用微卫星标记技术对国内BALB/c小鼠遗传质量的分析

为了解和掌握国内BALB/c小鼠遗传质量状况 ,验证微卫星标记技术在近交系小鼠遗传检测中应用的可靠性 ,应用所筛选的小鼠不同染色体上的 14个微卫星基因座 ,通过PCR扩增对北京、上海、沈阳、广州、长春、重庆和哈尔滨 7个地区 11个厂家提供的BALB/c小鼠进行遗传质量分析。结果北京、上海、哈尔滨及广州地区 7家BALB/c小鼠在 14个基因座均呈现一条清晰条带 ,且群体间呈单态性。沈阳、广州、长春和重庆 4个群体有 8个基因座在群体内表现杂合或呈多态性 ;其中沈阳和长春分别在 1个基因座上表现多态性和杂合 ;广州另一群体有 4个基因座出现杂合或多态性 ;重庆群体有 7个基因座表现为杂合或多态性 。

基于PCR-LDR平台的近交系小鼠遗传质量快速检测方法

目的建立基于PCR-LDR平台的近交系小鼠SNP快速分型方法,用于检测实验小鼠的遗传质量与品系纯度。方法利用可移植性极高的PCR-LDR技术,以常见近交系小鼠为研究对象,选取了21条染色体上的45个SNP位点,分别设计引物和探针,经过筛选和验证,建立了多重PCR-LDR(polymerase chain reaction and ligase detection reaction,PCR-LDR)分型方案。结果四组多重PCR-LDR可实现45个SNP位点的基因分型,其中43个、44个与45个SNP在样本中的检出率分别为100%、90.9%与36.4%。所有样本经分型确定为纯合体,并得到了常见近交系小鼠SNP位点信息。结论实现了常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

2011—2017年实验动物遗传质量评价能力验证结果分析

目的通过分析2011—2017年实验动物遗传质量评价能力验证计划的结果,旨在发现各实验室在实验动物遗传质量评价方面存在的问题,了解我国实验动物质量控制的发展趋势。方法按照ISO/IEC17043实施6次能力验证计划,统计各实验室检测能力的变化,对所有参加实验室的能力给予评价。结果全国各实验室累计57次参加了2011—2017年的6次能力验证活动,整体满意率为82.5%。6次能力验证活动的满意率分别为60.0%、80.0%、90.0%、80.0%、90.9%和81.8%,个别实验室出现多次不满意结果。结论通过开展能力验证活动,全国实验动物检测实验室的检测能力得到提升,为我国实验动物质量检测评价体系的建设提供了重要支撑。

辽宁省6种常用近交系小鼠10个微卫星位点的遗传质量检测报告

目的利用微卫星技术对辽宁省6种近交系小鼠进行遗传质量分析。方法根据Mouse Genome Database和相关文献选取10个多态信息丰富的位点和引物,进行PCR扩增和PAGE电泳,对小鼠的遗传多态性进行研究。结果不同品系小鼠同一位点的扩增结果表现出多态性,同一品系同一位点表现单态性,所有小鼠的10个位点都处于纯合状态;遗传距离分析表明,C57BL/10与C57BL/6J小鼠之间的遗传距离最近,为0.1021,遗传距离最远的是BALB/c与C57BL/10、C57BL/6J,分别为0.1635和0.1614。结论运用所筛选的10个微卫星位点可以对近交系小鼠进行遗传质量检测,说明该方法具备可行性。

黄鳍棘鲷放流苗种的遗传质量评估

【目的】评估黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)增殖放流苗种的遗传质量。【方法】对黄鳍棘鲷放流苗种和自然群体的遗传多样性水平、遗传分化和近交程度等进行对比分析。【结果】放流苗种群体的等位基因数目NA(均值为9.917)大于自然群体NA(均值为8.083);而放流苗种群体的观测杂合度HO(均值为0.646)、期望杂合度HE(均值为0.694)和多态信息含量PIC(均值为0.654)均小于自然群体的HO(均值为0.651)、HE(均值为0.707)和PIC(均值为0.659)。此外,放流苗种群体和自然群体之间的存在一定的遗传分歧,遗传分化指数FST为0.011,但分歧程度不高,且近交程度系数均值F和FIS均大于自然群体的对应系数。【结论】黄鳍棘鲷放流苗种存在一定遗传质量缺陷,不能满足增殖放流要求,可能会自然群体产生负面影响。

近交系小鼠核心群和生产群遗传质量监测

目的:对常用的近交系小鼠核心群和生产群进行遗传质量监测,观察2者之间的遗传质量差异,为近交系小鼠保种繁殖方法的改进提供理论依据。方法:采用生化标记法和微量细胞毒实验对3个近交系小鼠BALB/c、C57BL/6、DBA/2的核心群(n=6)和生产群(n=30)进行遗传质量监测。生化标记法检查的位点有Idh-1、Car-2、Gpd-1、Hbb、Es-1、Es-2、Mod-1、Es-3和Akp-1;微量细胞毒实验检查的位点有Thy-1、H-2K和H-2D。结果:在所监测的9个生化标记位点上,核心群和生产群都符合品系标准。在免疫学位点上,3个品系的核心群和DBA/2品系的生产群符合品系标准,C57BL/6和BALB/c的生产群中分别发现2个(Thy-1a/b和H-2Db/d)和4个(H-2Kd/b)变异的个体;H-2Kb抗血清对BALB/c的细胞毒指数明显升高。结论:近交系小鼠核心群和生产群在遗传质量上可能出现差异,生产群的遗传质量问题应引起高度重视。

实验红鲫C1HD系遗传质量控制地方标准的研究

实验红鲫是我国本土实验鱼类。实验红鲫C1HD系是已经培育成功的一种近交系鱼类。基于实验红鲫标准化研究和验证性试验,湖南省质量技术监督局编制发布了《实验鱼类实验红鲫C1HD系遗传质量控制》的湖南省地方标准。该标准包括前言、范围、规范性引用文件、术语和定义、主要生物学特性、繁殖方法、养殖环境、遗传学质量检测及附录A、B、C等内容。

遗传质量对水青树(Tetracentron sinense Oliv.)种子特征及幼苗初期生长的影响

通过对不同授粉处理后的水青树种子特征及幼苗生长等指标进行比较分析,探讨遗传质量对水青树种子和幼苗适合度的影响。研究发现,不同授粉处理后的水青树种子的宽和厚、千粒重、饱满度,以及萌发率和发芽势均存在显著差异:来自异株异花授粉处理的种子的厚度、千粒重、萌发率和发芽势均明显高于自花和同株异花授粉处理,其幼苗茎的生长优于自花授粉及自然授粉的幼苗,根的生长在后期也超过了这2种处理;来自自然授粉的水青树种子的宽度、厚度和萌发率均明显低于自花授粉和同株异花授粉处理,而其长度、千粒重、发芽势等指标均与自花授粉处理的种子没有明显区别。结果表明:种子遗传质量显著影响水青树种子和幼苗的适合度,异株异花授粉后的种子和幼苗的适合度最高。自然生境中水青树的自交生殖策略可能与其恶劣的环境条件(其花期与雨季重合)和种群密度过小有关。

实验动物专业技术培训和教学中强化遗传质量控制意识

实验动物遗传质量控制对实验动物生产和科学研究及生物医药产业有重要的影响,应该受到高度重视,但在实际工作中由于动物遗传质量问题发生滞后性和具隐蔽性等原因,使得实验动物的遗传质量问题长期存在。实验动物专业人员是未来动物实验的执行者、监督者和管理者。本文结合实验动物管理和应用动物进行科学研究的实际工作经验,从实验动物生产和动物实验过程中可能出现的遗传质量问题出发,在对实验动物专业技术人员培训和医学生实验动物教学中,分析问题可能的原因,提出了相应的解决办法和建议。通过教育和培训过程中的理论和实例的阐述,强化了专业技术人员和医学实验工作者对实验动物遗传质量控制重要性的认识,旨在保证实验动物的遗传质量,提高动物实验的真是性和准确性。本文也可为非专业技术人员处理实验动物遗传质量问题提供参考。

用DNA指纹技术分析Z:ZCLA长爪沙鼠的遗传质量

目的探讨清洁级Z:ZCLA长爪沙鼠遗传组成和遗传质量。方法用重组33.6小卫星探针对清洁级Z:ZCLA长爪沙鼠核心群的20个个体进行Southern blotting检测。结果在7-15 kb的分子范围内,该品系所有个体产生5-6条分子杂交条带;其中在8-9 kb位置上,某些个体的分子标记呈多态性变化,其余位置的标记无多态性,经统计,该品系核心群的个体间相似系数约为0.95。结论该群体的多态性不够高,可能与因群体样本含量较小有关。

诸氏鲻虾虎鱼封闭群遗传质量评价方法的建立

目的分析诸氏鲻虾虎鱼封闭群和野生群的遗传差异,建立诸氏鲻虾虎鱼封闭群遗传质量评价方法。方法利用20个微卫星标记对诸氏鲻虾虎鱼野生群和封闭群进行STR分型,计算群体间遗传杂合度和遗传分化状况,并分析样本量对遗传参数的影响。结果诸氏鲻虾虎鱼封闭群和野生群在20个微卫星位点的平均无偏期望杂合度(He)分别为0.6927和0.7162。封闭群与野生群间遗传分化较小,且当样本量达到30尾以上后,平均等位基因数趋于稳定。结论遗传杂合度是否在0.5~0.7之间可较好将诸氏鲻虾虎鱼封闭群与野生群区分,适于作为诸氏鲻虾虎鱼封闭群遗传质量合格与否的判定指标。

应用微卫星技术分析评价虎皮猫群体的遗传质量

目的应用微卫星DNA标记检测法评价虎皮猫群体的遗传结构。方法应用37个微卫星位点对25只虎皮猫的DNA样本进行PCR扩增,利用软件POPGEN1.32,对扩增产物的测序结果进行统计分析,获得虎皮猫群体的遗传结构参数。结果该虎皮猫群体的平均观测等位基因数是4.7027,平均有效等位基因数是2.6907,平均有效杂合度是0.6021,平均多态性信息含量是0.5520。结论微卫星DNA标记检测法能够应用于虎皮猫群体的遗传质量检测,该虎皮猫群体的遗传结构符合封闭群实验动物的结构特征。

三品系裸小鼠遗传质量的比较

用同工酶电泳、微量细胞毒和琼脂双向扩散法，检测了国内３个单位生产的ＢＡＬＢ／ｃＡ－ｎｕ、Ｓｗｉｓｓ－ｎｕ和ＮＣ－ｎｕ小鼠的遗传质量，发现它们的遗传质量均存在一些问题，作者针对这一情况进行了分析并提出建议。

基于多重PCR靶向二代测序的近交系小鼠遗传质量监测方法建立

目的建立基于多重PCR靶向二代测序的小鼠遗传质量监测方案。方法从小鼠单核苷酸多态性(SNP)数据库筛选出相对均匀分布在20条染色体上的112个SNP位点,然后对SNP位点附近片段进行多重PCR扩增,建库后进行Illumina高通量测序,对原始测序数据进行生物信息学分析获得SNP信息。结果测序结果显示,多重PCR的扩增子均一性好,各片段成功率高达90%以上,特异性高,高深度测序条件下, SNP位点的等位基因比例趋近于1或0,符合纯合子条件;分析4批近交系小鼠样本,表明SNP位点成功鉴定的比例分别为99.82%, 92.00%, 99.10%和90.35%,且所有小鼠品系个体的SNP位点均为纯合,并被成功确定为目标品系;品系间两两比较,最大差异数为73个,最小差异数为3个,差异位点平均数为53个,差异中位数为60个,显示出本方案对常见近交系小鼠品系分辨率较高。结论多重PCR靶向二代测序方案的SNP分型方案是一种准确、快速、高效的基因分型方案,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

红鳍笛鲷放流苗种的遗传质量监测

目前中国的放流苗种遗传质量监测方法尚未建立,导致放流项目在苗种筛选过程中普遍未考查苗种的遗传质量。随着放流规模和范围的扩大,这一盲点将对放流海域的自然种群产生日益严重的遗传威胁。为逐步建立放流苗种遗传质量监测方法,该研究从遗传分歧度、遗传多样性水平、近交程度、遗传信息保持能力4个方面对比了红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterus)放流苗种群体与自然群体,对其遗传质量进行了分析。结果表明,两群体间存在微弱遗传分歧(F_(ST)=0.016 1);放流苗种群体的遗传多样性水平和有效种群大小低于自然群体,而其近交系数均值与F_(IS)大于自然群体。上述比较证明,该苗种的遗传多样性素质低于自然群体,在遗传质量方面不能满足增殖放流要求,如果将此苗种进行放流可能产生多种负面遗传影响。从各指标偏差率看,有效种群大小的偏差率最高(-35.34%)是该苗种最突出的遗传质量缺陷。

基于高通量靶向测序的大鼠遗传质量检测方案建立

目的:将高通量靶向测序运用于实验动物DNA单核苷酸多态性检测,为监测大鼠遗传质量与品系鉴定提供一种新的方法。方法:利用多重PCR技术,以不同品系大鼠为研究对象,选取了21条染色体上的90个单核苷酸多态性(SNP)位点,构建扩增子文库,并通过二代测序仪进行高通量测序,以生物信息学手段分析SNP位点状态。结果:对SHR、WKY、GK、F344共4个近交系及SD封闭群大鼠进行SNP分型,不仅能够检测出近交系大鼠纯合子的情况,还能很好的区分出不同品系的大鼠。结论:本实验建立了一条高通量测序管道,实现了常见近交系大鼠快速、高通量的基因分型,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

基于指标综合特征的耕地遗传质量和动态质量评价

基于耕地资源内在禀赋特征与外在利用水平的综合视角从静态和动态2个维度评价耕地质量,对实现耕地数量、质量、生态“三位一体”保护具有重要意义。该研究基于指标综合特征的内在属性特征和外在利用水平2个维度构建指标响应时间(Indicator Response Time,IRT)和人为干扰程度(Degree of Human Interference,DHI)2个指标,将耕地质量评价指标划分为遗传指标和动态指标,并将耕地质量分为遗传质量和动态质量,从遗传质量和动态质量2个维度衡量耕地质量,并以河北省曲周县为例进行实证研究。结果表明:1)基于指标综合特征将耕地质量划分为遗传质量和动态质量,从相对稳定的遗传质量和较高变异的动态质量2个维度评价耕地质量,更能体现自然环境和人为活动变化对耕地质量的影响,对耕地质量建设与提升具有积极作用;2)曲周县耕地综合质量以高等和中等为主,共占耕地总面积的82.33%,而耕地遗传质量和动态质量均以高等地为主,分别为耕地总面积的60.65%和50.18%,主要分布于县域北部和南部地区;3)曲周县耕地遗传质量和动态质量均以高等地的面积最大,为耕地总面积的29.19%,分别占高等遗传质量和高等动态质量面积的48.13%和58.17%;相同土壤类型的耕地遗传质量普遍比耕地动态质量高,且耕地遗传质量的空间变异程度较低;4)曲周县耕地遗传质量平均等级略微大于耕地动态质量平均等级,但耕地遗传质量和动态质量相等与略微差异的面积占耕地总面积的85.36%,其中,遗传质量等于动态质量的面积为耕地总面积的37.17%。该研究有利于建立保护遗传质量和提升动态质量的基本理念,可为土地综合整治和高标准农田建设提供基础依据。

利用微卫星标记对四带无须鲃不同种群的遗传质量评价

目的分析四带无须鲃封闭群及近交群的遗传质量。方法筛选多态性丰富的四带无须鲃微卫星序列,通过构建两个多重PCR反应体系再利用毛细管电泳技术进行分型,开展群体遗传多样性分析。结果野生群、WT封闭群、BT封闭群及近交群的平均等位基因数分别为6.5833、3.1667、3.0833和3.1818,平均多态信息含量分别为0.5969、0.3748、0.4159和0.4241。群体遗传质量检测分析表明:4个群体间遗传分化结果和近交群由野生群、封闭群逐渐筛选获得的过程相符。结论筛选的微卫星标记可用于四带无须鲃不同群体的遗传质量分析,为其遗传质量控制及监测提供方法基础。

微卫星技术对近交系小鼠遗传质量的分析

目的对14个品系近交系小鼠24个微卫星座位进行遗传分析，以期用微卫星位点分析法区分不同近交系小鼠。方法通过Mouse Genome Informatics数据库确定合适的微卫星位点和引物，对近交系小鼠基因组DNA进行扩增，分析不同品系小鼠在所选微卫星座位的基因片段，与数据库小鼠品系数据进行比较，并对14个品系近交小鼠进行了DNA多态性分析。结果24个微卫星位点在不同品系的小鼠之间具有多态性，不同品系小鼠之间的遗传距离为0．045～1．526；在不同的亚系之间也有具有多态性。结论微卫星标记方法能区分不同的近交小鼠品系、近交小鼠亚系，为小鼠遗传质量的检测提供了一个快捷简便的方法。