明:LPL基因在各组织中的mRNA表达丰度为:皮下脂肪>心脏>肾脏>背最长肌>肝脏,其中皮下脂肪的表达量显著高于其他组织(P<0.01),且公猪背最长肌中的表达量显著高于母猪(P<0.01),公猪与母猪间的眼肌面积和瘦肉率性状均差异显著(P<0.05)。猪LPL基因编码含479个氨基酸的蛋白,理论等电点为4.99,具有疏水性,存在信号肽,是分泌型蛋白,与牛、绵羊、家猫等的亲缘关系较近。LPL对苏钟猪的皮下脂肪、心脏、肾脏、肌肉等组织的脂肪沉积有重要影响,可成为苏钟猪肉质改良育种中的重要候选基因。

苏钟猪和太湖猪的线粒体D环部分序列比较分析

测定了以太湖猪为母本的杂交一代苏钟猪21个个体线粒体D环序列442 bp,结合已报道的中国太湖猪两个类群(梅山猪和二花脸)的线粒体DNA控制区(D-loop)序列进行分析,结果表明:苏钟猪和太湖猪的聚类主要有两类,部分苏钟猪和大多数梅山猪分布在类群Ⅰ;少数梅山猪、苏钟猪和二花脸聚为类群Ⅱ。梅山猪在几支上都有分布,可能与梅山猪有大中小类型之分有关。这一结果与根据形态差异把太湖猪分成不同的类群相一致。

苏钟猪FTO基因的mRNA表达、克隆测序及其生物信息学分析

脂肪肥胖相关基因(FTO)在控制食欲和能量消耗方面具有重要作用。为进一步了解猪FTO基因的结构和功能,以苏钟猪为试验对象,利用RT-PCR方法,分析该基因在苏钟猪5种不同组织(肺脏、肝脏、心脏、背膘和背最长肌)RNA水平的表达谱信息;对苏钟猪FTO基因的编码序列(CDS)进行了克隆测序,并用生物信息学方法分析了苏钟猪FTO蛋白的结构和不同物种间的同源性。结果表明,FTO基因在苏钟猪各组织中的mRNA表达丰度表现为:背膘>心脏>肺脏>肝脏>背最长肌,其中背膘中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。苏钟猪FTO的CDS区发现了8个SNPs,分别为G52A、C523T、G628A、A655G、A810G、A886G、G1002A和A1344G。苏钟猪FTO基因编码一个含505个氨基酸的蛋白,理论等电点为5.23,具有亲水性,不存在信号肽,是非分泌型蛋白,与牛、绵羊、狗等物种的亲缘关系最近。FTO的mRNA表达对苏钟猪的皮下脂肪、心脏、肌肉等组织的脂肪沉积有一定影响,其编码序列中丰富的SNPs可成为苏钟猪肉质改良育种中的重要分子标记。

瘦素受体对苏钟猪脂肪沉积调控的影响

[目的]研究瘦素受体(leptin receptor,LEPR)的mRNA表达和编码序列单核苷酸多态性(c SNPs)对猪脂肪沉积性状的影响。[方法]本文旨在利用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)方法和免疫印迹方法检测了该基因在高脂猪和低脂猪背最长肌、背膘、心、肝和肾共5种组织样中的mRNA和蛋白表达量,利用直接测序方法检测了LEPR第18外显子c SNPs,并对LEPR表达量、编码序列单核苷酸多态位点与苏钟猪脂肪沉积相关性状进行了关联分析。[结果]RT-q PCR结果表明:LEPR mRNA在这5种组织中均有表达,且差异显著(P<0.05),其中背膘组织中的表达量显著高于其他组织(P<0.05),其次为背最长肌中的表达量,高脂猪的mRNA表达量显著高于低脂猪(P<0.05)。Western blot结果表明,LEPR蛋白在背膘和背最长肌中显著表达,且高脂猪的蛋白表达量显著高于低脂猪(P<0.05),说明猪脂肪沉积量越高,LEPR mRNA和蛋白表达量越高。PCR-sequencing结果表明,在LEPR c DNA的c.2841C>T位点处,T等位基因为脂肪沉积的优势等位基因。[结论]LEPR的表达对苏钟猪脂肪沉积调控有显著影响,其c.2841C>T位点可作为苏钟猪脂肪沉积肉质性状改良育种的分子标记。

苏钟猪在云南省的引种、扩繁和推广情况

云南省是除江苏省外苏钟猪推广数量最多的省份,本调查摸清了苏钟猪在云南引种、利用、分布及在当地的生产性能情况。据对832头母猪统计可知,有效乳头为(14.77±1.03)个,363窝初产仔(10.68±2.04)头,产活仔(9.68±1.90)头;247窝经产仔(11.97±2.16)头,产活仔(11.31±2.22)头;苏钟猪与法系大约克杂交生产的二元杂交母猪,其产仔数为12.2头,发情明显,易配种,再与杜洛克杂交生产的三元杂交猪达90 kg体重(150日龄),饲料报酬2.8∶1,日增重830 g,胴体瘦肉率64.5%。

6个主效基因在苏钟猪分子育种中的应用价值

利用PCR-RFLP方法检测了Hal基因、RN基因、ESR基因、FSHβ基因、IGF-1基因及MC4R基因在苏钟猪(180头)、二花脸猪(64头)、梅山猪(60头)、长白猪(46头)、大白猪(48头)和皮特兰猪(35头)猪群中的多态性,探讨了这6个主效基因在苏钟猪分子育种中的应用价值。结果显示:各主效基因在试验猪群中均表现不同程度多态性;其中,在苏钟猪群中Hal基因检测到NN、Nn基因型,RN基因表现为RN-/rn+、rn+/rn+基因型,ESR基因、FSHβ基因、IGF-1基因及MC4R基因分别检测到相关性状优势基因型。这些结果预示各主效基因在苏钟猪分子选育中具有应用价值。

苏钟猪TLR4多态性及编码区C1027A功能分析

【目的】研究苏钟猪TLR4的多态性及其编码区第1 027 bp处突变对TLR4蛋白功能的影响。【方法】采用PCR-SSCP的方法检测TLR4在苏钟猪中的多态性并利用real-time PCR方法检测不同基因型(CC型和AC型)的猪肺泡巨噬细胞经脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导后,TLR4及促炎症因子TNF-α、IL-1β表达量的变化情况,探讨该处突变对TLR4识别LPS的影响。【结果】①共检测到3个突变:G962A、C1027A、G960A,其中前两个为有义突变,且C1027A突变可引起编码氨基酸性质的改变;②LPS能快速诱导猪肺泡巨噬细胞中TLR4及促炎症因子TNF-α和IL-1β表达水平上调且TLR4编码区C1027A不同基因型(CC型和AC型)的猪肺泡巨噬细胞(pulmonary alveolar macrophages,PAMs)对LPS的敏感性及反应强度存在显著性差异。【结论】苏钟猪TLR4编码区的序列相对保守、多态含量较低,群体遗传变异程度较小。TLR4编码区C1027A突变能影响TLR4识别LPS的能力,等位基因C为苏钟猪抗革兰阴性菌感染的优势基因。

苏钟猪ACE2基因克隆及其遗传进化分析

为了克隆苏钟猪的血管紧张素转化酶2(ACE2)基因,根据GenBank发表的ACE2基因序列,设计合成1对引物,从苏钟猪心脏提取总RNA,对ACE2基因进行RT-PCR扩增并测序,然后利用DNAstar软件对序列进行比对分析。产物经琼脂糖电泳分析,呈现1条约641 bp的条带,回收纯化后对扩增的猪心肌ACE2 mRNA进行了测序和比较分析。扩增的猪ACE2核苷酸序列与GenBank中已登录的2只猪ACE2核苷酸序列同源性分别为98.6%和99.2%。同时,利用DNAstar将其与人、牛、大鼠和小鼠等物种相应序列进行比较,结果表明苏钟猪ACE2基因与牛同源性最高,达到87.5%;与人的同源性为82.5%,与斑马鱼的同源性最低,仅为52.3%。对由苏钟猪ACE2基因核苷酸序列推导的氨基酸序列进行同源性比较也得到了同样的结果。

苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码编制

苏钟猪是江苏省农业科学院利用太湖猪为母本,长白猪为父本育成的品种。为苏钟猪个体身份识别及猪肉产品溯源之需,对苏钟猪个体身份SNP识别进行研究。本研究共设计29对引物,并从中筛选7对引物用于苏钟猪的个体身份识别。7对引物扩增产物能直接测序且测序图谱背景干净,序列阅读无歧义。7对引物共扩增52个SNP位点,经关联性分析及杂合度过滤(H≥0.1)后,选留41个SNP位点用于苏钟猪个体身份识别的数字条形码编制;同时,编制了7头公猪和12头母猪所生的96头苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码,数字条形码很好地区分了96头苏钟猪的个体身份。根据96头苏钟猪条形码编制时分离到的各引物对扩增片段的基因型数,7对引物扩增的41个SNP位点,理论上可用于近5.00×106头猪的个体身份识别。因此,本研究建立的苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码编制方法,可用于规模猪场苏钟猪的个体身份识别及肉产品溯源。

苏钟猪的选种选配

苏钟猪的选育过程在遵循常规群体继代方法的同时,也根据一些具体情况及育种需要,制定了选种、选配方法。其选择指数公式的确立主要依据日增重,背膘厚这两个主选性状,选配计划的制订主要根据后代近交系数。该文依据苏钟猪的有关资料,探讨了苏钟猪的选种选配方案。

苏钟猪的选育

苏钟猪是以太湖猪和外来良种为亲本,运用现代遗传育种理论及先进的育种手段,历时10余年精心培育的优质高产瘦肉猪母系品种,2001年通过江苏省新品种审定。该猪全身被毛白色,经产母猪平均产仔数14.25～14.35头,乳头数7～8对,达90kg体重日龄为175～177天,胴体瘦肉率54.32%～54.49%;以苏钟猪为母本的二元(大约克×苏钟)杂优猪,育肥性能好,达90kg体重日龄为160～163天,日增重702.67～727.23g,料重比3.11,胴体瘦肉率58.79%～58.90%。

雌激素受体基因和骨调素基因对苏钟猪初生重和乳头数量的影响

本文研究了雌激素受体基因和骨调素基因对苏钟猪生长繁殖性能的影响。41头母猪120多窝产仔数记录用来分析雌激素受体和骨调素基因型对仔猪初生重、母猪乳头个数和仔猪乳头个数的影响。在母猪乳头个数方面,骨调素142/152和168/170、142/168基因型之间差异显著(P<0.05);在经产胎次中,仔猪初生重140/152和168/170、164/168、142/168、142/152基因型之间差异显著(P<0.05)。母猪乳头个数雌激素受体AA型和AB型之间差异显著(P<0.05)。

不同屠宰条件对苏钟猪杂交后代肉质的影响

对杜洛克×苏钟1系（D×SZ1）和杜洛克×苏钟3系（D×SZ3）分别进行宰前12、24h和36h禁食比较，宰前快速驱赶和不驱赶比较及电击昏后放血和直接保定放血比较，屠宰后进行肉质评定。结果显示，随着禁食时间的延长，肉色和大理石纹评分略下降，失水率略提高，D×SZ1和D×SZ3的pH1值显著下降（P＜0.05），D×SZ1的pH值（P＜0.05）和D×SZ3的pH值（P＜0.01）显著上升，但均未出现PSE肉；快赶对D×SZ1的所有指标的影响均不大，而使D×SZ3的失水显著提高，pH值显著下降（P＜0.05），出现1头中度和2头轻度PSE肉；电击昏使D×SZ1的大理石纹评分（P＜0.05）、肉色评分、失水率、pH值和pH值（P＜0.01）显著下降，使D×SZ3的肉色评分（P＜0.05）、失水率、pH值和pH值（P＜0.01）显著下降，5头D×SZ1中出现1头中度PSE，3头轻度PSE；6头D×SZ3中出现2头中度PSE，3头轻度PSE。快赶和电击昏间比较可见，D×SZ1的肉色评分和失水率，D×SZ3的失水率和pH值差异显著（P＜0.05）；D×SZ1的pH值和pH值差异极显著（P＜0.01）。

四个微卫星标记在苏钟猪中的多态性分析

微卫星标记是近年来发展起来的一种检测基因DNA多态性的新型DNA标记,因其数量多、分布广、多态性丰富及检测方便等优点而倍受推崇。本文利用四个微卫星标记分析其在苏钟猪中的遗传多样性。结果表明,四个微卫星座位在苏钟猪中均存在较高的遗传多样性,基因杂合度为0.596 2 ～ 0.882 3;多态信息含量为 0.514 6 ～ 0.870 9;有效等位基因数为 2.476 8 ～ 8.493 5。以上结果表明,本研究采用的四个微卫星标记可以作为苏钟猪的遗传多样性的标记辅助选择。

四个微卫星标记在苏钟猪中的多态性分析

微卫星标记是近年来发展起来的一种检测基因DNA多态性的新型DNA标记,因其数量多、分布广、多态性丰富及检测方便等优点而倍受推崇。本文利用四个微卫星标记分析其在苏钟猪中的遗传多样性。结果表明,四个微卫星座位在苏钟猪中均存在较高的遗传多样性,基因杂合度为0.5962～0.8823;多态信息含量为0.5146～0.8709;有效等位基因数为2.4768～8.4935。以上结果表明,本研究采用的四个微卫星标记可以作为苏钟猪的遗传多样性的标记辅助选择。

苏钟猪原种场规划设计与建设

为了推进苏钟猪良种繁育体系的完善,实现苏钟猪产业化养殖,进行了苏钟猪原种场的规划设计与建设。原种场规划设计与建设中应用了工厂化流水式作业、单元式全进全出、干清粪、雨污分离及生态循环等现代先进的养猪工艺与模式。苏钟猪原种场的建成对于提高我省良种猪水平和生猪竞争力具有重要意义,同时也为我省养猪业向集约化、科学化、现代化发展起着示范和带头作用。

杂交父本和外血含量对苏钟猪杂交后代肉质的影响

不同外血含量的苏钟猪SZ1和SZ3为母本与杜洛克猪D、大约克猪W和皮特兰猪P分别进行杂交，得到14和18太湖猪血统的6个不同杂交组合的后代。按国家标准对肉色、大理石纹、失水率和PH值等肉质指标分别进行测定。结果：D×SZ1和W×SZ1的肉质正常，均未出现PSE肉；而6头P×SZ1出现2头严重PSE肉，2头中度PSE肉，2头轻度PSE肉。D×SZ3未出现PSE肉；6头P×SZ3中出现5头严重PSE肉，1头中度PSE肉；W×SZ3的测定值均介于P×SZ3和D×SZ3之间，6头W×SZ3出现1头中度PSE肉，2头轻度PSE肉。说明肉质随外血含量提高而下降，同时杂交父本的品种对肉质的影响非常明显，特别是在18太湖猪血统猪中表现尤为突出。