广西苦瓜白粉病菌优势生理小种鉴定及ITS序列分析

【目的】明确广西苦瓜主产区白粉病病原菌种类和生理小种,为苦瓜白粉病防治及抗病育种提供科学依据。【方法】2016—2021年,在广西南宁、柳州、桂林、北海、玉林、贺州、崇左和贵港8个苦瓜产区采集并分离白粉病病原菌246份,通过显微镜观察分生孢子形态及ITS序列分析构建系统进化树明确苦瓜白粉病菌种类,并采用国际通用的13个甜瓜白粉病菌生理小种鉴别寄主和鉴别标准体系对白粉病菌的生理小种进行鉴定;通过调查白粉病菌优势生理小种在广西苦瓜栽培品种桂农科6号、清脆277、翠华和海加仕183上的危害程度和致病力分析,明确广西苦瓜主产区白粉病菌种类及生理小种的分化。【结果】通过形态学与分子生物学相结合的方法确定广西苦瓜白粉病病原菌为单囊壳白粉菌(Sphaerotheca fuliginea),存在小种1和2F两个生理小种,其中,2016—2021年生理小种1的平均分离频率为95.72%,是广西苦瓜白粉病菌的优势小种,生理小种2F仅在贵港苦瓜种植基地发现,平均分离频率为4.29%。苦瓜白粉病菌优势小种致病力测定结果显示,4个广西苦瓜栽培品种的病情指数逐年增加,生理小种1致病力强度呈上升趋势,田间病害发生较严重。【结论】导致广西苦瓜白粉病的病原菌为单囊壳白粉菌,存在小种1和2F两个生理小种,其中生理小种1为广西苦瓜白粉病菌优势小种。广西苦瓜白粉病菌菌株的遗传进化与地域有一定关系,但差异不明显。

北京再发黑热病利什曼原虫K26基因和ITS-1序列的多态性分析

目的了解北京市再发黑热病病例的病原分子遗传背景。方法使用PCR方法分别扩增其亲水性酰化表面蛋白B(K26)和核糖体DNA内转录间隔区Ⅰ(ITS-1),然后克隆测序,分析其多态性,构建系统发育树以确定患者感染原虫的虫种类型及其遗传关系。结果K26基因扩增出626 bp大小片段,其长度与国内流行株差异明显,其氨基酸序列由14个氨基酸的基序重复排列组成,但个别位置发生氨基酸替代。K26序列的系统进化树分析显示,北京病例虫株与法国和西班牙的婴儿利什曼原虫相近,但与国内新疆、四川、河北等地的婴儿利什曼原虫虫株距离较远;ITS-1序列扩增出314 bp大小的片段,其系统发育分析显示与婴儿利什曼原虫Leishmania infantum属于同一分支。结论该病例感染的为婴儿利什曼原虫L.infantum,且与国内其他流行区的虫株有一定差异。

基于DNA条形码ITS对西藏不同地理居群红景天的鉴定研究

目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序列信息;运用MEGA7.0对所有样品的ITS序列及GenBank共21条进行比对、计算种内种间遗传距离,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果:编号为A1~A14的大花红景天聚为一支,编号为K1~K7的长鞭红景天聚为一支;同时发现ITS序列信息变化与地域和环境明显相关。结论:将ITS序列作为DNA条形码能准确、快速地鉴别大花红景天,可为其种质资源鉴定及物种鉴别提供依据。

Emission Theory with Re-Emission of Photons by the Medium—Instead of Special Relativity

Instead of relying on the erroneous principles of Special Relativity, this paper proposes a new theory based on the emission of photons by a source and their re-emission by a transparent medium. Through over 60 articles, we have demonstrated that Special Relativity is based on optical experiments and observations that have been incorrectly explained by the theory of a non-existent ether. Our findings show that all known experiments can be explained using classical concepts of space and time, thereby refuting the theory of relativity. This article also addresses the fallacy of the widely accepted etheric Doppler effects and its significant role in the history of science.

基于ITS 2对家蚕人工饲料霉变病原微生物的检测

【目的】探明引起家蚕人工饲料霉变的病原微生物,为制定防止家蚕人工饲料霉变决策提供科学依据。【方法】对饲料霉变区域随机取样,对其ITS2区域进行序列扩增检测,通过OTU聚类、物种注释和Alpha多样性分析其在不同分类水平下的物种组成。【结果】引起家蚕人工饲料霉变致病微生物主要生物学分类为真菌界(Fungi)、子囊菌门(Ascomycota,99.98%~100%)、散囊菌纲(Eurotiomycetes,99.80%~99.97%)、散囊菌目(Eurotiomycetes,99.80%~99.97%)、毛刷囊菌科(Trichocomaceae,99.80%~99.97%)、石座菌属(Petromyces,99.80%~99.96%)、黄曲霉菌(Aspergillus flavus,99.75%~99.91%)。【结论】引起家蚕人工饲料霉变的病原菌主要为真菌界的黄曲霉菌。

基于ITS序列对两株野生大型真菌的鉴定及系统发育分析

为进一步确定菌种鉴定的准确性和科学性,通过采用传统形态学分类法与ITS序列分析法对采自湖北省武陵山地区恩施市境内的2株野生真菌进行分类鉴定与系统发育分析。结果表明:依据其形态特征初步鉴定该2株菌株为绒盖牛肝菌属菌种;对2株菌株样本的ITS全区序列进行PCR扩增测序,并在NCBI数据库中进行Blast比对,采用NJ邻接法构建出系统发育树,通过探究其与已知菌种的相关性进行分析鉴定。确定样本HBES1003为绒盖条孢牛肝菌,样本HBES1096为黑斑绒盖牛肝菌。

基于ITS序列的五味子DNA条形码鉴定分析

基于五味子的内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)条形码序列,探讨五味子药材基源的鉴定方法,为该药材来源的鉴别和规范栽培种植提供参考。本研究共收集16份五味子样品,提取样品基因组DNA,PCR扩增ITS序列后双向测序,所得序列经SeqMan拼接后,采用MEGA11软件对序列进行分析比对,计算K2P遗传距离,并利用邻接(NJ)法建立系统发育树。结果表明,研究区16个样本的ITS序列结构差异较小,碱基序列相似,其中2份样本出现1个变异位点;结合遗传距离和NJ聚类树结果可看出,五味子属所有样品聚为一支,其中研究区五味子样本与来自GenBank的五味子聚为一支,南五味子属作为外群单独聚为一支,且分支具有很高的支持率,种内差异不明显,可与五味子属近缘种区分开。基于ITS序列的DNA条形码技术能够对五味子及其同科植物进行区分鉴别。

基于ITS和matK序列的苗药朱砂根遗传多样性分析

为探究朱砂根的遗传多样性,对收集的16个居群的69份朱砂根样品ITS和matK序列进行双向测序,应用Genious 11.0软件分析2个序列的结构变异,应用MEGA 11.0软件基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型,计算居群间遗传距离,采用邻接法(NJ)分别构建系统发育树。结果表明,朱砂根ITS与matK序列长度分别为447~451 bp、844~861 bp, GC含量分别为55.30%~56.30%,33.70%~34.40%,变异位点分别为24个、43个,单倍型多样性分别为0.947、0.917,核苷酸多样性分别为0.013 14、0.006 00;朱砂根ITS序列居群间遗传距离在0.000 4~0.032 0之间,平均遗传距离0.018 4;matK序列居群间遗传距离在0.000 0~0.019 6之间,平均遗传距离为0.008 6。系统发育结果表明,ITS和matK序列都将16个居群的朱砂根聚为2支,且遗传距离较小。研究表明,不同居群的朱砂根具有较为丰富的遗传多样性,且遗传距离与居群地理空间距离有关。ITS较matK序列变异更丰富,更适宜对朱砂根遗传多样性评价、分子标记开发与基源鉴定等研究。

基于ITS序列的野生猕猴桃遗传多样性研究

【目的】探究乌蒙山自然保护区野生猕猴桃(Actinidia chinensis Planch)ITS遗传多样性,继而研究其亲缘关系,选育优质新品种。【方法】采用样线法对乌蒙山自然保护区野生猕猴桃的种类、分布及其生态环境进行调查,并将61份猕猴桃属植物样本进行浅层测序,以Actinidia callosa ITS区(登录号:AF323803.1)为模板对获得的基因组数据进行ITS区组装,以获得每个样本ITS基因序列数据。【结果】在乌蒙山自然保护区内,野生猕猴桃属植物集中分布在海拔1241.80~1976.42 m,主要生长于灌木丛中或山坡林缘。分类鉴定结果显示,61份猕猴桃样本分别隶属于1个属(猴桃属),7个种。其中,昭通猕猴桃为云南特有种。将ITS基因组装后比较分析发现,序列长度在501~650 bp,总GC含量在50.88%~57.72%,变化幅度较大;在5.8S区段相对保守,变异率较小;7个种的遗传距离在0.003 09~0.597 00,总体平均遗传距离为0.302 00;其中狗枣猕猴桃和昭通猕猴桃亲缘关系较近,遗传距离为0.003 09,中华猕猴桃与京梨猕猴桃、显脉猕猴桃、葡萄叶猕猴桃和葛枣猕猴桃的遗传距离较近,介于0.042 10~0.071 90,而与昭通猕猴桃和狗枣猕猴桃的遗传距离分别为0.588 00和0.587 00。系统发育分析结果表明,野生猕猴桃的系统发育较复杂,存在地理位置相对较远而亲缘关系较近的情况,说明地理位置的远近可为遗传变异提供变异积累。【结论】乌蒙山自然保护区内猕猴桃科植物多样性丰富,不同种间ITS序列遗传变异位点显著,可为野生猕猴桃种质资源开发利用提供理论基础。

4种乳菇属真菌的形态学与rDNA-ITS鉴定

为明确内蒙古赤峰地区常见有毒乳菇种类,准确、快速地识别有毒乳菇,将采集的4个乳菇属Lactarius真菌标本采用传统形态学分类方法进行鉴定,同时提取子实体DNA,使用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增,用Blast对扩增产物纯化测序所得的序列进行比对,采用MEGA5.1软件构建系统发育树确定属和种。结果表明,2种方法鉴定结果一致,标本CFSZ10167为毛头乳菇[Lactarius torminosus(Schaeff.)Pers.],标本CFSZ10216为绒边乳菇[Lactarius pubescens(Fr.ex Kronbh.)Fr.],标本CFSZ13021为灰褐乳菇[Lactarius pyrogalus(Bull.)Fr.],3种均为胃肠炎型毒菌,CFSZ10044为皱乳菇(Lactarius ruginosus Romagn),为中国新记录种,主要特点是菌盖棕褐色、浅褐色,有绒质感,盖缘呈齿状,孢子球形具小刺,食毒不明。对4个种的形态学特征进行了详细描述,并附有生境图片和显微图像,研究结果为乳菇属物种鉴定和资源分布提供了重要补充,并为常见毒菌识别提供了理论依据。

基于ITS和ISSR标记的灵芝遗传多样性和群体结构分析

以来自不同地理区域的48个灵芝种质资源为试材,采用ITS和ISSR分子标记的方法,研究了灵芝遗传多样性,以期利用遗传信息数据较理想地显示出不同灵芝菌株的遗传多样性。结果表明:通过进行ITS序列扩增测序,将48个灵芝菌株分为赤芝(35个)、无柄灵芝(11个)、四川灵芝(1个)、古巴栓孔菌(1个)。5条ISSR引物共扩增得到53条条带,多态性条带比率为96.23%,Nei′s基因多样性为0.27,Shannon′s信息指数为0.43。ISSR标记遗传相似系数约为0.70,将48个灵芝菌株分为3组,其中第1组为11个无柄灵芝,第2组为菌株29“盆景1”,其他菌株为第3组,说明2种标记结合分析能够更加准确分析不同菌株间的亲缘关系。菌株16和17同为赤芝,且ISSR分子标记遗传相似系数达0.98,推测可能为同一品种,为生产中出现的同物异名现象。该研究选取的用于PCR扩增的ISSR引物,多态性较好、稳定性较高,能有效鉴别出无柄灵芝与其他灵芝,并揭示种质的遗传多样性和群体遗传结构,可为灵芝种质资源保护及优质种质材料选育提供参考依据,以期更好地推动灵芝产业健康发展。

基于ITS模型的短波宽带移动信道建模与仿真

短波宽带移动信道模型是远程机动平台移动通信系统性能分析评估的基础,现有短波宽带信道模型不能有效表征机动平台移动信道快时变多普勒效应,难以适应机动平台短波移动通信需要。鉴于此,在分析机动平台行为模式与信道时变多普勒效应的映射关系基础上,推导出了机动平台移动信道冲激响应表达式,基于ITS(international telecommunication society)模型提出了一种适用于固定与机动不同场景、不同传播模式、宽窄带融合的短波通信信道模型。利用信道冲激响应与信道散射函数从时域色散、频域色散两个维度对本文信道模型的有效性进行了验证。结果表明,该信道模型能够基于机动平台运动轨迹实现时变多普勒效应传播复现与信道模拟;也能在运动轨迹未知情况下,基于飞行器种类、机动频率等先验信息,实现具有各态历经性的机动平台短波宽带信道仿真,对机动平台短波移动通信系统效能评估有重要意义。

基于ITS条形码的滇鸡血藤及混伪品分子鉴定

目的:基于内转录间隔区(ITS)序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法。方法:以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取滇鸡血藤及其混伪品的总DNA,对ITS序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算Kimura2-parameter遗传距离,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果:滇鸡血藤ITS序列片段长度为675 bp,共包括19种单倍型,与其主要混伪品的差异位点为212、223、224 bp,系统发育树显示,ITS序列能够区分滇鸡血藤及其混伪品。结论:ITS条形码可以作为区分鉴定滇鸡血藤及其混伪品的分子条形码,包含19个单倍型的单倍型数据库覆盖了滇鸡血藤全部的单倍型。

苏皖产大戟属药用植物rDNA的ITS序列分析

目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据.方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNA ITS区碱基序列进行测定.结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255～262 bp,ITS2的长度范围为214～236 bp.运用Mega2软件进行的系统分析得到大戟属内6种植物的系统进化树.这一分析结果与来自形态学的研究结果相吻合.结论此法可用于大戟属植物种间及真伪品鉴别.

巴戟天与常见混伪品的rDNA-ITS序列分析及其分子鉴定

目的比较巴戟天与常见混伪品之间的rDNA-ITS碱基序列的差异及其规律,同时为巴戟天及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记.方法对巴戟天及其常见混伪品的rDNA-ITS进行了PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果测定了巴戟天及其混伪品的rDNA-ITS区序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列.巴戟天与假巴戟天、羊角藤在ITS1和ITS2区的差异性分别为2.9%～5.8%和2.9%～4.2%,而与虎刺在ITS1和ITS2区的差异性则为21.2%和18.9%.根据ITS序列特征构建的系统树,混伪品假巴戟天与羊角藤首先聚类,然后与巴戟天聚在一起,而虎刺则单独聚为一支.结论rDNA-ITS序列可作为巴戟天与混伪品的一种较好的分子指纹图谱的标记方法.

基于ITS和形态学系统分析新疆桦木属种间系统发育关系

以新疆桦木属的6个种和其他10种桦木属植物为材料,利用Clustal Omega和MEGA 7.0软件对ITS基因序列进行遗传分析,同时利用SPSS 25.0软件对7个形态性状进行主成分和聚类分析,探讨新疆桦木属植物的系统发育关系。结果表明:在ITS遗传演化分析中,新疆桦木属中的桦木亚组和柴桦亚组遗传距离较近,为0.0047,桦木亚组内部绝对遗传距离为0.0060;在形态性状主成分分析中,特征值大于1的累计贡献率为84.5%,桦木属植物分类性状主要取决于生活型、叶片形状、果苞背部被毛、树皮剥裂及纹路;新疆桦木属植物ITS序列和形态学聚类结果基本一致,盐桦与甸生桦聚为一组,与《中国植物志》中盐桦归属于桦木亚组,而甸生桦属于柴桦亚组的分类存在一定差异,但与《新疆植物志》中两者被划分在柴桦亚组的结论有相似之处。

基于rDNA-ITS序列的不同来源蜜环菌分类及生物学特性研究

为掌握不同来源的19株蜜环菌的(Armillaria spp.)的分类地位及生物学特性,对蜜环菌的rDNA-ITS进行测序及系统发育树分析,并对菌索分枝数、生物量和总萜的含量进行测定。结果表明,19株蜜环菌中,12株为蜜环菌狭义种(A.mellea),2株为芥黄蜜环菌(A.sinapina),1株为头柄蜜环菌(A.cepistipes),1株为高卢蜜环菌(A.gallica),1株为奥氏蜜环菌(A.ostoyae);19株蜜环菌只有15株在PDA培养基上能形成菌索,其中,菌株MC1、MC8、MC4、MC7和MA2的菌索分枝较多,菌株MA2、MB1和MC7的生物量较大,菌株MC5的总萜含量最高。因此,19株蜜环菌通过rDNA-ITS序列可以区分为不同的种类,根据菌索的生长特征,MA2和MC7是较优良的菌株,而菌株MC5是提取总萜的优良菌株。

5种习用柴胡的ITS序列鉴别

目的:用PCR扩增方法测定5种常用柴胡的ITS序列,为柴胡的分子鉴定提供依据。方法:分别从5种柴胡的叶片中提取总DNA,以核基因组通用引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序。结果:各样品的ITS1长度为214～220bp,ITS2长度为230～231bp。5种柴胡的ITS序列分别有多个特异性信息位点。结论:ITS序列可以作为柴胡分子鉴定的依据。

基于微生物组扩增子ITS的茯砖茶发花特征真菌菌群演替规律分析

茯砖茶是一种微生物参与发酵的黑茶。菌花香是茯砖茶独特的香气品质,其成因可能与发花过程中的真菌演替有关。为揭示茯砖茶发花特征真菌菌群演替规律,以薮北种茶树为原料制成黑茶与白茶,之后同时、同地发花分别制成茯砖茶与白茶砖。采用微生物组扩增子ITS分析发花过程中真菌演替规律。结果表明:1)不同茶类在发花过程中的特征真菌丰度的变化规律不同。2)渥堆改变了茯砖茶的菌群结构及微生物生长环境,导致茯砖茶与其它茶类的发花真菌菌群演替有差异。3)茯砖茶发花特征真菌菌群演替规律:茯砖茶发花前期,由渥堆影响丰度较高的黑曲霉、局限曲霉、萨氏曲霉、岐皱青霉、西兰花青霉、汉逊德巴利酵母等在发花6 d出现丰度峰。发花第9天散囊菌属、卡利比克迈耶氏酵母、海洋嗜杀酵母等真菌出现丰度峰,黑曲霉、汉逊德巴利酵母、局限曲霉维持丰度;发花12 d假灰绿曲霉出现丰度峰,黑曲霉维持丰度。第22天发花结束,散囊菌属最终成为优势菌种。

7个野生云芝基于ITS序列和ISSR的亲缘关系分析

以湖南省的7个野生云芝菌株为试验材料,基于ITS序列进行分子鉴定以确定样品的种属关系,以MEGA 11.0软件中的邻接法构建系统发育树,采用ISSR分子标记技术对样品进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱,同时辅以拮抗及栽培试验对结果进行验证。结果表明,7个野生菌株与云芝的同源性为95%~100%;构建的系统发育树显示7个菌株均与云芝聚为1支,且菌株NX4和NX6高度同源。筛选到6条重复性好且条带清晰的ISSR引物,平均每条引物扩增出11条谱带,多态位点百分率为95.5%;ISSR遗传聚类图谱显示在相似性为67%时,7个云芝菌株可聚为2类,其中NX4、NX6归于一类,其他5个菌株归于一类且NX3和NX18遗传差异较小。结合拮抗和栽培试验结果,基于子实体半径尺寸可将NX4和NX6归于一类。