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献血者HBVs基因变异的生物信息学分析
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作者 范加诚 李青 +2 位作者 陈秀丽 刘世香 陈烨 《中国输血杂志》 CAS 2024年第8期933-939,共7页
目的分析HBV DNA+/HBsAg-献血者的传染性指标、S区基因序列突变情况及生物信息学特征变化。方法通过PCR方法筛查出1份HBV DNA+/HBsAg-的标本,应用酶联免疫和化学发光方法检测该标本乙肝病毒5项指标,对该标本HBVs区基因片段测序并分析变... 目的分析HBV DNA+/HBsAg-献血者的传染性指标、S区基因序列突变情况及生物信息学特征变化。方法通过PCR方法筛查出1份HBV DNA+/HBsAg-的标本,应用酶联免疫和化学发光方法检测该标本乙肝病毒5项指标,对该标本HBVs区基因片段测序并分析变异情况,应用分析软件对所测序列进行生物信息学分析。结果该标本HBV DNA+、HBsAg-、HBsAb+、HBeAg+、HBeAb-、HBcAb+;HBVs区基因序列内发生氨基酸单位点突变(P151L),空间结构发生改变。结论HBVs区基因序列空间结构改变,可能是导致检测结果出现血清学HBsAg-/HBsAb+/HBV DNA+的原因。 展开更多
关键词 HBV OBI s基因 献血者 生物信息学
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2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析 被引量:15
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作者 李雨琪 许静茹 +12 位作者 郑欣 黄林洁 周娴静 朱智豪 陈芳婷 邓莹滋 蔡思思 靳雨欣 刘璐 董波 戴爱玲 李晓冰 范克伟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期84-91,共8页
为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用Meg... 为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%~63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp~4161 bp,共编码1382 aa~1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%~100%和93.8%~100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GIIb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55~aa56、aa135~aa136和aa155~aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失。与GII型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00%~83.82%,其中18株GIIb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GIIa亚型、GIIb亚型、GIa亚型及GIb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年。上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视。本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 s基因 遗传变异 基因重组 分歧时间
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北京市猫冠状病毒流行特征及S基因遗传进化分析
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作者 吴迪 李志军 +3 位作者 苗东影 李刚 陈会玲 杜鹃 《中国动物检疫》 CAS 2024年第10期23-29,共7页
为了解北京市猫冠状病毒(feline coronavirus,FCoV)的生物型、血清型、遗传进化情况及其流行特征,对2023年在北京市动物医院收集的24份疑似FCoV感染猫的粪便或肛拭子样品进行RT-PCR检测、S基因扩增测序分析,并依据检测结果分析了来源猫... 为了解北京市猫冠状病毒(feline coronavirus,FCoV)的生物型、血清型、遗传进化情况及其流行特征,对2023年在北京市动物医院收集的24份疑似FCoV感染猫的粪便或肛拭子样品进行RT-PCR检测、S基因扩增测序分析,并依据检测结果分析了来源猫年龄和采样季分布特征。结果显示:24份疑似样品中,检出11份FCoV阳性,其S基因核苷酸序列同源性为86.7%~98.5%,与日本、德国分离株同源性较高;11份阳性样品的血清型均为FCoV-I型,生物型均为猫肠道冠状病毒(FECV);猫只年龄与FCoV感染率呈负相关,季节变化与FCoV感染率不相关。结果表明:北京市2023年猫只感染的FCoV毒株属于同一血清型与生物型,且幼猫更易感染,一年四季皆可流行,同时提示毒株可能由入境宠物猫传入。因此在加强FCoV感染防控的同时,应重视出入境宠物猫FCoV的检测。 展开更多
关键词 猫冠状病毒 s基因 生物型 血清型 同源性 流行特征
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一株猪流行性腹泻病毒的鉴定及S基因分析
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作者 潘延乐 张月 +6 位作者 李常银 杨潞 杨漫漫 邹依玲 文洪枚 田志革 尹华江 《中国动物保健》 2024年第8期93-95,共3页
为了解宜宾市猪流行性腹泻病毒(PEDV)的基因组特征,本试验利用RT-PCR技术从腹泻仔猪肠道内含物中分离出一株感染宜宾市猪流行性腹泻病毒(PEDV)的株系,并将其命名为SCYB202212。通过RT-PCR方法对S基因进行扩增,对测序结果拼接并构建系统... 为了解宜宾市猪流行性腹泻病毒(PEDV)的基因组特征,本试验利用RT-PCR技术从腹泻仔猪肠道内含物中分离出一株感染宜宾市猪流行性腹泻病毒(PEDV)的株系,并将其命名为SCYB202212。通过RT-PCR方法对S基因进行扩增,对测序结果拼接并构建系统进化树。结果表明SCYB202212的S基因长度为4161 bp;系统发育树分析发现,SCYB202212与CH-HeN-ZLH-2022,SXSL,S2021株处于同一独立分支,属于GⅡ-a亚型。本研究有助于深入了解宜宾市PEDV分离毒株的分子特性,为后续该病的诊断试剂和疫苗开发提供依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 s基因 分子特性
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表达猪流行性腹泻病毒变异株S基因重组伪狂犬病病毒的构建与鉴定 被引量:2
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作者 张传健 郭仕琦 +6 位作者 郭容利 刘晓琳 陈赛赛 王志胜 曾容愚 咼荣兵 王继春 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第2期51-58,共8页
为研制预防猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株感染的重组伪狂犬病病毒(PRV)活载体疫苗,本研究应用PRV变异株的细菌人工染色体和同源重组技术,将PEDV流行株的S基因表达盒插入PRV基因组UL40与UL41之间的非编码区,构建重组病毒rPRV-S(UL40-41)... 为研制预防猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株感染的重组伪狂犬病病毒(PRV)活载体疫苗,本研究应用PRV变异株的细菌人工染色体和同源重组技术,将PEDV流行株的S基因表达盒插入PRV基因组UL40与UL41之间的非编码区,构建重组病毒rPRV-S(UL40-41),该毒株还缺失了TK和gE基因。生长动力学显示该毒株在猪睾丸(ST)细胞的增殖效率与亲本毒株相似,表明S基因表达盒的插入对病毒生长性能无显著影响。重组病毒在ST细胞传至15代,PCR和测序鉴定S基因未发生碱基的丢失和变异,间接免疫荧光显示重组病毒感染鸡胚成纤维细胞后可稳定表达S蛋白。应用该毒株接种断奶仔猪,产生低水平的针对PEDV的抗体。该研究为PRV活载体疫苗的构建奠定了基础。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 猪流行性腹泻病毒 重组病毒 s基因 细菌人工染色体
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茶树CsGID1s基因家族的克隆及功能分析 被引量:3
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作者 袁连玉 韩雨欣 +2 位作者 代洪苇 郑姝婷 童华荣 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期75-86,共12页
赤霉素(GA)是重要的植物激素,广泛参与植物生长发育和逆境响应过程. GID1s蛋白是GA受体,在GA信号转导途径中发挥着重要的调控作用.研究克隆获得了3个‘福鼎大白’茶树的GA受体蛋白家族基因:CsGID1A,CsGID1B和CsGID1C,分别编码蛋白长度为... 赤霉素(GA)是重要的植物激素,广泛参与植物生长发育和逆境响应过程. GID1s蛋白是GA受体,在GA信号转导途径中发挥着重要的调控作用.研究克隆获得了3个‘福鼎大白’茶树的GA受体蛋白家族基因:CsGID1A,CsGID1B和CsGID1C,分别编码蛋白长度为346 aa, 430 aa, 340 aa,理论等电点分别为8.31, 5.97和5.63,均定位于细胞核.系统进化树和保守结构域分析表明:3个茶树GA受体蛋白间氨基酸序列高度保守,且与葡萄GIDs亲缘最近;3个CsGID1s蛋白的二级和空间结构为羧酸酯酶蛋白家族的典型结构.转录组数据分析显示:在茶树不同组织部位中,CsGID1C基因的表达量均较高,且CsGID1s基因在叶片和花发育初期的表达量低于嫩叶和半开花组织.CsGID1A和CsGID1B基因在幼嫩组织中的表达量低于成熟组织.外源赤霉素GA3胁迫处理结果显示:75μmol/L GA3处理24 h后,CsGID1s基因的表达受到抑制;100μmol/L GA3处理48 h后,CsGID1s基因的表达被诱导上调.启动子元件分析结果也显示:CsGID1s家族基因启动子中均含有多个GA及其他非生物逆境胁迫响应的元件.综上表明:CsGID1s基因参与茶树赤霉素GA信号调控及其他非生物逆境的胁迫响应过程,可为GA信号转导及其在茶树生长发育过程中的功能研究提供理论参考. 展开更多
关键词 茶树 CsGID1s基因 生物信息学 基因克隆
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北京地区66个甜樱桃品种花期调查和S基因型列表 被引量:1
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作者 张晓明 闫国华 +4 位作者 段续伟 王晶 周宇 吴传宝 张开春 《中国果树》 北大核心 2023年第3期108-111,共4页
总结了北京地区2008—2022年66个甜樱桃品种花期的调查结果,在此期间,同一品种花期因春季气温的不同而有明显的变化,初花期最早的年份是2020年,最晚的是2010年,相差21~23 d。大部分品种多数年份初花期均在4月上旬。初花期和盛花期间隔... 总结了北京地区2008—2022年66个甜樱桃品种花期的调查结果,在此期间,同一品种花期因春季气温的不同而有明显的变化,初花期最早的年份是2020年,最晚的是2010年,相差21~23 d。大部分品种多数年份初花期均在4月上旬。初花期和盛花期间隔相对稳定,基本为1~2 d,花期长度因品种和年份而异,相差2~5 d。以2018—2020年3年的数据为基准,对66个甜樱桃品种的初花期进行了排序,罗亚明(Minie Royal)最早,黑金(Black Gold)最晚。从开花最早的品种初花期到最晚的品种末花期共持续了26 d,各品种花期长度为11~14 d。此外整理了这些品种的S基因型,以供科研生产中授粉品种选择和搭配时参考。 展开更多
关键词 甜樱桃 花期 s基因
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陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析
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作者 朱小甫 吴旭锦 +2 位作者 郑红青 尹宝英 熊忙利 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第2期1-10,21,共11页
【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒(PEDV)主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株... 【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒(PEDV)主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4149~4167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978~OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%~98.3%,氨基酸同源性为91.0%~98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%~98.5%,氨基酸同源性为87.8%~98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%(88/1383),其中在59~62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160~161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 s基因 基因序列分析 生物学信息 陕西省
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猪流行性腹泻病毒TaqMan检测方法的建立及基于S基因的遗传变异分析 被引量:3
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作者 翟刚 顾文源 +4 位作者 刘涛 刘莹 张帅 范京惠 左玉柱 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期847-854,共8页
旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒(PEDV)的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件... 旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒(PEDV)的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了一种应用于猪场筛查PEDV的qPCR方法,并对筛查出的阳性样品S基因扩增测序后进行遗传进化分析。结果显示:该方法的特异性强,与猪圆环病毒2型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)及传染型胃肠炎病毒(TGEV)等猪病常见病原均无交叉反应;建立的检测方法对pMD19T-PEDV标准品的最低检测下限为1.09×101拷贝·μL^(-1),比普通PCR灵敏约100倍,敏感性高;组内和组间的变异系数均小于1%,重复性良好。基于S全基因成功克隆出的9条序列分布于GⅡ的两个亚群,克隆的9条序列的核苷酸相似性为96.6%~99.1%;氨基酸的相似性为94.6%~98.7%。结果表明:本研究得到的PEDV流行株与近年来国内分离株的关系较为密切,而与中国目前使用的疫苗株以及欧洲株亲缘关系较远,这表明河北部分地区PEDV当前流行毒株比较复杂且有变异的趋势,提示持续检测PEDV流行毒株变异动态的必要性。本研究不仅为PEDV的临床诊断提供了技术支持,更为进一步掌握PEDV遗传进化规律提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 qPCR s基因 遗传变异分析
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1株猪流行性腹泻病毒CH/JSNT/2022/Jan株的分离及其S基因遗传进化分析 被引量:1
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作者 周金柱 范宝超 +8 位作者 李基棕 茅爱华 王丹丹 郭容利 钟纯燕 李科茫 武琦 张雪寒 李彬 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第3期88-95,共8页
2022年1月份江苏南通一养猪场产房仔猪发生严重腹泻,发病率和死亡率均超过80%,原因未知。死亡仔猪肠道样本经RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PoRV),结果显示:仅PEDV... 2022年1月份江苏南通一养猪场产房仔猪发生严重腹泻,发病率和死亡率均超过80%,原因未知。死亡仔猪肠道样本经RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PoRV),结果显示:仅PEDV检测为阳性,TGEV、PDCoV和PoRV检测均为阴性。将处理好的肠内容物接种Vero细胞,接种后48 h即观察到典型细胞融合、聚集成合胞体的PEDV典型细胞病变,且能够在Vero细胞上稳定传代,表明成功分离到病毒,并将其命名为CH/JSNT/2022/Jan株。通过电镜观察,观察到近似球形、直径约为100 nm、表面有囊膜和纤突的冠状病毒样粒子,表明分离毒株可能为PEDV。进一步对该毒株的S基因进行测序,序列相似性分析结果显示,分离毒株CH/JSNT/2022/Jan与PEDV S基因参考毒株的核苷酸序列相似性为93.5%~99.7%,氨基酸序列相似性为92.8%~99.9%;遗传进化分析结果显示,该分离株为GⅡa型,与多个2020年和2021年中国流行株处于同一进化分支,与疫苗株CV777、AJ1102和LW/L的遗传进化距离较远。研究结果表明,PEDV的田间流行株在不断变化,流行株的分离对PEDV疫苗研发和新的防控策略的制定具有重要意义。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 病毒分离 s基因 遗传进化
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基于CO1、CytB及28S基因的西藏圆柏大痣小蜂分子系统发育研究
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作者 徐磊 赵建燕 +3 位作者 赵塘颉 熊忠平 潘涌智 吴培福 《林业世界》 2023年第1期13-20,共8页
圆柏大痣小蜂Megastigmus sabinae是西藏自治区昌都市大果圆柏的主要种实害虫,对该树种的自然更新和育种等工作造成了严重的危害,为此本研究对圆柏大痣小蜂CO1、CytB及28S基因的部分序列进行了测序分析,以期为该害虫的防治和鉴定提供理... 圆柏大痣小蜂Megastigmus sabinae是西藏自治区昌都市大果圆柏的主要种实害虫,对该树种的自然更新和育种等工作造成了严重的危害,为此本研究对圆柏大痣小蜂CO1、CytB及28S基因的部分序列进行了测序分析,以期为该害虫的防治和鉴定提供理论基础。结果表明:圆柏大痣小蜂CO1和CytB基因具有昆虫线粒体基因的核苷酸组成特征,而28S基因偏向使用碱基G和C,与线粒体基因形成了对比。CO1、CytB和28S基因碱基的使用频率存在偏向性。圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus、M. amicorum等有较近的遗传进化距离。三种基因的转换率明显大于颠换率,而不同基因间,其转换和颠换的具体模式存在差异性。大痣小蜂线粒体CO1和CytB基因密码子使用具有节肢动物样的偏向性。进化分析表明,圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus有很近的进化关系。该研究结果为大痣小蜂的综合防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 圆柏大痣小蜂 CO1基因 CYTB基因 28s基因 测序分析
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我国16省份猪流行性腹泻病毒临床检测及基于S基因的遗传进化分析 被引量:4
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作者 赵文影 黄柏成 +5 位作者 谢莉敏 卫璐璐 杨倩 张云静 高晓静 田克恭 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第11期94-103,共10页
为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)在国内的流行与变异情况,本研究应用RT-PCR方法对2020—2021年采集的16省市共732份猪腹泻病料进行PEDV核酸检测,并对PEDV阳性样本进行S基因扩增、测序以及遗传进化分析。... 为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)在国内的流行与变异情况,本研究应用RT-PCR方法对2020—2021年采集的16省市共732份猪腹泻病料进行PEDV核酸检测,并对PEDV阳性样本进行S基因扩增、测序以及遗传进化分析。结果显示,2020—2021年采集的732份样本中489份PEDV阳性,阳性率为66.80%。获得76株PEDV S基因序列,遗传进化和核苷酸一致性分析显示71株为GⅡb型、5株为S INDEL型,毒株间核苷酸序列一致性为93.9%~100%。对贵州铜仁2020年2株和2021年3株S基因序列比对结果显示,2021年3株S基因序列一致性为100%,且与2020年的1株序列一致性为99.9%;对江苏盐城2020年2株和2021年2株S基因序列比对分析,其核苷酸一致性为97.6%~99.2%。对获得的76株S基因编码蛋白的氨基酸序列比对分析,与疫苗株CV777相比,71株GⅡb型毒株S基因序列与GII型代表株具有高度相似的遗传标记,包括在58~59位氨基酸之间存在4个氨基酸的插入,在139~140位氨基酸间存在1个氨基酸的插入;5株S基因序列除具有与S-INDEL型代表株相同的遗传标记外,在139~140位氨基酸间存在1个氨基酸的缺失,且在S蛋白N端存在多处连续突变;此外,ZJLS10-2021株、GXNN14-2021株与其他基因型相比分别在1267~1268位氨基酸之间存在1个氨基酸的插入,在379~383位氨基酸之间存在3个氨基酸的插入。研究结果表明,我国不同省市PEDVS基因具有易突变特性,同一地域主要流行毒株具有相对遗传稳定性。本研究为进一步监测和分析引起我国猪群腹泻的发生、流行、追踪和溯源及研究PEDV传播的途径和遗传变异规律提供了有力的数据支持,同时为猪腹泻病的防控和疫苗研发提供理论和技术参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 流行病学 s基因 遗传变异
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2020-2021年新疆地区猪流行性腹泻病毒S基因遗传变异分析 被引量:3
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作者 李媛 张盼 +3 位作者 杜久斌 候凤 贺笋 唐慧芬 《动物医学进展》 北大核心 2023年第5期16-21,共6页
为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织,利用RT-PCR方法对PEDV进行检测,选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序,并对其序列、遗传进... 为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织,利用RT-PCR方法对PEDV进行检测,选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序,并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示,326份样品中共有152份样品为PEDV阳性,阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%~100%(98.2%~99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%~98.0%(91.2%~97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%~93.4%(92.3%~92.7%)。遗传进化分析显示,11份阳性样品均位于GIIa亚群,与中国疫苗株CV777处于不同的分群,说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示,11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失,中和表位的COE区域变异较大,这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明,从分子水平明确了2020-2021年新疆地区PEDV的流行与变异情况,为新疆地区PED的防控提供了科学依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 s基因 遗传变异
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猪丁型冠状病毒S基因的原核表达及多克隆抗体的制备
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作者 张政 秦秋英 +7 位作者 洪大林 覃先锦 樊柳忻 刘科勉 陈樱 韦祖樟 黄伟坚 欧阳康 《广西农学报》 2023年第5期31-36,共6页
纤突(Spike,S)蛋白是猪丁型冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)诱导机体产生抗体的主要抗原,为制备其重组蛋白和多克隆抗体,本实验对分离株CHN/20GXNN-1/2020的S基因进行序列分析,选择抗原指数较高的b区S1b,克隆至表达载体pET-32... 纤突(Spike,S)蛋白是猪丁型冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)诱导机体产生抗体的主要抗原,为制备其重组蛋白和多克隆抗体,本实验对分离株CHN/20GXNN-1/2020的S基因进行序列分析,选择抗原指数较高的b区S1b,克隆至表达载体pET-32a进行原核表达,重组蛋白S1b主要以包涵体形式表达,大小约为34.1 kDa。利用Ni-NTA琼脂糖树脂纯化的重组蛋白免疫新西兰大白兔,制备多克隆抗体。通过间接ELISA测定多克隆抗体的效价高于1∶128000,Western blot和IFA均证明其可以与病毒S蛋白特异性结合。本研究制备的多克隆抗体特异性良好,为进一步研发PDCoV的检测方法和研究S蛋白的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 PDCoV s基因 原核表达 多克隆抗体
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京白梨等品种S基因型鉴定及新基因S_(28)和S_(30)的核苷酸序列分析 被引量:42
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作者 张妤艳 吴俊 +1 位作者 衡伟 张绍铃 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期496-500,共5页
根据梨S基因高度保守区C1和C3区,设计1对引物P1和P2,对梨品种的基因组DNA进行S基因特异扩增、克隆、测序,并在GenBank中BLAST比较,确定S基因特异性片段,对京白梨等6个供试自交不亲和品种的S基因型比对结果为:白梨中的‘库尔勒香梨’为S2... 根据梨S基因高度保守区C1和C3区,设计1对引物P1和P2,对梨品种的基因组DNA进行S基因特异扩增、克隆、测序,并在GenBank中BLAST比较,确定S基因特异性片段,对京白梨等6个供试自交不亲和品种的S基因型比对结果为:白梨中的‘库尔勒香梨’为S21S28,‘苹果梨’为S17S19;砂梨中的‘台湾蜜梨’为S11S22;西洋梨中的‘葫芦梨’为SaSb;秋子梨中的‘京白’为S16S30,‘早梨18’为S4S28。其中S28和S30为首次登录的新S基因,在GenBank的登录号分别为AY562394(库尔勒香梨)和AY876945(京白)。 展开更多
关键词 自交不亲和性 s基因 s基因型鉴定
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梨20个品种S基因型的鉴定及新S-RNases基因的克隆 被引量:14
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作者 衡伟 张绍铃 +2 位作者 方成泉 吴华清 吴俊 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期313-318,共6页
为了鉴定我国梨品种和一些野生类型个体的S基因型,应用S-RNases特异PCR扩增、克隆和测序,对其S-RNases基因核苷酸序列进行分析,鉴定了20个梨品种和野生类型个体的S基因型。起源于我国的‘奥连’(SpS32)、‘吊蛋’(SdSe)、‘沙疙瘩’(S36... 为了鉴定我国梨品种和一些野生类型个体的S基因型,应用S-RNases特异PCR扩增、克隆和测序,对其S-RNases基因核苷酸序列进行分析,鉴定了20个梨品种和野生类型个体的S基因型。起源于我国的‘奥连’(SpS32)、‘吊蛋’(SdSe)、‘沙疙瘩’(S36Sd)品种和杏叶梨的一个类型(S22Sc)个体中存在西洋梨的S-RNases基因,证明S-RNases基因分化是在东方梨种群和西方梨种群的各个种形成之前。在秋子梨‘麦梨’、‘内蒙古山梨’中发现了2个新S-RNases基因,命名为S40-、S41-RNase(DQ903313、DQ988687)。S40-和S41-RNase基因推导的部分氨基酸序列分别与苹果属S11-和S6-RNase的同源性为100%和94.4%,这表明S-RNases的存在可能在梨属和苹果属形成之前。 展开更多
关键词 自交不亲和性 s基因 s-RNases基因
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甜樱桃(Prunus aviumL.)品种S基因型鉴定 被引量:13
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作者 陈晓流 陈学森 束怀瑞 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第10期1142-1148,共7页
根据蔷薇科S RNase基因 (S基因 )高度保守区C2和RC4区设计一对特异引物PruC2和PruC4R ,对甜樱桃品种的基因组DNA进行S基因特异PCR扩增。克隆S基因的扩增片段 ,核酸序列在GenBank上搜索 ,确定了4种S基因的核酸序列和大小。结果表明 ,在... 根据蔷薇科S RNase基因 (S基因 )高度保守区C2和RC4区设计一对特异引物PruC2和PruC4R ,对甜樱桃品种的基因组DNA进行S基因特异PCR扩增。克隆S基因的扩增片段 ,核酸序列在GenBank上搜索 ,确定了4种S基因的核酸序列和大小。结果表明 ,在琼脂糖凝胶上位置相同的扩增带其核酸序列相同 ,是同一种S基因。4种S基因扩增片段的大小分别是 :S1为 6 77bp ,S3 为 76 2bp ,S4为 94 5bp ,S6为 4 5 6bp。参试的自交不亲和品种的S基因型分别是 :红灯、红艳、早红宝石和先锋相同 ,为S1S3 ;抉择、红丰和那翁相同 ,为S3 S4;大紫为S1S6;长把红为S1S4;养老为S3 S6;自交亲和品种外引 7号和斯太拉为S3 S4′。 展开更多
关键词 甜樱桃 自交不亲和 s-RNase基因(s基因) s基因
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S基因在甘蓝EDFs上的高分辨率荧光原位杂交定位(英文) 被引量:5
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作者 杨昆 漆红艳 +1 位作者 朱利泉 王小佳 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第3期277-284,共8页
植物细胞壁及细胞质的存在和植物染色体所具有的高浓缩特性,限制高效率原位杂交定位在植物细胞内的进行。针对小型染色体芸薹属植物采用常规方法DNA制备纤维的效果不佳的特点,新建制备方法:利用减数分裂前期的染色体为材料, 在硅化的玻... 植物细胞壁及细胞质的存在和植物染色体所具有的高浓缩特性,限制高效率原位杂交定位在植物细胞内的进行。针对小型染色体芸薹属植物采用常规方法DNA制备纤维的效果不佳的特点,新建制备方法:利用减数分裂前期的染色体为材料, 在硅化的玻片上先后通过蛋白酶解和乙醇:乙酸(3:1)的适当处理,采用移动界面法制备EDFs。制备的EDFs比未经伸长处理的染色体在经向和横向方面分别取得较高程度的伸长与膨胀,长度可达到89-257 gm,比相应地中期染色体增长30-107倍, 分辨率可达42.8-53.0 kb。利用SRK和SCR两种探针同时在甘蓝粗线期染色体和EDFs上进行了原位杂交,首次鉴定了S基因座在其单倍体基因组中单拷贝性。在杂交信号检测中尽管未经过信号放大,但仍然可以观察到清晰的绿色信号;经荧光显微镜观察,在单一的EDF上发现两个相距1 μm的SCR和SRK的信号点,由此得出局部分辨率为4 kb的最高伸长度。 展开更多
关键词 空间分辨率 EDFs制备 s基因 移动界面 EDF-荧光原位杂交 s基因定位 杂交图谱数量分析
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自交亲和苹果品种S基因型的鉴定 被引量:2
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作者 张雪梅 李保国 +2 位作者 秦立者 齐国辉 郭素萍 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2009年第5期113-117,共5页
为了探讨苹果自交亲和的发生机理,根据保守氨基酸序列"FTQQYQ"和"anti-1/WⅠPNV"设计了苹果花柱S基因的通用引物:P1:5'-TTTACGCAGCAATATCAG-3';P2:5'-ACGTTCGGCCAAATA/CATT-3',根据GeneBank登陆的... 为了探讨苹果自交亲和的发生机理,根据保守氨基酸序列"FTQQYQ"和"anti-1/WⅠPNV"设计了苹果花柱S基因的通用引物:P1:5'-TTTACGCAGCAATATCAG-3';P2:5'-ACGTTCGGCCAAATA/CATT-3',根据GeneBank登陆的花粉SLF1(DQ422810)、SLF9(AB270792)基因设计了花粉S基因的引物分别为:P SLF1(上游5'-3':CTGGTGGTGTTCTTTCCTGTGTAT;下游5'-3':ACTTAACTCTTCCCTCAACTCA)和P SLF9(上游5'-3'CAGGTGCGTGAAAGTGAAA;下游5'-3':TGAGCCAAGCATAA-GAACCT),以自交亲和的苹果品种早红香为试验材料,利用PCR-RFLP、克隆、测序等方法研究早红香苹果发生自交亲和的分子性状。结果表明:自交亲和的早红香苹果2条花柱S基因没有发生变异。经BLAST比较,由花粉S基因引物PSLF1和PSLF9扩增得到的花粉S基因的DNA序列,与MdSLF2和MdSLF9基因DNA序列的相似性分别为94%和96%,推导氨基酸序列相似性分别为94%和97%。由P SLF1扩增得到的花粉S基因SLF1?与MdSLF1的DNA序列相似性仅为83%,且二者不一致的碱基分布于整个DNA序列中,自交亲和苹果品种早红香花粉SLF1?基因可能变异为了MdSLF2。 展开更多
关键词 自交不亲和 苹果 花柱s基因 花粉s基因
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60个苹果新品种S基因型鉴定
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作者 刘春生 肖遥 +6 位作者 范文琪 王宝安 徐亚 范嵩博 伍玲 鲜林峰 李威 《河北果树》 2023年第1期5-7,共3页
绝大多数苹果品种具有自交不亲和的特性,生产中需要搭配授粉树完成异花授粉。在苹果中已经分离鉴定了50多个S-RNase基因,对于一些新选育品种的S基因型至今未得到鉴定。利用S-RNase基因特异性PCR分析的方法鉴定了60份苹果新种质资源的S... 绝大多数苹果品种具有自交不亲和的特性,生产中需要搭配授粉树完成异花授粉。在苹果中已经分离鉴定了50多个S-RNase基因,对于一些新选育品种的S基因型至今未得到鉴定。利用S-RNase基因特异性PCR分析的方法鉴定了60份苹果新种质资源的S基因型,在60份苹果种质资源中,有56份品种的S基因型是首次鉴定到,并首次鉴定到了一个红肉苹果品种‘红色之爱’的S基因型,其S基因型是S19S?。新品种S基因型的鉴定能够为苹果育种亲本的选择及授粉树的合理搭配提供依据。 展开更多
关键词 苹果 新品种 s基因 PCR分析
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