IDentifier DNA分型盒(炎黄34)的法医学验证及应用评估

目的 测试IDentifier DNA分型盒(炎黄34)的技术性能指标,评估其法医学应用价值。方法 根据《法庭科学人类荧光标记STR复合扩增检测试剂质量基本要求》(GB/T 37226—2018),从种属特异性、分型准确性、灵敏度、适应性、耐受性、一致性、均衡性、反应条件验证、混合样本、稳定性、批间差11个方面对IDentifier DNA分型盒(炎黄34)进行测试。比较IDentifier DNA分型盒(炎黄34)与Power Plex~?Fusion 6C系统、Versa Plex~?27PY系统、Veri Filer~(TM) Plus PCR扩增试剂盒的系统效能。使用IDentifier DNA分型盒(炎黄34)检测日常案件中的拭子类生物检材,观察其STR检验结果 。结果 IDentifier DNA分型盒(炎黄34)具有良好的种属特异性、分型准确性、适应性、耐受性和均衡性,灵敏度可达0.062 5 ng,能检测案件中不同类型的检材、降解检材及混有抑制剂的检材,对混合比例为4∶1以内的样本均能获得完整分型。该试剂盒的系统效能非常高,TDP可达1-1.08×10~(-37),CPE_(trio)和CPE_(duo)分别可达1-5.47×10~(-14)和1-6.43×10~(-9)。针对案件中的接触类生物检材,其有效检出率可达21.05%。针对亲缘关系鉴定,单亲鉴定和全同胞鉴定的系统效能均得到了有效提高。结论 IDentifier DNA分型盒(炎黄34)的上述性能指标符合要求,可用于个体识别及亲权鉴定,适合在法庭科学领域应用。

宫颈癌前病变PAX1基因DNA甲基化检测与HPV-DNA分型检测的效果比较

目的 分析PAX1基因甲基化与HPV-DNA分型检测在宫颈癌前病变诊疗中的特征及潜在关联。方法 选择2021-06至2022-03在解放军总医院第三医学中心妇产科行液基薄层细胞检测(TCT)和人乳头瘤病毒-DNA(HPV-DNA)分型检测的患者。纳入研究TCT结果异常,意义不明的非典型鳞状细胞(ASCUS)和(或)HR-HPV阳性患者194例,宫颈组织病变筛查结果异常并转诊阴道镜下取病理活检的患者共130例。所有患者进行TCT、HPV-DNA分型检测、定量PAX1基因甲基化检测。结果 CIN3+(CIN3和宫颈癌)患者的PAX1基因甲基化数值显著高于正常、CIN1、CIN2患者,按照活检病理级别从高到低PAX1基因甲基化数值依次分别为18.21(17.56,18.66)和20.5(20.07,20.80),20.41(20.19,20.72),20.21(19.77,20.42);TCT结果提示ASCUS的患者共45例,CIN2+(CIN2、CIN3和宫颈癌)PAX1基因甲基化数值显著高于正常/CIN1,按照活检病理级别从高到低PAX1基因甲基化数值依次分别为18.87(17.80,20.26)和20.51(20.19,20.73);HPV16、18阳性患者的PAX1基因甲基化数值均显著高于非HPV16/18阳性患者,HPV16阳性和高危型非HPV16/18阳性患者PAX1基因甲基化数值分别为19.10(17.97,19.88)和20.33(20.00,20.50),HPV18阳性和非HPV16/18阳性患者PAX1基因甲基化水平分别为19.49(18.65,20.31)和20.33(20.00,20.50)。但单一HPV16阳性与单一HPV18阳性患者的PAX1基因甲基化数值相比,二者间的数值则无统计学差异。结论 PAX1基因甲基化检测有助于早期识别CIN3+和ASCUS宫颈高级别病变,也有助于降低ASCUS患者的阴道镜转诊率。

动物DNA分型及其在法医学中的研究进展

随着分子生物学的进展,DNA分析技术在法庭科学中得到了广泛应用。非人源DNA分析可以应用于一些特殊案件,在提供侦查线索和审判依据方面具有独特的法医学价值。动物DNA分型在各类非人源DNA相关案件中作用突出,是法医学非人源DNA分析的主要内容。本文就动物DNA分型技术和特点、法医学应用场景中面临的挑战,综述了其发展历史和现状、优势与不足,并展望了其未来的发展。

产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌的随机扩增多态性DNA分型研究

目的 对产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）肺炎克雷伯菌的耐药现状进行分析研究,对耐药株进行基因分型流行病学研究。方法 对临床分离的195株肺炎克雷伯菌进行ESBLs检测并采用微量稀释法测定MIC值,判断细菌的耐药性;对产ESBLs菌株以随机扩增多态性DNA分型法（RAPD）进行基因分型。结果 产ESBLs肺炎克雷伯菌占23％,其中51％来源于重症监护病房（ICU）;ESBLs阳性细菌对12种抗生素的耐药性远远高于ESBLs阴性菌;20株产ESBLs肺炎克雷伯菌分为11型。结论 本院神经外科SICU、呼吸科RICU存在产ESBLs肺炎克雷伯菌的流行;合理使用抗生素,加强重点病区的消毒隔离措施,是控制医院感染流行的重要措施;RAPD是从分子水平对耐药细菌进行流行病学研究的一种经济、快速、可靠的基因分型方法。

指甲游离缘的核DNA分型研究

为探讨指甲游离缘核DNA分型的可行性,采集无关个体指甲游离缘样本10份,分别以不同消化体系,采用有机法、Chelex-100法,有机法结合Chelex-100法等3种方法提取指甲游离缘核DNA,AmpFlSTR IdentifierTM试剂盒复合扩增,ABI PRISM3130自动遗传分析仪检测分析。结果显示:与对照血样比较,有机法结合Chelex-100法提取的样本核DNA均获得满意的STR分型,有机法提取的样本核DNA可以进行STR分型,但部分样本图谱峰值不均衡,Chelex-100法提取的样本核DNA不能分型或出现较多等位基因缺失。提示指甲游离缘可以进行成功地核DNA的分型,有机法和有机法结合Chelex-100法提取的DNA质量都可成功检测,其中以有机法结合Chelex-100法提取DNA的检测成功率最高。

烟蒂DNA分型的研究

目的 研究烟蒂中DNA提取及其检验。方法 用Chelex-100法提取170枚烟蒂样本的DNA,进行PCR扩增及STR检验。结果 除1名志愿者提供的21枚烟蒂外层纸未能检出STR基因分型外,其余烟蒂外层纸均得到分型结果。加入少许烟丝的样本未能检出STR分型,与口唇接触的海绵有时可检出基因型,6个月内的烟蒂可检出小片段基因座。结论 烟蒂能进行DNA分型,在法医检案中具有应用价值。

HPV DNA分型联合“三阶梯”技术对子宫颈癌前病变诊断及预后判断的价值

目的探讨人乳头瘤病毒(HPV)DNA分型联合"三阶梯"技术[即HPV阳性+液基薄层细胞检测(TCT)→阴道镜检查→宫颈组织病理学诊断]在大样本宫颈癌普查中的应用价值。方法选取进行宫颈癌普查的妇女9 033例为实验组,按照宫颈癌"三阶梯"筛查方案,首先进行高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)DNA检查,阳性者进行分流处理:对HPV16亚型、HPV18亚型阳性者或者年龄超过45岁者进行TCT检查+阴道镜检查→宫颈组织病理学诊断,对其他阳性者进行随访。另选取对照组2 448例,进行HR-HPV DNA+TCT检查→阴道镜检查→宫颈组织病理学诊断。结果实验组HR-HPV DNA阳性率7.82%(706/9 033),TCT检查+阴道镜检查阳性365例,宫颈组织病理学诊断阳性119例;对照组HPV阳性及TCT≥未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞/不典型腺细胞(ASCUS/AGUS)2.57%(63/2 448),阴道镜检查63例,行宫颈组织病理学诊断39例。2个组行宫颈组织病理学诊断高度鳞状上皮内病变(HSIL)和宫颈癌检出率:实验组0.17%(15/9 033),对照组0.16%(4/2 448),2个组比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论 HPV DNA分型联合"三阶梯"技术在大样本人群的宫颈癌普查中是一种简便、经济和方便分流管理HPV阳性者的方法,值得推广。

法医降解生物检材DNA分型研究进展

生物检材会受到各种内外因素的影响,DNA通过酶解、氧化、水解、辐射等机制降解,导致STR分型出现Ladder-like条带、Sutter峰、等位基因不平衡扩增及丢失、PCR编码错误等等。国内外学者就降解生物检材进行了大量研究,主要是缩短扩增片段长度,提高降解生物检材分型成功率,开发出miniSTR,SNP和InDels等试剂盒。一些学者关注PCR前处理技术,如大片段回收技术,利用DNA修复酶修复损伤DNA的DNA修复技术等。还有学者关注PCR后纯化技术。随着科技的进步,一些新的技术如下一代测序技术、全基因扩增技术也被用来处理降解DNA样本。本文就DNA降解机制、降解DNA对分型的影响、降解DNA定量及分型检测等方面的进展作一简要综述。

用顺序特异引物聚合酶链反应技术行HLA-A抗原DNA分型

作者采用顺序特异引物聚合酶链反应技术（ＰＣＲ－ＳＳＰ），建立了汉族人群ＨＬＡ－Ａ位点ＤＮＡ分型方法。研究采用ＰＣＲ－ＳＳＰ对３４５例肾移植供受者样本ＤＮＡ行ＨＬＡ－Ａ位点基因分型均获得成功。共检出Ａ位点等位基因总数６３５个，其中纯合子５５例，杂合子２９０例；可准确分辨ＨＬＡ－Ａ位点等位基因２０个，无假阳性和假阴性出现，重复率１００％，总耗时５小时。分型结果经标准ＤＮＡ验证和美国加州大学配型中心双盲验证完全符合。与标准血清学方法比较显示，６９份血清学空白位点中１６份存在第二个位点，１３份血清学分型错误，血清学总误差率９．０％。由此表明，用该研究建立的ＰＣＲ－ＳＳＰ方法行ＨＬＡ－Ａ位点ＤＮＡ分型，具有高分辨度、高特异性和简捷快速的特点，分型结果较血清学方法更加精确可靠，适合于临床应用。

白假丝酵母菌随机扩增多态DNA分型及其流行趋势分析

目的:探讨采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析临床分离的白假丝酵母菌分型结果及其流行趋势。方法:选用不同的引物、Mg^(2+)、模板浓度、Taq聚合酶用量等,获得一优化的反应体系以对白假丝酵母菌进行RAPD分型。结果:经优化的RAPD方法能将105株白假丝酵母菌菌株分成8个基因型。结论:结果显示该方法的可分型性、灵敏度、重复性及特异度均较良好,可对白假丝酵母菌快速、简便地进行基因分型,可广泛应用于流行病学调查与研究。

宫颈脱落细胞高危人乳头瘤病毒DNA分型定量的临床应用

目的探讨宫颈脱落细胞高危人乳头瘤病毒DNA(HR-HPV-DNA)分型定量在宫颈癌防治中的意义。方法采用实时定量PCR-双色荧光探针法,对1 417例体检妇女进行宫颈脱落细胞作HR-HPV-DNA分型定量检测和TCT检测。结果 HR-HPV16是HR-HPV单型别中阳性率最高的型别(19.14%)。HR-HPV-DNA总体阳性率为13.76%,HR-HPV-DNA阳性率和水平随着细胞学诊断的严重程度增加而升高。在宫颈上皮内瘤变(CIN)组,HR-HPV-DNA水平高于正常组、萎缩性鳞状上皮细胞组、轻度炎症组和中度炎症组(P<0.05)。非典型鳞状上皮细胞组HR-HPV-DNA水平高于轻度炎症组(P<0.05)。结论细胞学诊断的严重程度不仅与HR-HPV的型别有关,还与HR-HPV-DNA的水平有关。

中国的炭疽杆菌DNA分型及其地理分布

炭疽广泛分布于中国各地 ,特别是西部地区 ,并经常造成人畜疾病。在一项合作研究中 ,用多位点VNTR分析 (MLVA)对从 195 2～ 1998年自中国主要地理流行区域分离的病人、病畜和土壤等来源的炭疽杆菌进行了基因分型。MLVA分析结果揭示了 2 1种新的基因型 ,其等位基因组合在以前世界范围分离物的研究中未曾发现。此外 ,分离物的分群显示 ,A3b组是地理上最广泛分布的基因组 ,说明该组可能是中国的“地方流行株”。

显微操作方法捕获精子细胞及对其DNA分型结果研究

目的:研究显微操作方法捕获精子细胞的可行性,及精子细胞的分型结果。方法:用显微操作方法捕获精子细胞,并用QIAampDNAMicro-kit提取DNA,应用Identifiler试剂盒,采用二次扩增和添加酶量、增加循环数的方法进行扩增,最后用ABI3100遗传分析仪检测分型结果。结果:用显微操作方法成功提取到了细胞数目为100、50、10、5个的精子细胞样品并得到其分型结果。

法医DNA分型 第一讲 DNA多态性基本原理

DNA (脱氧核糖核酸 )是生物遗传物质。DNA分型技术在法医物证鉴定中应用日益广泛 ,在各类重大刑事案件的侦破中发挥了越来越重要的作用。近 10多年 ,是法医学发展最快的时期 ,DNA分型技术跨了两大步 :1985年建立的第一代分型技术———DNA指纹 ,实现了物证鉴定从否定到认定的历史性转变 ;进入 90年代 ,PCR (聚合酶链反应 )技术问世 ,可以在体外完成扩增复制靶DNA片段的全过程 ,是生命科学一项划世纪的进展。以PCR为基础的第二代DNA分型技术在检测灵敏度上有重大突破 ,解决了半个多世纪以来困扰法医的微量、陈旧、腐败检材鉴定的难题。DNA分型的高科技 ,以其无可争议的认定或否定的鉴定结论 ,为法庭提供确凿的证据 ,成为打击犯罪的有力武器。从本期起 ,对《法医DNA分型》进行专题讲座 ,将分期介绍DNA多态性基本原理 ,DNA分型结论的评估 ,法医DNA分型技术与方法 ,以及DNA分析技术展望等四个部分 。