泌尿系感染23株大肠埃希菌ERIC—PCR多态性及耐药性分析

目的了解泌尿系统感染大肠埃希菌菌株变异情况及产超广谱p内酰胺酶的耐药情况，指导临床合理用药。方法药敏试验采用K—B法和NCCLS推荐的双纸片协同试验进行超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）的检测；23株大肠埃希菌运用ERIC—PCR进行聚类分析，并用聚类统计学软件进行同源性分析。结果23株大肠埃希菌中，检出产ESBLs＋11株，检出率为47.8％；药敏结果显示ESBLs＋菌对20种抗菌药物的耐药率均显著高于ESBLs-菌；聚类分析，将23株大肠埃希菌主要分为四大类，相似系数从0．56～0．92。结论ESBLs＋的大肠埃希菌对头孢噻肟的水解能力很强，大部分ESBLs＋菌株对头孢他啶较稳定；亚胺培南、关洛培南是目前少数对ESBLs＋菌高度稳定的抗生素；应加大对第三代头孢菌素应用的监督，减轻抗生素的选择压力；ERIC—PCR指纹图谱基因技术分型方法分辨率高，重复性好，简便快捷，可用于大肠埃希菌医院感染流行病学监测。

基于rDNA ITS序列和ERIC-PCR研究虫草真菌无性分离物的遗传多样性

以24株虫草无性分离物和1个蛹虫草子实体为材料,利用ITS序列分析和ERIC-PCR方法对这些材料进行了遗传多样性分析。结果表明:ITS序列分析表明蝉花的无性分离物4645(菌生轮枝菌Lecanicillium fungicola)与蝉花的无性分离物4644和4646及蛹虫草的无性分离物亲缘关系较近,而冬虫夏草无性分离物4634及4636则为膨大弯颈霉Tolypocladium inflatum;蛹虫草Cordyceps militaris无性型与蝉花Cordyceps cicadae无性型(4644、4646)及无性分离物4645聚成一族,而冬虫夏草分离物4634及4636与冬虫夏草的关系较近,聚成另一族。ERIC-PCR分析结果表明,在相似性系数为0.76时,上述分离物分成4组,即1)L.fungicola;2)T.inflatum;3)C.cicadae;4)C.militaris。上述结果表明虫草无性分离物具有丰富的遗传多样性。同时,本研究检测了上述无性分离物胞外液中虫草素的含量,发现所有蛹虫草无性分离物(除1811之外)的胞外液中均含有虫草素,但蝉花和冬虫夏草的无性分离物(4634、4636、4644、4645和4646)胞外液中的虫草素产量极低,甚至无法检测出。

ERIC-PCR技术对单增李斯特菌的溯源分析

以质控菌株ATCC 19115为对照,采用ERIC-PCR方法对从三个市场猪肉样品分离到的17株单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)进行了基因分型,探讨了单增李斯特菌基因型与区域分布及流行性的关联性。结果表明,17株单增李斯特菌菌株可分为六个主要基因类群,其中Ⅳ型菌株最多,为主要污染类群,而这些菌株来自于市场三;市场一和市场二分离到的菌株主要分别为Ⅰ型和Ⅳ型。因此,ERIC-PCR方法适用于对单增李斯特菌的溯源分析和流行病学调查,具有简单、方便、快捷、准确的特点。

生物栅净化系统生物膜微生物群落结构动态的ERIC-PCR指纹图谱分析

用ERIC-PCR指纹图谱技术分析富营养化水体生物栅处理系统中2个工况7个净化池在不同监测时期微生物群落结构动态变化与主要污染物降解效果变化的关系.结果表明,采用生物栅技术的2～7号净化池的CODCr、总氮、氨氮、总磷的去除率较对照池分别提高了13.3%～58.6%、23.6%～65.8%、15.5%～72.9%和16.8%～76.9%,表明生物栅技术在污染物去除方面起到了重要作用.随着系统的运行微生物多样性指数逐渐增大,工况1第1次和第2次生物膜样品的微生物多样性指数分别为1.77～1.91和1.96～2.35.设置凤眼莲的3个净化池填料生物膜微生物种类较未设置植物的净化池丰富.在工况2中,HRT为7.5h的3号、5号和7号反应池填料生物膜ERIC-PCR指纹图条带数比HRT为4h的2号、4号和6号要多,而根系生物膜上的微生物群落结构受HRT的影响小.研究表明,随着系统的运行,系统中微生物种群多样性指数增加,系统逐渐进入良好的稳定状态.

用ERIC-PCR法研究番茄根际细菌群落结构变化

采用单一碳源回收菌群的方法和ERIC PCR方法相结合 ,检测番茄 (Lycopersiconescu lentumMill )根际接种转基因微生物E4 (Enterobacteriacloacae)后的根际微生物的群落结构和多样性的变化。结果表明 :采用单一碳源回收菌群和ERIC PCR相结合的方法 ,可以准确、直观和清楚地检测到E4释放到环境中后对根际微生物的群落结构和种群数量的影响。这种单一碳源培养法与ERIC PCR相结合的方法 。

结核分枝杆菌ERIC-PCR分型技术的建立

目的建立结核分枝杆菌ERIC-PCR分子生物学分型技术,并应用于临床分离菌株的流行病学调查。方法以肠杆菌科基因间重复序列(Enterbacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)为引物,对临床分离的结核分枝杆菌DNA进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后得到指纹图并进行分析。结果122株临床分离株产生42种不同的指纹图,密切接触者指纹图相同或相似,指纹图谱与患者年龄、菌株的耐药性及耐药种类有关。结论ERIC-PCR是结核分枝杆菌分子流行病学调查的有效技术。

新疆有毒火欣麻内生菌的分离及AP-PCR与ERIC-PCR分析

目的分离火欣麻的内生菌,探讨ERIC-PCR引物在植物内生细菌分型中的优化及其与AP-PCR的结合在植物内生菌分型中的应用价值。方法通过改进的碾碎法对火欣麻的内生菌进行分离,依据形态学与生理生化特性同时对比AP-PCR和ERIC-PCR图谱,对所分离菌进行分类鉴定。结果所筛选的12株内生细菌,2株为奈氏菌属,1株为葡萄球菌属,1株为链球菌属,3株为芽胞杆菌属,2株为短杆菌属,3株为肠杆菌属。优化引物后的ERIC-PCR条带稳定、丰富、清晰。结论ERIC-PCR与AP-PCR结合使用分型效果明显增强。

腹泻患者肠道菌群数量变化及ERIC-PCR指纹图谱分析

目的了解粪检有白细胞的腹泻患者与健康者肠道菌群变化及指纹图谱差异。方法提取解放军第252医院临床门诊30名健康成人和30例腹泻成人的粪便总DNA为模板,分为对照组和腹泻组。荧光定量法测定肠道内双歧杆菌、乳酸杆菌、大肠埃希菌、肠球菌的菌群数量,ERIC-PCR指纹图谱法检查各组肠道菌群组成多样性差异。结果两组肠道菌群数量:对照组粪便中双歧杆菌为(8.85±0.57)拷贝/g,乳酸杆菌为(8.36±0.45)拷贝/g;腹泻组粪便中双歧杆菌为(8.28±0.68)拷贝/g,乳酸杆菌为(7.79±0.39)拷贝/g;与对照组比较,腹泻组中该两种细菌数量明显减少(P<0.05)。大肠埃希菌和肠球菌数量在两组之间差异无统计学意义(P>0.05)。腹泻患者肠道菌群ERIC-PCR指纹图谱条带明显减少。结论腹泻患者的肠道菌群结构发生了改变,菌群数量明显减少。

ERIC-PCR在肠道致病菌基因分型和流行病学中的应用

肠杆菌基因间重复共有序列PCR研究是分子流行病学分子分型方法的一种,根据所得数目不等、大小不同的各自独特的电泳带型来达到菌株分型的目的,近年逐渐引起了人们的关注。现已用于纯菌、人工混合菌和微生物群落的结构分析。本文对肠杆菌基因间重复共有序列PCR的基本原理、优缺点、发展概况及其在肠道致病菌基因分型和流行病学研究中的应用进行了简要综述。

白灵菇和杏鲍菇亲缘关系的ERIC-PCR技术分析

采用ERIC-PCR技术对白灵菇(Pleurotus nebrodensis)和杏鲍菇(Pleurotus eryngi)两菌种19个栽培菌株进行了亲缘关系分析.结果表明,ERIC-PCR技术能够有效地区分这两个菌种:在76%的相似水平上,白灵菇与杏鲍菇各不同菌株分别聚为一组,其中杏鲍菇各菌株间出现较为丰富的遗传多样性;白灵菇各菌株间亲缘关系较近,遗传多样性较低,许多菌株可能是同株异名菌株.

用ERIC-PCR技术分析炼油废水生物强化处理菌剂及其抗负荷冲击能力

运用ERIC-PCR技术,分析研究了炼油废水处理菌剂的组成,以及炼油废水处理系统在受到高负荷冲击时,投加高效炼油废水处理菌剂的生物强化系统和对照系统中污泥微生物群落结构的变化.结果表明,投加高效菌剂的处理系统抗高负荷冲击和恢复系统稳定的能力明显高于对照系统;并且,投加高效菌剂的处理系统在受到高负荷冲击时污泥微生物群落结构变化甚微,在短时间内污泥微生物群落结构即能够恢复正常.

基于ERIC-PCR技术分析黄连解毒汤对2型糖尿病大鼠肠道菌群结构及DNA同源性的影响

目的:基于ERIC-PCR技术分析黄连解毒汤对2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)大鼠肠道菌群结构及DNA同源性的影响。方法:从36只SD大鼠中随机选取6只作为对照组,其余大鼠给予高脂饲料联合1%链脲佐菌素(30 mg·kg^(-1))建立糖尿病模型。将造模成功的大鼠随机分为模型组、黄连解毒汤高剂量组(6.25 g·kg^(-1))、黄连解毒汤中剂量组(3.13 g·kg^(-1))、黄连解毒汤低剂量组(1.56 g·kg^(-1))及二甲双胍组(100 mg·kg^(-1)),每组各6只。各药物组按照相应剂量灌胃给药,对照组和模型组灌胃等体积生理盐水,连续21 d。第7天、第14天及第21天灌胃后,收集大鼠粪便,提取肠道菌群DNA。利用ERIC-PCR技术和Sanger测序检测大鼠肠道菌群结构与DNA同源性。结果:灌胃第7天,对照组条带较多集中在100~750 bp;与对照组比较,模型组条带在1 000~2 000 bp的亮度增强,在300~750 bp的亮度减弱;与模型组比较,黄连解毒汤各剂量组和二甲双胍组条带在750 bp的亮度增强。灌胃第14天,与模型组比较,黄连解毒汤各剂量组和二甲双胍组条带在1 000 bp以上的亮度减弱。灌胃第21天,与模型组比较,黄连解毒汤各剂量组和二甲双胍组条带在300~750 bp的亮度增强。DNA测序结果显示,灌胃第21天,对照组500 bp条带的优势菌群为拟杆菌属、杜氏邓氏菌和金黄杆菌属;模型组400 bp和1 000 bp条带的优势菌群为梭菌目细菌、普拉梭菌、铜绿假单胞菌和杆菌属。灌胃第7天,黄连解毒汤高剂量组750 bp条带的优势菌群为布劳特菌和拟杆菌属;黄连解毒汤中剂量组200 bp条带的优势菌群为脆弱拟杆菌和拟杆菌属;黄连解毒汤低剂量组1 200 bp条带的优势菌群为双发酵副梭菌;二甲双胍组1 000 bp条带的优势菌群为大肠埃希杆菌。灌胃第14天,黄连解毒汤高剂量组700 bp条带的优势菌群为拟杆菌目细菌和假单胞菌;黄连解毒汤中剂量组550 bp条带的优势菌群为假锁杆菌属和链霉菌属;黄连解毒汤低剂量组350 bp条带的优势菌群为Muribaculum gordoncarteri、肠杆菌、杜氏邓氏菌和杆菌科细菌;二甲双胍组290 bp条带的优势菌群为弗格森埃希菌和大肠埃希杆菌。灌胃第21天,黄连解毒汤高剂量组1 000 bp条带的优势菌群为普雷沃氏菌属;黄连解毒汤中剂量组600 bp条带的优势菌群为Muribaculum gordoncarteri、杜氏邓氏菌和拟杆菌属;二甲双胍组400 bp条带的优势菌属为Muribaculum gordoncarteri、肠杆菌、普雷沃氏菌属、杆菌科细菌和杆菌属。结论:黄连解毒汤对T2DM大鼠的肠道菌群结构具有调节作用,菌群调节效果受药物剂量和治疗时间的影响。

ERIC-PCR技术临床应用现状

围绕ERIC-PCR技术特点及其临床应用现状做一综述。ERIC-PCR技术不仅具有分辨率高、敏度性高、重复性高的特点而且还具有成本低、操作简便、快速检测的优势。ERIC-PCR指纹图谱能够反映细菌基因组组成和微生物种群的多样性与群落结构,在临床上有广泛的应用前景。

基于体细胞不亲和性及ERIC-PCR研究虫草无性分离物的亲缘关系

通过对22个从虫草菌体分离到的无性菌株进行体细胞不亲和性试验,发现几乎所有菌株之间都存在程度不同的不亲和性。利用ERIC-PCR方法进行分析,发现这些供试菌株在相似性系数为0.62的水平上分成两个类群,即①蛹虫草的无性分离物(Cordyceps militaris)及冬虫夏草的分离物(Elaphocordyceps subsessilis)、②蝉花的无性分离物(Lecanicillium fungicola);在相似性为0.64的水平上被分成3组,即①C.militaris、②E.subsessilis、③L.fungicola;当相似性水平高于0.92时,19个C.militaris菌株被各自分开。ERIC-PCR分析结果与体细胞不亲和性试验的结果具有较高的一致性。利用上述两种方法分析的结果都显示这些无性分离物具有丰富的遗传多样性。

ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构

目的 了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法 对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果 除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态) ,其他各DNA样品的ERIC- PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85 %～10 0 % ;佳斯及川川(大熊猫) 2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93%和87% ,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71%。结论 大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。

腹泻儿童肠道菌群结构特征的ERIC-PCR指纹图分析

目的 :了解以粪检有无白细胞区分的两类腹泻儿童肠道菌群结构的特征及其与健康儿童的差别。方法 :提取健康儿童 (H)、临床门诊粪检无白细胞的腹泻儿童 (L )和粪检有白细胞的腹泻儿童 (L +)(各 11例 )粪便总DNA作模板 ,获得反映肠道菌群组成特征的ERIC PCR指纹图谱。结果 :以H、L 和L +为序 ,每类样品以独特的ERIC条带为代表的操作分类单元 (OTU)的总数分别为 5 4∶4 7∶2 6 ;每类样品ER IC图谱多样性指数范围分别为 :2 4 5± 0 14 ,2 11± 0 18和 1 76± 0 19。组内成对相似性系数累积曲线分析 :小于 0 6的CS 值在L 组占到总Cs值个数的 70 % ,在H组占 5 0 % ,而在L +组只占 30 %。结论 :腹泻儿童肠道的菌群结构多样性降低 ,粪检有白细胞腹泻个体较之粪检无白细胞腹泻个体肠道菌群结构偏离健康个体更远。

利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性

本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序。结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主。结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR。

ERIC-PCR:一种快速鉴别环境细菌菌株的方法

以 Ｅ Ｒ Ｉ Ｃ（ 肠杆菌基因间共有重多序列） 序列设计的特异引物对３ 株大肠杆菌、３ 株软腐欧氏杆菌、２ 株草生欧氏杆菌、１ 株梨火疫欧氏杆菌、１ 株催娩克氏菌、１ 株阴沟肠杆菌和９ 株具有降酚能力的细菌等２０ 种细菌的基因组 Ｄ Ｎ Ａ 进行 Ｐ Ｃ Ｒ 分析．每种菌株均存在数目不等的各自独特的带型，能够区分同一种类中极为相近的菌株．经多次重复，各特异性扩增的主要带型能重复稳定出现．聚类分析的结果表明，供试菌株多数按照分类地位归到相应的组中．９ 种具有降酚能力的细菌中，２ 种分离自处理焦化废水池活性污泥，７ 种来自土壤样品． Ｅ Ｒ Ｉ Ｃ Ｐ Ｃ Ｒ 指纹图显示，前２ 种属于一类，都有一条大小约１ ．１ ｋｂ 的主带，其它７ 种土壤中分离出来的细菌除其中１ 种有１ 条约１ ．２ ｋｂ 大小的主带外，其余６ 种都有１ 条大小约１ ．４ ｋｂ 的带．聚类分析将从土壤中分离出来的细菌归为３ 种不同的类型． Ｅ Ｒ Ｉ Ｃ Ｐ Ｃ Ｒ 可以从分子水平对细菌基因组进行快速指纹图分析。

番茄内生菌分离及其ERIC-PCR指纹图谱分析

介绍了一种分离植物内生菌和研究其多样性的方法。用无菌水、化学试剂、紫外线和机械去表皮 4种方法对番茄植株进行处理 ,然后分别用牛肉膏蛋白胨、高氏一号和PDA(加链霉素抑制细菌生长 ) 3种培养基分离内生菌。确定了最适宜的去除非内生菌的方法。经分离、纯化得到 1 4 8株大小、形态、颜色各异的内生菌分离物。对其中 43株进行ERIC PCR扩增 ,32株有扩增条带的菌株可分为 2 8种。把纯化的菌株分别与番茄早疫病菌进行平板对峙培养。筛选出抑菌效果较好的

18株铜绿假单胞菌的耐药谱和ERIC-PCR分型

目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果纸片协同法试验检测到18株MBL阳性菌株,它们对头孢噻肟、头孢曲松、替卡西林/克拉维酸、头孢哌酮/舒巴坦和头孢他啶完全耐药,对10种抗菌药物呈现7种耐药模式;ERIC-PCR结果显示,18株MBL阳性株呈现4种基因型,15株为同一基因型。结论该院ICU内产MBL铜绿假单胞菌在2005年第二季度出现暴发流行。