靶向高通量测序技术(tNGS)在下呼吸道感染病原体检测中的诊断价值

目的探讨靶向高通量测序(Targeted Next-generation Sequencing,tNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法选取2022年1月—2023年12月广西梧州人民医院收治的295例疑似下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均行痰或肺泡灌洗液tNGS与传统病原学检测(Traditional Pathogen Testing,CMTs),以CMTs为金标准,分析tNGS的灵敏度、准确度、特异度、阳性预测值及一致性。结果295例疑似下呼吸道感染患者的检出结果显示,tNGS检测的阳性检出结果为290例,CMTs的阳性检出结果为289例。tNGS的灵敏度为99.31%,准确度为98.98%,特异度为80.00%,阳性预测值为99.65%。kappa值为0.722,提示两种检测方法具有较高的一致性。结论tNGS技术在疑似下呼吸道感染患者中具有较高的诊断价值。

靶向高通量测序技术在肺炎病原学诊断中的应用进展

肺炎病原学的临床诊断方法较多,传统检测技术存在检测范围有限、准确性欠佳、耗时长等不足。宏基因组二代测序(mNGS)技术检测范围广,但属于非靶向广谱病原学筛查,价格昂贵,临床应用受限。而靶向高通量测序(tNGS)技术可实现病原光谱精准检测,且检测成本更低。通过纤维支气管抽取支气管肺泡灌洗液,能直接取样,避免标本被口咽菌群污染,提高了病原学检测的准确性。因此,采用tNGS技术检测支气管肺泡灌洗液,能显著提升肺炎病原学的诊断效果。本文对tNGS技术在肺炎病原学诊断中的应用进展进行综述,旨在分析tNGS技术在肺炎病原学诊断中的价值,为tNGS技术的临床应用提供参考。

靶向高通量测序在非结核分支杆菌肺病诊断中的应用

非结核分枝杆菌(non-tuberculosis mycobacteria,NTM)肺病作为临床常见病种,近年来呈快速增多趋势,其诊断是临床亟待解决的难题,尽早明确菌株对NTM肺病的临床治疗有重要指导意义。传统检验方法因检测周期长、敏感度低、阳性率低等局限性常导致误诊、误治,已不能满足目前临床诊断的需求,靶向高通量测序(tNGS)技术是一项正在飞速发展的新兴技术,对比传统检验方法存在诸多优势,在一定程度上能够克服传统检验技术的缺点,并逐步应用于临床,但目前仍存在不足之处,本文对其在NTM肺病诊断中的应用做一综述。

病原体靶向高通量测序技术对肺结核的诊断价值

目的分析病原体靶向高通量测序(tNGS)对肺结核的诊断价值,为临床诊疗提供依据。方法选取2022年1月-2023年6月海南医学院第二附属医院收治的121例疑似肺结核患者。根据临床诊断标准,分为结核组(n=72)、非结核组(n=46)及混合感染组(n=3),通过留取呼吸道标本并进行分析比较tNGS与传统检测方法(涂片法、培养法)诊断效能差异,且参照对比表型药敏试验(pDST)分析tNGS耐药基因检测效能。结果结核组tNGS检测与传统检测方法的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值及一致率比较,差异均有统计学意义(χ^(2)=62.169、26.623、30.117、40.474、64.769,P均<0.001)。tNGS耐药基因与pDST对比后显示tNGS对异烟肼、利福平的耐药检测效能一致性较理想(Kappa均>0.40)。结论tNGS技术作为单一检测项目使用时,诊断效能高于传统涂片法、培养法,对疑似肺结核患者的临床诊断和治疗具有较高的临床应用价值。

运用靶向高通量测序早期诊断嗜肺军团菌肺炎1例报道

军团菌肺炎是由非典型病原体军团菌引起的一种相对少见的肺炎类型,患者常常需要住院治疗,占社区获得性肺炎的2.7%~4.6%^([1-2])。军团菌肺炎临床表现不典型,病情进展迅速,易被误诊、漏诊,ICU收治的军团菌肺炎患者的病死率高达33%^([3])。早期快速诊断并覆盖靶向病原体的治疗是降低病死率的关键。常规检测手段往往存在检测周期长、灵敏度和特异度欠佳等不足,军团菌肺炎的早期诊断是临床面临的挑战。本文收集1例军团菌肺炎的病例资料,并回顾既往相关文献,报道如下。

下一代靶向高通量测序在儿童肺炎病原体检测中的临床应用

目的探讨下一代靶向高通量测序(tNGS)技术在儿童肺炎病原学检测中的应用价值。方法选取2022年3月至2023年4月广州市红十字医院送检的261例经临床确诊为肺炎患儿为研究对象,按年龄分为婴儿组(28 d至<1岁)、幼儿组(1~<3岁)、学龄前组(3~<6岁)、年长儿组(6~15岁)。共采集285份咽部脱落细胞标本进行tNGS技术检测,对其结果进行分析。结果检出病原体分为细菌、病毒、真菌、支原体/衣原体4类。4组病毒、细菌检出率与未检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。4组间检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。在259份阳性标本中,有189份标本检出细菌,221份标本检出病毒,17份标本检出真菌,13份标本检出支原体/衣原体。结论tNGS技术可以快速检测到多种儿童呼吸道感染的病原体,较高的检测灵敏度和特异性。

靶向高通量测序在检测结核患者利福平和利福布汀耐药的应用研究

本研究探讨靶向高通量测序(tNGS)技术对诊断结核患者的利福平和利福布汀耐药的应用价值。采用回顾性队列研究,收集2020—2023年深圳市第三人民医院119例培养阳性结核患者的分枝杆菌菌株,tNGS检测rpoB基因耐药突变情况,其中46株结核分枝杆菌(MTB)中检出了14种不同型别的rpoB基因突变,包括43例rpoB基因耐药相关突变和3例529位密码子同义突变。以利福平及利福布汀最小抑菌浓度(MIC)表型药敏结果为金标准,tNGS方法检测利福平和利福布汀耐药的敏感度均为100%,特异度为96.2%和89.4%,具有良好的诊断性能。其中rpoB基因531、526位突变与利福平和利福布汀的耐药高度相关。在此基础上,tNGS检测23例结核患者临床原始痰标本与对应菌株结果一致,对18例多次分枝杆菌培养阳性患者的83株MTB菌株进行tNGS检测,结果显示2例MTB初始无突变患者后续检出rpoB基因突变同时利福平和利福布汀表型药敏变为耐药。综上,tNGS检测可显示rpoB基因突变类型,减少同义突变造成的假阳性结果,对诊断利福平和利福布汀耐药具有良好的检验性能;tNGS可直接检测临床痰标本,还可用于动态监测MTB分子耐药谱变化。

支气管肺泡灌洗液靶向二代基因测序联合半乳甘露聚糖检测诊断非中性粒细胞减少性侵袭性肺曲霉菌感染

目的:本研究旨在评估支气管肺泡灌洗液(BALF)靶向高通量测序(tNGS)联合半乳甘露聚糖(GM)检测在非中性粒细胞减少性侵袭性肺曲霉菌感染(IPA)中的诊断效能。方法:纳入2022年4月至2024年5月期间在我院收治的60例非中性粒细胞减少性IPA疑似患者。所有患者均分别接受血清GM(serum GM)、BALF GM及BALF tNGS检测。通过比较各检测方法的敏感度、特异度、阳性预测值(PPV)、阴性预测值(NPV),并通过ROC曲线分析计算其曲线下面积(AUC),评估各方法的诊断效能。结果:BALF tNGS联合BALF GM检测的敏感度(94.7%)和特异度(95.5%)均显著高于单独serum GM、BALF GM和BALF tNGS检测。联合检测的AUC值为0.95,显著高于单独检测方法(P<0.05),具有统计学意义。结论:BALF tNGS联合BALF GM检测在非中性粒细胞减少性IPA患者中的诊断效能优于单独检测方法,可显著提高诊断准确性,具有重要的临床应用价值。

儿童肺炎支原体肺炎多重耐药基因位点突变分析及临床意义

目的通过靶向高通量测序检测儿童肺炎支原体肺炎多重耐药基因位点突变,并探讨其临床意义。方法回顾性分析2023年1—12月于湖北省妇幼保健院收治的2899例呼吸道多重病原体靶向高通量测序肺炎支原体肺炎患儿的临床资料。根据是否发生肺炎支原体大环内酯类药物耐药基因23SrRNA突变,分为突变组(n=885)和未突变组(n=2014)。采用多因素logistic回归分析探讨儿童肺炎支原体肺炎多重耐药基因位点突变的危险因素。结果2899例患儿中,耐药基因23SrRNA突变885例(30.53%),其中A2063G基因位点突变884例,A2064G基因位点突变1例;发生耐药基因23SrRNA突变患儿中,使用多西环素、氧氟沙星治疗疗效优于阿奇霉素、克拉霉素,且多西环素治疗疗效优于氧氟沙星(P<0.05)。肺炎支原体肺炎患儿中,耐药基因突变率随年龄增加而上升(P<0.001)。多因素logistic回归分析显示,年龄增大、肺外感染、肺实变、发热时间延长、住院时间延长及CRP水平增高是发生耐药基因23SrRNA位点突变的危险因素(P<0.05)。结论年龄、肺外感染、肺实变、发热时间、住院时间、CRP水平与耐药基因23SrRNA位点突变密切相关。可通过检测肺炎支原体肺炎患儿体内多重耐药基因位点突变情况为患儿进行早期疾病诊断及预测治疗疗效,促进临床合理治疗。

2019年1月至2023年4月河南省南阳市甲型流感病毒流行变迁及实验室检测方法学差异分析

目的探讨河南省南阳市甲型流感病毒(IAVs)的流行变迁及多中心实验室不同检测方法学检测IAVs的差异分析。方法收集河南省南阳市中心医院、南阳市第一人民医院、南阳康圣医学检验所和郑州金域临床检验中心有限公司2019年1月至2023年4月期间,经临床医生诊疗疑似IAVs感染发热患者外周静脉血、咽拭子和肺泡灌洗液等标本,采用间接免疫荧光法(IFA)、磁微粒化学发光法(CLIA)、胶体金法、一代测序法、反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)及靶向高通量测序技术(tNGS)分别进行检测,分析各中心实验室不同检测方法学优劣及关联,以及分析IAVs流行变迁。结果发热门诊送检IAVs标本检测量较大,IAVs患者分布于各年龄段,各人群均易感。2020—2022年期间IAVs处于低流行状态,2019年和2023年至今,IAVs出现大流行。tNGS、一代测序与RT-PCR检测IAV-RNA阳性率比较,三者之间差异无统计学意义(χ^(2)=1.449、0.838,P=0.229、0.360),IAV-IgM(欧蒙)对IAVs检出阳性率与上述方法学之间差异无统计学意义(χ^(2)=2.447,P=0.118),IAV-IgM(西班牙)、IAV-IgM(CLIA)对IAVs检出阳性率较低。tNGS与一代测序可以对IAVs进行分型,检测IAVs及亚型IAV-H3N2阳性率之间差异具有统计学意义(u=4.335、4.213,P<0.001)。当IAV-RNA的Ct值<25时,患者咽拭子中IAV-Ag敏感度高达88/90=97.78%,当Ct值≥30时,IAV-Ag阳性检出率仍保持在40.00%以上,金标法检测IAV-Ag敏感度可达77.22%。一代测序和tNGS显示出检测IAV-RNA及其亚型的优势,IFA和CLIA显示出检测肺炎支原体IgM的优势。结论河南省南阳市IAVs常年流行,冬季为流行季。不同中心实验室不同检测方法对IAVs阳性检出率不同,选择IAVRNA联合IAV-IgM检测可为临床提供准确的IAVs检测结果。

疑似肺炎患者BALF样本应用tNGS技术进行病原学诊断的价值研究

目的 探究靶向高通量测序(targeted next-generation sequencing,tNGS)技术在疑似肺炎患者支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)样本中的病原学诊断价值。方法 选取2022年7月~2023年3月武汉亚心总医院收治的102例疑似肺炎患者的102份BALF样本,对其同时进行了tNGS检测和传统微生物学检测,并收集患者的一般临床资料。对纳入研究的102例患者的tNGS检测结果、微生物培养结果以及其他实验室检查结果进行回顾性分析。结果 tNGS法的总体阳性检出率(93.14%)高于传统方法(58.82%),差异有统计学意义(χ^(2)=32.903,P<0.001);t NGS法在细菌、病毒以及混合感染方面的检出率(65.69%,55.89%,69.61%)高于传统方法(21.57%,6.86%,11.76%),差异有统计学意义(χ^(2)=32.903,56.920,70.708,均P<0.001)。结论 tNGS技术在疑似肺炎患者BALF样本中获得了较高的病原体检出率,可以有效应用于呼吸道感染性疾病的病原学诊断。

1例具核梭杆菌所致肺部感染病例报道

具核梭杆菌(Fn)是一种机会致病菌,主要引起口腔相关疾病,其余器官感染相对少见。该病例从肺泡灌洗液标本中找到具核梭杆菌,使用哌拉西林/他唑巴坦联合奥硝唑治疗后患者肺部感染症状和影像学表现明显好转。该案例的回顾有助于为临床医生对于具核梭杆菌所致肺部感染的诊断思路及治疗方案提供相关参考。

中间链球菌致椎体感染并椎旁及腹膜后间隙脓肿1例

中间链球菌是咽峡炎链球菌群的成员之一,是引起化脓性感染的常见原因。现报道1例椎体感染并椎旁脓肿、腹膜后间隙脓肿女性患者,脓液通过靶向高通量测序鉴定出中间链球菌,并被细菌培养证实,经利奈唑胺联合苹果酸奈诺沙星治疗后好转。提示靶向高通量测序可帮助临床医师快速、精准地识别中间链球菌引起的化脓性感染。

免疫功能正常的耶氏肺孢子菌肺炎1例

本文回顾1例免疫功能正常,通过肺泡灌洗液靶向高通量定量测序(tNGS)确诊为耶氏肺孢子菌感染的临床病例。患者既往有反复咳嗽、气喘病史,此次因症状再发加重1个月余于湖北省天门市第一人民医院就诊,入院后经抗感染、抗病毒、平喘等对症治疗后症状未见明显好转,后完善支气管镜检查并留取肺泡灌洗液行tNGS检测,检出非典型病原体耶氏肺孢子菌序列数651,考虑耶氏肺孢子菌肺炎可能,遂调整治疗方案予以卡泊芬净及复方磺胺甲噁唑片抗真菌治疗,经治疗后症状好转,病灶较前减少。本研究针对该病例进行总结分析,旨在提高临床医师对免疫功能正常耶氏肺孢子菌肺炎的认识。

成人肺炎支原体肺炎临床特征分析

目的分析成人肺炎支原体肺炎(Mycoplasma pneumoniae pneumonia,MPP)的临床特征。方法选择2023年4月1日至2023年11月30日我院收治的经靶向高通量测序(targeted next-generation sequencing,tNGS)病原学检测诊断MPP患者74例,PaO_(2)≤80 mmHg 22例为观察组,PaO_(2)≥80 mmHg 52例为对照组,分析患者的临床特征。结果74例中女48例(64.86%),好发年龄18~44岁55例(74.32%),主要临床症状咳嗽74例(100.00%),咳痰67例(90.54%),发热60例(81.08%)。无基础疾病者61例(82.43%),检出大环内酯类耐药基因57例(77.03%),MP单一感染68例(91.89%)。观察组较对照组最高体温>38℃[20例(90.91%)vs.32例(61.54%)]、PaO_(2)[(72.42±11.12)vs.(92.93±11.07)]mmHg、MP均一化序列数[(37241.82±20530.88)vs.(24352.08±16835.32)]差异有统计学意义(P<0.05),性别、年龄、入院前病程>7 d、临床症状、肺部啰音、pH、PaCO_(2)、HCO_(3)^(-)、抗生素暴露史、基础疾病史、住院天数、检出耐药基因及MP单一感染无统计学意义(P>0.05);两组白细胞[(8.06±1.91)vs.(6.63±1.82)]×10^(9)/L、中性粒细胞[(5.86±1.85)vs.(4.41±1.58)]×10^(9)/L、C-反应蛋白[(48.21±47.09)vs.(31.55±19.64)]mg/L差异有统计学意义(P<0.05);单核细胞、淋巴细胞差异无统计学意义(P>0.05)。两组胸部CT病灶分布部位、病变形态、纵隔淋巴结肿大、胸腔积液差异无统计学意义(P>0.05)。结论成人MPP女性多于男性,好发于无基础疾病的年轻人,临床表现不特异,主要症状为咳嗽、咳痰、发热。MPP大环内酯类耐药基因突变率高,少数为混合感染,出现中高程度发热、tNGS检出MP均一化序列数高、炎性标志物升高时有发生低氧血症甚至进展为重症倾向应以重视。