核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配...核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)实现的,筛选能否成功在很大程度上取决于其最关键的单链制备步骤,即将双链DNA转化为相应的单链DNA。目前,存在许多方法可以制备单链DNA,包括热变性法、生物素-链霉亲和素亲和分离法、变性胶电泳分离法、核酸外切酶消化法、不对称聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法等。本文在总结文献报道的基础上,具体阐述了各种单链DNA制备方法的原理、优缺点及近5年的应用情况,并对这些单链DNA制备方法进行了比较和展望,以期能为成功筛选各类靶标的核酸适配体提供参考。展开更多
构建一种基于杂交链式反应(hybridization chain reaction,HCR)扩增的适配体磁珠荧光传感器。巧妙设计序列HP和发卡序列H1、H2,其中HP是由适配体序列与触发序列结合而成的,并且序列互补形成稳定的二级结构。然后采用戊二醇反应和亲和素...构建一种基于杂交链式反应(hybridization chain reaction,HCR)扩增的适配体磁珠荧光传感器。巧妙设计序列HP和发卡序列H1、H2,其中HP是由适配体序列与触发序列结合而成的,并且序列互补形成稳定的二级结构。然后采用戊二醇反应和亲和素-生物素反应进行适配体功能化磁珠的制备。将阪崎肠杆菌与适配体磁珠一起孵育,HP中的适配体序列识别靶标,引起HP构象变化,露出触发序列,通过HCR触发H1和H2的链状组装,产生长双链DNA。荧光指示剂SYBR Green I以插层和小槽结合的方式与HCR产物的长双链结合。最后加入氧化石墨烯(graphene oxide,GO)后,游离的H1、H2和SYBR Green I将通过π-π堆积紧密吸附在GO表面,荧光信号被猝灭。HCR产物不能被吸附在GO表面,因此与HCR产物结合的SYBR Green I发出依赖于靶浓度的强荧光信号,从而实现阪崎肠杆菌的定量检测。本方法在纯培养条件下的检出限为2CFU/mL,对奶粉的检出限为8CFU/g,对奶粉样品的检测结果与传统微生物培养法具有良好的一致性。该方法具有无需DNA提取,快速、稳定性高、高特异性和高灵敏度等优点,因此为阪崎肠杆菌的现场快速检测提供了一种很有潜力的方法。展开更多
文摘核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)实现的,筛选能否成功在很大程度上取决于其最关键的单链制备步骤,即将双链DNA转化为相应的单链DNA。目前,存在许多方法可以制备单链DNA,包括热变性法、生物素-链霉亲和素亲和分离法、变性胶电泳分离法、核酸外切酶消化法、不对称聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法等。本文在总结文献报道的基础上,具体阐述了各种单链DNA制备方法的原理、优缺点及近5年的应用情况,并对这些单链DNA制备方法进行了比较和展望,以期能为成功筛选各类靶标的核酸适配体提供参考。
文摘构建一种基于杂交链式反应(hybridization chain reaction,HCR)扩增的适配体磁珠荧光传感器。巧妙设计序列HP和发卡序列H1、H2,其中HP是由适配体序列与触发序列结合而成的,并且序列互补形成稳定的二级结构。然后采用戊二醇反应和亲和素-生物素反应进行适配体功能化磁珠的制备。将阪崎肠杆菌与适配体磁珠一起孵育,HP中的适配体序列识别靶标,引起HP构象变化,露出触发序列,通过HCR触发H1和H2的链状组装,产生长双链DNA。荧光指示剂SYBR Green I以插层和小槽结合的方式与HCR产物的长双链结合。最后加入氧化石墨烯(graphene oxide,GO)后,游离的H1、H2和SYBR Green I将通过π-π堆积紧密吸附在GO表面,荧光信号被猝灭。HCR产物不能被吸附在GO表面,因此与HCR产物结合的SYBR Green I发出依赖于靶浓度的强荧光信号,从而实现阪崎肠杆菌的定量检测。本方法在纯培养条件下的检出限为2CFU/mL,对奶粉的检出限为8CFU/g,对奶粉样品的检测结果与传统微生物培养法具有良好的一致性。该方法具有无需DNA提取,快速、稳定性高、高特异性和高灵敏度等优点,因此为阪崎肠杆菌的现场快速检测提供了一种很有潜力的方法。