CLU基因多态性与新疆哈萨克族及汉族阿尔茨海默病的相关性研究

目的探讨聚集素(clusterin,CLU)基因rs11136000位点及rs9331888位点多态性与新疆哈萨克族(简称哈族)及汉族散发性阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,SAD)相关性。方法运用病例对照研究,采用Kas P PCR技术和基因测序法测定CLU rs11136000及rs9331888位点的基因型及等位基因。结果 (1) CLU基因rs11136000位点基因型及等位基因分布在SAD及正常对照组差异有统计学意义(P <0. 05)。哈族SAD组CLU基因rs11136000位点T等位基因及TT基因型频率显著低于对照组(χ~2=8. 809,P=0. 003;χ~2=8. 242,P=0. 016)。携带T等位基因者(TT+TG基因型)相比携带GG基因型者AD发病风险降低63. 9%(OR=0. 361,P=0. 007)。汉族SAD CLU基因rs11136000位点基因型及等位基因与对照组之间差异均无统计学意义(P> 0. 05)。(2) CLU rs9331888位点等位基因(C、G)及基因型(CC、CG、GG)频率差异无统计学意义(P> 0. 05)。(3) rs9331888、rs11136000两位点存在连锁不平衡(D’=0. 764),单体型分析显示有C-C、C-G、T-G 3种单体型,频率分布差异无统计学意义(P> 0. 05)。结论 CLU基因rs11136000位点多态性与新疆哈族AD发生可能有关,携带T等位基因对降低AD发病可能有一定的保护作用; CLU基因9331888位点可能与新疆SAD的发生无相关性。

CLU、PKCα基因过度表达与卵巢癌化疗耐药相关的研究

目的:对比CLU、PKCα基因在化疗前及化疗后卵巢癌组织表达的差异。方法:卵巢癌患者60例,包括紫杉醇化疗组(Ⅰ组)和未化疗组(Ⅱ组)各30例,提取卵巢癌组织总RNA,反转录为cDNA。用荧光实时定量PCR方法检测60份标本中CLU、PKCα,MDR基因的表达。结果:CLU、PKCα基因在Ⅰ组、Ⅱ组均有较高的表达阳性率,分别为96.67%与100%、100%与100%,两组间无显著差异(P>0.05)。PKCα基因在化疗组表达Ct值3.530±0.99584,显著高于未化疗组3.003±0.65074(P<0.05)。但术前化疗组及化疗复发组之间无显著差异(P>0.05)。MDR表达阳性组织中,CLU基因的表达Ct值4.3487±1.41353,显著高于MDR表达阴性组织的3.2955±1.52114(P<0.05)。结论:PKCα在化疗后卵巢癌组织中高表达,可能在卵巢癌紫杉醇化疗耐药中起重要作用。CLU可能与MDR介导的卵巢癌多药耐药有关。CLU、PKCα表达显著相关,提示两个基因共同参与了卵巢癌耐药机制。

CLU的基因多态性与非痴呆型血管认知障碍的相关性

目的探讨正目的簇集素(CLU)基因多态性与非痴呆型血管性认知障碍(VCIND)之间的相关性。方法收集VCIND患者42例纳入VCIND组,认知正常者23例纳入认知正常组,记录人口学资料、危险因素、现病史、既往史,进行神经系统查体、神经心理学量表评分及磁共振成像检查,检测和分析两组CLU基因rs11136000snp、rs93311888snp位点,比较CLU基因多态性与VCIND患者及其影像学之间的相关性。结果(1)VCIND组与认知正常组的rs11136000snp位点比较,差异有统计学意义(P<0.05)。rs9331888snp位点比较无显著差异(P>0.05)。(2)VCIND组与认知正常组脑小血管病(SVD)总分对比差异有统计学意义(P<0.05)。(3)CLU基因多态性与VCIND患者的影像学比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论CLU基因多态性与VCIND具有相关性;CLU基因的两个snp位点均与VCIND患者的影像学存在交互作用。

AS-PCR法检测CLU基因SNP位点方法的建立

目的 基于等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)原理,建立一种QPCR检测CLU基因与阿尔兹海默病(AD)相关性SNP位点基因型的筛选方法。方法根据CLU基因上的rs11136000,rs2279590和rs9331888 3个SNP位点设计特异性的野生型、突变型引物,使用实时荧光定量PCR(QPCR)对AD患者外周血样本进行SNP基因分型,以DNA基因测序法结果作为参考标准。结果 10例样本的QPCR定量分型结果显示,CLU基因rs11136000位点检测到CC基因型7例,CT基因型3例,未发现TT基因型;CLU基因rs2279590位点检测到CC基因型7例,CT基因型3例,未发现TT基因型;CLU基因rs9331888位点检测到CC基因型3例,CT基因型4例,TT基因型3例。检测结果与基因测序法结论完全一致。结论 基于AS-PCR技术的QPCR检测法可以高效、简洁的对CLU基因上的SNP位点进行基因分型,并为后续大量AD临床样本的SNP筛查提供了一种新的检验方法。

时序微阵列数据中的同步和异步共调控基因聚类

基因的共调控可分为同步和异步两种.文中提出了一种新的聚类模型Reg-Cluster,将具有相同编码的同步和异步共调控基因聚集到同一个共调控基因类中.在此基础上,提出了一种有效的聚类算法FBLD,采用先宽度优先、后深度优先的搜索策略,并结合高效的削减规则,挖掘得到所有符合条件的最大Reg-Cluster.聚类结果中包含了详细而完备的共调控信息,有助于基因调控网的研究.算法可扩展用于三维基因-样本-时间微阵列数据集的分析.FBLD算法已经应用到真实和人造微阵列数据集中,其结果被提交到Gene Ontology,实验结果证明了算法的高效性和有效性.

利用GEO数据库分析子宫内膜异位症潜在致病基因

目的:探究作用于月经增殖期及分泌期子宫内内膜异位症的共享潜在致病基因。方法:利用两个原始数据集GSE7305、GSE25628,筛选出18例子宫内膜异位症患者在位子宫内膜与匹配的异位子宫内膜组织相比的差异表达基因(DEGs),并使用基因本体论分析,KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析,利用STRING 11.0建立蛋白质相互作用网络。利用Cytoscape MCODE软件筛选热点模块并使用BiNGO进行相关基因的GO分析。结果:两个数据集共享96个DEGs。基因本体论分析显示DEGs富集于补体激活等通路。CLU等基因可能介导补体激活参与子宫内膜异位症的发生发展。结论:CLU等基因可能通过参与补体激活参与子宫内膜异位症的发生发展。

CLU基因低频变异与晚发型阿尔茨海默病和轻度认知功能障碍遗传易感性研究

目的发现与晚发型阿尔茨海默病(LOAD)发病相关的潜在基因变异,拓展阿尔茨海默病(AD)遗传易感因子谱。方法对四个参与调节脂代谢的AD风险基因:载脂蛋白E(APOE)、分拣蛋白相关受体(SORL1)、载脂蛋白C1(APOC1)、载脂蛋白J(CLU)进行靶向测序,分别在LOAD、轻度认知功能障碍(MCI)患者和认知健康对照中对候选变异进行验证,并对其进行生物信息学分析。结果携带CLU基因rs117389184变异型等位基因增加LOAD和MCI发病风险[P=0.026,OR(95%CI):3.56(1.08~4.84);P=0.026,OR(95%CI):3.06(0.98~4.03)],提示与认知功能受损存在相关性。该变异可能会干扰转录因子结合,影响基因的表达。结论CLU基因rs117389184为新的LOAD和MCI风险变异基因。