广西壮族白血病与HLA高分辨等位基因多态性关联性的初步分析

目的:初步分析广西壮族白血病与人类白细胞抗原(HLA)高分辨基因的相关性。方法:采用聚合酶链反应直接测序法(PCR-SBT)对广西壮族66例白血病患者(白血病组)进行HLA-A、B、C、DRB1和DQB1基因分型,使用Arlequin软件(3.5.2.2)计算HLA等位基因频率和单倍型频率,并与350例广西壮族健康人(对照组)比较。结果:白血病组HLA-A*2403(2.27%)、B*4601(21.21%)、C*1402(8.33%)、DRB1*1202(13.64%)和DQB1*0301(22.73%)的基因频率均高于相应的对照组(P<0.05),而白血病组DQB1*0502(25.76%)的基因频率低于对照组(P<0.05)。两组最常见的三位点和五位点单倍型一致,分别是A*3303-B*5801-DRB1*0301和A*3303-B*5801-C*0302-DRB1*0301-DQB1*0201。结论:HLA-A、B、C、DRB1和DQB1高分辨基因和单倍型的频率,在广西壮族白血病患者与广西壮族健康人群中基本一致,其中HLA-A*2403、HLA-B*4601、HLA-C*1402、HLA-DRB1*1202和HLA-DQB1*0301可能是广西壮族白血病的易感基因,HLA-DQB1*0502可能是其保护性基因。

幼年型与成年型强直性脊柱炎HLA*B等位基因高分辨分型研究

目的 通过对幼年型强直性脊柱炎(JAS)和成年型强直性脊柱炎(AAS)患者HLA*B等位基因进行高分辨测序分型,了解HLA-B基因多态性与JAS是否有相关性。方法 收集2019年8月—2021年12月就诊于本院的符合JAS和AAS患者各50例,采用PCR-SBT法对HLA*B位点特异性扩增,再使用ABI 3100毛细管测序仪对外显子1正向测序,外显子2、3、4、5同时进行正反向测序,采用uTYPETMHLA测序分析软件处理测序结果。结果 JAS组中男41例,女9例,AAS组中男43例,女7例,两组男女性别比例差异无统计学意义(P=0.585);JAS组发病年龄(12.5±2.9)岁,显著低于AAS组的(29.7±6.8)岁(P<0.001)。JAS组检出HLA-B*27纯合子5例占10.0%,AAS组检出HLA-B*27纯合子4例占8.0%,JAS组中45例杂合子中B*27:04、B*27:05、B*27:15、B*27:86分别为34例、6例、3例、2例,AAS组46例杂合子中B*27:04、B*27:02分别为45例、1例;HLA-B*27阳性的JAS和AAS各检出15例HLA-B*40,高分辨分型中以B*40:01:02为主要亚型。结论 HLA-B*27纯合子与等位基因HLA-B*40对JAS的早发病并无直接相关性。HLA-B*27:04是JAS和AAS主要基因亚型,HLA-B*27:05:02:01、HLA-B*27:15,在JAS中多于AAS组,携带该等位基因的患者倾向于早发。

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因频率分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1 5位点在高分辨基因分型水平上的等位基因频率特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用直接计数法计算各位点基因频率。结果在718名捐献志愿者中,共检出28个HLA-A等位基因、61个HLA-B等位基因、30个HLA-C等位基因、40个HLA-DRB1等位基因、18个HLA-DQB1等位基因;其中HLA-A位点最常见等位基因为A*1101(21.66%)、A*2402(16.37%)、A*0201(13.79%);HLA-B位点最常见等位基因为B*4001(11.49%)、B*4601(9.54%);HLA-C位点最常见等位基因为Cw*0702(15.74%)、Cw*0102(15.32%)、Cw*0304(11.56%);HLA-DRB1位点最常见等位基因为DRB1*0901(14.69%)、DRB1*1501(12.40%)、DRB1*0701(9.89%);HLA-DQB1位点最常见等位基因为DQB1*0301(20.54%)、DQB1*0303(15.81%)、DQB1*0601(10.79%)。结论本研究在高分辨基因分型水平提供了一套有关中国人群HLA-A,-B,-C,-DRB1和-DQB1 5位点基因频率数据。

重庆汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因多态性研究

目的分析重庆地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨基因分型水平上多态性及分布特征。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型以及基因序列分型(SBT)技术,对重庆地区2 067例无关供者的HLA-A、B、DRB1位点上的等位基因进行高分辨分型,直接计数法计算等位基因频率,应用Arlerquin3.1软件进行Hardy-Weinberg平衡检验。结果共检出了168种HLA高分辨等位基因。其中HLA-A位点42种,频率大于0.05有A*11:01,A*24:02,A*02:07,A*02:01,A*33:03;HLA-B位点81种,频率大于0.05有B*46:01,B*40:01,B*58:01,B*13:01,B*15:02;HLA-DR位点45种,频率大于0.05有DRB1*09:01,DRB1*15:01,DRB1*12:02,DRB1*08:03,DRB1*11:01。结论获得了重庆地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因频率数据,为人类学、法医学、移植配型及疾病相关性等研究提供可靠的参考数据。

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征。方法采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B、DRB1等位基因及单体型频率。结果 4 082例样本中,共观察到204个HLA等位基因,其中频率>0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11∶01、A*24∶02、A*02∶01、B*46∶01、DRB1*09∶01、DRB1*15∶01。841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是"可靠的"(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条。结论获得上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据。

中国北方汉族人群HLA-Cw^＊高分辨等位基因频率分析

本研究从基因水平了解HLA-Cw*位点在中国北方汉族人群中的分布频率,分析HLA-Cw*等位基因的群体遗传学特点及基因频率分布的地区差异。采用PCR-SSP分型技术对420名中国北方汉族人群HLA-Cw*位点进行高分辨基因分型,并对其分布规律进行统计学分析。结果表明:共检出30个HLA-Cw*等位基因,分布频率最高的有Cw*0102;0702;0602(0.1776;0.1217;0.1150),其他频率较高的等位基因依次为Cw*0304,0801,0303,0302,0401,1402。首次在该人群中检测到HLA-Cw*0506,0810,1510,1601和1701较少见等位基因。统计分析表明,HLA-Cw位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(p>0.05)。结论:采用高分辨等位基因分型,可准确了解HLA-Cw*位点等位基因在我国北方汉族群体中的分布规律和特征,为HLA-Cw*座位的相关研究提供了依据。

HLA—B^＊27高分辨等位基因在1606例疑似强直性脊柱炎患者中的表达

目的:探讨HLA-B*27高分辨等位基因分析对强直性脊柱炎(AS)诊断和鉴别诊断的临床应用价值。方法:采用PCR-SSP和PCR-SBT技术对2004年1月-2008年3月本院收治的广东地区1606例骨和关节疾病(OAP)患者(其中确诊AS患者1022例)进行了HLA-B*27低分辨和HLA-B*27高分辨的基因频率调查和分析。结果:OAP患者中B*27高分辨基因频率(70.50%,141/200)高于B*27低分辨基因频率(41.82%,588/1406)(P<0.001);1022例AS患者中高分辨的B*27基因频率(84.21%,121/133)也高于B*27低分辨基因频率(44.77%,398/889)(P<0.001)。HLA-B*27阳性患者表达出的HLA-B*27等位基因为B*2704占88.44%(459/519),B*2705占9.83%(51/519),B*2702占1.73%(9/519)。结论:高分辨技术能够准确检测HLA-B*27阳性患者,AS患者在不同地区或人群所表现出的HLA-B*27易感基因不同;应用高分辨技术进行HLA-B*27等位基因分型,将有益于提高AS早期诊断和鉴别诊断,发挥对AS预后预测和治疗选择的临床应用价值。

山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性的研究

目的研究山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1等位基因多态性的分布特征。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)法和序列特异性寡核苷酸探针杂交技术(Polymerase chain reaction and sequence-specific olignucleotide probe hybridizations,PCR-SSOP)高分辨试剂,对山东半岛地区865名无血缘关系的汉族健康人群HLA-A、B、DRB1进行基因分型。结果检出HLA-A、B、DRB1等位基因分别有33、73、43种,经统计分析这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),A*3001-B*1302-DRB1*0701(7.61%)和A*3303-B*4403-DRB1*1302(1.674%)单体型是山东半岛地区汉族人群最常见单体型。结论山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1基因座单体型分布具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点。本研究获得的的HLA-A、B、DRB1基因座单体型分布数据及相关遗传参数资料,为HLA在人类学、免疫遗传学、法医学和其它的组织器官移植方面的应用和科学研究提供和积累了基础资料。

岳阳汉族人群HLA-C高分辨等位基因多态性分析

目的了解岳阳汉族人群人类白细胞抗原-C(HLA-C)高分辨等位基因多态性及分布特征。方法 2014年10月至2015年8月采用基于Illumina Miseq二代测序技术对岳阳地区2 504例造血干细胞捐献志愿者HLA-C进行高分辨基因分型,直接计算等位基因频率,对其分布规律进行统计学分析。结果 2 504例造血干细胞捐献志愿者中检出67个HLA-C等位基因,其中频率大于0.050 0的常见等位基因分别为C*03:03:01、C*03:02:02:01、C*08:01:01、C*03:04:01:02、C*07:02:01:01、C*01:02:01。HLA-C位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,观察值(0.880 2)与期望值(0.876 6)比较,差异无统计学意义(P=0.214 5)。结论获得了岳阳地区汉族人群HLA-C等位基因的分布规律和特征,为人类学、移植配型、疾病相关性等研究提供了参考数据。

Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*) 376T等位基因高分辨熔解曲线检测方法的建立及分布频率研究

目的 建立针对Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*)376T等位基因的高通量分子检测方法,并将其应用于中国人群该等位基因的分布频率研究。方法 设计针对ABCG2基因376位点的特异性引物,利用前期已获得的携带ABCG2^(*)376T等位基因的纯合子和杂合子标本作为阳性对照,不携带该突变的野生型标本作为阴性对照,建立该等位基因的高分辨熔解曲线(HRM)检测方法。应用建立的方法对广州地区献血人群的DNA标本进行筛查,对筛查出携带ABCG2^(*)376T等位基因的标本进行测序确证,以验证HRM方法的准确性。结果 成功建立可检测ABCG2^(*)376T等位基因,并可同时对纯合子及杂合子进行准确分型的HRM方法,在1 560例广州地区献血者中筛查出携带杂合型等位基因个体15例,尚未筛查出携带纯合型等位基因的个体。结论 HRM方法可用于准确筛查ABCG2^(*)376T等位基因并进行分型,该等位基因在中国人群的分布频率约为0.48%(15/3120)。

河南省骨髓库汉族捐献者HLA-A、B、DR高分辨基因多态性调查分析

背景:2009年开始,中华骨髓库加大HLA高分检测的力度,可缩短配型检索周期,提高配型成功率。目的:统计分析河南省骨髓捐献者HLA-A、B、DRB1高分辨基因多态性。方法:河南省汉族造血干细胞志愿捐献者血样3874人份,志愿捐献静脉血,EDTA抗凝。采用SSOHD荧光微珠流式高分辨HLA-A、B、DRB1基因分型检测方法,对3874份骨髓捐献志愿者血样进行高分辨分型检测,用PCR-SSP高分辨检测、SBT检测解决存在的模棱两可问题。等位基因计数法计算等位基因的基因频率。结果与结论:共检出A34个,B84个,DRB150个,A位点基因频率处于前5位的有A*0201(0.1609)、A*1101(0.1627)、A*2402(0.1602)、A*3001(0.0808)、A*3303(0.0789);B位点处于前5位的是B*1302(0.0777)、B*4001(0.0722)、B*5101(0.0628)、B*4601(0.0612)和B*0702(0.0507);DRB1位点处于前5位的是DRB1*1501(0.1469)、DRB1*0901(0.1318)、DRB1*0701(0.1211)、DRB1*1202(0.0612)、DRB1*0405(0.0582)。

江苏汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨基因多态性和单体型研究

目的:分析中国江苏地区汉族人群中造血干细胞捐献志愿者人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1在高分辨基因分型水平上的基因多态性和单体型的分布特征。方法:采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型以及基因序列分型(sequence-based typing,SBT)技术,对中国造血干细胞捐献者资料库江苏分库644例无关供者的HLA-A、B、DRB1位点上的等位基因作高分辨分型,直接计数法计算等位基因频率。应用Arlequin 3.01软件,以最大似然法分析单体型频率。结果:在644例无关捐献志愿者中共检出高分辨HLA-A基因29个,HLA-B基因60个,HLA-DRB1基因36个。A位点频率最高的是A*1101(17.86%),B位点频率最高的是B*4601(9.55%),DRB1位点频率最高的是DRB1*0901(15.76%)。频率最高的HLA-A、B、DRB1单体型是A*3001-B*1302-DRB1*0701(5.98%),频率最高的HLA-A、B单体型是A*3001-B*1302(6.68%),频率最高的HLA-B、DRB1单体型是B*1302-DRB1*0701(7.22%),频率最高的HLA-A、DRB1单体型是A*3001-DRB1*0701(6.06%)。结论:本资料从高分辨水平分析了江苏地区汉族人群HLA的分布状况,对指导临床寻找HLA匹配的无关造血干细胞供者、HLA与疾病相关研究和我国人群群体遗传学研究等有重要意义。

四川骨髓库汉族人群HLA-B^＊15等位基因分布

目的采用聚合酶链反应-序列分析基础上的HLA分型(polymerase chain reaction-sequence based typ-ing,PCR-SBT)方法,研究中国造血干细胞捐献者资料库(以下简称为中华骨髓库,CMDP)四川分库中四川籍汉族人群HLA-B*15组等位基因的分布特点。方法从四川骨髓分库中汉族人群中/低分辨分型HLA-B*15阳性样本中按不同血清学特异性分层抽取107例样本,应用PCR-SBT技术进行测序分型,获得四川籍汉族人群B*15组高分辨分型结果。应用方根法计算HLA-B*15各等位基因频率,同时与其他人群资料进行比较。结果共检测到16种已知HLA-B*15等位基因和1例未知等位基因。本研究中检出的16种等位基因有:B*15010101(B62),B*1502(B75),B*1503(B72),B*1505(B62),B*1507(B62),B*151101(B75),B*1512(B76),B*1513(B77),B*1517(B63),B*1518(B71),B*1525(B62),B*1527(B62),B*1529(B15),B*1532(B62),B*1546(B72),B*1558(B62)。其中以B*1502(36.2%)最常见,其次为B*15010101(21.6%),B*151101(9.5%),B*1518(6.9%),B*1525(6.0%),这5种等位基因占B*15等位基因家族的80%。在B*15等位基因家族中,表达B75抗原的等位基因B*1502和B*151101共占45.7%,但表达B62抗原的B*15等位基因多态性最强,共检出7种等位基因。此外,本研究发现1例未知等位基因,该等基因序列与目前所有已知的B*15或B*46等位基因序列均不相同,在外显子3的116位处存在1个点突变C->T。结论研究表明在四川籍汉族人群中HLA-B*15等位基因水平表现出丰富的多态性和特有的分布特征。

安徽省汉族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因分布及单体型多态性研究

目的研究安徽省汉族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因和单体型频率分布特征。方法 PCR-测序分型技术(SBT)对3 169例随机无血缘关系的干细胞捐献者进行HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1基因分型,利用计数法、最大期望算法和PyPop软件计算等位基因频率、单体型频率和连锁不平衡参数。结果人群共观察到411个HLA等位基因,其中HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1分别检出等位基因数量为67、143、65、75和64个。频率>0.1的等位基因有HLA-A*11∶01、A*11∶01、A*24∶02、A*02∶01、C*01∶02、C*07∶02、C*06∶02、DRB1*09∶01、DRB1*15∶01、DRB1*07∶01、DQB1* 03∶01、DQB1* 03∶03、DQB1*02∶01。发现1 426条HLA-A~HLA-B、1 772条HLA-B~HLA-DRB1和798条HLA-B~HLA-C、446条HLA-DRB1~HLA-DQB1单体型,单体型表现有连锁不平衡,其中19条表现为强连锁不平衡(RLD>0.80)。结论获得安徽省汉族人群HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1等位基因频率和单体型分布数据,其等位基因和单体型分布特征有其自身的特点。

广东汉族人群HLA-B~* 15等位基因分布

目的了解广东献血者汉族人群HLA-B*15等位基因的多态性。方法从1 691名广东汉族献血者中采用中/低分辨分型获得带有HLA-B*15基因型466例样本,进一步应用PCR-SBT技术进行测序分型,获得广东汉族人群B*15高分辨分型结果。应用PyPop软件计算HLA-B*15各等位基因频率,同时与其他人群资料进行比较。结果共检测到16种已知HLA-B*15等位基因,其中以B*15∶02(64.75%)最常见,其次为B*15∶01(13.26%),B*15∶25(4.554%),B*15∶27(4.158%),B*15∶12(3.960%),这5种等位基因占B*15等位基因家族的90.69%。在B*15等位基因家族中,表达B75抗原的等位基因B*15∶02、B*15∶11和B*15∶21共占67.92%,但表达B62抗原的B*15等位基因多态性最强,共检出6种等位基因。结论广东汉族人群中HLA-B*15等位基因表现出高度的多态性及其特有的分布特征。

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B＊58：01：04

目的确认中国人群中的1个新HLA等位基因。方法使用PCR-SSO、PCR-SSP和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-B位点新等位基因与B*58∶01∶01的差异。结果先证者HLA-B位点的2个等位基因为纯合子(均为HLA-B*58∶01∶04),不同于已知的HLA-B等位基因序列,与其同源性最高的B*58∶01∶01相比,在第4外显子处有1个碱基发生了改变,为785位G>A,但编码的氨基酸并未发生变化,仍然为Gln。结论该等位基因于2009年10月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*58∶01∶04。

别嘌呤醇所致的严重皮肤不良反应与HLA~* B-5801等位基因相关性的研究进展

目的:综述别嘌呤醇所致的严重皮肤不良反应与HLA~*B-5801等位基因相关性的最新研究进展。方法:检索并整理国内外与本研究目的相关的文献,从别嘌呤醇所致的严重皮肤不良反应和HLA~*B-5801等位基因的相关性在不同地区人群中的研究情况及其发生机制两方面,综述最新研究进展。结果:别嘌呤醇所致的严重皮肤不良反应和HLA~*B-5801等位基因的相关性,在亚洲人群中存在显著相关性,而在欧美人群中这种相关性并不明显。结论:初次使用别嘌呤醇的患者(特别是中国汉族人群)用药前最好进行HLA-B~*5801等位基因检测,对于该等位基因阳性患者,不建议使用别嘌呤醇而应采取别嘌呤醇诱导耐受方案或者药物替代治疗。

168名广东β-重症地中海贫血患者的HLA高分辨基因多态性分析

目的探讨广东地区β-重症地中海贫血患者HLA高分辨多态性及其遗传易感性。方法采用PCR-SSP技术对168名广东籍β-重症地中海贫血患者(病例组)及138名正常无血缘关系广东供者(对照组)作HLA-A、-B和-DRB1基因高分辨分型,并对这2组人群的HLA-A、-B、-DRB1等位基因频率、A-B、B-DRB1和A-B-DRB1单体型频率作统计学分析。结果病例组HLA-A*02∶03、A*11∶02/11∶53、DRB1*16∶02等位基因频率分别为9.27%、4.21%、8.23%,高于对照组的3.70%、1.11%、4.44%(P<0.05)。病例组单体型B*38∶02-DRB1*16∶02频率与对照组相比具有统计学差异(P<0.05)。结论广东地区β-重症地中海贫血患者HLA高分辨基因多态性广泛,单体型分布分散,其与正常人之间HLA基因多态性和单体型的差异有可能是疾病易感因素。

陕西地区HLA确认和罕见等位基因及单体型研究

目的本研究分析陕西地区1 276例临床血液病患者和供者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1高分辨分型结果中确认等位基因(Well-Documented alleles)和罕见等位基因(Rare alleles)的检出情况并且总结确认等位基因相关单体型。方法应用PCR-SBT和PCR-SSOP 2种方法对临床血液病患者和供者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1 5个位点进行高分辨检测和复核。结果 1 276例患者和供者中共检出48种确认等位基因并且分析总结出11种确认等位基因相关的单体型,检测出5个罕见等位基因HLA-A*11∶140、B*07∶248、C*08∶125、DQB1*06∶103和DQB1*06∶117,其中C*08∶125在同1个家族姐弟中被检出3次。结论在临床检测和分析的过程中,应该不断的记录和统计确认和罕见等位基因,保证中华骨髓库(China Marrow Donor Program,CMDP)HLA基因多态性的不断丰富,有助于中国CWD表的不断完善。对确认和罕见等位基因相关单体型总结和分析,为临床指导非亲缘造血干细胞移植供者的选择提供理论依据,保证携带确认和罕见等位基因的患者最大可能的找到匹配的供者。