为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区...为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。展开更多
为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读...为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。展开更多
为探究中国新疆吐鲁番艾丁湖镇(后简称吐鲁番地区)小亚璃眼蜱的遗传进化特征及单倍型,本研究提取10份来自中国吐鲁番地区已经形态学鉴定为小亚璃眼蜱的DNA作为模板,采用本研究室设计的中国新疆地区优势璃眼蜱种16S r RNA基因通用引物,通...为探究中国新疆吐鲁番艾丁湖镇(后简称吐鲁番地区)小亚璃眼蜱的遗传进化特征及单倍型,本研究提取10份来自中国吐鲁番地区已经形态学鉴定为小亚璃眼蜱的DNA作为模板,采用本研究室设计的中国新疆地区优势璃眼蜱种16S r RNA基因通用引物,通过PCR进一步鉴定上述小亚璃眼蜱并测序;采用DNAMAN V 5.0软件分析吐鲁番地区10份小亚璃眼蜱16S r RNA基因与来自中国新疆(阿瓦提)、巴基斯坦、印度小亚璃眼蜱相应基因的同源性;经MEGA X软件构建小亚璃眼蜱与上述地区来源的小亚璃眼蜱16S r RNA基因的系统发育树,分析小亚璃眼蜱种的亲缘性和遗传多样性。PCR结果显示,10份小亚璃眼蜱均扩增出388 bp的目的基因片段,经BLAST比对结果显示10份样品均为小亚璃眼蜱;16S r RNA基因序列的同源性分析结果显示,本研究采集的10份小亚璃眼蜱之间的同源性最高,达99.57%,与来自巴基斯坦、印度、中国新疆(阿瓦提株MG651939)小亚璃眼蜱的同源性分别为99.55%、99.17%及99.11%;16S r RNA基因的遗传进化分析结果显示,中国新疆吐鲁番的小亚璃眼蜱1、3、9及10聚为一小支,遗传距离较近;小亚璃眼蜱2、4~8与巴基斯坦、印度及中国新疆小亚璃眼蜱聚为一大支,遗传距离较近。提示,中国吐鲁番地区的小亚璃眼蜱可能来自巴基斯坦。采用DNA SP V5.0软件统计吐鲁番及上述国家或地区小亚璃眼蜱的单倍型数量(Np)、单倍型多样性(Hd)及核甘酸多样性(pi);采用Popart v1.7软件构建吐鲁番及上述国家或地区小亚璃眼蜱的单倍型网络图。结果显示,来自4个不同国家或地区小亚璃眼蜱的Np为8,分别为Hap_1~Hap_8,Hd为0.572、pi为0.01156。与其他3个地区相比,中国吐鲁番地区小亚璃眼蜱的Np最高为7、Hd为0.911、pi为0.02593。小亚璃眼蜱单倍型网络图显示,在4个国家或地区小亚璃眼蜱仅共享单倍型Hap_1,其他3个地区存在单倍型Hap_2~Hap_8。中国吐鲁番地区小亚璃眼蜱不仅共享单倍型Hap_1,还存在单倍型Hap_3~Hap_8。上述结果表明吐鲁番地区小亚璃眼蜱可能来源于中国新疆阿瓦提地区及巴基斯坦,且其遗传多样性较为丰富。本研究为了解蜱种群间的种属鉴定和遗传进化关系等提供参考依据。展开更多
文摘为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。
文摘为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。
文摘为探究中国新疆吐鲁番艾丁湖镇(后简称吐鲁番地区)小亚璃眼蜱的遗传进化特征及单倍型,本研究提取10份来自中国吐鲁番地区已经形态学鉴定为小亚璃眼蜱的DNA作为模板,采用本研究室设计的中国新疆地区优势璃眼蜱种16S r RNA基因通用引物,通过PCR进一步鉴定上述小亚璃眼蜱并测序;采用DNAMAN V 5.0软件分析吐鲁番地区10份小亚璃眼蜱16S r RNA基因与来自中国新疆(阿瓦提)、巴基斯坦、印度小亚璃眼蜱相应基因的同源性;经MEGA X软件构建小亚璃眼蜱与上述地区来源的小亚璃眼蜱16S r RNA基因的系统发育树,分析小亚璃眼蜱种的亲缘性和遗传多样性。PCR结果显示,10份小亚璃眼蜱均扩增出388 bp的目的基因片段,经BLAST比对结果显示10份样品均为小亚璃眼蜱;16S r RNA基因序列的同源性分析结果显示,本研究采集的10份小亚璃眼蜱之间的同源性最高,达99.57%,与来自巴基斯坦、印度、中国新疆(阿瓦提株MG651939)小亚璃眼蜱的同源性分别为99.55%、99.17%及99.11%;16S r RNA基因的遗传进化分析结果显示,中国新疆吐鲁番的小亚璃眼蜱1、3、9及10聚为一小支,遗传距离较近;小亚璃眼蜱2、4~8与巴基斯坦、印度及中国新疆小亚璃眼蜱聚为一大支,遗传距离较近。提示,中国吐鲁番地区的小亚璃眼蜱可能来自巴基斯坦。采用DNA SP V5.0软件统计吐鲁番及上述国家或地区小亚璃眼蜱的单倍型数量(Np)、单倍型多样性(Hd)及核甘酸多样性(pi);采用Popart v1.7软件构建吐鲁番及上述国家或地区小亚璃眼蜱的单倍型网络图。结果显示,来自4个不同国家或地区小亚璃眼蜱的Np为8,分别为Hap_1~Hap_8,Hd为0.572、pi为0.01156。与其他3个地区相比,中国吐鲁番地区小亚璃眼蜱的Np最高为7、Hd为0.911、pi为0.02593。小亚璃眼蜱单倍型网络图显示,在4个国家或地区小亚璃眼蜱仅共享单倍型Hap_1,其他3个地区存在单倍型Hap_2~Hap_8。中国吐鲁番地区小亚璃眼蜱不仅共享单倍型Hap_1,还存在单倍型Hap_3~Hap_8。上述结果表明吐鲁番地区小亚璃眼蜱可能来源于中国新疆阿瓦提地区及巴基斯坦,且其遗传多样性较为丰富。本研究为了解蜱种群间的种属鉴定和遗传进化关系等提供参考依据。
