大熊猫核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的cDNA克隆及序列分析

为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps26基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基基因rps26的异同,以大熊猫的肌肉组织为材料,根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,成功地克隆了核糖体蛋白亚基基因rps26的表达序列,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫rps26亚基基因的表达序列长为413 bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为13.025 2×103,等电点为11.61.拓扑预测显示该蛋白含有3个功能位点:1个N-糖基化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ蛄姿峄?位点和1个核糖体蛋白S26e signature位点.进一步分析发现,大熊猫rps26基因与已报道的人、西藏黄牛、野猪、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列其编码的氨基酸序列具有很高的相似性:编码序列同源性分别为90.23%、91.67%、92.82%、87.36%和86.78%;氨基酸序列同源性均为99.86%.

水稻杂种超亲表达26S蛋白酶体亚基基因OsHL1的克隆和分析

运用DDRT PCR分离获得水稻杂种一代超亲表达的cDNA片段。以此序列在日本晴cDNA全长数据库进行同源搜索 ,检索到一个功能未知的全长cDNA ,有 16 90bp,命名为OsHL1,进一步分析发现它位于 3号染色体上R2 393和MRG4 5 4 8之间。序列分析表明 ,该基因与日本晴编码 2 6Sproteasomeregulatoryparticlenon ATPasesubunit5基因片段的序列同源性为97%。其中包含一个完整的开放阅读框 (ORF) ,编码 4 4 3个氨基酸 ,氨基酸序列同源性分析发现高度保守区。RT PCR显示OsHL1基因的表达受到ABA和MeJA处理下调。推测杂种的表现可能与 2 6S蛋白酶体亚基参与的信号调控相关。

合浦珠母贝26S蛋白酶体S4,S7亚基基因片段的分离与分析

26S蛋白酶体是真核生物中一种具有ATP依赖性的蛋白酶复合体 ,主要通过泛肽途径选择性降解细胞内与代谢调控、细胞周期有关的功能蛋白及异常蛋白 ,参与多种细胞活动的调控过程。26S蛋白酶体由具有催化活性的20S亚复合体和一个具有调节作用的19S亚复合体组成 ,其中19S亚复合体中的ATP酶亚基是调节26S蛋白酶体活性的重要组件。本文通过简并引物PCR手段 ,从软体动物合浦珠母贝(Pinctadafucata)中扩增到参与构成19S亚复合体的S4和S7(MSS1)两个亚基的基因片段。这两个基因片段所编码的ATP酶组件包含有Gx4GKT,DEID ,SAT和H/QRxGRxxR等26S蛋白酶体ATP酶亚基的共同功能基序。这是首次在软体动物中报道26S蛋白酶体的ATP酶亚基基因序列 。

刺参26S蛋白酶体S7亚基基因的克隆与组织表达分析

应用RACE法从刺参Apostichopus japonicus体腔细胞中克隆出26S蛋白酶体组成19S亚复合体亚基之一的S7亚基基因(GenBank登录号:JQ922514)。该基因的cDNA序列全长为2 445 bp,其中5’UTR为70bp,3’UTR为1 070 bp,开放阅读框为1 305 bp,编码435个氨基酸;保守区具有典型的ATP结合和水解基序,氨基酸序列分别为GPPGTGKT和DEID,具有MAT和VRPGRLDR的RNA/DNA螺旋酶的特征性基序;刺参26S蛋白酶体S7亚基基因与紫海胆的氨基酸序列同源性最高(95%),与脊椎动物、节肢动物的同源性较高(88%~89%),与线虫、拟南芥和酵母同源性较低(85%、77%和73%);S7亚基编码的蛋白没有信号肽,也没有跨膜结构域,为非跨膜蛋白,定位于细胞中的液态基质中。采用实时定量PCR方法检测了26S蛋白酶体S7亚基基因在刺参5种组织中的表达情况,结果显示,在肠、呼吸树、表皮、体腔细胞、纵肌中26S蛋白酶体S7基因均有明显表达,且体腔细胞中表达量最高,其次是纵肌和肠,在体壁和呼吸树中表达量较低。本研究中首次在刺参体内发现并克隆了26S蛋白酶体S7亚基基因,同时采用Realtime PCR技术对该基因的表达部位进行了研究,所得结果将为研究棘皮动物蛋白质代谢途径提供新的着眼点,为刺参生理功能的调控研究奠定了基础。

26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13基因多态性与强直性脊柱炎的关系

目的探讨26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13(PSMD13)基因多态性与强直性脊柱炎(AS)的关系。方法选择20例AS患者为AS组,20例健康体检者为对照组。采集所有研究对象的血液样本并提取DNA,扩增PSMD13基因rs1045288、rs28927679、rs1794108、rs1794109位点的DNA片段,分析两组间PSMD13基因不同位点等位基因和基因型分布频率。结果所有位点的基因型分布均符合哈迪-温伯格平衡定律。两组间PSMD13基因rs1045288位点的等位基因和基因型分布频率,以及rs28927679位点的等位基因分布频率比较,差异均有统计学意义(均P <0. 05);而两组PSMD13基因rs1794108位点和rs1794109位点的等位基因和基因型分布频率比较,差异均无统计学意义(均P> 0. 05)。结论 PSMD13基因rs1045288位点和rs28927679位点的多态性可能与AS发生相关。

新疆地区941例新生儿聋病基因GJB2、SLC26A4、线粒体DNA 12S rRNA筛查分析

目的通过对新生儿进行聋病易感基因和听力筛查，探讨聋病易感基因筛查应用于新生儿筛查的必要性，为制订防聋治聋策略提供依据。方法以941例新生儿作为研究对象，所有新生儿出生时采脐带血,采用限制性内切酶酶切结合直接测序的方法对3种国人常见耳聋易感基因（线粒体DNA 12S rRNA、GJB2、SLC26A4）突变热点进行筛查,运用SPSS 13.0软件对结果进行统计分析。结果3种基因热点突变的总携带率为2.02%（19/941），GJB2基因235delC杂合突变9例（0.96%），SLC26A4基因IVS7-2A〉G杂合突变9例（0.96%）,线粒体DNA 12S rRNA A1555G突变3例（0.32%），其中2例为复合突变（235delC杂合突变/IVS7-2A〉G杂合突变、1555A〉G均质突变/235delC杂合突变）。GJB2基因235delC杂合突变在维吾尔族和汉族新生儿中的携带率分别为0.36％（1/276）、1.19％（7/586）；SLC26A4基因IVS7-2A〉G杂合突变在维吾尔族和汉族新生儿中的携带率分别为0.36％（1/276）、1.37％（8/586）；线粒体DNA 12S rRNA 1555A〉G突变在维吾尔族和汉族新生儿中的携带率分别为0.72％（2/276）、0％。在维吾尔族和汉族新生儿中，以上三基因突变携带率不同，但没有统计学差异。结论聋病易感基因筛查应用于维、汉族新生儿筛查必要且可行。

出生于无锡市区的5562例新生儿耳聋相关基因GJB2、SLC26A4、GJB3、线粒体12S rRNA检测分析

目的分析无锡市区2019年9月-2021年8月出生的5562例新生儿耳聋相关基因GJB2、SLC26A4、GJB3、线粒体12S rRNA突变情况。方法以无锡市区2019年9月-2021年8月出生的5562例新生儿为研究对象,收集足跟血,采用荧光PCR熔解曲线法及Sanger测序检测耳聋相关基因GJB2、SLC26A4、GJB3及线粒体12S rRNA基因。结果5562例新生儿中存在耳聋基因突变336例(6.04%,336/5562),其中GJB2基因突变158例(2.84%,158/5562)、SLC26A4基因突变127例(2.28%,127/5562)、GJB3基因突变29例(0.52%,29/5562)、线粒体12S rRNA基因突变18例(0.32%,18/5562)、复合GJB2和SLC26A4基因突变4例(0.07%,4/5562)。通过听力筛查的5437例新生儿中317例存在耳聋基因突变,突变基因包括GJB2(146例)、SLC26A4(120例)、GJB3(29例)、线粒体12S rRNA(18例)、复合GJB2和SLC26A4基因(4例);未通过听力筛查的125例中存在耳聋基因突变19例,突变基因包括GJB2(12例)、SLC26A4(7例)。GJB2基因突变位点主要有c.235delC、c.299_300delAT及c.176_191del16等;SLC26A4基因突变位点主要有c.919-2A>G、c.2168A>G及c.1226G>A等;GJB3基因突变位点包括c.538C>T、c.547G>A;线粒体12S rRNA基因突变为m.1555A>G均质突变、m.1503G>A均质突变、m.1555A>G异质突变等。听力筛查未通过新生儿中突变率较高突变类型有GJB2基因c.235delC纯合突变、SLC26A4基因c.1226G>A纯合突变;其次为SLC26A4基因c.2168A>G杂合突变。结论无锡市区新生儿致聋基因突变以GJB2基因突变为常见,其次为SLC26A4基因、GJB3基因、线粒体12S rRNA基因;致聋基因突变类型主要为杂合突变;突变频率最高的致聋基因位点为GJB2基因c.235delC、SLC26A4基因c.919-2A>G及GJB2基因c.299_300delAT位点;听力筛查未通过新生儿的常见致聋基因突变类型为GJB2基因c.235delC纯合突变、SLC26A4基因c.1226G>A纯合突变和c.2168A>G杂合突变。

湖北481例耳聋患者GJB2、SLC26A4及12S rRNA基因突变分析

目的研究湖北省耳聋患者GJB2、SLC26A4及12S rRNA基因的突变谱。方法采集湖北省多个地区共481例耳聋患者血液样本,应用SNPscan技术进行GJB2、SLC26A4及12S rRNA基因突变检测,明确三个常见耳聋基因突变诊断率及突变形式。结果481例患者中,共165例(165/481,34.3%)明确了遗传病因,其中18.9%(91/481)诊断为GJB2基因突变致聋,12.9%(62/481)诊断为SLC26A4基因突变致聋,2.5%(12/481)检测出12S rRNA基因突变。32例少数民族患者总体诊断率为43.8%(14/32),18.8%(6/32)为GJB2基因突变,21.9%(7/32)为SLC26A4基因突变,3.1%(1/32)为12S rRNA基因突变。结论GJB2、SLC26A4及12S rRNA基因为湖北省耳聋患者群体中常见的致病基因,GJB2基因c.235delC,SLC26A4基因c.919-2A>G,12S rRNA基因m.1555A>G为三个基因最常见致病突变形式。湖北省少数民族与汉族三个基因最常见突变形式一致。

中国地鼠26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13的表达鉴定及生物信息学分析

目的鉴定26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13(PSMD13)在Ⅱ型糖尿病中国地鼠的表达及对其理化性质、信号肽、亚细胞定位、功能结构域等进行分析,为深入研究其功能提供理论依据。方法荧光定量PCR法检测PSMD13 mRNA在中国地鼠和糖尿病地鼠肝、骨骼肌、脂肪和小肠组织的表达;PSMD13氨基酸序列从NCBI网站下载,氨基酸同源性分析采用DNAman软件;PSMD13蛋白的理化性质分析采用Prot Param在线工具;PSMD13蛋白的亲疏水性、信号肽、亚细胞定位采用Prot Scale软件分析;PSMD13蛋白结构域、二级结构分别采用Conserved Domain数据库和SOPMA工具分析;PSMD13蛋白质的互作蛋白及功能网络采用STRING数据库分析。结果RT-qPCR结果显示PSMD13 mRNA在糖尿病地鼠脂肪组织中表达下降;PSMD13位于中国地鼠第3号染色体,含有13个外显子,相对分子质量为42942.48,含有378个氨基酸残基;PSMD13理论等电点为6.1,属酸性蛋白;其与小鼠、大鼠、果蝇、猩猩和人PSMD13的氨基酸序列同源性高达97.78%;PSMD13蛋白质无信号肽、无跨膜结构,主要位于细胞质中;PSMD13蛋白质羧基端含有一个PCI结构域,与PSMD7、PSMD8、PSMA3、PSMC1和USP14等相互作用,参与泛素依赖性蛋白质分解代谢过程。结论PSMD13在糖尿病中国地鼠脂肪组织中表达下降,该蛋白质在进化上高度保守,参与蛋白质的蛋白酶体降解途径,其表达下调可能参与糖尿病的发生发展。

纯合敲除Cyp26s基因胚胎干细胞模型的建立

基因敲除的胚胎干细胞模型在基因功能的研究中起着重要作用.为了建立一套在胚胎干细胞中简便高效纯合敲除基因的方法,以Cyp26s基因家族为例,应用CRISPR-Cas9基因修饰技术,对靶向gRNA设计、细胞筛选、阳性克隆鉴定等过程进行了优化.结果表明,通过双位点靶向gRNA设计,转染线性化的质粒,G418筛选7d,sgRNA位点外侧设计鉴定引物等策略,在4周内获得了3株纯合敲除Cyp26s基因(Cyp26a1^(-/-)、Cyp26b1^(-/-)和Cyp26c1^(-/-))的ES细胞系.

基于26S rDNAD1/D2区序列分析的15株白地霉分子分类学研究

采用26S rRNA基因D1/D2区系统发育分析的方法对CICC(中国工业微生物菌种保藏管理中心)保藏的15株白地霉(Geotrichum candidum)菌种进行复核鉴定。系统发育分析结果表明15株白地霉属于地霉属的成员,且形成两个系统发育分支,系统发育上最接近Galactomyces geotrichum NRRLY-17569T,与其同源性为96.3%～98.3%。15株白地霉26S rRNA基因D1/D2区序列显著不同于地霉属的模式种及其它种,可能代表地霉属的两个新种,但这一结论尚需进一步的实验去证实。

绒癌相关基因片段T26的克隆和测序

目的 对绒癌相关基因片段T2 6进行克隆和测序分析。 方法 利用T A克隆将绒癌相关基因片段T2 6连接入PGEM T载体 ,酶切鉴定并测序 ,测序结果与GenBank比较 ,分析所得到的片段。 结果 绒癌相关基因片段T2 6的核苷酸序列与scar、rps4、ccg2基因的 3’端核苷酸序列同源性达 99%以上。 结论 T2 6及scar、ccg2。

核糖体蛋白S26的研究进展

核糖体蛋白(ribosomal proteins,RPs)不仅在细胞内参与合成蛋白质,还具有多种核糖体外功能。核糖体蛋白S26(RPS26)位于核糖体小亚基,其功能障碍与多种疾病密切相关。近年来,有关RPS26的研究主要在参与核糖体装配等核糖体功能方面,以及参与无义介导的mRNA降解机制(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)、直接或间接调控重要的抑癌基因p53表达等核糖体外功能方面。多篇报道证实RPS26基因突变可引起戴-布二氏贫血(Diamond-Blackfan anemia,DBA),而RPS26基因与Ⅰ型糖尿病的关系仍有争议。探索RPS26参与NMD机制在DBA发生中的作用有助于深入认识DBA发病机理,同时也可为完善SMaRT(spliceosome-mediated mRNA trans-splicing)技术等基因疗法提供帮助。此外,RPS26在癌症中的作用也值得进一步探索。

陕西省部分聋哑学生聋病易感基因分子流行病学研究

目的通过对常见致聋基因的筛查,初步了解陕西省部分耳聋人群的分子遗传病因及其特点。方法在知情同意的基础上,采集陕西地区283例非综合征型聋哑学生外周静脉血,提取基因组DNA,应用多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增GJB2基因编码区、SLC26A4基因第8、第19外显子及线粒体DNA(mi-tochondria DNA,mtDNA)目的片断,Alw26Ι限制性内切酶酶切检测m1555A>G点突变,对酶切阳性标本和GJB2基因编码区及SLC26A4基因的第8、第19外显子进行DNA测序。结果 283例患者中,9例(3.18%,9/283)存在线粒体DNA12SrRNAm.1555A>G均质性突变;55例为GJB2基因突变所致(包括纯合、复合杂合或显性携带者),突变频率为19.43%(55/283),8例为GJB2基因突变携带者。c.235delC和c.299_300delAT等位基因频率分别为14.13%(80/566)和3.89%(22/566),占所有GJB2基因致病等位基因数的87.18%(102/117),是该地区的热点突变;7例为SLC26A4基因的双等位基因突变,突变频率为2.47%(7/283),13例携带SLC26A4基因单等位基因碱基改变,c.919-2A>G和c.2168A>G(p.H723R)占所有SLC26A4基因碱基改变等位基因数的88.89%(24/27)。结论 GJB2基因突变是导致陕西省聋哑学生听力损失的主要原因,c.235delC是其最常见的突变形式,c.919-2A>G和c.2168A>G(p.H723R)为SLC26A4基因主要的两种突变形式。对该地区耳聋患者行三个常见基因筛查,将为25.08%(71/283)患者提供明确分子病因学诊断,并将对32.51%(92/283)的患者及家族成员给予咨询。

安徽汉族遗传性耳聋患儿142例基因芯片的筛查分析研究

目的应用耳聋基因芯片技术研究142例安徽汉族遗传性耳聋患儿常见耳聋基因的突变位点的分布特点。方法取患儿干血斑,提取DNA,用遗传性耳聋基因检测试剂盒(微阵列芯片法),检测患儿GJB2、SLC26A4、GJB3和mtDNA 12s rRNA 4个耳聋相关基因的9个耳聋突变位点。结果142例遗传性耳聋患儿中,检出携带耳聋相关基因突变患儿68例(47.89%),GJB2、GJB3、SLC26A4、mtDNA 12s rRNA基因突变检出率分别为28.17%(40/142)、0.70%(1/142)、18.31%(26/142)、5.63%(8/142)。结论 GJB2、SLC26A4、mtDNA 12s rRNA这3个基因是导致安徽汉族遗传性耳聋患儿耳聋主要基因,其中GJB2的235del C、SLC26A4的ⅣS7-2A>G、mtDNA 12s rRNA的1555A>G是本研究组患儿最常见的致聋基因突变。

茉莉酸反应基因转录抑制因子JAZ蛋白家族研究进展

茉莉酸类物质在调节植物对逆境的反应和生长发育方面有重要作用。最近,从模式植物拟南芥中分离鉴定了茉莉酸响应基因的转录抑制因子JAZ(茉莉酸ZIM结构域蛋白)蛋白家族的12个成员,这是植物茉莉酸信号途径分子机制研究的重大进展。JAZ蛋白不仅是联系COI1和下游茉莉酸反应基因的环节,而且COI1-JAZ蛋白的相互作用导致发现活性形式的茉莉酸类物质及其受体。笔者综述了JAZ蛋白家族的结构特点、不同成员之间及其与MYC转录因子之间的相互作用,以及JAZ蛋白对茉莉酸响应基因的转录调节机制,并展望其在橡胶生物合成中的调节作用。

山西汉族高血压人群与蛋白酶体α_6亚单位基因多态性的相关性研究

泛素-蛋白酶体途径（ubiquitin—proleasome pathway．UPP）是Hershko等发现的一种高效蛋白降解途径，主要负责真核细胞内蛋白的选择性降解，由泛素、泛素活化酶、泛素偶联酶、泛素一蛋白连接酶、26S蛋白酶体以及泛素再循环酶等组成。该途径参与体内许多重要的生理功能，

红麻RPT4全长cDNA的克隆及其在红麻花药中的表达

【目的】克隆红麻细胞质雄性不育系与保持系花药中差异表达蛋白RPT4相应基因的cDNA全长,分析该基因在花药中的表达。【方法】采用同源克隆法和RACE技术相结合,从保持系L23B花药总RNA中克隆RPT4全长cDNA。通过半定量RT-PCR检测花粉小孢子败育前、败育期间和败育晚期该基因在不育系和保持系间花药中的表达差异。【结果】克隆得到1 596 bp的cDNA全长,最长开放阅读框(ORF)1 197 bp,编码398个氨基酸的肽序列;该蛋白与蓖麻中直系同源蛋白的相似性最高,达91.93%,内含3个模体Walker A、Walker B和arginine finger的保守域,暗示其具有复杂多样的重要功能。RPT4的mRNA在红麻不育系和保持系花药中均有表达,但在四分体前(败育前),不育系和保持系中的表达量一致;在小孢子单核期(败育期),不育系花药中的表达量比保持系中的低;而小孢子双核期(败育晚期)的表达变化则相反。【结论】RPT4参与红麻小孢子的发育过程,可能具有与红麻细胞质雄性不育相关的复杂分子功能。

胶东地区非综合征型耳聋患者GJB2、SLC26A4、GJB3和12S rRNA基因的突变分析

目的 调查胶东地区非综合征型耳聋患者4种常见致病基因(GJB2、SLC26A4、GJB3和12S rRNA)的突变特征.方法 采集2015年1月至2017年9月威海市妇幼保健院门诊的420例耳聋患者的外周血,应用基因芯片对患者GJB2基因c.235delC、c.299-300delAT、c.35delG和c.176del16位点,GJB3基因c.538C>T位点,SLC26A4基因c.2168A>G和c.IVS7-2A>G位点,线粒体12S rRNA基因c.1555A>C和c.1494C>T位点进行检测,对杂合突变耳聋患者进行基因全编码区测序.结果 共发现GJB2基因突变者84例(20.00%,84/420),其中c.235delC(16.43%)和c.299-300delAT(7.86%)是主要突变位点.SLC26A4基因突变者75例(17.86%,75/420),主要突变位点为c.IVS7-2A> G(15.71%),有5.95%患者是由线粒体12S rRNA突变引起,并有1例患者致病基因与GJB3c.538C>T位点相关.结论 胶东地区非综合征型耳聋疾病患者主要致病基因位点为GJB2 c.235delC和SLC26A4 c.IVS7-2A>G.此外,线粒体12S rRNA c.1555A>C突变者的比例较中国其他地区高.

江西儿童耳聋患者的耳聋基因分析

目的进一步完善本地区儿童耳聋的分子流行病学资料,运用基因芯片技术分析江西儿童非综合征型耳聋患者常见耳聋基因的特点。方法提取患者外周静脉血基因组DNA,采用博奥晶芯九项遗传性耳聋基因检测试剂盒对常见的4个耳聋基因(GJB2、GJB3、SLC26A4以及线粒体12S r RNA)的9个突变位点进行检测。对197例非综合征型耳聋患者的耳聋基因筛查数据和临床资料进行回顾性分析。结果 197例聋病患儿中,检测到28例患儿耳聋基因突变携带(14.21%),其中检出GJB2基因突变16例(8.12%),包括GJB2-235del C纯合突变4例(2.03%),GJB2-235del C/GJB2-176del 16复合杂合突变1例(0.51%),GJB2-235del C/GJB2-299del AT复合杂合突变1例(0.51%),GJB2-235del C单杂合突变9例(4.57%),GJB2-299del AT单杂合突变1例(0.51%);检出SLC26A4基因突变11例(5.58%),其中SLC26A4-IVS7-2 A>G纯合突变3例(1.52%),SLC26A4-2168 A>G纯合突变1例(0.51%),SLC26A4-IVS7-2 A>G单杂合突变7例(3.55%);线粒体12S rRNA突变1例(0.51%),为12S rRNA 1555均质突变型。结论 4个常见的致聋基因中,江西省儿童聋病患者GJB2 235 del C基因突变携带率最高,SLC26A4IVS7-2A>G基因突变携带率次之;耳聋基因筛查可以为遗传性耳聋患儿提供早期诊断、及时干预以预防由聋致哑的理论依据。