庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

[目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。[结果]在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002~0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。[结论]本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资源保护工作。

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构

本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。

基于线粒体D-loop区的4个团头鲂养殖群体遗传多样性分析

为了解安徽省养殖团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自省内不同地区的4个养殖群体117个样本的线粒体D-loop区,分析其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明,共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样性指数为0.20~0.47,核苷酸多样性指数为0.00022~0.00224。群体结构分析显示,群体间发生了不同程度的分化,遗传分化系数为-0.0138~0.2190。分子变异分析(AMOVA)表明,变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者效应,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化,4个团头鲂群体的遗传背景可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。

藏羚羊mtDNA D-loop区遗传多样性研究

该研究采用非损伤性DNA基因分型技术，对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444～446bp）进行了序列分析，结果显示A、T％含量（61．8％）明显高于G、C％含量（38．2％），共发现10种单倍型，包括48个多态位点，其中转换位点44个、颠换位点1个、插入位点1个、缺失位点2个。单倍型间平均遗传距离为0．031，单倍型多态性（h）为1．000，核苷酸多态性（π）为2．96％。说明藏羚羊线粒体控制区存在着丰富变异，最后从藏羚羊的生态习性及地理分布两方面对这一结果进行了分析探讨。

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。

我国部分黄牛品种线粒体D-loop区遗传多样性与起源分化

为了解我国地方黄牛品种线粒体DNA的遗传变异情况,文章测定了16个地方黄牛品种206个个体线粒体D-loop区的全序列,共检测到101个变异位点;99种单倍型,其中73种是普通牛单倍型,26种是瘤牛单倍型;平均核苷酸差异为22.6920,单倍型多样度为0.9320,核苷酸多样度为0.0227,表明我国黄牛品种遗传多样性非常丰富。构建的NJ进化树显示16个品种来源于两大母系:普通牛和瘤牛;构建的Network图表明73种普通牛单倍型可以分为3大单倍型群;26种瘤牛单倍型分为5种单倍型群,推测我国瘤牛在迁移过程中,至少经历了4次群体扩张事件。通过分析比较地方黄牛品种与内罗门牛共有的H3单倍型,发现其中只有16%的序列与内罗门牛的H3单倍型非常相似,其余84%的序列均发生了鸟嘌呤变异,推测这些变异很可能是我国瘤牛固有的变异。

野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性

为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840～FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1、Arlequin3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明8条野牦牛线粒体DNAD-loop区全序列长度在891～894bp之间,其中A、T、G和C4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%。排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点。依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性。

舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析

小黄鱼（Pseudosciaena polyactis）为我国重要海产经济鱼类之一, 过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应（PCR）技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增, 序列长度在795-801bp 之间, 长度差异不大。采用Clustal X1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析, 结果显示：53条小黄鱼线粒体DNA D-loop 区的T、C、A 和G 碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%, 排除13 处核苷酸的插入或缺失后, 共检测到93处转换和颠换位点, 约占分析序列总长度的11.6%, 其中包括53 个单一多态位点和40 个简约信息位点, 共确定了52 种单倍型, 单倍型多样性（hd）为0.9993, 单倍型间的平均遗传距离为0.012, 转换/颠换平均值为4.305, 平均核苷酸差异数（k）为9.73875, 核苷酸多样性（π）为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。

基于线粒体DNAD-loop区部分序列分析舟山海域带鱼种群遗传结构

带鱼（Trichiurus lepturus Linnaeus）,俗称刀鱼、白带鱼,隶属鲈形目（Perciformes）,带鱼科（Trichiuridae）,带鱼属（Trichiurus）,广泛分布于世界各温热带海域,在我国主要分布在东海、南海、黄海和渤海[1]。带鱼为我国最重要的捕捞对象,其产量多年来一直位居我国海洋捕捞鱼类产量的首位,占有十分重要的渔业经济地位。舟山带鱼是全国首批海鲜类地理标志证明商标海鲜,曾与大黄鱼、小黄鱼、墨鱼并称为我国＂四大渔业＂。自20世纪70年代后,由于受过度捕捞和环境变化等影响,舟山海域的带鱼资源出现了严重衰退;

基于线粒体DNAD-loop区全序列分析大围山微型鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究

[目的]探究大围山微型鸡的遗传多样性和起源。[方法]对30只大围山微型鸡线粒体DNA（mitochondrial genome,mt DNA）D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank已登录红色原鸡的D-loop区全序列,运用现代生物信息学方法进行数据处理。[结果]试验结果表明：大围山微型鸡mt DNA D-loop区全长1 231～1 232 bp,1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。核苷酸多样性（Pi）为0.004 43±0.000 14,单倍型多样性（Hd）为0.685±0.079,核苷酸平均差异数（K）为5.448。在30只个体中,共发现18处单核苷酸多态位点,6种单倍型。系统发育分析发现,6种单倍型可以分为A、B、D和E 4个分支,其中A和B为主要分支。A和B分支各有2种单倍型,D和E分支均只有1种单倍型。A和B分支与红色原鸡滇南亚种（Gallus gallus spadiceus）聚为一类。[结论]大围山微型鸡mt DNA D-loop区有丰富的多态性,并且有多个母系起源,红色原鸡滇南亚种在大围山微型鸡形成过程中贡献最大。

青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-loop区序列多态性

利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的遗传距离分别为黑马河群体与布哈河群体间的平均遗传距离最小(0.010 93),布哈河群体与沙柳河群体次之(0.014 23),黑马河群体与沙柳河群体的遗传平均距离最大(0.019 09)。3个群体间的遗传平均距离都在0.01以上,而且3个群体间总的遗传分化指数为0.019 26,基因流为12.73。UPGMA法构建的分子系统树中,沙柳河群体聚成一支,黑马河和布哈河群体混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,沙柳河群体与黑马河和布哈河群体的亲缘关系较远;黑马河和布哈河群体亲缘关系较近。以上数据还表明,青海湖裸鲤3个繁殖群体间具有较弱的遗传分化,洄游到同一河流里进行交配繁殖的群体内基因交流作用比较大。

基于线粒体DNAD-loop区全序列分析藏鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究

通过对藏鸡线粒体DNA（mt DNA）Dloop区全序列的测序和比对,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨藏鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明,藏鸡DNA（mt DNA）Dloop区全长1 231-1 232 bp、1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在20只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,7种单倍型。系统发育分析发现,藏鸡7种单倍型可以分为A、B、E三个分支。A分支与红色原鸡（Gallus gallus murghi）聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支,B和E与红色原鸡滇南亚种（Gallus gallus spadiceus）聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平上为藏鸡的遗传资源保护和开发利用提供参考。

山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究

为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种（莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪）及引进猪种（杜洛克、大约克和长白猪）共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列（1102 bp）进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明：山东各猪种之间遗传距离较小（0.0005~0.0046）,远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离（〉0.14）,但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小（0.005）。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。

三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化

根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种（类群）（九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛、川南牛、凉山牛、湘西牛和昭通牛）的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性,分析三江黄牛数量急剧下降的原因并提出参考意见。结果表明,三江黄牛线粒体D-loop区序列长909-911bp,T、C、A、G碱基的平均含量分别为29.08%、24.49%、32.72%和13.71%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性（Hd）为0.875 7,平均核苷酸多样性（Pi）为0.022 92,遗传多样性较为丰富;三江黄牛与已知牛品种（类群）mtDNA D-loop序列比对结果表明,与凉山牛差异最小（0.11%）,与欧洲野牛差异最大（32.63%）;系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与秦川牛、平武牛亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来。

藏系绵羊红原、贾洛、欧拉类群mtDNA D-loop区多态性分析

为研究藏系绵羊的遗传多样性,利用3种限制性内切酶(BamHI、Bpu1102I、Bsp1407I),采用PCR-RFLP技术分析了藏系绵羊红原、贾洛、欧拉3个类群共计90只羊mtDNA D-loop区的多态性.结果表明,藏系绵羊mtDNA D-loop区存在两种基本单体型I、II,类群间聚类分析显示贾洛类群与红原、欧拉类群亲缘关系较远,可能起源于不同的母系祖先.藏系绵羊线粒体DNA多态度相对贫乏.

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。

陕西省林麝mtDNA D-loop区序列结构和种群遗传多样性

林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调查了陕西省林麝1个圈养种群3个野生种群线粒体DNA(mt DNA)D-Loop 632 bp片段的遗传多样性和种群结构。在69个个体中其碱基组成为A+T的平均含量63.2%高于G+C含量36.8%,共检测到变异位点171个(约占总位点数的27.05%)。核苷酸多样性(Pi)为0.04424,平均核苷酸差异数(K)为19.908。69个个体分属32个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.070。32个单倍型构建的NJ系统树聚为3个分支,4个林麝群体中的单倍型是随机分布的。4个群体的平均遗传距离为0.043(标准误SE为0.005),凤县养殖场群体与留坝和陇县群体的亲缘关系较远。单倍型间的平均遗传距离为0.043,可见其遗传分化尚未达到种群分化的水平。结果表明,陕西省林麝群体mt DNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,凤县野生群体和凤县养殖场群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,养殖场种群没有出现近亲繁殖及遗传多样性下降的情况。凤县野生群体和凤县养殖场群体两者遗传分化较小,存在着较高的基因流水平。

中国南方部分黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传变异与分类分析

【目的】检测中国黄牛品种的遗传多样性和遗传亲缘关系。【方法】扩增、测序并分析了8个南方黄牛品种(川南牛、务川牛、温岭牛、隆林牛、湘西牛、郧巴牛、昭通牛、锦江牛)共计40个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列。【结果】共检测到56个变异位点,17个单倍型,平均核苷酸差异(K)为20.364,核苷酸多样度(π)为2.25%,单倍型多样度(Hd)为0.750±0.074;4种碱基A、T、C、G的频率分别为33.2%,28.2%,25.1%和13.5%;56处多态位点中,转换49处(占多态位点87.5%),颠换4处(占7.14%),缺失/插入3处(占5.36%);在样本数量超过3的群体中,锦江牛和昭通牛分别显示出最贫乏和最丰富的遗传多样性;构建的NJ进化树表明,云南昭通牛与其他7个品种的亲缘关系最远。【结论】普通牛较瘤牛具有丰富的遗传多样性,支持普通牛的多地区起源说;云南昭通牛含有不同于印度瘤牛的瘤牛血统,从分子水平上支持云南是潜在的瘤牛起源驯化中心。

太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性

为深入研究太湖鲢鱼的种群遗传结构及进化过程,有效的保护和利用太湖鲢鱼种质资源,作者采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%0.35%和6.368。研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。

基于线粒体D-loop区分析茶花鸡遗传多样性和起源进化

为探讨茶花鸡遗传多样性和起源进化,以茶花鸡为试验素材,对30只茶花鸡线粒体DNA D-loop区全序列进行测序,结合GenBank已公布D-loop区全序列的19条红色原鸡序列,进行比对和分析处理。结果显示:茶花鸡线粒体D-loop区全长为1 232 bp,无缺失和插入。30只个体共发现9处单核苷酸多态位点,为3种单倍型。系统发育分析显示,3种单倍型可分为A和B两个分支,A和B分支均与Gallus gallus spadiceus聚为一类,推测这两个分支可能均起源于红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平为茶花鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。