牛病毒性腹泻病毒TaqMan探针荧光RT-PCR方法的建立和临床应用

为建立一种牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的快速检测方法,本研究根据国内BVDV流行毒株5'-UTR序列保守区域设计1对特异性引物和TaqMan探针,并优化了反应条件,最终建立了一种检测BVDV基因1型(BVDV-1)的TaqMan探针荧光RT-PCR检测方法,并开展7省份BVDV-1型检测和流行情况分析。结果显示:所建立方法能够特异性检测出BVDV-1,与基因2型BVDV、猪瘟病毒、边界病毒、牛冠状病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛轮状病毒等病原无交叉反应;灵敏度高,最低检测下限为4.3 copies/μL;批内和批间变异系数均小于2%,重复性良好。7省份规模化牛养殖场BVDV-1型平均阳性率为17.40%(161/925),序列分析表明我国主要流行的为BVDV-1a,BVDV-1c亚型。本研究成功建立了一种良好的诊断BVDV的方法,监测地区优势流行毒株为BVDV-1a与1c亚型,为临床中BVDV早期诊断和流行病学调查监测提供了技术和数据支持。

内标多重荧光RT-PCR同时检测肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型

[目的]为对当前爆发的手足口病进行快速准确的检测。[方法]本研究建立了含内标的同时检测EV71和CA16的多重荧光RT-PCR方法，对该方法的特异性、灵敏度等进行评估，并对400多份临床样品进行了检测。[结果]实验结果表明，该检测方法特异性强，对10株EV71病毒、8株CA16病毒和25株其他人类病毒进行了检测，特异性为100%；该检测方法对EV71和CA16的检测灵敏度分别达到0.1 TCID50和1 TCID50；将0.1-104TCID50/mL EV71和CA16样本进行重复性实验，其变异系数分别为0.9%-2.0%和0.9%-2.3%。对400多份临床样品分别进行荧光RT-PCR检测和传统方法检测，结果显示，荧光RT-PCR对EV71和CA16的阳性检出率平均为46.1%和14.2%，比传统方法（34.5%和12.8%）的阳性检测率高。另外，实验数据显示，在粪便、直肠拭子、咽喉拭子样本中，PCR抑制物存在的比例为1.8%-3.4%，表明内标对监控PCR抑制物的存在具有重要作用。[结论]本方法能同时对EV71和CA16进行快速检测，并且灵敏度高，特异性好，由于加入了内标，能有效地监控假阴性的出现，适合于手足口病的临床检测。

多重荧光RT-PCR同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒方法的建立

目的建立可同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的双重荧光RT-PCR快速检测方法,并应用于临床标本的检测。方法使用针对GI型和GⅡ型诺如病毒各亚型代表株保守序列设计的特异性引物和TaqMan探针,通过调整引物、探针浓度优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系。对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行评估,并对临床粪便标本进行检测,与已有的单重荧光RT-PCR方法进行比较。结果实验结果表明,该检测方法特异性强,对GⅠ型、GⅡ型诺如病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、甲型肝炎病毒进行检测,均无交叉反应;对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达1pg/mL和10pg/mL,并且重复性好;对101份临床标本分别用已有的单重荧光RT-PCR和本文建立的多重荧光RT-PCR进行检测,结果显示本文建立的多重荧光RT-PCR方法对GⅠ型诺如病毒的检测能力优于前者。结论本研究建立的多重荧光RT-PCR方法能同时对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒进行快速检测,并且灵敏度高,特异性好,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速检测。

实时荧光RT-PCR一步法检测苹果茎沟病毒

根据苹果茎沟病毒(ASGV)各分离物外壳蛋白(CP)基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan-MGB探针,建立了对ASGV的实时荧光RT-PCR检测方法。TaqMan-MGB探针3’端具有小沟结合分子(Minor groove binder, MGB),提高了探针的Tm值,缩短了探针长度,解决了病毒各分离物之间基因组变异较大、难以找到较长一致的序列来设计探针的困难。该方法的检测灵敏度比常规RT-PCR电泳检测高约10倍,对于ASGV等在果树体内含量较低的病毒尤为适用。此方法快速、灵敏,整个检测过程完全闭管,无需PCR后处理。

美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒荧光RT-PCR检测方法的建立

参照美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)M基因序列,设计引物和探针,并建立其荧光RT-PCR检测方法,以检测严重危害我国养猪业的此型PRRSV。该法能检测到1 TCID50的PRRSV。用此法检测猪瘟病毒、乙脑病毒、伪狂犬病毒、马动脉炎病毒、圆环病毒Ⅱ型和MARC145细胞的RNA,结果均为阴性。对126份临床样品进行检测应用,检测结果(7份阳性,119份阴性)与病毒分离完全符合。此法中的阳性对照为体外转录的dsRNA,具有高度的稳定性,解决了此类检测方法所用的RNA阳性对照所普遍存在的易于降解的难题。

SYBR GreenI模式荧光RT-PCR鉴别新城疫病毒毒力

方法根据NDV的F蛋白裂解位点附近的序列,设计分别对应于NDV强毒和弱毒的两对引物,然后用SYBRGreenI模式的荧光RT-PCR方法比较两对引物对同一NDV的RNA扩增效率以及扩增产物的Tm值,来区分NDV的毒力。结果对8株NDV进行检测并测定其鸡胚平均致死时间(MDT),荧光RT-PCR方法的检测结果和MDT测定的结果完全一致,说明此荧光RT-PCR法可用于NDV毒力检测。

SARS冠状病毒实时荧光RT-PCR定量检测

为建立一种快速、准确、特异的SARS病毒RNA定量检测方法 ,根据复合探针荧光定量分析原理 ,对SARS病毒核酸进行实时荧光定量RT PCR检测 .借助计算机辅助 ,对SARS病毒基因靶序列以及检测引物和探针进行了优化筛选 ;利用体外转录SARS病毒RNA靶序列 ,对RT PCR反应的镁离子浓度参数进行了优化 ;比较Trizol法、磁珠法、Qiagen法、煮沸法等 4种方法提取RNA的检测效果 ,建立了样本处理方法 ;通过对构建的体外转录靶序列模型的检测 ,对本方法的灵敏度、特异性、定量线性关系、精确度等进行了评价 ,并通过对4 2例临床标本的检测对本方法的检测效果进行了评估 .通过克隆SARS病毒核酸靶序列并进行体外转录 ,获得了长度约 1 2kb的体外转录RNA靶序列 ;经优化 ,荧光RT PCR反应液中的Mg2 + 浓度以 4 0mmol/L为最好 ;RNA提取方法采用磁珠法效果较好 ;本方法的检测灵敏度最低可达 5个拷贝的体外转录RNA分子 ,特异性10 0 % ,Ct 值的CV值小于 5 % .对临床确诊的 4 2份SARS病人血清和漱口水标本的检测结果表明 ,该方法的检出率为 79% ,与荧光抗体检测法的符合率为 70 % .上述结果表明 ,该方法建立的荧光定量RT PCR技术能够快速准确、特异、敏感地对SARS病毒核酸进行定量分析 ,为临床SARS冠状病毒RNA的检测提供了新的 。

实时荧光RT-PCR一步法检测番茄环斑病毒

根据番茄环斑病毒 (ToRSV)各株系RNA1聚合酶基因的保守序列 ,设计并合成 1对引物和 1条TaqMan荧光探针 ,建立了对ToRSV的实时荧光RT PCR检测方法。该方法利用TaqMan荧光探针实时监测目的基因的扩增 ,实现RT PCR扩增与探针检测同时进行 ,不需PCR后处理 ,消除了PCR产物的污染 ,不需电泳和EB染色 ,减少了检测步骤 ,节省了时间。这个方法具有“灵敏、准确、简便、快速”的特点适合于种传病害的快速诊断和口岸检验检疫运用。

亚欧型及南非型口蹄疫一步法多重荧光RT-PCR检测方法建立

【目的】口蹄疫是一种严重的"政治经济病",世界各国面临的口岸疫情防控形势均十分严峻。针对南非型(SATⅠ,SATⅡ,SATⅢ型)潜在入侵中国的严峻态势,为了防止疫情跨境传播,迫切需要建立有效甄别亚欧型(A、O、C及亚洲Ⅰ型)与南非型口蹄疫的检测方法,以进一步提高防控工作的准确性。【方法】选择口蹄疫病毒(FMDV)基因组保守的5'非翻译区(5'UTR)基因为靶序列,分别设计亚欧型及南非型FMDV特异的荧光PCR引物及Taqman探针,通过对反应体系和反应条件的优化,以插入扩增目的片段的阳性克隆质粒为模板,建立多重荧光PCR检测体系;进一步以体外转录cRNA作为阳性质控品,建立亚欧型及南非型FMDV一步法多重荧光RT-PCR鉴别方法,并进行敏感性、特异性确定及田间样本检测。【结果】本研究建立的FMDV多重荧光PCR检测方法,对亚欧型及南非型FMDV阳性质粒的扩增效率均在90%以上;以倍比稀释的体外转录cRNA作为模板,进行敏感性测试表明,本方法最低可检测至7.6×10-9ng南非型cRNA和6.3×10-8ng亚欧型cRNA;特异性试验结果显示本方法可以有效甄别亚欧型与南非型FMDV;田间样本检测结果与样品实际感染情况一致。【结论】本研究建立的FMDV一步法多重荧光RT-PCR检测方法敏感、特异而且快速,为亚欧型与南非型口蹄疫的鉴别诊断及流行病学调查提供了新的方法。

小反刍兽疫病毒野毒与疫苗毒双重荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立

对GenBank中的小反刍兽疫野毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)及疫苗毒株的基因序列进行分析,设计两对引物和两条特异探针,建立小反刍兽疫病毒野毒与疫苗毒株的双重荧光RT-PCR鉴别检测方法。特异性检测表明,建立的双重荧光RT-PCR方法,可特异检测野毒(FAM通道)和疫苗毒(VIC通道)。灵敏度实验表明,FAM通道可检测到10^(-5)稀释度的RNA(3.576 ng/mL),VIC通道可检测到10^(-3)稀释度的RNA(27.6 ng/mL)。重复性实验表明,该双重荧光RT-PCR方法重复性较好。用建立的二重荧光RT-PCR方法对20份组织样品进行检测,结果显示,该方法可以有效区分野毒和疫苗毒株,且野毒检测结果与实验室确诊阳性结果一致,可以用于临床检测。

新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法比较

目的 对比分析新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法的检测结果,验证抗原检测胶体金法能否快速辅助诊断新型冠状病毒感染。方法 从河南省疾病预防控制中心生物资源库挑选2021年7-8月收集的新冠阳性和新冠阴性鼻拭子各60份,口咽拭子各30份,所有样本用实时荧光RT-PCR方法检测新冠核酸ORF1ab和N基因,用抗原检测胶体金法检测抗原,选择13份阳性样本进行10倍和100倍稀释,两种方法检测,分析胶体金法与核酸检测RT-PCR法检测结果的阳性和阴性一致率,进行统计学Kappa分析。结果 180份样本抗原检测胶体金法与核酸检测RT-PCR法的阳性符合率为98.89%,阴性符合率为100.00%,Kappa=0.989,13个样本10倍和100稀释后胶体金法阳性符合率分别为100%、84.61%。结论 新型冠状病毒抗原检测胶体金法可作为早期辅助确诊新型冠状病毒感染的快速方法。

鱼类神经坏死病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中登录的鱼类神经坏死病毒CP基因序列,选择高度保守区域设计引物和TaqMan荧光探针,通过对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化,建立了用于检测鱼类神经坏死病毒的实时荧光RT-PCR方法。利用该方法检测鱼类神经坏死病毒及其他多种常见的水生动物RNA病毒,结果只能检测到目的病毒,表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现,其最低检测限可达1.2pg/μL的总RNA。与RT-PCR的灵敏度对比试验表明,其敏感度比RT-PCR高100倍。对同一样品进行检测,在组内及组间的变异系数分别为0.9%以及1.5%,证实其重复性极好,并且从抽提核酸到得出结果仅需4h。对临床500份样品进行鱼类神经坏死病毒检测,结果发现有40份阳性样品。这些结果表明,本研究所建立的实时荧光RT-PCR能对鱼类神经坏死病毒进行准确、快速的检测,具有特异性好、灵敏度高的优点,是开展鱼类神经坏死病的临床检测和疫情监测工作的有力工具。

检测猪源牛病毒性腹泻病毒荧光RT-PCR方法的建立与监测分析

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′-UTR保守序列建立的特异性荧光RT-PCR,对采自福州市周边屠宰场的359份屠宰猪血清进行BVDV感染的病原学检测。结果待检的359份血清样品BVDV阳性52份,阳性率为14.5%(52/359)。对其中13份BVDV阳性样品5′端UTR片段进行序列测定分析,发现所测13份BVDV阳性样品5′端UTR片段均与VEDEVAC进化谱系较为密切,均为基因Ⅰ型。以上结果表明以牛源BVDV建立的特异性荧光RT-PCR方法适用于猪源BVDV感染的监测,并揭示福州市屠宰猪存在BVDV感染。

禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒灵敏性试验

为了确定深圳出入境检验检疫局和深圳太太基因工程有限公司联合研制的禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒对H5和H9亚型禽流感的灵敏度,通过测定已知鸡胚半数致死量(ELD50)的标准毒株的进行了定量。利用9～11日龄SPF鸡胚,对深圳出入境检验检疫局保存的H5和H9亚型标准禽流感毒株进行了鸡胚半数致死量(ELD50)的测定,结果为H5亚型禽流感毒株的半数致死量为10-7.75/0.2mL,H9亚型禽流感毒株的半数致死量为10-8.5/0.2mL。用所研制的禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒对H5和H9亚型标准禽流感毒株原液进行10倍连续稀释,进行实时荧光RT-PCR灵敏度的测定,结果发现:试剂盒检测H5亚型标准禽流感毒株的灵敏度为标准毒株10-5倍稀释液,该稀释液含有281ELD50病毒量;检测H9亚型标准禽流感毒株的灵敏度为标准毒株10-8倍稀释液,该稀释液含有15.8ELD50病毒量。同时检测H5和H9时,试剂盒的灵敏度要比单独检测一个亚型时的灵敏度增加一个数量级。本灵敏度已经能够检测到感染鸡的喉拭子和(或)泄殖腔拭子所采集的病毒量,能够满足检验检疫的实际需要。

实时荧光RT-PCR检测辣椒轻斑驳病毒的初步研究

本研究选取辣椒轻斑驳病毒PMMoV、烟草花叶病毒TMV、黄瓜花叶病毒CMV和马铃薯Y病毒PVY作为试验材料,根据PMMoV衣壳蛋白(CP)RNA的序列特异性位点,设计出Taqman荧光探针及其引物,采用实时荧光RT-PCR技术对PMMoV进行快速检测,同时与ELISA方法进行了灵敏度比较,结果表明:该方法具有较高的灵敏度及较强的特异性,PMMoV检测结果为阳性,TMV、CMV和PVY均无荧光信号,为阴性,灵敏度是传统的ELISA方法的100倍,而且大大缩短了检测时间。该方法快速、准确、灵敏、简便、安全,具有实际应用价值,适用于植物病毒病害的快速检测。

猪瘟病毒荧光RT-PCR快速检测方法的建立

以猪瘟病毒5′端非编码区为靶核酸序列设计引物和探针,建立了一步法荧光RT-PCR检测猪瘟病毒。荧光RT-PCR仅检测出猪瘟C株、T株,未能检测出牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、猪呼吸系统冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、伪狂犬病病毒、猪生殖与呼吸综合征病毒、PK-15细胞和牛睾丸原代细胞;对猪瘟病毒T株的扩增反应产物进行了测序分析,与预期序列相符。荧光RT-PCR的检测极限可达到1 TCID50/mL,整个试验流程只需2 h。采用荧光RT-PCR和抗原捕获ELISA同时检测临床病料、猪副产品共207份样本,两种方法的检出率分别为17.4%和13.5%,两者符合率为95.7%(198/207);荧光RT-PCR的检出率高于ELISA,两者差异显著。结果表明,建立的荧光RT-PCR可用于猪产品、临床病料中猪瘟病毒的快速检测。

实时荧光RT-PCR方法检测齿兰环斑病毒与建兰花叶病毒

齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)与建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)是严重危害兰科植物的2种主要病毒。本研究根据病毒不同分离株外壳蛋白基因的保守序列,分别设计了ORSV与CymMV各自的特异性引物与荧光探针,建立了基于TaqMan探针的实时荧光RT-PCR检测方法。该方法与酶联免疫检测方法相比,灵敏度提高104倍,具有快速、灵敏和高特异性的优点,适合对ORSV和CymMV的快速检测。应用该方法,从来自台湾的蝴蝶兰样品中检出齿兰环斑病毒。

荧光RT-PCR检测活禽和禽产品中新城疫病毒中强毒株的研究

本研究中，采用TaqMan方法，根据新城疫病毒F基因核苷酸序列，设计合成多对引物，在上游引物和下游引物之间设计多条探针，通过对引物、探针的筛选，反应条件的选择和优化，建立了检测活禽和禽产品中中强毒力新城疫病毒的荧光RT-PCR方法。经对10株倍比稀释的中强毒力新城疫病毒的尿囊液进行检测后，表明所建立的荧光RT-PCR方法的检测极限在10^-5～10^-7”之间，略低于鸡胚病毒分离方法（10^-8～10^-9）；对收集到的所有新城疫病毒株和常见禽类病毒（包括禽流感病毒H5、H9亚型、IBDV、IBV、KIBV、CAAV、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒）进行检测，结果表明建立的方法不能检出其他的常见禽类病毒，特异性良好。进一步用建立的荧光RT-PCR检测人工感染SPF肉鸡的组织脏器、咽喉及泄殖腔拭子及临床样品中的中强毒力的新城疫病毒，并同鸡胚分离结果比较，结果表明荧光RT-PCR的敏感性同鸡胚分离试验基本一致。由于荧光RT-PCR方法快速，从处理样品开始到出结果只需不到4小时，而且检测样品量大，这就充分显示了其快速、敏感、特异的优势。在强调口岸快速通关的今天，该方法的建立无疑为活禽或禽产品的快速检验检疫提供了有效的手段。

TaqMan探针荧光RT-PCR检测狂犬病病毒

根据GenBank已公布的狂犬病病毒(rabies virus,RV)核蛋白(N)基因序列设计并合成一对特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针的荧光RT-PCR检测狂犬病病毒方法。对狂犬病疫苗提取核酸后进行RT-PCR扩增,将目的条带切胶回收,克隆测序,重组质粒作为标准阳性对照。对建立的TaqMan探针荧光RT-PCR方法做灵敏度、特异性、重复性及稳定性试验。结果显示,该方法可以达到10拷贝/μL的灵敏度,可以将狂犬病病毒与犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒和犬副流感病毒分开,方法重复性好,稳定可靠。

西尼罗病毒荧光RT-PCR检测方法的建立

目的用TaqMan技术建立荧光RT-PCR方法,用于检测西尼罗病毒(WNV)。方法从GenBank上调取WNV的基因序列,设计WNYA、WNYB、WNYC三套荧光RT-PCR,经优化后用于WNV灭活苗、乙型脑炎病毒(JEV)、黄热病毒(YFV)等11种病毒核酸的检测,同时用10倍倍比稀释的双链DNA、质粒DNA、cDNA、RNA进行扩增,以检测其灵敏度。结果建立的WNYA、WNYC荧光RT-PCR检出WNV灭活苗阳性,而JEV等10种非WNV病毒均为阴性,能检出30个拷贝和65个拷贝的双链DNA、420个拷贝和460个拷贝的质粒DNA;WNYB的反转录效率明显低于WNYA和WNYC。结论建立的WNYA、WNYC荧光RT-PCR可作为检测WNV的技术储备。