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甘蓝型油菜漆酶基因家族成员表达模式及与茎秆抗折力的关联分析
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作者 徐林珊 郜耿东 +10 位作者 王宇 王家星 杨吉招 武亚瑞 张宵寒 常影 李真 谢雄泽 龚德平 王晶 葛贤宏 《作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期134-148,共15页
漆酶是一种含铜的多酚氧化酶家族,在植物中主要参与木质素合成以及抵御各种逆境胁迫。本研究对甘蓝型油菜漆酶基因(BnaLACs)家族成员进行鉴定,通过氨基酸数量、分子量、等电点、不稳定系数以及脂溶性系数等指标衡量其理化性质。后对其... 漆酶是一种含铜的多酚氧化酶家族,在植物中主要参与木质素合成以及抵御各种逆境胁迫。本研究对甘蓝型油菜漆酶基因(BnaLACs)家族成员进行鉴定,通过氨基酸数量、分子量、等电点、不稳定系数以及脂溶性系数等指标衡量其理化性质。后对其染色体位置、进化关系、基因结构、组织部位表达模式等进行预测和分析。结果表明,甘蓝型油菜基因组共有53个BnaLACs家族成员,基本为碱性、稳定蛋白,大多数BnaLACs定位在液泡膜和细胞外。基因结构分析发现, BnaLACs结构较为保守。组织部位表达模式分析表明,除花药外, BnaLACs在各组织部位均有表达,其中在根、种子、角果皮和茎秆中表达量较高。分析茎秆中BnaLAC4s表达模式发现,BnaA05G0074200ZS与甘蓝型油菜抗倒性显著相关;单倍型分析表明,包含BnaA05G0074200ZS两种单倍型的品系间抗倒性、木质素含量均存在显著差异。研究结果将为进一步解析甘蓝型油菜漆酶基因家族功能及茎秆抗倒伏机制奠定基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 漆酶 进化 表达模式 单倍型 抗倒性
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野生二粒小麦AP2家族基因鉴定与表达模式分析
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作者 刘涛 曹启彬 +3 位作者 卫科旭 张艳 聂小军 童维 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期24-36,共13页
AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位... AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统进化树、保守结构域、基因扩增、顺式作用元件、密码子偏好性、表达模式和遗传多样性分析。结果表明,在野生二粒小麦中共鉴定到265个AP2基因,主要定位在细胞核和叶绿体中。根据系统进化树将其分为3个亚族,各亚族之间的保守结构域和基因结构存在保守性与多样性。AP2含有多个与生长发育和非生物胁迫相关的顺式作用元件。AP2基因的密码子偏好性可能受到压力选择作用。从AP2基因的表达模式看,该家族成员可能发生了亚功能化,且对盐胁迫响应有重要作用。通过对不同小麦群体中核酸多样性和分化指数分析,AP2基因部分成员在野生二粒小麦中具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 野生二粒小麦 AP2基因 进化分析 表达模式 遗传多样性
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论政务新媒体语用表达模式的矛盾性
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作者 赵庆龄 《黄冈师范学院学报》 2025年第1期44-51,共8页
近十年来,中国已形成了全球最大的政务新媒体传播格局。政务新媒体语用表达模式呈现了与传统政务传播手段不同的诸多特征,即鲜明的“合意性”和“互动性”,这两点特征使得政务新媒体语用表达模式呈现了显著的矛盾性。具体表现在三个层面... 近十年来,中国已形成了全球最大的政务新媒体传播格局。政务新媒体语用表达模式呈现了与传统政务传播手段不同的诸多特征,即鲜明的“合意性”和“互动性”,这两点特征使得政务新媒体语用表达模式呈现了显著的矛盾性。具体表现在三个层面:语用语境层面“政治性”和“娱乐性”的矛盾,语用主体上官方话语和民间话语权的矛盾,话语内容上新闻报道“客观性”和形象构建“宣传性”的矛盾。理想的政务新媒体语用表达模式应是:在语境构建上凸显“权威+亲和”,在语用主体上强调官民融通的话语主体互动,话语内容上构建“信度+温度”的语用表达模式。 展开更多
关键词 政务新媒体 语用表达模式 矛盾性 构建
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灰毡毛忍冬bZIP25基因的克隆及其表达模式分析 被引量:2
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作者 王珊 曾娟 +6 位作者 谢瑜 周日宝 刘湘丹 童巧珍 龙雨青 陈言 刘小丽 《中南药学》 CAS 2024年第2期335-340,共6页
目的克隆灰毡毛忍冬bZIP25基因序列全长,并进行生信分析及表达模式分析,以初步探索其在灰毡毛忍冬中的生物学功能。方法通过逆转录PCR技术克隆bZIP25基因的序列全长,采用生物信息学分析方法对bZIP25及其编码的蛋白进行分析。运用实时荧... 目的克隆灰毡毛忍冬bZIP25基因序列全长,并进行生信分析及表达模式分析,以初步探索其在灰毡毛忍冬中的生物学功能。方法通过逆转录PCR技术克隆bZIP25基因的序列全长,采用生物信息学分析方法对bZIP25及其编码的蛋白进行分析。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术测定其在茎、叶及七个花期花中的表达水平。结果克隆得到LmbZIP25基因(OR551766),其编码191个氨基酸,具有典型的bZIP家族结构,在bZIP结构域中与其他植物同源性较高。LmbZIP25基因具有组织特异性,在茎中的表达量显著高于花和叶,在七个花期中黄色花蕾期的表达量最高。结论克隆得到LmbZIP25基因全长,分析其在不同器官和不同花期的表达差异,为进一步探索其在灰毡毛忍冬中花发育中的功能奠定了研究基础。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 bZIP25 基因克隆 生物信息学分析 表达模式分析
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苦瓜McMLO11基因克隆及其表达模式分析
5
作者 杜文丽 陈中钐 +2 位作者 许端祥 高山 温庆放 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第7期106-114,共9页
【目的】克隆苦瓜McMLO11基因并研究其在白粉病和非生物胁迫下的表达规律,为阐明其在逆境调控中的作用提供参考。【方法】从苦瓜叶片中克隆McMLO11基因,利用生物信息学对其分子特征进行分析,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,检测McM... 【目的】克隆苦瓜McMLO11基因并研究其在白粉病和非生物胁迫下的表达规律,为阐明其在逆境调控中的作用提供参考。【方法】从苦瓜叶片中克隆McMLO11基因,利用生物信息学对其分子特征进行分析,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,检测McMLO11基因在苦瓜不同组织(茎、卷须、老叶、嫩叶、根)及白粉菌侵染和盐、干旱胁迫下苦瓜真叶中的表达模式。【结果】苦瓜McMLO11基因含有1个1662 bp的开放阅读框(ORF),共编码553个氨基酸;McMLO11属于MLO基因家族,包含典型的Mlo超家族保守结构域。McMLO11蛋白的相对分子质量为63.83 ku,理论等电点为8.53,含7个跨膜域,无信号肽,属于不稳定蛋白;其二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。系统进化树分析表明,McMLO11与黄瓜、南瓜、冬瓜等瓜类的MLO同源性较高。qRT-PCR检测发现,Mc-MLO11基因在苦瓜不同组织中的相对表达量依次表现为茎>卷须>老叶>根>嫩叶;与对照相比,白粉菌侵染后苦瓜叶片中的McMLO11表达量升高,至接种24 h达到峰值,推测其在白粉菌侵染苦瓜的早期产生应答反应;与对照相比,在盐胁迫6 h和干旱胁迫12 h时苦瓜叶片中的McMLO11相对表达量达到峰值,分别为对照的56.7和9.07倍,提示McMLO11基因可积极响应干旱和盐诱导。【结论】成功克隆了苦瓜McMLO11基因,其表达具有组织特异性,该基因可能参与白粉菌胁迫和多种非生物胁迫的调控过程。 展开更多
关键词 苦瓜 McMLO11基因 表达模式 生物信息学 逆境胁迫
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全基因组水平紫花苜蓿WRKY转录因子家族鉴定与表达模式分析 被引量:1
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作者 李显炀 刘昊 +6 位作者 何飞 王雪 李明娜 龙瑞才 康俊梅 杨青川 陈林 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期154-170,共17页
WRKY转录因子是植物中最大的基因家族之一,在植物生长发育以及非生物胁迫过程中发挥重要的作用。目前,WRKY基因家族成员已经在多个植物物种中进行了广泛的研究和分析。然而,WRKY转录因子尚未在四倍体紫花苜蓿全基因组水平上进行鉴定与... WRKY转录因子是植物中最大的基因家族之一,在植物生长发育以及非生物胁迫过程中发挥重要的作用。目前,WRKY基因家族成员已经在多个植物物种中进行了广泛的研究和分析。然而,WRKY转录因子尚未在四倍体紫花苜蓿全基因组水平上进行鉴定与分析。本研究系统鉴定了紫花苜蓿WRKY基因家族成员,并对其在不同胁迫处理下的表达模式进行了分析。结果显示,共有198个WRKY转录因子不均匀分布在紫花苜蓿的32条染色体上,其中7号染色体的数量最多。系统进化树结果显示,WRKY基因家族成员可以分为3个组。在这些WRKY转录因子中,有42个响应盐胁迫,7个响应碱胁迫,19个响应冷胁迫和37个响应干旱胁迫,同时发现MsWRKY154和MsWRKY166可以同时响应盐、干旱、冷以及碱胁迫。本研究的结果可为紫花苜蓿WRKY转录因子的生物学功能深入研究奠定基础,同时可为紫花苜蓿分子育种提供有价值的信息。 展开更多
关键词 WRKY转录因子 紫花苜蓿 表达模式 非生物胁迫
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紫花苜蓿SAUR基因家族的鉴定及其在非生物胁迫中的表达模式研究 被引量:1
7
作者 刘昊 李显炀 +6 位作者 何飞 王雪 李明娜 龙瑞才 康俊梅 杨青川 陈林 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期135-153,共19页
SAUR(small auxin-up RNA)是植物早期响应生长素的一类基因,参与植物生长发育与非生物胁迫响应等一系列生物过程。在拟南芥、水稻、棉花等物种中已经对SAUR基因家族进行了系统鉴定与分析,但是,在世界上最重要的豆科牧草紫花苜蓿中关于S... SAUR(small auxin-up RNA)是植物早期响应生长素的一类基因,参与植物生长发育与非生物胁迫响应等一系列生物过程。在拟南芥、水稻、棉花等物种中已经对SAUR基因家族进行了系统鉴定与分析,但是,在世界上最重要的豆科牧草紫花苜蓿中关于SAUR基因家族的研究尚未开展。本研究利用生物信息学的方法在紫花苜蓿参考基因组共鉴定到433个MsSAUR成员,并对其基因组位置、基因结构、启动子顺式作用元件以及不同组织中的表达模式进行了分析。同时,利用紫花苜蓿在不同非生物胁迫下的转录组数据,发现有5、11、19以及12个MsSAUR成员分别响应干旱、盐、冷以及碱胁迫,MsSAUR14/94/254可以同时响应干旱和盐胁迫,MsSAUR297可以同时响应干旱、盐以及碱胁迫,MsSAUR306可以同时响应干旱、盐以及冷胁迫。本研究结果可为后期通过基因工程技术创制高产抗逆新种质提供重要的候选基因。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 SAUR基因 全基因组鉴定 非生物胁迫 表达模式
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金银花光形态建成因子LjCOP1基因克隆及表达模式分析 被引量:1
8
作者 宛燕 周晓春 +5 位作者 房海灵 林沂 亓希武 于盱 陈泽群 梁呈元 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1290-1299,共10页
光是影响植物生长发育及次生代谢合成的最重要的环境因子之一,COP1 E3连接酶是光信号转导的分子开关。该研究基于金银花转录组数据库,从金银花(Lonicera japonica Thunb.)中克隆得到LjCOP1基因,并对其进行生物信息学及表达模式分析。结... 光是影响植物生长发育及次生代谢合成的最重要的环境因子之一,COP1 E3连接酶是光信号转导的分子开关。该研究基于金银花转录组数据库,从金银花(Lonicera japonica Thunb.)中克隆得到LjCOP1基因,并对其进行生物信息学及表达模式分析。结果表明,该基因包含13个外显子,编码区(CDS)长度为2034 bp,编码677个氨基酸残基。多序列比对显示,LjCOP1与其他植物COP1序列具有较高保守性,均包含环形锌指结合域、卷曲螺旋形和WD40重复序列等特殊结构域。基于SWISS-MODEL对金银花LjCOP1基因进行的蛋白结构预测显示其与拟南芥AtCOP1在蛋白质三级结构层面高度保守。启动子顺式作用元件分析表明,LjCOP1启动子序列中含有大量激素响应元件、光响应元件和胁迫响应元件。系统发生分析表明,LjCOP1与莴笋LsCOP1基因亲缘关系较近。表达模式分析显示,LjCOP1在金银花不同部位及花发育时期均有表达,且在叶中高量表达。与黑暗条件相比,白光下LjCOP1基因表达丰度最高,且对黑暗转蓝光响应更强烈。 展开更多
关键词 金银花 LjCOP1基因 表达模式
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黄瓜AP2/ERF基因家族全基因组鉴定及表达模式分析 被引量:1
9
作者 杨巍 赵丽芬 +3 位作者 杨娟 李飞 王天文 邓英 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期127-143,共17页
【目的】在黄瓜全基因组中鉴定APETALA2/ethylene responsive factor(AP2/ERF)基因家族,分析其基因结构与功能及表达模式,为该家族基因在黄瓜生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对CsaAP2/ERF家族进行鉴定... 【目的】在黄瓜全基因组中鉴定APETALA2/ethylene responsive factor(AP2/ERF)基因家族,分析其基因结构与功能及表达模式,为该家族基因在黄瓜生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对CsaAP2/ERF家族进行鉴定,并分析该家族成员的理化性质、结构与功能、蛋白互作关系、进化关系和表达模式。【结果】黄瓜全基因组中鉴定出148个AP2/ERF家族成员,根据同源性分为5个亚族:AP2、ERF、DREB、RAV和Soloist,各亚族成员的基因结构与保守基序相似。CsaAP2-11和CsaAP2-15是蛋白互作网络的核心蛋白,与多个蛋白质存在互作关系。共线性分析显示:CsaAP2/ERF与南瓜同源基因进化关系最为相近。在逆境胁迫(冷、热、盐)下,CsaAP2-15、CsaAP2-18、CsaERF-31、CsaERF-54、CsaERF-64、CsaERF-65、CsaDERB-37、CsaDREB-38、CsaDREB-45等基因的表达量发生显著变化。【结论】本研究对黄瓜AP2/ERF家族成员进行系统鉴定和特征分析,并分析了其在多种胁迫下的表达模式,为该家族基因的生物学功能研究与培育抗逆黄瓜新品种提供了理论基础。 展开更多
关键词 黄瓜 AP2/ERF转录因子 生物信息学 表达模式
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紫花苜蓿NAC基因家族鉴定及在非生物胁迫下的表达模式分析 被引量:1
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作者 邹苇鹏 翟佳兴 +5 位作者 李迪娜 黄洁琼 郭康杰 岑慧芳 朱慧森 许涛 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2440-2458,共19页
NAC是植物特有转录因子,在调控植物生长发育及响应非生物胁迫等方面发挥作用。为挖掘紫花苜蓿(Medicago sativa)响应干旱等非生物胁迫的NAC转录因子,本研究利用生物信息学方法在‘中苜4号’紫花苜蓿基因组中鉴定出143个NAC家族转录因子... NAC是植物特有转录因子,在调控植物生长发育及响应非生物胁迫等方面发挥作用。为挖掘紫花苜蓿(Medicago sativa)响应干旱等非生物胁迫的NAC转录因子,本研究利用生物信息学方法在‘中苜4号’紫花苜蓿基因组中鉴定出143个NAC家族转录因子。研究表明,紫花苜蓿MsNAC基因在染色体上不均匀分布,MsNAC基因存在片段重复,并与大豆(Glycine max(Linn.)Merr.)、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)存在共线性关系,基因保守基序及基因结构分析表明MsNAC基因多数含有Motif1,Motif3保守基序及3~6个外显子。大多数MsNAC蛋白定位于细胞核中。系统进化树分析结果表明MsNACs聚类为8个亚家族。顺式作用元件分析表明MsNAC基因含有响应干旱及脱落酸、生长素等顺式作用元件。荧光定量分析结果显示部分MsNAC基因响应干旱、盐胁迫及脱落酸处理,大部分MsNAC候选基因在干旱、盐及ABA处理后上调表达。本研究结果可为紫花苜蓿抗旱、耐盐分子育种提供候选基因。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 NAC 转录因子 生物信息学 非生物胁迫 表达模式
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枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析 被引量:1
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作者 张亚婕 黄玉静 +6 位作者 姚佳 曹懂懂 李君毅 王梦丽 李萌 李继东 冯建灿 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期936-945,共10页
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序... 【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序列为探针,使用生物信息学方法筛选得到枣DCL家族成员,分析其染色体位置、基因及蛋白结构、系统进化和保守基序特征,对枣DCL基因家族成员在枣疯病发生过程中的转录组数据进行分析,并对各成员在枣疯病发生过程中的动态进行实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)定量。【结果】以4个拟南芥DCL蛋白为探针,注释了11个枣DCL成员(ZjDCLs),其蛋白分子质量范围为15 217.48~225 623.49 D,等电点为5.82~9.05。11个枣DCL基因不均匀分布在6条枣染色体上,其中1号染色体上的最多。根据和拟南芥4个DCL的进化关系可将11个枣DCL成员分为4类。基因结构分析表明,ZjDCL3和ZjDCL7外显子数量最多为25个,保守基序分析表明,枣DCL的结构较为保守。转录组数据分析表明,10个枣DCL基因在枣疯病发生过程中有表达,ZjDCL6在第Ⅳ个时期的表达量最高,qRT-PCR定量分析表明,ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在不同时期健康树和病树之间差异变化较大。【结论】枣基因组中有11个DCL基因家族成员,结构较为保守,其中ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在枣响应植原体侵染中起重要作用。 展开更多
关键词 枣疯病 植原体 DCL基因家族 植物防御 表达模式
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普通烟草KCS基因家族的鉴定及非生物胁迫表达模式分析 被引量:2
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作者 郭存 刘晓姗 +11 位作者 李志远 李浩昊 段柯帆 郑吉云 田华 王瑗申 商暾 叶柯妤 孙晋浩 李东徽 貊志杰 李尊强 《中国烟草学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期61-70,共10页
【目的】为探究烟草KCS基因在非生物胁迫下所起的作用。【方法】采用生物信息学方法对烟草KCS基因进行系统进化、共线性和表达模式等分析。【结果】从普通烟草中鉴定出41个KCS基因;拟南芥和新鉴定的烟草KCS基因可划分为8个亚组,大部分... 【目的】为探究烟草KCS基因在非生物胁迫下所起的作用。【方法】采用生物信息学方法对烟草KCS基因进行系统进化、共线性和表达模式等分析。【结果】从普通烟草中鉴定出41个KCS基因;拟南芥和新鉴定的烟草KCS基因可划分为8个亚组,大部分亚组均含拟南芥和烟草成员;10个NtKCS成员源自全基因组复制事件,NtKCS10和NtKCS11是AtKCS02的同源基因,可能具有相似的生物学功能;普通烟草KCS基因启动子含多个与胁迫相关的顺式作用元件,其成员的表达具有一定的组织特异性;在盐和干旱胁迫下,NtKCS09、NtKCS11和NtKCS16表达量均有提高,可能参与烟草胁迫响应等信号传导过程。【结论】本研究对普通烟草KCS家族成员进行了系统的鉴定与分析,为深入研究烟草KCS家族基因的生物学功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 烟草 KCS基因 系统进化 表达模式 非生物胁迫
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空心莲子草SOD基因家族鉴定和表达模式分析 被引量:1
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作者 韩硕 韩晓文 +3 位作者 胡义锋 陈中义 朱永兴 尹军良 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期102-116,共15页
超氧化物歧化酶(SOD)是一类保守的抗氧化酶,在植物生长发育和胁迫应答响应过程中发挥重要作用。目前,尚缺乏对空心莲子草SOD家族成员的系统认识。本研究通过生物信息学对空心莲子草SOD基因家族进行了系统的鉴定及分析,并对其理化性质、... 超氧化物歧化酶(SOD)是一类保守的抗氧化酶,在植物生长发育和胁迫应答响应过程中发挥重要作用。目前,尚缺乏对空心莲子草SOD家族成员的系统认识。本研究通过生物信息学对空心莲子草SOD基因家族进行了系统的鉴定及分析,并对其理化性质、保守基序、基因结构、系统发育进化关系、miRNA靶向关系和表达模式等进行了分析。结果表明,在空心莲子草中共鉴定到43个ApSOD,其中22个属于Cu/ZnSOD亚家族,21个属于Fe/MnSOD亚家族;蛋白质特征分析表明,36个ApSOD蛋白为亲水蛋白,37个ApSOD蛋白为稳定蛋白;亚细胞定位预测发现,大部分Cu/ZnSOD定位在叶绿体或细胞质,大多数Fe/MnSOD定位在线粒体。保守结构域分析发现,同亚家族中的成员具有相似的保守基序与基因结构。miRNA靶向关系预测发现,17个空心莲子草miRNA通过切割或翻译抑制作用靶向14个ApSODs。表达模式分析发现,ApSODs在不同环境条件和组织中表达水平相对稳定。利用RT-qPCR分析了6个ApSODs在除草剂处理下的表达模式,结果表明,在噁草酮和氯氟吡氧乙酸胁迫下,6个ApSODs在药后7 d内显著上调表达;在乙羧氟草醚胁迫下,4个ApSODs随着处理时间的延长表达量呈先上升后下降再回升的趋势;在草甘膦胁迫下,6个ApSODs在7 d时显著上调表达;在异丙隆胁迫下,4个ApSODs在1 d时均显著下调表达。说明在除草剂胁迫下ApSODs表现出不同的表达模式。本研究对空心莲子草ApSOD家族成员进行系统鉴定和特征分析,并初步揭示了6个基因在除草剂胁迫下的表达特征,为进一步研究ApSODs在响应除草剂胁迫中的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 超氧化物歧化酶 空心莲子草 表达模式分析 除草剂
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普通烟草GRAS基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 孙晋浩 吴昌健 +9 位作者 管恩森 熊党安 周天宇 陈悦 刘晓姗 赵清海 王大海 李志远 马志远 田震 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2024年第4期7-18,共12页
GRAS转录因子是植物中特有的转录因子,在植物的生长发育、信号转导、生物和非生物胁迫响应中均起着重要作用。本研究利用生物信息学手段从普通烟草基因组中鉴定得到了95个烟草GRAS基因,其中有50个GRAS家族成员不均匀地分布在20条染色体... GRAS转录因子是植物中特有的转录因子,在植物的生长发育、信号转导、生物和非生物胁迫响应中均起着重要作用。本研究利用生物信息学手段从普通烟草基因组中鉴定得到了95个烟草GRAS基因,其中有50个GRAS家族成员不均匀地分布在20条染色体上。从系统进化、共线性和表达模式等方面对烟草GRAS基因家族成员进行了深入分析。结果表明,烟草GRAS基因可划分为8个亚家族,共有26个烟草GRAS成员源自全基因组复制事件,与拟南芥GRAS基因之间预测到16个共线性基因对。GRAS基因家族成员的表达具有一定的组织特异性,其启动子含有多个与生长发育、信号转导和胁迫相关的顺式作用元件,且部分成员响应盐和干旱胁迫,暗示其可能参与烟草胁迫响应等信号传导过程。本研究将为深入研究烟草GRAS家族基因的生物学功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 烟草 GRAS 基因复制 表达模式 非生物胁迫
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马铃薯通用应激蛋白StUSP基因家族的鉴定及逆境表达模式分析
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作者 王泽民 田渺 +5 位作者 侯乐乐 晋昕 张国栋 杨江伟 张宁 司怀军 《干旱地区农业研究》 CSCD 北大核心 2024年第1期32-42,共11页
在全基因组和转录组水平系统鉴定马铃薯USP通用应激蛋白基因家族,并对该家族成员的基本特征及其在不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。同时以马铃薯干旱耐受型品种‘陇薯10号’(L)和干旱敏感型品种‘大西洋’(D)为试验材料,利用高通量... 在全基因组和转录组水平系统鉴定马铃薯USP通用应激蛋白基因家族,并对该家族成员的基本特征及其在不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。同时以马铃薯干旱耐受型品种‘陇薯10号’(L)和干旱敏感型品种‘大西洋’(D)为试验材料,利用高通量测序全面分析StUSP家族成员在干旱胁迫下的表达特性,筛选干旱胁迫关键差异表达基因。结果表明:马铃薯基因组中共有42个基因编码含有USP结构域的蛋白质,在11条染色体上不对称分布,且主要分布在1~6号染色体上。绝大多数StUSPs含有多个内含子。胁迫表达分析显示StUSPs能够响应多种非生物胁迫,且在干旱耐受性不同的马铃薯品种中差异表达。同时,利用qRT-PCR分析了12个成员干旱胁迫下表达模式,除StUSP12、StUSP22下调表达外,其余10个基因均正响应干旱胁迫。 展开更多
关键词 马铃薯 USP基因家族 鉴定 逆境 干旱胁迫 表达模式
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蓖麻ZF-HD基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 徐兴源 黄凤兰 +3 位作者 张春兰 朱梦洋 崔志宇 刘鹏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1915-1926,共12页
【目的】对蓖麻ZF-HD家族基因进行鉴定,并对其成员进行序列分析、系统进化分析、启动子及表达模式分析,为进一步研究蓖麻中ZF-HD基因的功能提供参考。【方法】以蓖麻全基因组数据为基础,从中鉴定出ZFHD基因,并进行生物信息学分析和非生... 【目的】对蓖麻ZF-HD家族基因进行鉴定,并对其成员进行序列分析、系统进化分析、启动子及表达模式分析,为进一步研究蓖麻中ZF-HD基因的功能提供参考。【方法】以蓖麻全基因组数据为基础,从中鉴定出ZFHD基因,并进行生物信息学分析和非生物胁迫下的表达分析。【结果】从蓖麻中共鉴定到13个ZF-HD基因家族成员,该基因家族成员不均匀分布在Chr1-Chr10上,13个RcZF-HD蛋白均为亲水性不稳定蛋白,亚细胞定位于细胞核。RcZF-HD基因家族聚类为3个亚簇,且每簇基因数不同,基因结构具有簇内保守性和簇间多样性。Rc-ZF-HD基因家族成员具有大量组织特异性元件、应激响应元件和激素响应元件。ZF-HD基因广泛响应非生物胁迫,且表达具有组织特异性。【结论】在蓖麻中一共鉴定出13个ZF-HD基因。研究发现蓖麻ZF-HD基因家族成员在应对非生物胁迫时起重要作用,能够为蓖麻的抗逆性研究提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 蓖麻 RcZF-HD基因家族 生物信息学 非生物胁迫 表达模式
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保幼激素环氧水解酶基因在蠋蝽滞育过程中的表达模式及其功能研究
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作者 王胜男 张茂森 +5 位作者 周磊 井晓宇 张洪志 李玉艳 吴惠惠 张礼生 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第6期43-51,共9页
保幼激素(juvenile hormone,JH)缺乏是引发昆虫生殖滞育的主要原因,保幼激素环氧水解酶(JHEH)作为JH的主要降解酶,通过调控JH滴度水平在昆虫滞育中发挥重要作用。为研究JHEH在蠋蝽生殖滞育中的调控功能,克隆获得了蠋蝽JHEH基因(AcJHEH)... 保幼激素(juvenile hormone,JH)缺乏是引发昆虫生殖滞育的主要原因,保幼激素环氧水解酶(JHEH)作为JH的主要降解酶,通过调控JH滴度水平在昆虫滞育中发挥重要作用。为研究JHEH在蠋蝽生殖滞育中的调控功能,克隆获得了蠋蝽JHEH基因(AcJHEH),该基因编码452个氨基酸,具有典型环氧水解酶结构特征,无跨膜结构域,存在1个信号肽位点。同源性及系统进化分析结果表明,AcJHEH在不同物种间具有较高保守性,与茶翅蝽(Halyomorpha halys)的JHEH相似性较高,达65.46%。利用RT-qPCR技术测定了AcJHEH在蠋蝽不同组织及滞育不同时期的表达量,发现AcJHEH表达量在滞育诱导期先下降后升高,滞育诱导20 d时表达量最低;滞育初期(诱导40 d)表达量最高,滞育维持期(诱导50~60 d)的表达量稳定在较高水平,与成虫初羽化时水平接近。AcJHEH在滞育蠋蝽的头部表达量最高,其次是中后肠和脂肪体,在卵巢中表达量最低。利用RNAi敲降蠋蝽初羽化成虫的JHEH基因表达后,雌虫体内的卵黄蛋白原(vitelliogenin,Vg)基因表达量上升,卵黄沉积明显,推测滞育诱导期高表达的JHEH基因可能通过抑制Vg基因的表达,抑制卵黄蛋白沉积和卵巢发育,从而促进蠋蝽的生殖滞育。本研究结果为解析JHEH在生殖滞育中的调控作用提供了参考依据。 展开更多
关键词 蠋蝽 生殖滞育 保幼激素环氧水解酶 基因表达模式 基因功能
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大豆TrxG基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 姜玲 阳小凤 +2 位作者 彭明 顾小燕 周虹 《广西植物》 CSCD 北大核心 2024年第12期2222-2231,共10页
为探究TrxG(trithorax group)基因在大豆中的分布及响应大豆非生物胁迫的调控机制,该文通过生物信息学方法和实时荧光定量PCR技术对大豆GmTrxG基因家族成员的理化性质、系统进化关系、结构域组成、基因表达情况进行了分析。结果表明:(1... 为探究TrxG(trithorax group)基因在大豆中的分布及响应大豆非生物胁迫的调控机制,该文通过生物信息学方法和实时荧光定量PCR技术对大豆GmTrxG基因家族成员的理化性质、系统进化关系、结构域组成、基因表达情况进行了分析。结果表明:(1)在大豆中共鉴定到15个GmTrxG基因家族成员,编码氨基酸长度为982~2394 aa的亲水性蛋白。(2)GmTrxG蛋白成员可被细分为3个亚族,并且每个亚族成员均含有1个SET结构域。(3)绝大多数GmTrxG基因在大豆茎尖、叶、花中的表达量较高。(4)GmSDG2a/b/c/d基因在高温、干旱胁迫下持续高表达;GmSDG2b/c和GmSDG14c受低温胁迫诱导表达;GmSDG2a/b、GmSDG14c和GmSDG25a/b受盐害胁迫表达上调。(5)大多数GmTrxG基因在茉莉酸(JA)和水杨酸(SA)激素处理下表达上调。由此可见,GmTrxG基因受到不同非生物胁迫的差异调控,成员GmSDG2a/b/c/d、GmSDG14c和GmSDG25a/b可能在大豆非生物胁迫响应中发挥重要作用。该研究结果为进一步探究大豆GmTrxG基因家族成员的生物学功能提供了科学依据。 展开更多
关键词 大豆 GmTrxG 基因家族 非生物胁迫 激素诱导 表达模式
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中华按蚊CCE家族基因的表达模式分析
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作者 辜昕尧 司风玲 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期318-326,共9页
【目的】羧酸酯酶(carboxylesterases,CCEs)是一类重要的水解酶超家族,参与昆虫体内各种外源物质的代谢过程。本研究利用不同发育阶段、不同组织和吸血前后中华按蚊Anopheles sinensis的转录组数据分析CCE基因表达模式,为进一步研究CCE... 【目的】羧酸酯酶(carboxylesterases,CCEs)是一类重要的水解酶超家族,参与昆虫体内各种外源物质的代谢过程。本研究利用不同发育阶段、不同组织和吸血前后中华按蚊Anopheles sinensis的转录组数据分析CCE基因表达模式,为进一步研究CCEs在不同生理过程中的潜在功能奠定基础。【方法】以前期从中华按蚊实验室品系转录组数据库中筛选出的50个CCE基因,利用生物信息学分析其在中华按蚊不同发育阶段(卵、1-4龄幼虫、雄蛹、雌蛹、雄成蚊和雌成蚊)、成蚊不同组织(触角、唾液腺、中肠、马氏管、精巢、卵巢、表皮和脂肪体)中以及雌成蚊吸血前和吸血后不同时间(1,3,6,12,24和48 h)的表达模式。【结果】CCE基因主要在幼虫或成蚊阶段高表达或特异性表达;AsAe12,AsAe4和AsBe4在所有发育阶段均高表达。CCE基因的表达具有组织特异性,主要集中在成蚊触角、表皮和精巢中表达;此外,5个CCE基因(AsAe13,AsAe12,AsAe6,AsAe4和AsBe4)在成蚊中肠、马氏管和脂肪体中均高表达,可能与这些解毒器官代谢异生物有关。在雌成蚊吸血后,大多数CCE基因的表达量发生了变化,它们的表达模式也存在差异,这表明血液消化是一个复杂的过程。【结论】本研究结果丰富了中华按蚊CCE基因的知识,为深入探究CCE家族基因在中华按蚊生长发育中的的潜在功能提供有价值的参考。 展开更多
关键词 中华按蚊 羧酸酯酶 表达模式 发育阶段 组织 吸血
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不同水稻品种OsVDAC8的表达模式比较与亚细胞定位分析
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作者 蒋晓涵 覃永华 +2 位作者 刘学群 李开 王春台 《安徽农业科学》 CAS 2024年第4期81-86,共6页
[目的]研究OsVDAC8的理化性质和表达模式,为探究OsVDAC8的功能提供基础。[方法]用生物信息学分析OsVDAC8的结构特征及表达谱,然后通过定量PCR对3个不同水稻品种日本晴(NIP)、粤泰A(YTA)、粤泰B(YTB)不同发育时期的不同组织中OsVDAC8的... [目的]研究OsVDAC8的理化性质和表达模式,为探究OsVDAC8的功能提供基础。[方法]用生物信息学分析OsVDAC8的结构特征及表达谱,然后通过定量PCR对3个不同水稻品种日本晴(NIP)、粤泰A(YTA)、粤泰B(YTB)不同发育时期的不同组织中OsVDAC8的表达模式进行分析,并通过BiFC对亚细胞定位进行验证。[结果]OsVDAC8编码区全长1014 bp,编码337 aa,生物信息学分析结果显示,OsVDAC8是具有1个结构域的稳定的定位于线粒体的亲水蛋白,通过11次跨膜形成特异的桶状结构。在ATG上游含有13个与水稻生长发育及胁迫应答相关的顺式作用元件。RiceXPro和MSU Rice Genome Annotation Project水稻基因表达数据库分析结果表明,NIP中OsVDAC8在生殖生长期的茎和花序出现前后幼穗中表达水平最高,在胚乳和根中的表达量较低。对NIP、YTA、YTB 3个水稻品种中OsVDAC8的表达谱分析结果显示,OsVDAC8在3个水稻品种四叶期的叶鞘表达水平都非常高,在花粉内容物充实期都很低,但幼穗发育的不同时期3个品种中表达水平差异很大,NIP中幼穗发育的整个时期表达量比较稳定,YTB中表达量较低,而在YTA幼穗发育的中后期表达水平逐渐下降。亚细胞定位结果显示,OsVDAC8定位于线粒体,与预测结果一致。[结论]OsVDAC8在3个水稻品种中表达模式不同,YTB中整个幼穗发育过程中表达量较低,YTA幼穗发育的中后期表达水平逐渐下降,而NIP中幼穗发育的整个时期表达量都比较稳定。OsVDAC8定位于线粒体。 展开更多
关键词 水稻 OsVDAC8 表达模式 亚细胞定位
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