研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性.采用Accelrys Discovery Studio 3.5软件计算平台,使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接,然后使用RDOC...研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性.采用Accelrys Discovery Studio 3.5软件计算平台,使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接,然后使用RDOCK程序进行结果优化,最后将通过分子对接得到的几个蛋白-多肽复合物的三级结构与文献报道的通过X射线测得的蛋白HsRAD51与BRC4复合物的准确结构进行叠合比较,结果发现其中一些结构的叠合效果较好,碳链骨架叠合的RMSD最小的为0.034 4nm.推测使用ZDOCK分子对接程序来进行HsRAD51蛋白与多肽的对接,具有较高的准确性.该结果为今后研究HsRAD51蛋白与BRCA2其他重复基元的分子对接以及相互作用提供了重要依据.展开更多
本文采用高性能的Discovery Studio 2021(DS2018R2)大分子计算模拟软件,在RCSB PDB数据库中调用蛋白质文件建立其立体结构,应用ZDOCK程序算法探究IL-18亚基(AB亚基或B亚基)与IL-18R相互作用的空间结构与构象变化,计算找到了相互作用界...本文采用高性能的Discovery Studio 2021(DS2018R2)大分子计算模拟软件,在RCSB PDB数据库中调用蛋白质文件建立其立体结构,应用ZDOCK程序算法探究IL-18亚基(AB亚基或B亚基)与IL-18R相互作用的空间结构与构象变化,计算找到了相互作用界面的氨基酸的一级序列与二级结构以及它们之间的相互作用力,并用拉氏图评估对接构象,研究发现B亚基在IL-18与IL-18R的结合中起主要作用。该计算方法与实验方法比较,可快速找到蛋白-蛋白相互作用的构象空间,优化膜蛋白相互作用的精度,其能从原子与量子水平探究细胞因子与膜蛋白受体的相互作用,其数据精确定量,有助于更深入解析分子机理。本文应用ZDOCK算法建立了通过计算模拟膜蛋白生物大分子相互作用的新领域,为细胞因子与化学因子的多肽类药物开发提供新的思路,为细菌病毒感染/肿瘤疾病的防治提供科学理论依据,在分子识别、神经元网络深度学习、生物信息处理领域具有广泛的应用。展开更多
文摘研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性.采用Accelrys Discovery Studio 3.5软件计算平台,使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接,然后使用RDOCK程序进行结果优化,最后将通过分子对接得到的几个蛋白-多肽复合物的三级结构与文献报道的通过X射线测得的蛋白HsRAD51与BRC4复合物的准确结构进行叠合比较,结果发现其中一些结构的叠合效果较好,碳链骨架叠合的RMSD最小的为0.034 4nm.推测使用ZDOCK分子对接程序来进行HsRAD51蛋白与多肽的对接,具有较高的准确性.该结果为今后研究HsRAD51蛋白与BRCA2其他重复基元的分子对接以及相互作用提供了重要依据.
文摘本文采用高性能的Discovery Studio 2021(DS2018R2)大分子计算模拟软件,在RCSB PDB数据库中调用蛋白质文件建立其立体结构,应用ZDOCK程序算法探究IL-18亚基(AB亚基或B亚基)与IL-18R相互作用的空间结构与构象变化,计算找到了相互作用界面的氨基酸的一级序列与二级结构以及它们之间的相互作用力,并用拉氏图评估对接构象,研究发现B亚基在IL-18与IL-18R的结合中起主要作用。该计算方法与实验方法比较,可快速找到蛋白-蛋白相互作用的构象空间,优化膜蛋白相互作用的精度,其能从原子与量子水平探究细胞因子与膜蛋白受体的相互作用,其数据精确定量,有助于更深入解析分子机理。本文应用ZDOCK算法建立了通过计算模拟膜蛋白生物大分子相互作用的新领域,为细胞因子与化学因子的多肽类药物开发提供新的思路,为细菌病毒感染/肿瘤疾病的防治提供科学理论依据,在分子识别、神经元网络深度学习、生物信息处理领域具有广泛的应用。
