期刊文献+
共找到30篇文章
< 1 2 >
每页显示 20 50 100
多尺度动力学模拟揭示偶氮苯光异构化引发的多肽折叠与解折叠的分子机理
1
作者 杨金龙 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第4期807-808,共2页
偶氮苯是最常见的分子光开关单元之一,由于其独特的光物理和光化学性质,在过去的十多年间,在多个领域引起了大量的关注和研究1,2。最近,实验学家发现嵌入蛋白和多肽体系的偶氮苯可以通过光异构化调控蛋白和多肽的折叠和解折叠过程,从而... 偶氮苯是最常见的分子光开关单元之一,由于其独特的光物理和光化学性质,在过去的十多年间,在多个领域引起了大量的关注和研究1,2。最近,实验学家发现嵌入蛋白和多肽体系的偶氮苯可以通过光异构化调控蛋白和多肽的折叠和解折叠过程,从而改变蛋白的二级结构的成分和比例,调节生物体系的物理及化学性质等3,4。这一类光触发的蛋白和多肽构象变化在医学、酶催化等领域已有重要应用5。 展开更多
关键词 解折叠 光异构化 偶氮苯 动力学模拟 光化学性质 微观机制 二级结构 构象变化 光物理 生物体系
下载PDF
钙离子调控微丝切割蛋白中A6亚基解折叠的单分子力谱研究 被引量:1
2
作者 李鹏飞 曹毅 +1 位作者 秦猛 王炜 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第19期210-216,共7页
在生命活动中,金属离子扮演了非常重要的角色.微丝切割蛋白(adseverin)需要钙离子的活化才能行使其切割肌动蛋白微丝的功能.本文通过基于原子力显微镜的单分子力谱研究了微丝切割蛋白C端末的A6亚基在结合钙离子前后的力学解折叠机理.实... 在生命活动中,金属离子扮演了非常重要的角色.微丝切割蛋白(adseverin)需要钙离子的活化才能行使其切割肌动蛋白微丝的功能.本文通过基于原子力显微镜的单分子力谱研究了微丝切割蛋白C端末的A6亚基在结合钙离子前后的力学解折叠机理.实验结果显示:在未结合钙离子时,A6的解折叠表现为两态过程;在结合钙离子后A6力学稳定性显著提高;同时,钙离子的结合使得A6解折叠过程中出现稳定的中间态.通过对中间态的链长的分析,我们推测了中间态对应着A6的N端部分解折叠.而这一部分的解折叠可以使得掩藏在该结构后的A5亚基中肌动蛋白微丝结合位点暴露,从而促使微丝切割蛋白执行功能.我们的实验结果为理解微丝切割蛋白的工作原理提供了新的实验证据. 展开更多
关键词 微丝切割蛋白 单分子力谱 解折叠 中间态
下载PDF
不同解折叠状态鸡心脱血红素细胞色素c分子的表面性质
3
作者 童俊超 杨福愉 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1994年第4期567-572,共6页
脱血红素细胞色素c的构象与其跨膜转运能力是密切相关的。鸡心脱血红素细胞色素c具有较强的自发折叠的能力,在一定条件下可以得到不同解折叠状态的鸡心脱血红素细胞色素c。本文利用疏水层析、与疏水探针1,8—ANS的结合以及色... 脱血红素细胞色素c的构象与其跨膜转运能力是密切相关的。鸡心脱血红素细胞色素c具有较强的自发折叠的能力,在一定条件下可以得到不同解折叠状态的鸡心脱血红素细胞色素c。本文利用疏水层析、与疏水探针1,8—ANS的结合以及色氨酸与结合的ANS之间的荧光共振能量转移,比较了不同解折叠状态的鸡心脱血红素细胞色素c分子的表面性质。结果表明,部分折叠的鸡心脱血红素细胞色素c分子获得了一种高度动态的结构,形成了动态的疏水核心;同时,它也具有较强的凝集倾向。这些性质与鸡心脱血红素细胞色素c分子较强的自发折叠能力是一致的,为进一步分析鸡心脱血红素细胞色素c分子的构象及其在跨膜转运过程中与脂的相互作用奠定了基础。 展开更多
关键词 鸡心 脱血红素 细胞色素C 解折叠状态
下载PDF
小型类胰岛素生长因子-1的制备及其体外解折叠的初步研究
4
作者 刘弈岩 赵杰 +2 位作者 程龙霄 唐月华 冯佑民 《浙江理工大学学报(自然科学版)》 2009年第5期782-785,共4页
构建mini-IGF-1作为IGF-1的模型肽,利用酿酒酵母高效表达系统表达,并对模型肽进行分离纯化。利用二硫键稳定性测试,得到在[GSH/GSSG]为30/1和40/1条件时mini-IGF-1体外解折叠中间体最多。采用[GSH/GSSG]为30/1的比例对mini-IGF-1进行体... 构建mini-IGF-1作为IGF-1的模型肽,利用酿酒酵母高效表达系统表达,并对模型肽进行分离纯化。利用二硫键稳定性测试,得到在[GSH/GSSG]为30/1和40/1条件时mini-IGF-1体外解折叠中间体最多。采用[GSH/GSSG]为30/1的比例对mini-IGF-1进行体外解折叠,通过对mini-IGF-1解折叠过程中间体的分析,得出mini-IGF-1解折叠和重折叠的过程是可逆的结论。 展开更多
关键词 小型类胰岛素生长因子-1 纯化 解折叠 中间体
下载PDF
借力空间向量法,巧解折叠问题
5
作者 魏孝菊 《高中数理化》 2022年第23期64-65,共2页
处理立体几何中有关折叠问题的关键是抓住折叠前后两个图形的特征关系,厘清哪些量发生了变化,哪些量没有发生变化,然后充分利用空间向量法,化繁为简,这样可以有效降低试题难度.显然,解题的起点是考查空间想象能力,落点是考查数学运算求... 处理立体几何中有关折叠问题的关键是抓住折叠前后两个图形的特征关系,厘清哪些量发生了变化,哪些量没有发生变化,然后充分利用空间向量法,化繁为简,这样可以有效降低试题难度.显然,解题的起点是考查空间想象能力,落点是考查数学运算求解能力. 展开更多
关键词 化繁为简 立体几何 解折叠 折叠问题 试题难度 运算求能力 空间想象能力 空间向量法
下载PDF
蛋白质解折叠的拉伸分子动力学模拟效率优化
6
作者 许超 郑斌 +1 位作者 李森淼 郑鹏 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1608-1616,共9页
拉伸分子动力学(SMD)模拟是揭示生物大分子在机械力作用下行为的一种重要计算方法,与蛋白质展开的单分子力谱实验技术相似.尽管SMD模拟已经广泛应用,但由于模拟大分子系统的计算需求,研究范围受到限制.最近计算机硬件的技术进步使得更... 拉伸分子动力学(SMD)模拟是揭示生物大分子在机械力作用下行为的一种重要计算方法,与蛋白质展开的单分子力谱实验技术相似.尽管SMD模拟已经广泛应用,但由于模拟大分子系统的计算需求,研究范围受到限制.最近计算机硬件的技术进步使得更广泛且经济的模拟成为可能.本研究基于白细胞介素-6(IL-6)的解折叠过程,寻找使用GROMACS进行SMD模拟的最佳硬件配置.研究表明,目前八核中央处理器(CPU)与一块图形处理器(GPU)的配置能提供最高效的性能.此外,具有更高频率的CPU和更强FP32计算能力的GPU可以显著提升模拟效果.此外,模拟体系原子数与模拟效率呈负相关,体系原子数小于1.2×10^(7)时这种相关性较为明显.本研究不仅明确了进行蛋白质展开的SMD模拟的最佳硬件设置,还将这种详细分子研究的可行性扩展到更广泛的研究中,为分子水平理解力学机制提供了一条更高效的途径,也为未来理解和研究更复杂的高分子在力学作用下的行为提供了重要基础. 展开更多
关键词 分子动力学模拟 蛋白质解折叠 效率优化
原文传递
巧用勾股 妙解折叠
7
作者 蔡拥慧 华先锋 《初中生天地》 2024年第12期32-35,共4页
近几年来,图形折叠问题频繁出现在各种考试中.解决这类问题的关键是弄清折叠问题的本质,即折叠前后的两个图形关于折痕所在的直线成轴对称,这两个图形是全等图形,折叠前后的对应边相等、对应角相等,折叠前后的对应点之间的线段被折痕所... 近几年来,图形折叠问题频繁出现在各种考试中.解决这类问题的关键是弄清折叠问题的本质,即折叠前后的两个图形关于折痕所在的直线成轴对称,这两个图形是全等图形,折叠前后的对应边相等、对应角相等,折叠前后的对应点之间的线段被折痕所在直线垂直平分. 展开更多
关键词 对应边 对应点 折痕 解折叠 折叠问题 全等图形
原文传递
巧解折叠问题
8
作者 熊晓庆 《初中生辅导》 2023年第15期53-55,共3页
折叠问题是近几年中考的热点,在各省市的数学中考题中常看到它的身影,这类问题的实质是图形的轴对称变换,只要把握住关键点,结合勾股定理、三角形全等、三角形相似、方程等,便不难解决.
关键词 轴对称变换 三角形相似 勾股定理 解折叠 折叠问题 三角形全等 中考 数学中考题
原文传递
盐酸胍诱导八肋游仆虫中心蛋白与XPC肽复合物的解折叠 被引量:4
9
作者 石恩娴 张敏 +3 位作者 李婷婷 田青平 谢茵 杨斌盛 《分子科学学报》 CAS 北大核心 2019年第3期203-208,共6页
为探索真核生物核苷酸切除修复的可能性,选择人着色性干皮病(XPC)包含中心蛋白结合的多肽为研究对象,采用圆二色谱(CD)、荧光光谱与等温滴定量热法(ITC)对八肋游仆虫中心蛋白(EoCen)的靶肽结合进行了构象与热力学表征.结果表明C端结构域... 为探索真核生物核苷酸切除修复的可能性,选择人着色性干皮病(XPC)包含中心蛋白结合的多肽为研究对象,采用圆二色谱(CD)、荧光光谱与等温滴定量热法(ITC)对八肋游仆虫中心蛋白(EoCen)的靶肽结合进行了构象与热力学表征.结果表明C端结构域是XPC结合的关键位点,XPC发生构象变化由无规则状态转变为α-螺旋,色氨酸残基镶嵌在C端EF-手形成的疏水腔中,靶肽识别是放热反应,焓变对吉布斯自由能的贡献很大.盐酸胍诱导EoCen-XPC复合物的解折叠机理,并不是使复合物解离,而是使容纳XPC的C端疏水腔瓦解,XPC游离出来. 展开更多
关键词 八肋游仆虫中心蛋白 靶肽识别 结构基元 盐酸胍 解折叠
原文传递
蛋白质多态解折叠行为与稳定性Ⅱ:酶的多态解折叠行为 被引量:1
10
作者 杨斌盛 名洁 宋珍 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期646-653,共8页
基于结构基元模型,进一步假设,由n个结构基元组成的蛋白酶,其活性中心由na(na?n)个结构基元组成,酶活性仅与组成活性中心的结构基元相关.由此,推导出适合于蛋白酶解折叠研究的变性曲线、解折叠结构基元平均自由能、物种分布等表达式.本... 基于结构基元模型,进一步假设,由n个结构基元组成的蛋白酶,其活性中心由na(na?n)个结构基元组成,酶活性仅与组成活性中心的结构基元相关.由此,推导出适合于蛋白酶解折叠研究的变性曲线、解折叠结构基元平均自由能、物种分布等表达式.本文以盐酸胍诱导的卵清溶菌酶解折叠为例,通过荧光方法测定的溶菌酶解折叠曲线,得出卵清溶菌酶由2个结构基元组成,结构基元平均自由能<?G0element(H2O)>为48.47 kJ/mol.物种分布表明,酶活性随盐酸胍浓度的变化仅仅反映的是结构基元1(?-片结构域)的解折叠,而结构基元2(?-螺旋结构域)的解折叠反映在3.8~5.0 mol/L盐酸胍浓度范围内.结构基元模型既可描述蛋白酶多态解折叠的谱学行为,又可解释蛋白酶活性的两态性质. 展开更多
关键词 溶菌酶 解折叠 荧光光谱 结构基元模型
原文传递
活用类比猜想 巧解折叠探究
11
作者 李培华 《初中生学习指导》 2020年第3期20-21,共2页
与特殊四边形有关的折叠问题是中考的热点,中考数学倒数第二题中屡屡能见到此类问题的身影.此类问题变化多、综合性强,因此难度较大.下面举例介绍如何活用类比猜想来解决此类问题.例(2019·湖北·襄阳)(1)证明推断:如图1(1),在... 与特殊四边形有关的折叠问题是中考的热点,中考数学倒数第二题中屡屡能见到此类问题的身影.此类问题变化多、综合性强,因此难度较大.下面举例介绍如何活用类比猜想来解决此类问题.例(2019·湖北·襄阳)(1)证明推断:如图1(1),在正方形ABCD中,点E,Q分别在边BC,AB上,DQ⊥AE于点O,点G,F分别在边CD,AB上,GF⊥AE. 展开更多
关键词 类比猜想 中考数学 解折叠 折叠问题 综合性强 AE 难度较大 特殊四边形
原文传递
外力调控金属蛋白酶ADAMTS13构象和功能研究
12
作者 方金花 谷慧婷 +3 位作者 杨俊贤 方颖 吴建华 林蒋国 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期94-94,共1页
目的金属蛋白酶ADAMTS13水解血管性血友病因子v WF减少血小板在血管受损处的过度聚集和血栓的形成。ADAMTS13存在多种构象态,但血流剪应力是否会介导ADAMTS13构象转换,其调控机制如何尚未清楚。方法利用流动腔技术对ADAMTS13施加不同的... 目的金属蛋白酶ADAMTS13水解血管性血友病因子v WF减少血小板在血管受损处的过度聚集和血栓的形成。ADAMTS13存在多种构象态,但血流剪应力是否会介导ADAMTS13构象转换,其调控机制如何尚未清楚。方法利用流动腔技术对ADAMTS13施加不同的作用力并利用原子力显微镜(AFM)扫描技术其进行扫描,分析其分子构象特征。利用AFM拉伸技术对ADAMTS13进行力学加载,分析ADAMTS13分子解折叠力、分子长度和内部结构域间分子键生存时间。利用拉伸分子动力学模拟技术分析ADAMTS13解折叠过程。结果高流体剪应力(100 dyn/cm^(2))作用显著增加ADAMTS13分子的纵横比,分子的“闭合”态和“中间”态比例下降,而“伸展”态比例增加。AFM拉伸实验显示ADAMTS13发生解折叠后分子长度增加量呈双峰分布(10.3 nm和25.9 nm),平均解折叠力约为40 p N。ADAMTS13分子内部结构域间的分子键生存时间随作用力的增加呈先增加后减少的“逆锁键”-“滑移键”转换趋势。拉伸分子动力学模拟结果显示外力作用下,exosite-4先解离,exosite-3后解离。结论本研究表明,高流体剪应力可伸展ADAMTS13分子构象。“逆锁键”-“滑移键”转换机制调控ADAMTS13分子的内部结构域间相互作用和解折叠。本研究为外力调控ADAMTS13构象和功能提供了新的见解。 展开更多
关键词 ADAMTS13 流体剪应力 血管性血友病因子 金属蛋白酶 血管受损 分子键 解折叠 双峰分布
下载PDF
力调控FLNa-Ig21/αⅡbβ3-CT复合物结构稳定性的分子动力学研究
13
作者 任建芳 罗毅冲 +1 位作者 吴建华 方颖 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期46-54,共9页
目的探究力对FLNa-Ig21/αⅡbβ3-CT稳定性的影响及调控机制。方法FLNa-Ig21/αⅡbβ3-CT晶体结构取自PDB数据库。通过平衡和拉伸分子动力学模拟,分析复合物生理环境下稳定性以及力诱导的解折叠路径和力学稳定性。结果平衡过程中,FLNa-I... 目的探究力对FLNa-Ig21/αⅡbβ3-CT稳定性的影响及调控机制。方法FLNa-Ig21/αⅡbβ3-CT晶体结构取自PDB数据库。通过平衡和拉伸分子动力学模拟,分析复合物生理环境下稳定性以及力诱导的解折叠路径和力学稳定性。结果平衡过程中,FLNa-Ig21和αⅡbβ3-CT之间大部分盐桥和氢键的生存率小于0.5,其结合强度相对较弱;恒速度拉伸过程中,复合物可承受170~380 pN的拉力,其力学强度与力诱导的解离路径有关;在0~60 pN恒力条件下,复合物呈现“滑移键”趋势,且力的增加有利于αⅡbβ3近膜端R995-D723盐桥的解离和整合素的活化。结论力诱导的αⅡbβ3-CT近膜端异构可增强复合物的力学强度和解离时间的后移;突破20 pN阈值后,力正向调控整合素的活化。研究结果为深入揭示整合素αⅡbβ3活化的分子机制及相关靶向药物开发提供参考。 展开更多
关键词 血小板整合素 分子动力学模拟 解折叠路径 力学强度 力学调控机制
下载PDF
还原型谷胱甘肽诱导溶菌酶界面组装成膜机制及膜性能分析
14
作者 周彬 李俊娇 +3 位作者 郭大山 武璨 胡煜莹 崔冰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第19期208-215,共8页
采用光谱学方法等验证了还原型谷胱甘肽诱导溶菌酶界面组装成膜机制,并进一步采用椭偏仪等对膜性能进行分析。N-(1-芘)马来酰亚胺染色实验证明还原性谷胱甘肽打断了溶菌酶的二硫键后释放出了游离巯基。色氨酸荧光光谱和溶菌酶活性检测... 采用光谱学方法等验证了还原型谷胱甘肽诱导溶菌酶界面组装成膜机制,并进一步采用椭偏仪等对膜性能进行分析。N-(1-芘)马来酰亚胺染色实验证明还原性谷胱甘肽打断了溶菌酶的二硫键后释放出了游离巯基。色氨酸荧光光谱和溶菌酶活性检测实验共同验证了溶菌酶的二硫键Cys6-Cys127发生了断裂。另外,通过溶菌酶活性检测发现解折叠的溶菌酶依然具有抗菌活性。该溶菌酶膜无色透明,原子力显微镜和透射电镜的结果显示其由溶菌酶聚集体组成,表面均匀且光滑致密。X射线光电子能谱和激光共聚焦拉曼光谱的结果均表明该溶菌酶纳米膜可能具有界面黏附性。椭偏仪测试结果显示该膜的最大厚度在900 nm左右,且不随孵育时间的延长或反应物质量浓度的增加而无限制增加;其刚度为29.32~34.21μN/nm,弹性模量为24.00~27.93 GPa,硬度为0.44~0.49 GPa,符合蛋白膜的强度范围;膜的接触角在70°左右,较为亲水;其热稳定性较高,200℃条件下不发生降解。该溶菌酶纳米膜的制备为构筑新型可食性涂层提供了新的思路与借鉴。 展开更多
关键词 还原型谷胱甘肽 溶菌酶 解折叠 界面组装
下载PDF
Temperature-Induced Unfolding Pathway of Staphylococcal Enterotoxin B:Insights from Circular Dichroism and Molecular Dynamics Simulation
15
作者 LIU Ji ZHANG Shiyu +1 位作者 ZENG Yu DENG Yi 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第18期55-76,共22页
In this study,circular dichroism(CD)and molecular dynamics(MD)simulation were used to investigate the thermal unfolding pathway of staphylococcal enterotoxin B(SEB)at temperatures of 298–371 and 298–500 K,and the re... In this study,circular dichroism(CD)and molecular dynamics(MD)simulation were used to investigate the thermal unfolding pathway of staphylococcal enterotoxin B(SEB)at temperatures of 298–371 and 298–500 K,and the relationship between the experimental and simulation results were explored.Our computational findings on the secondary structure of SEB showed that at room temperature,the CD spectroscopic results were highly consistent with the MD results.Moreover,under heating conditions,the changing trends of helix,sheet and random coil obtained by CD spectral fitting were highly consistent with those obtained by MD.In order to gain a deeper understanding of the thermal stability mechanism of SEB,the MD trajectories were analyzed in terms of root mean square deviation(RMSD),secondary structure assignment(SSA),radius of gyration(R_(g)),free energy surfaces(FES),solvent-accessible surface area(SASA),hydrogen bonds and salt bridges.The results showed that at low heating temperature,domain Ⅰ without loops(omitting the mobile loop region)mainly relied on hydrophobic interaction to maintain its thermal stability,whereas the thermal stability of domain Ⅱ was mainly controlled by salt bridges and hydrogen bonds.Under high heating temperature conditions,the hydrophobic interactions in domain Ⅰ without loops were destroyed and the secondary structure was almost completely lost,while domain Ⅱ could still rely on salt bridges as molecular staples to barely maintain the stability of the secondary structure.These results help us to understand the thermodynamic and kinetic mechanisms that maintain the thermal stability of SEB at the molecular level,and provide a direction for establishing safer and more effective food sterilization processes. 展开更多
关键词 staphylococcal enterotoxin B circular dichroism molecular dynamics simulations temperature-induced unfolding
下载PDF
可拆解的高跟鞋
16
《中国皮革》 CAS 北大核心 2008年第8期67-67,共1页
作为时尚女士最爱的高跟鞋是一个很好的创意载体,比如图中的这款高跟鞋是可以被拆解折叠的。这款高跟鞋的后跟并不是一个真正的跟,而是采用了悬空的设计。不过它最为特别的地方还在于整个的鞋面和鞋跟都是由纺织材料和硬板组装起来的,
关键词 高跟鞋 纺织材料 解折叠 时尚 鞋跟 鞋面
下载PDF
理性设计提高蛋白质热稳定性的研究进展 被引量:16
17
作者 田健 王平 +1 位作者 伍宁丰 范云六 《生物技术进展》 2012年第4期233-239,共7页
通过理性设计提高蛋白质的热稳定性一直是当今计算生物学及蛋白质工程领域中的一个研究热点。与传统的定向进化的方法相比,该方法具有目的性强、效率高的优点,对扩大蛋白质的应用范围与探究蛋白质结构和功能的关系均具有重要意义。本文... 通过理性设计提高蛋白质的热稳定性一直是当今计算生物学及蛋白质工程领域中的一个研究热点。与传统的定向进化的方法相比,该方法具有目的性强、效率高的优点,对扩大蛋白质的应用范围与探究蛋白质结构和功能的关系均具有重要意义。本文详细介绍了影响蛋白质热稳定性的因素,以及一些常用的通过理性设计来提高蛋白质的热稳定性的策略。由于影响蛋白质热稳定性的因素众多,并且众多因素之间还具有千丝万缕的联系,到目前为止研究人员还没有提出一个公认的适合于所有蛋白质的理性设计的策略,这也是现代计算生物学家及蛋白质工程学家们努力研究的一个重要方向。 展开更多
关键词 热稳定性 理性设计 解折叠自由能
下载PDF
氨基酸突变对蛋白质稳定性的影响预测及其在线工具 被引量:4
18
作者 欧阳玉梅 方若森 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期997-1001,共5页
确定氨基酸突变对蛋白质稳定性的影响对于分子水平的疾病机理理解和新蛋白质设计是十分重要的。这项研究也有助于药物学上的为提高蛋白质药物的稳定性而对其进行的改造与重组以及免疫学上的疫苗设计。实验测定费时费力且代价昂贵。计算... 确定氨基酸突变对蛋白质稳定性的影响对于分子水平的疾病机理理解和新蛋白质设计是十分重要的。这项研究也有助于药物学上的为提高蛋白质药物的稳定性而对其进行的改造与重组以及免疫学上的疫苗设计。实验测定费时费力且代价昂贵。计算方法已用来预测突变的影响和阐明其潜在的生物学机制。本文阐述预测残基突变对蛋白质稳定性影响的两类方法:使用能量函数直接计算法和机器学习方法;介绍15个最新在线预测工具并说明面临的挑战与未来的方向。 展开更多
关键词 点突变 蛋白质稳定性 解折叠自由能的改变 预测工具
下载PDF
M^(pro)-C蛋白三维结构域交换的机理:来自分子模拟的线索(英文) 被引量:1
19
作者 黄永棋 康雪 +1 位作者 夏斌 刘志荣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2411-2417,共7页
SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三... SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三维结构域交换二聚体.三维结构域交换通常发生在蛋白质的表面,但Mpro-C的结构域交换却发生在疏水核心.在本文中,我们利用分子动力学模拟及三维结构域交换预测算法研究了Mpro-C中被高度埋藏的核心螺旋片段发生交换的机理.我们发现基于结构与基于序列的已有算法都不能正确预言出Mpro-C和Mpro中发生结构域交换的铰链区位置.分子模拟结果表明Mpro-C中的交换片段在天然态下埋藏得很好,但在变性单体中则会被释放并暴露在外面.因此,在完全或部分解折叠状态下交换片段的打开有助于促进单体间的相互作用及结构域交换二聚体的形成. 展开更多
关键词 SARS冠状病毒 主蛋白酶 分子模拟 结构域交换 蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质解折叠
下载PDF
采用分子动力学模拟方法探究Ca2+对VWF-A2结构域稳定性的影响 被引量:4
20
作者 谢旭斌 刘文平 +1 位作者 吴建华 方颖 《医用生物力学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第3期248-254,共7页
目的探究Ca^2+对VWF-A2结构域稳定性的影响。方法 A2和A2/Ca^2+的晶体结构取自PDB数据库。通过恒力拉伸分子动力学模拟,比较分析Ca^2+结合引起的构象变化、解折叠路径的差异以及酶切位点的暴露程度。结果 A2结构域的解折叠路径和酶... 目的探究Ca^2+对VWF-A2结构域稳定性的影响。方法 A2和A2/Ca^2+的晶体结构取自PDB数据库。通过恒力拉伸分子动力学模拟,比较分析Ca^2+结合引起的构象变化、解折叠路径的差异以及酶切位点的暴露程度。结果 A2结构域的解折叠路径和酶切位点的暴露过程是力依赖的。Ca^2+结合不影响A2结构域的前期解折叠,但由于α3β4-环链局部构象重排所致柔性降低,约束了β1-β4-β5片层的运动,导致进一步解折叠受阻而停留在中间稳态,影响酶切位点的充分暴露。结论力可诱导A2结构域中β5片层的解折叠使酶切位点暴露,而Ca^2+的结合则通过稳定疏水核心结构,阻碍酶切位点的暴露,最终降低ADAMTS13的酶切效率。研究结果有助于加深对ADAMTS13酶切VWF-A2结构域进而调控VWF止血能力过程的理解,并为相关抗血栓药物设计提供指导。 展开更多
关键词 血管性血友病因子 A2结构域 钙离子 分子动力学模拟 解折叠
下载PDF
上一页 1 2 下一页 到第
使用帮助 返回顶部