Gut microbiota and non-alcoholic fatty liver disease

BACKGROUND： Non-alcoholic fatty liver disease （NAFLD） is a common disorder with poorly understood pathogenesis. Beyond environmental and genetic factors, cumulative data support the causative role of gut microbiota in disease development and progression.

Phylogenetic Diversity of Microorganisms from Chemocline of the Meromictic Soda Lake Doroninskoe(Zabaikalie,Russia)

1 Introduction Many soda and salt lakes are characterized by the formation of the meromictic conditions under which a part of the water column is not involved in the annual process of mixing(Mac Intyre,Melack,1982).This creates an

Molecular identifi cation and population diff erentiation of Aurelia spp.ephyrae in sea cucumber aquaculture ponds of northern China

Aurelia spp.ephyrae have been reported to form blooms in sea cucumber aquaculture ponds in the Bohai and Yellow Seas.To identify the species,we carried out a genetic analysis of Aurelia spp.ephyrae and medusae based on mitochondrial 16 S rRNA gene.Samples offour Aurelia sp.ephyrae populations were collected in sea cucumber aquaculture ponds and samples offour Aurelia sp.medusae populations were collected in coastal waters.Using a BLASTn search,we found that both the ephyrae collected in the aquaculture ponds and medusae collected in coastal waters belong to Aurelia coerulea.Seventeen haplotypes were recovered from the 16 S rRNA gene.The overall haplotype diversity and nucleotide diversity of the 166 A.coerulea individuals were 0.686%and 0.329%,respectively,indicating high haplotype diversity and low nucleotide diversity.Moreover,the haplotype diversity of ephyrae populations were generally lower than that of medusae populations with close sampling points.The genetic differentiation between ephyrae populations collected in the sea cucumber aquaculture ponds and A.coerulea medusae collected in coastal waters was not significant,suggesting the ephyrae populations in the sea cucumber culture ponds were part of the same genetic group as the medusae populations in the coastal waters.Phylogeographic analysis of the 16 S rRNA region revealed that there was no significant correlation between the haplotypes and the geographic distribution of populations.Pairwise fixation index values showed significant genetic differentiation and limited gene flow between A.coerulea population of Weifang and other locations.

中国新疆吐鲁番地区小亚璃眼蜱遗传进化及单倍型分析

为探究中国新疆吐鲁番艾丁湖镇(后简称吐鲁番地区)小亚璃眼蜱的遗传进化特征及单倍型,本研究提取10份来自中国吐鲁番地区已经形态学鉴定为小亚璃眼蜱的DNA作为模板,采用本研究室设计的中国新疆地区优势璃眼蜱种16S r RNA基因通用引物,通过PCR进一步鉴定上述小亚璃眼蜱并测序;采用DNAMAN V 5.0软件分析吐鲁番地区10份小亚璃眼蜱16S r RNA基因与来自中国新疆(阿瓦提)、巴基斯坦、印度小亚璃眼蜱相应基因的同源性;经MEGA X软件构建小亚璃眼蜱与上述地区来源的小亚璃眼蜱16S r RNA基因的系统发育树,分析小亚璃眼蜱种的亲缘性和遗传多样性。PCR结果显示,10份小亚璃眼蜱均扩增出388 bp的目的基因片段,经BLAST比对结果显示10份样品均为小亚璃眼蜱;16S r RNA基因序列的同源性分析结果显示,本研究采集的10份小亚璃眼蜱之间的同源性最高,达99.57%,与来自巴基斯坦、印度、中国新疆(阿瓦提株MG651939)小亚璃眼蜱的同源性分别为99.55%、99.17%及99.11%;16S r RNA基因的遗传进化分析结果显示,中国新疆吐鲁番的小亚璃眼蜱1、3、9及10聚为一小支,遗传距离较近;小亚璃眼蜱2、4~8与巴基斯坦、印度及中国新疆小亚璃眼蜱聚为一大支,遗传距离较近。提示,中国吐鲁番地区的小亚璃眼蜱可能来自巴基斯坦。采用DNA SP V5.0软件统计吐鲁番及上述国家或地区小亚璃眼蜱的单倍型数量(Np)、单倍型多样性(Hd)及核甘酸多样性(pi);采用Popart v1.7软件构建吐鲁番及上述国家或地区小亚璃眼蜱的单倍型网络图。结果显示,来自4个不同国家或地区小亚璃眼蜱的Np为8,分别为Hap_1~Hap_8,Hd为0.572、pi为0.01156。与其他3个地区相比,中国吐鲁番地区小亚璃眼蜱的Np最高为7、Hd为0.911、pi为0.02593。小亚璃眼蜱单倍型网络图显示,在4个国家或地区小亚璃眼蜱仅共享单倍型Hap_1,其他3个地区存在单倍型Hap_2~Hap_8。中国吐鲁番地区小亚璃眼蜱不仅共享单倍型Hap_1,还存在单倍型Hap_3~Hap_8。上述结果表明吐鲁番地区小亚璃眼蜱可能来源于中国新疆阿瓦提地区及巴基斯坦,且其遗传多样性较为丰富。本研究为了解蜱种群间的种属鉴定和遗传进化关系等提供参考依据。

洋葱伯克霍尔德菌群(Bcc)的分类鉴定研究进展

目的:探讨适用于药品微生物控制中的洋葱伯克霍尔德菌群(Bcc)的鉴定策略。方法:结合药品微生物控制中对Bcc的鉴定和分型需求,对目前应用较为广泛的微生物鉴定技术的特点和鉴定或分型能力进行阐述和讨论,提供满足不同鉴定水平要求的鉴定策略。结果:对于Bcc,不同的鉴定方法能达到的鉴定水平存在差异。手动/自动化的生化鉴定系统可达到属/菌群水平的准确鉴定;基质辅助激光解析电离飞行质谱(MALDI-TOF MS)以及16S r RNA序列分析技术可达到菌群的准确鉴定;看家基因如rec A或his A等的序列分析,基本可达到菌种水平的鉴定,必要时,可补充多位点序列分型(MLST)进行确认。MLST、核糖体分型(Ribotyping)或全基因组测序(WGS)技术则适用于菌株水平的分型和溯源。结论:明确不同的鉴定技术对于Bcc的鉴定能力和应用特点,针对不同的鉴定需求给出相应鉴定方法的建议,为在实际应用中涉及Bcc检验、鉴定和溯源分析的生产企业、检验人员提供参考和借鉴。

酱香大曲中高温放线菌的筛选及其产蛋白酶条件优化

该研究从酱香大曲中分离筛选出高产蛋白酶的高温放线菌,对菌株进行形态学观察、生理生化试验和分子生物学鉴定,并通过单因素试验和正交试验研究其产蛋白酶的最适条件。结果表明,分离筛选到一株高产蛋白酶菌株,经鉴定,该菌株为普通高温放线菌(Thermoactinomyces vulgaris)。该菌株产蛋白酶的最优条件为pH 6.5,发酵温度45℃,发酵时间5 d,在此条件下,蛋白酶活力最高,为214.99 U/g,这对酱香大曲中酱香风味物质形成的研究有一定的参考意义。

口腔微生物稳态与口腔鳞癌患者顺铂敏感性的相关性分析

目的:探讨口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)患者口腔内微生物与顺铂敏感性之间的相关性。方法:采集29例OSCC患者化疗前唾液样本,根据RECIST 1.1评价标准将患者分为顺铂耐药组(无效)和顺铂敏感组(有效),采用16S r RNA基因测序,分析OSCC患者口腔微生物物种组成、群落多样性及丰度、样本间差异。采用SPSS 19.0软件包对数据进行统计学处理,LEfSe分析2组样本间物种差异。结果:与顺铂化疗敏感组相比,顺铂耐药组唾液样本中微生物多样性和丰度显著增加。在属水平上,顺铂耐药组患者口腔内奇异菌属、红蝽菌、微单胞菌、尤里优杆菌以及梭杆菌与顺铂敏感组相比存在显著差异。结论:顺铂耐药组与敏感组OSCC患者口腔内微生物结构和组成存在显著差异,提示微生物可能成为OSCC患者顺铂化疗前筛选的生物标志物。

活性污泥微生物群落结构及与环境因素响应关系分析

对已发表的62个来自国内外污废水处理设施中活性污泥的16S rRNA扩增子数据进行数据发掘和分析,旨在揭示不同进水性质、温度及处理工艺对应的污泥菌群结构特性.结果表明,活性污泥中整体有着较高的物种多样性和群落丰富度,不同活性污泥样品微生物群落结构有一定差异,样品中常见的优势菌属有Thauera、Nitrospira、Comamonas、Dechloromonas、Rhodoferax、Aquihabitans和Acidovorax等.温度与Nitrospira、Aquihabitans、Terrimonas和Dechloromona等多种关键的脱氮微生物呈负相关,当温度低于15℃时,32座污水处理厂对TN和NH4+-N的去除率仅有49.67%和63.19%.BOD5/COD值越大的污水处理系统,Zoogloea、Arcobacter、Acidovorax和Acinetobacter等优势功能性菌属相对丰度也越高,污染物的去除率也越高.对于生活污水的处理,A2O工艺性能要优于OD、CAS和CMAS工艺,Comamonas、Rhodoferax、Nitrospira和Novosphingobium等多种功能性优势菌属的相对丰度要高于其它3类工艺.

1株鸵鸟铜绿假单胞菌的分离鉴定与进化树分析

目的对内蒙古自治区通辽市某养殖场幼龄鸵鸟致死的致病菌进行分离鉴定与进化树分析。方法无菌采集幼龄病死鸵鸟的内脏,进行细菌分离培养。将分离菌株进行小鼠致病性试验、生化鉴定及药物敏感性试验,并对其进行16S r RNA基因测序,选取比对结果同源性相近的20条序列进行系统进化树分析;PCR扩增ExoT、ExoU、ExoY、ExoS 4个毒力基因,分析分离菌株毒力基因携带情况。结果经细菌形态学鉴定、16S rRNA基因序列Blast比对、BD PhoenixTM100全自动微生物鉴定和药敏系统及部分毒力基因PCR检测得出,该致病菌为铜绿假单胞菌。3种毒力基因ExoT、ExoY、ExoS在该致病菌中被检测,未携带ExoU基因;该菌对环丙沙星、庆大霉素和莫西沙星等13种药物敏感,对头孢唑啉和氯霉素等7种药物耐药。系统进化树分析表明,分离菌株与铜绿假单胞菌中国湖南株(EU915713.1)和中国四川株(KY962357.1)遗传距离最近,并命名为TLTL1。结论该致病菌经鉴定为铜绿假单胞菌,为一种条件致病菌。本研究对铜绿假单胞菌的鉴定及用药提供了参考。