用PCR-SSO方法研究云南西部彝族HLA-DQB1基因的多态性

应用PCR朣SO基因分型技术，对我国云南西部地区3代内无血缘关系的76个彝族健康个体进行了HLA-DQB1位点的基因分型。结果显示，在DQB1的38个等位基因中，观察到13个等位基因。云南西部彝族表现为DQB1*0301（36.18%～36.84%）最常见。其他频率大于5%的等位基因还有DQB1*0502（10.53%～11.18%）、DQB1*0401（9.21%）、DQB1*0302（8.55%～9.21%）、DQB1*0601（7.89%）、DQB1*05031（6.58%）、DQB1*03032（5.92%～6.58%）。和其他13个华人群体DQB1等位基因的频率比较分析表明，总体上，云南西部彝族和其他各华人群体间都存在很大的差异。显示其HLA等位基因频率分布的民族独特性。

PCR-SSO流式荧光微珠法HLA-A~＊02高分辨分型检测模棱两可结果的统计分析

背景:由于HLA的复杂多态性,实际分型过程中难免会出现一些结果判读模棱两可现象。目的:统计分析基于PCR-SSO流式荧光微珠HLA-A*02高分辨分型方法的模棱两可组合结果种类、比例,探讨解决模棱两可解决方法,提高高分辨分型比例。方法:对河南骨髓库捐献者1100人份HLA分型结果进行统计分析,计数法进行分类统计分析软件给出的包含HLA-A*02:01\02:09模棱两可组合代码,计算百分比;与确认为A*02:09的基因多态性分布进行比对,找出与A*02:09关联性较强的等位基因,用补充实验进行复核、确认,建立A*02:01\02:09模棱两可组合的判读方法。结果与结论:1039例有效数据中包含A*02:01\02:09模棱两可组合279例(279/1039,26.853%),代码种类19种,检出比例较高的有DMDC,DYVK,GMDD,GMDE;34例确认为A*0209的基因多态性统计显示A*0209的出现与A*11:01(0.1471)B*07:02(0.2647)、DRB1*01:01(0.2647)、DRB1*03:01(0.1176)有较强关联,选出高风险标本38例,经检测外显子1～7,并用SBT复核确认有1例结果为A*02:09(代码组合为GMDC),其余241例未检出A*02:09。提示A*02:09的出现与B*07:02、DRB1*01:01、DRB1*03:01有较强关联,重点对这些关联标本进行外显子1～7检测,可有效地检出A*02:09。通过统计分析制定合理的判定规则和必要的复核实验可有效地简化操作程序,节省时间,降低费用,提高高分辨比例。

PCR-SSP/PCR-SSO两种KIR基因分型方法的比较

目的杀伤细胞免疫蛋白样受体(KIR)基因在自然杀伤细胞活性调节、机体抗感染、移植免疫过程中发挥重要作用。在脐带血移植中,KIR基因分型的效率和准确关系到移植的成败。为了满足临床上对KIR基因分型的要求,对比分析聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)和聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)两种方法,试图建立一个高效便捷检测KIR基因分型的方法学体系。方法从2018年到2019年已外送到第三方检测实验室(北京博富瑞医学检验实验室有限公司)做过KIR基因分型检测的脐带血样本中随机取出12份,分别用PCR-SSP及PCR-SSO商品化试剂盒进行KIR基因分型检测,并通过凝胶电泳分析或MATCH IT!DNA软件分析,获取KIR基因分型结果。结果12例脐带血样本中,PCR-SSO方法学检测的结果与原PCR-SSO方法检测结果完全一致,PCR-SSP方法学检测的结果与原PCR-SSO方法检测结果9例相同,有2例因出现漏孔而无法判读,有1例出现了假阳性带。结论PCR-SSO方法学检测KIR基因效果优于PCR-SSP,但是PCR-SSO方法学也存在当微珠的荧光校准值接近于临界值时,结果出现错判的现象;为保证KIR基因分型的准确度,建议PCR-SSP方法出现漏孔或者PCR-SSO方法荧光校准值接近于临界值时两种方法相互验证。

HLA分型基因微阵列的构建及与PCR-SSO、PCR-SSP、SBT的比对

目的建立HLA分型基因微阵列新技术，并与PCR-SSO（PCR-顺序特异性寡核苷酸）、PCR-SSP（PCR-序列特异性引物）及SBT（DNA测序）进行方法学比对。方法基于反向SSO原理设计引物和探针→探针点样→标本处理和标记→杂交检测分析，其依据的原理和主要步骤为：（1）PCR扩增；（2）DNA杂交；（3）酶联染色；（4）结果判断。以此构建HLA-B27分型基因微阵列系统，并检测88例标本，将此结果与PCR-SSO、PCR-SSP及金标准的SBT三种方法进行比对。结果成功构建了HLA-B27分型基因微阵列系统。其与PCR-SSO、PCR-SSP及SBT方法相比总体一致率为98．86％；B27阳性标本结果的一致率为97．72％（86／88）；B27阴性标本结果的一致率为100％（4／4）。结论与目前常用的PCR-SSO，PCR-SSP及SBT等方法相比，HLA分型基因微阵列具有高效、快速、稳定、经济等特点，可同时进行HLA-B27基因检定与等位基因分型，不失为临床及造血干细胞库大规模HLA分型（中低分辨）的一种新方法。

洛阳地区汉族HLA-DRB1等位基因的PCR-SSO分型

洛阳地区汉族ＨＬＡ－ＤＲＢ１等位基因的ＰＣＲ－ＳＳＯ分型张明军陈仁馨赵红人类白细胞抗原（ＨＬＡ）系统具有高度多态性，不同人种、不同民族和地区人群ＨＬＡ－ＤＲＢ１等位基因频率分布会有差异。对此差异的研究可为ＨＬＡ与疾病相关性、移植免疫及人类学研究提供有...

用PCR-SSO检测IgA肾炎HLA-DRB1、DQA1、DQB1等位基因及其临床意义

利用聚合酶链区应（PCR）和序列特异性寡核苷酸（SSO）探针技术对47例经临床及免疫荧光证实的IgA肾病（IgAN）患者HLA-DRB1、DQA1、DQB1等位基因频率进行了检测。结果显示IgAN患者组DR4基因频率明显高于正常人组,相反DQB1*0602基因频率与对照组相比呈显著下降。IgAN患者中蛋白尿组DR4基因频率显著高于对照组,而肉眼血尿组与对照组无显著差异。约 1/4 DR4基因阳性的IgAN病理表现为局灶节段硬化性肾小球肾炎。 IgAN肾衰组DR4阳性的发生率显著高于非肾衰组。由此可见,IgAN中HLA-DR4基因频率而著增高, DR4阳性IgAN临床多表现蛋白尿,易发生肾衰,病理多呈局灶节段硬化型;DQB1*0602等位基因对IgAN可能有一定抵抗性。这些研究结果提示IgAN有免疫遗传的背景。

寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的研究

对寡核苷酸DNAMicroarray用于HLADRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚 /氯仿法提取标准血样基因组DNA ,在DRB1的exon 2区域设计一对引物 ,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5 dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针 ,将探针固定在APS PDC法制作的DNAMicroarray上 ,用标记的PCR产物与之杂交 ,扫描仪对杂交结果进行扫描 ,Imagene软件对杂交图象进行分析。共检测了 33例标准血样的HLADRB1基因型。检测结果证明研制的DNAMicroarray准确、灵敏。DNAMicroarray技术可以有效地检测DRB1等位基因 ,对比常规的PCR SSP和PCR SSO方法、分型基因芯片方法更为直观 。

青海土族、撒拉族HLA-DQA1和-DQB1基因多态性探讨

目的 :检测青海土族和撒拉族健康个体HLA DQA1和 DQB1等位基因频率 ,了解和分析这两个民族的HLA DQA1和 DQB1基因多态性。方法 :用PCR SSO方法检测 132名土族和 80名撒拉族健康个体的HLA DQA1和 DQB1的基因多态性 ,并将所得结果与国内其他民族的同类资料进行比较。结果 :土族和撒拉族在HLA DQA1和 DQB1高频率等位基因分布上有共同点 ,也有一定的独特性。这两种民族HLA DQA1 0 10 2和 0 5 0 1以及DQB1 0 2 0 1、 0 30 1、 0 4 0 2和 0 6 0 2基因分布频率上具有显著性差异。结论 :土族和撒拉族与北方诸民族的等位基因频率接近 ,而与其他南方诸民族的差异相对较大。

HLA-I类基因多态性与白血病易感性的关联性研究

目的探讨白血病易感性与HLA-I类基因多态性之间的关联性,寻找白血病的易感基因。方法采用序列特异性寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSO)对65例白血病患者和48例正常对照组健康者进行HLA-A、B基因分型。结果在等位基因HLA-A、B中,白血病患者的HLA-A01、B38基因的基因频率高于正常对照组(P<0.05),而HLA-A11基因的基因频率明显下降(P<0.05)。结论基因A01、B38对白血病有遗传易感作用,而基因A11对白血病有遗传拮抗作用。

我国西双版纳傣族群体HLAⅡ类基因的寡核苷酸分型

我们对73名西双版纳傣族正常健康个体用第11届国际组织相容性专题讨论会的方法进行了HLA Ⅱ类基因的 PCR/SSO 分型。结果表明傣族的 HLA Ⅱ类等位基因频率分布在与中国南方人群相似以外尚有其独特性.共捡出 DRB1 等位基因20种,其中基因频率超过0.10的依次为1602、0901、1502、1401及1202,未发现01、08及1001等位基因。DRB3仅捡出0202及0301,DRB5仅捡出0101和0102。DQA1共捡出6种等位基因以0102、0101、03频率为最高。以0502为最高频率的 DQB1共捡出9种等位基因。绝大多数个体(91.8%)均具有 DPA1、0201等位基因、与目前所报道的东方人材料相一致,DPB1 0501频率最高,其次为0202、0201与1301。各位点均呈 Handy-WeinKeng 平衡.

HLA-A,-B及-DRB1等位基因的多态性与白血病易感性的关联

目的:探讨甘肃汉族人群中白血病的易感性与HLA基因多态性之间的关联。方法:采用序列特异性寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSO),对57例白血病患者和45例健康对照组进行HLA-A、-B及-DRB1基因分型。结果:在等位基因HLA-A、-B及-DRB1中,白血病患者的HLA-A01、-B38及-DR15基因的基因频率高于正常对照组(P<0.05),而HLA-A11及-DR03基因的基因频率明显下降(P<0.05)。结论:甘肃省汉族人群基因HLA-A01、-B38及-DR15对白血病具有遗传易感作用;而基因HLA-A11和-DR03对白血病具有遗传拮抗作用。

HLA—DRB1基因与内蒙古地区汉族小儿支气管哮喘的关联性

目的 探讨HLA-DRB1等位基因频率在内蒙古地区汉族小儿支气管哮喘患者中的分布，找出与支气管哮喘关联的易感和／或保护基因，探讨哮喘可能的部分发病机制及防治前景。方法 采用病例对照研究，引入PER-SSO技术，经Logistic回归分析，对66例内蒙古地区汉族小儿支气管哮喘患者和96名正常汉族小儿进行HLA-DRB1等位基因型别分析。结果 病例组HLA-DRB1＊1001的基因频率为7．6％，比对照组的0．5％增高，差异有显著性（Wald=5．553，P〈0．05）。B为2．591，正值，OR=13．342〉1，促进发病，表明排除进入模型的其他基因混杂作用外，病例组暴露在HLA—DRB1＊1001等位基因的优势是对照组的13．342倍，其95％可信区间为1．547—115．099，其内不包含1，与P值意义相符，均有统计学意义。EF=0．82〉0；病例组HLA-DRB1＊040x基因频率为3％，比对照组11．9％降低。Vald=7.549，P〈0．01，差异有非常显著性。B为-2．133，负值，OR=0．118〈1，阻止发病，表明排除进入模型的其他基因混杂作用外，病例组暴露在HLA-DRB1＊040x等位基因的优势是对照组的0．118倍，其95％可信区间为0．026—0．542，其内不包含1，与P值意义相符，均有统计学意义。PF=0．39〈1。其余HLA-DRB1等位基因频率在2组间的分布差异无显著性（P〉0．05）。结论 HLA-DRB1＊1001等位基因可能是内蒙古地区汉族小儿支气管哮喘发病单倍体型中的一个遗传易感基因。而HLA—DRB1＊040x等位基因可能为其保护基因。

新等位基因HLA-B^＊9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因。

HLA—B新等位基因B^＊4608的核苷酸序列分析

目的分析1个HLA-B位点有异常反应格局样本的核苷酸序列。方法采用DNA快速抽提试剂盒抽提样本基因组DNA,PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子,PCR产物直接经TOPO TA克隆到质粒载体中以获得单链,对克隆所得产物进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。结果先证者样本克隆测序得到两个等位基因,其中1个等位基因为B*5502,另1个经Blast验证为新等位基因,其序列已递交Genbank(DQ177521,DQ177522,DQ177523)。与最接近的B*4601等位基因序列相比,新等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,即第538位T→C和第539位G→T,并由此导致1个氨基酸改变:第156位色氨酸→亮氨酸。结论该新HLA-B等位基因已WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4608。

新等位基因人类白细胞抗原B*15:133的鉴定及其原核表达

背景:国际上至2010-04共报告人类白细胞抗原4633个等位基因,中国自2000年至少发现200个新的等位基因,由于资金和时间有限,大部分新等位基因未作血清分型、家系研究以及进一步的功能性研究。目的:在健康志愿者人群中发现新等位基因,并对其进行家系研究,同时构建重链胞外区多肽的原核细胞表达载体,鉴定其在原核细胞中是否表达。方法:利用PCR-SSO和PCR-SBT技术,对人群的人类白细胞抗原进行筛选。使用血清学和SBT技术对拥有新等位基因的供者进行家系分析。用分子克隆的方法构建表达载体转染原核细胞,运用Western-blot鉴定是否表达。结果与结论:发现一个新等位基因与人类白细胞抗原B*15:18:01在第419位相差一个核苷酸,C->T,即Codon116位TCC->TTC,导致氨基酸由丝氨酸改变成苯丙氨酸。最终确定命名为人类白细胞抗原B*15:133。血清学表达B71(70)抗原。发现此供者的新等位基因来自于母亲。表达载体pET30a(+)-B*15:133在原核细胞中表达的多肽可被抗HIS标签单克隆抗体特异性识别。结果表明,使用分子生物学技术在大样本的筛查下发现了新等位基因人类白细胞抗原B*15:133,利用分子克隆的方法成功构建表达载体pET30a(+)-B*15:133,并在原核细胞中有大量高纯度蛋白表达。

序列分析鉴定新等位基因HLA-B^＊1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。

发现1例新的HLA-A等位基因A^＊0299

目的发现和认定一个中国人群中的HLA-A位点新等位基因。方法使用PCR-SSP和PCR-SSO为基础的分型技术筛选可能的HLA新等位基因,应用分子克隆技术和DNA测序的方法确认与最同源HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样品的HLA-A位点结果异常。DNA克隆的测序结果表明,此A位点序列与已知的A*020601的差异在于第3外显子区域中的184位碱基发生了T>A碱基的替换,导致152编码子GTG>GAG,编码的氨基酸由Val>Glu。结论该等位基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2006年7月14日正式命名为HLA-A*0299。

广东汉族人HLA－DQA基因多态性检测

广东汉族人ＨＬＡ－ＤＱＡ基因多态性检测周俊宜，罗超权，杨英浩，刘熙文（中山医科大学生物化学教研室；广州，５１００８９）关键词ＰＣＲ－ＳＳＯ，ＨＬＡ－ＤＱＡ，基因分型，基因多态性中图号０５２７．３；Ｄ９１９国外大量资料表明，ＨＬＡ各组等位基因的数量及其...