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大豆Shaker家族全基因组鉴定
1
作者
王英琪
赵红杰
《呼伦贝尔学院学报》
2023年第5期103-109,共7页
Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。本研究通过生物信息学方法对大豆Shaker基因家族的全基因组鉴定与分析,从大豆中共鉴定出11个Shaker基因,染色体定位表明大豆Shaker家族基因分布在8条不同...
Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。本研究通过生物信息学方法对大豆Shaker基因家族的全基因组鉴定与分析,从大豆中共鉴定出11个Shaker基因,染色体定位表明大豆Shaker家族基因分布在8条不同的染色体上,大豆Shaker家族蛋白在系统进化上分为3组,家族内的成员具有相似的基因结构和结构域,家族基因的外显子/内含子数量较多且基因序列较长,启动子区有大量逆境相关的反应元件,表明GmShaker基因家族可能在响应非生物胁迫中发挥重要作用。
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关键词
大豆
shaker家族
生物信息学分析
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职称材料
高粱钾离子通道Shaker蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
被引量:
4
2
作者
欧阳浩
蒋君梅
+3 位作者
杜巧丽
方远鹏
李向阳
谢鑫
《山地农业生物学报》
2021年第5期1-9,共9页
Shaker蛋白家族是植物体摄入钾元素的重要通道,其对植物环境耐受性发挥着重要的作用。本研究在高粱全基因组中鉴定了Shaker蛋白家族成员,并对其进行生物信息学分析。结果表明,高粱中共鉴定到9个Shaker家族成员,共可分为5个亚族,且处于...
Shaker蛋白家族是植物体摄入钾元素的重要通道,其对植物环境耐受性发挥着重要的作用。本研究在高粱全基因组中鉴定了Shaker蛋白家族成员,并对其进行生物信息学分析。结果表明,高粱中共鉴定到9个Shaker家族成员,共可分为5个亚族,且处于同一个亚族的基因结构以及蛋白质结构相似;亚细胞定位显示,这些成员均定位于细胞质膜上;共线性分析结果表明,高粱Shaker蛋白家族在禾本科的进化历程中相对保守;组织特异性及模拟干旱表达结果显示,Shaker成员具有明显的组织特异性与干旱应答差异。本研究有望为进一步研究高粱Shaker蛋白家族的生物学功能提供理论基础。
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关键词
高粱
shaker家族
生物信息学分析
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职称材料
梨Shaker基因家族的鉴定及其响应低钾和盐胁迫的表达分析
被引量:
2
3
作者
金雨濛
李岩
+4 位作者
杨晗
阚丽平
徐阳春
董彩霞
沈其荣
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期876-886,共11页
[目的]Shaker基因家族在植物应对低钾环境胁迫和盐胁迫过程中发挥重要作用。杜梨是我国梨生产中应用较广的砧木,鉴定梨Shaker基因家族并研究其在杜梨低钾和盐胁迫下的响应,为提高杜梨耐低钾和盐胁迫提供理论依据。[方法]结合已公布的梨...
[目的]Shaker基因家族在植物应对低钾环境胁迫和盐胁迫过程中发挥重要作用。杜梨是我国梨生产中应用较广的砧木,鉴定梨Shaker基因家族并研究其在杜梨低钾和盐胁迫下的响应,为提高杜梨耐低钾和盐胁迫提供理论依据。[方法]结合已公布的梨全基因组及拟南芥基因组相关数据,鉴定梨Shaker基因家族成员并分析其进化特征,通过RT-qPCR技术分析在低钾和盐胁迫下基因在杜梨幼苗根部表达特征。[结果]在全基因组中鉴定出9个梨Shaker家族的候选基因,这些基因分布在梨7条染色体上,根据进化分析将其分为5个亚族(Ⅰ—Ⅴ)。家族成员氨基酸序列大小、相对分子质量和等电点分别为587~1481、(67.91~168.80)×10^(3)和6.23~8.80,亚细胞定位预测显示该家族成员主要定位于细胞质膜。基因结构分析发现,各亚族具有相似的外显子/内含子结构,但外显子和内含子数量不同。启动子顺式作用元件分析结果表明,PbShaker的启动子含有与抗氧化剂、低温、激素、干旱胁迫等相关的顺式作用元件。杜梨幼苗根中PbAKT 1.1、PbAKT2/3和PbKC1.2在低钾胁迫15 d的表达量均明显上调,而盐胁迫下所有基因表达量均明显上调。PbAKT 1.1/1.2和PbKC1.1在轻度盐胁迫下表达量高于重度盐胁迫的表达量,表明重度盐胁迫抑制其转录丰度;PbKC 1.2随盐胁迫程度增加其表达量增加。[结论]梨Shaker基因家族成员在低钾和盐胁迫下有不同程度的响应,表明其在耐低钾和耐盐方面可能有不同的作用机制。
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关键词
梨
shaker
基因
家族
生物信息学分析
低钾胁迫
盐胁迫
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职称材料
马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析
被引量:
4
4
作者
尹欢
卓凤萍
+1 位作者
邓可宣
任茂智
《重庆科技学院学报(自然科学版)》
CAS
2019年第3期104-108,116,共6页
钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和...
钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGDE基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。
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关键词
shaker
基因
家族
马铃薯
钾离子吸收
表达模式
系统发育
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职称材料
植物内整流K^+通道AKT1的研究进展
被引量:
8
5
作者
胡静
胡小柯
+2 位作者
尉秋实
袁惠君
Yousaf Jamal
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期813-822,共10页
K^+是植物生长发育所必需的大量营养元素。内整流K^+通道(Arabidopsis K^+transporter 1,AKT1)属于Shaker家族,是介导K^+吸收的重要通道,为质膜的K^+感应器,参与调节细胞的生长发育、调控气孔运动及植物蒸腾作用,能够提高植株的抗旱耐盐...
K^+是植物生长发育所必需的大量营养元素。内整流K^+通道(Arabidopsis K^+transporter 1,AKT1)属于Shaker家族,是介导K^+吸收的重要通道,为质膜的K^+感应器,参与调节细胞的生长发育、调控气孔运动及植物蒸腾作用,能够提高植株的抗旱耐盐性,因而在植物生长过程中具有重要作用。该文概述了AKT1的结构、组织表达定位和表达调控及功能等方面的研究进展,并提出采用蛋白组学、基因工程技术及RNAi手段深入研究K^+、Na^+吸收及转运的协同调控机制,提高作物对土壤中K^+的利用效率及AKT1在植物生理代谢、抗逆性中的作用。
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关键词
内整流K^+通道(AKT1)
K+吸收
shaker家族
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职称材料
植物钾离子转运相关蛋白及基因研究进展
被引量:
7
6
作者
马小娟
戚金亮
+1 位作者
印莉萍
黄勤妮
《首都师范大学学报(自然科学版)》
2004年第2期41-45,共5页
本文概述了植物体内与K+ 转运相关的蛋白及其基因 ,包括通道蛋白 (channelprotein)和转运体 (transporter)及其基因 .前者可分为 :(1 )内向整流K+ 通道 (inward rectifyingK+ channel:K+ in) ,(2 )外向整流K+ 通道 (outward rectifyingK...
本文概述了植物体内与K+ 转运相关的蛋白及其基因 ,包括通道蛋白 (channelprotein)和转运体 (transporter)及其基因 .前者可分为 :(1 )内向整流K+ 通道 (inward rectifyingK+ channel:K+ in) ,(2 )外向整流K+ 通道 (outward rectifyingK+ channel:K+out) ;相关基因有AKTI,ANTI,SORK ,GORK等 .后者分为低亲和K+ 吸收转运体及高亲和K+ 吸收转运体 ;相关基因有HAK 。
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关键词
植物
钾离子
膜转运蛋白
通道蛋白
转运体
shaker家族
基因
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职称材料
植物K^+吸收转运的分子机制研究进展
被引量:
11
7
作者
鲁黎明
杨铁钊
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2006年第6期379-385,共7页
K+在植物的生命活动中发挥着十分重要的作用。植物对K+的吸收,可分为高亲和吸收与低亲和吸收两个组分。在分子水平上,高亲和吸收主要由KUP/HAK/KT及HKT家族的K+转运蛋白来承担;而Shaker、KCO等家族的K+通道蛋白,则主要在植物的低亲和吸...
K+在植物的生命活动中发挥着十分重要的作用。植物对K+的吸收,可分为高亲和吸收与低亲和吸收两个组分。在分子水平上,高亲和吸收主要由KUP/HAK/KT及HKT家族的K+转运蛋白来承担;而Shaker、KCO等家族的K+通道蛋白,则主要在植物的低亲和吸收中发挥重要作用。在高等植物K+吸收转运的分子机制的研究中,KAT1及AKT1是两个最先克隆出来的K+通道基因。植物中最先克隆出来的高亲和K+转运体基因,是小麦的HKT1。在棉花的生长发育过程中,K+的作用十分关键。棉花的K+转运蛋白GhKT1在棉纤维的发育中至关重要。综述了高等植物K+吸收运转及调节的分子机制研究方面的最新进展,并对研究的前景进行了展望。
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关键词
K^-转运体
K^-通道
shaker家族
分子机制
进展
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职称材料
题名
大豆Shaker家族全基因组鉴定
1
作者
王英琪
赵红杰
机构
呼伦贝尔学院
出处
《呼伦贝尔学院学报》
2023年第5期103-109,共7页
基金
2020年呼伦贝尔学院校级一般项目“大豆Shaker家族groupⅠ基因组研究现状与综合分析”(2020ZKYB12)。
文摘
Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。本研究通过生物信息学方法对大豆Shaker基因家族的全基因组鉴定与分析,从大豆中共鉴定出11个Shaker基因,染色体定位表明大豆Shaker家族基因分布在8条不同的染色体上,大豆Shaker家族蛋白在系统进化上分为3组,家族内的成员具有相似的基因结构和结构域,家族基因的外显子/内含子数量较多且基因序列较长,启动子区有大量逆境相关的反应元件,表明GmShaker基因家族可能在响应非生物胁迫中发挥重要作用。
关键词
大豆
shaker家族
生物信息学分析
Keywords
soybean
shaker
family
bioinformatics analysis
分类号
S529 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
高粱钾离子通道Shaker蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
被引量:
4
2
作者
欧阳浩
蒋君梅
杜巧丽
方远鹏
李向阳
谢鑫
机构
贵州大学农学院/农业微生物特色重点实验室
贵州大学绿色农药与农业生物工程教育部重点实验室
出处
《山地农业生物学报》
2021年第5期1-9,共9页
基金
国家自然科学基金(31801691,32060614)
贵州省科技计划(黔科合支撑[2019]2408)
+1 种基金
贵州省高层次留学人才创新创业择优资助项目([2018]02)
大学生“SRT计划”项目(贵大SRT字[2019]329)。
文摘
Shaker蛋白家族是植物体摄入钾元素的重要通道,其对植物环境耐受性发挥着重要的作用。本研究在高粱全基因组中鉴定了Shaker蛋白家族成员,并对其进行生物信息学分析。结果表明,高粱中共鉴定到9个Shaker家族成员,共可分为5个亚族,且处于同一个亚族的基因结构以及蛋白质结构相似;亚细胞定位显示,这些成员均定位于细胞质膜上;共线性分析结果表明,高粱Shaker蛋白家族在禾本科的进化历程中相对保守;组织特异性及模拟干旱表达结果显示,Shaker成员具有明显的组织特异性与干旱应答差异。本研究有望为进一步研究高粱Shaker蛋白家族的生物学功能提供理论基础。
关键词
高粱
shaker家族
生物信息学分析
Keywords
sorghum
shaker
family
bioinformatics analysis
分类号
S514 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
梨Shaker基因家族的鉴定及其响应低钾和盐胁迫的表达分析
被引量:
2
3
作者
金雨濛
李岩
杨晗
阚丽平
徐阳春
董彩霞
沈其荣
机构
南京农业大学资源与环境科学学院/江苏省固体有机废弃物资源化研究重点实验室/江苏省有机固体废弃物协同创新中心/教育部资源节约型肥料工程技术研究中心
湖北工程学院生命科学学院
出处
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期876-886,共11页
基金
江苏省现代农业项目(BE2018389)
国家现代农业产业技术体系专项(CARS-28-10)。
文摘
[目的]Shaker基因家族在植物应对低钾环境胁迫和盐胁迫过程中发挥重要作用。杜梨是我国梨生产中应用较广的砧木,鉴定梨Shaker基因家族并研究其在杜梨低钾和盐胁迫下的响应,为提高杜梨耐低钾和盐胁迫提供理论依据。[方法]结合已公布的梨全基因组及拟南芥基因组相关数据,鉴定梨Shaker基因家族成员并分析其进化特征,通过RT-qPCR技术分析在低钾和盐胁迫下基因在杜梨幼苗根部表达特征。[结果]在全基因组中鉴定出9个梨Shaker家族的候选基因,这些基因分布在梨7条染色体上,根据进化分析将其分为5个亚族(Ⅰ—Ⅴ)。家族成员氨基酸序列大小、相对分子质量和等电点分别为587~1481、(67.91~168.80)×10^(3)和6.23~8.80,亚细胞定位预测显示该家族成员主要定位于细胞质膜。基因结构分析发现,各亚族具有相似的外显子/内含子结构,但外显子和内含子数量不同。启动子顺式作用元件分析结果表明,PbShaker的启动子含有与抗氧化剂、低温、激素、干旱胁迫等相关的顺式作用元件。杜梨幼苗根中PbAKT 1.1、PbAKT2/3和PbKC1.2在低钾胁迫15 d的表达量均明显上调,而盐胁迫下所有基因表达量均明显上调。PbAKT 1.1/1.2和PbKC1.1在轻度盐胁迫下表达量高于重度盐胁迫的表达量,表明重度盐胁迫抑制其转录丰度;PbKC 1.2随盐胁迫程度增加其表达量增加。[结论]梨Shaker基因家族成员在低钾和盐胁迫下有不同程度的响应,表明其在耐低钾和耐盐方面可能有不同的作用机制。
关键词
梨
shaker
基因
家族
生物信息学分析
低钾胁迫
盐胁迫
Keywords
pear
shaker
gene family
bioinformatics analysis
low potassium stress
salt stress
分类号
S661.2 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析
被引量:
4
4
作者
尹欢
卓凤萍
邓可宣
任茂智
机构
重庆大学生命科学学院
重庆科技学院
出处
《重庆科技学院学报(自然科学版)》
CAS
2019年第3期104-108,116,共6页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目“雷帕霉素靶蛋白调控马铃薯钾素吸收的分子机制研究”(31801271)
重庆市基础与前沿研究计划一般项目“马铃薯MYB转录因子家族在植物抗旱基因工程中的应用”(cstc2016jcyjA0822)
文摘
钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGDE基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。
关键词
shaker
基因
家族
马铃薯
钾离子吸收
表达模式
系统发育
Keywords
shaker
-type gene family
potato
potassium uptake
expression pattern
phylogeny
分类号
Q945 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
植物内整流K^+通道AKT1的研究进展
被引量:
8
5
作者
胡静
胡小柯
尉秋实
袁惠君
Yousaf Jamal
机构
甘肃省治沙研究所
兰州理工大学生命科学与工程学院
出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期813-822,共10页
基金
甘肃省治沙研究所甘肃省荒漠化与风沙灾害防治国家重点实验室(培育基地)开放基金项目--盐及干旱条件下K+、Na+主要渗透调节物质在沙拐枣中积累及分配的研究
石羊河下游退耕地植物群落优势种的生理生态特征研究
+2 种基金
国家自然科学基金(31360089)
国家自然科学基金(31460629)
中国科学院西部之光人才计划项目
文摘
K^+是植物生长发育所必需的大量营养元素。内整流K^+通道(Arabidopsis K^+transporter 1,AKT1)属于Shaker家族,是介导K^+吸收的重要通道,为质膜的K^+感应器,参与调节细胞的生长发育、调控气孔运动及植物蒸腾作用,能够提高植株的抗旱耐盐性,因而在植物生长过程中具有重要作用。该文概述了AKT1的结构、组织表达定位和表达调控及功能等方面的研究进展,并提出采用蛋白组学、基因工程技术及RNAi手段深入研究K^+、Na^+吸收及转运的协同调控机制,提高作物对土壤中K^+的利用效率及AKT1在植物生理代谢、抗逆性中的作用。
关键词
内整流K^+通道(AKT1)
K+吸收
shaker家族
Keywords
inward rectifying K^+ channel AKT1
K^+ uptake
shaker
-type K+ channel
分类号
Q945 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
植物钾离子转运相关蛋白及基因研究进展
被引量:
7
6
作者
马小娟
戚金亮
印莉萍
黄勤妮
机构
首都师范大学生物系遗传与生物工程重点实验室
出处
《首都师范大学学报(自然科学版)》
2004年第2期41-45,共5页
文摘
本文概述了植物体内与K+ 转运相关的蛋白及其基因 ,包括通道蛋白 (channelprotein)和转运体 (transporter)及其基因 .前者可分为 :(1 )内向整流K+ 通道 (inward rectifyingK+ channel:K+ in) ,(2 )外向整流K+ 通道 (outward rectifyingK+ channel:K+out) ;相关基因有AKTI,ANTI,SORK ,GORK等 .后者分为低亲和K+ 吸收转运体及高亲和K+ 吸收转运体 ;相关基因有HAK 。
关键词
植物
钾离子
膜转运蛋白
通道蛋白
转运体
shaker家族
基因
Keywords
Membrane transport protein, channel protein, transporter,
shaker
family
分类号
Q945.12 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
植物K^+吸收转运的分子机制研究进展
被引量:
11
7
作者
鲁黎明
杨铁钊
机构
河南农业大学农学院
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2006年第6期379-385,共7页
基金
国家烟草专卖局科技攻关项目(19980664)
文摘
K+在植物的生命活动中发挥着十分重要的作用。植物对K+的吸收,可分为高亲和吸收与低亲和吸收两个组分。在分子水平上,高亲和吸收主要由KUP/HAK/KT及HKT家族的K+转运蛋白来承担;而Shaker、KCO等家族的K+通道蛋白,则主要在植物的低亲和吸收中发挥重要作用。在高等植物K+吸收转运的分子机制的研究中,KAT1及AKT1是两个最先克隆出来的K+通道基因。植物中最先克隆出来的高亲和K+转运体基因,是小麦的HKT1。在棉花的生长发育过程中,K+的作用十分关键。棉花的K+转运蛋白GhKT1在棉纤维的发育中至关重要。综述了高等植物K+吸收运转及调节的分子机制研究方面的最新进展,并对研究的前景进行了展望。
关键词
K^-转运体
K^-通道
shaker家族
分子机制
进展
Keywords
K^- carrier
K^- channel
shaker
family
molecular mechanism advance
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆Shaker家族全基因组鉴定
王英琪
赵红杰
《呼伦贝尔学院学报》
2023
0
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职称材料
2
高粱钾离子通道Shaker蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
欧阳浩
蒋君梅
杜巧丽
方远鹏
李向阳
谢鑫
《山地农业生物学报》
2021
4
下载PDF
职称材料
3
梨Shaker基因家族的鉴定及其响应低钾和盐胁迫的表达分析
金雨濛
李岩
杨晗
阚丽平
徐阳春
董彩霞
沈其荣
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
下载PDF
职称材料
4
马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析
尹欢
卓凤萍
邓可宣
任茂智
《重庆科技学院学报(自然科学版)》
CAS
2019
4
下载PDF
职称材料
5
植物内整流K^+通道AKT1的研究进展
胡静
胡小柯
尉秋实
袁惠君
Yousaf Jamal
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
8
下载PDF
职称材料
6
植物钾离子转运相关蛋白及基因研究进展
马小娟
戚金亮
印莉萍
黄勤妮
《首都师范大学学报(自然科学版)》
2004
7
下载PDF
职称材料
7
植物K^+吸收转运的分子机制研究进展
鲁黎明
杨铁钊
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2006
11
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职称材料
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