藏系绵羊MSX2和HOXA4基因的克隆与序列分析

对藏系绵羊的同源异型基因家族的两个成员(MSX2和HOXA4基因)进行克隆测序,为其功能分析奠定基础。从藏系绵羊皮肤中提取总RNA,采用常规的基因克隆方法,获得了MSX2和HOXA4基因编码区序列,长度分别为804 bp和552 bp。序列比对显示,MSX2基因与预测的绵羊序列存在多个碱基差异;藏系绵羊HOXA4基因与预测的山羊序列间只有1个碱基差异,但与绵羊的预测序列差异大。

长毛兔Hoxa4基因多态性及其与产毛量关联性分析

【目的】分析苍溪长毛兔Hoxa4基因第2外显子遗传多态性及其与产毛量的相关性,发现与产毛量相关的分子标记,为加快毛兔选育提供参考。【方法】采用PCR产物直接测序法对208只苍溪长毛兔Hoxa4基因第2外显子进行遗传变异检测,并运用SAS 8.1软件对苍溪长毛兔Hoxa4基因遗传变异与产毛量进行关联性分析。【结果】苍溪长毛兔Hoxa4基因第2外显子存在1个SNP位点(c.294T>C),该突变导致氨基酸由Ser-Pro(TCC-CCC)转变,共检测到TT、TC、CC三种基因型。其中TC基因型为优势基因(0.596 2),T为优势等位基因(0.562 9)。对突变位点的群体遗传参数分析发现:杂合度为0.494 4,有效等位基因数为1.977 9,多态信息含量(0.372 2)处于中度多态,说明Hoxa4基因在苍溪长毛兔中具有较高遗传变异能力,有持续选育的潜力实现兔群遗传改良。关联性分析发现携带CC基因型的个体73日龄产毛量显著高于TC型(P<0.05),且146日龄阶段产毛量显著高于TT型(P<0.05),极显著高于TC型(P<0.01)。【结论】Hoxa4基因第2外显子突变可作为评定苍溪长毛兔产毛量的遗传标记。

HOXA4基因抑制对胶质瘤细胞U251的影响

目的探讨HOXA4在人胶质瘤中的表达水平以及对胶质瘤细胞增殖、侵袭、凋亡的影响。方法通过生物信息学分析HOXA4在人胶质瘤中表达情况。选取胶质瘤细胞U251转染HOXA4 siR NA作为si-HOXA4组,抑制HOXA4基因的表达,同时转染阴性对照慢病毒载体作为si-NC组。q RT-PCR和Western blot检测转染后HOXA4基因和蛋白的表达水平。MTT实验、细胞克隆实验、Transwell实验和流式细胞术分别检测抑制HOXA4基因表达对细胞增殖、侵袭、周期和凋亡的影响。Western blot分析HOXA4下游凋亡蛋白P53、Bcl-2、Cytochrome C、Caspase-3的表达。结果与正常脑组织比较,人胶质瘤中HOXA4表达水平明显升高(P<0.001)。与si-NC组比较,si-HOXA4组U251细胞的OD值从转染后第4天明显下降(P<0.01),第7天下降更为显著(P<0.001)。si-HOXA4组U251细胞较si-NC组侵袭细胞数明显减少(P<0.01),G0/G1期比例显著升高(P<0.05),凋亡率明显升高(P<0.05),凋亡蛋白P53、Cytochrome C、Caspase-3表达明显升高,Bcl-2明显下降(P<0.05)。结论HOXA4基因在人胶质瘤中高表达,可能通过影响细胞增殖、侵袭、凋亡等生物功能对胶质瘤的发生发展起重要作用。

乳腺癌HOXA4基因甲基化的检测及其临床意义

目的探讨乳腺癌患者HOXA4基因启动子甲基化的情况及其与临床病理特征的相关性。方法运用 NEBNext Ultra TM RNA Library Prep Kit for Illumina 进行基因表达芯片测序,运用随机数字表法选择2014年深圳市宝安区妇幼保健院收治的9例乳腺癌患者,分析癌组织与相应癌旁组织异常差异表达的基因。运用Illumina Infinium HD Methylation 450K Assay进行DNA甲基化测序,分析乳腺癌甲基化差异基因。基于肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库信息,分析乳腺癌的差异表达基因和差异甲基化基因。挑选显著高甲基化与低表达的基因,结合生物信息学,确定HOXA4为候选基因。运用随机数字表法收集2014—2017年深圳市宝安区妇幼保健院收治的另外86例乳腺癌患者,采用焦磷酸测序法和RT-PCR,检测乳腺癌组织及其癌旁乳腺组织中HOXA4基因甲基化率和mRNA表达,用Fisher确切概率法分析甲基化率与患者临床病理特征的关系。用 Cox 比例风险模型进行风险因素的单因素和多因素分析。分别用0、0.5、1、5、10、20 μmol/L的甲基化抑制剂RG108处理乳腺癌MCF-7细胞 5 d后,检测HOXA4 mRNA的表达。结果基因表达数据芯片分析发现在乳腺癌组织中有1 680个显著上调的基因和1 249个下调基因,整体水平上在不同区域乳腺癌患者甲基化水平较癌旁组织高( P 均< 0.001)。86例乳腺癌组织中HOXA4基因的甲基化率为94%(81/86),其中,30例高甲基化, 52例低甲基化;而在对应癌旁组织中,HOXA4基因甲基化率为57%(49/86),其中49例低甲基化,无高甲基化( P <0.001)。有HOXA4甲基化组的癌组织样本中HOXA4 mRNA表达低于无HOXA4甲基化组的癌组织样本( P =0.003)。HOXA4基因甲基化水平与乳腺癌淋巴结转移、ER表达有关( P = 0.039、0.017)。单因素分析结果显示患者的TNM分期、组织学分级、淋巴结转移及HOXA4甲基化是DFS的危险因素( RR =4.008,95% CI =1.296~12.393, P =0.016;RR =10.111,95% CI =2.607~39.217, P =0.001;RR =4.588,95% CI =1.201~17.523, P =0.026;RR =1.051,95% CI =1.007~1.098, P =0.024)。多因素分析显示组织学分级是乳腺癌患者DFS的独立预后因素( RR =14.461,95% CI =2.429~ 86.100, P =0.003)。采用不同浓度的RG108来处理MCF-7细胞后,各组HOXA4 mRNA表达比较,差异有统计学意义(χ^2=4.472, P =0.029)。结论HOXA4基因启动子甲基化在乳腺癌的发生、发展中起着重要作用,有潜力作为新的分子生物学指标,用于乳腺癌临床诊断。

慢病毒重组同源盒基因HOXA4表达载体的构建及其感染人脐带间充质干细胞的实验性研究

目的 构建携带同源基因HOXA4的慢病毒表达载体,并测定其对人脐带间充质干细胞的感染效率.方法 使用酶切及PCR技术从含有HOXA4基因的质粒克隆模版HOXA4-MSCV逆转录载体中获取目的 基因HOXA4,并将HOXA4基因重组到慢病毒载体表达质粒上Lenti-GFP-CTB,通过酶切、测序验证HOXA4基因后,将Lenti-GFP-HOXA4质粒、和辅助包装质粒pRsv-REV、pMDlg-pRRE、PMD2G共同转染人胚胎肾上皮细胞系293T细胞,获得携带HOXA4基因的重组慢病毒Lentiviral-HOXA4;然后感染人脐带间充质干细胞,通过荧光显微镜及流式细胞术检测其感染效率.结果 成功构建携带HOXA4基因的慢病毒表达载体Lentiviral-HOXA4,并获得高纯度的慢病毒浓缩液.经检测病毒滴度达2.11×108 TU/ml.成功转染HOXA4基因的脐带间充质干细胞表达绿色荧光蛋白,当病毒感染复数（MOI）值为60时转染效率最高,达（95.4±4.3）%.结论 成功构建携带人HOXA4基因的慢病毒,并可以在体外有效转染人脐带间充质干细胞.