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冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因的筛选及验证
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作者 多力昆·木台力甫 阿布都乃比·麦麦提艾力 伊加提·司马义 《山东医药》 CAS 2024年第30期34-38,共5页
目的筛选冠状动脉粥样硬化患者外周血单个核细胞关键RNA结合蛋白基因,并对其进行验证。方法①冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因筛选选择冠状动脉粥样硬化患者5例(观察组)、健康志愿者5例(对照组),采用转录组测序技术... 目的筛选冠状动脉粥样硬化患者外周血单个核细胞关键RNA结合蛋白基因,并对其进行验证。方法①冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因筛选选择冠状动脉粥样硬化患者5例(观察组)、健康志愿者5例(对照组),采用转录组测序技术检测外周血单个核细胞RNA转录组,运用R软件“edgeR”包筛选P<0.05、|logFC|>1、错误发现率<0.05的单个核细胞差异表达基因。从RNA结合蛋白数据库中下载人单个核细胞的RNA结合蛋白相关基因资料,与外周血单个核细胞差异表达基因取交集后获得冠状动脉粥样硬化单个核细胞RNA结合蛋白相关差异表达基因。运用TopHat2、ABLas软件筛选冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞差异表达RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件。筛选相对表达量最高的单个核细胞RNA结合蛋白相关差异表达基因为关键RNA结合蛋白基因。②冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因验证另选取冠状动脉粥样硬化患者10例(一组)、健康志愿者10例(二组),抽取外周静脉血后分离外周血单个核细胞,采用qRT-PCR法检测2组RNA结合蛋白关键基因。从GEO数据库(GSE40231、GSE43292、GSE100927、GSE27034)数据集中,检索冠状动脉粥样硬化患者、健康志愿者外周血单个核细胞RNA结合蛋白关键基因表达资料。结果冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞的差异RNA结合蛋白相关基因有:过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α、锌指RNA结合蛋白2、SAM域、SH3域和核定位信号1(SAMSN1)、肝配蛋白A型受体2、RNA结合基序蛋白24、多种剪接形式的RNA结合蛋白2、SH3和多个锚蛋白重复结构域1。与对照组相比,观察组患者单个核细胞RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件多(P<0.05)。关键RNA结合蛋白基因为SAMSN1。与二组相比,一组患者外周血单个核细胞SAMSN1相对表达量升高(P<0.05)。GEO数据库数据结果显示,相比于健康志愿者,冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞单个核细胞SAMSN1相对表达量升高(P<0.05)。结论冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因为SAMSN1基因。相比于健康志愿者,冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞SAMSN1基因表达升高,可变剪接事件增多。SAMSN1基因可能通过调控RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件,参与冠状动脉粥样硬化的发生发展。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 rna结合蛋白基因 SH3域和核定位信号1基因 SH3域和核定位信号1 可变剪接 冠状动脉粥样硬化
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外泌体相关RNA结合蛋白基因通过参与先天免疫对肝细胞癌发展的可能性影响研究
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作者 黄小程 黄双平 +6 位作者 董梦婷 陈淼 阚宠 卢东军 唐玉莲 倪安妮 李根亮 《吉林医学》 CAS 2020年第7期1541-1544,共4页
目的:探讨外泌体相关RNA结合蛋白在肝细胞癌(HCC)中的可能功能。方法:对肿瘤微环境(TM)和生理微环境(PM)组织进行RNA测序(RNA-seq)和生物信息学分析,探讨外泌体相关RNA结合蛋白差异表达基因的生理功能,并用RT-qPCR验证实验结果。结果:... 目的:探讨外泌体相关RNA结合蛋白在肝细胞癌(HCC)中的可能功能。方法:对肿瘤微环境(TM)和生理微环境(PM)组织进行RNA测序(RNA-seq)和生物信息学分析,探讨外泌体相关RNA结合蛋白差异表达基因的生理功能,并用RT-qPCR验证实验结果。结果:在TM和PM之间发现69个参与免疫反应的外泌体相关RNA结合蛋白差异表达基因。经功能富集显示,它们共参与了12个生物学程序(BP)、4个细胞组分(CC)、1个信号通路(KEGG)和3个蛋白位点序列特征(UP-SEQ)。进一步分析发现,功能主要聚集在免疫应答,尤其是先天免疫,还有参与补体激活经典途径、炎性反应等。另外引起基因多态性的SNV分析发现,这些差异表达基因的SNV与基因表达呈负相关。结论:在TM和PM中外泌体相关RNA结合蛋白基因存在差异表达,生物信息学显示其可能涉及到多个生物学过程,且可能通过参与先天免疫影响HCC发展。 展开更多
关键词 外泌体 rna结合蛋白基因 先天免疫 HCC
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多房棘球蚴RNA结合蛋白EWS的原核表达及其细胞定位与功能的初步鉴定
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作者 严玉婷 郭小腊 +3 位作者 孙玥 何学东 丁军涛 郑亚东 《动物医学进展》 北大核心 2023年第12期29-35,共7页
通过对多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis)RNA结合蛋白EWS(EmEWS)基因的原核表达、抗体制备、细胞定位等研究,初步探究EmEWS基因特征以及与RNA的结合能力。根据Wormbase数据库中EmEWS基因序列设计引物,利用RT-PCR扩增EmEWS基因... 通过对多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis)RNA结合蛋白EWS(EmEWS)基因的原核表达、抗体制备、细胞定位等研究,初步探究EmEWS基因特征以及与RNA的结合能力。根据Wormbase数据库中EmEWS基因序列设计引物,利用RT-PCR扩增EmEWS基因并构建重组表达质粒,诱导表达、纯化重组蛋白,制备EmEWS多克隆抗体后进行Western blot、实时荧光定量PCR、免疫荧光定位、双荧光测定。结果表明,EmEWS基因长度为1485 bp,编码495个氨基酸,在多房棘球蚴原代细胞中表达量较高,在原头蚴中最低。生物信息学分析表明,细粒棘球蚴EWS与EmEWS相似性高达98.3%,且EmEWS的RBD结构域在绦虫中高度保守。EmEWS重组蛋白大小约为54 ku,制备的多克隆抗体可识别多房棘球绦虫中天然EmEWS蛋白。细胞定位显示EmEWS主要分布在细胞膜上。双荧光试验证明EmEWS可以与结合富含UG的RNA序列结合。综合上述结果,推测EmEWS可能作为转录调控因子参与小RNA的形成,同时有助于核蛋白的运输。 展开更多
关键词 多房棘球蚴 rna结合蛋白EWS基因 原核表达 多克隆抗体 免疫荧光
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肺腺癌组织中RNA结合基序蛋白38和p53基因的表达及其临床意义 被引量:3
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作者 尚自强 童莹 +3 位作者 宋佳 薛亚斌 况志星 王洪江 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期900-903,共4页
目的:分析肺腺癌组织中RNA结合基序蛋白38基因(RNA-binding motif protein 38,RBM38)及抑癌基因p53 m RNA和蛋白的表达情况,探讨其在肺腺癌发生发展中的意义。方法:取2012年10月至2015年6月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的50例肺腺癌患... 目的:分析肺腺癌组织中RNA结合基序蛋白38基因(RNA-binding motif protein 38,RBM38)及抑癌基因p53 m RNA和蛋白的表达情况,探讨其在肺腺癌发生发展中的意义。方法:取2012年10月至2015年6月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的50例肺腺癌患者的肿瘤组织标本作为实验组,相对应的癌旁组织标本作为对照组。用RT-PCR法检测两组中RBM38及p53m RNA相对表达量,用Western blotting法检测两组中RBM38及p53蛋白的相对表达量。结果:实验组RBM38 m RNA及蛋白相对表达量(0.357±0.170、0.294±0.149)均高于对照组(0.271±0.128、0.206±0.099),实验组p53 m RNA及蛋白(0.457±0.208、0.671±0.200)相对表达量均高于对照组(0.308±0.167、0.332±0.071),差异均有统计学意义(均P<0.01)。RBM38表达与肺腺癌患者TNM分期、浸润深度有关(P<0.05),p53表达与患者TNM分期有关(P<0.05)。实验组RBM38与p53蛋白表达呈负相关(r=-0.626,P<0.01)。结论:肺腺癌组织RBM38、p53 m RNA及蛋白表达均高于癌旁组织,两者均与患者TNM分期等病理参数关系密切。随着RBM38蛋白表达的增加p53蛋白随之减少,RBM38可能通过抑制p53的翻译从而促进肺癌的发生发展,RBM38可能成为肺腺癌分子靶向治疗的靶点。 展开更多
关键词 肺腺癌 rna结合基序蛋白38基因 P53基因
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水杨酸对烟草GRPs基因表达的影响 被引量:3
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作者 董霞 李文正 +3 位作者 黄夸克 兰建强 李正风 刘世贵 《吉首大学学报(自然科学版)》 CAS 2008年第2期86-91,共6页
通过RT-PCR得到富含甘氨酸RNA结合蛋白(GRPs)基因片段,利用northern杂交技术对水杨酸诱导不同时间不同烟草GRPs基因的表达模式进行研究.结果表明:水杨酸能诱导烟草GRPs基因上调表达,3h达到最高,然后开始下降;但3个TMV抗性不同的供试烟... 通过RT-PCR得到富含甘氨酸RNA结合蛋白(GRPs)基因片段,利用northern杂交技术对水杨酸诱导不同时间不同烟草GRPs基因的表达模式进行研究.结果表明:水杨酸能诱导烟草GRPs基因上调表达,3h达到最高,然后开始下降;但3个TMV抗性不同的供试烟草增加幅度不同,基因表达幅度与抗性有一定关系,抗性强的红花大金元表达增幅大于抗性较弱的云烟85.本研究明确了水杨酸诱导下烟草该基因的表达谱,揭示了SA诱导烟草不同抗性的品种的幅度不同,并且发现诱导后3h为关键点,表明GRPs基因可作为烟草水杨酸代谢途径中的一个标记基因研究其途径对逆境的应答. 展开更多
关键词 水杨酸 富含甘氨酸rna结合蛋白基因(GRP) NORTHERN杂交 基因表达 烟草
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LEAFY HEAD2,which encodes a putative RNA-binding protein,regulates shoot development of rice 被引量:11
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作者 Guo Sheng Xiong Xing Ming Hu +5 位作者 Yong Qing Jiao Yan Chun Yu Cheng Cai Chu Jia Yang Li Qian Qian Yong Hong Wang 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2006年第3期267-276,共10页
During vegetative development, higher plants continuously form new leaves in regular spatial and temporal patterns. Mutants with abnormal leaf developmental patterns not only provide a great insight into understanding... During vegetative development, higher plants continuously form new leaves in regular spatial and temporal patterns. Mutants with abnormal leaf developmental patterns not only provide a great insight into understanding the regulatory mechanism of plant architecture, but also enrich the ways to its modification by which crop yield could be improved. Here, we reported the characterization of the rice leafy-head2 (lhd2) mutant that exhibits shortened plastochron, dwarfism, reduced tiller number, and failure of phase transition from vegetative to reproductive growth. Anatomical and histological study revealed that the rapid emergence of leaves in lhd2 was resulted from the rapid initiation of leaf primordia whereas the reduced tiller number was a consequence of the suppression of the tiller bud outgrowth. The molecular and genetic analysis showed that LHD2 encodes a putative RNA binding protein with 67% similarity to maize TEl. Comparison of genome-scale expression profiles between wild-type and lhd2 plants suggested that LHD2 may regulate rice shoot development through KNOXand hormone-related genes. The similar phenotypes caused by LHD2 mutation and the conserved expression pattern of LHD2 indicated a conserved mechanism in controlling the temporal leaf initiation in grass. 展开更多
关键词 PHYLLOTAXY PLASTOCHRON LHD2 rna-binding protein stem elongation plant architecture Oryza sativa L
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水稻野败型细胞质雄性不育系统花药的RRM特异引物差异展示分析 被引量:2
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作者 景润春 易平 +1 位作者 孙清萍 朱英国 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期842-846,共5页
根据 RRM RNA结合蛋白基因家族共有保守序列设计特异引物 ,对水稻野败型细胞质雄性不育系、保持系、恢复系及 F1杂种单核期花药进行差异展示分析。不同材料间具有稳定表达的组成型RRM RNA结合蛋白基因 ,同时具有丰富的差异表达的具调控... 根据 RRM RNA结合蛋白基因家族共有保守序列设计特异引物 ,对水稻野败型细胞质雄性不育系、保持系、恢复系及 F1杂种单核期花药进行差异展示分析。不同材料间具有稳定表达的组成型RRM RNA结合蛋白基因 ,同时具有丰富的差异表达的具调控功能的 RRM RNA结合蛋白基因。不同材料间差异表达的 RRM RNA结合蛋白基因类型分析说明 RRM RNA结合蛋白基因家族参与了细胞质雄性不育系统的核质互作。 展开更多
关键词 水稻 细胞质雄性不育 rna识别基序 rna结合蛋白基因家庭 差异展示
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鲤与生长性状相关的EST-SSRs标记筛选 被引量:21
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作者 顾颖 曹顶臣 +5 位作者 张研 常玉梅 李鸥 张晓峰 鲁翠云 孙效文 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期15-22,共8页
以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测。利用Win... 以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测。利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记。对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型。将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,有3条EST序列与蛋白库中已知功能的序列高度同源。其中HLJE225与编码斑马鱼(Denio rerio)冷诱导基因RNA结合蛋白的基因同源性水平高达97%,HLJE222与编码斑马鱼DAZ相关蛋白1基因同源性水平也高达97%,HLJE599与编码斑点叉尾(Ictalurus punctatus)核糖体蛋白L6基因的同源水平为87%。本研究鉴定的与鲤生长性状相关的功能基因及有利用价值的基因型,为鲤重要生长性状的QTL(数量性状基因座)定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据。 展开更多
关键词 EST-SSRS 生长性状 BLAST 冷诱导基因rna结合蛋白 DAZ相关蛋白1 核糖体蛋白L6
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