限制性显示技术作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法的初步研究(英文)

目的初步研究限制性显示技术(RD-PCR)作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法对芯片杂交信号的影响。方法收集3个健康人外周血单核细胞,提取RNA后分为两组,采用RD-PCR进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与3张Agilent60mer高密度(22K)人1B寡核苷酸芯片进行杂交。排除阴性和阳性对照信号值、Cy3和(或)Cy5的前景与背景间无统计显著性差异点的信号值,进一步排除两种荧光标记间存在统计显著性差异点的信号值,将3张芯片的共同信号值用于分析。SPSS软件进行常规统计分析和作图,R语言环境下的VSN统计包排除芯片间和两种不同荧光标记间的系统误差。结果3张芯片的8744个共同点用于本研究。芯片间及两种荧光标记间存在明显的可校正的系统误差。芯片间杂交信号值相关显著。RD-PCR样本标记方法对较低表达基因信号值较为敏感。结论初步的统计分析结果表明,RD-PCR是一种潜在的有用的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。

一种高密度寡核苷酸微阵列芯片的制备技术

21世纪,生命科学将成为整个科学领域带动性学科,生物技术将成为人类解决食物、能源、环境等重大经济和社会问题的关键技术,生物产业仍以医药生物技术产业化为“龙头”,农业生物技术为核心,环境与海洋生物技术为两翼,成为世人关注的焦点。本期栏目刊发此类文章,目的在于:一方面向广大读者介绍未来生物技术领域一些基本常识;另一方面,希望加快中国家禽业生物技术的研究与应用。

日本血吸虫慢性感染致CD_4^+ T细胞凋亡的分子基础

目的 立足于全基因水平考察日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡相关基因的变化。方法 采用三色流式细胞术结合高密度寡核苷酸芯片 (Affemetrix芯片 ) ,对日本血吸虫感染 13周的小鼠脾脏中的CD+4T细胞进行凋亡观察及基因转录分析 ,获得凋亡相关基因的表达图谱。结果 日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡率均明显高于正常小鼠 (P <0 0 1) ;感染小鼠的CD+4T细胞中有 2 5个凋亡相关基因与正常小鼠相比有显著性差异 ,包括凋亡促进基因—生长抑制和DNA损伤 -GADD家族和肿瘤坏死因子α诱导蛋白 3,凋亡抑制基因—IAP等。结论 日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡可能是导致宿主免疫下调的原因之一。凋亡通路中存在复杂的凋亡促进基因和抑制基因的相互作用 ,其中肿瘤坏死因子α诱导蛋白 3可能是日本血吸虫感染诱导CD+4T细胞凋亡的特征性因子。

大鼠胚胎发育后期胰腺中Mesothelin的表达

目的:探讨大鼠胰腺胚胎发育后期胰岛形成及β细胞功能完善相关的基因表达调控.方法:采用高密度寡核苷酸芯片(A ffym etrix芯片)对孕15.5(E15.5)和E18.5胰腺进行基因转录水平分析并用RT-PCR验证基因在大鼠胰腺E12.5,E15.5,E18.5,初生和成年这五个不同发育时期的表达情况.结果:在差异或特异表达的基因中与胰腺细胞分化相关的转录因子和信号分子表达均下调,而与胰岛结构形成及β细胞代谢功能完善相关的基因表达上调,其中细胞黏附分子Mesothelin是在E18.5特异表达的基因,RT-PCR亦显示Mesothelin在大鼠胰腺胚胎发育后期特异性高表达.结论:Mesothelin可能对胰岛结构的形成和功能的完善及维持有重要作用.

干扰素-γ对感染日本血吸虫小鼠GTP酶表达的影响

目的 探讨干扰素 γ(IFN γ)对小鼠抗日本血吸虫感染保护力的机制。 方法 采用高密度寡核苷酸芯片 (Affymetrix芯片 )结合半定量逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR )方法 ,对BALB/c小鼠感染日本血吸虫过程中脾脏CD4+ T细胞进行基因转录水平分析 ,获得IFN γ诱导鸟苷三磷酸 (GTP)酶家族成员的变化图谱 ;并对其中IFN γ诱导GTP酶 (IGTP)进行分子克隆和序列测定。 结果 小鼠自然感染日本血吸虫过程中 ,IFN γ诱导GTP酶家族成员的基因表达呈现特征性变化 ,感染后 3wk ,基因表达上调或变化不显著 ;感染后 6wk至 13wk ,基因表达持续受到抑制。这种变化特征经RT PCR方法所证实。从小鼠脾脏可扩增出IGTP全长基因 ,但退火温度降低时出现IGTP基因转录缺失。 结论 小鼠急性感染日本血吸虫后 ,体内IFN γ通路逐步受到抑制 ,针对血吸虫感染的依赖IFN

大鼠胰腺不同发育时期胰岛素分泌相关基因的表达

目的探讨与胰岛素分泌相关基因在大鼠发育不同阶段的表达趋势。方法采用高密度寡核苷酸芯片和RT-PCR技术对孕12.5d(E12.5)、E15.5d(E15.5)、E18.5d(E18.5)初生和成年大鼠胰腺进行基因转录水平分析。结果在大鼠发育不同阶段胰岛素mRNA持续表达;调控胰岛素基因表达的相关转录因子多在E12.5或E15.5开始表达(分别占60%和20%);与胰岛素分泌相关的基因多在胚胎发育中后期开始表达(占66.7%),其中基因Rim1在胰腺发育不同时期呈现差异表达,于初生期达到表达高峰。结论胚胎发育中后期是胰腺内分泌部发育的关键阶段。

日本血吸虫感染过程中抑制性因子的表达特征

目的立足于基因组水平考察日本血吸虫慢性感染小鼠CD_4^+ T应答中抑制性因素的参与及可能的调控作用。方法采用高密度寡核苷酸芯片(Affymetrix芯片)对日本血吸虫感染0、3、6、13周小鼠脾脏中的CD_4^+ T细胞进行全基因组分析,获得相关抑制性因子的基因表达谱。结果基因芯片结果显示日本血吸虫感染从急性期至慢性期过程中抑制性因子的表达基因表达逐步上调,呈现基本一致的变化,包括抑制性细胞因子、阻断抗体、细胞凋亡、负调控分子的高表达等。结论从胞内信号转导通路至细胞凋亡的整体水平,多层次因素参与了日本血吸虫感染宿主免疫应答的负调控机制。

大鼠胰腺发育过程中AFP动态表达的意义

目的:探索大鼠胰腺发育过程中AFP动态表达的意义。方法:采用高密度寡核苷酸芯片对胚胎12.5天(E12.5)、E15.5、E18.5、初生和成年大鼠胰腺进行基因转录水平分析。结果:AFP显著高表达于E18.5大鼠胰腺,AFP在胚胎期的动态表达趋势与胰腺功能细胞标志物以及可能介导AFP促细胞增殖效应的有关信号系统成员的表达趋势一致。结论:AFP在大鼠胰腺发育过程中动态表达的生物学意义可能在于参与胰腺发育调控。

大鼠胚胎发育期NBC1在胰腺的表达与定位

目的:探讨碳酸氢钠协同转运载体(NBC1)在大鼠胰腺胚胎发育期不同阶段核酸、蛋白水平的动态变化以及在腺泡和β细胞的定位表达。方法:采用高密度寡核苷酸芯片对孕12.5 d(E12.5)、E15.5、E18.5、新生和成年胰腺进行基因转录水平分析,用RT-PCR和Western blot分别验证了NBC1核酸和蛋白在E15.5、E18.5、新生和成年时期胰腺中的表达情况,用Double fluorescence immunohistochemistry分析了NBC1在E18.5、新生和成年时期胰腺腺泡和β细胞的定位表达。结果:在大鼠胰腺胚胎发育过程中,NBC1核酸、蛋白在E18.5时特异高表达,新生下降直至成年最低;在腺泡基底侧膜和β细胞膜有强烈的阳性信号,且在成年胰腺中β细胞膜阳性信号较腺泡基底侧膜强。NBC1的表达变化与其功能近似基因的表达趋势相反,而与其协同发挥作用的基因及胰腺特异基因的表达趋势一致。结论:NBC1在胰腺发育过程中不仅与结构形成而且与功能发挥相关。