基于Illumina MiSeq的海南近岸海湾浮游植物群落组成及其物种多样性分析

【目的】调查研究海南近岸海湾浮游植物群落组成及其物种多样性,探索导致浮游植物多样性差异的原因,为预测赤潮发生及改善水体质量提供参考依据。【方法】在陵水湾、海尾湾、清澜湾和三亚湾各设4个采样站位采集水环境样本,PCR扩增18S rRNA序列V4可变区,基于Illumina MiSeq高通量测序分析4个近岸海湾浮游植物群落组成及其物种多样性,并通过典型对应分析(CCA)、Mantel检验及Spearman相关分析探索浮游植物群落组成与环境因子的相关性。【结果】测序获得的542个浮游植物OTUs共注释到8门24纲147个属246种,角毛藻属、菱形藻属、近囊胞藻属、Ciliophrys、骨条藻属、海链藻属、斜纹藻属、原多甲藻属等为优势浮游植物属。硅藻门为陵水湾和三亚湾的优势物种,浮游植物群落多样性最高的属均为角毛藻属;清澜湾的优势物种为绿藻门,优势多样性最高的属为菱形藻属;海尾湾的优势物种为褐藻门,优势多样性最高的属为近囊胞藻属。陵水湾浮游植物群落的Shannon指数和Simpson指数与其他3个海湾间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异,而海尾湾、清澜湾与三亚湾间的多样性指数均无显著差异(P>0.05)。4个海湾的浮游植物群落组成均受到不同环境因子的影响,其中总氮、总磷、电导率、盐度和水温是影响浮游植物组成的主要环境因子。【结论】海南近岸海湾浮游植物群落中硅藻门物种丰度最高,三亚湾的浮游植物群落多样性最高,陵水湾的浮游植物群落多样性最低且存在赤潮发生的风险。总氮、总磷、电导率、盐度和水温是影响海南近岸海湾浮游植物群落组成的主要环境因子,因此,在海洋资源开发利用过程中要实时监控水质污染及环境因子的变化,确保浮游植物等关键生态组分的健康与多样性,避免浮游植物群落失衡和赤潮等生态灾害发生,以保持海洋生态系统的稳定性。

基于Illumina Bovine SNP 50K芯片对比利时蓝牛的遗传规律解析

为了研究大型肉牛比利时蓝牛生长发育的遗传规律,筛选优异基因,试验基于Illumina Bovine SNP 50K芯片数据,采用PLINK软件对270头比利时蓝牛常染色体数据进行基因组长纯合片段(ROH)检测并基于选择信号分析,通过核苷酸多态性检测取前5%的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,基于牛参考基因组(ARS-UCD1.2)对结果SNPs进行基因注释,对候选基因进行GO功能注释与KEGG信号通路富集分析,并计算染色体上ROH长度占基因组总长度的比例(FROH)。结果表明:在全部270个个体数据中共检测出1893个ROH片段,平均长度13.2311 Mb,平均FROH为0.0392;得到与生长发育相性状相关的基因有NEB、TET2、NEK11、NCKAP1、MYH15、EIF4A2、bta-miR-1248-1、DCAF8、PRORP、DOCK3、SYT15、MYEF2、ZDHHC13,与公牛生育能力相关的基因有CFAP61、DNAL1、BAG1。说明通过对比利时蓝牛生长发育性状相关分子标记的解析可以为比利时蓝牛遗传改良提供理论指导。

Analysis of Microbial Community Structure and Diversity in Crop Rhizosphere Soil Based on Illumina NovaSeq Sequencing Platform

[Objectives]To make full use of crop rhizosphere microbial resources.[Methods]Illumina NovaSeq sequencing platform was used to analyze the richness and diversity of microbial community structure in rhizosphere soil of rice and maize crops in Baitu Town,Gaoyao District,Zhaoqing City.[Results]A total of 14936 OTUs of bacteria and 1905 OTUs of fungi were obtained from three samples of rice rhizosphere soil,and 13437 OTUs of bacteria and 1413 OTUs of fungi were obtained from three samples of maize rhizosphere soil.The diversity and richness of bacterial communities were higher than those of fungi.There are differences in soil bacterial and fungal communities among different crop samples.The analysis of species with bacteria difference at genus level among crop rhizosphere soil samples showed that 18 genera with significant differences were obtained from 6 samples;species analysis of fungi at the genus level showed that 3 genera with significant differences were obtained from 6 samples.[Conclusions]The research results of this paper have positive significance for the development and utilization of soil resources in Zhaoqing City and the full exploitation of rice and maize rhizosphere microbial resources.

基于Illumina MiSeq高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析

采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元(OTUs),主要归属于33个门、180个目和435个属。2)基于OTUs的丰度及注释信息,7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门,立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目,鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异,其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明,燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路,分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径;FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。

基于Illumina MiSeq的麋鹿粪样菌群多样性分析

为探究麋鹿(Elaphurus davidianus)肠道菌群的结构和组成,为麋鹿消化道疾病防治提供有价值的基础数据,应用Illumina MiSeq对4个麋鹿栖息地32只麋鹿粪便样本的16S rRNA的V3—V4可变区进行扩增,结合样本的OTU种类及丰度,用R软件进行聚类和主成分分析(PCA),并计算多样性指数。结果表明:共获得1 438 677条有效序列,平均每个样品有(44 959±12 153)条有效序列;将序列拼接优化,在97%相似度条件下获得31 459个物种分类的OTUs,平均每个样品为(983±240)个OTUs;平均读长为426 bp。对测序数据注释后共获得11个门和74个属,在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群;优势菌属(相对丰度大于1%)一共有15种,占89%。Alpha多样性物种指数范围区间较大,香农指数为2.42~5.83,辛普森指数为0.007 3~0.148 6,表明不同麋鹿的细菌多样性存在差异。运用主成分分析,将4地的麋鹿粪便样品聚为3个群落,其中石首麋鹿国家级自然保护区、大部分辽宁辽阳千山鹿场样品分别聚在一起,而北京麋鹿生态实验中心、河北滦河上游国家级自然保护区和少量辽宁辽阳千山鹿场样品聚在一起。研究表明,随麋鹿迁出时间的延长,麋鹿肠道菌群聚类分析的远近越明显,可能与迁出地的麋鹿饮食改变有关。

基于Illumina平台mNGS技术在老年社区获得性肺炎肺泡灌洗液病原学诊断中的应用

目的 探讨基于Illumina平台宏基因组二代测序(mNGS)技术在老年社区获得性肺炎(CAP)肺泡灌洗液病原学检查中的应用。方法 选取2022年1月至2022年6月内江第一人民医院收治的疑诊老年CAP患者200例为研究对象,比较肺泡灌洗液mNGS病原体检测与传统细菌培养鉴定法对老年CAP的诊断价值。结果 200例患者经病原学检查共检出阳性154例(77.00%),其中细菌感染119例(59.50%)、病毒感染59例(29.50%)、真菌感染30例(15.00%)、肺炎支原体感染11例(5.50%)、肺炎衣原体感染7例(3.50%),包含混合感染50例(25.00%);mNGS共检出阳性183例(91.5%),其中细菌感染127例(63.50%)、病毒感染96例(48.00%)、真菌感染37例(18.50%)、肺炎支原体感染29例(14.50%)、肺炎衣原体感染15例(750%),包含混合感染75例(37.50%);mNGS阳性检出率、混合感染检测率较传统细菌培养高,差异有统计学意义(χ^(2)=15.845、7.723,P<0.05);mNGS检测时间较传统细菌培养鉴定短,差异有统计学意义(t=86.888,P<0.05);以临床诊断为金标准,mNGS诊断老年CAP的灵敏度、特异度为97.31%、85.71%,传统细菌培养灵敏度、特异度为71.43%、80.64%。结论 基于Illumina平台mNGS对病原体具有较高的检出率,检测时间更短,检测灵敏度、特异度更好,可以为老年CAP临床诊断提供重要依据。

基于Illumina MiSeq技术的冷鲜肉食品微生物群落多样性分析

为了分析冷鲜肉在冷冻过程中微生物群落变化,选取不同冷冻时间的冷鲜肉作为样品,采用Illumina MiSeq技术解析微生物结构,并获取微生物群落多样性分析结果;随着冷鲜肉冷藏时间的增长,样品OTU数量从209下降至98~125。通过分析Chao index与Shannon index的计算结果可知,冷冻时间较短的试验D组具有更高值。冷鲜肉微生物群落结构中,样品中嗜冷菌属和Oceanisphaera的相对丰度超过89%。微生物群落主成分分析时,冷冻时间较短的样本点与冷冻时间最长的样本点,在PC1水平上处于两个极端,菌群结构变化显著。随着冷鲜肉冷冻处理时间的增长,食品微生物群落多样性大幅下降,但是嗜冷菌属与Oceanisphaera作为优势菌数量开始增加。结果表明,在冷鲜肉食品微生物检测过程中,该方法可以获得更加全面的微生物群落多样性分析结果,快速得出冷鲜肉处理过程中影响较大的优势腐败菌,为后期食品质量提升提供依据。

基于Illumina Miseq高通量测序技术探究藏茶发酵过程中微生物菌群变化

应用Illumina Miseq高通量测序技术,研究藏茶毛茶(MC)、发酵阶段(S1~S5)及成品茶(S6)中的微生物的多样性与群落结构,并从成品茶(S7)中分离纯化出三株优势曲霉进行鉴定。结果表明,在S1~S5阶段,真菌丰度和多样性先降低后增加,而细菌丰度和多样性先增加后减少;β多样性分析表明,S1~S5阶段藏茶中微生物组成趋于相近,而毛茶与成品茶均与S1~S5阶段有明显区分。优势真菌为子囊菌门曲霉属,经分离纯化鉴定为冠突曲霉、泡盛曲霉和米曲霉;细菌以变形杆菌、厚壁菌、放线菌和拟杆菌为优势菌,发酵全过程无稳定的优势细菌。

基于Illumina PE300高通量测序的海南糟粕醋微生物多样性分析

目的研究海南糟粕醋中微生物的多样性,分析海南糟粕醋在自然条件下贮藏时的优势菌及风险菌。方法采用Illumina PE300高通量测序技术对海南糟粕醋中细菌和真菌群落进行多样性分析,扩增糟粕醋中细菌的16S rDNA和真菌的ITS序列。结果细菌多样性测序获得306,600条序列,130,745,424碱基(base pair,bp),505操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),可归属为23门(phylum)、51纲(class)、115目(order)、191科(family)、312属(genus)、432种(species);真菌多样性测序获得612,015条序列,132,784,567 bp,27 OTU,可归属为3 phylum、7 class、12 order、18 family、24 genus、25 species。糟粕醋在自然条件下贮藏时,主要细菌属为:乳酸菌属(Lactobacillus)、棒杆菌属(Corynebacteriums)、乳酪短杆菌属(Brevibacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus);主要真菌属为:哈萨克斯坦酵母(Kazachstania)、伊萨酵母属(Issatchenkia)。未经灭菌的糟粕醋可能存在的风险菌为:炭疽杆菌(Bacillus anthracis)、伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)、布鲁氏菌(Brucella)、肉毒杆菌(Clostridium botulinum)。结论在糟粕醋中细菌的组成更为复杂,但真菌对糟粕醋品质的影响较大,本研究获得糟粕醋在自然放置条件下微生物菌群的变化,为糟粕醋的贮藏提供理论支持。

基于Illumina MiSeq技术分析谷子根际丛枝菌根真菌群落多样性

为研究谷子(Setaria italica)根际丛枝菌根真菌(AMF)群落的多样性特征,以便充分发掘和利用AMF优势菌群。本试验对土壤进行正常浇水与干旱处理,土壤含水量分别为7.6%和3.7%,并采集谷子(豫谷、安陵和沁黄3个品种)根系及无寄主对照土壤(CK),获得全部DNA并对其中的18S rRNA基因进行PCR扩增,并运用MiSeq高通量测序技术和生物信息学研究谷子的根际AMF及群落特征。物种多样性分析结果显示,在正常浇水与干旱处理下,谷子根系与CK的OTU数量在1 632~4 290个之间,共检测并鉴定出AMF 126种,隶属1门9属。其中,按优势种的占比高低依次是原囊霉属(Acaulospora)、球囊霉属(Glomus)、类球囊霉属(Paraglomus)和双型囊霉属(Ambispora)。与CK相比,谷子根际AMF群落多样性减少,AMF在原囊霉属水平上丰度显著降低。但正常浇水与干旱处理下,谷子根际AMF群落多样性并未发生显著变化。研究揭示了谷子根际AMF群落组成,主要为球囊霉属;与CK相比,3个谷子品种AMF群落分布在多样性及丰度方面具有普遍的相似性。此外,与正常浇水相比,干旱条件下谷子根际丛枝菌根群落多样性及丰度保持稳定,维持在较高的水平,可保证谷子根系对水分和养分的高效吸收与利用。

Illumina MiSeq测序平台测定蒙古羊瘤胃液相和固相菌群多样性

本研究旨在比较蒙古羊瘤胃液相和固相细菌菌群多样性。应用Illumina Miseq测序平台的16S r RNA基因扩增子技术对采集自5只蒙古羊的瘤胃液相和固相样品进行高通量测序,采用UPARSE-操作分类单元(OTU)法和非加权组平均(UPGMA)法分析试验结果。结果表明,共获得91 971条序列和15 321个OTU,平均每个样品有13 138条序列和2 189个OTU。液相与固相样品相比:门水平分类上存在显著性差异的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)(P<0.05),拟杆菌门在液相和固相样品中的比例分别为67%和45%;属水平分类上存在显著性差异的优势菌群为普氏菌属(Prevotella)和1种未鉴定(unknown)的属(P<0.05),液相样品优势菌群为普氏菌属,所占比例为53%,而固相样品优势菌群来自1种未鉴定的属,所占比例为32%;种水平分类上存在显著性差异的是栖瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola)(P<0.05),在液相和固相样品中所占的比例分别为41%和11%。与液相样品相比,固相样品的alpha多样性较好;主成分分析(PCA)和主坐标分析(PCo A)显示来自同一动物个体的瘤胃液相和固相样品聚类在一起。结果提示,蒙古羊瘤胃液相和固相样品均具有丰富的细菌菌群;与液相样品相比,固相样品细菌的多样性更好。

基于Illumina MiSeq技术分析腌干鱼加工过程中微生物群落多样性

为研究传统和乳酸菌法加工腌干鱼过程微生物的变化规律,为优化腌干鱼工艺提供理论依据,采用MiSeq测序技术,研究腌干鱼在不同加工阶段的细菌多样性,结果表明:腌干鱼加工过程微生物种类丰富,主要分为三大类:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变性菌门(Proteobacteria);蓝圆鲹初始菌相中优势细菌为肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcactae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和希瓦氏菌科(Shewanellaceae);海鲈初始菌相中优势菌主要是气单胞菌科(Aeromonadaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、摩式摩根菌科(Moraganellaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)等。传统腌制加工过程中菌相比较单一,优势菌主要是弧菌科(Vibrionaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和动性球菌科(Planococcaceae);而接种乳酸菌发酵后,加工过程中细菌多样性呈现增加趋势,并且乳酸菌成为优势菌,促进了微杆菌科(Exiguobacteracea),葡萄球菌(Staphylococcaceae)等优势菌的繁殖;此外还检测到气单胞菌(Aeromonadaceae)和乳杆菌(Lactobacillaceae)等传统蓝圆鲹腌制加工过程中没有出现的菌。海鲈在腌制加工过程中细菌多样性明显高于蓝圆鲹,乳酸菌法腌制加工过程中细菌多样性明显增加。

Illumina测序16S rRNA标签法分析细菌性阴道病患者阴道菌群多样性

目的从菌群总体角度分析和比较健康育龄期女性和细菌性阴道病(BV)患者阴道菌群差异。方法采集临床Amsel标准及Nugent评分筛选的37例BV患者及37例健康育龄期女性阴道穹窿分泌物标本,提取总基因组DNA,对16S rRNA V6区基因进行扩增,所有扩增的PCR产物经IIlumina测序后,通过BIPES、UCHIME、TSC、GAST最终得到样品的物种信息。结果健康育龄期女性阴道分泌物乳酸杆菌占95%以上,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者比例相当,同时存在少量加德纳氏菌属,颗粒链球菌属,链球菌属,普氏菌菌属,埃希氏杆菌属和其它菌属;30例BV患者阴道菌群Alpha多样性明显增加(P<0.001),Beta多样性也发生了明显变化,表现为乳酸杆菌明显减少,其相对比例从45%到1%(24例),以惰性乳酸杆菌为主,部分患者(6例)甚至未检出,同时加德纳氏菌属,普氏菌菌属,颗粒链球菌属,厌氧球菌,微单胞菌属,Peptoniphilus.harei-消化链球菌属,戴阿李斯特杆菌属等相对丰富度增加,不同于既往研究的是7例BV患者以少见的格氏乳杆菌,嗜酸乳杆菌为优势菌群,约占75%～50%。结论健康育龄女性阴道菌群以乳酸杆菌占绝对优势,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者相当,并与多种微生物并存;大部分BV患者阴道菌群表现为乳酸杆菌显著减少甚至缺失,小部分BV患者以少见的格氏乳酸杆菌、嗜酸乳酸杆菌为优势菌群。

基于Illumina高通量测序的泡桐转录组研究

利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P<0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P>0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P<0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P>0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。

Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性

应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性。获得了用于分析的有效序列63 183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属(Halomonas,27.27%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,45.45%),这3个属是核桃内生细菌优势菌属。

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析活性银离子处理饮用水微生物多样性

为观察作为载人航天消毒剂的银离子消毒水所呈现的微生物多样性,采用Illumina MISeq高通量测序技术,对添加不同浓度的活性银离子的市售桶装水和对照水样进行了分析,分组为CK(对照)、L(0.1 mg/L)、M(0.3 mg/L)和H(0.5 mg/L)组,每隔30 d定期取样,同时以GB 4789-2010进行了菌落总数和大肠菌群数测定和16S r DNA V3-V4区高通量测序,以及生物信息学分析,包括群落结构、多样性、主成分及物种丰度分析。结果表明:CK组30 d菌落计数即达557.3±58.2,活性银离子有较为显著的抑菌效果(L组60 d后1.7±0.6、H组90 d后1.7±0.6);高通量测序数据显示,其群落结构比例最大的是变形菌门,其次是厚壁菌门,然后是放线菌门;beta多样性和主成分分析结果显示鞘氨醇单胞菌属和乳球菌属丰度较高;活性银离子对饮用水有显著的抑菌作用,且可减少细菌群落。

基于Illumina MiSeq技术比较二种多脂鱼在腌干过程中的菌相变化

通过比较研究多脂红肉鱼(蓝圆鲹)和白肉鱼(带鱼)腌干加工中菌相的变化规律,以探讨加工过程对菌相的影响并寻找具有抗氧化作用的优势菌。在腌干加工过程中采用Illumina平台的MiSeq技术比较分析了两种多脂鱼的菌相变化情况。结果显示,两种鱼的菌相主要分布在拟杆菌门、变形菌门;在科水平上,初始原料的蓝圆鲹和带鱼分别含7个和15个科的细菌,带鱼包括了蓝圆鲹的所有菌群,肠杆菌科作为共同的优势菌,在蓝圆鲹和带鱼中分别占47%和26%。从腌制开始,两种鱼的菌群数都大量减少,弧菌和芽孢杆菌科作为共同优势菌,前者平均占蓝圆鲹和带鱼的40.3%和42.2%,后者则平均占16.7%和13.3%。原料中,蓝圆鲹和带鱼都包含了肠杆菌科、假单胞菌、弧菌科和希瓦氏菌科这4种腐败菌,加工阶段,两种鱼的优势腐败菌都为弧菌科。乳酸菌包括链球菌科和乳杆菌科,仅出现在带鱼中。研究表明,在腌干加工中,带鱼的细菌减少程度大于蓝圆鲹,总体上均呈现下降趋势,两种鱼含共同的菌群和优势菌,却表现出明显的差异。腌干后两种鱼的腐败菌大大减少,说明腌干加工有利于降低鱼类腐败的可能性。可选择带鱼作乳酸菌的分离以进行后续的抗氧化研究。

Illumina测序技术在母血检测胎儿非整倍体中应用

目的研究Illumina测序技术在母血中检测胎儿非整倍体的可行性,及其在无创性产前诊断中的应用前景。方法 68例孕12-39周具有产前诊断指征的单胎妊娠孕妇抽取外周血进行离心、提取血浆中游离DNA,运用Illumina Hiseq2000测序技术进行DNA测序及统计分析。结果 68例孕妇通过Illumina测序技术检测出3例21三体,2例18三体、1例13三体及1例47,XYY。因为濒死胎儿羊水脱落细胞活力极低而致羊水培养失败,传统型染色体核型分析未检测出1例21三体。结论 Illumina测序作为一种无创性产前诊断技术,可准确地筛查21、18、13、X、Y等染色体非整倍体异常,具有安全、准确率高及假阳性率低的优点,值得临床推广。

利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析原料乳的菌群分布

为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3方面的测定。结果表明不同牧场的菌群存在多样性,位于前列的分别是肠球菌属(Enterococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus),同时表明,个别牛场原料乳中有金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和志贺菌(Shigella)的存在。