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PRRSV HNHK3-2021毒株的ORF5和ORF7序列分析
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作者 范悦轩 马佳镁 +5 位作者 黄春媛 郑佳馨 陈素贞 张艳 刘光亮 曹宗喜 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1292-1300,共9页
【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品,分离出PRRSV HNHK3-2021毒株,并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列,采用Lasergene 7.1进行序列比对分析,用MEGA-... 【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品,分离出PRRSV HNHK3-2021毒株,并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列,采用Lasergene 7.1进行序列比对分析,用MEGA-X进行遗传演化分析。【结果】分离出的PRRSV HNHK3-2021株为美洲型毒株,PRRSV HNHK3-2021株和EF112447 HEB1、EU109503 GD、EU624117 XH-GD的ORF5和ORF7的核苷酸相似性较高,分别为99.2%~99.3%和99.5%~100%,推导氨基酸相似性为99%~99.5%和100%;PRRSV HNHK3-2021株和EU864232 SHB、AY262352_HB-2(sh)2002、AY656990 Abst-1、AY032626 CH-1a、EU807840 CH-1R的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为87.1%~96.4%和91.4%~97.3%,推导氨基酸的相似性为86.6%~93%和91.9%~97.6%;PRRSV HNHK3-2021株和JN654459 NADC30、KP860909 FJZ03、MH068878 SD17-38、AY881994 FJ-1的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为85.4%~87.1%和89%~91.4%。氨基酸的相似性为86.1%~87.1%和89.5%~91.9%。【结论】RRSV HNHK3-2021毒株和EU624117 XH-GD具有最近的遗传距离。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 遗传进化 orf5 orf7
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密码子优化和信号肽对猪圆环病毒ORF2基因在毕赤酵母表达中的影响
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作者 张春玲 王瑞阳 +5 位作者 钱忠辉 赵本进 张俊平 葛宇燕 张子悦 丁卫星 《上海农业学报》 2024年第4期81-85,共5页
为了在毕赤酵母中高效表达PCV2ORF2基因,对PCV2ORF2基因编码的187个氨基酸密码子进行毕赤酵母偏爱性优化,利用两步PCR全化学合成优化后的ORF2基因。将优化前后的PCV2ORF2基因片段插入毕赤酵母表达载体pPICZα-C,构建重组质粒pPICZα-C-O... 为了在毕赤酵母中高效表达PCV2ORF2基因,对PCV2ORF2基因编码的187个氨基酸密码子进行毕赤酵母偏爱性优化,利用两步PCR全化学合成优化后的ORF2基因。将优化前后的PCV2ORF2基因片段插入毕赤酵母表达载体pPICZα-C,构建重组质粒pPICZα-C-ORF2和p PICZα-C-ORF2op。将线性化的重组质粒电转化毕赤酵母GS115,并筛选Zeocin抗性重组子。同时,也研究了信号肽对PCV2ORF2表达效率的影响。SDS-PAGE和Western-blot分析结果表明,只有经密码子优化且去除ORF2基因自身信号肽的重组子能够分泌表达PCV2 ORF2蛋白,目的蛋白分子质量约为30 ku,表达的重组ORF2蛋白可被PCV2阳性血清识别,具有生物学活性。 展开更多
关键词 猪圆环病毒orf2基因 密码子优化 稀有密码子 自身信号肽 毕赤酵母
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羊传染性脓疮病毒ORF047酵母双杂交诱饵载体的构建及鉴定
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作者 宋世斌 陈国华 《甘肃畜牧兽医》 2024年第3期62-67,共6页
为研究羊传染性脓疮病毒(Orf virus,ORFV)ORF047编码IMV上的膜蛋白在病毒与宿主互作过程中的功能,本研究选择pBT3-N和pBT3-SET两种不同表达特性的诱饵载体,分别成功构建了pBT3-N-ORF047、pBT3-SET-ORF047和pBT3-SETORF047-183AA三个诱... 为研究羊传染性脓疮病毒(Orf virus,ORFV)ORF047编码IMV上的膜蛋白在病毒与宿主互作过程中的功能,本研究选择pBT3-N和pBT3-SET两种不同表达特性的诱饵载体,分别成功构建了pBT3-N-ORF047、pBT3-SET-ORF047和pBT3-SETORF047-183AA三个诱饵质粒,并进行自激活作用和对酵母毒性作用的检测。结果表明:用诱饵载体pBT3-N构建的诱饵质粒pBT3-N-ORF047可用于筛选羊睾丸cDNA文库,这为后续以ORF047膜蛋白和羊睾丸细胞膜文库为研究系统、筛选病毒与宿主互作蛋白的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 羊传染性脓疮病毒 orf047 酵母双杂交诱饵载体 鉴定
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基于牛结节性皮肤病病毒ORF61基因荧光定量检测方法的建立 被引量:2
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作者 马春玲 任善会 +7 位作者 杨雪 蔺玉刚 李积雲 王相伟 殷相平 孙跃峰 万学瑞 陈豪泰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1800-1809,共10页
基于国内流行的牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus, LSDV)的基因组序列,建立了靶向ORF61基因的MGB探针荧光定量PCR检测方法。本研究基于LSDV基因序列设计出带有MGB探针的特异性荧光定量PCR引物,并进行特异性和灵敏性筛选验... 基于国内流行的牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus, LSDV)的基因组序列,建立了靶向ORF61基因的MGB探针荧光定量PCR检测方法。本研究基于LSDV基因序列设计出带有MGB探针的特异性荧光定量PCR引物,并进行特异性和灵敏性筛选验证。最终,筛选得到靶向于LSDV ORF61基因的一对qPCR引物;利用pCAGGS-ORF61真核表达质粒,获得标准曲线y=-3.287 5x+47.87,线性相关系数R^(2)=0.998 6,扩增效率达101%;荧光定量PCR特异性、重复性和灵敏性试验结果表明,该引物的特异性高、重复性良好和灵敏度高等优点;该引物的最低检测限为6.71拷贝·μL^(-1),各批次内与批次间重复性结果的变异系数均小于2%。以上结果表明,作者建立特异性LSDV的荧光定量PCR检测方法,为LSD预防和控制提供有效的检测手段。 展开更多
关键词 牛结节性皮肤病病毒 orf61 MGB探针 荧光定量PCR
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高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒强弱毒ORF1a、ORF1b、ORF2-ORF7片段互换嵌合病毒的构建及其生物学特性的分析 被引量:3
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作者 姜一峰 周艳君 +5 位作者 王亚欣 朱建平 徐彦召 童武 虞凌雪 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期1-5,共5页
为研究高致病性猪繁殖和呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)强弱毒之间毒力差异的分子基础,本实验分别以HP-PRRSV强毒HuN-F5株及其传代致弱的疫苗病毒株HuN4-F112为亲本病毒,利用反向遗传操作技术分别将ORF1a、ORF1b或ORF2-7编码序列在强弱毒之... 为研究高致病性猪繁殖和呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)强弱毒之间毒力差异的分子基础,本实验分别以HP-PRRSV强毒HuN-F5株及其传代致弱的疫苗病毒株HuN4-F112为亲本病毒,利用反向遗传操作技术分别将ORF1a、ORF1b或ORF2-7编码序列在强弱毒之间互换。将6种含有不同嵌合基因的全长病毒基因组的重组质粒体外转录后转染BHK-21细胞,然后在Marc-145细胞中传代,拯救的重组病毒经RT-PCR、测序和免疫荧光鉴定,并分别命名为rHuN4-F5-ORF1a、rHuN4-F5-ORF1b、rHuN4-F5-ORF2-7(以强毒为骨架)和rHuN4-F112-ORF1a、rHuN4-F112-ORF1b、rHuN4-F112-ORF2-7(以弱毒为骨架)。进一步测定这些病毒在Marc-145上的生长曲线,结果显示:以强毒为骨架的嵌合病毒rHuN4-F5-ORF1a生长滴度显著高于亲本强毒rHuN4-F5,而以弱毒为骨架的嵌合病毒rHuN4-F112-ORF1a在细胞上的生长滴度低于其亲本弱毒rHuN4-F112,其他片段替换对病毒在细胞上的生长没有明显影响。本实验结果提示ORF1a对于PRRSV在体外细胞培养上的生长调节起重要作用。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 嵌合病毒 orf1a orf1b orf2-7
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羊口疮病毒ORF112基因缺失毒株的构建及增殖能力分析
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作者 尤婷 任善会 +12 位作者 王萌 张红强 高小龙 姚威 王卉 杨雪 马春玲 柳民意 张玉哲 王金龙 孙跃峰 陈豪泰 王桂荣 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期5200-5210,共11页
利用同源重组技术构建羊口疮病毒(orf virus,ORFV)ORF112基因缺失毒株,为后续研制出高效、安全的ORFV基因工程疫苗提供候选毒株。以ORF112基因为靶基因,通过重叠PCR的方法将左、右同源臂及绿色荧光蛋白(EGFP)基因表达框,进行融合后与pUC... 利用同源重组技术构建羊口疮病毒(orf virus,ORFV)ORF112基因缺失毒株,为后续研制出高效、安全的ORFV基因工程疫苗提供候选毒株。以ORF112基因为靶基因,通过重叠PCR的方法将左、右同源臂及绿色荧光蛋白(EGFP)基因表达框,进行融合后与pUC19T载体连接,构建出pUC19T-ORFV-ΔORF112-EGFP基因转移载体。将转移载体重组质粒转染到Vero细胞与WT-ORFV基因组进行同源重组。采取有限稀释法和挑取单细胞克隆法,筛选并纯化出纯合的ORFV-ΔORF112-EGFP毒株,并对该基因缺失毒株遗传稳定性和增殖特性等进行研究。结果显示:利用有限稀释和挑取单细胞克隆方法,进行阳性重组病毒纯化,通过PCR验证和测序,成功地获得ORFV-ΔORF112-EGFP重组毒株。该重组毒株在系列传代过程中EGFP稳定表达且无减弱现象。该重组ORFV-ΔORF112-EGFP毒株与野生毒株的复制生长特性基本一致。成功构建并筛选得到纯化的ORFV-ΔORF112-EGFP基因缺失毒株,该毒株具有良好的遗传稳定性和复制能力,为后续ORFV基因工程疫苗的研制提供了候选毒株。 展开更多
关键词 羊口疮病毒 orf112基因 同源重组 基因缺失
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山东PRRSV流行株ORF5、ORF6、ORF7基因序列的分子特征 被引量:1
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作者 李俊 徐绍建 +3 位作者 时建立 吴家强 温建新 王金宝 《家畜生态学报》 2009年第4期76-80,共5页
采用RT-PCR技术对2001-2007年分离自山东地区10株(ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD1、SD2、SD3、SD4、SD5、SD6和SD7)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)进行ORF5、ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,与已知序列的毒株的相应片段进行同源... 采用RT-PCR技术对2001-2007年分离自山东地区10株(ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD1、SD2、SD3、SD4、SD5、SD6和SD7)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)进行ORF5、ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,与已知序列的毒株的相应片段进行同源性分析比较,并对其分子特征进行分析。结果表明:该10株病毒仍属北美洲型,其中2001-2002年分离的SD1株、SD2株和2006年分离的SD6株核苷酸序列之间的ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为99.2%,99.8%,100%,均与北美洲原型代表株(VR-2332株)和疫苗毒MLVRe-spPRRS Repro USA遗传距离较近,同属一大分支;2006-2007年分离的PRRSV ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD3,SD4,SD5,SD7分离株ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为97.8%-100%,99.4%-99.8%,99.2%-99.7%,均与国内96年Ch-1a和2002年HB-1株及2006年分离鉴定的国内高致病性分离株(JXA1、Shanghai、HEB1)同属一个大的分支。首次证实目前山东省同时存在高致病性PRRSV和传统PRRSV,并且有由传统PRRSV向高致病性PRRSV演化的趋势。 展开更多
关键词 PRRSV 高致病性PRRSV orf5 orf6 orf7 克隆 分子特征
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C8orf4基因编码蛋白对猪流行性腹泻病毒体外复制的抑制效应
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作者 徐红 商红旗 +10 位作者 张雪 钱嘉莉 王传红 宋旭 宝梅英 刘诗雨 张格格 郭容利 赵永祥 范宝超 李彬 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2100-2108,共9页
C8orf4,也称为甲状腺癌1(thyroid carcinoma 1,TC1),最初是从甲状腺癌及其周围正常甲状腺组织克隆而来,在脊椎动物中普遍表达,具有跨物种的序列保守性。研究表明,C8orf4在肿瘤中高表达,参与各种癌细胞间信息通讯,是一种与癌症和炎症有... C8orf4,也称为甲状腺癌1(thyroid carcinoma 1,TC1),最初是从甲状腺癌及其周围正常甲状腺组织克隆而来,在脊椎动物中普遍表达,具有跨物种的序列保守性。研究表明,C8orf4在肿瘤中高表达,参与各种癌细胞间信息通讯,是一种与癌症和炎症有关的新型调节因子,并通过调节NF-κB的转录增强炎症反应,但对病毒的影响知之甚少。为研究C8orf4编码蛋白对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)复制的影响,将PEDV接种于Vero细胞,通过qRT-PCR和Western blot检测不同时间点PEDV对C8orf4表达的影响;设计并合成表达C8orf4基因的真核表达载体pcDNA3.1-C8orf44-His和特异性siRNA,通过过表达和抑制C8orf4表达,利用qRT-PCR和Western blot检测C8orf4对PEDV复制的影响;进一步,通过过表达C8orf4编码蛋白,明确C8orf4编码蛋白对PEDV复制周期各阶段的增殖变化。随着PEDV感染时间的增长,细胞中C8orf4表达呈上升趋势;过表达C8orf4显著抑制PEDV复制,而干扰C8orf4表达促进PEDV复制,并且C8orf4编码蛋白主要作用于PEDV复制周期的生物合成阶段。本研究表明C8orf4编码蛋白具有抑制PEDV复制的作用,为C8orf4的功能研究提供参考,为抗PEDV复制机制研究提供基础。 展开更多
关键词 C8orf4 猪流行性腹泻病毒 抗病毒 复制
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牛结节性皮肤病病毒ORF123基因缺失重组病毒的构建及增殖能力分析
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作者 王芳萍 任善会 +7 位作者 郜晓虹 杨雪 李积雲 王相伟 殷相平 孙跃峰 陈豪泰 万学瑞 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4530-4541,共12页
旨在通过缺失牛结节性皮肤病病毒(LSDV)ORF123基因,分析其增殖能力,为LSDV ORF123功能研究奠定基础。本研究利用同源重组,以ORF123基因作为靶标,增强型绿色荧光蛋白(EGFP)为筛选标记,采用融合PCR方法,扩增同源左右臂序列以及EGFP基因表... 旨在通过缺失牛结节性皮肤病病毒(LSDV)ORF123基因,分析其增殖能力,为LSDV ORF123功能研究奠定基础。本研究利用同源重组,以ORF123基因作为靶标,增强型绿色荧光蛋白(EGFP)为筛选标记,采用融合PCR方法,扩增同源左右臂序列以及EGFP基因表达框,克隆至pUC-19T载体,构建基因缺失转移载体pH5-LSDVΔORF123-EGFP质粒。然后将pH5-LSDVΔORF123-EGFP质粒转染至Vero细胞,并感染LSDV/CHA/FJ/2021毒株,利用蚀斑、梯度稀释和挑取绿色荧光单克隆细胞筛选纯化重组毒株,并鉴定其遗传稳定性和增殖能力。结果显示,利用EGFP筛选标记,通过多次挑斑筛选纯化获得ORF123基因缺失的重组病毒株LSDVΔORF123-EGFP。该重组病毒至少在8代细胞传代中能稳定表达绿色荧光蛋白,接种MDBK细胞后绘制一步增殖曲线表明该重组病毒滴度略低于亲本毒株。本研究成功获得ORF123基因缺失的重组病毒株LSDVΔORF123-EGFP,为LSDV ORF123蛋白生物学功能研究以及减毒活疫苗的研制奠定基础。 展开更多
关键词 牛结节性皮肤病病毒 orf123基因 增殖能力 同源重组 重组病毒
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山羊痘病毒锚蛋白ORF140对NF-κB信号通路的调控作用
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作者 冯秋媛 余翰维 +8 位作者 杨云凤 张慧 韩武玮怡 孙心童 邵晓龙 刘俊林 陈国华 景志忠 陈轶霞 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期5191-5199,共9页
NF-κB通路是病毒调控宿主免疫功能的一个重要靶点,在病毒感染致病的过程中发挥重要作用。研究证明,一些痘病毒编码的锚蛋白可通过多种方式调控NF-κB通路,但山羊痘病毒编码的锚蛋白对NF-κB通路有怎样的调控作用尚未有研究报道。为了... NF-κB通路是病毒调控宿主免疫功能的一个重要靶点,在病毒感染致病的过程中发挥重要作用。研究证明,一些痘病毒编码的锚蛋白可通过多种方式调控NF-κB通路,但山羊痘病毒编码的锚蛋白对NF-κB通路有怎样的调控作用尚未有研究报道。为了探究山羊痘病毒编码的锚蛋白ORF140对NF-κB通路的调控作用,作者通过双荧光素酶报告系统检测山羊痘病毒锚蛋白ORF140对NF-κB通路的影响;采用间接免疫荧光检测ORF140在HEK293T细胞中的定位;应用Western blot技术分别检测在NF-κB通路被激活的不同时间点ORF140对NF-κB通路相关因子的影响。结果显示:ORF140能够抑制NF-κB通路;ORF140定位于细胞质中,且在NF-κB通路被激活的情况下也未发生核移位;ORF140能够抑制NF-κB-p65的核移位与p-IκBα的降解。山羊痘病毒锚蛋白ORF140定位在细胞质中,通过抑制NF-κB-p65的核移位与p-IκBα的降解来下调NF-κB通路的活性。 展开更多
关键词 山羊痘病毒 锚蛋白 NF-ΚB orf140
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新型鹅星状病毒ORF2蛋白在杆状病毒表达系统中的表达及间接ELISA检测方法的建立
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作者 张辛耘 陈连颐 +5 位作者 任丹 谢泉 万志敏 李拓凡 叶建强 高巍 《微生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期37-44,共8页
为建立检测新型鹅星状病毒(Goose Astrovirus,GAstV)抗体快捷特异方法,本研究利用昆虫杆状病毒表达系统成功表达了GAstV重组ORF2蛋白,并以纯化的ORF2蛋白作为包被抗原,通过反应条件的摸索,建立了一种检测GAstV抗体的间接ELISA方法。经... 为建立检测新型鹅星状病毒(Goose Astrovirus,GAstV)抗体快捷特异方法,本研究利用昆虫杆状病毒表达系统成功表达了GAstV重组ORF2蛋白,并以纯化的ORF2蛋白作为包被抗原,通过反应条件的摸索,建立了一种检测GAstV抗体的间接ELISA方法。经特异性和重复性试验证明,建立的间接ELISA仅与GAstV阳性血清反应,而与其他鹅易感病毒的阳性血清无交叉反应,且批间和批内重复性变异系数均低于10%;在灵敏度分析中,ELISA检测的灵敏度可达IFA的4倍;临床样品检测结果显示,该ELISA方法与IFA检测的符合率达89.8%。上述结果表明,本研究在杆状病毒中成功表达了GAstV的ORF2蛋白,且建立了具有良好的特异性、敏感性和重复性的间接ELISA方法,为GAstV的临床感染检测和血清学流行病学调查提供了一种准确、快速和经济的检测方法,为开发临床适用的检测试剂盒提供了参考。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 重组杆状病毒 orf2蛋白 间接ELISA 抗体检测
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基于ORF7基因的猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-RAA检测方法的建立
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作者 于娜 马佳镁 +6 位作者 张紫薇 黄春媛 范悦轩 郑佳馨 张艳 刘光亮 曹宗喜 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期117-119,共3页
根据GenBank公布的ORF7基因保守序列设计了特异性引物,建立了PRRSVORF7基因反转录-重组酶介导等温扩增(RT-RAA)荧光法快速检测方法。结果表明,RT-RAA荧光法在42℃、20min内即可检测到PRRSV特异性扩增曲线,最低检测浓度为9.9×10^(6)... 根据GenBank公布的ORF7基因保守序列设计了特异性引物,建立了PRRSVORF7基因反转录-重组酶介导等温扩增(RT-RAA)荧光法快速检测方法。结果表明,RT-RAA荧光法在42℃、20min内即可检测到PRRSV特异性扩增曲线,最低检测浓度为9.9×10^(6)copies/μL;与PRVBartha-K61、PCV、CSFV、PRRSVGD、PRRSVXH-GD、PRRSVGM2、PRRSVCH-1a病毒均无交叉反应。分别对157份样品进行荧光RT-RAA法与PCR方法的检测进行比对,结果显示,荧光RT-RAA法敏感性为94.0%,特异性为100%。建立的PRRSV荧光RT-RAA法操作简便,特异性强,灵敏度高。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 orf7基因 反转录-重组酶介导等温扩增 特异性 灵敏度
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Knockout of C6orf120 in Rats Alleviates Concanavalin A-induced Autoimmune Hepatitis by Regulating Macrophage Polarization 被引量:1
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作者 Xin Wang Yuqi Wang +4 位作者 Hui Liu Yingying Lin Peng Wang Yunyun Yi Xin Li 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2024年第6期594-606,共13页
Objective The effect of the functionally unknown gene C6orf120 on autoimmune hepatitis was investigated on C6orf120 knockout rats(C6orf120^(-/-))and THP-1 cells.Method Six–eight-week-old C6orf120^(-/-)and wild-type(W... Objective The effect of the functionally unknown gene C6orf120 on autoimmune hepatitis was investigated on C6orf120 knockout rats(C6orf120^(-/-))and THP-1 cells.Method Six–eight-week-old C6orf120^(-/-)and wild-type(WT)SD rats were injected with Con A(16 mg/kg),and euthanized after 24 h.The sera,livers,and spleens were collected.THP-1 cells and the recombinant protein(rC6ORF120)were used to explore the mechanism in vitro.The frequency of M1 and M2 macrophages was analyzed using flow cytometry.Western blotting and PCR were used to detect macrophage polarization-associated factors.Results C6orf120 knockout attenuated Con A-induced autoimmune hepatitis.Flow cytometry indicated that the proportion of CD68^(+)CD86^(+)M1 macrophages from the liver and spleen in the C6orf120^(-/-)rats decreased.C6orf120 knockout induced downregulation of CD86 protein and the mRNA levels of related inflammatory factors TNF-α,IL-1β,and IL-6 in the liver.C6orf120 knockout did not affect the polarization of THP-1 cells.However,rC6ORF120 promoted the THP-1 cells toward CD68^(+)CD80^(+)M1 macrophages and inhibited the CD68^(+)CD206^(+)M2 phenotype.Conclusion C6orf120 knockout alleviates Con A-induced autoimmune hepatitis by inhibiting macrophage polarization toward M1 macrophages and reducing the expression of related inflammatory factors in C6orf120^(-/-)rats. 展开更多
关键词 C6orf120 Autoimmune hepatitis Macrophage polarization M1 macrophages
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2023年黑龙江地区某鹅场鹅星状病毒分离鉴定及ORF2基因序列分析
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作者 徐烨 朱庆贺 +1 位作者 高旭 孙东波 《黑龙江八一农垦大学学报》 2024年第2期50-56,106,共8页
为调查2023年黑龙江地区某鹅场中鹅星状病毒(goose astrovirus,GoAstV)的感染及遗传进化情况,采集发病鹅的内脏组织样品进行RT-PCR检测,检测阳性样本通过鹅胚接种进行病毒分离,并利用RT-PCR以及电镜进行鉴定,利用二代测序技术进行分离... 为调查2023年黑龙江地区某鹅场中鹅星状病毒(goose astrovirus,GoAstV)的感染及遗传进化情况,采集发病鹅的内脏组织样品进行RT-PCR检测,检测阳性样本通过鹅胚接种进行病毒分离,并利用RT-PCR以及电镜进行鉴定,利用二代测序技术进行分离毒株的全基因组测序,运用MEGA6软件对ORF2基因进行遗传进化分析。结果显示,在15份样品中,GoAstV的阳性率为6.67%(1/15)。阳性样本处理后接种鹅胚进行病毒分离,盲传至第5代时,尿囊膜增厚,出现尿酸盐沉积,鹅胚在120 h内死亡率达到83.33%(20/24),死亡鹅胚尿囊液进行GoAstV RT-PCR检测,结果为阳性。电镜观察结果显示,可观察到30 nm左右的病毒粒子。提取第5代病毒尿囊液RNA进行全基因组测序,并对该毒株ORF2基因进行同源性分析和系统发育进化树分析,结果显示,鉴定的毒株与其他GoAstV的ORF2基因核苷酸同源性为54.7%到96.6%,与GoAstV LYG2株的核苷酸同源性最高,为96.6%,而其与GoAstV FLX株差异较大,为54.7%。系统发育进化树结果显示,试验鉴定的毒株属于GoAstV G2型,与火鸡星状病毒遗传关系较近。研究对黑龙江地区某鹅场GoAstV进行分离鉴定并对ORF2基因进行序列分析,为黑龙江省GoAstV遗传进化及其分子流行病学调查研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 GoAstV RT-PCR orf2基因 分离鉴定 序列分析
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SARS-CoV-2 ORF7a通过靶向IKKβ激活NF-κB信号通路促进细胞炎症因子释放
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作者 牟露敏 龙启舟 +3 位作者 邓东青 程金芝 聂映 吴家红 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期714-719,共6页
目的:探究SARS-CoV-2辅助蛋白ORF7a介导NF-κB激活,进而诱导炎症因子产生的分子机制。方法:双荧光素酶报告基因试验检测ORF7a对NF-κB激活的影响,qRT-PCR检测ORF7a对细胞中炎症因子表达的影响,Western blot、核质分离及免疫荧光技术检测... 目的:探究SARS-CoV-2辅助蛋白ORF7a介导NF-κB激活,进而诱导炎症因子产生的分子机制。方法:双荧光素酶报告基因试验检测ORF7a对NF-κB激活的影响,qRT-PCR检测ORF7a对细胞中炎症因子表达的影响,Western blot、核质分离及免疫荧光技术检测ORF7a蛋白对p65磷酸化及入核的影响,免疫共沉淀及免疫荧光技术检测ORF7a的作用靶标蛋白。结果:报告基因试验表明ORF7a显著激活NF-κB启动子活性,并呈剂量依赖性(P<0.001),而对AP-1报告基因的激活无明显影响。ORF7a显著上调细胞因子TNF-α、IL-β及IL-8 mRNA表达(P<0.05)。Western blot结果显示ORF7a显著增强p65蛋白磷酸化(P<0.05)及p65的入核(P<0.01)。免疫共沉淀实验发现ORF7a与NF-κB信号通路分子IKKβ蛋白存在相互作用,免疫荧光实验也证实ORF7a与IKKβ具有共定位。结论:SARS-CoV-2 ORF7a通过靶向IKKβ激活NF-κB信号通路,进而促进细胞中炎症因子的释放。 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 orf7a NF-ΚB信号通路 炎症因子
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猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 安乐乐 罗迅 +2 位作者 杨宣叶 胡欣妍 赵永清 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期1681-1688,共8页
为建立一种快速、高效检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的实时荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank公布的中国流行PRRSV病毒株基因序列,制备包含PRRSV ORF7基因的重组质粒标准品,同时,针对PRRSV保守区域ORF7基因序列设计特异性引物和探... 为建立一种快速、高效检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的实时荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank公布的中国流行PRRSV病毒株基因序列,制备包含PRRSV ORF7基因的重组质粒标准品,同时,针对PRRSV保守区域ORF7基因序列设计特异性引物和探针,并优化引物和探针终浓度,建立PRRSV Taq Man实时荧光定量PCR检测方法。以质粒标准品为模板构建检测方法线性模型,评估灵敏度、重复性和特异性,并在疑似临床样品中初步应用。本研究建立的PRRSV Taq Man荧光定量PCR检测方法线性关系良好,线性决定系数为0.9975;病毒载量检测限度为1μL 3.32×10^(1)拷贝;变异系数在组内和组间重复中均小于1.500%;仅与PRRSV发生特异性反应,未与其他病毒发生交叉反应。临床样品qPCR检测阳性率为36.92%,高于PCR检测阳性率(26.15%),阳性符合率为100%。基于PRRSV ORF7基因构建的Taq Man荧光定量PCR检测方法线性关系良好、灵敏度高、重复性好、特异性强,可快速、高效检测临床样品PRRSV,为PRRSV早期诊断、及时防控和流行病学调查提供了科学的技术支撑。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 orf7基因 Taq Man实时荧光定量PCR 早期诊断
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2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查
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作者 吕紫欣 张鑫杰 +7 位作者 薛少华 金艳冬 陈林熙 黄喜荣 罗国清 蒙宁 陈瑶 戴爱玲 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期235-242,共8页
【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5... 【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株、NADC34-like株)上,12株分布在谱系3(GM2-like株、QYYZ-like株)上,7株分布在谱系5(VR2332-like株、BJ-4-like株)上,21株分布在谱系8(JXA1-like株、CH-1a-like株)上。对核苷酸和氨基酸序列的同源性进行分析,结果显示,80株PRRSV ORF5基因编码的核苷酸序列同源性为81.2%~100%,氨基酸序列同源性为78.6%~100%。33株PRRSV ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸序列在中和表位区第39氨基酸残基处存在变异。【结论】2020—2022年闽粤赣地区PRRSV流行株以谱系1为主(50.00%),并存在谱系1、3、5、8的混合流行。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) orf5基因 遗传变异
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C5orf34基因过表达慢病毒载体的构建及鉴定
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作者 阳梦 郭菲菲 +3 位作者 赵静 李芳 吕爱霞 何丹 《新疆医学》 2024年第6期655-659,共5页
目的构建C5orf34基因的过表达慢病毒载体。方法通过聚合酶链反应(PCR)选择性扩增C5orf34基因目的片段,将目的片段连接至载体,利用基因重组技术构建带有C5orf34基因目的片段的重组载体,将重组载体转化到感受态细胞扩增并对阳性克隆的C5or... 目的构建C5orf34基因的过表达慢病毒载体。方法通过聚合酶链反应(PCR)选择性扩增C5orf34基因目的片段,将目的片段连接至载体,利用基因重组技术构建带有C5orf34基因目的片段的重组载体,将重组载体转化到感受态细胞扩增并对阳性克隆的C5orf34过表达慢病毒载体进行测序,将正确重组的过表达慢病毒载体包装并转染色至293T细胞进行后续的慢病毒转染和滴度测定,采用实时定量PCR法检测C5orf34基因的过表达水平。结果经过测序比对显示,慢病毒载体与设计参考序列一致。重组慢病毒经包装并转染293T细胞后可观察到荧光,显示C5orf34过表达慢病毒载体滴度为1.0×10^(8)TU/mL。实时定量PCR的结果显示,在稳定转染C5orf34基因的细胞中C5orf34基因表达水平明显增高。结论成功构建C5orf34基因过表达慢病毒载体,为进一步研究C5orf34基因在肺癌发生发展过程中的机制奠定了生物学基础。 展开更多
关键词 C5orf34 慢病毒表达载体 非小细胞肺癌
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原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析
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作者 沈世镒 高建召 +1 位作者 胡刚 王奎 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期33-39,共7页
基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全... 基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题. 展开更多
关键词 基因组的p_0-Morf序列 Morf生成算法 CDS与orf序列集合的相互关系
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马疱疹病毒1型ORF2蛋白的原核表达及多克隆抗体的制备
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作者 杨贤斌 吴桂灵 +5 位作者 撒瑞雪 杨凯舒 张嗣玉 齐晋卫 李银涛 刘建华 《现代畜牧兽医》 2024年第6期1-5,共5页
研究旨在克隆马疱疹病毒1型(EHV-1)ORF2基因,通过大肠杆菌原核表达系统获得ORF2蛋白,制备多克隆抗体。根据EHV-1 YM2019株全基因组序列(GenBank:MT063054)设计1对引物,将ORF2基因克隆至pET-28a-ORF2原核表达载体中,通过Transetta(DE3)... 研究旨在克隆马疱疹病毒1型(EHV-1)ORF2基因,通过大肠杆菌原核表达系统获得ORF2蛋白,制备多克隆抗体。根据EHV-1 YM2019株全基因组序列(GenBank:MT063054)设计1对引物,将ORF2基因克隆至pET-28a-ORF2原核表达载体中,通过Transetta(DE3)感受态细胞,异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达ORF2蛋白,使用Ni-NTA琼脂糖纯化树脂纯化,免疫BALB/c小鼠,检测多克隆抗体的效价和特异性。结果显示:ORF2基因成功克隆至原核表达载体pET-28a中,并通过大肠杆菌表达系统得到ORF2蛋白,大小约为38 ku,以包涵体的形式存在。通过Ni-NTA纯化树脂获得纯度较高的重组蛋白,能够与EHV-1阳性血清特异性结合;间接ELISA方法检测多克隆抗体的效价为1∶64000,RK-13表达的ORF2蛋白可被多克隆抗体能特异性识别。研究表明,大肠杆菌表达的ORF2重组蛋白具有良好反应原性,ORF2蛋白制备的多克隆抗体效价高、特异性强,可为ORF2蛋白的生物学功能和基因缺失疫苗的研究奠定基础。 展开更多
关键词 马疱疹病毒1型 orf2蛋白 原核表达 多克隆抗体制备
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