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基因间隔序列(ITS)在细菌分类鉴定和种群分析中的应用 被引量:51
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作者 郑雪松 杨虹 +1 位作者 李道棠 韩文卿 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 2003年第6期678-684,共7页
Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not ... Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not divergent enough to give good separation in close relationships. This paper summarizes the structures and characteristics of ITS regions that are extremely variable in copy number,length and sequence per genome. The ITS region can be amplified easily taking advantage of conserved nucleotide stretches at the 5’ of the 16S and 3’ of the 23S gene,and the amplicon can contain different amounts of the 16S rDNA by choosing primers at different conserved areas within this gene. These primers are listed and discussed for perfecting the methodology of ITS. Furthermore,some recent progresses on the taxonomy,identification and community analysis of bacteria by means of ITS in epidemiology,ecology and artificial environment are reviewed,as well,the virtues and limitations of that method are discussed. Fig 2,Tab 1,Ref 展开更多
关键词 基因间隔序列 16SrRNA 细菌分类鉴定 种群分析
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应用5S rDNA间隔序列分析鉴定体细胞杂种 被引量:18
2
作者 周爱芬 徐春晖 +2 位作者 向凤宁 夏光敏 陈惠民 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期529-532,共4页
Three intergeneric somatic hybrids (wheat(+) Haynaldia villosa, wheat(+) Bromus inermis, wheat(+) Agropyron elongatum) and one interfamily somatic hybrid between Vitis vinifera and Bupleurum scorzonerifollium were ana... Three intergeneric somatic hybrids (wheat(+) Haynaldia villosa, wheat(+) Bromus inermis, wheat(+) Agropyron elongatum) and one interfamily somatic hybrid between Vitis vinifera and Bupleurum scorzonerifollium were analyzed by PCR with two kinds of primers.The results showed that in the electrophoresis pattern of the PCR products the somatic hybrids had the characteristic bands of two parents and (or) new bands.This research reveals that PCR analysis with 5S rDNA spacer sequence primers can be used for the identification of somatic hybrids at the molecular level and it is a good method because of its simplicity and good reproducibility. 展开更多
关键词 体细胞杂种 5SrDNA 间隔序列 PCR
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基因间隔序列(ITS)在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用 被引量:14
3
作者 徐田军 刘楚吾 +2 位作者 刘丽 董秋芬 杨叶欣 《湛江海洋大学学报》 CAS 2006年第1期84-88,共5页
关键词 基因间隔序列(ITS) 种质鉴定 遗传多样性
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5S rDNA间隔序列分析和RAPD技术用于鉴定体细胞杂种 被引量:4
4
作者 赵同金 向凤宁 +2 位作者 聂卉 夏光敏 陈惠民 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期120-124,共5页
主要对狭叶柴胡 (Bupleurumscoronerifolium)与川西獐芽菜 (SweritamusstiiFranch)的科间体细胞杂种愈伤组织、小麦 (Triticumaestivum)与燕麦 (Avenasativa)的族间体细胞杂种愈伤组织及再生植株进行 5SrDNA间隔序列及RAPD分析鉴定 。
关键词 5SrDNA 间隔序列分析 RAPD技术 体细胞杂种 柴胡 川西獐芽菜
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几种灵芝rDNA基因间隔序列分析与鉴定 被引量:2
5
作者 张凤琴 张旺凡 +1 位作者 李小龙 赵彤 《中国现代医学杂志》 CAS 北大核心 2016年第21期35-39,共5页
目的基于基因间隔序列(ITS)序列对灵芝进行分类。方法培养灵芝、提取DNA、优化聚合酶链反应(PCR)体系、纯化与克隆、测序、构建遗传进化树、进行遗传分析。结果经过一系列的梯度实验得知优化的PCR体系为25μl反应混合物中含模板DNA 25ng... 目的基于基因间隔序列(ITS)序列对灵芝进行分类。方法培养灵芝、提取DNA、优化聚合酶链反应(PCR)体系、纯化与克隆、测序、构建遗传进化树、进行遗传分析。结果经过一系列的梯度实验得知优化的PCR体系为25μl反应混合物中含模板DNA 25ng、Mg^(2+)为2.0 mmol/L、dNT Ps 200μmol/L、Taq 1.5 U、引物为20 pmol;最佳反应程序为93℃预变性4min,93℃变性40s,59℃退火40s,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃继续延伸7min,4℃无限循环。所采用的HZ002、DZ003、NZ004和XC005在遗传进化树上面十分接近,说明其可以划分为同一菌属,同属于灵芝菌属。结论基于ITS序列对灵芝进行分类,与其他的分子标记技术所取得的分类结果一致,证实依据ITS序列来对真菌菌属进行分类是十分合理的。 展开更多
关键词 灵芝 聚合酶链反应 基因间隔序列 遗传进化
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基于样本熵的神经元放电脉冲间隔序列分析 被引量:1
6
作者 周保琢 梁振 +1 位作者 姚志模 周逸峰 《北京生物医学工程》 2012年第5期467-473,共7页
目的神经元动作电位的放电脉冲间隔(interspike interval,ISI)序列包含丰富的时空编码信息,但这种丰富的时空编码信息所蕴含的生理信息没有得到很好的揭示,本文采用样本熵工具量化并分析ISI序列中可能包含的生理信息。方法采用胞外多通... 目的神经元动作电位的放电脉冲间隔(interspike interval,ISI)序列包含丰富的时空编码信息,但这种丰富的时空编码信息所蕴含的生理信息没有得到很好的揭示,本文采用样本熵工具量化并分析ISI序列中可能包含的生理信息。方法采用胞外多通道微电极记录猫的初级视皮层神经元对正弦光栅的反应动作电位,在不同时间尺度下采用抖动方法生成与原始动作电位序列在编码层次上等价的ISI序列,然后利用样本熵工具分析这些ISI序列包含的生理信息,将样本熵与神经元发放率进行关联分析。本文还研究了猫初级视觉皮层细胞的方位选择性与样本熵的关系,并分析不同时间尺度对样本熵的影响。结果神经元的样本熵与发放率之间呈反相关关系,并在所有时间尺度上都显著。在猫初级视觉皮层8个细胞的方位选择性与样本熵之间的关系中,6个细胞具有显著反相关关系。而时间尺度的选择对样本熵的影响较小,呈弱反相关关系。结论基于样本熵的神经元ISI序列分析结果表明,样本熵一定程度上反映细胞的生理信息,为研究其他神经体系动作电位包含的生理信息提供参考。 展开更多
关键词 样本熵 时间间隔序列 时间尺度 不应期 生理信息
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间隔序列与拟对称映射 被引量:1
7
作者 娄曼丽 《数学杂志》 CSCD 北大核心 2015年第3期705-708,共4页
本文研究了欧式空间上拟对称映射的不变量问题,利用定义集合间隔序列的方法,获得了一个新的d-维拟对称映射的不变量,深化了Lipschitz不变量研究中类似的结果.
关键词 分形 间隔序列 拟对称映射
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复杂周期信号的等间隔序列分选 被引量:1
8
作者 尉宇 王涛 《舰船电子工程》 2008年第12期68-70,134,共4页
分析各种周期信号在直方图上的规律,提出一种等间隔序列方法来分选复杂周期信号,利用等间隔序列比原序列含有更丰富的周期信息,减小了直方图方法在复杂信号环境中判别信号周期的级数和复杂性,从而提高了分选"周期性信号"的速度。
关键词 信号分选 间隔序列 周期性信号
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胰蛋白酶原基因与T淋巴受体Vβ7.2片段之间的间隔序列分析
9
作者 郑宗富 谢仁伟 +2 位作者 刘永平 徐国焱 陈少华 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2008年第9期717-719,共3页
目的鉴定人类T淋巴细胞受体β链基因(Tcell receptor beta-chain,TCRβ)上两个毗邻基因,即胰蛋白酶原基因(cationictrypsinogen,PRSS1)与TCR Vβ7.2片段之间的间隔序列在胰腺炎和健康人群中的分布情况。方法对来自3位胰腺炎患者及2位健... 目的鉴定人类T淋巴细胞受体β链基因(Tcell receptor beta-chain,TCRβ)上两个毗邻基因,即胰蛋白酶原基因(cationictrypsinogen,PRSS1)与TCR Vβ7.2片段之间的间隔序列在胰腺炎和健康人群中的分布情况。方法对来自3位胰腺炎患者及2位健康体检者的DNA样本利用特异引物进行聚合酶链反应(PCR)扩增,产物经电泳、纯化后直接测序,并分析该序列的碱基在胰腺炎组和正常人群中的组成情况。结果利用自行设计的引物在2份胰腺炎患者外周血DNA样本中扩增出片段长度约为2.6 kb的条带,DNA测序结果显示两个毗邻基因之间的片段在健康人群和胰腺炎人群中均不是稳定组成。结论TCRβ序列中胰蛋白酶原基因(PRSS1)与TCR Vβ7.2基因之间间隔序列存在不稳定性。 展开更多
关键词 胰蛋白酶原基因 T淋巴细胞表面受体β链基因 间隔序列 STR位点
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细菌启动子间隔序列的螺旋扭角分布与转录活性
10
作者 蔡禄 罗辽复 《包头钢铁学院学报》 CAS 2000年第1期74-79,共6页
考虑到碱基对梯阶之间的非紧邻相互作用 ,提出了B DNA局部螺旋结构参数的经验预测规则 使用变换矩阵R计算细菌启动子间隔序列的整体螺旋扭角 结果表明 ,细菌启动子的 - 35位和 - 1 0位保守区之间的间隔序列扭角与序列的精确顺序无关 ... 考虑到碱基对梯阶之间的非紧邻相互作用 ,提出了B DNA局部螺旋结构参数的经验预测规则 使用变换矩阵R计算细菌启动子间隔序列的整体螺旋扭角 结果表明 ,细菌启动子的 - 35位和 - 1 0位保守区之间的间隔序列扭角与序列的精确顺序无关 ,但与其长度有密切联系 结果支持间隔序列只是用来调节 - 35和 - 1 0区的相对方位 ,而调节的敏感元素正是螺旋扭角的假设 同时 。 展开更多
关键词 启动子 间隔序列 螺旋扭角 转录活性 细菌
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道路交通事故等间隔序列的灰色预测方法 被引量:7
11
作者 管红毅 李相勇 张殿业 《世界科技研究与发展》 CSCD 2004年第1期69-72,共4页
在分析道路交通系统灰色属性的基础上 ,论文提出可以将道路交通事故作为道路交通系统行为特征量处理 ,运用灰色理论和方法来进行道路交通事故预测 ,在此基础上 ,建立了道路交通事故的等间隔序列灰色预测模型 ,并运用实例验证了模型的实... 在分析道路交通系统灰色属性的基础上 ,论文提出可以将道路交通事故作为道路交通系统行为特征量处理 ,运用灰色理论和方法来进行道路交通事故预测 ,在此基础上 ,建立了道路交通事故的等间隔序列灰色预测模型 ,并运用实例验证了模型的实用性。 展开更多
关键词 道路交通事故 间隔序列 灰色预测方法 Smeed模型 回归预测
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3个木薯品种的叶绿体基因组16S rRNA-23S rRNA基因间隔序列的特征分析 被引量:3
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作者 李亚梅 段瑞军 +3 位作者 李瑞梅 刘姣 符少萍 郭建春 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2012年第10期1772-1777,共6页
以华南6、8、10号木薯为材料,通过PCR克隆3个木薯品种的叶绿体16S-23S基因间隔序列,与其他17种植物的该序列进行亲缘关系分析。从进化树可以看出,该序列进化分析符合Webster分类系统,同科植物可以很好的聚为1类。此外,3个木薯品种的16S-... 以华南6、8、10号木薯为材料,通过PCR克隆3个木薯品种的叶绿体16S-23S基因间隔序列,与其他17种植物的该序列进行亲缘关系分析。从进化树可以看出,该序列进化分析符合Webster分类系统,同科植物可以很好的聚为1类。此外,3个木薯品种的16S-23S基因间隔序列相似性高达99.94%;大戟科间的序列相似性为97.52%;其他植物科内的序列相似性不低于96%。该研究还分析了3个木薯品种16S-23S基因间隔序列的基因分布,该序列的基因分布情况一致,包含16S rRNA 5′端,trnI基因,ycf68基因,trnA基因,23SrRNA3′端,ISR-B,发现该序列的保守性较强,个别碱基差异并不影响基因分布,该研究可为后期木薯叶绿体遗传转化体系建立提供理论依据。 展开更多
关键词 木薯 叶绿体 16S-23S基因间隔序列
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利用16S~23S rDNA间隔序列对葡萄酒中的酒酒球菌的鉴定 被引量:1
13
作者 周利国 刘树文 +1 位作者 李西柱 王坐京 《酿酒科技》 2009年第5期39-41,共3页
对从宁夏银川地区自然发酵的葡萄酒中分离得到30株菌株,并对菌株进行分子鉴定、生理生化鉴定和酿酒适应性的筛选。从中优选出4株菌株,对筛选出的4株菌株分别进行了PCR扩增,得到它们的16S~23SrDNAITS片段,并测定所得到片段的DNA序列。... 对从宁夏银川地区自然发酵的葡萄酒中分离得到30株菌株,并对菌株进行分子鉴定、生理生化鉴定和酿酒适应性的筛选。从中优选出4株菌株,对筛选出的4株菌株分别进行了PCR扩增,得到它们的16S~23SrDNAITS片段,并测定所得到片段的DNA序列。将测定结果与GenBankDNA数据库已知的菌种对比,确定4株菌株均为酒酒球菌。 展开更多
关键词 微生物 菌株鉴定 16S^23S rDNA间隔序列 PCR 葡萄酒 酒酒球菌
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一类非等间隔序列灰色建模方法的改进 被引量:1
14
作者 郭原 潘惠英 郭文扬 《环境监测管理与技术》 1997年第4期31-33,41,共4页
对一类非等间隔序列的灰色建模方法进行了改进,提出在原序列前一个平均间隔单位位置上假设有一虚拟值零,然后改用线性回归来求解模型参数。实例表明,不仅简化了建模方法,模型精度亦有所提高。
关键词 灰色系统 线性回归 模型 环境监测 非等间隔序列
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桥梁技术状况非等间隔序列的灰色预测研究
15
作者 杨博 《山西建筑》 2008年第22期309-310,共2页
通过对传统的桥梁缺损状况灰色预测进行改进,提出基于非等间隔序列的灰色预测,解决了在实际桥梁评定中,许多桥梁没有每年评定,或者数据有强烈跳动,数据往往是非等间隔序列的预测问题。
关键词 桥梁 非等间隔序列 灰色预测
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CRISPR/Cas系统间隔序列同源质粒耐药信息与志贺菌耐药的关系 被引量:9
16
作者 张冰 王鹏飞 +6 位作者 段广才 梁文娟 洪丽娟 王琳琳 郭向娇 杨海燕 郗园林 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第10期881-887,共7页
目的比较志贺菌耐药信息与其spacer同源质粒或噬菌体耐药信息的关系。方法应用CRISPR Target和BLAST寻找spacer同源质粒和噬菌体,根据登记号在NCBI或GenBank中寻找目标质粒或噬菌体上的耐药信息;应用Bioedit软件寻找GenBank中志贺菌的... 目的比较志贺菌耐药信息与其spacer同源质粒或噬菌体耐药信息的关系。方法应用CRISPR Target和BLAST寻找spacer同源质粒和噬菌体,根据登记号在NCBI或GenBank中寻找目标质粒或噬菌体上的耐药信息;应用Bioedit软件寻找GenBank中志贺菌的的耐药信息。结果数据库及临床分离株志贺菌共52条spacer中有7个spacer与4个携带耐药基因的质粒同源;间隔序列CRISPR2-mel-3同源质粒pUMNF18_IncFV及携带该间隔序列的志贺菌mel-ss1998011/zz、mel-ss1998024/zz、mel-sf2005082/sx、mel-sf2013004/bj均含有相同耐药基因blaTEM、aadA2和dfrA12,间隔序列CRISPR-Q1-S1、CRISPR-Q4-S1同源的质粒pM5A24P及该间隔序列所在志贺菌sd1012均携带耐药基因ampC和tetB;间隔序列CRISPR3-mel-33同源质粒plasmid:5与该间隔序列所在志贺菌mel-sf2000102/zz均携带相同耐药基因ampH、mrdA,且二者均携带毒力相关基因yafO、yafN、virK、ldrB、ychO。该质粒上还存在I-F型CRISPR/Cas系统。结论志贺菌spacer同源质粒与该菌耐药信息分布存在相似性;CRISPR可能对志贺菌的耐药和毒力实现共调控。因此推测在最初前间隔序列整合到CRISPR基因座形成一个新的间隔序列的过程中,志贺菌可能将携带前间隔序列外源遗传物质的其他基因片段如耐药基因和毒力基因也整合到志贺菌基因组中,影响其生存及性状。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇规律间隔短回文重复序列 间隔序列 耐药
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志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析 被引量:4
17
作者 王鹏飞 王颖芳 +5 位作者 段广才 王琳琳 郭向娇 薛泽润 郗园林 杨海燕 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期261-268,I0003,共9页
目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运... 目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 重复序列 间隔序列 同源性
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空肠弯曲菌中规律成簇间隔短回文重复序列(CRISPR)的检测与结构分析 被引量:2
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作者 吴瑜凡 申进玲 +4 位作者 崔思宇 郭旸 吴福平 王翔 邵景东 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第24期139-144,共6页
规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是近年在原核生物中发现的针对噬菌体等外源遗传物质的干扰而进化出的获得性和可遗传性生物免疫系统。因其序列的高度多态性及携带遗传... 规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是近年在原核生物中发现的针对噬菌体等外源遗传物质的干扰而进化出的获得性和可遗传性生物免疫系统。因其序列的高度多态性及携带遗传信息的可追溯性,成为分子分型方法的理想位点。本研究对江苏地区分离的86株空肠弯曲菌基因组进行CRISPR结构的检测和分析。结果表明:36%的菌株基因组含有CRISPR结构,32株含有确定CRISPR结构的菌株均只含有1个CRISPR结构,CRISPR序列长度范围为92~366 bp;重复序列与数据库中出现频率最高的重复序列一致;识别到的间隔序列共111条,共分为17种类型,有10种类型的间隔序列与CRISPR DB数据库中公布的一致,有7种间隔序列为新报道的间隔序列,共55条,占总间隔序列的49.5%。通过同源性比对发现,间隔序列除与来自同属同种的质粒或噬菌体具有同源性外,有些还与其他致病菌的质粒或噬菌体具有同源性,这种现象说明空肠弯曲菌与其他致病菌可能存在基因的水平转移等信息交流方式。另外,通过CRISPR结构间隔序列的多样性,可以将38株空肠弯曲菌野生菌株分为5种不同的谱型。研究结果为空肠弯曲菌利用CRISPR结构进行分型和溯源提供数据基础。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR) 重复序列 间隔序列 同源性
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嗜热链球菌CRISPR序列的检测及原间隔序列预测 被引量:2
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作者 李婉 王娜娜 +1 位作者 张丹青 霍贵成 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2016年第10期252-258,共7页
CRISPR基因座中的间隔序列能够提供特异性免疫使宿主得以对抗那些携带相同序列的入侵元件,本研究旨在预测实验室3株嗜热链球菌的原间隔序列,为探究其抗噬菌体机制奠定基础。本文检测了3株嗜热链球菌的CRISPR序列,预测嗜热链球菌CRISPR... CRISPR基因座中的间隔序列能够提供特异性免疫使宿主得以对抗那些携带相同序列的入侵元件,本研究旨在预测实验室3株嗜热链球菌的原间隔序列,为探究其抗噬菌体机制奠定基础。本文检测了3株嗜热链球菌的CRISPR序列,预测嗜热链球菌CRISPR基因座的活性,构建重复序列的系统发育树,并对间隔序列进行同源性分析。结果显示供试菌S0含有3个CRISPR,S4仅含1个CRISPR,79含有4个CRISPR,CRISPR1基因座活性最高,CRISPR2基因座最不活跃。重复序列与标准菌株的相应重复序列高度保守,不同CRISPR的间隔序列在内容及数目上高度可变,它们的原间隔序列绝大部分来源于噬菌体,少数来源于质粒或染色体序列。供试菌79与嗜热链球菌MN-BM-A02及嗜热链球菌ASCC 1275的4个CRISPR序列均高度一致,推测其菌株同源性较高。验证了间隔序列是由宿主遭受噬菌体等外源基因元件侵染而获得的。 展开更多
关键词 嗜热链球菌 同源性 重复序列 间隔序列
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油松叶绿体DNA间隔序列特点及系统学意义 被引量:4
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作者 李毳 柴宝峰 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期143-147,共5页
对全国分布区12个天然油松种群进行取样,测定了叶绿体DNAtrnT-trnL、trnS-trnG、trnL-trnF基因间隔序列,分析了序列碱基组成特点及在松科系统分类中的意义.测序结果显示,3个片段碱基序列均富含A/T,长度依次为448bp、636bp和421bp,所测... 对全国分布区12个天然油松种群进行取样,测定了叶绿体DNAtrnT-trnL、trnS-trnG、trnL-trnF基因间隔序列,分析了序列碱基组成特点及在松科系统分类中的意义.测序结果显示,3个片段碱基序列均富含A/T,长度依次为448bp、636bp和421bp,所测片段在种群水平上十分保守,没有发现具有种内鉴别意义的碱基变异.但此片段适合于松科属间和种间的系统学分析,运用PHYLIP软件构建松科植物的邻接系统树,支持松科分为两个亚科的分类系统,拓扑结构表明松属与银杉属的关系最近.由于叶绿体DNA序列长度适中,扩增和测序较为容易,适合作为研究松科植物系统进化较为理想的分子标记. 展开更多
关键词 油松 cpDNA间隔序列 系统进化 分子标记
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