高通量PCR模板植物基因组DNA制备方法

制备大量生物样品的模板DNA用于PCR检测是费时费工的工作。本文介绍一种快速高通量的植物基因组DNA(gDNA)制备及其用于PCR基因型检测的操作方法。将一小段单子叶植物苗叶片(与96方孔板的孔深大致相同)或一小块(约2～5mg)双子叶植物叶片放入96方孔板的各孔中、放入一粒直径4mm或3mm的合金珠和150μL制备缓冲液,盖上硅橡胶盖,在涡旋器或震动研磨器震动2～4min破碎组织。此方法获得的粗制gDNA样品浓度约2～4ngμL?1。用96针复制器或多通道移液器转移约0.5～1.0μL的gDNA溶液到96孔PCR板的反应液中,利用各种类型的PCR标记(简单序列重复SSR,插入缺失InDel等)进行基因型检测。此方法制备的gDNA模板也适合于较大DNA片段(>1kb)的扩增。本方法的关键是控制好在一定溶液量中破碎合适量的叶片,以及不要加入过量的gDNA溶液,以免带入过多的杂质抑制PCR效果。这种从材料种植、制备gDNA、转移样品gDNA,到PCR都是96格式化操作的快速、高通量、低成本的方法特别适合大量植物样品的规模化基因型检测。

玉米免DNA制备单株SSR和SCAR基因分型方法研究

探讨采用免DNA制备法分析玉米单株SSR与SCAR分子标记的基因型。分别刮取各单株少许叶肉细胞到1×PCR缓冲液中,置于PCR仪上95℃10 min,冷却,添加PCR其它组份,完成SSR与SCAR的PCR扩增与显色成像。免除模板DNA制备过程,对掖478与丹340两个亲本及57个(共58个)F2分离群体单株分别实现SSR标记-phi402893基因型快速鉴定,对掖478与丹340两个亲本及5个F2分离群体单株分别实现SCAR标记-MITE185基因型快速鉴定。

一种快速的植物DNA制备方法

介绍一种DNA提取方法 ,该方法具有快速、简便、高效的优点 ,可在 6 0min内提取出纯净无RNA的DNA ,获得的DNA纯度高 ,DNA质量可满足酶切及PCR等分子生物学实验要求。

用于蔬菜残留耐药基因检测的DNA制备技术

目的建立用于蔬菜残留耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)检测的DNA制备技术。方法以樱桃萝卜、香菜为研究对象,对商业试剂盒Power Water?DNA Isolation kit和Power Plant?Pro DNA Isolation kit中的具体步骤进行改良,不经细菌分离培养等过程,提取其可食用部分残留微生物基因组DNA。利用Nano Drop?微量紫外-可见光分光光度计,检测DNA的纯度和产量,并以DNA为模板,对16S rRNA、ARGs(sulⅠ、tet M、mef)进行PCR扩增,以验证本研究建立的DNA制备方法对于后续ARGs检测抑制物的去除情况。结果本研究所制备的DNA(n=5),OD260/OD280值均在1.7~1.9之间,浓度均为10ng/μL以上。经电泳检测后,目的基因的PCR扩增条带清晰,且经过序列分析比对证实,目的基因与以往文献报道的同源性均达到97%以上。结论本研究建立的DNA制备方法,无需细菌分离培养,简单、省时,所获得的DNA纯净,为后续蔬菜残留ARGs检测等研究提供技术支持。

3种保存血样方法对山羊DNA制备的影响

采取全血4℃保存(方法Ⅰ)、沉淀白细胞加消化液室温保存(方法Ⅱ)和全血加SDS-EDTANa2缓冲液室温保存(方法Ⅲ)等3种血样保存方法,用常规方法制备山羊DNA并对其效果进行评价。结果表明:方法Ⅰ、Ⅱ均能得到较纯净、完整的DNA,方法Ⅲ操作简便、得率较高,但DNA有一定降解。方法Ⅱ可作为野外远距离采血的首选方法。

FTA卡在模板DNA制备中的应用研究

目的:本文详细介绍了一种简便、快速、安全的用于DNA制备的方法。方法:查阅了大量国内外关于FTA卡及其应用方面的文章。结果:详细介绍了FTA卡在模板DNA制备以及在基因的储藏、医学检测以及食源性致病菌的检测方面的具体应用。结论:FTA卡可作为一种通用、快速、简便的DNA模板制备方法可用于生物学各方面的研究。

SELEX技术中制备单链DNA的方法

制备单链DNA(ssDNA)是许多常用实验中的重要内容,是通过指数富集的配体系统(SELEX)进行体外筛选核酸适配体的关键步骤之一。目前已报道多种方式可通过双链DNA(dsDNA)制备ssDNA,包括链霉亲和素包被磁珠分离、不对称PCR、不等大小引物PCR、酶消化、不对称PCR结合酶消化和不对称乳液PCR等,而如何快速高效地制备ssDNA是研究重点。本文综述了常用的几种通过聚合酶链式反应(PCR)制备ssDNA的方法,对其进行综合分析。根据产物的纯度、操作难易、实验成本等方面综合考虑,选择产物高纯度、操作简便且实验成本较低的ssDNA制备方法,为具有不同需求的应用场景提供参考依据。

核酸适配体筛选中单链DNA制备方法的研究进展

核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)实现的,筛选能否成功在很大程度上取决于其最关键的单链制备步骤,即将双链DNA转化为相应的单链DNA。目前,存在许多方法可以制备单链DNA,包括热变性法、生物素-链霉亲和素亲和分离法、变性胶电泳分离法、核酸外切酶消化法、不对称聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法等。本文在总结文献报道的基础上,具体阐述了各种单链DNA制备方法的原理、优缺点及近5年的应用情况,并对这些单链DNA制备方法进行了比较和展望,以期能为成功筛选各类靶标的核酸适配体提供参考。

甲藻单个细胞DNA的制备及在赤潮藻类分子鉴定中的应用

报导一种赤潮甲藻单个细胞ＤＮＡ的制备方法．该法仅需１或数个甲藻细胞，在常规实验条件下，２０～３０ｍｉｎ即可完成整个过程．此方法的建立，可直接对自然种群进行分子分析，避免了实验室培养种与自然种群的差异，同时，使材料的来源并不依赖于甲藻培养技术的完善．最后。

一种用于PCR的植物基因组DNA快速制备方法

本文介绍了一种用于PCR的植物基因组DNA的快速制备方法。该方法只需将少量（4～6mg）植物叶片、适量（200μL）TE缓冲液、和一粒钨合金珠放入1个2mL离心管，在多功能组织细胞研磨器中振动5min破碎组织后，直接取1μL DNA溶液作为PCR的模板。本方法具有简单快速、操作效率高、成本低、扩增效果好等优点，特别适合于大量样品的基因型检测。

扁桃基因组DNA的制备和AFLP技术体系的建立

AFLP技术对DNA模板的质量要求较高。桃属果树扁桃的叶片含有较高的糖分、多酚类等物质,基因组DNA的纯化比较繁琐。笔者采用3×CTAB缓冲液提取基因组DNA,并加以纯化,使DNA质量达到AFLP技术的要求。在AFLP分析中,筛选出合适的引物组合:采用E+3/M+3选择性引物组合时,扩增条带少;改用E+2/M+3引物组合后,扩增产物主要分布在600～100bp内,且扩增条带数目适中,多态性适宜,电泳图谱清晰。

大熊猫气味标记DNA的制备和序列分析

大熊猫气味标记在其个体间的通讯中具有重要意义。用不同方法收集了７只大熊猫个体的９个气味标记样品，运用ＩｎｓｔａｇｅｎｅＫｉｔ制备出了ＤＮＡ。采用ＰＣＲ扩增线粒体Ｄ－环区和细胞色素ｂ基因、ＴｈｒｔＲＮＡ基因片段并作序列分析。结果提示，不同收集方式所得气味标记样品均有ＤＮＡ，但用干棉花棒收集样品的方法最佳。该方法为大熊猫的遗传多样性研究提供了新的简捷有效的ＤＮＡ来源。

从多糖丰富的样品中制备食用真菌DNA

本文报道了一种从多糖丰富的食用真菌样品中快速、简便制备高分子量总DNA的改进方法。通过CTAB在不同的氯化钠浓度下选择沉淀DNA,除去多糖污染,苯酚、氯仿抽提,异丙醇沉淀,就可获得适宜多种分子生物学研究的食用菌基因纽DNA。本方法也适合小规模同时制备多个样品。另外,采用本方法制备的真菌DNA,经限制酶HaeⅢ酶切后在琼脂糖凝胶上能显示出菌株特异性的DNA带谱,可用于食用菌的遗传育种、菌株鉴定等研究。

一种适用于PCR的水稻基因组DNA的简易制备方法

介绍了一种适合PCR的水稻基因组DNA的简易制备方法。将少量(1~20 mg)水稻叶片置于1.5 mL离心管中,用转速为3 500~4 000 r/min的电钻快速(约10 s)研磨后,加提取液50~100μL,经100℃水浴10~15 min,短暂离心后即可直接取上清液作DNA模板进行PCR分析。该方法具有水浴时间短、可不加液氮研磨、对植株生育期要求不严、成本低、操作简便等优点,每人每天可完成400份以上DNA样品的简易制备,适合幼苗期大规模DNA分子标记辅助选择的PCR检测。

家蚕单粒卵DNA的快速制备方法研究

研究了含量甚微的家蚕单粒卵DNA的抽提方法。将蚕卵催青至转青,以增加蚕卵的DNA含量。在Eppendorf管内用牙签刺破 蚕卵,再用酚、氯仿速提法抽提,能够在1h左右制备出符合RAPD需要的DNA模板,每粒卵能够提取到100ng左右的DNA,制备量接近常规方 法。

甜菜叶片组织快速制备DNA的方法

通过试验 ,获得用叶片组织制备甜菜DNA的方法。利用液氮或冷冻研磨直接捣碎叶片组织 ,提取DNA ,该方法简单 ,易操作 ,所获DNA纯度较高 ,可直接用于PCR扩增分析 ,实验效果较好。

转基因番木瓜基因组DNA的快速制备和PCR检测方法

转基因番木瓜检测中,模板DNA的制备是关键一步。为了提高检测效率,建立快速制备番木瓜样品基因组DNA和PCR检测方法十分重要。建立了番木瓜基因组DNA的快速制备方法,包括样品准备、制备缓冲液匀浆和稀释上清。在完成不同番木瓜样品的基因组DNA快速制备后,对获得的DNA进行PCR检测验证。普通PCR验证结果显示,本方法制备的叶片和果肉基因组DNA溶液稀释5倍时,PCR扩增条带清晰,更高稀释倍数时,叶片基因组DNA扩增条带强于果肉基因组DNA;实时荧光PCR验证结果显示,叶片基因组DNA的PCR扩增效率位于合理区间。灵敏度测试结果表明,含量低至0.1%的叶片和果肉样品,内标准基因和外源基因特异性片段普通PCR和实时荧光PCR均能得到预期扩增,且重复性较好。本研究建立的番木瓜基因组DNA快速制备与PCR方法效果良好,体系稳定。

转基因杨树外源基因PCR检测模板DNA的快速制备

用带盖离心管定量取转基因毛白杨组培苗及其室外8 a生植株叶片,加入DNA提取缓冲液研磨,离心后取上清液稀释5倍。取1μL作为PCR模板DNA检测杨树外源Bt和Npt II基因。PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测,目的条带清晰,可重复性强。

条斑紫菜叶状体DNA的高效制备

探索优化研磨条斑紫菜叶状体提取DNA的条件,建立一套简单、快速、高效的高通量研磨破碎方法。钢珠研磨80s时的破碎效果与液氮研磨破碎效果相近,因此选用80s作为研磨时间。利用2种样品材料（干燥和新鲜）、4种研磨介质（钢珠Φ2.3mm、陶瓷珠Φ1mm、石英砂0.270～0.707mm和玻璃珠Φ0.5mm）、3个研磨介质体积梯度（0.1、0.2和0.3mL）设计研磨实验。结果发现,钢珠的破碎效果最好,玻璃珠的破碎效果最差;石英砂和玻璃珠组研磨干燥材料所得DNA完整性最好,4种研磨介质研磨新鲜材料所得DNA出现了降解,钢珠和陶瓷珠研磨干燥材料所得DNA降解最严重;研磨介质的体积对样品的破碎程度、DNA得率和DNA质量没有显著性影响;4种研磨介质研磨干燥和新鲜材料所提DNA的纯度均较高。80s的研磨实验中显示,钢珠组能有效的破碎干燥和新鲜材料,获得DNA的纯度和得率都比较高,但是DNA出现了降解。在此基础上设置了0.2mL钢珠研磨干燥和新鲜材料5～40s的时间梯度。实验结果显示,钢珠在5～40s时均能有效的破碎干燥、新鲜2种样品材料。干燥材料研磨5～40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率随着研磨时间的延长有所增加,DNA质量较好,且能用于限制性内切酶酶切实验;新鲜材料研磨5～40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率没有显著性差异,DNA质量较好,也能用于限制性内切酶酶切实验。所以本文认为破碎干燥和新鲜2种样品材料制备高质量条斑紫菜DNA的最佳条件为：研磨介质为0.2mL钢珠、研磨速度为6 800r/min、研磨时间为5s。