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基于CRISPR/Cas9的棉花GhbHLH71基因编辑突变体的分析
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作者 上官小霞 杨琴莉 李换丽 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期138-148,共11页
碱性/螺旋-环-螺旋(basic/helix-loop-helix,bHLH)转录因子在植物的生长发育、次生代谢、信号转导、逆境胁迫等方面起重要的调控作用。棉花GhbHLH71基因c DNA全长996 bp,编码331个氨基酸残基,蛋白序列中含有保守的bHLH结构域,属于bHLH... 碱性/螺旋-环-螺旋(basic/helix-loop-helix,bHLH)转录因子在植物的生长发育、次生代谢、信号转导、逆境胁迫等方面起重要的调控作用。棉花GhbHLH71基因c DNA全长996 bp,编码331个氨基酸残基,蛋白序列中含有保守的bHLH结构域,属于bHLH转录因子家族成员。实时荧光定量分析结果表明,GhbHLH71基因在棉花纤维快速伸长期3~12 DPA (days post anthesis,DPA)相对高表达,暗示其主要在棉花纤维发育过程中发挥作用。构建该基因的CRISPR/Cas9基因编辑载体进行了棉花遗传转化,T_0代再生株经过Cas9基因的PCR检测以及靶位点突变情况检测分析,获得6个T_0代基因编辑突变体。T_1代不同突变株系在棉花生长发育期的表型性状与对照相比无明显差异,但成熟纤维的长度与对照相比皆明显变短。T_2代突变株系可以稳定遗传T_1代株系纤维变短的表型。其中4#和8#株系连续2代的纤维长度与对照相比缩短比率皆达20%以上,表明GhbHLH71基因的突变主要影响了棉花纤维细胞的伸长。本研究为深入了解棉花中bHLH转录因子的生物学功能以及棉花纤维发育的分子机制提供了一定的参考。 展开更多
关键词 棉花 bhlh转录因子 Ghbhlh71基因 纤维发育 CRISPR/Cas9基因编辑
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兰州百合鳞茎花青素合成相关MYB与bHLH转录因子的筛选分析 被引量:2
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作者 范文广 李保豫 +6 位作者 田辉 李欣 任海伟 曹莹莹 姜欣彤 柴佳靖 陈少青 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期57-66,共10页
百合鳞茎在采后贮藏过程中,由于花青素的积累导致鳞茎变紫红色,进而影响其价值。该文基于兰州百合鳞茎转录组数据,利用生物信息学技术分析花青素相关转录因子,共分析了50个MYB转录因子与73个bHLH转录因子,包括序列的比对、理化性质分析... 百合鳞茎在采后贮藏过程中,由于花青素的积累导致鳞茎变紫红色,进而影响其价值。该文基于兰州百合鳞茎转录组数据,利用生物信息学技术分析花青素相关转录因子,共分析了50个MYB转录因子与73个bHLH转录因子,包括序列的比对、理化性质分析、亚细胞定位、系统进化关系以及保守结构域预测。MYB分类结果显示,50个MYB转录因子中有2个属于1R-MYB类,44个属于R2R3-MYB类,3个属于3R-MYB类,1个属于4R-MYB类。50个MYB不稳定蛋白均为亲水性蛋白,亚细胞定位表明48个MYB定位于细胞核。73个bHLH均为不稳定蛋白,且72个都为亲水性,亚细胞定位显示58个bHLH定位于细胞核。通过与模式植物拟南芥MYB和bHLH转录因子构建进化树分析、保守结构域预测、基因表达量分析以及转录因子与结构基因的相关性分析,初步筛选出3个MYB基因和1个bHLH基因可促进兰州百合鳞茎花青素合成,为进一步深入研究兰州百合鳞茎花青素调控基因提供了理论支持。 展开更多
关键词 兰州百合(Lilium davidii var.unicolor) 鳞茎 MYB转录因子 bhlh转录因子 花青素合成
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bHLH96的克隆及其在薄荷萜烯生物合成调控中的功能 被引量:1
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作者 王斌 袁晓 +3 位作者 蒋园园 王玉昆 肖艳辉 何金明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期281-293,共13页
【目的】薄荷精油是日化、医药和食品工业中的重要原料,bHLH转录因子在调控植物挥发性次生代谢产物合成中具有重要作用。探究bHLH蛋白在薄荷挥发性物质合成调控中的作用,为通过代谢或基因工程改良薄荷种质提供重要基因资源,拓展有关植... 【目的】薄荷精油是日化、医药和食品工业中的重要原料,bHLH转录因子在调控植物挥发性次生代谢产物合成中具有重要作用。探究bHLH蛋白在薄荷挥发性物质合成调控中的作用,为通过代谢或基因工程改良薄荷种质提供重要基因资源,拓展有关植物挥发性次生代谢产物合成途径与调控机制的认识。【方法】利用转录组测序和RT-qPCR技术分析bHLH96在薄荷根、茎、叶中的表达,并通过RT-PCR法克隆其全长序列,再利用DNA重组技术构建植物表达载体pBI121-bHLH96,利用农杆菌介导法在薄荷叶片中过表达,检测过表达bHLH96对薄荷叶片萜烯化合物含量和合成相关基因表达的影响。【结果】薄荷bHLH96的编码区全长861 bp,编码286个氨基酸残基。薄荷bHLH96是一个细胞核定位蛋白,植物bHLH96蛋白间的序列相似性为45.45%-73.68%,薄荷bHLH96与薰衣草LaMYC4和丹参SmbHLH94等唇形科植物bHLH蛋白的亲缘关系较近。在薄荷叶片中瞬时过表达bHLH96,显著影响15种萜烯化合物的相对含量。过表达bHLH96显著上调萜烯合成相关基因OC2、SM1、KS1、ND和EAO1的表达,显著下调NLS1、LS1和iPR的表达。【结论】薄荷bHLH96可能通过调控萜烯合成相关基因的表达,影响相关萜合成酶的活性,从而调控薄荷萜烯物质的合成。 展开更多
关键词 薄荷 精油 挥发性化合物 合成调控 bhlh转录因子
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铁皮石斛DobHLH51 基因克隆及表达特性分析
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作者 崔迪 孟丽君 +3 位作者 葛秀丽 郎朗 刘博婷 刘羽佳 《山东农业科学》 北大核心 2024年第5期9-18,共10页
bHLH转录因子(basic/helix-loop-helix)是植物响应非生物胁迫过程中重要的调控因子。为探究DobHLH51转录因子在铁皮石斛非生物胁迫响应中的表达调控机制,通过同源克隆从广东丹霞铁皮石斛叶组织中获得DobHLH51基因,并对其进行生物信息学... bHLH转录因子(basic/helix-loop-helix)是植物响应非生物胁迫过程中重要的调控因子。为探究DobHLH51转录因子在铁皮石斛非生物胁迫响应中的表达调控机制,通过同源克隆从广东丹霞铁皮石斛叶组织中获得DobHLH51基因,并对其进行生物信息学及表达特性分析。结果显示,克隆的DobHLH51基因(Gen-Bank登录号OR234020)的CDS序列为768 bp,编码255个氨基酸,与参考序列(基因ID:LOC110107930)对比存在13个碱基差异。DobHLH51蛋白相对分子量为28.03 kDa,理论等电点为9.71,为亲水性不稳定蛋白,无信号肽和跨膜区域,含有52个磷酸化位点,具有bHLH保守结构域和ACT结构域。氨基酸序列分析表明DobHLH51与黄石斛(Dendrobium catenatum)和金钗石斛(Dendrobium nobile)的bHLH同源性最高。DobHLH51基因在广东丹霞铁皮石斛不同组织中的表达水平存在明显差异,在茎中的表达量最高。DobHLH51基因启动子序列含有多个非生物胁迫响应相关元件,且低温、干旱和ABA能够诱导DobHLH51基因显著表达。DobHLH51基因在低温和干旱胁迫下的表达模式基本一致,但其在ABA处理下的表达模式不同,推测该基因可能通过非依赖于ABA的信号转导途径参与低温和干旱胁迫响应过程。本研究结果可为后续进一步探究DobHLH51基因功能及其在非生物胁迫响应中的作用机制提供理论依据。 展开更多
关键词 铁皮石斛 bhlh转录因子 Dobhlh51基因 生物信息学分析 非生物胁迫 表达特性分析
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抗氧化途径下大豆GmbHLH130转录因子增强植物耐旱性研究
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作者 张斌 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1746-1756,共11页
为了探究大豆GmbHLH130基因参与植物耐旱性调控的分子机制,分析了转基因拟南芥在干旱处理下的表型并测定活性氧含量和抗氧化酶活性,同时检测了拟南芥叶中干旱应答相关基因的表达模式以及转录因子GmbHLH130对下游基因启动子的结合作用。... 为了探究大豆GmbHLH130基因参与植物耐旱性调控的分子机制,分析了转基因拟南芥在干旱处理下的表型并测定活性氧含量和抗氧化酶活性,同时检测了拟南芥叶中干旱应答相关基因的表达模式以及转录因子GmbHLH130对下游基因启动子的结合作用。结果显示,GmbHLH130基因过表达拟南芥的耐旱性明显增强。干旱处理下,过表达株系鲜质量和叶片相对含水量均高于WT,而MDA含量和失水率则较低。此外,干旱处理导致拟南芥过表达株系积累更多的可溶性糖和脯氨酸、更少的活性氧以及更高的抗氧化酶活性;同时,干旱胁迫应答基因AtCAT、AtPOD、AtSOD、AtNCED3、AtP5CS1和AtRD29A的表达水平在过表达株系中显著上调。GmbHLH130蛋白则可结合到靶基因的启动子区激活GUS报告基因的表达。本研究初步证明GmbHLH130转录因子通过结合干旱胁迫应答基因启动子激活基因表达,增加转基因植株体内渗透调节物质含量、激活抗氧化途径和提高ROS清除能力,最终缓解干旱胁迫对植株的损伤。 展开更多
关键词 大豆 转录因子 bhlh 拟南芥 耐旱性
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FabHLH37调控草莓抗灰霉病的功能分析 被引量:1
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作者 刘晓宇 张欣 +3 位作者 彭悦 于淼 熊劲松 程宗明 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期213-221,共9页
[目的]本文旨在通过验证草莓bHLH(basic/helix-loop-helix)家族转录因子FabHLH37的功能,解析其调控草莓抗灰霉病的机制,为草莓的抗病育种提供新的基因资源。[方法]以栽培草莓品种‘红颜’为试验材料,提取灰霉菌侵染后的草莓果实总RNA并... [目的]本文旨在通过验证草莓bHLH(basic/helix-loop-helix)家族转录因子FabHLH37的功能,解析其调控草莓抗灰霉病的机制,为草莓的抗病育种提供新的基因资源。[方法]以栽培草莓品种‘红颜’为试验材料,提取灰霉菌侵染后的草莓果实总RNA并反转录为cDNA,克隆FabHLH37编码区序列,并使用在线软件对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR(qPCR)分别检测该基因在草莓不同组织及果实接种灰霉菌后的相对表达量;利用烟草瞬时表达系统研究该基因的亚细胞定位;通过草莓果实瞬时表达系统研究FabHLH37抗灰霉病功能。[结果]FabHLH37基因CDS全长789 bp,编码262个氨基酸,理论等电点(pI)为6.61,相对分子质量为2.9×10^(5)。进化分析显示FabHLH37与月季、苹果等蔷薇科植物bHLH37蛋白同源关系较近。亚细胞定位分析显示FabHLH37特异性定位于细胞核。qPCR分析表明FabHLH37在草莓根中表达量最高,叶次之,灰霉病菌侵染可以显著诱导FabHLH37基因的表达。草莓果实瞬时表达结果显示,与对照相比,过表达FabHLH37的草莓果实接种灰霉菌后感病程度轻,而沉默FabHLH37的草莓果实相反。进一步的qPCR检测发现,在草莓果实瞬时表达体系中,FaPR1/4/5-1、FaBG2-1、FaCHI3-1、FaSOD、FaPAL等多个防御基因的表达量与FabHLH37的表达量呈正相关,即过量表达FabHLH37可显著提高这些基因的表达量,而沉默FabHLH37则显著降低这些基因的表达量。[结论]FabHLH37可通过诱导防御基因的表达从而正向调控草莓灰霉病。 展开更多
关键词 草莓 灰霉病 bhlh转录因子bhlh37 防御基因
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马缨杜鹃bHLH转录因子家族的鉴定与表达分析 被引量:1
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作者 王洪飞 欧静 +4 位作者 王孝敬 可珂 范豫 周玉梅 范馨悦 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1649-1668,共20页
水分亏缺是制约马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)园林应用的关键因子,bHLH转录因子在植物生长发育和胁迫响应过程中发挥重要调控作用。该文以马缨杜鹃基因组文件和转录表达数据为材料,运用生物信息学方法鉴定马缨杜鹃bHLH转录因子(RdbH... 水分亏缺是制约马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)园林应用的关键因子,bHLH转录因子在植物生长发育和胁迫响应过程中发挥重要调控作用。该文以马缨杜鹃基因组文件和转录表达数据为材料,运用生物信息学方法鉴定马缨杜鹃bHLH转录因子(RdbHLH)家族成员,并分析了基因结构、保守基序、系统发育、蛋白理化性质、顺式作用元件、蛋白互作网络及表达模式等特征。结果表明:(1)共鉴定出116个RdbHLH基因,不同蛋白氨基酸数目和分子量大小差异较大,总体为弱酸性亲水蛋白,主要在细胞核行使功能。(2)RdbHLH共划分为17个亚家族,各亚家族基因基序结构保守,但在不同亚家族间差异较大,绝大多数RdbHLH蛋白同时含有Motif 1和Motif 2,启动子区域含大量与植物生长发育、激素响应、光响应和胁迫响应相关的顺式作用元件。(3)马缨杜鹃响应干旱胁迫主要通过激发信号传导通路与渗透调节和黄酮类化合物合成系统,以缓解胁迫损伤;干旱胁迫影响了36个RdbHLH基因的表达,强烈诱导了12个RdbHLH基因的表达,其中RdbHLH49和RdbHLH95可能在植株抗干旱胁迫过程中发挥重要调控作用。研究结果为进一步研究RdbHLH基因的生物学功能提供了理论依据,也为培育马缨杜鹃优良园艺品种提供了靶向基因资源。 展开更多
关键词 马缨杜鹃 bhlh 生物信息学 干旱胁迫 表达模式
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苦荞bHLH93转录因子响应铝胁迫的功能研究
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作者 刘桐 王志荣 +7 位作者 李伟 刘洋 王祥儒 赖弟利 何毓琦 张凯旋 赵振军 周美亮 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期3127-3141,I0013,共16页
【目的】荞麦是一种重要粮食和经济作物。与其他作物相比,荞麦具备较高的耐铝性。实验室前期研究,在铝离子胁迫下的苦荞转录组中发现一个可能与铝离子响应密切相关的转录因子FtbHLH93,探究FtbHLH93的功能,为解决土壤酸化引致铝毒害的问... 【目的】荞麦是一种重要粮食和经济作物。与其他作物相比,荞麦具备较高的耐铝性。实验室前期研究,在铝离子胁迫下的苦荞转录组中发现一个可能与铝离子响应密切相关的转录因子FtbHLH93,探究FtbHLH93的功能,为解决土壤酸化引致铝毒害的问题及耐铝植物的选育提供思路与线索,并为荞麦耐铝性的分子机理解析奠定基础。【方法】以品苦1号的cDNA为模板克隆FtbHLH93,通过qRT-PCR检测其在苦荞不同组织和铝离子处理不同时间段的表达量;酵母系统鉴定转录激活活性;亚细胞定位确定其表达部位。检测过表达材料的黄酮类物质含量,在未处理和铝离子处理条件下测定SOD和POD活性。运用转录组分析差异表达基因,筛选潜在的下游靶基因,对其进行启动子预测,并利用双荧光素酶报告基因试验进行验证。【结果】FtbHLH93转录因子编码区长度为573 bp,编码190个氨基酸残基,预测蛋白分子量为21.759 kDa,等电点为8.64。qRT-PCR结果显示,FtbHLH93在苦荞根中表达量高,铝胁迫下基因表达定量分析表明,FtbHLH93在24 h时表达量最高。转录因子活性鉴定显示,FtbHLH93在酵母系统中无转录激活活性。亚细胞定位显示其定位在细胞核上。在铝离子处理下,过表达FtbHLH93植株的毛状根具有耐铝性,并且SOD和POD活性均显著高于对照组,过表达材料的黄酮类代谢物的检测结果显示,芦丁、儿茶素、烟花苷含量明显高于对照组。通过对转录组数据进行GO和KEGG富集分析,发现GO富集分析中,其与金属离子转运和镉锰离子条目有关,KEGG富集分析中,其与ABC转运蛋白有关,且挖掘出3个铝响应的候选下游靶基因,共表达分析发现其中2个候选下游靶基因与FtbHLH93的表达模式相似。【结论】FtbHLH93转录因子可能通过促进黄酮类物质的累积、SOD和POD活性的提高来缓解铝毒害,FtbHLH93可能靶向调控与铝响应有关的FtPinG0100930100.01、FtPinG0303102000.01和FtPinG0403996200.01。 展开更多
关键词 苦荞 bhlh 过表达 转录组 双荧光素酶
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基于转录组测序的红树莓bHLH转录因子家族鉴定及分析
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作者 贺志敏 张峻鑫 +5 位作者 于丽平 胡康 姬凤岐 黄体冉 杨明峰 马兰青 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1669-1677,共9页
bHLH转录因子是植物中数量较大的一类转录因子家族,在植物的生长发育、次级代谢调控、激素响应等方面发挥着重要作用。红树莓果实中含有丰富的树莓酮,为了深入探究bHLH转录因子在红树莓生长发育及树莓酮合成过程中的作用,该研究基于‘... bHLH转录因子是植物中数量较大的一类转录因子家族,在植物的生长发育、次级代谢调控、激素响应等方面发挥着重要作用。红树莓果实中含有丰富的树莓酮,为了深入探究bHLH转录因子在红树莓生长发育及树莓酮合成过程中的作用,该研究基于‘波尔卡’和‘橙色传奇’2种红树莓果实的转录组测序,鉴定了红树莓bHLH基因家族成员,并对这些基因进行生物信息学分析。结果表明:(1)红树莓果实中共鉴定到95个bHLH转录因子家族成员。(2)红树莓的bHLH转录因子家族成员多数为不稳定蛋白;超过半数成员定位于细胞核。(3)bHLH转录因子N端包含保守的His5-Glu9-Arg13序列,C端包含保守的Leu序列。(4)系统发育树将该家族成员分为20个亚家族,其中R亚家族成员最多,有12个。(5)表达模式图表明bHLH转录因子在青果期表达量较高,成熟期表达量较低。该研究结果为筛选与树莓酮含量变化一致的bHLH转录因子提供了依据,为进一步探究红树莓bHLH家族的功能提供了参考。 展开更多
关键词 红树莓 转录组测序 bhlh转录因子 基因家族 树莓酮
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积雪草CabHLH基因家族的全基因组鉴定和表达分析
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作者 宋贞贞 吴军 童黄锦 《中国野生植物资源》 CSCD 2024年第10期27-41,共15页
目的:鉴定积雪草中bHLH转录因子家族,利用生信分析其蛋白理化性质和在基因组中的相关特性,为CabHLH家族基因在积雪草三萜生物合成调控研究中提供理论基础。方法:根据bHLH基因家族特征筛选积雪草的CabHLH基因家族,进行生信学分析和表达... 目的:鉴定积雪草中bHLH转录因子家族,利用生信分析其蛋白理化性质和在基因组中的相关特性,为CabHLH家族基因在积雪草三萜生物合成调控研究中提供理论基础。方法:根据bHLH基因家族特征筛选积雪草的CabHLH基因家族,进行生信学分析和表达分析。结果:基于基因组和转录组一共鉴定得到137个CabHLHs基因,命名为CabHLH001~CabHLH137。每个CabHLH蛋白均有bHLH结构域,多数为亲水性蛋白,定位于细胞核,系统进化树分析发现CabHLH家族蛋白成员可被分为16个组别29个亚组,与拟南芥AtbHLH蛋白系统分类结果类似。积雪草CabHLHs在基因组内存在大量的基因复制,而与拟南芥的共线性发现成对基因较少,这些成对的基因具有类似的生物学功能。137个CabHLHs在不同组织部位呈现差异表达,CabHLH017、CabHLH023、CabHLH096、CabHLH076表达受到茉莉酸甲酯(MeJA)诱导并在叶中高表达。结论:在积雪草基因组中共获得137个CabHLHs基因,具有亚家族分类的序列特征和不同的表达模式,叶中高表达并响应MeJA的CabHLHs可能具有调控积雪草三萜生物合成的作用。 展开更多
关键词 积雪草 bhlh基因家族 全基因组鉴定 进化分析
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A bHLH transcription factor,CsSPT,regulates high-temperature resistance in cucumber 被引量:2
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作者 Yonggui Liang Chenyu Yang +7 位作者 Fangyan Ming Bingwei Yu Zhihua Cheng Yixi Wang Zhengkun Qiu Xiaolan Zhang Bihao Cao Shuangshuang Yan 《Horticultural Plant Journal》 SCIE CAS CSCD 2024年第2期503-514,共12页
High-temperature stress threatens the growth and yield of crops. Basic helix-loop-helix(bHLH) transcription factors(TFs) have been shown to play important roles in regulating high-temperature resistance in plants. How... High-temperature stress threatens the growth and yield of crops. Basic helix-loop-helix(bHLH) transcription factors(TFs) have been shown to play important roles in regulating high-temperature resistance in plants. However, the bHLH TFs responsible for high-temperature tolerance in cucumbers have not been identified. We used transcriptome profiling to screen the high temperature-responsive candidate bHLH TFs in cucumber. Here, we found that the expression of 75 CsbHLH genes was altered under high-temperature stress. The expression of the CsSPT gene was induced by high temperatures in TT(Thermotolerant) cucumber plants. However, the Csspt mutant plants obtained by the CRISPR-Cas9 system showed severe thermosensitive symptoms, including wilted leaves with brown margins and reduced root density and cell activity.The Csspt mutant plants also exhibited elevated H_(2)O_(2) levels and down-regulated photosystem-related genes under normal conditions.Furthermore, there were high relative electrolytic leakage(REC), malondialdehyde(MDA), glutathione(GSH), and superoxide radical(O_(2)^(·-)) levels in the Csspt mutant plants, with decreased Proline content after the high-temperature treatment. Transcriptome analysis showed that the photosystem and chloroplast activities in Csspt mutant plants were extremely disrupted by the high-temperature stress compared with wildtype(WT) plants. Moreover, the plant hormone signal transduction, as well as MAPK and calcium signaling pathways were activated in Csspt mutant plants under high-temperature stress. The HSF and HSP family genes shared the same upregulated expression patterns in Csspt and WT plants under high-temperature conditions. However, most bHLH, NAC, and bZIP family genes were significantly down-regulated by heat in Csspt mutant plants. Thus, these results demonstrated that CsSPT regulated the high-temperature response by recruiting photosynthesis components, signaling pathway molecules, and transcription factors. Our results provide important insights into the heat response mechanism of CsSPT in cucumber and its potential as a target for breeding heat-resistant crops. 展开更多
关键词 CUCUMBER bhlh CsSPT PHOTOSYNTHESIS High temperature
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火龙果HubHLH基因家族的全基因组分析及其对冬季补光诱导开花的表达响应
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作者 李佳雪 丁一 +8 位作者 王猛 李涛 郭攀阳 刘成立 韦双双 黄家权 李洪立 胡文斌 汤华 《热带生物学报》 2024年第2期198-209,共12页
为了获得较完整的候选基因,探讨HubHLH基因在火龙果(Hylocereus undatus)冬季补光诱导开花过程的表达响应,对火龙果HubHLH基因家族进行全基因组分析。鉴定出153个HubHLH基因;这些基因的编码蛋白含有176~687个氨基酸,分子量大小为19.28~7... 为了获得较完整的候选基因,探讨HubHLH基因在火龙果(Hylocereus undatus)冬季补光诱导开花过程的表达响应,对火龙果HubHLH基因家族进行全基因组分析。鉴定出153个HubHLH基因;这些基因的编码蛋白含有176~687个氨基酸,分子量大小为19.28~74.44 kDa,等电点(pI)为4.81~9.88,均为亲水蛋白,亚细胞定位预测大多定位到细胞核。为鉴定HubHLH基因家族的同源性,本研究将153个火龙果HubHLH和120个拟南芥AtbHLH蛋白进行系统发育比较分析。系统发育比较分析结果:火龙果HubHLH基因家族成员被分为12个组,25个亚族;对HubHLH基因家族的保守motif、基因结构及在染色体的位置分布的分析结果表明,同一亚族的基因具有相似的基序组成和基因结构。对HubHLH基因家族的内部复制事件的分析结果表明,有78条片段复制被鉴定为片段重复基因,说明片段复制是HubHLH基因家族的主要扩张力量。此外,基于已测定的关于火龙果冬季补光诱导开花的4个时期转录组数据,筛选到59个HubHLH基因在冬季补光诱导成花过程中有差异表达,随后对这59个HubHLH基因进行GO功能富集,发现它们在红光或远红光的反应、对光刺激的反应、有性生殖功能、对辐射的反应等功能上均有富集,说明HubHLH基因家族可能在冬季补光诱导火龙果成花过程中起到了调控作用。 展开更多
关键词 火龙果 bhlh基因家族 全基因组 补光诱导开花 基因差异表达
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扭果花旗杆bHLH转录因子家族成员鉴定与表达分析
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作者 胡尔西旦·吐尔逊 谷玉风 +1 位作者 刘欣欣 葛风伟 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期13-21,共9页
基于扭果花旗杆(Dontostemon elegans Maxim.)转录组数据,鉴定其bHLH转录因子家族成员,并通过生物信息学方法分析该转录因子家族成员的理化性质、保守基序及结构域、系统进化关系、组织表达模式及逆境胁迫表达模式。结果表明:从扭果花... 基于扭果花旗杆(Dontostemon elegans Maxim.)转录组数据,鉴定其bHLH转录因子家族成员,并通过生物信息学方法分析该转录因子家族成员的理化性质、保守基序及结构域、系统进化关系、组织表达模式及逆境胁迫表达模式。结果表明:从扭果花旗杆转录组数据库中共筛选出66个bHLH转录因子家族成员,其氨基酸残基数为63~668,理论等电点为pI 4.74至pI 10.17,理论相对分子质量为7396.56~73508.47,65个家族成员属于亲水蛋白,60个家族成员定位在细胞核中;所有家族成员含有motif1和(或)motif2,且都含有保守的bHLH_SF超家族结构域。扭果花旗杆bHLH转录因子家族成员可划分为13个亚家族,亚家族ⅩⅣ含有的扭果花旗杆bHLH家族成员最多(10个)。组织表达模式分析结果表明:扭果花旗杆bHLH基因在不同组织中的相对表达量有所差异,De11684.2214、De11684.23639和De11684.33169在叶中的相对表达量最高,De11684.2906和De11684.31669在茎中的相对表达量最高,De11684.7549在根中的相对表达量最高,De11684.7900在根和叶中的相对表达量接近且显著(P<0.05)高于茎。扭果花旗杆bHLH基因对不同逆境胁迫有不同程度的响应:在150 mmol·L^(-1)NaCl胁迫下,7个bHLH基因的相对表达量在不同时间均显著上调;在250 mmol·L^(-1)聚乙二醇(PEG)胁迫下,6个bHLH基因的相对表达量在2 h时显著下调;在4℃胁迫下,6个bHLH基因的相对表达量在8 h时显著上调。综合分析表明:扭果花旗杆bHLH转录因子家族成员具有bHLH转录因子家族的基本特征;bHLH基因具有组织表达特异性,bHLH家族成员可能参与盐胁迫和低温胁迫的调控过程。 展开更多
关键词 扭果花旗杆 bhlh 转录因子 表达分析 非生物胁迫
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滇山茶bHLH基因家族鉴定及花色形成相关基因筛选
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作者 周麟 黄顺满 +2 位作者 苏文坤 姚响 屈燕 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期142-151,共10页
【目的】通过生物信息学方法初步筛选与滇山茶花色相关的bHLH基因,为后续深入研究滇山茶花色提供支持。【方法】基于滇山茶全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定滇山茶bHLH基因家族成员,并对其理化性质、二级结构、系统发育关系和结... 【目的】通过生物信息学方法初步筛选与滇山茶花色相关的bHLH基因,为后续深入研究滇山茶花色提供支持。【方法】基于滇山茶全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定滇山茶bHLH基因家族成员,并对其理化性质、二级结构、系统发育关系和结构域等进行分析。利用二代转录组和代谢组数据挖掘与滇山茶花色相关的bHLH基因,通过实时定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)验证bHLH基因在滇山茶开花过程中和不同品种间的表达情况。【结果】在滇山茶全长转录组中鉴定到71个滇山茶CrbHLHs基因,蛋白分子量的范围在22994.58-102996.96 Da,等电位为4.98-9.51,均为亲水性蛋白。与拟南芥聚类分析发现,滇山茶bHLH基因家族成员可分布到14个亚族。多组学联合分析发现,CrbHLH8、CrbHLH61和CrbHLH63与矢车菊色素苷呈正相关,而CrbHLH59与其呈负相关;CrbHLH13和CrbHLH71与原花青素呈正相关,其中CrbHLH8和CrbHLH61为IIIf亚族成员。【结论】从滇山茶全长转录组中鉴定出71个CrbHLHs家族成员,其中6个CrbHLHs与滇山茶花色相关。 展开更多
关键词 滇山茶 bhlh基因家族 花色 进化树 全长转录组 生物信息学
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百合bHLH家族系统进化和花香相关基因克隆及表达分析
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作者 武琼 刘佳鑫 +4 位作者 赵瑛杰 梁蕤 韩美玲 李超 杜方 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期813-823,共11页
bHLH转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一。当前越来越多的植物bHLH转录因子家族被鉴定,然而百合bHLH转录因子家族的系统分析尚未见报道。本研究基于百合转录组数据,共鉴定出74个bHLH家族蛋白,均为亲水性蛋白,93%为不稳定蛋白,... bHLH转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一。当前越来越多的植物bHLH转录因子家族被鉴定,然而百合bHLH转录因子家族的系统分析尚未见报道。本研究基于百合转录组数据,共鉴定出74个bHLH家族蛋白,均为亲水性蛋白,93%为不稳定蛋白,61%为酸性蛋白。结构域分析发现有25个保守残基的一致性≥50%,其中R16、R17、L27、L49和L59位点高度保守。此外,64个b HLH蛋白能与DNA结合,包含58个E-box结合物和46个G-box结合物。系统进化分析将百合bHLHs分为21个亚家族,基于进化树发现百合bHLHs可能执行信号转导、非生物胁迫、植物生长发育和物质合成等功能。对3个可能与罗勒烯和芳樟醇相关的基因Unigene23213_All、CL1682.Contig2_All和CL8286.Contig2_All进行了克隆,发现它们在品种间存在97.30%~99.89%的同源性。表达模式分析结果显示,三者在花、叶和鳞中均有表达。该研究为开展百合bHLH转录因子的功能研究提供了重要的序列信息。 展开更多
关键词 百合 bhlh家族 鉴定 基因克隆 半定量RT-PCR
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金钗石斛bHLH转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
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作者 王健 杨莎 +3 位作者 孙庆文 陈宏宇 杨涛 黄园 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期203-218,共16页
【目的】bHLH转录因子广泛存在于植物中,是调控植物生长发育和响应逆境胁迫的重要转录因子家族之一。从金钗石斛全基因组中鉴定DnbHLHs转录因子家族,分析其表达特点,为后续深入研究DnbHLHs转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】利用... 【目的】bHLH转录因子广泛存在于植物中,是调控植物生长发育和响应逆境胁迫的重要转录因子家族之一。从金钗石斛全基因组中鉴定DnbHLHs转录因子家族,分析其表达特点,为后续深入研究DnbHLHs转录因子的生物学功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法从金钗石斛全基因组中鉴定出bHLH转录因子家族成员,并对其理化特征、系统进化关系、基因结构、染色体定位和启动子顺式作用元件等进行分析,利用转录组数据和RT-qPCR分析DnbHLHs转录因子的组织表达模式和不同非生物胁迫下的表达规律。【结果】在金钗石斛中共鉴定出137个bHLH转录因子,DnbHLHs蛋白的氨基酸数量为85-1260,分子量为9855.23-140024.19 Da,等电点为4.52-10.66,不稳定系数为31.94-87.42,脂溶指数为56.66-106.06,亲水指数为-0.815-0.185。DnbHLHs分布于金钗石斛的19条染色体上,都存在bHLH结构域,与拟南芥的bHLH同源,且组内、种间存在着共线性关系。基因表达模式分析显示,DnbHLHs家族成员存在组织表达特异性,且DnbHLH26和DnbHLH33对多种逆境胁迫有响应。【结论】从金钗石斛全基因组中鉴定出137个DnbHLHs转录因子家族成员,该家族成员的理化性质和保守基序存在特异性和多样性的特征,不同DnbHLHs转录因子之间具有组织表达差异性,且DnbHLH26主要受高盐和高温胁迫的诱导,DnbHLH33主要受高盐、高温和低温胁迫的诱导。 展开更多
关键词 金钗石斛 转录因子 bhlh 生物信息学 表达模式分析
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云南栘[木衣]bHLH转录因子家族鉴定与分析
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作者 亚华金 田金红 +1 位作者 沈莲文 王大玮 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期2003-2011,共9页
【目的】为鉴定和分析云南栘[木衣](Docynia delavayi)bHLH(DdbHLH)转录因子家族,筛选与果皮花青素生物合成相关的DdbHLH转录因子。【方法】基于云南栘[木衣]红、绿2种颜色果皮的转录组数据,对DdbHLH转录因子家族进行鉴定,并通过生物信... 【目的】为鉴定和分析云南栘[木衣](Docynia delavayi)bHLH(DdbHLH)转录因子家族,筛选与果皮花青素生物合成相关的DdbHLH转录因子。【方法】基于云南栘[木衣]红、绿2种颜色果皮的转录组数据,对DdbHLH转录因子家族进行鉴定,并通过生物信息学工具对其bHLH保守结构域、蛋白理化性质、系统进化发育关系以及基因的表达情况进行分析。【结果】在云南栘[木衣]中共鉴定到177个DdbHLH转录因子家族成员,其氨基酸长度为69~699 aa,相对分子质量为7.965~75.419 kDa,平均理论等电点为6.93,大部分属于不稳定亲水蛋白。系统发育进化关系显示,DdbHLH转录因子与拟南芥AtbHLH转录因子共同聚类的有15个亚族,17个DdbHLH转录因子聚类到与花青素相关的第2亚族;结合红、绿果皮中DdbHLH基因表达情况,初步筛选11个在红色果皮中表达量较高的成员,对这11个成员进行差异表达分析,最终获得2个可能参与调控花青素生物合成的DdbHLH基因;再对这2个DdbHLH基因进行RT-qPCR检测,结果显示其相对表达量与转录组测序情况基本一致,证实转录组测序结果的可靠性。【结论】从云南栘[木衣]红、绿果皮转录组数据中鉴定到177个DdbHLH转录因子家族成员,筛选到2个转录因子(DdbHLH68、DdbHLH150)与果皮花青素生物合成相关的成员,为DdbHLH转录因子家族在调控云南栘[木衣]果皮色泽方面的研究奠定基础。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] bhlh转录因子 转录组 果皮颜色 表达分析 生物信息学
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卵叶牡丹花色苷合成相关基因bHLH的克隆与功能分析
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作者 李雨晴 吴楠 罗建让 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期174-185,共12页
【目的】以卵叶牡丹(Paeonia qiui)为试验材料,研究PqbHLH1基因在叶片发育过程中对花色苷合成的调控机制。【方法】基于前期获得的卵叶牡丹叶片转录组数据设计引物,利用PCR技术从卵叶牡丹叶片中克隆得到bHLH1基因,采用生物信息学方法分... 【目的】以卵叶牡丹(Paeonia qiui)为试验材料,研究PqbHLH1基因在叶片发育过程中对花色苷合成的调控机制。【方法】基于前期获得的卵叶牡丹叶片转录组数据设计引物,利用PCR技术从卵叶牡丹叶片中克隆得到bHLH1基因,采用生物信息学方法分析PqbHLH1基因的理化性质、亲疏水性、理论等电点、蛋白二级结构以及物种的进化关系。通过荧光定量PCR技术检测其在不同组织、不同时期的表达量。利用农杆菌介导法使其在拟南芥(Arabidopsis thaliana)中过表达,检测过表达PqbHLH1对卵叶牡丹叶片花色苷的影响。【结果】PqbHLH1基因的编码区全长为1920 bp,编码639个氨基酸。PqbHLH1蛋白属于亲水性蛋白,同时不含有信号肽和跨膜结构,且定位在细胞核上。系统进化分析表明卵叶牡丹PqbHLH1蛋白与葡萄VvMYCA1的亲缘关系最近。荧光定量PCR分析表明PqbHLH1基因在卵叶牡丹叶片中的表达量呈先降低后增高的趋势,在叶片S6时期表达量显著,且花色苷合成结构基因PqCHS、PqF3'H、PqDFR和PqANS随着叶片发育其表达水平呈现出先上升后下降的趋势。PqbHLH1基因过表达的拟南芥株系中,与花色苷合成相关结构基因的表达量显著高于野生型拟南芥,且花色苷含量与结构基因AtCHI、AtF3'H和AtUFGT的表达趋势一致,黄酮醇含量与结构基因AtFLS的表达趋势一致。【结论】PqbHLH1基因通过调控花色苷合成相关基因的表达,从而正向调控卵叶牡丹叶片中花色苷和黄酮醇的合成。 展开更多
关键词 卵叶牡丹 bhlh转录因子 花色苷 表达分析
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植物低温胁迫应答bHLH转录因子研究进展
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作者 李珊 马红义 +1 位作者 李承男 尹晓 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第16期11-19,共9页
低温环境严重限制了植物的生长发育和作物产量。在长期的进化过程中,植物在分子、生理和生化水平上形成了复杂的适应低温胁迫的机制。其中,在分子水平上,转录因子是低温胁迫信号传导的主要参与者,一些转录因子构成了信号网络中的主要枢... 低温环境严重限制了植物的生长发育和作物产量。在长期的进化过程中,植物在分子、生理和生化水平上形成了复杂的适应低温胁迫的机制。其中,在分子水平上,转录因子是低温胁迫信号传导的主要参与者,一些转录因子构成了信号网络中的主要枢纽。该网络中主要的转录因子包括MYB、bHLH、bZIP、ERF、NAC和WRKY等。人们利用基因工程、生物信息学和转录组学等多种生物学技术,逐渐发现了bHLH转录因子在植物逆境响应中的重要作用。bHLH转录因子在低温胁迫响应中起关键作用,是植物分子育种中提高低温胁迫耐受性的宝贵基因资源。因此,阐明bHLH转录因子植物响应低温胁迫的调控机制具有重要意义。本文简要介绍了bHLH转录因子的基本特征和各植物中bHLH家族成员数量,对参与低温胁迫的bHLH转录因子家族成员(如ICE、MYC2)进行叙述,并阐述了bHLH转录因子在低温胁迫中的调控机制,包括与下游靶基因或其他转录因子互作、ICE-CBF通路和活性氧(ROS)及植物激素介导的信号通路,为进一步提高植物抗寒性和培育抗寒新品种提供参考。 展开更多
关键词 bhlh转录因子 低温胁迫 调控 逆境响应 抗寒性
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铁皮石斛DobHLH96基因克隆及表达分析 被引量:3
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作者 张红瑞 理雅 +3 位作者 于白音 刘博婷 陈洁 刘羽佳 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第1期63-70,共8页
为了探究DobHLH96基因的生物学特性及其在响应逆境胁迫中的功能,利用同源克隆技术从广东丹霞铁皮石斛中克隆得到DobHLH96基因的cDNA全长序列。结果显示,DobHLH96开放阅读框全长为960 bp,编码319个氨基酸残基,理论相对分子量为31.2 ku,... 为了探究DobHLH96基因的生物学特性及其在响应逆境胁迫中的功能,利用同源克隆技术从广东丹霞铁皮石斛中克隆得到DobHLH96基因的cDNA全长序列。结果显示,DobHLH96开放阅读框全长为960 bp,编码319个氨基酸残基,理论相对分子量为31.2 ku,等电点为6.51,具有HLH结构域,符合bHLH结构特征。系统进化树结果显示,DobHLH96蛋白序列与鼓槌石斛中的氨基酸序列同源性最高。DobHLH96在铁皮石斛花器官中的相对表达量最高,具体的花组织排序为花蕾>花柱>萼片。分析结果显示,DobHLH96启动子元件具有与非生物胁迫、干旱、脱水、低温胁迫及脱落酸(ABA)响应等相关的顺式作用元件,而低温、干旱和ABA处理均能显著诱导DobHLH96基因的表达,并且在3种处理下该基因的表达模式基本一致,推测铁皮石斛的DobHLH96基因可能在转录水平上参与ABA介导的低温、干旱胁迫响应,可作为候选基因进一步研究其在抵御逆境胁迫中的调控功能。研究结果为深入研究DobHLH96基因的生物学功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 铁皮石斛 bhlh转录因子 Dobhlh96基因 同源克隆 非生物胁迫 表达分析
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