昆明犬IGF1R基因外显子多态性与体重和体尺性状的关联性分析

为了解胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)基因外显子多态性与昆明犬体重和体尺性状的关系,从而为优质昆明犬的培育寻找可靠的分子选择标记,试验采用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对昆明犬IGF1R基因外显子区域单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点进行筛选,通过测序分析其突变情况,统计SNP位点的优势基因型、优势等位基因、多态信息含量(polymorphism information content, PIC)、纯合度(homozygosity, Ho)、杂合度(heterozygosity, He)、有效等位基因数(number of effective alleles, Ne)、Hardy-Weinberg平衡状态,并采用一般线性模型分析SNP位点与昆明犬体重和体尺性状的关联性。结果表明:在昆明犬IGF1R基因外显子中仅识别到1个SNP位点,该位点位于外显子8的第1 773位核苷酸处,发生了C→T的点突变,但氨基酸未变,命名为C1773T位点。C1773T位点在昆明犬群体中共存在两种基因型,分别为CC纯合型和CT杂合型,其中优势基因型为CC纯合型,优势等位基因为C,表现为低度多态(PIC<0.25),Ho为0.97,He为0.03,Ne为1.03,在昆明犬群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。昆明犬IGF1R基因C1773T位点CT杂合型个体胸宽显著高于CC纯合型个体(P<0.05),其他体重和体尺性状指标均差异不显著(P>0.05)。说明IGF1R基因C1773T位点对昆明犬胸宽具有一定影响,可作为昆明犬品种培育的潜在分子选择标记。

鸡IGF1R基因遗传多样性分析

采用PCR-RFLP方法,对红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡和丝羽乌骨鸡的IGF1R基因的18个位点的遗传多样性进行研究。结果表明,18个位点的基因频率在这4个群体中的分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5%;独立χ2分析显示,除了位点G17445596A、T17416994G、A17313488G和C17337042G,其他14个位点的基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）;红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡和丝羽乌骨鸡4个群体之间的平均多样性差异均不显著。单倍型分析发现,在所研究的区域,红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡、丝羽乌骨鸡等在鸡IGF1R基因内分别划分为5、4、4、3个单倍型块;每个块内2~3个单倍型就可以代表整个块90%以上的遗传信息。此外,还发现鸡IGF1R基因中9个SNP位点可能与复杂经济性状有关,这为以后在经济性状上对该基因的进一步研究提供了参考依据。

纯血马和百色马IGF1R基因蛋白编码区序列的多态性分析

[目的]研究纯血马和百色马IGF1R基因成熟蛋白编码区序列的多态性,为揭示马矮小性状的分子机理和马的分子育种提供理论参考。[方法]采集纯血马和百色马的血样各57份,按常规酚仿法抽提DNA。利用DNA混合池和PCR产物直接测序的方法检测IGF1R基因的多态位点,利用PCR-RFLP技术分析这些多态位点在纯血马和百色马中的基因型及其频率分布。[结果]在马IGF1R基因的第2、第5和第16外显子上存在4个多态位点,其中突变179627 T→C为纯血马和百色马共有,且两者在基因型频率上差异不显著;突变212077 G→A为纯血马所独有;突变406 T→C和212 110 G→A为百色马所独有。[结论]马IGF1R基因的多态位点可能与百色马的矮小和纯血马的高大有关。

苏禽黄鸡IGF1R基因第16外显子多态性及其与生长性状的关联研究

本研究以IGF1R基因作为影响苏禽黄鸡生长性状的候选基因,基因第16外显子单核苷酸多态性采用DNA测序和PCR-SSCP技术进行分析,并与鸡的生产性能进行关联分析。结果表明,共发现2个SNPs位点(C143082G和A143135G),在初生重方面,CC基因型个体的体重显著高于AA、AB、AC、BB和BC基因型个体的体重(P<0.05)。推测IGF1R基因可能是影响鸡体重的主(效)基因或与影响体重主(效)基因紧密连锁。

绵羊IGF1R基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)基因遗传变异对绵羊生长性状的影响,以期为优质肉羊新品种(系)培育提供有效的分子遗传标记。【方法】利用液相捕获测序技术获得IGF1R基因在杜泊羊、小尾寒羊和滩羊共91只羊中的变异位点,筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点。针对筛选出的位点利用飞行质谱对3个绵羊品种杂交后代383只绵羊进行检测,并与初生及3月龄绵羊的生长性状进行关联分析。【结果】3个绵羊品种IGF1R基因共检测到347个突变位点,其中外显子SNPs共8个:g.7628315 T>C、g.7628528 T>C、g.7628690 C>T、g.7833817 C>T、g.7836687 C>T、g.7840691 T>C、g.7855904 C>G、g.7872277 C>T,在群体中均表现出多态性,χ^(2)检验结果表明,除小尾寒羊g.7628690 C>T位点外其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。g.7628528 T>C和g.7872277 C>T位点在3个绵羊群体中均表现为低度多态(PIC<0.25);g.7833817 C>T位点在3个绵羊群体中均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50);其余5个位点表现为在1或2个群体内的中度多态。单个位点关联分析表明,g.7628528 T>C位点与F2代的3月龄体重、胸围,H2代的初生胸围均呈显著相关(P<0.05);g.7628690 C>T位点与H2代的初生胸围呈显著相关(P<0.05);g.7833817 C>T位点与F2代的3月龄体高呈显著相关(P<0.05);g.7836687 C>T位点与F1代的3月龄体重和胸围、F2代的3月龄体高均呈显著相关(P<0.05);g.7855904 C>G位点与F1代的3月龄胸围、F2代的初生胸围均呈显著相关(P<0.05);g.7872277 C>T位点与H1代的3月龄胸围,H2代的初生体重、体高、胸围及3月龄体高均呈显著关联(P<0.05);g.7628315 T>C位点与F1代的3月龄体高、体斜长,H2代的3月龄体高均呈显著相关(P<0.05);g.7840691 T>C位点与生长性状无显著关联(P>0.05)。连锁不平衡分析发现,g.7628315 T>C-g.7628528 T>C和g.7833817 C>T-g.7840691 T>C形成了2处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后均形成6种基因型,其中优势基因型分别为H2H2和H5H6。单倍型组合关联分析发现,H3H1基因型个体初生体斜长显著高于H3H2基因型(P<0.05);H2H2基因型个体3月龄体高显著高于H1H2基因型(P<0.05);H4H5基因型个体3月龄体斜长显著高于H4H6基因型(P<0.05);其他生长指标在各组合基因型间差异均不显著(P>0.05)。【结论】IGF1R基因的遗传变异对绵羊的生长性状有显著影响,8个SNPs位点可作为绵羊生长发育过程中的潜在候选遗传标记,本研究结果可为IGF1R基因在肉羊中的选种选育提供重要参考,为肉羊的分子标记辅助育种提供理论依据。

昆明犬IGF1R基因克隆及组织表达分析

【目的】旨在阐明昆明犬IGF1R基因序列特征及组织表达模式,为深入探究IGF1R基因在昆明犬生长发育中的调控机制及分子遗传育种相关研究奠定基础。【方法】基于分子克隆技术获得昆明犬IGF1R基因编码区序列,利用生物信息学手段进行序列同源性比对、系统进化树分析,对相应的氨基酸序列进行蛋白理化特性、蛋白结构特征分析,并构建蛋白质三级结构模型。同时利用qRT-PCR方法检测该基因在昆明犬各组织的表达情况。【结果】昆明犬IGF1R基因CDS区长4104 bp,编码1367个氨基酸,其核苷酸序列与家犬(100%)与赤狐(99.3%)的同源性较高,与鸡的同源性较低(78.8%)。IGF1R蛋白分子质量和理论等电点分别为154890.07 ku和5.58,包含3个纤连蛋白型结构域,1个半胱氨酸富集区和1个酪氨酸激酶结构域,属亲水性跨膜蛋白;亚细胞定位分析表明,IGF1R蛋白均匀地分布于内质网、高尔基体及质膜上,比例均为33.3%;磷酸化位点分析发现,IGF1R蛋白存在123个磷酸化位点;该蛋白的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。组织表达显示,IGF1R基因在昆明犬不同组织中均有表达,尤其在肺脏、心脏及肾脏中呈现高表达。【结论】IGF1R基因在生物进化过程中具有较强的保守性。昆明犬IGF1R蛋白具有IGF受体蛋白特征性结构域,属亲水性跨膜蛋白。IGF1R基因在昆明犬6个组织中均有表达,其中心脏、肺脏及肾脏组织中的表达量较高。

鸡IGF1R基因遗传变异与其体尺和屠宰性状的相关性

为探讨鸡胰岛素样生长因子1受体(Insulin-like growth factor receptor 1,IGF1R)遗传变异及其与体尺和屠宰性状的相关性,揭示禽类IGF1R的生物学功能及其遗传特性,为进一步研究改善家禽肉质的调控机制提供参考。以贵州沿河铁叫鸡为研究对象,以PCR扩增获得IGF1R基因后采用直接测序法检查其遗传变异,利用软件SHEsis构建单倍型和双倍型;PopGene软件(ver.1.32)对IGF1R基因的等位基因频率、等位基因型进行计算;并用PowerMarker软件(ver.3.25)分析多态信息含量(PIC);采用PASW Statistics 18.0软件一般线性模型(GLM)分析屠宰性能和体尺与IGF1R基因的关联性。结果显示,鸡IGF1R基因的第3外显子(Exon-3)共发现3个SNPs位点g.105384 C>T、g.105333 A>C和g.110681 A>C,且每个SNP位点均存在3种基因型,3个SNPs位点均属于同义突变,未引起编码氨基酸变化;在沿河铁叫鸡群体中,存在4种单倍型(H1,H2,H3,H4),9种双倍型(H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H2H2、H2H4、H3H3、H3H4和H4H4);关联分析结果提示,g.105384 C>T突变位点上,CC和CT基因型在鸡的体斜长上显著多于CC基因型,TT基因型在鸡的半净膛和全净膛重上则显著高出CC基因型(P<0.05);g.105333 A>C位点,AA和AC基因型在鸡的体斜长显著多于CC基因型(P<0.05),而AA基因型在鸡的半净膛和全净膛重上显著高出CC基因型(P<0.05);g.110681 A>C位点AA基因型在鸡的髋骨宽上显著高出AC和CC基因型(P<0.05),CC基因型腿肌重则显著多AA和AC基因型。3个SNPs位点可作为改善鸡肉质选择的分子遗传标记。

不同猪种IGF1R基因扩增及SNPs的筛选

以小型猪(巴马香猪46头)和大型猪(长白猪、大白猪、杜洛克猪,共198头)为试验对象,采用PCR产物直接测序法对胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)外显子进行SNPs筛查,根据测序结果确定每个SNP位点的基因型,并通过Haploview软件对筛选到的SNPs进行连锁不平衡及单倍型分析。结果表明:在不同体型猪IGF1R基因外显子1~21上共筛选到9处同义SNPs位点,为G263C(rs338724264)、T17G(rs325909655)、C145T (rs337838116)、 T40C (rs326728191)、 C104T (rs319719983)、 C170T (rs338444971)、 C60T(rs327750836)、C126T(rs327750836)和C82T(rs339449791)。这9个SNPs在巴马香猪和大型猪中均为纯合子突变,且呈现完全连锁不平衡。此研究明确了不同体型猪IGF1R基因外显子区SNPs的基因型及由这些SNPs形成的优势单倍型,可为探究不同猪种生长发育过程中体尺存在差异的原因提供新数据。

鸡IGF1R、IGFBP-3基因SNP位点之间互作效应分析

以IGF1R、IGFBP-3基因作为影响鸡生产性能的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析了单核苷酸多态性(SNP),并对两基因SNP位点之间的互作效应进行相关分析。结果表明,在IGF1R和IGFBP-3基因中分别发现2个SNP位点(IGF1R基因的G26333A和G26336A,IGFBP-3基因的T160G和C1087T),其中IGF1R基因G26336A位点对鸡的生长性状具有显著的影响(P<0.05);G26336A位点DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型(P<0.05),DD基因型个体12周龄体质量显著高于CC和CD基因型(P<0.05);IGFBP-3基因C1087T位点GH基因型个体的开产日龄显著低于HH基因型(P<0.05)。IGF1R基因G26336A位点与IGFBP-3基因C1087T位点之间对12周龄体质量有互作效应。可见,IGF1R和IGFBP-3基因可能是影响鸡生产性状的主效基因。

鹿茸顶端组织IGF1R基因的部分cDNA克隆及差异表达

鹿茸角作为一种哺乳动物器官,它具有两个独特的生长特性,即可再生和快速生长。鹿茸角在快速生长期,每天可生长1~2 cm,有研究表明,在鹿茸顶端非骨化部位存在大量受体IGF1R,可促进鹿茸细胞的增殖。本研究旨在通过对IGF1R基因的部分cDNA的克隆及在鹿茸顶端不同部位组织的差异表达分析。

自稳定反义IGF1R基因片段对膀胱癌细胞的影响

目的 探讨针对胰岛素样生长因子 1受体 (IGF1R )基因的自稳定反义脱氧寡核苷酸(ODN)对膀胱癌细胞的影响。 方法 采用RT -PCR、Westernblot、MTT试验、流式细胞仪对经反义ODN作用后的T2 4膀胱癌细胞进行动态分析。 结果 自稳定反义ODN在血清培养基中 2 4h内均保持稳定状态 ,而硫代反义ODN 4h后基本降解。自稳定反义ODN可有效降低T2 4膀胱癌细胞IGF1R基因及蛋白表达 ,增强膀胱癌细胞对丝裂霉素的敏感性及凋亡易感性。

鸡生长发育早期骨骼肌IGF1R mRNA表达规律研究

以生长速度不同的花山麻鸡和清远麻鸡为试验素材,采用实时荧光定量PCR方法检测鸡9、12、16、21胚龄(E9 d、E12 d、E16 d、E21 d)和出雏后7日龄(7 d)时胸肌和腿肌中IGF1R mRNA表达变化情况,并与肌肉质量进行相关性研究。结果发现,21胚龄时,花山麻鸡和清远麻鸡胸肌质量都出现了显著降低,腿肌质量持续增长。花山麻鸡胸肌IGF1R mRNA表达呈前高后低趋势,9胚龄时表达量最高,之后显著降低并维持在较低的水平,出雏后7日龄时表达量再次下降;清远麻鸡在胸肌中的表达则呈“波浪形”,9胚龄和16胚龄表达量升高,其他日龄表达量显著降低。腿肌中,花山麻鸡IGF1R mRNA表达量在16胚龄之后显著降低;清远麻鸡腿肌IGF1R mRNA表达呈依次递减模式,各时间点之间差异显著(P<0.05)。品种间各个时间点胸肌和腿肌IGF1R mRNA表达量均呈显著差异(P<0.05)。两个品种骨骼肌IGF1R mRNA表达与胸肌、腿肌质量均呈极显著相关(P<0.01)。以上结果初步揭示了生长发育早期不同品种鸡胸肌和腿肌IGF1R基因表达发育变化趋势和品种差异,为深入研究IGF1R基因在鸡肌肉发育中的调控机理提供基础资料。

鸡IGF1、IGF2基因的遗传互作效应

以IGF1、IGF2基因作为影响鸡生产性能的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析2个基因的单核苷酸多态性及互作效应。结果表明,IGF1基因P1位点与IGF2基因P2位点对12、16周龄鸡的质量存在互作效应。

纳米载体PEI介导IGF1R-siRNA对A549肺癌细胞增殖活性影响的初步研究

目的 以纳米载体聚乙烯亚胺（polyethylenimine,PEI）介导人胰岛素样生长因子1受体（insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R）小干扰（small interfering RNA,siRNA）质粒转染A549肺癌细胞,并初步观察沉默IGF1R基因对A549肺癌细胞体外增殖活性的影响.方法 设计IGF1R小干扰序列,构建PSUPER-IGF1R-siRNA质粒,PEI介导转染A549肺癌细胞,台盼蓝染色法和MTT法测定细胞存活率.结果 测序结果显示构建质粒与基因库IGF1R基因序列一致.PEI介导PSUPER-IGF1R-siRNA质粒转染A549肺癌细胞后,台盼蓝染色法和MTT 法检测结果显示细胞存活率降低,与生理盐水组和pSUPER-EGFR质粒对照组间的差异有统计学意义（P〈0.05）.结论 pSUPER-IGF1R-siRNA质粒构建成功,PEI介导其转染A549肺癌细胞后对细胞有生长抑制作用.

鸡胰岛素样生长因子1受体基因G26336A、C111014A多态位点的检测及其与生产性状的相关性

根据GenBank发表的鸡胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1receptor,IGF1R)基因序列针对外显子2和3设计2对引物,采用DNA池测序和PCR-SSCP技术,对鸡IGF1R基因的G26336A、C111014A位点进行多态性检测,并与鸡的生产性状进行相关性分析。结果表明,G26336A位点AA基因型个体56日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05),AA和AB基因型个体在84日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05)。C111014A位点CC、CD基因型个体初生重显著低于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体在300日龄体重显著低于DD基因型(P<0.05)。研究结果初步表明,IGF1R基因可能是影响鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。