基于线粒体16S rRNA基因的鹅肉源性成分鉴别方法研究

研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA模板浓度按101~1088个梯度进行稀释,检测方法灵敏度。结果显示:所设计的引物仅对鹅肉DNA有特异性扩增,对鹅以外的其他8个物种均没有扩增;当鹅肉DNA模板稀释104倍,PCR扩增条带仍然清晰;当稀释倍数达到107时,仍有较好的扩增曲线,且Ct值小于35。研究表明,建立的畜禽肉中鹅源性成分PCR和qPCR鉴别方法不仅具有良好的特异性,而且具有较高的灵敏性,为食品中鹅源性成分的鉴别提供了新途径。

基于16S rRNA测序的观赏桃根系微生物多样性研究

观赏桃作为重要的园艺植物,其根际微生物群落对其生长和健康具有重要影响。本研究通过16S rRNA测序技术,分析了不同观赏桃品种根际微生物群落的多样性和结构特征,旨在揭示其微生物群落的差异性和互作关系。研究发现,不同观赏桃品种的Shannon多样性指数存在显著差异,“紫叶垂枝”(ZYCZ)显示出最高的多样性,而“中二乔”(ZEQ)和“烟云”(YY)等品种的多样性较低。此外,“紫叶垂枝”(ZYCZ)在特定分类群中的相对丰度较高,表现出明显的优势地位。研究还揭示了根际微生物群落之间的显著互作关系,如变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)之间的正相关关系,以及有益微生物与病原菌之间的负相关关系。本研究为观赏桃根际微生物群落的多样性和互作关系提供了新的见解,有助于优化观赏桃的种植和管理策略。未来将进一步研究微生物群落在根际环境中的具体功能、微生物-植物互作机制、环境因素的影响以及群落的长期动态变化,旨在提升观赏植物的健康生长和农业生产的可持续性。

基于16S rRNA测序的1型和2型糖尿病大鼠肠道菌群差异

通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicutes和Bacteroidetes为主,Firmicutes/Bacteroidetes(F/B)比例相比于对照组增加,且T2DM组高于T1DM组。与对照组相比,T1DM组Actinobacteria丰度显著增加,Anaerofustis丰度显著降低。在T2DM大鼠中,Proteobacteria、Oscillospira丰度显著增加。Oscillospira丰度在T2DM组增加,在T1DM组无明显差异。Rhodococcus为T1DM组的特有属,Coprobacillus和Roseburia为T2DM组的特有属。研究结果表明大鼠肠道菌群失调与T1DM和T2DM密切相关,可为T1DM和T2DM患者的个性化治疗提供科学依据。

基于16S rRNA基因及宏基因组测序解析藏猪肠道菌群组成特征

【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有核心菌的菌群互作网络,结合27头藏猪肠道微生物宏基因组测序数据,进行KEGG通路和碳水化合物代谢酶(CAZymes)数据库注释分析,以期阐明与藏猪纤维代谢能力强和抗病力等优良特性相关的功能通路。【结果】(1)16S rRNA测序分析结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)(39.34%~60.72%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.65%~38.5%)在藏猪肠道微生物门水平上占优势,而在属水平则依次是普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的丰度最高;(2)利用Cytoscape软件构建藏猪肠道样品中共有的26个核心菌属之间的互作网络,各菌群在网络中存在合作关系和竞争关系,证明藏猪肠道菌群结构比较稳定;(3)宏基因组鸟枪法测序结果显示,在KEGG功能注释中藏猪肠道主要富集营养物质合成代谢和遗传信息处理相关通路,包括氨基酸的生物合成、碳代谢、群体感应通路等。此外,使用CAZymes数据库注释显示藏猪肠道中的糖基转移酶(GTs)基因家族相对丰度最高,主要为GT2、GT4和GT41基因,其次是糖苷水解酶基因家族(GHs)的GH13、GH2和GH3基因。【结论】藏猪具有丰富且独特的微生物组成和功能通路,与免疫和抗病相关的疣微菌门(Verrucomicrobia)和阿克曼氏菌(Akkermansia)是藏猪肠道特有的高丰度菌属,可能与藏猪适应高海拔低氧低温的环境及其抗病性能有关;与粗纤维代谢相关的密螺旋体属Treponema、Sphaerochaeta、纤维杆菌属Fibrobacter在藏猪肠道中富集,能够帮助藏猪降解饲粮中的粗纤维,适应半放牧的饲养模式。研究结果有助于了解肠道微生物在藏猪耐粗饲和抗逆性中的作用机制,为今后对藏猪优良特性的开发利用提供新的思路。

16S rRNA甲基化酶基因在鸡源和鸭源沙门菌中的流行特征

氨基糖苷类药物是一种重要的治疗人兽临床上细菌感染的抗菌药物,而16S rRNA甲基化酶是近年新发现的氨基糖苷类药物高度耐药的一种耐药机制。对2021—2022年分离自泰州鸡源和鸭源的143株沙门菌进行阿米卡星抗性平板筛选,并通过PCR方法检测耐阿米卡星的菌株是否携带相应的耐药基因。结果显示,沙门菌中armA基因较流行(22/143,15.38%),也有少数菌株携带rmtB基因(1/143,0.70%),其他基因未检测到;不同宿主中,鸡源沙门菌是主要宿主;不同血清型中,印第安纳沙门菌是优势血清型。携带armA基因或rmtB基因的23株阳性菌,阿米卡星的MIC值均高达512μg/mL以上,且表现出多重耐药现象,其中,较为流行的耐药谱是氨苄西林-头孢唑啉-氨曲南-庆大霉素-阿米卡星-萘啶酸-环丙沙星-氯霉素-喹乙醇-复方新诺明-头孢噻肟-链霉素-四环素-氟苯尼考-磷霉素。国内外关于16S rRNA甲基化酶基因在沙门菌中的研究相对较少。本研究结果可为生产实践中耐药菌株的快速监测提供参考,也可为动物临床或养殖业中合理使用氨基糖苷类药物提供理论依据。

低能N^(+)注入诱导大肠杆菌的16S rRNA遗传进化

为了探究低能N^(+)注入对大肠杆菌16S rRNA遗传进化与耐药表征的作用,本研究利用低能N^(+)注入诱变筛选耐药大肠杆菌,通过基因组de novo测序获得其16S rRNA基因序列,通过K-B法检测诱变菌株的耐药特征。结果共诱变获得了25株耐药菌株,其中5株诱变菌16S rRNA基因分别出现片段缺失,点突变(A257C),GC%含量增高,二级结构变异,并获得多药耐药特性。结果提示:低能N^(+)注入可以驱动大肠杆菌16S rRNA基因的随机突变和进化,进而调节耐药基因从头合成或变异,使大肠杆菌耐药性改变。

基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异

提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella_1、Treponema_2、Prevotellaceae_NK3B31_group、Eubacterium_coprostanoligenes_group、p-1088-a5_gut_group、Prevotella_9、阿克曼菌属、Prevotellaceae_UCG_009、Ruminococcaceae_UCG-014、Ruminococcaceae_NK4A214_group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链球菌属。Spearman相关性分析结果表明,与FCR显著负相关的微生物大多与短链脂肪酸的产生有关,而与FCR显著正相关的微生物多数为潜在的致病性细菌。本研究通过筛选高、低饲料转化率猪粪便中的差异微生物,并对差异微生物丰度与饲料转化率性状进行相关性分析,最终筛选到与饲料转化率显著关联的粪便微生物,为猪饲料转化率性状的肠道微生物育种标记筛选提供一定参考。

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS代谢组学和16S rRNA基因测序探讨骨疏丹补肾机制

目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)的非靶向代谢组学和16S rRNA基因测序分析的肠道微生物组学方法,分析正常对照组、肾阳虚证模型组、骨疏丹给药组和阳性对照组大鼠粪便代谢物谱与肠道菌群组成,采用Pearson相关分析探讨内源性差异代谢物与差异菌群之间的相关性。结果 基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS的代谢组学方法在正负离子模式下共发现骨疏丹参与调控肾阳虚症的22种差异代谢物,如色氨酸、鹅去氧胆酸、肌酐和油酸酰胺等,主要涉及氨基酸代谢、胆汁酸代谢、能量代谢和脂质代谢。基于16S rRNA测序分析发现骨疏丹在属水平显著上调普雷沃氏菌(Prevotellaceae)的相对丰度(P<0.05),显著下调颤杆菌(Oscillibacter)的相对丰度(P<0.05)。相关性分析结果表明甘胆酸和鹅去氧胆酸与在属水平显著改变的普雷沃氏菌(Prevotellaceae)显著正相关(P<0.05),而与考拉杆菌(Phascolarctobacterium)显著负相关(P<0.05)。二十二碳六烯酸与毛螺菌(Lachnospiraceae)显著负相关(P<0.05)。结论 骨疏丹通过良性调节内源性代谢和肠道菌群结构发挥补肾作用,为中药通过肠-肾轴治疗疾病提供新的思路和方法。

基于16S rRNA基因测序技术分析急性肝内胆汁淤积大鼠的肠道菌群

目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组,每组8只。模型组通过一次性予2%ANIT按100 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃造模诱发AIC模型,正常对照组予等容积色拉油灌胃。通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V_(3)~V_(4)区进行基因测序及生物信息学分析。结果 AIC造模后,随着时间增加,α多样性指数逐步升高,造模72 h组相比造模24 h组,Shannon指数有显著性差异;β多样性发现,利用基于加权Unifrac距离PcoA分析或NMDS分析均显示:正常对照组、造模24 h组和造模48 h组的肠道菌群显示比较明显的聚集效应;在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)丰度在造模48 h后显著下降,变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著上升,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著上升;LEfSe对组间差异显著的物种分析结果显示,LDA值大于4的微生物类群有35个。结论 模型组干预后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。

基于16S rRNA基因测序分析食管鳞癌患者食管菌群分布特征

目的描述食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)患者癌组织和邻近癌旁组织食管菌群组成和结构特点,筛选两组差异性菌群。方法收集安阳市肿瘤医院48例经病理学确诊的原发性ESCC的癌组织和邻近癌旁组织,对16S rRNA基因的5个变异区(V2、V3、V5、V6、V8)进行测序,采用Wilcoxon秩和检验比较两组菌群Alpha多样性及相对丰度差异。结果与癌旁对照组相比,ESCC癌组织Alpha多样性升高。厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和梭杆菌门是ESCC组及癌旁对照组的主要菌门。和癌旁对照组相比,ESCC组含有较高丰度的梭杆菌门及螺旋菌门,较低丰度的放线菌门和蓝藻门(P<0.05)。属水平上,ESCC组梭杆菌属、嗜二氧化碳噬纤维菌属、卡氏菌属和密螺旋体属菌群丰度显著高于癌旁对照组,而葡萄球菌属和微单胞菌属丰度低于癌旁对照组(P<0.05);种水平上,ESCC组具核梭杆菌、牙周梭杆菌、生痰二氧化碳嗜纤维菌和牙龈卟啉单胞菌等丰度高于癌旁对照组,而异乳链球菌和鞘氨醇单胞菌丰度低于癌旁对照组。结论ESCC患者肿瘤和邻近正常肿瘤组织样本的食管微生物组成存在显著差异。

基于COI和16S rRNA基因序列的鱼胶基原鱼种DNA条形码鉴定

目的建立基于COI和16S rRNA基因序列的DNA条形码鱼胶基原鱼种鉴定方法。方法以汕头、厦门、莆田等地采集的28份鱼胶为研究对象,利用形态归类法对28份样品进行观察,再提取基因组DNA,分别利用6对引物扩增COI和16S rRNA基因序列并双向测序。聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)产物测序分析后,输入Genbank中进行BLAST分析比对,再利用最大似然法(maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。结果采集的28份鱼胶样品可分为11种类型,主要有萝卜型、“Y”字型、心型、纸片型和琵琶型等。BLAST分析比对共鉴定出26份鱼胶样品基原鱼种,隶属于5目6科9属12种。系统发育分析表明不同种类的鱼胶处于不同分支中。结论该方法可用于鱼胶基原鱼种的快速分子鉴定,也为鱼胶的真伪鉴定及溯源提供理论依据。

基于16S rRNA测序分析银屑病小鼠皮肤及肠道微生态菌群

目的:基于16S rRNA分析银屑病小鼠与对照组皮肤及肠道微生态菌群的不同,探讨银屑病发病的关键菌群。方法:12例小鼠随机分为实验组和对照组,收集皮肤及粪便样本,采用16S rRNA测序方法检测。结果:与对照组相比,实验组皮肤菌群中相对丰度降低的有拟杆菌门、红蝽菌纲、毛螺菌目、理研菌科等,相对丰度升高的有厚壁菌门、芽孢杆菌纲、葡萄球菌目等,实验组肠道中相对丰度降低的有拟杆菌门、α-变形菌纲、乳杆菌目等,相对丰度升高的有弯曲杆菌门、梭状芽孢杆菌纲、毛螺菌目等。LefSe分析表明,小鼠皮肤菌群中红蝽菌纲、拟杆菌纲、乳杆菌目、葡萄球菌目等起主要作用,肠道菌群中拟杆菌纲、梭状芽孢杆菌纲、肠杆菌目、毛螺菌目等起主要作用。MetagenomeSeq分析结果显示,两组皮肤和肠道菌群的物种组成及功能在门、纲、目、科、属、种水平上均存在差异,有统计学意义。结论:银屑病小鼠免疫系统受累,皮肤及肠道屏障功能破坏,菌群丰度发生改变,进一步验证了肠-免疫-皮肤轴的相关性。

基于16S rRNA基因测序技术分析原发性胆汁性胆管炎伴抑郁小鼠粪便样本中肠道菌群的变化

背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16S rRNA基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照组、胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组。对照组小鼠给予正常饲料和水喂养;胆汁淤积组小鼠采用含0.1%DDC的饲料连续喂养2周构建胆汁淤积模型;胆汁淤积+抑郁组小鼠先采用慢性温和不可预期应激方式刺激2周,再以含0.1%DDC的饲料喂养2周构建胆汁淤积+抑郁模型;治疗组小鼠在构建胆汁淤积+抑郁模型的基础上,腹腔注射盐酸氯米帕明(7.5 mg·kg^(-1)·d^(-1))2周。造模期间观察小鼠的行为学变化。造模结束后各组小鼠称重,行负重游泳试验、强迫游泳试验、悬尾试验和肝组织HE染色;采集新鲜粪便,基于16S rRNA基因测序技术分析小鼠肠道菌群的变化。结果:与对照组相比,胆汁淤积组和胆汁淤积+抑郁组小鼠体质量明显减轻(P<0.05),抑郁样行为明显加重(P<0.05);与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组小鼠体质量明显升高(P<0.05),抑郁样行为明显减轻(P<0.05)。胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠肝组织出现不同程度的胆汁淤积性损伤;与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组肝脏病理损伤明显减轻。小鼠粪便样本经测序抽平处理后获得个5491个操作分类单元(OTU),4组共有的OTU为162个。对照组与胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠粪便中微生物多样性和群落组成存在较大差异。在门水平上,胆汁淤积组厚壁菌门(Firmicutes)丰度明显升高;胆汁淤积+抑郁组变形菌门(Proteobacteria)丰度明显升高;治疗组厚壁菌门和变形菌门丰度均明显升高,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度明显下降。对组间差异显著的物种行LEfSe分析发现,LDA值>4的微生物类群有38个。结论:PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群结构和多样性均发生显著变化,抗抑郁治疗能改善肠道菌群的丰度和多样性,通过调节肠道菌群治疗PBC伴抑郁有可能成为一种新的治疗策略。

幽门螺杆菌临床菌株四环素耐药性及其16S rRNA基因突变分析

目的探讨幽门螺杆菌对四环素的耐药性,对四环素耐药菌株进行耐药基因突变位点分析,为临床根除幽门螺杆菌选择敏感抗生素以及为患者个体化治疗提供参考。方法分离培养胃黏膜组织中的幽门螺杆菌,采用琼脂稀释法进行幽门螺杆菌四环素药物敏感性检测,聚合酶链反应(PCR)法扩增四环素耐药菌株的16S rRNA基因,测序并对其基因突变位点进行分析。结果成功分离幽门螺杆菌82株,四环素耐药菌株5株,耐药率为6%。本地区幽门螺杆菌的四环素耐药基因为AGA926-928CGA的单碱基突变,另外2株耐药菌株分别发生了G970A的突变及A1119G的突变。结论本地区幽门螺杆菌临床菌株四环素耐药率较低。16S rRNA基因中的A926C突变与幽门螺杆菌对四环素耐药有关。

基于16S rRNA检测的微生物种群分析及其在流行性疾病预警中的应用

微生物群落多样性和结构对深入了解微生物生态系统的功能和多样性至关重要。近年来,基于16S rRNA的分析已成为研究微生物群落多样性和流行预警的重要工具。本文对基于16S rRNA的微生物种群分析研究方法、基本过程及预警关系和目前在预警应用中遇到的问题和改进策略进行分析,为更全面地理解16S rRNA分析方法,特别是其在流行病预警中的作用及利用该系统有效及时地预警流行病的发生提供借鉴。Microbial community diversity and structure are critical to understanding the function and diversity of microbial ecosystems. In recent years, 16S rRNA-based analysis has become an important tool for studying microbial community diversity and epidemic warning. This paper analyzes the research methods, basic processes and early warning relationships of microbial population analysis based on 16S rRNA, as well as the problems encountered in early warning applications and improvement strategies, so as to provide references for a more comprehensive understanding of 16S rRNA analysis methods, especially its role in epidemic early warning and the use of this system to effectively and timely warn the occurrence of epidemic.

基于16S rRNA测序技术探讨骨松益骨方对去卵巢大鼠肠道菌群的影响

目的基于肠道菌群探究骨松益骨方(GusongYigu decoction,GSYG)治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)的机制。方法SPF级SD大鼠60只随机分成假手术组(Control)、模型组(Model)、骨松益骨方低剂量组(GSYG-L,1.25 g·kg^(-1))、骨松益骨方中剂量组(GSYG-M,2.5 g·kg^(-1)),骨松益骨方高剂量组(GSYG-H,5 g·kg^(-1))和阿仑膦酸钠组(Al,0.89 mg·kg^(-1)),每组10只。HE染色观察骨组织形态变化,micro CT观察大鼠的股骨组织结构变化;取Control组、Model组、GSYG-H组大鼠结肠粪便样本,提取DNA,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序。结果与Control组比较,Model组大鼠骨小梁稀疏;BV/TV、Tb.Th、Tb.N及BMD均明显降低(P<0.01),SMI、Tb.Sp明显升高(P<0.01);与Model组比较,GSYG-L、GSYG-M、GSYG-H组和Al组骨小梁数目增加,骨微结构得到改善,且BV/TV、Tb.Th、Tb.N及BMD明显增加(P<0.05),SMI、Tb.Sp明显降低(P<0.05)。肠道菌群测序结果显示,与Control组比较,Model组大鼠肠道菌群多样性降低,厚壁菌门丰度降低,而拟杆菌门丰度增加;与Model组比较,GSYG-H组厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门丰度减少。结论GSYG能够改善PMOP患者的骨微结构,增加骨密度,其作用机制可能与增加肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关。

基于16S rRNA基因测序分析烟叶发酵过程中表面微生物的多样性

雪茄烟叶经过发酵处理才能制成风味独特的雪茄产品,研究烟叶发酵过程中微生物的多样性对提高国产雪茄烟叶品质有重要意义。作者采集了来自云南省8个地区初步晾晒的雪茄烟叶和7种来自多米尼加共和国各地的优质雪茄烟叶,基于16S rRNA基因测序技术鉴定各个样品表面微生物种类,通过OTU聚类分析、Alpha多样性分析、物种组成分析等方法进行微生物多样性分析,获得晾晒烟叶表面的优势菌。结果显示,云南省雪茄烟叶的优势菌属为葡萄球菌属,其他常见菌属有假单胞菌属、无色杆菌属、棒状杆菌属、泛菌属等;多米尼加共和国雪茄样品中微生物物种分布较中国雪茄样品更均匀,微生物的多样性整体高于中国雪茄样品,其优势菌属多为葡萄球菌属、棒状杆菌属、四联球菌属;云南省临沧市雪茄烟叶优势菌属与多米尼加雪茄相似,而且它的物种多样性和均匀度高于中国其他地区,具有较大的发展潜力。

基于全长16S rRNA测序的电磁辐射环境人群口腔菌群特征研究

目的:描述和比较工作环境中存在电磁辐射人群与普通工作环境人群口腔菌群分布特征及差异,为电磁辐射损伤的早期防护提供潜在筛查方法及依据。方法:2023年10~12月期间随机抽取某两家单位工作人员共130人为研究对象,依据其工作环境分为电磁辐射工作环境组(JMS组,n=65)与普通工作环境组(BJ组,n=65),收集两组口腔唾液标本并提取DNA,通过高通量基因测序平台对其16S rRNA进行测序,研究并比较两组口腔菌群构成特征。结果:β多样性分析结果表明JMS组与BJ组口腔菌群结构存在统计学差异(P<0.01)。口腔菌群构成中,在门水平上,两组拟杆菌门、梭杆菌门的相对丰度存在统计学差异(P<0.05);在纲水平上,两组芽孢杆菌纲、梭杆菌纲、梭菌纲的相对丰度均有极显著差异(P<0.001),而放线菌纲、红蝽菌纲、蒂西耶氏菌纲和拟杆菌纲的相对丰度有显著差异(P<0.05)。LEfSe差异分析结果表明,JMS组具有独特的菌群结构,有11种菌显著富集,分别为梭菌纲、微黄奈瑟氏球菌A、管道杆菌属、诺曼管道杆菌、细小口腔杆菌、梭杆菌门、梭杆菌纲、梭杆菌目、不解糖口腔杆菌、龈沟产线菌、梭杆菌科。此外,菌群功能预测结果显示,JMS组口腔菌群在免疫系统途径、抗肿瘤药耐药性途径、能量代谢途径上的富集程度高于BJ组;BJ组在碳水化合物代谢途径、膜传输途径的富集程度高于JMS组。结论:普通工作环境和电磁辐射工作环境下人群具有不同的口腔微生物特征与菌群代谢特征,且表现在多个分类水平上,提示电磁辐射工作环境可能对人口腔菌群分布特征产生影响,未来仍需进一步证实和探索。

基于16S rRNA全长高通量测序分析桶子鸡中细菌多样性

[目的]研究不同加工过程桶子鸡所携带的微生物多样性及菌落组成。[方法]采用PacBio三代全长高通量测序技术,对桶子鸡样本所携带细菌的16S rRNA的V1-V9区进行测序后进行统计分析。[结果]共获得67287条有效序列,2300个OTU数目,不同加工环节的桶子鸡中细菌群落存在差异。在门水平上,共获得15个细菌门,优势菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)、疣微菌门(Verrucomicrobia);在属水平上,共获得250个细菌属,优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、环丝菌属(Brochothrix)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、Janthinobacterium、黄杆菌属(Flavobacterium)、希万氏菌属(Shewanella)、Kaistella、冷杆菌属(Psychrobacter);在种水平上,共获得621个细菌种,优势菌种为Sediminibacterium magnilacihabitans、慢生根瘤菌sp011516665、Bradyrhizobium sp011516665、Pseudomonas fragi、干酪巨球菌(Macrococcus caseolyticus)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)等。[结论]同一加工环境中获得的老汤复煮桶子鸡、放置12 h桶子鸡和老汤3个样本中携带的优势菌群组成存在一定相似性,但相对丰度存在一定差异。生鲜鸡及另一加工场所制作的刚出锅桶子鸡的优势菌组成与其他样本有很大差异。

基于16S rRNA测序技术分析圈养黑叶猴肠道微生物

研究旨在明确圈养黑叶猴(Trachypithecus francoisi)肠道菌群结构及功能,采用16S rRNA高通量测序技术对3只圈养成年个体(雄性记为M,雌性记为Fa和Fb)的粪便样品进行分析。结果显示,3只个体共注释到10个门,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),M个体厚壁菌门和螺旋体门(Spirochaetes)的相对丰度显著低于Fa和Fb个体(P<0.05),WPS-2相对丰度极显著高于Fa和Fb个体(P<0.01)。3只个体共注释到76个属,M个体毛螺菌科未分类属和f_鼠杆菌科_未分类属的相对丰度显著高于Fa和Fb个体(P<0.05),f_uncultured_rumen_bacterium_unclassified的相对丰度极显著高于Fa和Fb个体(P<0.01)。M个体瘤胃球菌UCG-005、密螺旋体科_2相对丰度显著低于Fa和Fb个体(P<0.05),瘤胃球菌UCG-002、瘤胃球菌UCG-013、f_瘤胃球菌_未分类属和瘤胃球菌UCG-014相对丰度极显著低于Fa和Fb个体(P<0.01)。M个体中未发现dgA-11_gut_group,Fa和Fb个体中未发现梭杆菌属(Fusobacterium)。KEGG分析发现,M个体新陈代谢通路富集基因相对丰度极显著高于Fa和Fb个体(P<0.01),但细胞过程通路富集基因相对丰度极显著低于Fa和Fb个体(P<0.01)。研究表明,圈养黑叶猴的雄性个体M与雌性个体Fa和Fb间肠道菌群组成及功能存在较大差异,可能主要与性别间的生理差异有关。