了解固原鸡的保种效果,为更好地保护和利用固原鸡这一重要地方种质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保种分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比...了解固原鸡的保种效果,为更好地保护和利用固原鸡这一重要地方种质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保种分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比例为0.828,期望杂合度为0.360,观测杂合度为0.359,说明该群体遗传变异较小,整齐度较高;G矩阵表明该群体中存在近亲交配的趋势;在检测到的1431个长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)中,ROH长度在50~100 Mb的个体数量最多,占比达36.67%,该群体平均近交系数为0.11。结合基因组亲缘关系分析和聚类分析结果,现有30只公鸡样本可以划分为10个家系,其中25只母鸡分别划入不同家系,另外5只母鸡和所检测的公鸡亲缘关系系数均小于0.1,亲缘关系都比较远,因此,将它们归入了“其他”分类中。综上所述,该保种固原鸡群体遗传变异较小,选育程度较高,为降低群体的近交增量,后期的保种过程中需考虑亲缘关系再进行配种。展开更多
【目的】对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础。【方法】以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以4...【目的】对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础。【方法】以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom~?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片(56K)进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA(全基因组复杂性状分析)工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构。【结果】从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点。基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2981~0.5000,平均为0.4832;多态信息含量(PIC)为0.2536~0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000~0.8178,平均为0.5744。群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为塘四平头血缘类群、PB血缘类群、335母本血缘类群、自330和旅大红骨血缘类群及2个未知类群,无自交系划分到其他杂交优势群,其中,2个未知类群共37个云南玉米自交系,未能与我国目前已知的10个杂种优势群归在一类。主成分分析结果显示,107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分,大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近,但少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远。【结论】云南地区玉米种质资源遗传多样性较丰富,含有多个杂种优势群,育种亲本遗传基础丰富,与我国常用玉米骨干自交系能明显区分,且部分与骨干自交系遗传距离较远,可创建新的杂交优势群,具有良好的应用潜力。展开更多
试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA(贵州瑶山鸡)和YB(南丹瑶鸡)之间的遗传距离和亲缘关系,为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽取25只鸡,利用"京芯一号"鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传...试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA(贵州瑶山鸡)和YB(南丹瑶鸡)之间的遗传距离和亲缘关系,为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽取25只鸡,利用"京芯一号"鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传分析。通过主成分分析,瑶鸡2个群体个体随机聚在一起,没有出现明显的分别聚类现象,遗传背景相似。G矩阵和IBS矩阵表明瑶鸡2个群体大多数个体间亲缘关系较远。使用邻接(Neighbor-Joining,NJ),基于IBS遗传距离分析结果对2个群体样本进行聚类,结果表明YA和YB分别聚为一大类,说明两个群体遗传距离较远,群体间亲缘关系相对较远。瑶鸡2个群体基于长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)的平均近交系数(FROH)为0.03121,YA和YB群体近交系数分别为0.03275和0.02966,近交系数都很低。瑶鸡YA、YB群体的期望杂合度(He)分别为0.3889、0.3883,YA和YB群体观察杂合度(Ho)分别为0.4001、0.4003,说明瑶鸡两个群体的遗传多样性较低,群体的选育程度较高,整齐度较好。综合分析表明,瑶鸡两个群体近交系数很低,亲缘关系较远,遗传多样性较低。展开更多
文摘了解固原鸡的保种效果,为更好地保护和利用固原鸡这一重要地方种质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保种分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比例为0.828,期望杂合度为0.360,观测杂合度为0.359,说明该群体遗传变异较小,整齐度较高;G矩阵表明该群体中存在近亲交配的趋势;在检测到的1431个长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)中,ROH长度在50~100 Mb的个体数量最多,占比达36.67%,该群体平均近交系数为0.11。结合基因组亲缘关系分析和聚类分析结果,现有30只公鸡样本可以划分为10个家系,其中25只母鸡分别划入不同家系,另外5只母鸡和所检测的公鸡亲缘关系系数均小于0.1,亲缘关系都比较远,因此,将它们归入了“其他”分类中。综上所述,该保种固原鸡群体遗传变异较小,选育程度较高,为降低群体的近交增量,后期的保种过程中需考虑亲缘关系再进行配种。
文摘【目的】对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础。【方法】以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom~?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片(56K)进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA(全基因组复杂性状分析)工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构。【结果】从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点。基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2981~0.5000,平均为0.4832;多态信息含量(PIC)为0.2536~0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000~0.8178,平均为0.5744。群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为塘四平头血缘类群、PB血缘类群、335母本血缘类群、自330和旅大红骨血缘类群及2个未知类群,无自交系划分到其他杂交优势群,其中,2个未知类群共37个云南玉米自交系,未能与我国目前已知的10个杂种优势群归在一类。主成分分析结果显示,107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分,大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近,但少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远。【结论】云南地区玉米种质资源遗传多样性较丰富,含有多个杂种优势群,育种亲本遗传基础丰富,与我国常用玉米骨干自交系能明显区分,且部分与骨干自交系遗传距离较远,可创建新的杂交优势群,具有良好的应用潜力。
文摘旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率,分析丫杈猪群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state,IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),采用GCTA软件构建G矩阵,分析丫杈猪群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示,166头丫杈猪共检测到45211个SNPs位点,通过质量控制的SNP位点有36243个;有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.2595,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系;ROH片段共有3226个,其中40.96%的长度在0~100 Mb之间,基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明,丫杈猪公猪被分为8个血缘,数量与传统系谱记录的相同,但血缘间有个体差异。综上所述,丫杈猪保种群的有效群体含量偏低,遗传多样性中等偏低,近交程度不严重,可引入或创建新血缘,扩大有效群体含量,提高群体遗传多样性。
文摘全基因组SNP变异检测是开展基因组育种(Genomic selection)和准确度量群体遗传多样性的基础。继国外开发出60 K和600 K鸡SNP芯片后,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所等单位,针对国产化鸡育种和地方种质资源保护的现状和需求,自主研发出了"京芯一号"55 K SNP芯片等高性价比的检测芯片。芯片特点包括:(1)包含中国地方鸡种特有遗传变异信息,兼顾国外商业化鸡种基因组信息;(2)整合大量的功能基因相关SNP位点;(3)在基因组上均匀分布;(4)密度适中,性价比高等。应用实践证明,鸡基因组SNP芯片在基因组选择育种、种质资源多样性分析、亲缘关系鉴定、基因组关联研究、基因定位等方面可发挥重要作用。文章以"京芯一号"55 K SNP芯片为重点,对鸡全基因组SNP芯片研发和应用的最新进展进行了综述。
文摘试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA(贵州瑶山鸡)和YB(南丹瑶鸡)之间的遗传距离和亲缘关系,为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽取25只鸡,利用"京芯一号"鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传分析。通过主成分分析,瑶鸡2个群体个体随机聚在一起,没有出现明显的分别聚类现象,遗传背景相似。G矩阵和IBS矩阵表明瑶鸡2个群体大多数个体间亲缘关系较远。使用邻接(Neighbor-Joining,NJ),基于IBS遗传距离分析结果对2个群体样本进行聚类,结果表明YA和YB分别聚为一大类,说明两个群体遗传距离较远,群体间亲缘关系相对较远。瑶鸡2个群体基于长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)的平均近交系数(FROH)为0.03121,YA和YB群体近交系数分别为0.03275和0.02966,近交系数都很低。瑶鸡YA、YB群体的期望杂合度(He)分别为0.3889、0.3883,YA和YB群体观察杂合度(Ho)分别为0.4001、0.4003,说明瑶鸡两个群体的遗传多样性较低,群体的选育程度较高,整齐度较好。综合分析表明,瑶鸡两个群体近交系数很低,亲缘关系较远,遗传多样性较低。
文摘目的分析筛查2型糖尿病(T2DM)患者早期大血管病变的易感基因和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点。方法利用ILLUMINA人类全基因组SNP芯片(HumanCytoSNP-12 v1.0 DNA Analysis BeadChipKit),对在经多因素干预下仍出现大血管病变的34例T2DM病例及同样条件下未发大血管病变的52例对照进行SNP扫描分型;通过全基因组关联分析,筛选T2DM早期大血管病变的易感基因和遗传标记。结果通过PLINK软件对芯片结果进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选出在病例组和对照组间有显著差异(P<0.01)的SNP位点总计452个,其中处于T2DM大血管病变主要代谢通路相关基因内或者附近的SNP位点37个,通过这些SNP位点锁定T2DM患者大血管病变易感基因30个。结论 T2DM大血管病变受遗传多态性影响,可能与多个基因以及位点相关。
