使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖泥中的优势乳酸菌,再利用16S r DNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相...使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖泥中的优势乳酸菌,再利用16S r DNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相对含量高达92.02%。在分类操作单元(OTU)水平上,发现8个核心OTU相对含量>1.0%,其中7个隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)。4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品中共分离到12株菌株,初步鉴定其全部为副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。展开更多
目的:采用细菌培养技术与Miseq测序技术检测牙科综合治疗台水路系统(dental unit waterlines,DUWLs)中的假单胞菌属,以综合评估假单胞菌属在DUWLs中的污染情况。方法:选择南京医科大学附属口腔医院25台口腔综合治疗台作为研究对象。在...目的:采用细菌培养技术与Miseq测序技术检测牙科综合治疗台水路系统(dental unit waterlines,DUWLs)中的假单胞菌属,以综合评估假单胞菌属在DUWLs中的污染情况。方法:选择南京医科大学附属口腔医院25台口腔综合治疗台作为研究对象。在医院开诊前收集三用枪水样400 mL,平均分为2份,一份用于细菌培养。另一份用于提取细菌基因组总DNA,经细菌通用引物PCR扩增后构建宏基因组文库,用于Miseq测序和生物信息学分析。结果:25个样本在不同浓度条件下经细菌培养法均未检出假单胞菌属。16个样本成功构建宏基因组文库,经Miseq测序均检测到假单胞菌属存在,检出率为100%,假单胞菌属在16个样本中的丰度为(3.02±2.12)%。结论:DUWLs中存在低水平的假单胞菌属污染,但假单胞菌属大部分可能处于死亡或"活的非可培养"状态,不具有较大的生物危害性。与传统细菌培养法相比,Miseq测序技术在特定病原菌的检测方面表现出了较高的敏感性,但无法区分样本中细菌的活性,若要将高通量测序技术用于活性病原菌的检测还需要进一步的研究。展开更多
采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌...采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)和明串珠菌属(Leukonostoc)。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区(P<0.01),同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异(P<0.05),乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)和芽孢杆菌属(Bacillus)等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。展开更多
文摘使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖泥中的优势乳酸菌,再利用16S r DNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相对含量高达92.02%。在分类操作单元(OTU)水平上,发现8个核心OTU相对含量>1.0%,其中7个隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)。4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品中共分离到12株菌株,初步鉴定其全部为副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。
文摘目的:采用细菌培养技术与Miseq测序技术检测牙科综合治疗台水路系统(dental unit waterlines,DUWLs)中的假单胞菌属,以综合评估假单胞菌属在DUWLs中的污染情况。方法:选择南京医科大学附属口腔医院25台口腔综合治疗台作为研究对象。在医院开诊前收集三用枪水样400 mL,平均分为2份,一份用于细菌培养。另一份用于提取细菌基因组总DNA,经细菌通用引物PCR扩增后构建宏基因组文库,用于Miseq测序和生物信息学分析。结果:25个样本在不同浓度条件下经细菌培养法均未检出假单胞菌属。16个样本成功构建宏基因组文库,经Miseq测序均检测到假单胞菌属存在,检出率为100%,假单胞菌属在16个样本中的丰度为(3.02±2.12)%。结论:DUWLs中存在低水平的假单胞菌属污染,但假单胞菌属大部分可能处于死亡或"活的非可培养"状态,不具有较大的生物危害性。与传统细菌培养法相比,Miseq测序技术在特定病原菌的检测方面表现出了较高的敏感性,但无法区分样本中细菌的活性,若要将高通量测序技术用于活性病原菌的检测还需要进一步的研究。
文摘采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)和明串珠菌属(Leukonostoc)。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区(P<0.01),同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异(P<0.05),乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)和芽孢杆菌属(Bacillus)等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。
