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柚XTH基因家族全基因组鉴定与分析
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作者 谭烨欢 巫国军 +3 位作者 黄城 李国华 温清英 马瑞丰 《现代农业科技》 2024年第20期138-143,154,共7页
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)是植物细胞壁修饰和重塑的关键酶之一,在植物生长发育和抗逆性方面发挥着关键作用。利用生物信息学方法对柚XTH基因家族进行鉴定与分析,共鉴定出24个CgXTHs,分为4组;CgXTHs蛋白的氨基酸长度为212~564 aa... 木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)是植物细胞壁修饰和重塑的关键酶之一,在植物生长发育和抗逆性方面发挥着关键作用。利用生物信息学方法对柚XTH基因家族进行鉴定与分析,共鉴定出24个CgXTHs,分为4组;CgXTHs蛋白的氨基酸长度为212~564 aa,等电点在4.99~9.12之间,分子量为24.85~64.68 kD;柚XTH基因家族成员之间基因结构和蛋白结构分布具有相似性;共线性分析发现,柚与拟南芥的共线性基因多于柚与水稻间的共线性基因;柚CgXTHs基因家族启动子区域中发现大量光响应、激素响应、生长发育、非生物胁迫相关的顺式作用元件;所有的成员都含有1个或多个非生物胁迫相关的顺式作用元件,揭示CgXTHs基因家族可能在非生物胁迫中起着重要作用。 展开更多
关键词 xth基因家族 鉴定 染色体定位 系统进化树 基因结构 顺式作用元件
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菊花花瓣XTH基因cDNA序列的克隆与分析 被引量:2
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作者 孙悦 苏媚 +3 位作者 王蕾 姬筱雅 郑必平 谈建中 《安徽农业科学》 CAS 2012年第18期9598-9600,共3页
[目的]研究非乙烯敏感型菊科植物的木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase,XTH)基因的结构特征。[方法]采用Trizol方法从菊花花瓣中提取总RNA,利用RT-PCR技术和T/A载体克隆XTH基因的cDNA序列,并对目... [目的]研究非乙烯敏感型菊科植物的木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase,XTH)基因的结构特征。[方法]采用Trizol方法从菊花花瓣中提取总RNA,利用RT-PCR技术和T/A载体克隆XTH基因的cDNA序列,并对目的序列进行琼脂糖凝胶电泳和测序分析。[结果]克隆的cDNA片段大小为911 bp,编码293个氨基酸残基,具有XTH蛋白家族的7个活性位点,命名该基因序列为CmXTH(基因登录号为HM752243);其推导的氨基酸序列与其他19种植物的XTH具有较高的同源性,其中与非洲菊、蕃茄的亲缘关系最近,而与猕猴桃、草莓、胡杨等的亲缘关系较远。[结论]该研究结果显示克隆片段确为XTH基因的cDNA序列,其可能与菊花花瓣的生长与衰老过程有关。该结果为进一步研究XTH基因的结构与生物学功能以及菊花花瓣的生长发育机制奠定了基础。 展开更多
关键词 菊花 花瓣 xth基因 衰老 RT-PCR
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小桐子XTH基因家族和与之互作的miRNAs的全基因组鉴定及其在低温适应中的作用 被引量:1
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作者 吕宇婧 吴丹丹 +2 位作者 孔春艳 杨宇 龚明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期147-160,共14页
小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著... 小桐子(Jatropha curcas L.)是极具开发潜力的多用途能源植物,也是喜温冷敏植物,低温严重影响其生长和开发利用。已知木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)作为细胞壁的修饰酶参与植物对逆境胁迫的响应与适应。前期研究表明12℃冷锻炼可显著提高小桐子抗冷性,而XTH基因对冷锻炼过程高响应。本文基于小桐子低温锻炼期间的转录组、miRNA组和降解组数据,在全基因组层面上对小桐子XTH基因家族进行了鉴定、生物信息学分析、表达谱分析及互作miRNAs的鉴定和分析。结果表明,小桐子中鉴定到XTH基因家族成员29个,编码269-341个氨基酸,其蛋白主要定位于细胞壁,结构均具有Glyco_hyho_16和XET_C结构域以及保守位点ExDxE。29个家族成员可分为3个组别,定位于9条染色体上,其中存在8对基因重复事件。对小桐子植株不同器官、低温锻炼过程及干旱和盐胁迫下的表达谱及RT-qPCR分析显示,该基因家族在不同情况下各成员存在显著的差异化表达模式,表明该基因家族不同成员的作用不尽相同。对降解组和mi RNA组测序数据分析结果表明,68个miRNAs靶向调控JcXTH基因家族中的26个成员;选取低温锻炼下表达显著的miRNAs进行表达谱分析,并与其靶向的JcXTHs的基因表达进行相关性分析,显示二者之间呈现显著的负相关,表明在低温锻炼下miRNAs负调控JcXTHs基因的表达。研究结果有助于解析小桐子JcXTH基因家族的功能,以及靶向该家族基因的miRNAs与JcXTH基因互作如何来参与小桐子对低温胁迫的适应,从而为后续通过分子育种改良小桐子抗冷性提供参考。 展开更多
关键词 小桐子 xth基因家族 MIRNAS 互作 低温适应
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桃XTH家族基因鉴定及其在桃果实贮藏过程中的表达特性 被引量:3
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作者 郭绍雷 许建兰 +4 位作者 王晓俊 宿子文 张斌斌 马瑞娟 俞明亮 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第23期4702-4716,共15页
【目的】通过桃木葡聚糖内糖基转移/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因家族鉴定与不同肉质桃贮藏过程中相关基因的表达分析,发掘PpXTHs家族成员中参与桃果实软化的重要候选基因,为深入解析PpXTHs在果实采后贮... 【目的】通过桃木葡聚糖内糖基转移/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因家族鉴定与不同肉质桃贮藏过程中相关基因的表达分析,发掘PpXTHs家族成员中参与桃果实软化的重要候选基因,为深入解析PpXTHs在果实采后贮藏过程中的功能研究奠定基础。【方法】根据XTH蛋白保守结构域Glyco_hydro_16 domain和XET_C domain,利用Hmmer 3.1软件对桃蛋白质数据库进行搜索,鉴定桃XTH基因家族成员;利用在线软件ProtParam预测其分子量、理论等电点等理化性质;利用在线分析工具Plant-mPLoc预测其亚细胞定位;MEGA11软件构建系统进化树;运用在线工具MEME对其保守motif进行分析,Tbtools呈现蛋白保守结构域和基因结构图谱;MapChart软件绘制基因在染色体上的分布图;利用实时荧光定量PCR(quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)技术检测PpXTHs在不同肉质桃贮藏过程中的表达特性。【结果】在桃基因组共鉴定XTH基因家族成员27个,分布在7条染色体上。系统进化树显示,PpXTHs家族成员可分为祖先类群、Ⅰ/Ⅱ亚家族以及ⅢA和ⅢB亚家族。蛋白结构域分析显示所有PpXTHs成员均含有Glyco_hydro_16和XET_C两个蛋白保守结构域。qRT-PCR结果表明,属于ⅢB亚家族的PpXTH33随着溶质桃贮藏期延长,表达量上调,且表达量显著高于同期硬质桃贮藏过程的表达水平;PpXTH33克隆测序结果显示其CDS序列与桃参考基因组一致,长度为924 bp,编码307个氨基酸;激光共聚焦显微镜观察发现PpXTH33与GFP融合蛋白可能主要于细胞壁与细胞核上产生绿色荧光信号。【结论】桃27个PpXTHs家族成员蛋白结构均含有2个XTH蛋白保守结构域,不均匀分布在7条染色体上。PpXTHs在溶质桃和硬质桃贮藏过程中的表达特性显示,PpXTH33与桃采后果实软化密切相关。 展开更多
关键词 果实软化 xth基因家族 基因表达 亚细胞定位
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XET/XTH功能及基因家族表达模式的研究进展 被引量:2
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作者 杨亮 《吉林农业(学术版)》 2011年第3期65-67,共3页
作为糖苷水解酶的一个重要组成亚组,XET参与植物细胞许多生物学功能的实现。本文就其基本功能,以及XET/XTH各成员在拟南芥不同器官生长发育各个阶段的表达情况进行综述。
关键词 XET/xth基因家族 功能 表达模式
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枣木葡聚糖转移酶基因的表达分析 被引量:5
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作者 吕燕荣 任小林 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期998-1004,共7页
为研究木葡聚糖内糖基转移酶(XTH)与枣果实生长及成熟软化的关系,采用普通PCR及3’RACE扩增技术,从鲜枣品种梨枣和沾化冬枣中均克隆到XTH基因的部分序列;同时,利用实时荧光定量PCR技术,研究了2个鲜枣品种的不同生长期其采后常温贮藏过程... 为研究木葡聚糖内糖基转移酶(XTH)与枣果实生长及成熟软化的关系,采用普通PCR及3’RACE扩增技术,从鲜枣品种梨枣和沾化冬枣中均克隆到XTH基因的部分序列;同时,利用实时荧光定量PCR技术,研究了2个鲜枣品种的不同生长期其采后常温贮藏过程中XTH基因的相对表达量的变化。结果表明,从梨枣和沾化冬枣中克隆的XTH基因片段均为776 bp,包含636 bp的开放阅读框,编码212个氨基酸,分别命名为ZjXTH1和ZjXTH2(登录号分别为:HQ896312和HQ896313)。通过Blastn和Blastp对序列同源性进行比对分析,ZjXTH基因与已登录的其他物种的XTH基因相似性在68%~78%。实时定量PCR表达分析表明,ZjXTH基因的表达从盛花后51 d开始积累,并且在枣果实成熟软化过程中的表达量显著高于果实的生长期。梨枣ZjXTH1基因在采后贮藏中呈现"上升-下降-上升"的变化规律,在果实转为全红以及后期迅速软化时表达量均较高。沾化冬枣ZjXTH2基因在采后贮藏中呈现先上升后下降的趋势,在果实转为全红时表达量最高。研究结果说明,XTH基因在枣果实的成熟软化中可能起着一定的促进作用。 展开更多
关键词 枣果实 xth基因 实时荧光定量PCR
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Cloning and Analysis of the cDNA Sequence of XTH Gene from Chrysanthemum morifolium Petal
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作者 苏媚 孙悦 +3 位作者 王蕾 姬筱雅 郑必平 谈建中 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2012年第12期2461-2463,共3页
[Objective] This study aimed to investigate the structural character of xy- Ioglucan endotransglycosylase/hydrolase (XTH) gene in ethylene-insensitive feverfew. [Method] The total RNA was extracted from Chrysanthemu... [Objective] This study aimed to investigate the structural character of xy- Ioglucan endotransglycosylase/hydrolase (XTH) gene in ethylene-insensitive feverfew. [Method] The total RNA was extracted from Chrysanthemum rnorifolium petal using Trizol reagent, and the cDNA fragment of XTH gene was cloned by RT-PCR and T/A cloning. [Result] The sequencing result showed that the cloned cDNA sequence was 911 bp. It was predicted to encode a polypeptide of 293 amino acids and had seven active sites of XTH family, and then named as CmXTH (gene accession number HM752243). In addition, The BLAST analysis showed that the deduced amino acid sequence of CmXTH showed high homology with other 19 chosen plant XTHs. Among of these, CmXTH shared closer genetic relationship with Gerbera jamesonii, Solanum lycopersicum, whereas had relatively distant relationship with Populus euparatica, Fragaria ananassa, Actinidia deliciosa, etc. [Conclusion] The cloned fragment was certainly the cDNA of XTH gene, which was associated with the petal growth and senescence in Chrysanthemum morifolium. 展开更多
关键词 Chrysanthemum morifoliurn PETAL xth gene SENESCENCE RT-PCR
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Analysis on Tissue-specific Expression of Dp XTH1 and Dp XTH2 Genes in Dahlia 被引量:1
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作者 张萍萍 王蕾 +4 位作者 陈驰 王利芬 郑必平 钱力鑫 谈建中 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2015年第8期1596-1599,共4页
[Objective] This study aimed to investigate the functions and related mechanisms of xyloglucan Endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) during the growth and development of dahlia. [Method] Using /3-actin as the refer... [Objective] This study aimed to investigate the functions and related mechanisms of xyloglucan Endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) during the growth and development of dahlia. [Method] Using /3-actin as the reference gene, the rela- tive transcription levels of DpXTH1 and DpXTH2 genes in roots, stems, leaves and petals of dahlia were analyzed by real-time RT-PCR. [Result] The DpXTH1 and DpXTH2 were not expressed in the roots, but expressed abundantly in the petals of dahlia. There were little expressions in the stems and leaves of dahlia. [Conclusion] The DpXTH1 and DpXTH2 were petal-specific genes and closely related to the growth and development of petals in dahlia. 展开更多
关键词 DAHLIA Xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases xth gene Expres-sion specificity Real-time fluorescence quantitative PCR
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Identification of Senescence-associated Protein DpXTH1 and its Gene Cloning in Dahlia Petals
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作者 张萍萍 阚雪芹 +3 位作者 李坚 陈驰 罗成洋 谈建中 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2015年第7期1490-1493,共4页
[Objective] This study aimed to explore the molecular mechanism of senescence in ethylene-insensitive flowers. [Method] The dahlia petals were used as matedal, and the senescence-associated proteins were isolated and ... [Objective] This study aimed to explore the molecular mechanism of senescence in ethylene-insensitive flowers. [Method] The dahlia petals were used as matedal, and the senescence-associated proteins were isolated and identified using two-dimensional electrophoresis, mass spectrometry and an encoding gene was cloned using molecular biology techniques. [Result] In the two-dimensional elec- trophorogram of proteins from dahlia petals at building color, full flowering and flow- er senescence pedods, a total of 44 protein spots with differences in expression level more than two times were detected. From the 44 protein spots, xyloglucan (XTHs), a senescence-associated protein, was iso- lated and identified and its expression level was increased continuously with the senescence process of dahlia petals. By using the total RNA of dahlia petals as matedal and a pair of degenerate pdmers, the cDNA sequence of XTH gene was cloned by RT-PCR. The encoding region of XTH gene has a full length of 882 bp, encoding 293 amino acid residues, and is named as DpXTH1 (Accession number: HM053613.1). The cluster analysis showed that the amino acid sequence of DpXTH1 has high homology with those of XTHs in other plants. [Conclusion] The isolated and identified DpXTH1 from dahlia petals belonged to the XTH family in plants, and its biological function was associated with the senescence process and regulation of dahlia petals. 展开更多
关键词 DAHLIA PETALS Xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase Senescence-associated protein Gene cloning
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