基于g23基因的武汉东湖T4类浮游病毒遗传多样性

选取武汉东湖的2个子湖——郭郑湖和庙湖,分别在冬季和夏季采样,对T4类浮游病毒的g23基因进行PCR扩增,经连接转化后,随机挑选克隆子进行测序.结果表明,共得到46条有效序列,根据系统发育分析发现其明显分为6个组,显示出较高的多样性且具有明显的时空差异,说明富营养化水平的差异和季节变化将对浮游病毒的种群结构产生影响.仅部分g23序列与海洋T4类浮游病毒同源性较高,另一部分序列则可能代表了淡水富营养化水体中特有的浮游病毒类群.人为干扰会明显影响某些淡水水体中T4类浮游病毒的遗传多样性.

Diversity of the T4-like Myoviruses Community in Response to Salinity in Saline Lakes of the Qinghai-Tibetan Plateau

1 Introduction Viruses are the most abundant biological entities on Earth.They can influence the succession of individual microbial populations,biogeochemical cycles of C/N and,ultimately,microbial community structure through killing

自然环境中T4型噬菌体g23基因多样性研究进展

过去的20多年,伴随着分子生物学技术在环境微生物研究中的应用,环境中细菌和真菌群落基因多样性及与其生存环境间的关系逐渐被揭示,但对于地球上广泛存在且数量巨大的生命体-噬菌体基因多样性研究还很少。本文以编码T4型噬菌体主要壳蛋白基因g23为目标,综述了近年来T4型噬菌体在海洋、湖泊和稻田中基因多样性的研究进展。研究结果表明T4型噬菌体g23基因分布与其生存环境关系很大,许多g23基因按获取环境不同划分为几个新类群。同时文中也指出了针对环境中T4型噬菌体g23基因研究应该注意的几点问题及未来的研究发展趋势。

东北湿地沉积物中T4型噬菌体g23基因的多样性

【目的】揭示我国东北典型湿地沉积物中T4型噬菌体g23基因的多样性,明确湿地环境T4型噬菌体群落分布特征,为噬菌体生态学研究提供数据支撑。【方法】采用简并性引物MZIA1bis和MZIA6对采自东北6个地点不同类型湿地沉积物土壤DNA进行PCR扩增,采用克隆测序方法,解析沉积物中T4型噬菌体g23基因组成,通过UniFrac分析T4型噬菌体群落结构在湿地沉积物中与其他环境中的差异。【结果】在东北湿地沉积物中共得到262条不同的g23基因序列,构建的系统进化树分析表明,我国东北湿地沉积物T4型噬菌体g23基因分布与海洋、湖泊及稻田生态系统中g23基因亲缘关系较近,而与东北旱地黑土g23基因分布较远;以g23基因群集表征的T4型噬菌体群落在不同地点湿地中分异明显。【结论】东北湿地生态系统T4型噬菌体群落结构复杂多样,存在着一些未知的噬菌体类群。

纳帕海高原湿地T4类噬菌体遗传多样性分析

噬菌体在微生物中分布较广。为研究T4类噬菌体在纳帕海高原湿地的分布情况,本研究从纳帕海湿地分别采集水样和淤泥土样,采用g23基因为分子探针,利用MZIA1和MZIA6引物对其进行扩增,共获得92条基因序列,并与其他不同生境的g23基因进行比对和遗传多样性研究。结果显示,纳帕海高原湿地的T4类噬菌体与海洋基因序列相距较远,而与淡水湖泊和稻田土壤及平原基因序列相距较近。但也有部分序列独立聚簇,推测其为纳帕海地区的独有基因序列。本研究充分说明纳帕海地区拥有独特而丰富的微生物资源,为研究高原淡水湖泊中噬菌体的生态功能提供了理论依据。