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类风湿关节炎铁死亡特征基因CeRNA网络构建及免疫表现 被引量:1
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作者 夏天 李炳霖 +2 位作者 肖发源 郑恩泽 陈跃平 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第16期2561-2567,共7页
背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在类风湿关节... 背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在类风湿关节炎发病机制中占主导地位的铁死亡特征基因。目的:利用生物信息学与机器学习方法筛选类风湿关节炎铁死亡特征基因,并分析铁死亡特征基因与免疫浸润的相关性及铁死亡特征基因CeRNA的网络构建。方法:从GEO数据库获取与类风湿关节炎相关的芯片,利用R语言提取铁死亡相关基因及其差异基因表达;使用机器学习方法对差异基因进行筛选,即运用LASSO回归与SVM-RFE方法进行特征基因筛选,对两者过滤后的基因进行再次交集,最终得到类风湿关节炎的特征基因,运用ROC曲线评估筛选后的疾病特征基因诊断疾病的准确性;利用CIBERSORT算法分析类风湿关节炎与正常滑膜组织的免疫浸润情况,并分析铁死亡特征基因与免疫细胞的相关性,最后构建类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的CeRNA网络并对疾病特征基因进行验证。结果与结论:①得到与类风湿关节炎相关铁死亡基因150个,其中55个上调基因,95个下调基因;②GO与KEGG富集分析分别得到18个GO显著相关条目与30个KEGG条目,主要涉及金属离子稳态、有铁离子稳态与氧化应激反应等;③机器学习分析最终获得疾病特征基因GABARAPL1、SAT1;④GSEA分析发现脂肪细胞因子信号通路、药物代谢细胞色素P450、脂肪酸代谢、PPAR信号通路、酪氨酸代谢主要集中在GABARAPL1高表达时,趋化因子信号通路、肠道免疫网络对IGA产生的影响主要集中在SAT1高表达时;⑤免疫浸润分析发现类风湿关节炎与9种免疫细胞与正常组织存在明显差异,其中浆细胞、T细胞CD8、T细胞滤泡辅助器在疾病组中为高表达状态,其余为低表达。单基因与免疫细胞相关性分析发现GABARAPL1在树突状静息细胞、激活的NK细胞、巨噬细胞M1等为正相关,其中与树突状静息细胞的相关性最为显著,SAT1与T细胞CD4与γδT细胞为正相关,与NK静息细胞为负相关;⑥GSVA分析发现抗坏血酸和醛酸代谢在SAT1表现为上调的基因高表达水平时候为上调,而B细胞受体信号通路、TOLL样受体信号通路、T细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等表现为下调,PPAR信号通路、烟酸盐和烟酰胺的代谢、色氨酸代谢、脂肪酸代谢、类固醇生物合成等在GABARAPL1表现为下调趋势;⑦60种长链非编码RNA可能在导致类风湿关节炎发展过程中发挥关键作用。提示:类风湿关节炎的发生与类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的异常表达显著相关,特征基因通过影响相关信号通路诱导疾病的发生发展,并通过对类风湿关节炎相关长链非编码RNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的治疗靶点及信号通路,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 生物信息学 机器学习 铁死亡 cerna网络构建
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广西麻鸡卵巢组织中差异lncRNA筛选及ceRNA网络构建
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作者 张珂 张敏 +3 位作者 李添宝 张杰 卢晟盛 江明生 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2739-2750,共12页
【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支... 【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支持。【方法】根据广西麻鸡从开产到41周龄的产蛋情况筛选出高产和低产的广西麻鸡各3只,并以其卵巢组织为材料,进行转录组测序,使用edgeR和DEseq2软件从测序得到的数据中筛选出差异表达的lncRNA、mRNA以及miRNA,利用miRanda软件和lncRNA的顺式作用分别预测miRNA和lncRNA的靶基因,对差异lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后,利用Cytoscape(v 3.8.2)软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络图。利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】本研究共获得广西麻鸡卵巢组织中438个差异表达的lncRNAs、18个差异表达的miRNAs以及301个差异表达的mRNAs。对上述差异表达的lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后发现,其显著富集于激素分泌调节、中胚层形成、中胚层发育以及中胚层形态发生等与产蛋有关的生物过程,以及MARK、甘露糖O-聚糖的生物合成、卵母细胞减数分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟以及促性腺激素释放激素等信号通路。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得6个与产蛋性状相关的lncRNAs,分别是TCONS_00091814、TCONS_00051866、XR_006939520.1、XR_005839807.1、TCONS_00088588、TCONS_00037324。根据测序结果成功构建出包含9个miRNAs、60个lncRNAs和3个mRNAs的ceRNA网络图,且网络中所有的基因均在低、高产组中差异表达。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】通过RNA测序技术从广西麻鸡卵巢中筛选到了一系列差异表达的lncRNA,并筛选出了6个可能与产蛋性状相关联的lncRNAs,为进一步提高鸡的产蛋性能提供了理论支持。 展开更多
关键词 广西麻鸡 lncRNA 差异表达 产蛋性状 cerna
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肝细胞癌铁死亡特征基因的ceRNA调控网络构建及分析
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作者 朱亚玲 方杉杉 +2 位作者 黎祎杰 徐先祥 刁勇 《华侨大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第6期746-755,共10页
通过构建肝细胞癌(HCC)铁死亡特征基因的ceRNA调控网络,探讨特征基因在HCC中的预后价值。筛选差异表达铁死亡相关基因(DE-FRGs),构建DE-FRGs的预后风险模型。采用生存分析、独立预后分析、ROC曲线及C指数分析评价模型的准确性。比较高... 通过构建肝细胞癌(HCC)铁死亡特征基因的ceRNA调控网络,探讨特征基因在HCC中的预后价值。筛选差异表达铁死亡相关基因(DE-FRGs),构建DE-FRGs的预后风险模型。采用生存分析、独立预后分析、ROC曲线及C指数分析评价模型的准确性。比较高、低风险组间免疫细胞浸润、肿瘤微环境及免疫治疗反应的差异。构建并分析铁死亡特征基因的ceRNA调控网络。结果表明:高风险组HCC患者总生存期和无进展生存期显著低于低风险组;风险评分和肿瘤分期为HCC患者的独立预后因素;与其他临床特征相比,预后风险模型具有更好的预测能力;高、低风险组HCC患者在免疫细胞浸润、肿瘤微环境及免疫治疗反应等方面的差异具有统计学意义;ceRNA调控网络中,SLC7A11的高表达与HCC患者预后不良密切相关。 展开更多
关键词 肝细胞癌 铁死亡 cerna 预后 免疫细胞浸润
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膀胱癌ceRNA网络的构建和相关lncRNAs的筛选
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作者 田虹 陈颖 +1 位作者 唐力 顾昊 《中国科技论文在线精品论文》 2024年第2期213-223,共11页
目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多... 目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多种数据库进行数据挖掘,得到膀胱癌差异表达的lncRNAs、miRNAs和mRNAs,并构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。为了分析ceRNA网络行使的生物学功能,对ceRNA网络中的mRNAs进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析并构建蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络。对ceRNA网络中的lncRNAs进行Kaplan-Meier生存曲线分析,筛选出与膀胱癌患者预后存在显著相关性的lncRNAs。结果:ceRNA网络中包括了17个lncRNAs、32个miRNAs和78个mRNAs。GO功能分析发现相关失调基因主要集中在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶途径、酪氨酸激酶途径等方面。KEGG通路富集分析结果显示这些基因集中在MAPK信号途径、脂质和动脉粥样硬化通路等方面。PPI网络中可以看出核心蛋白质主要围绕在MAPK1、HSPA8和HNRNPD等方面。通过Kaplan-Meier生存曲线分析发现共有6个lncRNAs与膀胱癌患者预后存在显著相关性,分别为C3orf35、ZBTB20-AS1、LINC00112、ARHGAP5-AS1、ARAP1-AS2和CYB561D2。结论:不同的lncRNAs参与了膀胱癌的发病机制;构建的ceRNA调控网络有助于增加对膀胱癌发病分子机制的认识;筛选的lncRNAs为后续的实验研究提供了基础。 展开更多
关键词 肿瘤学 膀胱癌 cerna lncRNAs 生物标志物
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胃癌中circRNA相关ceRNA预后调控网络的生成方法
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作者 杜晓昕 于欢 +2 位作者 王波 张剑飞 周薇 《高师理科学刊》 2024年第5期40-45,共6页
为描述胃癌中circRNA相关的竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络,从GEO和TCGA数据库中检索胃癌circRNA,miRNA,mRNA表达谱,识别差异表达的RNA,利用加权基因共表达网络(WGCNA)鉴定关键模块.对关键模块基因做Lasso-Cox回归分析,同时进行生存分析... 为描述胃癌中circRNA相关的竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络,从GEO和TCGA数据库中检索胃癌circRNA,miRNA,mRNA表达谱,识别差异表达的RNA,利用加权基因共表达网络(WGCNA)鉴定关键模块.对关键模块基因做Lasso-Cox回归分析,同时进行生存分析.差异表达分析鉴定了115个circRNA和628个miRNA,WGCNA构建15个circRNA模块和11个mRNA模块.Lasso-Cox分析筛选出4个mRNA.筛选了一系列失调的circRNA,miRNA和mRNA,构建了胃癌中circRNA相关的ceRNA网络.构建的网络有助于加深对circRNA相关调控机制的理解. 展开更多
关键词 胃癌 WGCNA Lasso-Cox回归分析 cerna调控网络
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冠心病血清外泌体介导的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络研究及潜在靶向中药预测及实验验证
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作者 马露 杨雷 +8 位作者 丁煌 李菀榆 谭维 李艳玲 张燕燕 刘晓丹 曾昭文 邓常清 张伟 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1153-1164,共12页
目的本研究采用生物信息学相关方法对冠心病(coronary heart disease,CHD)患者和正常人的血清外泌体测序数据分析,构建出竞争性内源性lncRNA-miRNA-mRNA(ceRNA)调控网络,并挖掘预测潜在的中药,并对ceRNA网络涉及的生物学过程和核心中药... 目的本研究采用生物信息学相关方法对冠心病(coronary heart disease,CHD)患者和正常人的血清外泌体测序数据分析,构建出竞争性内源性lncRNA-miRNA-mRNA(ceRNA)调控网络,并挖掘预测潜在的中药,并对ceRNA网络涉及的生物学过程和核心中药进行初步验证。方法利用exoRbase数据库获得差异基因的表达矩阵,结合生信方法构建ceRNA网络,并对网络中的差异的mRNA进行GO分析和KEGG分析,利用COREMINE数据库对ceRNA网络涉及的生物学过程及核心靶基因进行预测,筛选具有潜在治疗作用的中药;体外构建AVECs氧化损伤细胞模型,检测细胞骨架、成管功能、细胞增殖、LDH漏出率、ROS水平以及p-AKT、AKT、p-PI3K、PI3K蛋白表达情况,验证核心中药丹参治疗CHD的作用通路及靶点。结果与正常人比,CHD血清外泌体存在395个mRNA,80个miRNA,60个lncRNA差异基因,预测出80个miRNA,所构建ceRNA子网络,主要由21个lncRNA、80个miRNA、82个mRNA组成;AKT1、VEGFA、IL-1β等基因在网络中处于核心地位,异常表达的mRNA涉及细胞的氧化应激反应等生物学过程和PI3K/Akt等信号通路,丹参、川芎、三七等与CHD外泌体介导的生物学过程和核心基因最为密切;药物主要归属于补虚类、清热类和活血化瘀类,五味大多数归属于苦、甘和辛类,归经多集聚于心、肝、肾经;核心中药丹参的有效成分丹参酮IIA可以促进血管内皮细胞增殖、成管、骨架形成及修复,降低细胞LDH漏出率及ROS水平,促进p-AKT、p-PI3K蛋白的表达。结论CHD血清外泌体存在复杂的ceRNA调控网络转导,中药可通过多靶点干预治疗,丹参、川芎、三七等有望成为候选中药来源,其中丹参有效成分丹参酮IIA激活PI3K/Akt信号通路发挥对氧化应激损伤细胞的保护作用,治疗CHD。 展开更多
关键词 冠心病 血清外泌体 cerna lncRNA MIRNA MRNA 丹参酮IIA
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通过整合的生物信息学方法鉴定H和L型血管内皮细胞中的ceRNA网络
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作者 刘志 阮哲 +5 位作者 龙海涛 赵瑞波 朱勇 林涨源 陈鹏 赵树山 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期562-577,共16页
目的:H型血管是一种骨特异性微血管亚型(CD31hiEmcnhi),在成血管-成骨耦联机制中具有重要的调节作用。研究报道H和L型血管在骨骼生理和病理条件下发挥不同的作用,它们之间的遗传差异仍有待阐明。本研究旨在通过整合的生物信息学方法构建... 目的:H型血管是一种骨特异性微血管亚型(CD31hiEmcnhi),在成血管-成骨耦联机制中具有重要的调节作用。研究报道H和L型血管在骨骼生理和病理条件下发挥不同的作用,它们之间的遗传差异仍有待阐明。本研究旨在通过整合的生物信息学方法构建H和L型血管内皮细胞中关键差异表达(differential expression,DE)基因的竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)网络。方法:从ArrayExpress和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载相关原始数据,通过Limma R-Bioconductor包筛选H和L型血管间的DE lncRNAs、DE miRNAs和DE mRNAs,构建总ceRNA网络,随后根据蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选出上调和下调的关键基因,以此精细化ceRNA网络并对关键基因进行富集分析。最后,通过流式细胞术和real time RT-PCR进行随机验证。结果:共鉴定出1 761个DE mRNAs、187个DE lncRNAs和159个DE miRNAs,通过相互作用关系构建总ceRNA网络;通过PPI网络筛选出6个上调(Itga5、Kdr、Tjp1、Pecam1、Cdh5、Ptk2)和2个下调(Csf1r、Il10)的关键基因,并以此构建关键基因相关的ceRNA亚网络。上调的关键基因主要富集在血管生成与血管凋亡的负调控;流式细胞术和real-time RT-PCR的结果与生物信息学分析结果一致。结论:本研究根据所筛选的关键基因提出上调和下调的H型和L型血管内皮细胞相关的ceRNA网络,为H型和L型血管内皮细胞在骨代谢中的调控机制提供了新见解。 展开更多
关键词 骨骼血管 H型血管内皮细胞 cerna网络 生物信息学
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肺腺癌动态5节点ceRNA调控网络预测及机理分析
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作者 刘梦曦 赵宇 +1 位作者 李悦 张小轶 《生物医学》 2024年第2期267-277,共11页
目的:构建肺腺癌发生发展过程中的动态五节点ceRNA调控网络,挖掘核心基因,为肺腺癌诊断及预后提供新思路。方法:从TCGA及GEO数据库获得肺腺癌mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、TF表达数据,将患者样本根据临床分期分为癌旁样本、早期样本(s... 目的:构建肺腺癌发生发展过程中的动态五节点ceRNA调控网络,挖掘核心基因,为肺腺癌诊断及预后提供新思路。方法:从TCGA及GEO数据库获得肺腺癌mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、TF表达数据,将患者样本根据临床分期分为癌旁样本、早期样本(stage I期)、晚期样本(stage II、III、IV期),并将癌旁与早期、早期与晚期分别进行差异分析,将两组差异结果取交集,基于ChipBase、HOCOMOCO V11、AnimalTFDB、GTRD、TransmiR、TRRUST、CircBank、Starbase、miR2Disease、miRecords、miRTarBase和TarBase、LncBase、LncLocator数据库获得调控关系对,构建五节点ceRNA调控网络,对网络中的靶基因进行GO富集以及构建PPI网络挖掘核心基因。结果:构建了随分期动态变化的LUAD 5节点ceRNA调控网络,网络中的靶基因主要富集在脂肪酸代谢和突触成熟等生物过程中,最后获得与肺腺癌发生发展有关的8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1。结论:调控网络中靶基因富集的相关通路以及8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1为肺腺癌发生发展过程的机制分析、诊断及预后提供新思路。 展开更多
关键词 生物信息学 cerna 调控网络 LUAD
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鸡胚胎期肌内脂肪形成lncRNA相关ceRNA网络构建
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作者 孙楠桢 汪家骏 +1 位作者 陈若楠 孙杰 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第4期431-437,共7页
目的筛选鸡胚胎期肌肉差异表达长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)及mRNA,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,挖掘肌内脂肪形成的重要候选基因。方法分别采集玫瑰冠鸡、科宝鸡胚胎期的肌肉组织进行转录组测序,利用生物信息... 目的筛选鸡胚胎期肌肉差异表达长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)及mRNA,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,挖掘肌内脂肪形成的重要候选基因。方法分别采集玫瑰冠鸡、科宝鸡胚胎期的肌肉组织进行转录组测序,利用生物信息学方法筛选差异表达lncRNA、miRNA和mRNA,对差异表达基因GO富集及KEGG信号转导途径分析,同时预测lncRNA-miRNA、miRNA-mRNA之间的靶标关系,结合基因表达分析,构建可能与肌内脂肪形成相关的lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,利用qRT-PCR验证测序数据的准确性。结果玫瑰冠鸡、科宝鸡的胸肌、腿肌间共差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA分别是5个、225个和146个,GO和KEGG结果表明靶基因均富集在脂代谢或脂生成相关信号通路上,构建由4个lncRNA、6个miRNA和6个mRNA组成16个节点的ceRNA调控网络。结论成功构建鸡肌内脂肪形成相关ceRNA调控网络,为进一步探究肌内脂肪形成的相关分子调控机制提供参考依据,对今后优质肉鸡的选育奠定基础。 展开更多
关键词 胚胎期 肌内脂肪 lncRNA cerna
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细胞质lncRNA在ceRNA网络中对肝癌的预后作用
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作者 盖智敏 陈颖丽 +1 位作者 刘姝含 杨佳宏 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期54-64,共11页
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(ceRNA)主要在细胞质中发挥作... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(ceRNA)主要在细胞质中发挥作用,因而挑选出位于细胞质中的lncRNA进行研究。从癌症基因组图谱(TCGA)中获得了374例HCC组织和50例正常组织中lncRNA、microRNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的表达谱,并鉴定出差异表达基因。构建了一个HCC相关的ceRNA网络,随后通过建立LASSO Cox模型和多因素Cox回归分析,构建了基于5个lncRNA基因的预后模型,将肝癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现,该模型可能是预测肝癌患者的独立因素。研究结论显示,找到了一些参与HCC进展的潜在预后细胞质lncRNA。 展开更多
关键词 cerna 肝细胞癌 lncRNA 总生存率 风险评分
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鸡胚胎期肌纤维分化lncRNA相关ceRNA网络构建
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作者 张若彤 汪家骏 +4 位作者 陈若楠 杨朝永 孙楠桢 董伟 孙杰 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期178-188,共11页
肌纤维的分化直接影响肌肉类型。本研究旨在筛选肌肉中差异表达的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)和小RNA(microRNA, miRNA),构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。试验利用玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期肌肉组织建立lncRNA、miRNA文库,... 肌纤维的分化直接影响肌肉类型。本研究旨在筛选肌肉中差异表达的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)和小RNA(microRNA, miRNA),构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。试验利用玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期肌肉组织建立lncRNA、miRNA文库,筛选与肌纤维分化相关的胚胎期骨骼肌差异表达的lncRNA和miRNA,进行靶向关系预测、GO和KEGG富集分析并构建lncRNA相关的ceRNA调控网络。结果显示,共有953个lncRNA和909个miRNA在胚胎期8 d和14 d组间差异表达。基于靶向关系预测、靶基因功能富集分析,筛选出与肌纤维分化相关的lncRNA和miRNA,成功构建包含41个lncRNAmiRNA-mRNA关系对的lncRNA相关ceRNA网络。研究结果为丰富后续ceRNA在肌纤维分化的研究提供理论依据,为改善家禽肌肉品质奠定了基础。 展开更多
关键词 胚胎期 MIRNA lncRNA 肌纤维分化 cerna
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ceRNA在膀胱癌中的研究进展
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作者 苗国庆 高梦 +2 位作者 赵红丽 任志颖 李晓霞 《临床医学进展》 2024年第3期1280-1288,共9页
膀胱癌是全世界范围内的一种常见恶性肿瘤,是泌尿系统中发生率最高的恶性癌症,严重影响人们健康。竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA)是一种新的转录后RNA相互调控机制,越来越多的研究发现长链非编码RNA (long non-coding... 膀胱癌是全世界范围内的一种常见恶性肿瘤,是泌尿系统中发生率最高的恶性癌症,严重影响人们健康。竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA)是一种新的转录后RNA相互调控机制,越来越多的研究发现长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)、环状RNA (circular RNA, circRNA)和假基因(pseudogenes)可以与微小RNA (micro RNA, miRNA)竞争,影响靶RNA的稳定性或翻译,从而调控基因表达。由于任何拥有miRNA反应元件结构的转录产物理论上都能够作为ceRNA发挥功能,ceRNA理论对整合疾病发病机理,尤其对于肿瘤研究有重要意义。目前越来越多的研究表明ceRNA在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞增殖、凋亡、细胞周期、侵袭和转移等各种生物过程中发挥重要作用。本文对ceRNA分类及常见的ceRNA在膀胱癌中的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 cerna MIRNA lncRNA circRNA 假基因 膀胱癌
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基于长链非编码RNA调控ceRNA网络的缺血性脑卒中相关分子机制
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作者 陈建敏 王志勇 +1 位作者 张楠楠 陈清法 《中国康复医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期53-61,共9页
目的:利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中(IS)的差异表达基因,构建竞争性内源RNA(ce RNA)调控网络,探讨IS的相关分子机制。方法:从GEO数据库下载IS相关的mi RNA、m RNA和lnc RNA测序数据,借助R软件获取差异基因,通过star Base、mi RDB... 目的:利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中(IS)的差异表达基因,构建竞争性内源RNA(ce RNA)调控网络,探讨IS的相关分子机制。方法:从GEO数据库下载IS相关的mi RNA、m RNA和lnc RNA测序数据,借助R软件获取差异基因,通过star Base、mi RDB和mi Rwalk数据库进行lnc RNA-mi RNA和mi RNA-m RNA关系预测,并构建ce RNA网络。预测与差异分析的结果取交集后筛选出差异靶基因(DETm RNAs),利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析,String数据库构建蛋白互作网络(PPI),采用Cytoscape软件识别核心靶基因。结果:共筛选出存在明显差异表达的mi RNAs 20个,m RNAs 1512个,lnc RNAs 278个,并成功构建了5lnc RNAs-6mi RNAs-102m RNAs互作的ce RNA网络。筛选出的285个DETm RNAs所富集的功能主要包括染色质的组织、磷蛋白磷酸酶活性的负向调节和细胞周期等生物学过程,涉及白细胞经内皮迁移、血小板激活等信号通路,最终识别出排名前10的核心靶基因为CREB1、MAPK1、GSK3B、SP1、PIK3R1、NR3C1、NCOR1、NFATC1、SETD2、NSD1。结论:构建ce RNA网络有助于进一步认识IS的分子机制和筛选潜在的生物标志物,为后续康复治疗靶点的确定和制定康复策略提供一些线索。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 生物信息学 GEO数据库 ce RNA调控网络 生物标志物
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LncRNA pol-lnc78 as a ceRNA regulates antibacterial responses via suppression of pol-miR-n199-3p-mediated SARM down-regulation in Paralichthys olivaceus
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作者 Xian-Hui Ning Bing Han +1 位作者 Ye Peng Shao-Wu Yin 《Zoological Research》 SCIE CSCD 2024年第1期25-35,共11页
Long non-coding RNAs(lncRNAs)function as key modulators in mammalian immunity,particularly due to their involvement in lncRNA-mediated competitive endogenous RNA(ceRNA)crosstalk.Despite their recognized significance i... Long non-coding RNAs(lncRNAs)function as key modulators in mammalian immunity,particularly due to their involvement in lncRNA-mediated competitive endogenous RNA(ceRNA)crosstalk.Despite their recognized significance in mammals,research on lncRNAs in lower vertebrates remains limited.In the present study,we characterized the first immune-related lncRNA(pol-lnc78)in the teleost Japanese flounder(Paralichthys olivaceus).Results indicated that pol-lnc78 acted as a ceRNA for pol-miR-n199-3p to target the sterile alpha and armadillo motif-containing protein(SARM),the fifth discovered member of the Toll/interleukin 1(IL-1)receptor(TIR)adaptor family.This ceRNA network regulated the antibacterial responses of flounder via the Toll-like receptor(TLR)signaling pathway.Specifically,SARM acted as a negative regulator and exacerbated bacterial infection by inhibiting the expression of inflammatory cytokines IL-1βand tumor necrosis factor-α(TNF-α).Pol-miR-n199-3p reduced SARM expression by specifically interacting with the 3’untranslated region(UTR),thereby promoting SARM-dependent inflammatory cytokine expression and protecting the host against bacterial dissemination.Furthermore,pol-lnc78 sponged pol-miR-n199-3p to ameliorate the inhibition of SARM expression.During infection,the negative regulators pol-lnc78 and SARM were significantly down-regulated,while pol-miR-n199-3p was significantly up-regulated,thus favoring host antibacterial defense.These findings provide novel insights into the mechanisms underlying fish immunity and open new horizons to better understand ceRNA crosstalk in lower vertebrates. 展开更多
关键词 LncRNA SARM miRNA cerna Antibacterial response
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miR-21-5p ceRNA lncRNA MEG3抑制食管鳞癌TE11细胞的增殖和侵袭
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作者 李醒 黄俊星 《中南医学科学杂志》 CAS 2024年第4期549-553,共5页
目的探讨lncRNA MEG3能否作为miR-21-5p的竞争性内源RNA(ceRNA)抑制食管鳞癌(ESCC)TE11细胞增殖和侵袭。方法收集食管癌手术患者癌组织及配对的癌旁组织。qRT-PCR法检测lncRNA MEG3和miR-21-5p在配对ESCC组织和癌旁组织中的表达。qRT-PC... 目的探讨lncRNA MEG3能否作为miR-21-5p的竞争性内源RNA(ceRNA)抑制食管鳞癌(ESCC)TE11细胞增殖和侵袭。方法收集食管癌手术患者癌组织及配对的癌旁组织。qRT-PCR法检测lncRNA MEG3和miR-21-5p在配对ESCC组织和癌旁组织中的表达。qRT-PCR法检测lncRNA MEG3和miR-21-5p在各个细胞系中的表达情况。构建过表达MEG3基因的稳定转染细胞株。CCK-8和Transwell小室实验检测lncRNA MEG3对ESCC细胞的增殖和侵袭能力的影响。双荧光素酶检测分析lncRNA MEG3和miR-21-5p是否有靶向关系。采用抗AgO 2 RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)实验验证MEG3和miR-21-5p能否在免疫沉淀物中富集。结果lncRNA MEG3在ESCC组织中的表达低于癌旁组织(P<0.05);miR-21-5p在ESCC组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05);二者的表达呈负相关(P<0.05)。ESCC患者MEG3的表达与肿瘤大小、分化程度、临床分期、淋巴结转移有关。过表达MEG3可降低miR-21-5p的表达,且MEG3能抑制TE11细胞的增殖和侵袭能力(P<0.05)。在过表达MEG3的TE11细胞中过表达miR-21-5p,削弱了过表达MEG3对细胞增殖和侵袭的抑制作用(P<0.05)。双荧光素酶实验结果显示,转染miR-21-5p可降低转染MEG3野生型细胞的荧光素酶相对活性(P<0.05)。RIP实验证实lncRNA MEG3和miR-21-5p在AgO 2免疫沉淀物中显著富集(P<0.05)。结论lncRNA MEG3是一种ESCC抑癌基因,作为miR-21-5p的ceRNA抑制了食管鳞癌TE11细胞的增殖和侵袭。 展开更多
关键词 食管鳞癌 lncRNA MEG3 cerna 增殖 侵袭
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脓毒症心肌病B细胞相关基因筛选及ceRNA网络构建
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作者 陈美雪 曹庆飞 李静 《锦州医科大学学报》 CAS 2024年第3期70-79,共10页
目的 通过生物信息学分析筛选并验证脓毒症心肌病(septic cardiomyopathy, SCM)中B细胞相关基因(B cell-related genes, BRGs),并对其进行ceRNA网络构建,探讨BRGs在SCM中的作用机制,旨在寻找SCM早期诊断和治疗的新靶点。方法 利用GEO数... 目的 通过生物信息学分析筛选并验证脓毒症心肌病(septic cardiomyopathy, SCM)中B细胞相关基因(B cell-related genes, BRGs),并对其进行ceRNA网络构建,探讨BRGs在SCM中的作用机制,旨在寻找SCM早期诊断和治疗的新靶点。方法 利用GEO数据库中GSE79962和GSE63920数据集筛选共同差异基因(differential genes, DEGs),然后通过GO及KEGG分析其生物学功能,STRING在线工具分析蛋白之间相互作用,通过CytoScape的CytoHubba插件分析获得核心差异基因(Hub DEGs)。另一方面,通过免疫细胞浸润分析及WGCNA分析获得B细胞相关基因模块,与Hub DEGs取交集获得B细胞相关的核心基因(B cell-related hub genes, BRHGs),并在相关数据集中验证其表达情况。最后,通过在线工具及公共数据集构建并验证了B细胞相关的ceRNA网络。结果 GSE79962及GSE63920共筛选出29个共同DEGs;GO及KEGG富集分析提示其主要是通过细胞迁移、细胞转运及细胞成分运动的负向调控等方面发挥调控作用,其主要参与JAK-STAT信号途径;免疫细胞浸润结果显示,GSE79962数据集中SCM组B细胞含量明显低于对照组(P<0.05);WGCNA共筛选出1781个BRGs,与CytoScape中筛选的10个Hub DEGs取交集得到BRHG(TIMP1),在线工具预测的miRNA及长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)分别为let-7b-5p和KCNQ1OT1,相应公共数据集验证结果均具有统计学意义。成功构建B细胞相关ceRNA网络(KCNQ1OT1/let-7b-5p/TIMP1)。结论 本研究发现并验证了参与SCM发病机制的BRHG(TIMP1),进一步探索了在SCM中B细胞介导的免疫反应可能的分子机制,为SCM的早期诊断和治疗提供了新的分子靶点。 展开更多
关键词 脓毒症心肌病 B细胞相关基因 cerna网络模型 生物信息学分析
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构建低级别胶质瘤免疫浸润模式相关的ceRNA调控网络和预后模型
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作者 刘静远 夏子怡 +4 位作者 刘沅雨 卢云霞 董耀 许森 刘文英 《滨州医学院学报》 2024年第3期206-216,222,共12页
目的构建新型免疫浸润模式相关ceRNA调控网络及低级别胶质瘤(LGG)预后模型。结合肿瘤微环境揭示ceRNA调控网络在LGG患者风险评估和预后评估中的作用。方法从TCGA和CGGA数据库中获取具有完整生存信息的LGG患者数据,构建新的免疫浸润模式... 目的构建新型免疫浸润模式相关ceRNA调控网络及低级别胶质瘤(LGG)预后模型。结合肿瘤微环境揭示ceRNA调控网络在LGG患者风险评估和预后评估中的作用。方法从TCGA和CGGA数据库中获取具有完整生存信息的LGG患者数据,构建新的免疫浸润模式相关的ceRNA调控网络和预后模型,并通过外部数据库、RT-qPCR和Western blot进行验证。结果在LGG中应用浸润评分作为分组依据,构建免疫相关的ceRNA网络和预后风险最优模型分析发现,高危组的肿瘤免疫和炎症相关信号通路的激活增强,免疫反应状态升高。免疫评分升高与预后不良显著相关,风险评分在临床特征变化后仍可作为独立的预后因素,提示局部免疫状态或在预后中具有更好的潜力。通过分析各种免疫细胞类型的浸润丰度,发现CD8+T细胞、M0型巨噬细胞在预后较差的高危组中浸润水平相对较高。探索了目前常用的47个免疫检查点,发现大多数经典检查点的表达水平在高风险组显著高于低风险组。通过qRT-PCR和Western blot对预后评估模型的建模基因进行评估,揭示了ST8SIA2和SLC10A4在胶质瘤表达升高,具有潜在的免疫治疗和预后预测的价值。结论风险评分模型和预后模型可用于LGG患者的风险评价和预后评估。 展开更多
关键词 低级别胶质瘤 免疫浸润 cerna网络 预后模型 生存预测
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中药调控circRNAs及相关ceRNA网络治疗胃癌研究进展
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作者 韩明 张梦圆 +3 位作者 郑沁薇 张楠 李富龙 方盛泉 《上海中医药杂志》 CSCD 2024年第4期86-91,共6页
环状RNA(circRNAs)是非编码RNA大家族中的一员,在胃癌组织中差异表达,以circRNAs形成的内源竞争RNA(ceRNA)网络可以促进或抑制胃癌的进展,在胃癌的发生发展过程中具有重要作用。通过梳理相关文献,综述中药调控circRNAs及相关ceRNA网络... 环状RNA(circRNAs)是非编码RNA大家族中的一员,在胃癌组织中差异表达,以circRNAs形成的内源竞争RNA(ceRNA)网络可以促进或抑制胃癌的进展,在胃癌的发生发展过程中具有重要作用。通过梳理相关文献,综述中药调控circRNAs及相关ceRNA网络治疗胃癌的研究进展,中药复方及中药单体均可以通过靶向circRNAs或调控ceRNA网络有效抑制胃癌的恶性进展。 展开更多
关键词 胃癌 中药 环状RNA 内源竞争RNA网络 作用机制 研究进展
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基于生物信息学构建宫颈癌预后相关ceRNA网络
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作者 任敬秦 周常慧 +3 位作者 刘成清 娜孜拉·赛提尼亚孜 杨楠 李榕 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第5期385-391,共7页
目的分析宫颈癌中环状RNA(circRNA)-长链非编码RNA(lncRNA)-微RNA(miRNA)-mRNA网络并构建预后模型。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库的数据,通过生物信息学分析差异基因及关键基因。基于TCGA数据库采用单变量、L... 目的分析宫颈癌中环状RNA(circRNA)-长链非编码RNA(lncRNA)-微RNA(miRNA)-mRNA网络并构建预后模型。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库的数据,通过生物信息学分析差异基因及关键基因。基于TCGA数据库采用单变量、LASSO和多变量Cox回归分析建立预后mRNA模型,并使用GEO数据库进行验证。利用R包及Cystoscape软件构建Nomogram模型及宫颈癌circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果通过单变量、LASSO和多变量Cox回归分析,构建了包含5个mRNA的预后模型,该模型的1、2、3年受试者操作特征曲线下面积分别为0.71、0.71、0.70。同时,在GSE44001中验证预测结果,该预后模型的Nomogram模型C-index为0.707。本研究共构建了包含39个circRNA、27个lncRNA、12个miRNA和5个mRNA的ceRNA网络。结论本研究揭示的网络有助于探讨宫颈癌ceRNA的机制,构建预后模型及Nomogram模型可以预测患者预后。 展开更多
关键词 竞争性内源RNA 环状RNA 长链非编码RNA 宫颈癌
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基于生物信息学揭示ceRNA调控网络在结直肠癌中的作用
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作者 刘琳 费素娟 苗蓓 《激光生物学报》 CAS 2024年第4期365-376,共12页
为探索结直肠癌(CRC)相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络调控机制,寻找治疗CRC的潜在靶点,本研究从基因表达综合(GEO)数据库中下载CRC相关环状RNA(circRNA)数据集,应用稳健排序整合(RRA)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异表达ci... 为探索结直肠癌(CRC)相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络调控机制,寻找治疗CRC的潜在靶点,本研究从基因表达综合(GEO)数据库中下载CRC相关环状RNA(circRNA)数据集,应用稳健排序整合(RRA)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异表达circRNA,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证了筛选的circRNA(hsa_circRNA_057090、hsa_circRNA_092566)呈环状,且在CRC组织、CRC细胞系中均高表达。在circBank及CircInteractome数据库中预测与circRNA相结合的微RNA(miRNA),在TargetScan、miRDB数据库中预测miRNA的靶基因,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选CRC差异表达mRNA,两者取交集后得到差异表达靶基因,构建出ceRNA调控网络。应用DAVID软件、String数据库、Cytoscape软件及基因表达谱互动分析(GEPIA)数据库对靶基因进行基因本体(GO)富集分析、京都基因和基因百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)构建及生存分析。从PPI网络中筛选出10个核心基因,最终构建出circRNA-miRNA-核心基因网络。GO富集分析和KEGG富集分析显示,核心基因主要参与化学突触传递、配体门控离子通道活性等过程,且在cAMP等多个信号通路中显著富集。生存分析显示,2个核心基因SNAP25、ATP2B2的表达水平与CRC患者预后显著相关。本研究鉴定的hsa_circRNA_057090、hsa_circRNA_092566及构建的ceRNA调控网络可能为CRC提供新的生物标志物或潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 结直肠癌 环状RNA 竞争性内源RNA 核心基因网络 治疗靶点
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