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基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
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作者 刘士力 陈大伟 +7 位作者 朱鹏灿 郑建波 夏冯博 程顺 蒋文枰 迟美丽 杭小英 李飞 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期342-347,共6页
黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结... 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。 展开更多
关键词 黄尾鲴 养殖群体 cyt b基因 遗传多样性
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基于Cyt b基因的江苏省湖泊鳙群体遗传多样性和遗传结构研究
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作者 李大命 刘燕山 +3 位作者 唐晟凯 谷先坤 殷稼雯 朱凛 《水产养殖》 CAS 2024年第6期11-16,共6页
为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)... 为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为(0.725±0.017)和(0.00191±0.00080),整个鳙群体呈现出高Hd和低Pi的遗传多样性模式。6个群体的单倍型多样性为(0.625±0.077)~(0.771±0.032),核苷酸多样性为(0.00159±0.00027)~(0.00221±0.00011)。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内部(97.17%),总遗传分化系数(Fst)为0.0283。群体间Fst为-0.0258~0.0907,遗传距离为0.0016~0.0022,表明6个群体间遗传分化水平较低。中性检验结果和错配分布分析表明,鳙群体保持稳定,未经历群体扩张。指出,鳙群体遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施,提高湖泊鳙群体遗传多样性。 展开更多
关键词 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构 增殖放流 江苏省湖泊
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基于cyt b基因序列的花斑副沙鳅种群遗传多样性比较研究
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作者 胡西庚 崔韵文 +2 位作者 黎明政 谢碧文 张富铁 《四川动物》 北大核心 2024年第3期241-250,共10页
为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷... 为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷酸多态性较低(Pi=0.00235),但野生群体(Hd=0.602,Pi=0.00374)的遗传多样性显著大于养殖群体(Hd=0.381,Pi=0.00091),说明养殖群体需要增加亲本资源。中性检验、错配分布和贝叶斯天际图结果表明,野生群体在历史上经历了种群扩张。赤水群体的单倍型最多,遗传多样性最高(Hd=0.836,Pi=0.00899),与其他群体遗传距离大,说明赤水河的花斑副沙鳅资源较丰富,且已形成相对独立、稳定的地理种群,种质优良,适合用作人工繁殖和新品系创制的种源。 展开更多
关键词 花斑副沙鳅 cyt b基因 遗传多样性
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基于cyt b基因序列的光唇鱼群体遗传多样性和遗传结构分析
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作者 钟天星 袁一鑫 +7 位作者 王逸飞 杨金权 周佳俊 汪勇翔 张渝 涂晓贤 李家乐 任建峰 《四川动物》 北大核心 2024年第6期656-663,共8页
为了解光唇鱼Acrossocheilus fasciatus自然分布的不同地理群体遗传多样性和遗传结构,基于cyt b基因序列,对浙江省的苕溪、金华江、曹娥江、椒江和安徽省的新安江、青弋江共6个水系的116尾光唇鱼进行分析。结果显示,116条cyt b基因序列... 为了解光唇鱼Acrossocheilus fasciatus自然分布的不同地理群体遗传多样性和遗传结构,基于cyt b基因序列,对浙江省的苕溪、金华江、曹娥江、椒江和安徽省的新安江、青弋江共6个水系的116尾光唇鱼进行分析。结果显示,116条cyt b基因序列定义了12个单倍型,光唇鱼6个群体的单倍型多样性为0~0.648,核苷酸多样性为0~0.004 35,除曹娥江群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点外,其他群体均呈现出低单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点。遗传分化指数分析显示,除苕溪与椒江群体间属中度遗传分化外,其余各群体间均属于极大的遗传分化(P<0.01)。基于单倍型序列构建的系统发育树显示,新安江、金华江、曹娥江、苕溪和椒江5个群体的单倍型混杂在一起聚为一支,青弋江群体不同单倍型聚为一支。遗传距离分析结果显示,青弋江群体与其他群体间的遗传距离均大于0.03。综合遗传距离、遗传分化指数和单倍型系统发育树结果,青弋江群体与其他群体间产生了明显的遗传分化。核苷酸错配分布和中性检验结果显示,光唇鱼近期并未经历种群扩张事件。本研究结果为光唇鱼种质资源保护与利用、增殖放流和良种选育等相关工作提供了理论依据。 展开更多
关键词 光唇鱼 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构
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作者 张铭枭 赵玉姣 +6 位作者 姚创 刘霄 黄松茂 李红涛 代忠礼 武祥伟 孔令富 《水产学杂志》 CAS 2024年第3期13-21,共9页
本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均... 本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。 展开更多
关键词 元江鲤 杞麓鲤 cyt b基因 D-LOOP区 群体遗传结构 遗传多样性
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小飞鼠Cyt b基因编码蛋白质生物信息学分析
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作者 白小珍 田新民 石兰英 《牡丹江师范学院学报(自然科学版)》 2024年第4期40-43,共4页
对小飞鼠Cyt b基因编码的蛋白质进行生物信息学分析,预测小飞鼠Cyt b基因的功能和特性.研究结果表明:小飞鼠Cyt b编码的蛋白质为亲水蛋白质,由379个氨基酸组成,其中亮氨酸(Leu)所占比例最高,为15.8%;二级结构为无规则卷曲和α-螺旋;有2... 对小飞鼠Cyt b基因编码的蛋白质进行生物信息学分析,预测小飞鼠Cyt b基因的功能和特性.研究结果表明:小飞鼠Cyt b编码的蛋白质为亲水蛋白质,由379个氨基酸组成,其中亮氨酸(Leu)所占比例最高,为15.8%;二级结构为无规则卷曲和α-螺旋;有2个N-糖基化位点,9个明显的跨膜螺旋结构域;小飞鼠与花鼠(Tamias sibiricus)遗传距离比较近. 展开更多
关键词 小飞鼠 cyt b 生物信息学
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基于cyt b基因分析河南省4大水系红鳍原鲌种群的遗传多样性
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作者 吕海敏 冯慧敏 +4 位作者 汤永涛 刘如垚 丁琪琪 聂国兴 周传江 《四川动物》 北大核心 2024年第2期163-171,共9页
选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样... 选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样性为0.004 88,具有较高的遗传多样性;4个水系均有特有单倍型,这表明红鳍原鲌种群的遗传分化数值较大,遗传分化程度较高;通过构建和分析系统发育树、贝叶斯系统发生树和单倍型网络图,发现河南省4大水系红鳍原鲌种群间谱系分化不明显,且无明显的地理结构;AMOVA分析显示,种群内的变异占72.11%,组间的变异占4.63%,表明变异主要发生在种群内;Tajima’s D和Fu’s F_S分析结果表明,河南省红鳍原鲌种群近期未发生过种群扩张事件。本文研究和分析了河南省境内红鳍原鲌种群遗传多样性和遗传结构,为河南省红鳍原鲌种质资源的保护和合理开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 红鳍原鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于线粒体Cyt b基因序列的浙江省3个马口鱼群体遗传多样性分析 被引量:4
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作者 刘士力 练青平 +7 位作者 贾永义 迟美丽 李飞 姜建湖 刘一诺 郑建波 程顺 顾志敏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期293-300,共8页
为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个... 为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个个体的序列进行综合分析,共检测出288个变异位点,界定了136种单倍型,其中瓯江、钱塘江和八里店群体单倍型数目分别为1、10和6。钱塘江群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716和0.01616,八里店群体分别为0.607和0.01205。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来源于群体间(55.06%),少数来自群体内(44.94%),群体间遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。八里店群体亲本源于钱塘江,但经过数代人工繁殖后其遗传多样性有所降低。基于邻接法构建的系统发育树显示,钱塘江群体可以分为3支,1支与长江水系湖南采集的单倍型聚为一支,63.64%的钱塘江个体属于这一支;1支与珠江水系广西采集的单倍型聚为一支,9.38%的个体属于这一支,剩下的样本和浙江瓯江采集的样本聚为一支。这说明钱塘江群体的祖先来源有一定的复杂性。本研究结果可为马口鱼种质资源的保护和利用提供数据支持。 展开更多
关键词 马口鱼 cyt b基因 遗传多样性
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基于线粒体Cyt b基因的长江刀鲚群体遗传结构分析 被引量:6
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作者 杨彦平 许萌原 +5 位作者 马凤娇 郭文君 代培 姜敏 王银平 刘凯 《江西农业学报》 CAS 2021年第8期11-16,23,共7页
基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_(d)=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(... 基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_(d)=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体。长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低。进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化。中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件。基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1~Hap13、Hap15~Hap25、Hap27~Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型。 展开更多
关键词 刀鲚 cyt b基因 遗传结构 群体扩张
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Effects of Evolution Rate of Cyt b and 12S rRNA Genes on Constructing Phylogenetic Trees 被引量:2
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作者 王利利 彭建军 +4 位作者 于冬梅 胡诗佳 高赛飞 傅美兰 刘曦庆 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第1期58-61,共4页
[Objective]The aim was to prove that the mitochondrial genes of Cyt b and 12S rRNA with different evolutional rates have effects on the topological structures of phylogenetic trees.[Method]The complete sequences of Cy... [Objective]The aim was to prove that the mitochondrial genes of Cyt b and 12S rRNA with different evolutional rates have effects on the topological structures of phylogenetic trees.[Method]The complete sequences of Cyt b and 12S rRNA from 15 species in 12 families of snakes were downloaded and extracted from GenBank,while their molecular phylogenetic trees were constructed by Maximum Likelihood(ML) method with GTR +I +G substitute model based on PAUP4.0 software.[Result]With the same software,methods and species,the difference in topological structures of phylogenetic trees was mainly due to different evolutional rates of Cyt b and 12S rRNA genes.[Conclusion]In studies on phylogenetic trees,aimed to different research species and purposes,phylogenetic trees should be constructed by choosing the correct and appropriate genes. 展开更多
关键词 Molecular phylogeny SNAKE cyt b 12S rRNA Evolution rate
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DGGE Analysis on Mitochondrial Cyt b Gene of Eriocheir sinensis and Eriocheir hepuensis 被引量:2
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作者 王晓梅 李晓东 +1 位作者 王茜 靳婷婷 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第6期890-892,907,共4页
[Objective] The aim was to investigate the possibility to analyze the genetic diversity of Eriocheir sinensis and Eriocheir hepuensis by using the technique denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE).[Method] Mit... [Objective] The aim was to investigate the possibility to analyze the genetic diversity of Eriocheir sinensis and Eriocheir hepuensis by using the technique denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE).[Method] Mitochondrial cyt b gene fragment was amplified from 180 individuals of five populations of E.sinensis and a population of E.hepuensis and then analyzed by using DGGE.[Result] All PCR products showed two kinds of electrophoretic mobility on DGGE.The PCR products of all individuals from E.hepuensis showed the same mobility with that of the individuals from 46.7% of Jiangdu population,23.3% of Yizheng population and 20.0% of Wenzhou population of E.sinensis,while the rest of the individuals from the three populations of E.sinensis mentioned above as well as all the individuals of Nanjing and Panjin populations showed the same mobility,which was higher compared with that of E.hepuensis.The results indicated that there was the same genetic marker in E.sinensis populations as that of E.hepuensis population,which was consistent with previous studies.[Conclusion] DGGE technique could be used to analyze the genetic diversity of Chinese mitten crab. 展开更多
关键词 E.sinensis E.hepuensis Mitochondrial cyt b gene fragment DGGE
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基于线粒体DNA Cyt b西伯利亚狍种群分子系统地理学研究 被引量:1
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作者 梁雪 周绍春 刘艳华 《野生动物学报》 北大核心 2020年第3期560-565,共6页
世界上对西伯利亚狍的分类和系统地理格局划分意见不一,目前普遍认为将西伯利亚狍分为Capreolus pygargus pygargus、Capreolus pygargus tianschanicus、Capreolus pygargus melanotis 3个亚种。本研究对中国小兴安岭地区的西伯利亚狍... 世界上对西伯利亚狍的分类和系统地理格局划分意见不一,目前普遍认为将西伯利亚狍分为Capreolus pygargus pygargus、Capreolus pygargus tianschanicus、Capreolus pygargus melanotis 3个亚种。本研究对中国小兴安岭地区的西伯利亚狍(40份样品)的线粒体DNA Cyt b部分序列进行分析,共扩增出32条序列,获得9个单倍型。并利用从GenBank下载的来自世界各地的40条西伯利亚狍的线粒体DNA Cyt b序列分析西伯利亚狍的系统地理状况。系统发育和单倍型网络分析结果表明,西伯利亚狍由4个单倍群组成:A由俄罗斯远东地区(Khabarovsk、Yakutia)和韩国济州岛的单倍型组成。B由哈萨克斯坦、俄罗斯西伯利亚地区(Sverdlovsk、Irkutsk)和波兰等地区的单倍型组成。C由中国东北地区的单倍型组成。D由蒙古地区的单倍型组成。本文研究结果与西伯利亚狍亚种分类相吻合,且认为西伯利亚狍具有清晰的系统发育关系和地理模式,此外,根据研究成果对西伯利亚狍的保护和管理提出了建议。 展开更多
关键词 西伯利亚狍 线粒体DNA cyt b 分子系统地理学
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马鹿mtDNA Cyt b基因的生物信息学分析 被引量:3
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作者 田新民 宋雅祺 《牡丹江师范学院学报(自然科学版)》 2023年第1期33-40,共8页
基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏... 基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质,推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873,UQCRC1,UQCRQ,ND1,MT-ND2,COX1,COX2,COX3,ND4H和CYC,功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关;二级结构主要为无规则卷曲,有2个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点,9个跨膜螺旋结构域,定位于内质网和细胞质膜;马鹿与梅花鹿(Cervus nippon)的亲缘关系较近.这对于马鹿种质鉴定分子标记的筛选及其与梅花鹿的渐渗杂交具有理论意义. 展开更多
关键词 马鹿 mtDNA cyt b基因 生物信息学
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基于Cyt b基因和形态学探讨大麝鼩的亚种分化
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作者 刘铸 钱洪安 +7 位作者 王再山 韩美凤 蔡赫 张春凤 时艳菁 金志民 陈欢 张隽晟 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期422-429,共8页
为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大... 为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大于分布于韩国的个体(体长:> 82 mm vs.<82 mm,尾长:> 39 mm vs.<39 mm,颅基长:> 20 mm vs.<20 mm);中国东北—俄罗斯远东种群体背毛色更黑,韩国种群体背毛色更灰;中国东部种群尾较长,绝大多数超过体长之半;而分布于中国东北—俄罗斯远东、韩国的大麝鼩种群尾长绝大多数不及体长之半。基于Cyt b基因的遗传距离、系统发育关系和中介网络分析,都显示大麝鼩样本可分为3个地理谱系:中国东北—俄罗斯远东谱系、韩国谱系、中国东部谱系。研究结果支持大麝鼩分为3个亚种:东北亚种(C. l. lasiura)分布于中国东北和俄罗斯远东,韩国亚种(C. l. thomasi)分布于韩国,华东亚种(C. l. campus-lincolnensis)分布于中国东部。 展开更多
关键词 麝鼩属 大麝鼩 亚种 cyt b基因 形态学
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长脂拟鲿种群Cyt b基因序列的变异及遗传多样性
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作者 董坡 代应贵 尹邦一 《贵州农业科学》 CAS 2015年第6期138-142,共5页
为给长脂拟鲿(Pseudobagrus adiposalis)的保护和利用提供科学依据,以采自珠江水系西江支流漓江、长江水系沅江上游支流阳河的长脂拟鲿各30尾为材料,研究该种鱼类种群细胞色素b(Cyt b)基因序列变异及遗传多样性。结果表明:长脂拟鲿Cy... 为给长脂拟鲿(Pseudobagrus adiposalis)的保护和利用提供科学依据,以采自珠江水系西江支流漓江、长江水系沅江上游支流阳河的长脂拟鲿各30尾为材料,研究该种鱼类种群细胞色素b(Cyt b)基因序列变异及遗传多样性。结果表明:长脂拟鲿Cyt b基因序列长1 096bp。其中,阳河种群、漓江种群分别有6个和40个变异位点,分属6个和4个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)分别为0.639和0.251,单倍型间平均遗传距离(P)分别为0.002 0和0.024 3,核苷酸多样性(Pi)分别为0.000 80和0.006 31。阳河种群Cyt b基因序列有4个同义突变和2个非同义突变,漓江种群有37个同义突变和3个非同义突变。漓江与阳河种群Cyt b基因序列共定义了10种单倍型,Hd为0.727,P为0.030 0,Pi为0.026 03。2个种群间的遗传分化指数(Fst)为0.817,基因交流值(Nm)为0.06。2个种群间出现了一定程度的分化,但未达到种群水平。 展开更多
关键词 长脂拟鲿 㵲阳河 漓江 cyt b 遗传多样性
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基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析
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作者 李大命 杨子萍 +3 位作者 刘燕山 谷先坤 唐晟凯 杨家新 《水产科技情报》 2023年第6期341-348,共8页
为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验... 为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验共检测到31个变异位点,定义26个单倍型,平均单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(P i)分别为0.735±0.032和0.0019±0.0001;6个群体的单倍型多样性(H d)为(0.618±0.096)~(0.788±0.064),核苷酸多样性(P i)为(0.0015±0.0003)~(0.0021±0.0002);翘嘴鲌的遗传多样性属于高H d低P i类型,暗示其遗传多样性较低。分子方差分析显示,遗传差异主要来源于群体内部,群体间的遗传分化指数F st为-0.0177~0.0182,P>0.05,表明群体间没有显著的遗传分化。单倍型邻接关系树和单倍型网络结构图显示,所有单倍型聚为1个分支,6个群体未形成特定的地理遗传结构。Tajima’s D和Fu’s F s中性检验均为负值,且具有显著性差异,核苷酸错配分布曲线呈现明显的单峰分布,均表明翘嘴鲌在历史上经历了显著的群体扩张事件。研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌6个群体间没有显著的遗传分化,应作为1个整体进行管理和保护。洪泽湖翘嘴鲌资源遗传多样性较低,需要采取措施增加翘嘴鲌种群数量,提高其遗传多样性。 展开更多
关键词 洪泽湖 翘嘴鲌 cyt b基因 遗传多样性 群体历史动态
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线粒体COⅠ、Cyt b和16S rRNA基因在6种金枪鱼鉴定中的适用性分析 被引量:5
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作者 陆键萍 姚琳 +6 位作者 信红梅 曲梦 江艳华 李风铃 郭莹莹 王联珠 许加超 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第5期73-81,共9页
探讨细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)、细胞色素b基因(Cyt b)及16S rRNA基因对主要渔获区的蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)、马苏金枪鱼(Thunnus maccoyii)、黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)、大目金枪鱼(Thunnus obesus)、长鳍金枪鱼(Thun... 探讨细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)、细胞色素b基因(Cyt b)及16S rRNA基因对主要渔获区的蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)、马苏金枪鱼(Thunnus maccoyii)、黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)、大目金枪鱼(Thunnus obesus)、长鳍金枪鱼(Thunnus alalunga)和正鲣(Katsuwonus pelamis)6种重要的生食金枪鱼及其易混品种的物种鉴定和进化分析的适用性。采用3对通用引物对6种金枪鱼共63个样品的COⅠ、Cyt b和16S rRNA 3种序列片段进行PCR扩增、测序,并运用DnaSP 5.10、Mega 7.0等软件进行了DNA序列分析、遗传差异分析和进化树分析。结果显示,16S rRNA较为保守,不能很好区分6种金枪鱼,且不能对同一物种不同地理群体进行聚类分析;Cyt b和COⅠ配合使用能很好区分6种金枪鱼,且存在一定同一物种地理群体聚类的趋势。建议COⅠ与Cyt b基因联合用于上述6种金枪鱼的分子鉴别研究。本研究为生食金枪鱼及其制品的物种鉴定及金枪鱼产业的健康发展提供了技术支撑。 展开更多
关键词 金枪鱼 分子鉴定 COⅠ cyt b 16S rRNA
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基于线粒体Cyt b基因序列的长江中上游草鱼野生和养殖群体遗传多样性比较研究 被引量:10
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作者 欧阳美 张晓宇 +1 位作者 张富铁 刘焕章 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2021年第4期65-74,共10页
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个... 为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_(d):0.769;P_(i):0.00143),原种场群体次之(H_(d):0.766;P_(i):0.00113),苗种场群体最低(H_(d):0.649;P_(i):0.00084)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_(d):0.857;P_(i):0.00205),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_(d):0.791;P_(i):0.00147)和最低(H_(d):0.247;P_(i):0.00024)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。 展开更多
关键词 草鱼(Ctenopharyngodon idellus) cyt b基因 野生群体 养殖群体 遗传多样性 历史动态 种质资源
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基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景 被引量:2
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作者 杨秋蕾 魏旭东 +3 位作者 马志杰 陈生梅 晁生玉 乌兰巴特尔 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期285-292,共8页
为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系... 为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明:柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.5882±0.0300,核苷酸多样度为0.0040±0.0022,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.0104~0.1618,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.1618),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.0104)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体与茫崖群体也最先聚为一起,随后它们再聚为1类,而乌兰群体单独为另一类,2类最后聚为一大类。系统发育分析表明,柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系遗传支系组成,表明柴达木黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源且以普通牛起源为主。此外,研究发现,茫崖、乌兰、都兰各群体均有1个个体为牦牛mtDNA Cyt b单倍型序列类型,占总头数的1.12%,提示柴达木黄牛品种中存在一定程度的牦牛基因渗入。 展开更多
关键词 柴达木黄牛 MTDNA cyt b 遗传多样性 分化 母系起源
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荔波樟江野生斑鳜线粒体Cyt b基因序列多态性分析 被引量:1
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作者 麻智芳 余科 +4 位作者 安苗 黄胜 潘秋芝 李珊 何孝宽 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期21-29,共9页
为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为11... 为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为1141 bp的Cyt b基因同源序列,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为24.4%、27.2%、15.5%和32.9%,A+T的含量(51.6%)略高于G+C(48.4%)的含量。共检测到17个变异位点,其中8个为简约信息位点,9个为单一信息位点。共定义15个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,邻接法构建的分子系统发育树显示,所有的单倍型均聚成一支;单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.613±0.064和0.00172±0.00021,平均核苷酸差异数为1.968。中性检验Tajima′s D值为-1.37917,差异不显著(P>0.10)。荔波漳江流域的野生斑鳜群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性,遗传多样性低,无种群扩张史,且与长江中上流的支流陆水河和洞庭湖水系的斑鳜群体有较高的亲缘性。研究结果可为当地斑鳜种质资源的保护和开发利用提供依据。 展开更多
关键词 斑鳜 细胞色素b基因(cyt b) 樟江 遗传多样性
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