RACE技术在钓取白血病相关基因LRP16全长cDNA中的应用

LRP16是我们应用甲基化敏感的限制性界标基因组扫描 (restrictionlandmarkgenomicscanning ,RLGS)技术时发现的一个与白血病复发相关的新基因。为钓取这一新基因的全长cDNA ,本实验采用了cDNA末端快速扩增法 (rapidamplificationofcDNAend ,RACE)。通过对RACE法若干步骤进行优化 ,克隆得到了LRP16基因cDNA的 5′ 与 3′ 非翻译区 ,进而获得其全长及完整的开放阅读框架 ,并作为新基因被GenBank收录。上述结果表明 ,RACE技术是钓取未知基因全长cDNA敏感而快速的方法 ,尤其是对 5′ 及 3′

利用RACE技术扩增大豆抗病基因同源cDNA 5′末端序列

利用抗病基因保守序列筛选大豆cDNA文库,获得一抗病基因同源cDNA片段,命名为KR3-1。根据KR3-1设计两个基因特异引物(GSP和NGSP),分别与通用引物(UPM)和巢式通用引物(NUP)共同扩增,成功地克隆到了该基因的5’末端序列。该扩增片段长447bp,与已知序列重叠部分为129bp。

5’-RACE技术在钓取未知基因中的应用

目前，钓取基因CDNA全长的方法包括CDNA文库筛选法和5’－RACE（RapidamplificationofcDNAends，RACE）技术’。CDNA文库筛选法烦琐、工作量大，费用昂贵；而5’．RACE技术灵敏、快速。我们采用5’－RACE技术钓取ECRGI、ECRGZ（ECRG！、ECHGZ通过mRNA差异显示技术得至IJ的...

应用RACE技术扩增驴DGAT1基因3′端及序列分析

DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种DGAT1基因的相似性设计特异引物,运用PCR和3′RACE技术扩增并获得了特异片断,特异片段回收纯化连接到pUCmT Vector载体后,转化到大肠杆菌中并筛选阳性菌落;提取质粒进行测序,结果发现该段序列与预期的目标一致,通过与其他动物同源性比较分析说明已首次克隆到驴DGAT1基因3′端。

应用3’RACE技术扩增仿刺参C型凝集素基因及实验条件的优化

从GenBank上调取刺参C型凝集素(C-type Lectin)基因序列EST,根据此序列设计RACE引物,采用PCR扩增技术得到了仿刺参C-type Lectin基因序列(EST),根据这段EST序列设计1个基因特异引物(GSPF),与通用引物(UPM)扩增,成功地克隆到了该基因的3’末端序列.同时,对仿刺参C型凝集素基因3’克隆的实验条件进行了优化.该扩增片段长度为670bp,与已知序列重叠部分为417bp.经测序和比对发现该段序列与预期的目标基因的序列一致.

RACE技术及其在寄生虫全长cDNA克隆中的应用

PCR技术的出现大大提高了传统基因分离和克隆效率。以PCR为基础的RACE(rapidam plificationofcDNAends)技术是一种简单、敏感且有效扩增cDNA的 5′和 3′端未知序列区域的方法。RACE技术被广泛应用于克隆全长cDNA 。

差异显示和RACE技术的发展与应用

差异显示是一套快速有效克隆差异表达基因的新技术 ,综述了该技术的原理及其技术改进、应用与展望。“快速扩增cDNA末端”(RapidAmplificationcDNAEnd)技术即RACE技术 ,是获得全长cDNA的快速有效的方法 ,阐述了该技术的发展与应用。

RACE技术对薯蓣皂苷糖苷酶基因cDNA3′末端的快速扩增

对微生物Absidia sp.G3d产薯蓣皂苷糖苷酶基因cDNA3′末端的序列进行了调取。根据薯蓣皂苷糖苷酶基因的CDS区已知序列设计特异性引物,应用3′RACE(Rapid-Amplification of cDNA 3′Ends)技术,快速扩增得到cDNA 3′端未知序列片段,将PCR产物切胶回收,直接测序得到长度为258 bp的产物序列,经比对其中编码区长度为122 bp,非编码区长度为136 bp,Poly A部分长度为28 bp。这对其他类中草药高活性皂苷糖基水解酶基因cDNA3′末端的序列的调取提供了参考。

增强型RACE技术克隆辐射诱导小鼠肠上皮新基因RS1

目的 在获得了辐射诱导小鼠肠上皮新基因RS1EST序列的基础上获得全长cDNA。方法 RT PCR方法对RS1基因进行表达谱分析 ,找到表达丰度较高的组织提取总RNA作为模板 ,应用增强RACE技术即结合生物素探针富集靶cDNA的方法克隆RS1的cDNA末端。结果 克隆到RS1片段 3′端约 2kb的序列。该序列 5′端包含已知的RS1片段 ,3′端具有明显的polyA加尾信号 ,有编码区的终止密码子。明确了RS1的正、负链及其蛋白编码方向 ,为RS15′端的克隆提供了必要信息。结论 结果与本实验的设计完全一致 ,说明这一方法对从表达丰度低 ,难以设计最佳基因特异性引物的EST序列克隆其对应的全长cDNA是可行的 ,同时为下一步研究RS1在小鼠肠上皮辐射应激反应中的作用和被辐射诱导表达的调控模式奠定了基础。

RACE策略扩增EDAG-1基因3′端及序列分析

目的通过RACE(rapid amplification of cDNA Ends)技术分析K-562细胞株中高表达的EDAG-1基因3′端。方法采用Marathon-ReadyTMcDNA方法扩增HLCM cDNA(人白血病细胞株K-562,Marathon-ReadyTMcDNA)的EDAG-1基因3′端,将扩增的特异带回收纯化,构建到原核表达载体中,提取质粒并且测序分析。结果第1次扩增、第1次巢式PCR扩增未见明显特异带,2次巢式PCR结果可见200bp特异带,回收后连接到pMD18-T中,转化到大肠杆菌中并筛选阳性菌落,提取质粒测序,结果未发现该段序列存在点突变、插入或缺失。结论EDAG-1基因在白血病细胞株K-562中高表达的机制可能与3′端无关。

RACE法克隆日本三角涡虫β-actin基因

采用cDNA末端快速扩增法(RACE),以日本三角涡虫cDNA为模板扩增β-肌动蛋白(β-actin)基因,对聚合酶链式反应(PCR)产物进行测序和拼接。经与NCBI核酸数据库进行序列比对,结果表明:产物的cDNA长度为1168 bp,开放阅读框ORF长999 bp,编码332个氨基酸,具有actin蛋白家族典型特征。

白桂木凝集素基因的5’RACE与3’RACE扩增及序列分析

[目的]对白桂木凝集素基因进行扩增及序列分析。[方法]采用RT-PCR结合RACE技术，扩增得到白桂木凝集素（AHL）基因的保守区域、5’末端及3’末端。用VectorNTI软件将测序得到的AHLcDNA的保守区域、5’末端、3’末端进行校正、拼接得到完整AHLcDNA序列。[结果]全长含有933个核苷酸。其推导的氨基酸序列NCBI做BLAST比对，相似度高达70％-80％。[结论]对白桂木凝集素基因的cDNA序列进行研究，可为进一步从分子水平探明白桂木凝集素的作用机制提供科学依据。

应用RACE法克隆雷竹笋PAL基因及序列分析

应用RACE法,克隆获得了雷竹笋PAL基因的全长序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表明:雷竹笋PAL基因的开放阅读框长度为2103 bp,共编码701个氨基酸,其中具有1个保守的活性位点Ala-Ser-Gly(A-S-G);在PAL蛋白的二级结构中含有大量的α螺旋和β折叠,其三级结构模型为一个带柄的圆锥形。构建的PAL基因核苷酸序列进化树结果显示雷竹与毛竹、绿竹的亲缘关系最近,与小麦、大麦、水稻、佛肚竹的亲缘关系较近,与玉米、高粱的亲缘关系较远。

褐黄血蜱脂肪酸结合蛋白对褐黄血蜱卵及其原生质蛋白影响的研究

为了解蜱类脂肪酸结合蛋白(FABP)及其基因的结构和功能,本研究基于褐黄血蜱转录组文库中的Contig 879序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)扩增其两翼缺失部分,拼接后得到编码褐黄血蜱FABP (HfFABP)的全长cDNA序列;采用qPCR法检测该基因在褐黄血蜱的不同发育阶段、不同组织器官中的转录水平;采用平行反应监测(PRM)法分析HfFABP dsRNA干扰对褐黄血蜱产卵和孵化,以及卵原生质蛋白的影响。结果显示,HfFABP的cDNA全长1 443 bp,ORF长396 bp,编码132个氨基酸的多肽。HfFABP基因在雌蜱中的转录水平高于幼蜱、若蜱和雄蜱;在蜱的卵巢、中肠和体壳中的转录水平高于其在唾液腺中的转录水平;吸血使HfFABP基因的转录水平升高。HfFABP dsRNA干扰使蜱产卵减少,其中约30%的卵大小不均、蜡质增多、塌瘪易裂;表观正常的卵孵化率降低,原生质中的FABP、卵黄蛋白原(Vitellogenin)、弹性蛋白酶抑制剂(Neutrophil elastase inhibitor)、天冬氨酸蛋白酶(Aspartic protease)和热休克蛋白83 (Heat shock protein 83)等12种蛋白的丰度大幅下降(P<0.01、P<0.05)。上述结果首次表明HfFABP在蜱卵发育过程中发挥重要作用,本研究为HfFABP在抑制雌蜱生殖中的应用提供科学依据。

真菌产人参皂苷葡萄糖苷酶基因的调取

根据已知的人参皂苷糖苷酶(GluGF)的N端氨基酸序列设计简并引物,从Absidia Sp.R84g菌株的总RNA出发,应用RACE技术,快速扩增测序得到cDNA3′末端与cDNA5′末端的未知序列,利用扩增测序所得到的cDNA5′末端和cDNA3′末端的序列设计引物,进行二次RT-PCR扩增并测序得到GluGF基因的全序列。回收PCR产物测序,得到GluGF基因的序列全长为2149 bp,其中5′UTR长度为82 bp,3′UTR长度为114 bp,GluGF的CDS区序列全长为1 923 bp,所编码的氨基酸序列的长度为640个氨基酸。

草鱼My5oD cDNA的克隆和序列分析

用RACE技术从受精后约22h的草鱼胚胎总RNA中扩增获得了草鱼MyoD基因的全序列,并对其序列进行了分析。结果表明,草鱼MyoD基因全长cDNA为1597bp,其中开放阅读框为825bp,共编码275个氨基酸,结构分析表明该肽链第1～84个氨基酸为草鱼MyoD基因的Basic区,第98～142个氨基酸为草鱼MyoD基因的HLH结构域,该序列所编码的肽链没有信号肽;通过对比分析已知的GeneBank中其它脊椎动物MyoD基因发现,该基因编码的氨基酸肽链随动物由低等向高等进化有加长的趋势,且核苷酸以及推测的氨基酸同源性和动物之间的亲缘关系相一致;草鱼MyoD基因的克隆为研究家鱼的肌肉发育调控的机理以及肉质改良奠定了基础。

银杏EPSPS基因克隆及表达分析

利用RACE技术,克隆到银杏EPSPS合酶基因(GbEPSPS)的cDNA序列并对其进行生物信息学分析。结果表明:银杏GbEPSPScDNA长1 403 bp(GenBank登录号GU084139),其包含一个1 035 bp的ORF框,编码344个氨基酸;预测该基因编码蛋白质分子量为36.87 kD,其等电点为5.75。系统进化树分析表明,银杏EPSPS蛋白质序列与其他物种的EPSPS同源性较高。半定量RT-PCR分析结果显示,EPSPS基因在银杏的叶和果实中表达量最高,其次为茎,根中表达水平最低。草甘膦处理能显著诱导银杏EPSPS基因表达量升高;紫外光对银杏EPSPS基因的表达具有诱导作用;ABA诱导GbEPSPS表达量先升后降;GbEPSPS转录水平受到42℃高温显著诱导。