世界不同地理来源粳稻品种的遗传相似性研究

【目的】探讨不同国家(或地区和组织)间粳稻选育品种的遗传相似性和遗传差异,旨在为世界各地的粳稻品种能够有效利用于水稻育种提供科学依据。【方法】利用34对SSR引物对不同地理来源包括20个国家(或地区和组织)的313份粳稻选育品种进行遗传相似性和聚类分析。【结果】共检测到198个等位基因,平均每对SSR引物检测到的等位基因数为5.8235个。RM320、RM531、RM1、RM21和RM336的等位基因数较多,分别为16、13、12、10和10个;RM320、RM336、RM286、RM531和RM21的遗传多样性指数较高,分别为2.3668、2.0041、1.9684、1.9508和1.7203。各国家(或地区和组织)粳稻选育品种的遗传相似系数变异范围为0.279～0.918,平均值为0.653。纬度和地理位置相近的国家间粳稻品种的遗传相似系数较大,基本聚为同一个类群,而纬度差异较大,地理位置较远的国家间粳稻品种的遗传相似系数较小,聚为不同类群。【结论】粳稻品种的遗传相似性与纬度和地理位置有着密切的联系。

56个杂交水稻骨干亲本SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以中国56个杂交水稻骨干亲本为研究材料,包括水稻雄性不育系和恢复系。从国标中公布的48对水稻SSR引物中筛选出14对稳定性好、多态性高、杂带少且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,建立56个杂交水稻骨干亲本的SSR指纹图谱,结果表明:14对SSR引物在56份材料中共扩增出48个多态性片段,平均每对引物可以检测3.43个等位基因。聚类分析得出56个品种间的遗传相似性系数在0.63～0.98之间,基本上反映了不同品种间的亲缘关系。

中国不同省份粳稻选育品种的遗传相似性

【目的】探讨中国不同省份间粳稻选育品种的遗传相似性和遗传差异,为粳稻育种提供参考依据。【方法】利用34对SSR引物对12个省139份粳稻选育品种进行遗传相似性和聚类分析。【结果】共检测到198个等位基因,平均每对SSR引物检测到的等位基因数为5.3235个。RM320、RM531、RM1、RM286和RM336的等位基因数较多,分别为15、12、11、9和9个;RM320、RM336、RM286和RM531的遗传多样性指数较高,分别为2.3324、2.0292、1.8996和1.7820。12个省份间粳稻选育品种的遗传相似性系数范围为0.321～0.914,平均0.686。东北三省、宁夏、云南等纬度相近或生态气候环境相似的省份间粳稻选育品种的遗传相似性较高,而贵州、江苏与其它省份间纬度或生态气候差异较大,其粳稻选育品种的遗传相似性较低。【结论】RM320、RM531、RM1、RM286和RM336等标记适合利用于粳稻选育品种的遗传多样性检测。不同省份间粳稻选育品种的遗传相似性与其亲本的遗传基础有密切相关的同时,与品种选育时所处的纬度和生态气候环境也有一定的相关性。

35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种（系）的基因组DNA，结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性。有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别，其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别。用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来。35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0．27～0．98。采用类平均法进行聚类分析，在相似系数0．82处，可将35个粳稻品种分为4类。聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种问亲缘关系。

辣椒部分栽培种遗传相似性的RAPD分析

通过28个10bp的引物对30个辣椒栽培品种进行PCR扩增,共扩增出111条带,其中多态性条带有90条,占总条带数的81%,平均每个引物产生3.21个多态性条带.依据RAPD扩增结果,利用MEGA软件计算出各品种间的遗传相似性系数,构建Neighbor-Joining树形图,并结合辣椒品种的性状进行分析.结果发现:辣椒品种间的遗传相似性与辣椒果味或者果形之间总体上并无相关性.但在某些小组内,辣味品种内部或甜椒品种内部的遗传相似性高于这两种类型之间的遗传相似性;灯笼形辣椒和角形(羊角形和牛角形)辣椒品种内的遗传相似性也高于这两类品种之间的遗传相似性.试验结果为辣椒种质资源的鉴定以及育种提供了一定的参考依据.

甘肃不同地理种群桃蚜的遗传相似性

【目的】探讨甘肃不同地理种群桃蚜Myzus persicae的遗传相似性和遗传差异,遗传距离与地理距离、海拔之间的关系,以期得到桃蚜种群遗传分化和迁飞的分子证据。【方法】利用7对SSR引物对13个桃蚜地理种群进行遗传相似性和聚类分析。【结果】7对SSR引物共检测到43个多态性位点,多态性条带百分率PPB为95.56%。13个桃蚜地理种群观测等位基因数Na为1.3333,有效等位基因数Ne为1.2293,Nei′s基因多样性指数为0.1311,Shannon信息指数I为0.1898,多态位点百分率P为33.33%。临洮、临夏、岷县、兰州种群的遗传多样性较高,天水、酒泉、漳县种群相对较低。种群聚类分析结果显示,桃蚜分为河西和河东两大类群,AMOVA分析结果表明,类群间遗传变异占总变异的1.76%,种群间变异占17.21%,种群内占81.03%。Mentel检测表明,遗传分化与地理距离、海拔无显著相关性。【结论】甘肃省桃蚜种群具有非常丰富的遗传多样性,遗传变异主要来自种群内部,种群间的基因交流较少,容易发生遗传漂变;陕北、陇东、陇南是陇中桃蚜虫源地,应加强对上述地区桃蚜的监测和治理。

不同地理来源水稻品种的SSR分子标记遗传相似性分析

为了评价云南水稻品种与国内外水稻品种间的遗传相似性,利用48个SSR分子标记对90个来自9个不同国家的水稻品种进行遗传相似性分析,结果共检测到269个等位基因(Na),平均每个SSR标记检测到5.604个,变幅为3～10;共检测到159.775个有效等位基因(Ne),平均为3.329,变幅为1.578～6.090;每个SSR标记的多态性信息含量(PIC)变幅为0.366～0.836,平均为0.661。90个水稻品种间的遗传相似系数(GS)变幅为0.021～0.875,平均为0.328。90个品种在相似系数0.212处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图能划分品种的地理来源;亚种内,粳型品种较籼型品种的遗传相似度高。云南粳稻育成品种的遗传相似性较高,云南水稻地方品种的遗传多样性较高,应加强对云南水稻地方品种的有效保护和籼粳分化等研究。

基于表型性状和SSR分子标记的云南省水稻主要育成品种(系)的遗传相似性分析

利用株高等17个表型性状和48个SSR标记,对云南省18个育种部门(或课题组)自20世纪60年代以来选育的40个品种(系)进行遗传相似性分析。结果显示,基于17个表型性状,40个品种(系)间的遗传相似性系数值平均为0.244,籼型品种间为0.289,粳型为0.309,籼粳亚种间为0.162;基于48个SSR分子标记,40个品种(系)间的遗传相似性系数值平均为0.383,籼型为0.318,粳型为0.478,籼粳亚种间为0.267;表明表型遗传相似性低于DNA水平。48个SSR分子标记共检测到214个等位基因(Na),每个标记平均为4.458个,变幅为2～8个;有效等位基因数(Ne)平均值为2.8336,变幅为1.1515～5.2981;多态性信息含量(PIC)平均值为0.6058,变幅为0.2118～0.8816;基因型多样性指数(H′)平均值为1.1328,变幅为0.3768～1.8087;其中RM84、RM249、RM152、RM222和RM528是评价云南省水稻选育品种(系)遗传相似性比较理想的SSR标记。聚类分析显示,云南省水稻主要选育品种(系)表现为亚种间遗传差异明显,亚种内遗传差异较小,粳型品种间遗传相似性高于籼型,表明云南省选育的粳型品种(系)遗传多样性低,尤其是同一育种部门(或课题组)选育的品种间遗传相似度较高。

甘蔗常用亲本及优良组合双亲间遗传相似性分析

采用18对SSR引物和15对AFLP引物对我国196份甘蔗常用亲本的遗传相似性进行分析,分别获得438和1192个标记,多态性位点比例分别是87.60%,80.80%,平均为84.2%;亲本遗传相似系数变幅介于0.4761～0.9099之间,总平均值为0.6673,遗传差异处于中等水平的亲本占了大多数,而差异较小和较大的都只是少数;45个甘蔗品种亲系的遗传相似系数分布在0.5687～0.6723,平均值为0.6723,91.11%甘蔗品种亲系的遗传相似系数集中在0.6100～0.7300之间,较理想的甘蔗杂交组合亲本间的遗传相似系数应为0.6723±0.0600;聚类分析表明,以遗传相似系数阈值约为0.700划分,育出45个品种所使用的30个亲本可分为9大类,在不同类型间选择亲本搭配的组合更容易选育出优良品种。

中国不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性研究

【目的】通过对中国旱稻地方品种的遗传多样性检测,分析不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性和遗传差异,为旱稻地方品种在水稻遗传育种中的有效利用提供理论依据。【方法】利用39对SSR引物对来自中国17个省份或地区的158份旱稻地方品种以及20份巴西旱稻种质进行SSR标记多态性、遗传相似性和聚类分析。【结果】在中国旱稻地方品种中共检测到等位基因308个,每对引物等位基因数变异在2—21个,平均等位基因数为7.8974个,其中RM72、RM241、RM232和RM412的等位基因数较多,分别为21、17、16和15个。Nei’s基因多样性指数变异在0.0435—0.8989,平均基因多样性指数为0.6153,其中RM232、RM72和RM241的基因多样性指数较高,分别为0.8989、0.8914和0.8883。籼型旱稻地方品种的平均等位基因数和平均基因多样性指数分别为6.4359和0.6227,而粳型旱稻地方品种分别为6.9744和0.5087。籼型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.4007—0.8959,平均为0.7168,而粳型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.5803—0.9581,平均为0.7643。【结论】籼型旱稻地方品种的基因多样性显著高于粳型旱稻地方品种;各省份或地区间粳型旱稻地方品种的遗传一致性高于籼型旱稻地方品种;各省份或地区粳型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置密切相关,而籼型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置未见相关。

基于SSR标记的太湖稻区常规粳稻DNA指纹图谱构建及遗传相似性分析

【目的】构建太湖稻区粳稻（Oryza sativa L.Subsp.Japonica）DNA指纹图谱,分析粳稻品种间的遗传相似性,为其育种和种子纯度鉴定提供参考。【方法】以19份太湖地区优质常规粳稻品种为材料,利用分布于水稻12条染色体上的24对SSR引物构建其DNA指纹图谱,并分析其遗传相似性。【结果】24对引物在19份粳稻品种中共检测到99个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因1~7个,平均为4.1个。筛选获得能完全区分19份粳稻材料的4对核心引物（RM190、RM18、RM297、RM5414）,其在19份粳稻中可扩增获得22个多态性片段;以RM190和RM18区分鉴别粳稻材料的能力最强,可以区别鉴定6个粳稻品种,RM297和RM5414仅能鉴别2个粳稻品种,RM297能鉴别常农粳5号和宁9103,RM5414能区分南粳47和常粳10-9。19份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.408~0.857,平均为0.605,遗传相似系数在0.500~0.700的材料占81.87%。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.550处,19份粳稻材料可聚为两大类群;在遗传相似系数0.620和0.570处,两大类群均可分为两个亚群。【结论】太湖地区常规粳稻品种遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,有待进一步加强引进和利用新的基因资源,创新水稻育种材料。

洱海四种鲤鱼线粒体DNA遗传相似性的初步研究

用 6种限制性内切酶对洱海的四种鲤鱼———洱海鲤 (C .barbatus)、春鲤 (C .longipectoralis)、大眼鲤 (C .megalophthalmus)和杞麓鲤 (C .carpiochila) ,其中前三种为洱海特有 ,进行了线粒体DNA(mtDNA)的限制性片段长度多态 (RFLP)分析 ,构建了它们的mtDNA限制性内切酶图谱。结果表明 ,这四种鲤鱼在种内和种间均缺乏mtDNARFLP。这种现象在鱼类种间的mtDNA的RFLP研究中是罕见的。分析这一现象的原因 ,可能在于这些物种是同域形成物种 ,并且其分化时间还相当短。

36个杧果引进品种的遗传相似性研究

采用SSR标记方法,对来自7个国家的36份杧果品种进行了遗传相似性分析,目的是为杧果育种亲本合理选配、现有国外种质的充分发掘利用提供科学依据。结果表明,15对SSR引物共检测到86个等位基因,平均每对引物检测到5.7333个,引物mMiCIR024的等位基因数最多,有11个,mMiCIR028最少,仅有3个;遗传相似性系数变异为0.2154～0.9108;基于SSR标记,在相似系数为0.663水平上,聚类分析结果将36个杧果品种分为7大类。该研究表明杧果品种的相似性系数与地理起源有密切的关系。

我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。从已公布的40对水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段。据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0.58以上,而供试香稻品种的遗传相似系数在0.64以上,基本反映了不同品种间的亲缘关系。

33份杂交稻亲本的SSR指纹图谱构建及遗传相似性分析

选用分布在12条染色体上84对SSR引物,对6个粳型和4个籼型核质互作雄性不育系、14个籼型和9个粳型父本,共33份杂交稻亲本材料进行遗传相似性分析,并建立SSR指纹图谱数据库。结果表明：在33份材料中能够扩增出多态性的引物有54对,占所用引物的64.3%;33份材料间遗传相似系数变异范围为0.429~0.988,在遗传相似系数0.65处,33份材料被聚为籼、粳2个大类群;利用14对引物能将33份材料区分,引物RM264能将‘Ⅱ-32A’、‘协青早A’、‘冈46A’和‘K17A’4个籼型不育系与籼型恢复系区分开,引物RM432能区别5个粳型不育系与粳型可育品种,引物RM6、RM13、RM16、RM240、RM247和RM248均能鉴别籼、粳亚种。利用这6对引物的共显性标记可以鉴别籼粳亚种间杂交组合。

太湖地区24份杂交粳稻DNA指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用SSR标记对24份太湖地区杂交粳稻品种初步建立了DNA指纹图谱和进行遗传相似性分析.结果表明：24对引物在研究材料中共检测到105个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为4.38个.筛选出5对核心引物（RM336、RM72、RM1195、RM19和Rm^267）建立了24份材料的DNA指纹图谱.24份材料之间的相似系数变化范围为0.69～0.99,相似系数比较大,表明供试材料的遗传基础多样性相对狭窄.在遗传相似系数0.71水平处可以将24份材料分为3个类群.

粳稻品种(系)SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用47对SSR引物所检测出的114个等位基因位点对江苏省大面积种植的48份粳稻品种（系）进行了遗传相似性分析,在47对具有多态的SSR引物中选择其中17对多态性好、带型清晰的SSR引物构建48份粳稻品种（系）的指纹图谱。结果显示,17对SSR引物构建的指纹图谱可以将48份粳稻品种（系）逐一区分开来。48份粳稻品种（系）间遗传相似系数的变异范围为0.65~0.98。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.69处,可将48个粳稻品种（系）分为3类,绝大多数品种（系）都聚为第三类群,说明江苏省大面积种植的粳稻品种（系）的遗传基础相对比较狭窄。

玉米衍生自交系的遗传相似性及相关概念

生物技术的发展推动玉米育种技术进步,同时为新品种保护提供了新的技术手段。采用DNA分子标记技术可以建立玉米品种DNA分子指纹图谱,育种家可以采用这项技术鉴定自交系的遗传特征,监测和保护其品种权免受侵犯。制定基于SSR技术的玉米品种分子测试技术指南是可行的,但仅凭借目前的SSR分子标记技术进行新品种DUS测试存在严重缺陷。从杂交种分离二环系是当前我国玉米育种者选育自交系的途径之一,确定适宜的衍生品系遗传相似性的临界值直接关系到玉米品种权的保护。发展中国家已经在生物技术发展的竞争中处于劣势,现阶段植物新品种保护DUS测试不能以谱带分析为标准,仍然以形态特征描述为主要依据,分子指纹图谱技术可以作为辅助证据。

一组水稻种质资源的遗传相似性及群体结构分析

育种的成功基于试验材料中具有可利用的遗传变异,了解种质资源的群体机构及遗传变异范围是作物遗传改良的先决条件。本试验通过利用每3 Mb bin均匀分布于水稻染色体的156个SSR标记子,分析了一组(184个)用于干旱适应性研究的水稻种质资源的遗传相似性及群体结构。结果显示,水稻中确实存在着可供利用的遗传多样性,但也存在着普遍的遗传相似性,如国际水稻所的IR品种及菲律宾国家水稻所的PR及BP水稻品种。通过利用Structure中的混合模型对该184个水稻品种在K=3和K=7时的分析表明,群体结构普遍存在于相同类型或亚种的水稻品种中,籼稻及粳稻品种具有相对明显的群体结构,同一亲本的衍生后代具有显著的遗传相似性和群体结构,不同的群体均存在一定程度的遗传混合。对该组干旱适应性水稻种质资源的遗传相似性及群体结构的研究为今后的抗旱性基因的联合作图,也为合理选择亲本进行水稻抗旱性改良提供了有价值的遗传信息。