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猪圆环病毒3型Rep蛋白的原核表达及酶活性分析
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作者 韩阳 关帅印 +3 位作者 李振 周赛赛 袁红根 宋云峰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2061-2071,共11页
Rep蛋白对猪圆环病毒(porcine circovirus, PCV)的复制具有重要作用。为分析PCV3 Rep蛋白的核酸内切酶活性、ATPase活性和解旋酶活性,作者使用镍亲和层析法纯化相应的重组蛋白,通过优化反应条件,建立Rep蛋白酶活性的测定方法,并探究Rep... Rep蛋白对猪圆环病毒(porcine circovirus, PCV)的复制具有重要作用。为分析PCV3 Rep蛋白的核酸内切酶活性、ATPase活性和解旋酶活性,作者使用镍亲和层析法纯化相应的重组蛋白,通过优化反应条件,建立Rep蛋白酶活性的测定方法,并探究Rep蛋白关键活性位点。结果表明,Rep蛋白在体外具有核酸内切酶活性、ATPase活性和解旋酶活性。当蛋白浓度为1.6μmol·L^(-1),Mg^(2+)浓度为1.0 mmol·L^(-1),37℃反应75 min时其ATPase活性达到最佳。当蛋白浓度为7μmol·L^(-1),Mg^(2+)浓度为12.5 mmol·L^(-1),37℃反应60 min时其解旋酶活性达到最佳。Y89为Rep蛋白核酸内切酶活性的关键位点,K173、D210、N250为ATPase活性和解旋酶活性的关键位点。本研究建立了PCV3 Rep蛋白酶活性分析的方法,初步揭示了该蛋白的主要功能位点,为Rep蛋白的功能研究以及基于Rep蛋白活性的抗病毒药物研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3 rep蛋白 核酸内切酶活性 ATPASE活性 解旋酶活性
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广西地区鸽圆环病毒Cap和Rep基因的克隆及遗传进化分析
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作者 黄运福 颜国庆 +5 位作者 唐林生 韦建兴 银慧慧 赵武 姜源明 刘伟 《现代畜牧兽医》 2024年第4期1-5,共5页
研究旨在了解广西某肉鸽场鸽圆环病毒(PiCV) Cap和Rep基因的遗传变异情况,通过PCR技术对感染PiCV的鸽组织样品克隆Cap和Rep基因并进行测序及序列分析。结果显示,克隆的Cap和Rep基因大小分别为816 bp和954 bp。核苷酸序列同源性比对分析... 研究旨在了解广西某肉鸽场鸽圆环病毒(PiCV) Cap和Rep基因的遗传变异情况,通过PCR技术对感染PiCV的鸽组织样品克隆Cap和Rep基因并进行测序及序列分析。结果显示,克隆的Cap和Rep基因大小分别为816 bp和954 bp。核苷酸序列同源性比对分析结果显示,克隆的Cap和Rep基因与XJ1毒株核苷酸同源性最高,分别为95.5%和97.6%。遗传进化分析结果显示,Cap和Rep基因与XJ1毒株亲缘关系较近。研究表明,广西鸽群中存在PiCV流行,其Cap和Rep基因与XJ1毒株核苷酸同源性最高,亲缘关系较近,这为广西地区PiCV的诊断及防控提供了重要参考。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 Cap基因 rep基因 遗传进化分析
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猪圆环病毒4型Rep蛋白原核表达及多克隆抗体制备 被引量:3
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作者 陈如敬 吴学敏 +5 位作者 陈秋勇 严山 吴仁杰 车勇良 王隆柏 周伦江 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期4188-4195,共8页
【目的】应用原核表达系统表达猪圆环病毒4型(Porcine circovirus type 4,PCV4)复制酶蛋白(Rep),纯化后免疫小鼠制备Rep蛋白多克隆抗体。【方法】以PCV4福建株(FJ2020001)为模板,采用PCR法扩增获得Rep基因片段,构建原核表达质粒pET-30a-... 【目的】应用原核表达系统表达猪圆环病毒4型(Porcine circovirus type 4,PCV4)复制酶蛋白(Rep),纯化后免疫小鼠制备Rep蛋白多克隆抗体。【方法】以PCV4福建株(FJ2020001)为模板,采用PCR法扩增获得Rep基因片段,构建原核表达质粒pET-30a-Rep;将pET-30a-Rep转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,用0.5 mmol/L IPTG诱导表达重组Rep蛋白,利用SDS-PAGE和Western blotting鉴定重组蛋白。表达产物经镍柱纯化后免疫BALB/c小鼠制备多克隆抗体,利用Western blotting和间接ELISA鉴定鼠源多克隆抗体的免疫原性和抗体效价。【结果】成功克隆PCV4 Re p基因,构建了可表达重组Rep蛋白的原核表达质粒;SDS-PAGE结果显示,表达的重组蛋白分子质量约为35 ku,主要以包涵体形式存在;Western blotting结果表明,该蛋白能被PCV4阳性血清和鼠源多克隆抗体特异性识别,制备的鼠源多克隆抗体效价可达1∶16000。【结论】本研究成功表达并纯化了具备抗原性的PCV4重组Rep蛋白,为开发PCV4血清学诊断试剂盒和开展猪场PCV4流行病学调查奠定基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒4型(PCV4) rep蛋白 原核表达 多克隆抗体
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基于Rep-VGG的滚动轴承故障诊断 被引量:3
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作者 鲍泽富 王晨阳 +1 位作者 张伟 郭永飞 《现代电子技术》 2023年第14期152-156,共5页
为解决传统的轴承故障诊断过于依赖人为经验且耗时耗力的问题,文中提出一种基于Rep-VGG模型的故障诊断方法。首先,通过希尔伯特和小波变换对原始振动信号数据进行预处理,将其转化为可供Rep-VGG网络识别的时频图形式;然后,利用Rep-VGG模... 为解决传统的轴承故障诊断过于依赖人为经验且耗时耗力的问题,文中提出一种基于Rep-VGG模型的故障诊断方法。首先,通过希尔伯特和小波变换对原始振动信号数据进行预处理,将其转化为可供Rep-VGG网络识别的时频图形式;然后,利用Rep-VGG模型进行训练和测试,实验数据来源于凯斯西储大学公开的轴承数据集,并与其他模型进行对比。实验结果表明,所提方法对于轴承故障的诊断准确率达到99.9499%,损失仅为0.0221%;通过混淆矩阵得到Rep-VGG模型将不同类型的故障进行分类的准确率达到99.3%,与VGG-16相比,准确率提升5.3499%,说明该模型具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 rep-VGG模型 滚动轴承 故障诊断 数据预处理 轴承数据集 混淆矩阵
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新型番鸭细小病毒Rep蛋白羧基端亚片段的原核表达及多克隆抗体制备
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作者 胡非凡 梁齐章 黄瑜 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期889-893,共5页
【目的】获得特异性识别新型番鸭细小病毒(New-genotype muscovy duck Parvovirus,N-MDPV)Rep蛋白羧基端亚片段的多克隆抗体。【方法】通过蛋白序列分析,选取N-MDPV Rep羧基端亚片段区域487~627 aa,后全基因合成序列,并在其C末端添加His... 【目的】获得特异性识别新型番鸭细小病毒(New-genotype muscovy duck Parvovirus,N-MDPV)Rep蛋白羧基端亚片段的多克隆抗体。【方法】通过蛋白序列分析,选取N-MDPV Rep羧基端亚片段区域487~627 aa,后全基因合成序列,并在其C末端添加His-tag标签,利用无缝克隆的方法,将该段基因克隆至pET-28a(+)载体,随后转化Rosetta(DE3)大肠杆菌,诱导表达得到重组蛋白。利用镍柱亲和层析技术纯化表达重组蛋白,将纯化的重组蛋白免疫新西兰白兔,制备针对Rep蛋白羧基端亚片段的多克隆抗体。【结果】构建了pET-28a-Rep-487-627原核表达质粒,纯化表达了该重组蛋白。SDS-PAGE结果表明该重组蛋白分子大小约24 kDa,主要以可溶性形式表达。间接免疫荧光和免疫印迹试验表明制备的多克隆抗体能与细胞内过表达的N-MDPV Rep蛋白特异性反应。【结论】制备的Rep多克隆抗体具有良好反应特异性,可识别Rep蛋白的构象表位和线性表位,满足进一步研究的需要。 展开更多
关键词 新型番鸭细小病毒 rep蛋白 间接免疫荧光试验 免疫印迹试验
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基于RepVGG和LSTM两阶段移动众包任务分配算法 被引量:1
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作者 于嵩 潘庆先 +2 位作者 童向荣 刘庆菊 褚佳静 《燕山大学学报》 CAS 北大核心 2023年第2期152-163,共12页
移动众包是一种新型的感知模式,已被广泛应用于移动计算和城市生活交通服务,任务分配是移动众包中核心研究问题之一。但由于任务是动态到达的,移动众包平台在初始并不了解所有的众包任务,导致任务分配往往会陷入局部最优。为了解决上述... 移动众包是一种新型的感知模式,已被广泛应用于移动计算和城市生活交通服务,任务分配是移动众包中核心研究问题之一。但由于任务是动态到达的,移动众包平台在初始并不了解所有的众包任务,导致任务分配往往会陷入局部最优。为了解决上述问题,本文提出了一种基于深度学习的两阶段预测算法,第一阶段使用基于RepVGG的网络进行任务可用性的预测,第二阶段使用基于LSTM的网络进一步进行任务持续时间的预测。通过实验对比,本文所提出的算法在预测任务可用性上的准确度比传统的机器学习算法提高了32%,比同样基于深度学习的算法提高了14.2%,在预测任务持续性上的准确度相比其他算法提高了10.5%。 展开更多
关键词 移动众包 任务分配 repVGG LSTM 任务可用性 任务持续性
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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:1
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作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《上海畜牧兽医通讯》 2014年第3期24-26,共3页
本文着重介绍Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,... 本文着重介绍Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep—PCR rep—PCR技术特点 rep^PCR应用现状
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GRAPES-REPS对我国南方2017年初夏持续性降水预报的检验评估 被引量:1
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作者 王叶红 赵玉春 《干旱气象》 2023年第2期328-340,共13页
我国自主研发的GRAPES-REPS(Global/Regional Assimilation and Prediction System-Regional Ensemble Prediction System)于2014年投入业务运行,为加深对该系统降水集合预报能力的认识,便于更好应用降水概率预报,本文以2017年5月中旬至... 我国自主研发的GRAPES-REPS(Global/Regional Assimilation and Prediction System-Regional Ensemble Prediction System)于2014年投入业务运行,为加深对该系统降水集合预报能力的认识,便于更好应用降水概率预报,本文以2017年5月中旬至6月下旬我国南方地区3次持续性降水过程为例,采用统计检验和个例分析相结合,评估该系统在72 h内不同预报时效的各量级24 h降水预报性能。结果表明:(1)GRAPES-REPS集合平均预报对小雨、中雨有较明显优势,但随着降水量级增大优势逐渐下降,对暴雨预报已不具有优势。其中,小雨预报范围接近观测,中雨(暴雨)有空报(漏报)倾向,大雨在较长预报时效上有空报倾向。(2)采用MRF边界层参数化方案和KF-eta积云对流参数化方案组合方案的控制预报成员和2个扰动预报成员为集合最优成员,其TS评分普遍高于采用其他组合方案的集合成员。(3)整体上集合成员降水预报离散度不足,尤其0~24 h预报时效,Talagrand分布呈U型,对小(大)量级降水预报概率偏大(小);随着预报时效增加,集合成员预报离散度显著增大,Talagrand分布逐渐接近理想概率分布。(4)集合预报在不同时效对各量级降水概率预报均具有参考价值,大雨、暴雨的概率预报效果优于小雨、中雨。(5)集合预报整体上能够较好把握典型暴雨日降水空间分布形态,对中央气象台漏报的广东中南部暖区暴雨有一定的概率预报能力。 展开更多
关键词 GRAPES-repS 集合预报与检验 初夏降水 我国南方
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基于CMA-REPS格点预报数据的深度学习风速订正方法
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作者 毛波 杨昊 +2 位作者 周世杰 杨康权 陈敏 《成都信息工程大学学报》 2023年第3期264-270,共7页
准确的风速预测对风能资源的充分利用和风电场的经济效益提升具有显著的意义。为提高集合数值预报的风速预报能力,弥补现有深度学习集合预报订正模型对格点预报数据时间特征提取的不足,引入ConvLSTM深度学习模型,对CMA-REPS(中国气象局... 准确的风速预测对风能资源的充分利用和风电场的经济效益提升具有显著的意义。为提高集合数值预报的风速预报能力,弥补现有深度学习集合预报订正模型对格点预报数据时间特征提取的不足,引入ConvLSTM深度学习模型,对CMA-REPS(中国气象局区域集合预报模式)预测的华北地区近地面10 m风速格点数据进行偏差订正实验,以均方根误差(RMSE)作为评分标准将订正结果与CMA-REPS原始预报数据和Unet深度学习模型方法得到的订正结果进行对比。结果表明,ConvLSTM模型的订正效果相比Unet模型有进一步的提升,经ConvLSTM模型订正后的近地面10 m风速预报数据整体上更趋近于实况数据。 展开更多
关键词 CMA-repS 集合预报 偏差订正 深度学习 风速
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猪圆环病毒2型Rep蛋白在Sf9昆虫细胞中的表达和纯化
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作者 梁太润 熊谋康 +8 位作者 王爽云 张歆明 王志朋 王磊 刘献辉 于林洋 刘燕玲 张乐宜 宋长绪 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2023年第1期7-13,122,123,共9页
为了在Sf9昆虫细胞中表达猪圆环病毒2型(PCV-2)Rep蛋白,试验以PCV-2毒株(PCV-2b)的DNA为模板扩增ORF1基因,将ORF1基因插入到转移载体质粒pQB3s上,构建重组质粒pQB3s-PCV-2b-Rep,将重组质粒与杆状病毒表达载体qBac-ⅢG共同转染Sf9昆虫细... 为了在Sf9昆虫细胞中表达猪圆环病毒2型(PCV-2)Rep蛋白,试验以PCV-2毒株(PCV-2b)的DNA为模板扩增ORF1基因,将ORF1基因插入到转移载体质粒pQB3s上,构建重组质粒pQB3s-PCV-2b-Rep,将重组质粒与杆状病毒表达载体qBac-ⅢG共同转染Sf9昆虫细胞,获得P0代重组杆状病毒,经连续传代获得P1、P2、P3代重组杆状病毒,将P3代重组杆状病毒接种到Sf9昆虫细胞中进行悬浮培养,收集细胞并利用镍柱纯化重组表达的蛋白,通过荧光显微镜观察感染重组杆状病毒的Sf9昆虫细胞中的荧光量,通过SDS-PAGE分析和Western-blot鉴定重组蛋白的表达情况。结果表明:经PCR鉴定在945 bp处出现特异性条带;通过荧光显微镜观察,在转染后第1天就出现绿色荧光,第4~5天出现大量绿色荧光,P2、P3代重组杆状病毒感染Sf9昆虫细胞及P3代重组杆状病毒感染悬浮培养的Sf9昆虫细胞后在第4~5天出现大量绿色荧光;P2、P3代重组杆状病毒感染的Sf9昆虫细胞的细胞裂解液及纯化的重组Rep蛋白,通过SDS-PAGE分析和Western-blot鉴定在约38 ku处出现目的条带。说明试验成功构建出重组质粒pQB3s-PCV-2b-Rep及重组杆状病毒,构建的重组杆状病毒可以在悬浮培养的Sf9昆虫细胞中表达重组蛋白Rep。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 重组蛋白rep Sf9昆虫细胞 杆状病毒表达载体 纯化
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猪圆环病毒2型Rep/Rep'和Cap蛋白亚单位疫苗免疫保护性试验 被引量:6
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作者 刘丹 王一平 +5 位作者 吴洪丽 危艳武 刘建波 李胜斌 魏萍 刘长明 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期916-919,共4页
猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1基因编码的Rep/Rep'蛋白与病毒复制酶相关,ORF2编码的Cap蛋白为病毒核衣壳,是病毒保护性抗原。为比较这3种蛋白作为亚单位疫苗的免疫保护性,本研究以重组杆状病毒表达的PCV2-rRep、-rRep'和-rCap蛋白制... 猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1基因编码的Rep/Rep'蛋白与病毒复制酶相关,ORF2编码的Cap蛋白为病毒核衣壳,是病毒保护性抗原。为比较这3种蛋白作为亚单位疫苗的免疫保护性,本研究以重组杆状病毒表达的PCV2-rRep、-rRep'和-rCap蛋白制备亚单位疫苗及PCV2灭活苗,分组免疫BALB/c鼠进行攻毒,以评价疫苗的免疫保护力。对PCV2-rRep和-rRep'亚单位疫苗免疫鼠血清ELISA抗体检测表明,于免疫后第14 d抗体全部转阳,第35 d抗体效价分别达到1∶42 667和1∶51 200。PCV2-rCap亚单位疫苗和PCV2灭活苗免疫组于第21 d抗体转阳,第35 d抗体效价分别达1∶2 133和1∶333。攻毒试验表明,PCV2-rCap亚单位疫苗和PCV2灭活苗免疫鼠获得完全保护;而PCV2-rRep和-rRep'蛋白亚单位疫苗免疫组无保护作用。血清中和试验表明,PCV2-rCap蛋白亚单位疫苗和PCV2灭活苗免疫鼠血清中和抗体效价达1∶1 600和1∶800;而PCV2-rRep和-rRep'蛋白亚单位疫苗免疫鼠血清无中和病毒能力。该研究表明,PCV2-Cap蛋白亚单位疫苗具有良好的免疫保护力,可以与PCV2自然感染猪产生的抗Rep蛋白抗体相鉴别,具有良好的开发前景。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep rep’和Cap蛋白 亚单位疫苗 免疫保护性
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CMA-REPS系统的降水邻域集合概率预报方法研究
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作者 刘志丽 陈静 +1 位作者 陈法敬 王婧卓 《暴雨灾害》 2023年第4期406-414,共9页
基于CMA-REPS V3.1区域集合预报系统,在降水邻域集合概率法的基础上对其算法进行优化,发展了一种优化的邻域集合概率方法。选取该系统2021年5—7月逐日24 h累积降水资料计算降水邻域概率。采用国家气象信息中心开发的三源融合格点降水... 基于CMA-REPS V3.1区域集合预报系统,在降水邻域集合概率法的基础上对其算法进行优化,发展了一种优化的邻域集合概率方法。选取该系统2021年5—7月逐日24 h累积降水资料计算降水邻域概率。采用国家气象信息中心开发的三源融合格点降水产品作为观测降水,用相对作用特征曲线面积评分法对降水邻域概率预报结果进行检验,并与邻域集合概率法和集合平均邻域概率法的评分结果对比,结合典型降水个例,评估三种方法的降水概率预报效果,结果表明优化的邻域集合概率法的评分最高,其反映的降水信息与观测更一致。利用这三种方法的降水邻域概率计算集合降水的分数技巧评分(Fractions Skill Score,FSS),结果显示基于优化的邻域集合概率法的FSS评分高于集合平均邻域概率法,且与邻域集合概率法的FSS评分各有优势,前者对小量级降水,尤其是小雨和中雨的评分最高,后者对大量级降水,尤其是暴雨的评分最高;基于优化的邻域集合概率法的FSS评分相对更客观。 展开更多
关键词 区域集合预报系统 邻域集合概率法 集合平均邻域概率法 FSS评分 曲线面积评分
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思科城域网REP技术在宁夏广播电视网络有限公司的应用
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作者 朱跃峰 李建宁 《广播电视信息》 2009年第6期58-60,共3页
REP技术是思科公司专门为城域网所开发的具有低收敛的弹性以太网协议,与生成树相比,它可以在链路中断后50ms内完成新的二层拓扑构建。此技术在宁夏广播电视网络有限公司全区数据平台上的应用,标志着宁夏广播电视网络有限公司数据平台向... REP技术是思科公司专门为城域网所开发的具有低收敛的弹性以太网协议,与生成树相比,它可以在链路中断后50ms内完成新的二层拓扑构建。此技术在宁夏广播电视网络有限公司全区数据平台上的应用,标志着宁夏广播电视网络有限公司数据平台向电信级平台的靠近。 展开更多
关键词 城域网rep技术 SEGMENT rep环的收敛 rep环的保护
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鸡舍环境金黄色葡萄球菌气溶胶产生及其传播的REP-PCR鉴定 被引量:17
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作者 钟召兵 柴同杰 +3 位作者 段会勇 苗增民 姚美玲 袁文 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1395-1401,共7页
采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的... 采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的粪便,分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive extragenic palindromic elements PCR,REP—PCR)鉴定技术,扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示:4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度(P〈0.05或P〈0.01),但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著(P〉0.05)。REP-PCR结果表明,从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌(38.7%)相似性可达100%,从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌(55.9%)与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100%。可见,它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60%~87%。结果显示,鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶,进入气悬状态,不仅能在舍内传播,而且还能够借助舍内外气体交换,传播到舍外下风一定的距离。从而说明,来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气,对本舍鸡群构成传染威胁,又能传播一定的距离,对周边社区环境空气造成生物污染。 展开更多
关键词 鸡舍 气载金黄色葡萄球菌 rep—PCR 病原菌传播
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Rep-PCR应用于快速鉴定啤酒污染菌的研究 被引量:10
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作者 朱林江 郑飞云 +3 位作者 赵亚洲 邢香楠 李崎 顾国贤 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1013-1020,共8页
为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用,首先比较了DNA提取方法,确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法,从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)_5引物扩增分离菌,采用Gel Com... 为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用,首先比较了DNA提取方法,确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法,从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)_5引物扩增分离菌,采用Gel ComparⅡ软件处理电泳图,构建污染菌的标准指纹图库。经过聚类分析表明,BOXA1R和(GTG)5对Lactobacillusbrevis、L.buchneri、L.casei/paracasei、L.plantarum和L.fermentum的聚类效果具有互补性,并首次提出指纹比对快速鉴定的相似系数阈值的概念。对来自三个不同来源的9株乳酸菌的快速鉴定结果表明,rep-PCR鉴定技术简单、快速、可靠,在快速鉴定方面将具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 rep—PCR BOXAIR (GTG) 相似系数阈值 啤酒腐败菌
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猪圆环病毒Ⅱ型Rep基因在PK15细胞中的表达及特性 被引量:7
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作者 申会刚 周继勇 +4 位作者 陈庆新 郭军庆 陈婷飞 商绍彬 李增魁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期244-246,329,共4页
为研究猪圆环病毒型(PCV2)Rep基因在PK15细胞中的表达特性,通过PCR方法克隆了PCV2杭州株(HZ0201)Rep基因全长945bp片段,与真核表达载体pCI-neo构建为重组质粒pCI-PCV2-Rep。pCI-PCV2-Rep质粒转染PK15细胞后48h,通过RT-PCR可检测到PCV2Re... 为研究猪圆环病毒型(PCV2)Rep基因在PK15细胞中的表达特性,通过PCR方法克隆了PCV2杭州株(HZ0201)Rep基因全长945bp片段,与真核表达载体pCI-neo构建为重组质粒pCI-PCV2-Rep。pCI-PCV2-Rep质粒转染PK15细胞后48h,通过RT-PCR可检测到PCV2RepmRNA的转录;用猪PCV2多抗血清作间接免疫荧光试验,可检测到Rep基因表达产物。在表达量低的细胞中,PCV2Rep蛋白主要位于PK15的细胞浆,在表达量高的细胞中,细胞浆和细胞核中均含有大量的Rep蛋白,表明Rep对PK15细胞的细胞浆和细胞核的亲嗜性没有明显差别。 展开更多
关键词 PK15细胞 猪圆环病毒Ⅱ型 rep 间接免疫荧光试验 PCV2 RT-PCR 基因表达产物 PCR方法 表达特性 重组质粒 真核表达 质粒转染 mRNA 表达量 细胞核 neo pCI 抗血清 胞浆 检测 蛋白 全长
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腺相关病毒Rep78/68蛋白功能的研究进展 被引量:1
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作者 占申标 吕颖慧 李招发 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期24-29,共6页
Rep78/68是腺相关病毒(AAV)基因组编码的具有多种调控功能的非结构蛋白。主要参与了AAV DNA定点整合到人类19号染色体,抑制病毒的生物活性,如腺病毒、类猿病毒SV40等,调节AAV DNA的复制和转录等。重点阐述了定点整合的作用机制,Rep78/AA... Rep78/68是腺相关病毒(AAV)基因组编码的具有多种调控功能的非结构蛋白。主要参与了AAV DNA定点整合到人类19号染色体,抑制病毒的生物活性,如腺病毒、类猿病毒SV40等,调节AAV DNA的复制和转录等。重点阐述了定点整合的作用机制,Rep78/AAV ITR/ICP8复合物的形成机制以及Rep68蛋白的寡聚化特性,Rep78蛋白对p53核输出的限制,AAV Rep78蛋白与人乳头瘤病毒(HPV)E1蛋白相互作用从而促使Rep78和ITR DNA的结合,Rep78对乙型肝炎病毒(HBV)的抑制。这些作用的详细机制仍需完善和充实,对Rep78/68蛋白的相关作用机制的深入研究有助于rAAV基因药物的研发。 展开更多
关键词 AAV rep78 rep68 P53 机制
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香蕉束顶病毒海口分离物Rep基因的克隆、原核表达、抗血清制备及检测 被引量:8
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作者 余乃通 冯团诚 +2 位作者 王健华 张雨良 刘志昕 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期38-43,共6页
[目的]对香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物起始蛋白(replication initiation pro-teins,Rep)基因进行克隆、原核表达、抗血清制备,为BBTV有效的检测及分子流行病学等研究奠定基础。[方法]以海口地区染病香蕉幼嫩... [目的]对香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物起始蛋白(replication initiation pro-teins,Rep)基因进行克隆、原核表达、抗血清制备,为BBTV有效的检测及分子流行病学等研究奠定基础。[方法]以海口地区染病香蕉幼嫩假茎和叶片的总DNA为模板,通过PCR技术克隆BBTV海口分离物的起始蛋白基因,连接到表达载体并进行大肠杆菌原核表达,制备高效价特异性抗血清。[结果]应用PCR方法从染毒香蕉幼嫩假茎和叶片总DNA中扩增复制rep基因,回收目的片段后经酶切,获得了含BBTV Rep基因的重组质粒pET32b-Rep。将重组质粒转化E.coliBL21(DE3),经不同的时间、温度及IPTG浓度优化,12%SDS-PAGE电泳分析,在20℃、0.1 mmol/L IPTG条件诱导4h,最终获得大量的可溶性融合蛋白。将可溶性蛋白上清液经Ni2+-NTA亲和层析柱纯化,得到高纯度的融合蛋白。用纯化后的融合蛋白免疫家兔,获得了BBTV Rep蛋白抗血清。以融合蛋白做抗原,间接ELISA法测定抗血清效价大于125 000。以田间样品做抗原时,结果表明抗血清最佳工作浓度为1∶1 000。Western blot鉴定结果表明抗血清能与融合蛋白特异性结合。[结论]利用Rep基因制备的特异性抗血清在BBTV病毒粒体的组装机制研究及病毒病诊断上具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 香蕉束顶病毒 rep基因 原核表达 抗血清制备
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rep-PCR指纹图谱技术在乳酸菌鉴定中的应用 被引量:6
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作者 满朝新 迟涛 +6 位作者 胡博韬 房玉国 王旻 周艳秋 韩琳琳 胡惠秩 姜毓君 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2010年第5期4-6,共3页
采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus pl... 采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus plantarum和Lactobacillus helveticus等6种菌种是这些传统发酵乳中常见的种,而植物乳杆菌Lactobacillus plantarum为优势种;而且还发现同一乳酸菌种群指纹图谱存在一些特征性的条带,这将为我们快速鉴定乳酸菌提供了理论依据。 展开更多
关键词 乳酸菌 rep—PCR 传统发酵乳制品
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REP-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用 被引量:8
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作者 何培新 刘伟 +2 位作者 郭恒 程雁 申进文 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2008年第2期78-81,共4页
研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌... 研究了REP-PCR技术在平菇栽培菌株分类鉴定中的应用。结果表明,REP-PCR技术对供试平菇菌株扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高。聚类分析表明,在聚类重新标定距离为11时,23个供试菌株聚类为六大类群;在聚类重新标定距离为17时,23个菌株聚类为四大类群:杏鲍菇、白灵菇和秀珍菇为独立的类群,20个糙皮侧耳栽培菌株聚类在一起。因此,REP-PCR技术可以应用于侧耳属种及菌株水平的鉴定。 展开更多
关键词 rep—PCR技术 平菇 菌株鉴定 聚类分析
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