脂蛋白肾病患者载脂蛋白E基因全长序列分析

目的:通过对脂蛋白肾病患者载脂蛋白E(apoE)基因的全长序列分析,探讨apoE基因突变与脂蛋白肾病发病之间的关系。方法:对5例正常对照和17例脂蛋白肾病患者的apoE基因全长经PCR扩增后进行测序分析。结果:①与正常对照相比,17例脂蛋白肾病患者未发现存在apoE基因突变;②未发现国外已报道的脂蛋白肾病相关apoE基因突变类型;③中国汉族人apoE基因与GenBank中相应基因序列有10处非编码区的序列差异,这种差异在正常人和脂蛋白肾病患者之间无差异。结论:①在本研究范围内,未发现脂蛋白肾病患者存在apoE基因突变;②apoE基因非编码区在不同种族间存在差异。

新疆盐生植物的钙调蛋白基因克隆与序列分析

采用RT-PCR扩增的方法,从新疆盐生植物花花柴(Karelinia caspica)、盐爪爪(Kalidium foliadum)和盐桦(Betulahalophila)中分别克隆获得了450bp的cDNA片段。基因测序和序列同源性分析的结果表明,所克隆的基因片段均包含了钙调蛋白基因完整的读码框架。新疆花花柴钙调蛋白基因与盐爪爪钙调蛋白基因同源性达86%,盐爪爪与盐桦同源性达86.77%,花花柴与盐桦同源性达85.11%。新疆盐生植物钙调蛋白基因与其它已发表的植物钙调蛋白基因同源性均在80%以上,显示植物钙调蛋白基因具有高度保守性。

华支睾吸虫卵黄前体蛋白B基因的识别、序列分析和克隆表达

为识别和克隆华支睾吸虫新基因 ,对华支睾cDNA质粒文库进行随机筛选并测序 ,并利用在线生物信息学工具进行序列分析 ,识别华支睾吸虫未知基因 ,同时根据PGEX -4T- 1多克隆位点及未知基因的序列设计引物 ,PCR扩增目的基因 ,并构建原核重组质粒。结果发现了CsvpB基因 ,其完整阅读框含 76 2个碱基 ,编码 2 5 4个氨基酸 ,理论分子量为 2 7. 7kDa。序列分析表明 ,CsvpB蛋白与其它物种的卵黄前体蛋白有较高的同源性 ,所构建的重组原核表达质粒PGEX- 4T- 1 vpB经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。

犬Elovl2基因片段的克隆和测序分析

利用比较基因组的方法获得犬elongationofverylongchainfattyacids(FEN1/Elo2,SUR4/Elo3,yeast)-like2基因(Elovl2)序列,为后续研究奠定基础。根据人ELOVL2和小鼠的Elovl2基因序列设计PCR引物,对比格犬和本地犬的DNA进行PCR扩增,回收纯化扩增片段,克隆、测序。对本地犬和比格犬的三次克隆测序分别得到长为672bp、671bp和675bp的基因片段,三个基因片段有11个碱基差异。测序结果表明,犬的Elovl2基因与人的ELOVL2基因和小鼠的Elovl2基因无显著相似性。扩增得到的基因片段还需进一步分析。

基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序列进行分析比较.结果表明,两者710 bp的LSU rDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异,遗传相似度高达99.01%,遗传差异为0.99%.进一步与Genebank其他3种原甲藻即P.mexicanum、P.micans和P.minimum的同源序列进行比较,发现其他3种原甲藻两两间的种间遗传相似度在91.1%～95.5%之间,而P.micans和P.minimum种内不同株系的遗传相似度为99.4%～99.9%,均为99%以上.综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0.99%的遗传差异应视为种内差异,原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种.因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P.dentatum)的原甲藻同为一种的观点.

细胞质雄性不育辣椒育性恢复基因特异分子标记的筛选

利用集团分离分析法(Bulked segregant analysis BSA),以辣椒细胞质雄性不育系BU-12、恢复系RF-12为材料共筛选了336条RAPD引物,其中引物S418在恢复系中呈现特异性扩增,得到一条约3000bp的特异片段。回扩得到两条片段,测序表明大小为1515bp,1162bp。荧光原位杂交证实1515bp片段为恢复系特有,命名为S418_(1515)。序列分析表明S418_(1515)为一新发现的序列,Blastn序列比对同源性小于40%,tBlastx比对发现该序列与水稻2、4、7、10号染色体的几个BAC克隆上的序列高度同源。推测可能与其具有相似的编码功能,为进一步从分子水平研究辣椒育性恢复打下了坚实的基础。根据测序结果设计特异引物,将S418_(1515)转化成特异PCR标记,证明能用于候选材料的初筛。

从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码

将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列,从中选择Hsp90,AAC,CDC48和EF3作为候选基因,以丛赤壳科(Nectriaceae)13个属34个概念清晰的种为材料,对215个序列片段采用不同方法进行分析,筛选适合于该科的DNA条形码.将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标.结果表明,Hsp90和AAC基因虽然具有较高的PCR扩增与测序成功率,但种内、种间距离频率分布存在重叠,可能导致部分种的鉴定错误;CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异,但扩增与测序成功率相对较低;EF3基因不存在种内、种间遗传距离重叠,序列容易获得,适合作为该科真菌的DNA条形码.