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大豆Shaker家族全基因组鉴定
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作者 王英琪 赵红杰 《呼伦贝尔学院学报》 2023年第5期103-109,共7页
Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。本研究通过生物信息学方法对大豆Shaker基因家族的全基因组鉴定与分析,从大豆中共鉴定出11个Shaker基因,染色体定位表明大豆Shaker家族基因分布在8条不同... Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。本研究通过生物信息学方法对大豆Shaker基因家族的全基因组鉴定与分析,从大豆中共鉴定出11个Shaker基因,染色体定位表明大豆Shaker家族基因分布在8条不同的染色体上,大豆Shaker家族蛋白在系统进化上分为3组,家族内的成员具有相似的基因结构和结构域,家族基因的外显子/内含子数量较多且基因序列较长,启动子区有大量逆境相关的反应元件,表明GmShaker基因家族可能在响应非生物胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 大豆 shaker家族 生物信息学分析
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高粱钾离子通道Shaker蛋白家族的鉴定及生物信息学分析 被引量:4
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作者 欧阳浩 蒋君梅 +3 位作者 杜巧丽 方远鹏 李向阳 谢鑫 《山地农业生物学报》 2021年第5期1-9,共9页
Shaker蛋白家族是植物体摄入钾元素的重要通道,其对植物环境耐受性发挥着重要的作用。本研究在高粱全基因组中鉴定了Shaker蛋白家族成员,并对其进行生物信息学分析。结果表明,高粱中共鉴定到9个Shaker家族成员,共可分为5个亚族,且处于... Shaker蛋白家族是植物体摄入钾元素的重要通道,其对植物环境耐受性发挥着重要的作用。本研究在高粱全基因组中鉴定了Shaker蛋白家族成员,并对其进行生物信息学分析。结果表明,高粱中共鉴定到9个Shaker家族成员,共可分为5个亚族,且处于同一个亚族的基因结构以及蛋白质结构相似;亚细胞定位显示,这些成员均定位于细胞质膜上;共线性分析结果表明,高粱Shaker蛋白家族在禾本科的进化历程中相对保守;组织特异性及模拟干旱表达结果显示,Shaker成员具有明显的组织特异性与干旱应答差异。本研究有望为进一步研究高粱Shaker蛋白家族的生物学功能提供理论基础。 展开更多
关键词 高粱 shaker家族 生物信息学分析
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梨Shaker基因家族的鉴定及其响应低钾和盐胁迫的表达分析 被引量:2
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作者 金雨濛 李岩 +4 位作者 杨晗 阚丽平 徐阳春 董彩霞 沈其荣 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期876-886,共11页
[目的]Shaker基因家族在植物应对低钾环境胁迫和盐胁迫过程中发挥重要作用。杜梨是我国梨生产中应用较广的砧木,鉴定梨Shaker基因家族并研究其在杜梨低钾和盐胁迫下的响应,为提高杜梨耐低钾和盐胁迫提供理论依据。[方法]结合已公布的梨... [目的]Shaker基因家族在植物应对低钾环境胁迫和盐胁迫过程中发挥重要作用。杜梨是我国梨生产中应用较广的砧木,鉴定梨Shaker基因家族并研究其在杜梨低钾和盐胁迫下的响应,为提高杜梨耐低钾和盐胁迫提供理论依据。[方法]结合已公布的梨全基因组及拟南芥基因组相关数据,鉴定梨Shaker基因家族成员并分析其进化特征,通过RT-qPCR技术分析在低钾和盐胁迫下基因在杜梨幼苗根部表达特征。[结果]在全基因组中鉴定出9个梨Shaker家族的候选基因,这些基因分布在梨7条染色体上,根据进化分析将其分为5个亚族(Ⅰ—Ⅴ)。家族成员氨基酸序列大小、相对分子质量和等电点分别为587~1481、(67.91~168.80)×10^(3)和6.23~8.80,亚细胞定位预测显示该家族成员主要定位于细胞质膜。基因结构分析发现,各亚族具有相似的外显子/内含子结构,但外显子和内含子数量不同。启动子顺式作用元件分析结果表明,PbShaker的启动子含有与抗氧化剂、低温、激素、干旱胁迫等相关的顺式作用元件。杜梨幼苗根中PbAKT 1.1、PbAKT2/3和PbKC1.2在低钾胁迫15 d的表达量均明显上调,而盐胁迫下所有基因表达量均明显上调。PbAKT 1.1/1.2和PbKC1.1在轻度盐胁迫下表达量高于重度盐胁迫的表达量,表明重度盐胁迫抑制其转录丰度;PbKC 1.2随盐胁迫程度增加其表达量增加。[结论]梨Shaker基因家族成员在低钾和盐胁迫下有不同程度的响应,表明其在耐低钾和耐盐方面可能有不同的作用机制。 展开更多
关键词 shaker基因家族 生物信息学分析 低钾胁迫 盐胁迫
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马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析 被引量:4
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作者 尹欢 卓凤萍 +1 位作者 邓可宣 任茂智 《重庆科技学院学报(自然科学版)》 CAS 2019年第3期104-108,116,共6页
钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和... 钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGDE基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。 展开更多
关键词 shaker基因家族 马铃薯 钾离子吸收 表达模式 系统发育
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植物内整流K^+通道AKT1的研究进展 被引量:8
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作者 胡静 胡小柯 +2 位作者 尉秋实 袁惠君 Yousaf Jamal 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期813-822,共10页
K^+是植物生长发育所必需的大量营养元素。内整流K^+通道(Arabidopsis K^+transporter 1,AKT1)属于Shaker家族,是介导K^+吸收的重要通道,为质膜的K^+感应器,参与调节细胞的生长发育、调控气孔运动及植物蒸腾作用,能够提高植株的抗旱耐盐... K^+是植物生长发育所必需的大量营养元素。内整流K^+通道(Arabidopsis K^+transporter 1,AKT1)属于Shaker家族,是介导K^+吸收的重要通道,为质膜的K^+感应器,参与调节细胞的生长发育、调控气孔运动及植物蒸腾作用,能够提高植株的抗旱耐盐性,因而在植物生长过程中具有重要作用。该文概述了AKT1的结构、组织表达定位和表达调控及功能等方面的研究进展,并提出采用蛋白组学、基因工程技术及RNAi手段深入研究K^+、Na^+吸收及转运的协同调控机制,提高作物对土壤中K^+的利用效率及AKT1在植物生理代谢、抗逆性中的作用。 展开更多
关键词 内整流K^+通道(AKT1) K+吸收 shaker家族
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植物钾离子转运相关蛋白及基因研究进展 被引量:7
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作者 马小娟 戚金亮 +1 位作者 印莉萍 黄勤妮 《首都师范大学学报(自然科学版)》 2004年第2期41-45,共5页
本文概述了植物体内与K+ 转运相关的蛋白及其基因 ,包括通道蛋白 (channelprotein)和转运体 (transporter)及其基因 .前者可分为 :(1 )内向整流K+ 通道 (inward rectifyingK+ channel:K+ in) ,(2 )外向整流K+ 通道 (outward rectifyingK... 本文概述了植物体内与K+ 转运相关的蛋白及其基因 ,包括通道蛋白 (channelprotein)和转运体 (transporter)及其基因 .前者可分为 :(1 )内向整流K+ 通道 (inward rectifyingK+ channel:K+ in) ,(2 )外向整流K+ 通道 (outward rectifyingK+ channel:K+out) ;相关基因有AKTI,ANTI,SORK ,GORK等 .后者分为低亲和K+ 吸收转运体及高亲和K+ 吸收转运体 ;相关基因有HAK 。 展开更多
关键词 植物 钾离子 膜转运蛋白 通道蛋白 转运体 shaker家族 基因
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植物K^+吸收转运的分子机制研究进展 被引量:11
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作者 鲁黎明 杨铁钊 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2006年第6期379-385,共7页
K+在植物的生命活动中发挥着十分重要的作用。植物对K+的吸收,可分为高亲和吸收与低亲和吸收两个组分。在分子水平上,高亲和吸收主要由KUP/HAK/KT及HKT家族的K+转运蛋白来承担;而Shaker、KCO等家族的K+通道蛋白,则主要在植物的低亲和吸... K+在植物的生命活动中发挥着十分重要的作用。植物对K+的吸收,可分为高亲和吸收与低亲和吸收两个组分。在分子水平上,高亲和吸收主要由KUP/HAK/KT及HKT家族的K+转运蛋白来承担;而Shaker、KCO等家族的K+通道蛋白,则主要在植物的低亲和吸收中发挥重要作用。在高等植物K+吸收转运的分子机制的研究中,KAT1及AKT1是两个最先克隆出来的K+通道基因。植物中最先克隆出来的高亲和K+转运体基因,是小麦的HKT1。在棉花的生长发育过程中,K+的作用十分关键。棉花的K+转运蛋白GhKT1在棉纤维的发育中至关重要。综述了高等植物K+吸收运转及调节的分子机制研究方面的最新进展,并对研究的前景进行了展望。 展开更多
关键词 K^-转运体 K^-通道 shaker家族 分子机制 进展
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