核桃炭疽病菌中GH互作蛋白找寻及遗传关系分析

【目的】植物病原真菌中的糖苷水解酶(GH)是参与破坏植物细胞壁的重要酶类,在真菌致病过程中发挥着重要作用。了解核桃炭疽病菌中GH蛋白的互作蛋白及其遗传关系,可为深入研究该病菌中GH家族蛋白的协同作用机制提供参考。【方法】基于前期所获得的胶孢炭疽菌Cg1中20个GH蛋白,通过STRING网络在线分析与其相似性较高的两个炭疽菌种——胶孢炭疽菌Cg-14和果生炭疽菌Nara gc5相关蛋白的互作关系;同时,利用生物信息学分析工具对这些蛋白进行了分子对接、亚细胞定位及遗传关系分析。【结果】两个炭疽菌菌株GH蛋白的互作情况极为相似。其中:GH5的互作蛋白数量最多,且GH5、GH6、GH7、GH11之间均存在明显互作关系;GH28亚家族中两个蛋白之间互作但不与其他GH亚家族蛋白互作;与单独GH蛋白存在互作关系的其他类蛋白多参与多糖催化、碳水化合物代谢等过程。不同蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸位点;仅GH72亚家族中的3个蛋白定位于质膜,其余蛋白均定位于细胞外;胶孢炭疽菌Cg1、Cg-14以及果生炭疽菌Nara gc5中GH蛋白明显分为四大类。其中:GH43亚家族中的3个蛋白分属于不同分支,亲缘关系较远;GH5中的3个蛋白有两个属于同一分支,另一个单独在一个分支;而GH7、GH11、GH28亚家族内部的蛋白均属于同一分支。【结论】核桃炭疽病菌中GH蛋白的互作关系主要有3种,即不同GH蛋白之间的互作、同一GH亚家族中不同蛋白之间的互作以及单独的GH蛋白。其中,大部分GH蛋白定位于细胞外,且大多数GH亚家族中不同蛋白之间的亲缘关系较近,仅有小部分亲缘关系较远。

银屑病与代谢合并症的遗传关系研究进展

银屑病是一种常见的炎症性皮肤病,由多种遗传和环境危险因素相互作用引起。与一般人群相比,银屑病患者高血压、胰岛素抵抗和2型糖尿病、血脂异常、肥胖的患病率更高。银屑病代谢合并症影响疾病严重程度,降低患者生活质量,甚至缩短患者预期寿命。研究表明,银屑病和许多代谢性疾病存在共同的遗传因素。本文综述并探讨高血压、肥胖、血脂异常、糖尿病与银屑病在遗传方面的关系,分析银屑病与这4种慢性代谢性疾病的共同遗传基础,为银屑病和代谢合并症的防治和银屑病管理的改善提供依据。

观赏石榴品种的ISSR遗传关系与DNA指纹研究

以42个观赏石榴品种为试材,采用ISSR标记法,研究了42个品种的遗传关系与指纹图谱,以期为观赏石榴种质资源的品种鉴定、杂交育种和开发利用等提供参考依据。结果表明:16条引物产生327个位点,其中279个是多态位点,平均引物多态性比率为85.32%,说明所选引物多态性较好。42个石榴品种间遗传相似系数(GS)为0.46~0.98,说明观赏石榴品种的遗传多样性较为丰富。当遗传相似系数阈值为0.629时,可以将42个品种分为四大类,分类结果与按照形态学分类不一致,与品种地理来源无明显相关性。通过研究引物和引物组合对42个品种的聚类区分率构建DNA指纹,16条单引物的品种区分率为16.67%~88.10%,16条引物均不能将全部品种区分开。引物组合UBC835/UBC827对42个品种的最大遗传相似系数为0.97,品种区分率达100.00%,将引物组合UBC835/UBC827产生的DNA谱带作为42个观赏石榴品种的DNA指纹图谱。

贵州省7个民族群体的遗传关系比较研究

目的基于15个常染色体短串联重复序列(STR)基因座,探究贵州汉族与苗族与5个不同民族人群的遗传关系。方法通过15个STR基因座的等位基因频率数据,应用Arlequin v3.5软件计算各基因座的遗传分化系数Fst及P值,应用Phylip 3.695软件计算7个群体的Nei’s遗传距离,应用TBtools软件进行可视化热图和聚类分析;基于Nei’s遗传距离,分别采用MEGA 7.0和SPSS 26.0软件构建系统发生树和主成分分析。结果遗传分化系数Fst及P值显示,贵州汉族或苗族群体分别与布依、水、仡佬、侗和土家族5个群体比较,遗传分化程度都较低(Fst分别介于0.00002~0.02567和0.0002~0.0377),但是汉族与苗族群体比较时显示出相对较高的遗传分化程度(Fst介于0.00111~0.01861)。Fst及P值、Nei’s遗传距离、热图、系统发生树和主成分分析的结果均显示,贵州汉族与仡佬族、侗族和土家族的遗传关系最近,与水族和布依族的遗传关系相对较远,与苗族的遗传关系最远。且苗族与布依、水、仡佬、侗和土家族5个民族之间遗传关系较远。结论贵州汉族与苗族群体之间遗传差异最大,而苗族与布依族、水族、仡佬族、侗族和土家族5个少数民族之间遗传差异均较大。

我国部分玉米自交系遗传关系和遗传结构解析

玉米自交系遗传关系和遗传结构的解析,对自交系类群划分和杂交组配具有重要的指导意义。本文选用玉米基因组的112个SSR标记对我国97个玉米自交系进行遗传关系和遗传结构分析,并评价了遗传距离聚类和模型聚类方法在玉米自交系遗传关系研究中的应用价值。结果表明,模型聚类方法更适于玉米自交系的遗传关系研究。解析自交系的遗传基础发现,各类群中均有大量自交系含有其他类群的遗传成分。根据模型聚类结果,97个自交系被划分为PB、Reid、塘四平头和旅大红骨4个类群。Reid群与旅大红骨群的遗传关系最近,与塘四平头群遗传关系最远。为了实现杂种优势模式的简化,4个类群可被简化为3大种质类群[A(旅大红骨群与Reid群)、B(PB群)、C(塘四平头群)],或2大种质类群[A(旅大红骨群、Reid群、PB群)、B(塘四平头群)]。研究结果为自交系的改良和利用及杂种优势模式确定提供了理论基础。

丹参主要居群的遗传关系及药材道地性的初步研究

目的 研究丹参主要居群的遗传关系及药材的道地性问题。方法 选择丹参主要产地样本 4 4个 (包括 9个居群样本 ) ,进行 RAPD分析 ,得到的扩增条带用 NTSYS- pc和 AMOVA软件进行数据处理。结果 (1)从 10 0多个引物中选择出 11个多态性强和重复性好的引物 ,扩增得到 12 9条带 ;(2 )不同居群内多态位点比率为2 0 .9%～ 5 5 .0 % ;(3)用 U PGMA法得到所有样本的聚类图 ,可分为 6个主要分支组和 3个组外个体 ,其中四川中江居群的 5个样本聚为一组 ,并与其他样本遗传距离较大 ;(4)按产地分组 ,遗传差异的 80 .4 4 %存在于居群内 ,8.2 9%来自于组内居群间 ,11.2 7%的遗传差异来自于组间。结论 (1)丹参居群内遗传多样性十分丰富 ;(2 )山东和河南的栽培居群栽培种源来自于当地野生居群 ,尚没有进行人工选择 ,丹参酮 A 等成分的减少的原因主要是栽培条件不理想 ;(3)地区间居群的遗传分化不均衡 ,四川中江和河北承德居群与其他居群距离较远 ;(4)丹参的道地性的确定应当依据现代的优质药材评价系统 ,山东和河南产的丹参也可认为是丹参的道地药材。

罗非鱼杂交F_1代与亲本的遗传关系及其杂种优势的利用

用ＲＡＰＤ 技术研究奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼杂交子代和亲本的遗传关系及其在杂种优势中的应用。在所用的１６ 个随机引物中，有１１ 个引物在罗非鱼亲代和杂交子代间呈现多态。遗传相似性指数和遗传距离的计算结果表明，正交子代（ 尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂） 在遗传关系上界于亲代之间，不表现出明显的倾向性；而反交子代（ 奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂） 却与母本奥利亚罗非鱼极其相似。说明正、反交子代与两亲本遗传相似性有明显的不同，表明遗传性状介于两亲本之间的杂交子代更有可能形成显著的杂种优势。同时发现，扩增片段ＯＰＡ０７１９００ 、ＯＰＡ０７９６０ 、ＯＰＺ１４７２０ 和ＯＰＺ１４６００ 可以作为鉴别尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和正交子代的遗传标记。

鲂属团头鲂、三角鲂及广东鲂种间遗传关系及种内遗传差异

采用形态判别、同工酶分析和RAPD分析相结合的方法 ,从 3个层次研究分析了鲂属团头鲂、三角鲂和广东鲂的种间亲缘关系和种内遗传差异。结果表明 :(1) 3种鲂在形态可数性状上差异不显著 ,而可量性状与框架分析揭示团头鲂与三角鲂亲缘关系较近 ,它们同广东鲂差异较大 ;(2 )团头鲂和三角鲂均具有MDH同工酶的s Mdh D位点 ,而广东鲂未见 ,引物S11扩增的结果在 3种鲂间均显示种的特异性 ,这些同工酶谱带和DNA扩增带可作为 3种鲂的种间分子标记 ;(3) 3种鲂种间亲缘关系在三个研究层面上相互吻合 :即广东鲂与团头鲂、三角鲂差异较大 ,亲缘关系较远 ,而三角鲂和团头鲂之间差异小 ,亲缘关系较近 ;(4 )同工酶和RAPD分析揭示 ,三角鲂种内遗传多样性显著地高于广东鲂和团头鲂。

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高的多态检测效率 (Ai) ,平均每个引物组合检测到 17.3个多态标记 ,非常适合于猪种(群 )遗传多样性分析和品种鉴定 ;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显 ,两类猪群间的亲缘关系较远 ;南昌白猪与大白猪、铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系 ,分别与其育成历史、地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种 (群 )的聚类分析结果与其形态学。

利用AFLP技术研究玉米及其野生近缘种的遗传关系

用AFLP分子标记技术对 5 0个有代表性的玉米及其野生近缘种大刍草、摩擦禾、薏苡材料进行了遗传关系分析。利用 2 1个PstⅠ MseⅠ引物组合检出可辨认带共 6 4 1条 ,其中多态性带 5 86条 ,平均每对引物得到 30 5 2条多态性带 ,多态性 91 4 %。聚类分析结果表明 ,可以将 5 0个材料分为 3大类 ,与已有的玉米族分类一致 ,但与玉蜀黍属内的种间和种内分类存在差异 ,说明大刍草各种内存在较大的遗传多样性。本实验发现玉蜀黍属与摩擦禾关系比与薏苡的关系更近 ,但并没有发现玉米与小颖玉米亚种比与其他大刍草的遗传关系更近。

万寿菊属品种资源遗传关系的ISSR分析

【目的】通过ISSR分子标记研究品种资源遗传关系,探讨其种群遗传多样性水平和遗传结构,为了解品种间遗传多样性、品种间亲缘关系、育种及科学合理保存和利用现有万寿菊属种质资源提供理论依据和技术支持。【方法】对29份万寿菊材料及2份孔雀草材料利用ISSR分子标记进行遗传关系分析。【结果】用11个引物对31份万寿菊属材料进行PCR扩增,每个引物扩增的ISSR条带数在5—11条,平均每条引物能扩增出6.8条带,多态位点百分率为40%—100%。聚类分析结果表明,ISSR分类结果与传统分类的结果基本一致,31份材料按照万寿菊及孔雀草分为两大类,并且同系列万寿菊品种被划为同一亚组。【结论】利用ISSR标记技术可较准确分析万寿菊属材料间的亲缘关系及遗传多样性。

采用微卫星标记分析13个中外牛品种的遗传变异和品种间的遗传关系

本研究应用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的10对微卫星引物,结合荧光–多重PCR技术,检测了10个中国地方黄牛品种和3个外来牛品种的基因型。通过计算基因频率、多态信息含量和遗传杂合度,以Nei’s遗传距离和Nei’s标准遗传距离为基础,采用非加权组对算术平均聚类法构建了聚类图,分析了13个牛品种的群体内遗传变异和群体间遗传关系。并以聚类分析和群体结构分析为基础,将13个中外黄牛品种分为三类:Ⅰ类属于普通黄牛品种,包括延边牛、沿江牛、长白地方牛、蒙古牛、阿勒泰白头牛、哈萨克牛、复州牛和西藏牛;Ⅱ类属于含有瘤牛血统的黄牛品种,包括日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛;Ⅲ类属于外来牛品种,包括德国黄牛、西门塔尔牛和夏洛来牛。研究结果为加强我国地方黄牛品种种质特性研究以及地方牛品种资源的保护与利用提供了科学的依据。

14个蝴蝶兰品种遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对14个蝴蝶兰品种进行品种间遗传关系的研究。利用14个筛选的引物共扩增出179条带,其中多态性条带147条,多态性条带比率(PPB)为82%。品种之间的遗传相似系数范围在0.734～0.936间,说明部分蝴蝶兰品种间存在显著的遗传分化。14个引物组合可区分所有14个品种,并且检测到20条品种特异性条带,这些品种特异条带可用来鉴定供试蝴蝶兰中的10个品种。因此,ISSR分子标记能有效地进行蝴蝶兰品种鉴定。UPGMA聚类分析表明,14个品种可聚为2类,聚类情况与花色特征比较一致,但与花色的划分结果不完全相同,这可能是由于品种间杂交引起的。本文也论讨了ISSR分析结果对蝴蝶兰育种的指导意义。

银杏观赏品种遗传关系的AFLP分析(英文)

从64对EcoRⅠ/MseⅠ引物(其中MseⅠ引物为荧光标记物)中筛选出8对扩增产物多态性高、谱带清晰的引物,对来自美国、荷兰、日本、法国和我国的21个银杏观赏品种的遗传关系进行了研究。结果表明:8对引物共产生1117条谱带,229个特异位点(其中缺失带54条、单态带175条),多态带983条,多态带的比例为88%;每对引物鉴别效率为100%。14个国外银杏观赏品种平均多态带的比例35.86%,7个国内品种平均多态带的比例31.51%。21个观赏品种之间相似系数为0.4899～0.8499。当相似系数为0.7300时,供试观赏品种可分为四类,来源地相同的品种并不单独聚成一类,中国和法国的品种分别属于其中的三类。根据对观赏品种的特异位点、相似系数、聚类结果等进行综合分析表明,‘塔形银杏’、‘垂乳银杏’、‘筒叶银杏’、‘大耳银杏’、‘斑叶银杏’、‘展冠银杏’、‘垂枝银杏’、‘沂源叶籽银杏’这8个品种是银杏观赏品种中的重要特异种质。

外来热带、亚热带玉米自交系与温带玉米自交系产量配合力分析及其遗传关系的研究

以 4个分别代表我国北方温带玉米四大优势群的自交系 (黄早四、Mo17,B73和丹 340 )为测验种 ,采用NCⅡ设计 ,对来自 5个热带、亚热带玉米群体、地理族的 2 5个自交系进行产量配合力及杂种优势分析 ,根据配合力和杂种优势的表现 ,研究这些外来热带、亚热带玉米自交系与 4个测验种之间的遗传关系。研究结果表明 ,来自群体Suwan1、POP2 8的自交系的产量一般配合力 (GCA)效应值较高 ,5个自交系的平均产量GCA效应值分别为10 10 .6 4和 2 6 6 .5 7;来自群体POP32 (ETO)的自交系与B73及来自群体Suwan1的自交系与黄早四之间的平均产量特殊配合力 (SCA)效应值最高 ,分别为 879.2 9和 5 83.81;来自群体Suwan1的自交系与B73之间组合的杂种优势最大 ,平均产量对照优势值为 2 0 .36 % ,其次为来自群体POP32 (ETO)的自交系与B73的平均产量对照优势值(19.38% )。由此 ,Suwan1×瑞得、ETO×瑞得、POP2 8×瑞得、POP2 8×旅大红骨和Suwan1×兰卡斯特为

灯盏花种质资源遗传关系的RAPD分析

目的:研究灯盏花种质资源间的遗传关系。方法:对采自云南、贵州和四川等地的37份灯盏花种质资源进行RAPD遗传多样性分析和NTSYS2聚类分析。结果:筛选出的10个引物在37份种质资源中共产生107条DNA片段,其中94条带具有遗传多态性,约占87.85%。遗传距离为0.36时,可以把灯盏花分为三大类,第一大类包括采自滇东南的弥勒、丘北、泸西、个旧、砚山等地的9份种质资源;第二大类包括采自滇西北的古城、香格里拉的6份,以及滇东南丘北和弥勒各1份,共8份种质资源;第三大类包括采自滇中、滇东、滇东北、四川和贵州等地的20份种质资源。结论:灯盏花种质资源遗传多样性丰富,遗传关系与其采集地的地理分布距离密切相关。

银杏雌株种质遗传关系的AFLP分析

从64对EcoRI/MseI引物(其中MseI引物为荧光标记物)中筛选出7对扩增产物多态性高、谱带清晰的引物,对来自日本、法国和中国的49个银杏雌株种质的遗传关系进行研究。结果表明:7对引物共产生1219条谱带,132个特异位点(其中缺失带11条、单态带121条),多态带1200条,多态带的比例为98.44%;每对引物鉴别效率为100%。49个雌株种质之间相似系数为0.39～0.83,来自不同国家的雌株遗传变异程度不同。当相似系数为0.51时,供试种质可分为2类,来源地相同的种质并不单独聚成一类,山东大部分雌株种质聚为一类,它们与其他的雌株种质有显著的遗传差异,亲缘关系较远。叶籽银杏不是很原始的种质,而‘海阳’则比较原始。对雌株种质的特异位点、相似系数、聚类结果等的综合分析表明,法国的‘垂枝银杏’、日本的‘黄金丸’、中国的‘盘县1’、‘灵川’、‘安陆’、‘东安1’、‘西山大佛手’、‘荣城’、‘莒县’、‘郯城2’、‘泰安1’、‘泰安2’、‘泰安3’、‘崂山’、‘海阳’、‘灵岩’16个种质是银杏雌株中的重要特异种质。

应用线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析云南4个少数民族的遗传关系

对傣、佤、拉祜和藏族４个群体的９９名个体ｍｔＤＮＡ非编码区（Ｄ－ｌｏｏｐ）高变区I１６０４８～１６５６９及１～４１的５６３ｂｐ片段进行序列分析。计算了核酸多态度，并用Ｎｅｉｇｈｂｏｒ－Ｊｏｉｎｉｎｇ 法构建系统进化树，在进化树中，９９个ｍｔＤＮＡ序列分别聚在４个群中。所有在ＣＯ Ⅱ ／ｔＲＡＮ Ｌｙｓ 基因间序列存在９ｂｐ缺失的个体均聚在Ｃ１群中，Ｃ２群由１个佤族个体和４个藏族个体组成，Ｃ３群中除２个藏族个体外均为其他３个民族个体，４个群体的大部分个体聚在Ｃ４群。根据核酸多态度计算的净遗传距离重建的进化树显示，傣族、佤族和拉祜族的亲缘关系较接近，与藏族距离较远。结果表明遗传距离与他们的地理分布是非常一致的。而拉祜族与相传同为氐羌后裔并有相近语言的藏族跗距离却较远，这一结果提示这两个民族可能具有不同的起源。

山稻蝗及相关物种Cytb基因序列及其遗传关系

中国 7个不同地理区域的山稻蝗Oxyaagavisa共 16个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列被测定、分析和比较 ,同时与小稻蝗O intricata、日本稻蝗O japonica和中华稻蝗O chinensis相应序列进行比较 ,用瘤锥蝗科的曲尾似橄蝗Pseudomorphacrishollisi和蚱科的日本蚱Tetrixjaponica作外群 ,构建了山稻蝗不同单倍型及其相关物种的NJ分子系统树。在获得的山稻蝗 4 32bp的序列中 ,A +T约占 71 0 % ,其中 9个核苷酸位点存在变异 (约占所测核苷酸的 2 0 8% ) ,但仅有 1个位点引起了氨基酸的变异 ,就每个氨基酸密码子来看 ,第三位点的A +T含量较高 ,达 88 3%。分子系统树显示 ,山稻蝗 6个单倍型聚为一个簇 ,彼此之间有一定的分歧 ,其分枝与地理分布没有直接的关系 ;该种与日本稻蝗关系较近 ,与中华稻蝗和小稻蝗相对较远。

六个中国固有绵羊品种遗传关系的微卫星标记分析

用5对微卫星引物对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共6个中国固有绵羊品种基因组进行了扩增,对扩增结果用7种聚类方法(欧氏距离、欧氏平方距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基距离)进行了分析.结果表明,分布在我国西北部的绵羊品种哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊在大多数情况下总是先聚在一起,相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊和西北部的3个品种间距离较远;同羊和小尾寒羊之间距离也很远;大尾寒羊和小尾寒羊之间没有明显的遗传关系,此结果与《中国绵羊品种志》中记载的情况基本一致.同时,本研究结果也说明7种聚类方法均适用于微卫星标记资料的遗传分析.