针对目前已有的算法在计算带有可变长度通配符的模式在文本中的出现次数问题时,需要的时间是多项式级别,而且受文本长度、模式长度和通配符间距的影响比较大。提出了一种基于Aho-Corasick自动机的AAI(pAttern mAtching with wIldcards)...针对目前已有的算法在计算带有可变长度通配符的模式在文本中的出现次数问题时,需要的时间是多项式级别,而且受文本长度、模式长度和通配符间距的影响比较大。提出了一种基于Aho-Corasick自动机的AAI(pAttern mAtching with wIldcards)算法,计算中采用了动态规划思想和有效的修剪技术。AAI算法的时间复杂度和空间复杂度分别为O(n+m+α)和O(m+B),其中n和m分别表示文本和模式的长度,α是所有子模式在文本中出现的数目,B是模式中通配符间距下限的总和。通过真实数据和人工数据的实验结果表明,AAI算法与同类算法相比具备显著的优势。展开更多
基因序列中,许多病毒并不是简单的直接复制自己,而是相邻字符间插入或者删除序列片段,如何从序列数据中检索这些病毒具有重要的研究价值.提出了一个更普遍的问题,带任意长度通配符的模式匹配问题(Pattern matching with arbitrary-lengt...基因序列中,许多病毒并不是简单的直接复制自己,而是相邻字符间插入或者删除序列片段,如何从序列数据中检索这些病毒具有重要的研究价值.提出了一个更普遍的问题,带任意长度通配符的模式匹配问题(Pattern matching with arbitrary-length wildcards,PMAW),这里模式中不仅可以有多个通配符约束,而且每个通配符的约束可以是两个整数,也可以从整数到无穷大.给定序列S和带通配符的模式P,目标是从S中检索P的所有出现和每一次出现的匹配位置,并且要求任意两次出现不能共享序列中同一位置.为了有效地解决该问题,设计了两个基于位并行的匹配算法MOTW(Method of ocurrence then window)算法和MWTO(Method of window then ocurrence)算法.同时,MWTO算法进行细微改动就可以满足全局长度约束.实验结果既验证了算法求解问题的正确性,又验证了比相关的模式匹配算法具有更好的时间性能.展开更多
文摘针对目前已有的算法在计算带有可变长度通配符的模式在文本中的出现次数问题时,需要的时间是多项式级别,而且受文本长度、模式长度和通配符间距的影响比较大。提出了一种基于Aho-Corasick自动机的AAI(pAttern mAtching with wIldcards)算法,计算中采用了动态规划思想和有效的修剪技术。AAI算法的时间复杂度和空间复杂度分别为O(n+m+α)和O(m+B),其中n和m分别表示文本和模式的长度,α是所有子模式在文本中出现的数目,B是模式中通配符间距下限的总和。通过真实数据和人工数据的实验结果表明,AAI算法与同类算法相比具备显著的优势。
文摘基因序列中,许多病毒并不是简单的直接复制自己,而是相邻字符间插入或者删除序列片段,如何从序列数据中检索这些病毒具有重要的研究价值.提出了一个更普遍的问题,带任意长度通配符的模式匹配问题(Pattern matching with arbitrary-length wildcards,PMAW),这里模式中不仅可以有多个通配符约束,而且每个通配符的约束可以是两个整数,也可以从整数到无穷大.给定序列S和带通配符的模式P,目标是从S中检索P的所有出现和每一次出现的匹配位置,并且要求任意两次出现不能共享序列中同一位置.为了有效地解决该问题,设计了两个基于位并行的匹配算法MOTW(Method of ocurrence then window)算法和MWTO(Method of window then ocurrence)算法.同时,MWTO算法进行细微改动就可以满足全局长度约束.实验结果既验证了算法求解问题的正确性,又验证了比相关的模式匹配算法具有更好的时间性能.