ASIP基因及其重组蛋白对山羊脂肪细胞脂肪沉积的效应

为探索ASIP基因对山羊脂肪沉积的效应,本研究采集波杂山羊(BZ)和酉州乌羊(YZ)组织,并使用体外培养的山羊前脂肪细胞,采用基因克隆、实时荧光定量(qRT-PCR)、油红O染色等方法,检测ASIP基因在山羊组织和体外培养分化脂肪细胞中的表达规律,以及脂质生成关键基因在山羊脂肪和肌肉组织中的表达情况,分析重组ASIP蛋白对山羊脂肪细胞分化过程中脂滴形成及脂质生成关键基因表达的影响。结果表明,ASIP基因在山羊体组织中广泛表达,在肾脏和白色脂肪中的表达量最高;ASIP基因在山羊脂肪细胞分化6 d时显著升高(P<0.05),8 d时达到最高值。PPARG、LEPTIN和ATRN基因在YZ肾脂中的表达量显著高于BZ(P<0.05);PPARG、FASN和ATRN基因在BZ骨骼肌中的表达量显著高于YZ(P<0.05),FABP4和SREBP1基因的表达在两品种羊之间无显著差异。重组ASIP蛋白处理诱导山羊脂肪细胞在8 d出现明显脂肪滴,显著提高了细胞内甘油三酯含量(TG)(P<0.05),并显著或极显著上调脂肪细胞中脂质合成关键基因(PPARG、LEPTIN、FASN、FABP4、SREBP1和ATRN)的表达量。综上,ASIP基因及重组ASIP蛋白对山羊脂肪细胞的脂肪沉积可能具有正向调控作用。本研究结果为进一步解析ASIP基因调控山羊脂肪沉积机制提供了重要理论基础。

不同毛色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织中黑色素分布及ASIP蛋白的表达定位

为了研究ASIP基因在中国美利奴细毛羊被毛颜色形成过程中的作用机制,试验分别选取体况良好的3只野生型纯白色中国美利奴细毛羊,20只纯白色、8只棕色和10只黑色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊背部的皮肤组织,通过H.E.染色对比样本皮肤组织结构及黑色素分布差异;采用免疫组织化学染色检测ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊白色、棕色、黑色3种皮肤组织中ASIP蛋白的表达定位情况。结果表明:野生型与ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的皮肤均由表皮、真皮、皮下结缔组织3部分组成,且表皮层最薄,各毛色皮肤结构组成无差异;黑色素颗粒主要分布于黑色、棕色ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织的毛囊、毛干中,且黑色较棕色皮肤组织中分布的黑色素颗粒更为密集,而在白色被毛的野生型和ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊皮肤组织中均未发现黑色素颗粒;ASIP蛋白在白色被毛的ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的表皮、毛囊外根鞘、毛乳头周围的毛基质中大量存在,在棕色、黑色皮肤组织中几乎不存在。说明ASIP蛋白在特定部位的表达情况与ASIP基因编辑中国美利奴细毛羊的白色被毛毛色的发生相关。

不同藏羊群体ASIP基因SNP位点筛选及其遗传分析

藏羊产于青藏高原及其毗邻地区,外部特征非常突出,杂色藏羊约占总群体的90%,被毛纯白和纯黑个体很少。为研究ASIP基因的SNPs多态性与藏羊毛色遗传之间的关系,本研究采用混池测序及PCR-SSCP法对ASIP基因7个外显子在高原型、欧拉型、扎什加型和黑藏羊4种类型藏羊群体中的突变位点进行了检测。结果共发现5个位点存在突变,分别为外显子3 g.49396C>G和外显子7的g.76594G>C、g.76715T>A、g.76732C>G和g.76811C>A。其中突变位点g.76715T>A碱基颠换引起第126位的半胱氨酸转变为丝氨酸(C126S)。而突变位点g.49396C>G在4个藏羊类型中都存在CC、CG、GG 3种基因型,该突变位点在高原型、欧拉型、扎什加型和黑藏羊群体中的最小突变概率分别为0.416、0.234、0.261、0.307,多态信息含量分别为0.485、0.358、0.386、0.424,都为中度多态。除欧拉型藏羊外,高原型、黑藏羊、扎什加型3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。研究结果显示,ASIP基因g.49396C>G和g.76715T>A错义突变应是调控藏羊毛色遗传的重要位点,可为藏羊毛色的选育提供潜在的遗传标记。

一种定制指令集处理器ASIP评估指标权重抽取技术

针对现有的评估方法中,人为指定指标权重而导致的评估准确性低的问题,基于模糊数学中模糊判断矩阵的相关理论,提出一套ASIP评估指标权重的抽取方法.首先利用模糊矩阵对评估指标中任意两个指标的重要程度作出判断,并将判断的可靠程度量化,然后利用偏差函数求解最接近于ASIP设计者提供的模糊判断矩阵的一致性矩阵,从而获得ASIP评估指标权重.

哈萨克绵羊MC1R和ASIP基因多态性及表达量与被毛颜色表型相关性的研究

旨在探究黑色素皮质受体-1基因(MC1R)和刺鼠基因(ASIP)多态性及其mRNA的表达量与哈萨克绵羊被毛颜色之间的关系。本研究利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对168只哈萨克绵羊(62只黑色被毛,56只白色被毛及50只棕色被毛)的MC1R和ASIP基因的多态性进行检测,并分析突变位点与不同毛色之间的相关性,同时利用实时定量PCR技术检测3种毛色皮肤组织中这2个基因的表达量,分析基因的表达量与不同毛色之间的相关性。结果显示,MC1R基因的多态位点(P.M73K)与被毛颜色极显著的相关(P<0.01);ASIP基因的多态位点与被毛颜色没有相关性(P>0.05)。实时定量PCR检测黑色被毛中MC1R基因的表达量与白色被毛中差异极显著(P<0.01),与棕色被毛差异显著(P<0.05),ASIP基因的表达量在不同颜色被毛中没有显著差异(P>0.05)。该研究初步表明,MC1R基因是影响哈萨克绵羊被毛颜色的主效基因。

不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因mRNA及其编码ASIP差异表达研究

旨在探讨Agouti基因调控山羊毛色机制,采用SYBR Green real-time PCR和蛋白免疫印迹方法分别检测了不同毛色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA及其所编码ASIP蛋白的差异表达。结果表明,Agouti基因mRNA在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量依次为白色>黑色>棕色;mRNA表达量在棕色和白色、棕色和黑色山羊皮肤之间均存在显著差异(P<0.05),在白色和黑色山羊皮肤之间差异不显著(P>0.05)。ASIP在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量:白色>棕色>黑色;ASIP表达量在白色和黑色山羊皮肤组织之间存在显著差异(P<0.05),但在白色和棕色、棕色和黑色山羊皮肤组织之间差异均不显著(P>0.05)。研究结果提示,Agouti基因在不同毛色山羊皮肤组织中可能存在不同调控机制。

基于TTA的嵌入式ASIP设计

在嵌入式微处理器设计中,采用ASIP(applicationspecificinstructionprocessor)处理器设计方法,可以在满足功能和性能要求的同时,缩短嵌入式微处理器产品的研制时间.当前ASIP处理器设计方法还面临着许多问题,如体系结构优化、软件代码的可重定向编译等,这些都阻碍了ASIP处理器设计方法的广泛应用.因此,提出了一种基于传输触发体系结构(transporttriggeredarchitecture,TTA)的嵌入式ASIP设计方法,对其设计关键技术进行了详细的讨论,并通过两个目标应用的ASIP微处理器设计实例说明了该方法可以有效解决上述问题,快速开发出满足目标应用程序要求的嵌入式处理器.

畜禽羽色候选基因ASIP和TYRP1的研究进展

羽色是畜禽重要的品种特征之一,是一种易观察的表型性状。畜禽的羽色性状由许多基因控制,其中目前研究较多的主要有黑素皮质素受体1(MC1R)、刺鼠信号蛋白基因(ASIP)、黑素亲和素(MLPH)、溶质载体家族(SLC24A5、SLC45A2)、酪氨酸酶(TYR)家族(TYR、TYRP1、TYRP2)等,各基因间相互作用形成了不同的羽毛颜色。本文简要介绍黑色素的形成机理及研究概况,并对畜禽羽色相关基因ASIP和TYRP1的遗传机制及研究进展进行综述,以便为进一步研究畜禽羽色形成的分子遗传机制提供参考。

中国绵羊ASIP基因突变研究

研究通过直接测序法检测ASIP基因编码区和部分内含子区域突变位点,以确定ASIP基因突变是否影响中国绵羊的被毛表型变化.结果表明:2个缺失突变(9-bp,c.10-18,D9;5-bp,c.100-105,D5)位于ASIP基因第2外显子上,3个SNPs(g.672G>A,g.1580G>A和g.1617G>A)位于第2内含子区域;D9和D5缺失突变在10个绵羊群体中都存在,而且在‘岷县黑裘皮绵羊’和‘多浪羊’群体内各出现1只D5D5基因型个体,在所有检测个体中没有发现D9D9基因型;结合绵羊被毛表型相关分析,D9和D5缺失突变与所研究的绵羊品种被毛表型不存在相关或不完全相关,即ASIP基因编码的蛋白质区域变异不能解释中国绵羊群体毛色表型的变异.

水貂ASIP基因单倍型检测及其皮肤组织mRNA差异表达分析

试验旨在探究鼠灰色(agouti signaling protein,ASIP)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)形成的单倍型及皮肤组织差异表达mRNA对水貂被毛色素沉积的影响。通过PCR扩增、Sanger测序技术对金州黑水貂、红眼白水貂和名威银蓝水貂ASIP基因进行SNPs单倍型检测分析,利用实时荧光定量PCR技术检测3种毛色皮肤组织ASIP基因的表达量,分析单倍型及mRNA差异表达与毛色表型的相关性。结果表明,301个样本中共检测到10个SNPs,内含子2中4个SNPs(G18A、A159G、G235T、C1189T)共形成10种单倍型(Hap1~Hap10),其中Hap1(GAGC)和Hap2(GAGT)是3种不同毛色水貂群体的共享单倍型;部分内含子3中6个SNPs(C252T、A290C、G298C、A340G、T343C、T379C)形成4种单倍型(Hap1~Hap4),且Hap2(CCCGCC)是名威银蓝水貂群体的主体单倍型。5个位点(A290C、G298C、A340G、T343C、T379C)均处于完全连锁不平衡状态。实时荧光定量PCR检测显示,金州黑水貂和名威银蓝水貂ASIP基因mRNA表达量分别是红眼白水貂的1.25和0.95倍,三者间差异不显著(P>0.05)。研究结果初步提示,ASIP基因调控水貂不同毛色表型形成的分子机制可能存在差异。

阿勒泰羊与新疆细毛羊ASIP基因多态性与被毛颜色的相关性

利用PCR—SSCP方法检测了阿勒泰羊和新疆细毛羊ASIP基因的多态性位点，并分析各SNPs位点与被毛毛色之间的关系。结果表明，阿勒泰羊ASIP基因外显子2（g.100—104bp）存在5碱基丢失（D5：AGGAA），外显子4（g．5172bp：T→A）存在非同义性突变（Ser→Cys）；新疆细毛羊中只发现ASIP基因外显子2（g．100-104bp）存在5碱基丢失（D5：AGGAA）；阿勒泰羊AMP基因2处SNPs与被毛毛色不相关（P〉0．05），而新疆细毛羊ASIP基因5碱基丢失与被毛毛色极显著相关（P〈0．01）。

野猪ASIP基因的突变位点及其与毛色表型的相关性研究

本试验旨在研究影响动物被毛颜色变化的功能基因ASIP在野猪群体里的变异及其与被毛表型之间的相关性。通过直接测序法搜寻ASIP基因编码区、5′-UTR、3′-UTR和部分内含子区域突变位点。结果表明:在ASIP基因的3′-UTR区域识别了一个T→C突变位点(ASIP.c 695T→C),而在其它区域没用发现。通过群体内多态性检测,7个毛色类型的野猪在此突变位点都是CC或CT基因型,而长白猪群全部是TT基因型。从这个结果得出具有不同毛色的野猪群体可能是由突变位点C等位基因引起,不能排除还有其它毛色功能基因参与野猪被毛的形成。研究为进一步了解野猪ASIP毛色功能基因在其群体内的遗传变异奠定了理论基础。

ASIP基因第3外显子349位点多态性与中国家驴毛色表型相关研究

本研究以16个品种680头中国家驴为实验群体,通过PCR-RFLP方法检测ASIP基因第3外显子349位点的多态性,并分析其多态性与中国家驴毛色的关联性。结果表明:中国家驴ASIP基因第3外显子存在c.349T>C突变,纯黑色的驴基因型以CC型为主,德州驴、渤海驴、广灵驴和庆阳驴中的纯黑色驴全是CC型;非纯黑色驴主要是TT和CT基因型,没有检测到CC基因型。利用ASIP基因第3外显子PCR-RFLP标记可以把家驴中纯黑色和非纯黑色驴分开,作为家驴中纯黑色驴早期选种的分子标记。

一种基于ASIP结构的LDPC译码器芯片设计

针对IEEE 802.11n标准中LDPC码多码率、多码长的特点,提出了一种基于ASIP架构的LDPC译码器设计方案。该译码器采用优化的分层译码算法、11级流水线技术以及基于ASIP结构的微指令技术,实现了4种不同码率、3种不同码长的LDPC译码功能。采用TSMC 0.18μm CMOS工艺进行物理实现,该译码器芯片面积为3.65 mm2。测试结果表明,该设计满足IEEE802.11n标准的译码要求。

hASIP基因在乳腺癌中的表达及其意义

目的:检测hASIP基因在人乳腺癌中的表达并分析其与临床病理指标的相关性,进一步探讨hASIP与乳腺癌的关系。方法:以RT-PCR法检测人乳腺癌及癌旁组织中hASIP的表达情况,并与临床及病理常用指标作对照分析。结果:hASIP-a在癌组织中的表达率为92.5%(49/53),在癌旁组织中的表达率为75.5%(40/53),两者之间有统计学差异(P<0.05)。hASIP-b在癌组织中的表达率为54.7%(29/53),在癌旁组织中的表达率为43.4%(23/53),两者之间无统计学差异(P>0.05)。以癌旁组织为参照,hASIP-a在癌组织中表达上调的占64.2%(34/53);hASIP-b在癌组织中表达上调的占32.1%(17/53)。两者之间有显著统计学差异(P<0.01)。hASIP-a高表达与乳腺癌病人年龄>50岁、肿瘤分期早、ER阳性、病理为除浸润性导管癌外的其它浸润性癌相关(P<0.05)。结论:hASIP-a在人乳腺癌中存在高表达。乳腺癌病人年龄>50岁、肿瘤分期早、ER阳性、病理为除浸润性导管癌外的其它浸润性癌,可能是hASIP-a高表达的相关因素。

一种基于ASIP方法的互连IP节点设计

在研究多种互连IP节点功能的基础上,提出使用专用指令集处理器(ASIP)方法设计互连IP节点的基本功能集合,使得设计者可以实现对互连IP节点基本功能的复用,并添加定制设计以满足具体应用对互连IP节点的特定要求。ASIP方法允许设计者以编程的方式灵活地实现互连策略。DTV系统中一种互连IP节点的电路设计、仿真与综合结果验证了该设计的有效性。

密码处理ASIP中的置换加速

密码处理ASIP是针对密码算法处理的专用微处理器体系结构,结构设计的重点是怎样良好地匹配算法要素和算法结构。置换是对称密码算法中重要的编码环节,在密码处理ASIP结构下加速置换要尽量减少使用非共用硬件,开发处理并行性,适应各种位宽置换的处理要求。通过对分组算法置换特性的深入分析,在提出的密码处理ASIP结构下,构造了加速置换操作的部件结构和互连结构,设计了专用的指令,给出了性能和实现结果,证明置换加速机制高效、低代价、通用性强。

基于FPGA的嵌入式ASIP软核设计与实现

采用ASIP+FPGA模式设计了一款嵌入式微处理器软核,以该软核为例从体系结构和指令集设计两方面对ASIP+FPGA模式微处理器软核的设计进行了分析和验证,最后通过与传统微处理器对比验证了该设计模式的优势:指令针对性强,执行效率高;易于扩展,适应性强。

基于Xtensa的ASIP开发流程研究

介绍了ASIP处理器的功能特性、结构特点和开发流程以及Tensilica Xtensa可配置、可扩展处理器及其开发工具集。详细阐述了利用Xplorer、XPRES、XEnergy等工具开发面向低功耗图像压缩应用的ASIP的实际流程,通过实例展示了Xtensa工具集在算法仿真分析、体系结构、指令集和软硬件自动生成方面的强大优势。

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

【目的】揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记。【方法】参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响。【结果】从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T。其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上。Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低。Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致。【结论】在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因m RNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制。