为了研究蒙古马常规冷冻精液生产前后精子中蛋白质的表达变化,试验采用数据非依赖采集(data independent acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术对3匹蒙古马精液常规冷冻前后(新鲜精液和冷冻精液)的总蛋白进行定量分析,并将总蛋白在碳水...为了研究蒙古马常规冷冻精液生产前后精子中蛋白质的表达变化,试验采用数据非依赖采集(data independent acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术对3匹蒙古马精液常规冷冻前后(新鲜精液和冷冻精液)的总蛋白进行定量分析,并将总蛋白在碳水化合物酶(carbohydrate-active enzyme,CAZyme)、京都基因与基因百科全书同源性(Kyoto encyclopedia of proteins and genomes ortholog,KO)、基因本体论(gene ontology,GO)、真核生物同源类群(eukaryotic orthologous groups,KOG)数据库中注释;以lb(冷冻精液总蛋白的数量/新鲜精液总蛋白的数量)>2或<0.5、P<0.05筛选差异表达蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),对筛选到的DEPs进行GO富集分析和KEGG信号通路分析,最后对部分DEPs进行Western-blot验证。结果表明:共得到新鲜精液和冻精总蛋白数量为2429个,这些蛋白在CAZyme、KO、GO、KOG数据库分别注释到64,923,2028,1868个,分别占总蛋白数量的2.63%、38.00%、83.49%和76.90%;共筛选出1406个DEPs,其中下调DEPs为794个,上调DEPs为612个。在GO功能富集分析中,有369个下调DEPs参与了生物学进程中的生物调控,419个下调DEPs定位于细胞组分中的细胞外区域,631个下调DEPs参与到分子功能中分子功能中,31个上调DEPs参与了生物学进程中的精子发生,161个下调DEPs定位于细胞组分中的线粒体中。在KEGG通路富集分析中,有288个DEPs显著富集代谢通路中。DEPs中膜联蛋白(annexin,ANXA2)、微管蛋白α链(tubulin alpha chain,TUBA8)、精子尾部外致密纤维2(outer dense fiber of sperm tails 2,ODF2)和精子发生相关48(spermatogenesis associated 48,SPATA48)、热休克蛋白70(heat shock protein 70,HSP70)和热休克蛋白90α家族B类成员1(heat shock protein 90-alpha family class B member 1,HSP90AB1)等蛋白与精子密切相关;经Western-blot检测,HSP70和HSP90蛋白在冻精中的表达量极显著低于新鲜精液(P<0.01)。说明冻融过程严重影响了蒙古马精子中HSP70和HSP90蛋白的表达。展开更多
目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,and analysis platform,TCMSP),根据口服生...目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,and analysis platform,TCMSP),根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性指数(drug-likeness,DL)≥0.18的筛选条件,获取甘草附子汤中4味药材的化学成分和作用靶点;通过Gene-Cards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank等数据库获取类风湿性关节炎相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集得到甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的潜在作用靶点;采用STRING在线平台构建潜在靶点PPI网络并获得GO富集分析及KEGG通路数据,对其作用机制进行分析预测。运用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-核心靶点网络并对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行拓扑分析。利用分子对接方法验证网络药理学分析甘草附子汤治疗RA结果的准确性。结果:活性成分-核心靶点网络分析结果显示有槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素等99种化学成分,关键靶点有白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、JUN、TNF、MAPK14等。GO富集分析共得到1912条富集结果,主要涉及对细胞因子产生的正调控、对炎症反应的调节、对脂多糖的反应等。KEGG富集分析共得到131条通路富集结果,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、类风湿性关节炎、TNF信号通路、破骨细胞分化通路等;分子对接结果显示,度值排名前4的槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素对接关键靶点的蛋白结晶复合物构象合理。结论:该研究初步表明,甘草附子汤中多种活性成分通过作用于IL-6、JUN、MAPK14等关键靶点,调节多条信号通路,下调炎性因子表达,调节骨代谢,干预骨破坏,调节免疫功能,发挥治疗类风湿性关节炎的作用。展开更多
文摘为了研究蒙古马常规冷冻精液生产前后精子中蛋白质的表达变化,试验采用数据非依赖采集(data independent acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术对3匹蒙古马精液常规冷冻前后(新鲜精液和冷冻精液)的总蛋白进行定量分析,并将总蛋白在碳水化合物酶(carbohydrate-active enzyme,CAZyme)、京都基因与基因百科全书同源性(Kyoto encyclopedia of proteins and genomes ortholog,KO)、基因本体论(gene ontology,GO)、真核生物同源类群(eukaryotic orthologous groups,KOG)数据库中注释;以lb(冷冻精液总蛋白的数量/新鲜精液总蛋白的数量)>2或<0.5、P<0.05筛选差异表达蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),对筛选到的DEPs进行GO富集分析和KEGG信号通路分析,最后对部分DEPs进行Western-blot验证。结果表明:共得到新鲜精液和冻精总蛋白数量为2429个,这些蛋白在CAZyme、KO、GO、KOG数据库分别注释到64,923,2028,1868个,分别占总蛋白数量的2.63%、38.00%、83.49%和76.90%;共筛选出1406个DEPs,其中下调DEPs为794个,上调DEPs为612个。在GO功能富集分析中,有369个下调DEPs参与了生物学进程中的生物调控,419个下调DEPs定位于细胞组分中的细胞外区域,631个下调DEPs参与到分子功能中分子功能中,31个上调DEPs参与了生物学进程中的精子发生,161个下调DEPs定位于细胞组分中的线粒体中。在KEGG通路富集分析中,有288个DEPs显著富集代谢通路中。DEPs中膜联蛋白(annexin,ANXA2)、微管蛋白α链(tubulin alpha chain,TUBA8)、精子尾部外致密纤维2(outer dense fiber of sperm tails 2,ODF2)和精子发生相关48(spermatogenesis associated 48,SPATA48)、热休克蛋白70(heat shock protein 70,HSP70)和热休克蛋白90α家族B类成员1(heat shock protein 90-alpha family class B member 1,HSP90AB1)等蛋白与精子密切相关;经Western-blot检测,HSP70和HSP90蛋白在冻精中的表达量极显著低于新鲜精液(P<0.01)。说明冻融过程严重影响了蒙古马精子中HSP70和HSP90蛋白的表达。
文摘目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,and analysis platform,TCMSP),根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性指数(drug-likeness,DL)≥0.18的筛选条件,获取甘草附子汤中4味药材的化学成分和作用靶点;通过Gene-Cards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank等数据库获取类风湿性关节炎相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集得到甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的潜在作用靶点;采用STRING在线平台构建潜在靶点PPI网络并获得GO富集分析及KEGG通路数据,对其作用机制进行分析预测。运用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-核心靶点网络并对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行拓扑分析。利用分子对接方法验证网络药理学分析甘草附子汤治疗RA结果的准确性。结果:活性成分-核心靶点网络分析结果显示有槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素等99种化学成分,关键靶点有白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、JUN、TNF、MAPK14等。GO富集分析共得到1912条富集结果,主要涉及对细胞因子产生的正调控、对炎症反应的调节、对脂多糖的反应等。KEGG富集分析共得到131条通路富集结果,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、类风湿性关节炎、TNF信号通路、破骨细胞分化通路等;分子对接结果显示,度值排名前4的槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素对接关键靶点的蛋白结晶复合物构象合理。结论:该研究初步表明,甘草附子汤中多种活性成分通过作用于IL-6、JUN、MAPK14等关键靶点,调节多条信号通路,下调炎性因子表达,调节骨代谢,干预骨破坏,调节免疫功能,发挥治疗类风湿性关节炎的作用。
