中华大蟾蜍Sox基因的PCR—SSCP分析

Sox基因家族是一个参与发育的基因家族，该家族的基因都含有一个高泳动的HMG-box，在不同物种中高度保守。笔者参照人SRY基因HMG—box保守区序列设计引物．PCR扩增中华大蟾蜍的HMG-box保守区核酸序列，并利用PCR-SSCP技术对其进行保守性分析。在雌雄中华大蟾蜍中均扩增出220bp大小的片段，通过PCR—SSCP分析发现，在不同个体中该Sox基因高度保守，无多态，暗示该基因在中华大蟾蜍中的重要作用。

下咽癌中P53基因点突变的PCR—SSCP检测

为探讨下咽癌中P^(53)基因突变的规律与特征,采用PCR—SSCP方法检测40例下咽癌新鲜手术标本组织,分析P^(53)基因突变与下咽癌有关病理指标的关系。40例下咽癌有28例(70％)出现P^53基因第5～8外显子突变。P^(53)基因突变与下咽癌TNM分期、病理分级及淋巴结转移密切相关(P<0.05)。结果显示P^(53)基因突变与下咽癌的生物学行为有关且具有预后价值。

浓香型大曲真核微生物群落的PCR-SSCP解析

通过PCR-SSCP分析了浓香型大曲发酵过程中7个曲样中真核微生物群落的变化情况,结果表明:在大曲发酵过程中,微生物群落结构复杂,变化多样,不同微生物群落具有协同和制约的复杂生态学效应,并与外界因素相互作用,共同对大曲发酵过程产生影响。大曲发酵过程中温度的升高,对真核微生物多样性的影响较大。

五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DRB基因外显子2PCR-RFLP及PCR-SSCP多态性分析

采用PCR RFLP法和PCR SSCP法对 1 7头五指山猪、2 8头二花脸猪以及 2 8头皮特兰猪SLA DRB外显子 2进行分型。采用PCR RFLP技术分型 ,结果显示 :限制酶MspⅠ酶切可分出 1种RFLP带 ,即M :1 4 3bp/ 1 0 2bp ;限制酶RsaⅠ酶切可分出 4种RFLP带 ,分别为A :1 4 1bp/ 93bp/ 1 1bp ,B :1 1 1bp/ 6 9bp/ 5 4bp/ 1 1bp ,C :1 80bp/ 5 4bp/ 1 1bp以及D :93bp/ 4 8bp/ 39bp/ 5 4bp/ 1 1bp。检测发现 ,五指山猪有 2种RFLP带型 :AA和BB ,二花脸猪有 3种RFLP带型 :AA、BB和AB ,皮特兰猪有 3种RFLP带型 :AA、CC和BD。比较五指山猪、二花脸猪与皮特兰猪 ,发现 3个品种都是以A带为主 ,分别占到 0 6 9、0 73和 0 82 ,品种之间差别不显著。采用PCR SSCP技术共分出 7种标记带型 ,分别为αα、αδ、ββ、γγ、αγ、δδ、βε ,其中五指山猪有 3种带型 ,分别为αα、αδ和 ββ ,二花脸猪有 3种带型 ,分别为αα、γγ和αγ ,而皮特兰则出现 5种带型 ,分别为αα、δδ、αδ、βε和 ββ。在 3个品种猪中均存在α带 ,且其频率在各自品种中均最高 ,在五指山猪和皮特兰猪中δ带出现的频率次之 ,相应的在这两个猪种中杂合型αδ带型出现的频率则最高。Hardy Weinberg平衡分析表明 ,二花脸猪SLA DRB基因外显子

绵羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术,用两对引物分析了GnRHR基因外显子2和外显子1部分序列在小尾寒羊、多赛特羊2个绵羊品种中的多态性。结果表明,对于引物1扩增片段,2个绵羊品种均只检测到AA基因型。对于引物2扩增片段,2个绵羊品种均检测到AA、AB基因型;小尾寒羊AA、AB基因型频率分别为0.83和0.17,多赛特羊AA、AB基因型频率分别为0.60和0.40。引物2的多态片段测序分析表明,位于GnRHR基因cDNA第230处发生了碱基的改变(G→C),该突变导致了氨基酸的改变(甘氨酸→半胱氨酸)。

鸡AMPD1基因PCR-SSCP分析与相关性状的研究

5′-磷酸腺苷脱氨酶1(AMPD1)是嘌呤代谢中的一种重要酶类,它的功能是催化AMP(一磷酸腺苷)脱氨,生成肌苷酸(IMP),从而影响肉质风味。试验采用单链构象多态性(PCR-SSCP)技术,以隐性白羽肉鸡、白来航蛋鸡和两个地方品种(北京油鸡、三黄胡须鸡)纯系鸡为试验材料,对AMPD1基因进行SNPs检测和基因类型判别。卡方检验结果表明: 除三黄胡须鸡和隐性白羽肉鸡、北京油鸡和白来航鸡间差异不显著(P>0.05)外,其他各品种间差异极显著(P<0.01)。AMPD1基因多态性与北京油鸡生产和屠体性状(活重、胸肌率、肌苷酸含量等)相关分析结果表明:肌苷酸含量在三种基因型间差异显著(P<0.05)。初步推断AMPD1可能为影响鸡肉中肌苷酸生成的主效基因或与主效基因相连锁。

奶牛乳铁蛋白基因5′侧翼区PCR-SSCP多态性分析

采用PCR SSCP技术 ,对奶牛乳铁蛋白基因 5′侧翼区 112 2bp序列进行多态性分析。在该区所划分的 5个亚片段上 ,发现Blf5′ 1(2 2 7bp) ,Blf 5′ 3(175bp)和Blf5′ 5 (2 93bp) 3个DNA片段存在多态。进一步对这 3个片段进行测序分析 ,在Blf 5′ 1序列中 ,发现位于转录起始位点上游 - 92 6和 - 915位分别有G→A及T→G点突变 ;在Blf5′ 3片段中 ,- 4 78位存在G的插入 ;Blf 5′ 5位点上 ,发生 - 2 8位的C颠换为A和 +33位的G颠换为C两处突变。利用TFSEARCH (ver.1 3)软件对乳铁蛋白基因 5′侧翼区潜在调控元件及蛋白质结合位点进行了预测 ,结果显示

新疆细毛羊和陕北细毛羊羊毛细度候选基因的PCR-SSCP分析

选取60只新疆细毛羊和48只陕北细毛羊,利用PCR-SSCP分子标记对其羊毛细度候选基因的5个位点(S1,S2,S3,S4,S5)进行了多态性分析。结果表明,2个绵羊品种在5个位点上A等位基因的频率均高于B等位基因。在S1,S5位点上,新疆细毛羊和陕北细毛羊均检测到AA,AB,BB 3种基因型;在S2位点上,新疆细毛羊检测到AA,BB,CC,DD 4种基因型,陕北细毛羊检测到AA,AB,BB 3种基因型;在S3位点上,新疆细毛羊检测到AA,AB 2种基因型,陕北细毛羊检测到AA,AB,BB 3种基因型;在S4位点上,新疆细毛羊和陕北细毛羊均检测到AA,BB 2种基因型。新疆细毛羊和陕北细毛羊的平均杂合度分别为0.445 0和0.399 7。新疆细毛羊P IC平均值为0.366 6,S1,S3,S4和S5位点均处于中度多态,而S2(P IC=0.555 1)处于高度多态;陕北细毛羊P IC平均值为0.318 9,5个位点均处于中度多态。以上结果表明,S1,S2,S3,S4和S55个位点可以作为有效的遗传标记用于优质细毛羊的遗传多样性分析,2个绵羊品种群体内的遗传变异程度高,遗传多样性丰富,选择潜力大。

DNA序列分析与PCR-SSCP分析结核分支杆菌利福平敏感性的比较

目的 了解DNA序列分析与PCR -SSCP法分析利福平敏感性的价值。方法 应用DNA序列分析与PCR -SSCP法检测利福平敏感的结核分支杆菌临床分离株 2 5株、耐药株 4 1株的利福平耐药相关基因rpoB基因核心区域的突变情况。 结果 2 5株利福平敏感株DNA序列分析未检测到rpoB基因突变 ,4 1株耐利福平株中 38株发生突变 ,突变率为 92 .7% (38/ 4 1) ;2 5株利福平敏感的结核分支杆菌菌株PCR -SSCP带型与对照H37Rv株相同 ,4 1株耐利福平结核分支杆菌菌株中38株SSCP带型不同于对照株 ,提示有突变存在。与DNA序列分析相比 ,PCR -SSCP检测准确率为 93.9% (6 2 / 6 6 ) ,敏感度为 92 .1% (35 / 38) ;特异度是 96 .4 % (2 7/ 2 8)。结论 DNA序列分析对判断结核分支杆菌耐利福平非常有价值 ;PCR -SSCP可用于利福平耐药结核分支杆菌的初步筛选。

柑桔黄龙病亚洲种病原(Candidatus Liberobacter asiaticus)16S rDNA的PCR-SSCP分析

应用PCR-SSCP技术对我国柑桔主要产区、泰国和法国留尼湾等地收集到的柑桔黄龙病亚洲种病原(Candidatus Liberobacter asiaticus)16S rDNA进行了分析。PCR结果表明,不同的地区的柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA在长度上没有明显区别。进一步的SSCP结果显示,不同地区柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA序列在组成上也没有差异。显示来自不同地区、不同寄主品种的柑桔黄龙病亚洲种种内没有存在明显差异。

PCR-SSCP法快速检测鉴定临床病原菌的探讨

目的 :探讨利用 PCR- SSCP快速检测和鉴别临床病原菌的方法。方法 :采用细菌保守的 1 6 s r RNA基因为模板 ,以 PCR-SSCP方法检测病原菌 ,并以普通 PCR法和 PCR- RFL P法作比较。结果 :普通 PCR法很难从电泳图谱中鉴别细菌 ;PCR-RFCP法电泳图谱虽呈多态性 ,但仍有部分细菌图谱相同和相似 ,不易区分 ;经 PCR- SSCP电泳出来的细菌图谱差异明显 ,可以互相区分。结论 :PCR- SSCP技术能快速简便地检测。

柑桔黄龙病亚洲种病原的PCR-SSCP分析

应用PCR-SSCP技术对采自我国柑桔主产区、泰国和法国留尼湾等8个不同地方的柑桔黄龙病亚洲种的病原(Candidatus Liberibacter astiaticus)进行研究。对引物P1、P2扩增的PCR产物进行SSCP分析,得到两条清晰且泳动速率一致的条带,表明不同地方柑桔黄龙病亚洲种病原扩增的DNA片段之间没有差异。

新扬州鸡IGF-Ⅰ基因多态性的PCR-SSCP检测及其与生长发育性状的相关性

以新扬州鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因作为控制其生长、发育性状的候选基因,通过对IGF-Ⅰ基因主要部分序列进行PCR-SSCP检测,发现了2个多态位点.测序结果表明,IGF-Ⅰ基因存在2个突变位点:插入(G)和(G→C).分析多态位点与0-12周龄鸡生长发育性状的关联性,结果表明:插入(G)突变基因型中,2周龄鸡体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型差异均不显著,而(G→C)突变各基因型间没有显著差异;插入(G)突变位点对0-12周龄鸡的龙骨长、胫骨长均没有显著影响,而(G→C)突变位点仅在鸡6周龄时表现出与龙骨长、胫骨长间的差异显著性.

内蒙古地区3个马品种ELA-DRA＊exon2的PCR-SSCP分析

为了检测内蒙古地区3个马品种ELA_DRA*exon2的多态性,通过PCR_SSCP技术内蒙古地区3个马品种(三河马、锡尼河马和巴尔虎马)各50匹的ELA_DRA*exon2进行检测,用12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将已变性的PCR扩增产物分离,并用银染法显色。结果表明,150匹马中共出现6种基因型:3种纯合子分别记为AA,BB和CC型,均为3条带;3种杂合子分别记为AB,BC和AC型,均为4条带。其中A等位基因频率最高,B次之,而C只在三河马中出现。因此说三河马ELA_DRA*exon2的多态性比锡尼河马和巴尔虎马丰富。

浓香型大曲微生物群落结构的PCR-SSCP分析条件优化

文章研究了浓香型大曲微生物群落结构的PCR-SSCP分析条件的优化,结果表明:PCR产物100℃变性5 min后,在交联度为49:1,浓度为8%的聚丙烯酰胺凝胶中,无甘油,4℃条件下200 V电泳15 h,可得到较理想的图谱。

猪MyoG基因3′端PCR-SSCP遗传多态性及其遗传效应(英文)

采用PCR-SSCP方法对长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西黑猪和马身猪共636头猪的肌细胞生成素(Myogenin,简称MyoG)基因3′端的遗传多态性进行检测,分析MyoG基因对猪的初生体质量、断奶体质量、6月龄体质量和背膘厚的影响。根据已发表的猪MyoG基因3′端侧翼序列设计3对引物,发现F1/R1引物对扩增的片段有多态性。统计结果发现:长白、大白、杜洛克猪种B基因为优势基因,其基因频率分别为0.8807、0.7256和0.8581;山西黑猪种A基因为优势基因,其基因频率为0.9359;马身猪种只检测到A基因。χ2独立性检验表明,基因型分布在外来猪种(长白猪、大白猪、杜洛克猪)与地方猪种(山西黑猪、马身猪)间存在极显著差异(P<0.01)。固定效应模型分析结果表明,初生体质量基因型间差异显著(P<0.05),而断奶体质量、6月龄体质量和背膘厚基因型间差异不显著(P>0.05)。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生质量,同AA和AB型比较差异极显著(P<0.01)。因此,推测MyoG基因对个体的初生体质量存在一定的影响,选择带有B等位基因的个体有望提高个体的初生体质量。

PCR-SSCP研究中国日本血吸虫线粒体DNA的遗传变异

目的 研究中国日本血吸虫线粒体DNA的遗传变异。方法 试剂盒抽提我国11个地域株日本血吸虫基因组总DNA,以特异性引物对其线粒体NADH(还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸)脱氢酶1(ND1)和细胞色素C氧化酶1(CO1)片段进行PCR扩增,PCR产物纯化后作SSCP分析。结果 SSCP结果共出现15种条带类型,其中NDl片段中出现7种条带类型,分别是湖北省5地2种;中国台湾、湖南、安徽与江西各为1种;四川、云南同为1种。CO1片段中出现8种条带类型,其中湖北境内5个地域株中有2种;中国台湾株、湖南、安徽与江西各为1种,四川、云南株各为1种。结论 我国各地域株日本血吸虫存在不同程度的遗传变异。

广西巴马小型猪GHR基因克隆及部分序列的PCR-SSCP分析

为了探讨广西巴马小型猪矮小的分子机理,以广西巴马小型猪肝脏RNA为模板,扩增巴马小型猪生长激素受体(GHR)基因的全序列,将该扩增片段连接到pMD18-T载体后经过转化测序。采用PCR-SSCP方法,对4个品种120头猪的第10外显子的部分序列进行多态性分析。结果表明,克隆的广西巴马小型猪GHR基因全长为1917bp(GenBank登录号为EF041823),与GenBank(X54429)的序列同源性为99%,且第10外显子部分序列SSCP检测没有多态性。经序列比对后,发现广西巴马小型猪生长激素受体胞内域编码区发生7处突变,导致相应氨基酸发生置换,这有可能影响生长激素的胞内运输和生长激素受体的下游信号转导,但经SSCP检测发生突变的位点并没有引起单核苷酸构象的改变。该结论为进一步研究广西巴马小型猪的矮小机理与GHR基因的关系奠定了基础。

猪PRLR基因PCR-SSCP多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR—SSCP技术分析了杜洛克猪、长白猪、大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种472个个体催乳素受体基因（PRLR）的多态性，检测到A、B、C3个等位基因和AA、AB、AC、BB、CC5种基因型。在马身猪中，B等位基因为优势基因，频率为0．55；其他品种中，优势基因为A等位基因，频率分布在0．79～0．89之间；C等位基因除在大白猪频率略高外（0．20），在其他品种中频率都很低，在0～0．09之间。对AA、BB、CC三种纯合子进行克隆测序和同源序列比较，发现在扩增片段内有6处SNP，都发生在PRLR基因的第8内含子，分别是内含子8第26位、54位和99位的c—T突变，47位和68位的A—G突变，63位的G—A突变。利用最小二乘分析研究了PRLR基因型对母猪头胎总产仔数和产活仔数的影响，结果表明PRLR基因不同基闵型母猪的头胎总产仔数和产活仔数差异均不显著。

猪α1岩藻糖转移酶基因点突变的PCR-SSCP检测

猪α1岩藻糖转移酶基因(FUT 1)位于猪第6号染色体上,是猪肠毒素大肠杆菌F 18受体(ETEC F 18R)理想的候选基因。采用PCR-SSCP法共检测外来猪种、国内地方猪种和培育猪种3个类型9个猪种共计255个个体FUT 1基因M 857位点的多态性,所检测的3个外来猪种均存在GG和AG两种基因型,而国内地方猪种中除临高猪外均表现为极端的单态分布,只存在GG基因型。采用PCR-SSCP方法对FUT 1基因点突变进行检测,具有试验成本低、操作简便和灵敏度高等优点,可望在育种实践中得到更广泛的应用。