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血清IL-6、PCT、TNF-α与GBS感染孕妇不良妊娠结局的关系 被引量:1
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作者 杜雪冰 钱芳 +1 位作者 王毅娟 魏静 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第1期23-26,31,共5页
目的分析血清白介素-6(IL-6)、降钙素原(PCT)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)与B族链球菌(GBS)感染孕妇不良妊娠结局的关系。方法选取2020年5月至2022年3月于首都医科大学附属北京天坛医院进行产检以及生产的125例GBS感染孕妇为研究对象(GBS... 目的分析血清白介素-6(IL-6)、降钙素原(PCT)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)与B族链球菌(GBS)感染孕妇不良妊娠结局的关系。方法选取2020年5月至2022年3月于首都医科大学附属北京天坛医院进行产检以及生产的125例GBS感染孕妇为研究对象(GBS组),另选取同期收治的健康产妇100名为对照组。对比GBS组、对照组血清IL-6、PCT、TNF-α水平;比较两组妊娠结局;分析影响GBS感染孕妇不良妊娠结局的单因素;采用多元Logistic回归分析影响GBS感染孕妇不良妊娠结局的危险因素。结果对照组IL-6、PCT、TNF-α水平均低于GBS组,差异有统计学意义(P<0.05);对照组早产、胎膜早破、胎儿窘迫、新生儿GBS感染以及新生儿病理性黄疸的发生率均低于GBS组,差异有统计学意义(P<0.05);经检查、追踪发现,GBS组有37例产妇有不良妊娠结局,88例产妇为正常妊娠结局;不良妊娠结局组与正常妊娠结局组孕周、是否为初产妇等指标比较,差异无统计学意义(P>0.05);两组年龄、GBS感染分级、血清IL-6、PCT、TNF-α水平比较,差异有统计学意义(P<0.05);经多元Logistic回归分析显示:年龄≥35岁、GBS感染分级为GBS带菌或GBS性绒毛膜羊膜炎、IL-6>0.463 ng/L、PCT≥0.5 ng/mL、TNF-α≥30 fmol/mL均是影响GBS感染孕妇不良妊娠结局的危险因素(P<0.05)。结论血清IL-6、PCT、TNF-α水平在GBS感染产妇不良妊娠结局患者中呈升高状态,三指标可作为监测、预防GBS感染产妇不良妊娠结局的重要指标。 展开更多
关键词 IL-6 PCT TNF-Α gbs感染 孕妇 不良妊娠结局
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基于GBS测序的3个野生单环刺螠群体遗传多样性和群体结构分析
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作者 尤宏争 孟睦涵 +5 位作者 马林 郑艳坤 王永辉 孙阳 毕相东 孙学亮 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期1145-1151,共7页
【目的】旨在评估我国野生单环刺螠群体的遗传多样性和群体结构。【方法】采集大连、唐山、烟台3个群体样本,利用GBS测序技术获取SNP标记位点信息,分别对其期望杂合度、观测杂合度、核苷酸多样性、分子方差、聚类及群体结构等进行分析... 【目的】旨在评估我国野生单环刺螠群体的遗传多样性和群体结构。【方法】采集大连、唐山、烟台3个群体样本,利用GBS测序技术获取SNP标记位点信息,分别对其期望杂合度、观测杂合度、核苷酸多样性、分子方差、聚类及群体结构等进行分析。【结果】3个野生单环刺螠群体观测杂合度为0.212~0.223,期望杂合度为0.239~0.257;核苷酸多样性在0.252~0.271之间。遗传变异主要来源于单环刺螠群体内部。3个自然群体可分成2个遗传群体,样本未根据地理位置表现出明显的群体结构。【结论】我国野生单环刺螠具有中等遗传多样性。 展开更多
关键词 单环刺螠 gbs测序 野生群体 遗传多样性 群体结构
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基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘
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作者 焦阳 姜晓旭 +4 位作者 徐洋 谌苗苗 钟亮 徐亮 李喜升 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期213-221,共9页
基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支... 基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支撑。以白体色小白蚕为母本、黄体色H04为父本,获得BC1M群体(110个)、F_(1)(3个)、P_(1)(1个)、P_(2)(1个)总计115个柞蚕材料,利用PstⅠ-HF/MspⅠ双酶切基因组构建Super-GBS文库并测序,使用BWA软件将过滤后的序列数据比对到柞蚕参考基因组,采用GATK软件开发SNP标记,使用SnpEff软件注释SNP位点及R语言分析遗传结构。测序共产生序列数据量为106.39 Gb,过滤后的平均读长为0.89 Gb,Q30测序质量值平均为90.11%,比对率平均为98.48%。共得到有效SNP位点141100个,主要位于基因间隔区、内含子区、基因下游、上游,其中C/T、A/G变异类型最多,转换与颠换的比例为1.296187∶1。SNP位点变异主要为同义突变和错义突变,产生修饰(MODIFIER)影响。主成分与聚类分析将115个样品分为4组(P_(1)、P_(2)、F_(1)、BC_(1)M),反映了样品的遗传背景及亲缘关系,群体遗传分化指数F_(ST)在0.0003777~0.8272间,群体遗传距离DR分布在0.0004~1.7556,F_(ST)与DR均表现出明显的遗传背景上的聚类。结果表明,Super-GBS技术能够获得大量柞蚕SNP位点信息,可用于SNP标记开发,且开发的SNP标记能够对115个样品的亲缘关系、体色演变进行解释,为今后柞蚕种质资源评价与鉴定、分子标记辅助育种工作奠定基础。 展开更多
关键词 柞蚕 基因组 SNP位点 Super-gbs 遗传结构
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基于简化基因组测序(Super-GBS)的子午岭黑山羊保种群遗传结构评估
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作者 苟想珍 杨军祥 +10 位作者 赵子惠 冯玲霞 陈万辉 李玉洁 张忠钰 马克岩 蒋东平 常嵘 文亚洲 王珂 马友记 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4334-4345,共12页
旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检... 旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测。利用Plink软件计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、核苷酸多样性(Pi)、有效等位基因数(Ne)及次要等位基因频率(MAF)等6项遗传多样性指标;GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建;Plink软件构建IBS遗传距离矩阵,R语言绘制热图;PHYLP构建系统发育树;detect RUNS工具检测ROH。结果表明,99只子午岭黑山羊个体共检测到996042个SNPs。子午岭黑山羊群体的PIC、Pi、Ne及MAF值分别是0.161、0.193、1.295、0.130,且Ho(0.167)低于He(0.192),说明子午岭黑山羊群体遗传多样性较低。G矩阵和IBS遗传距离结果均表明子午岭黑山羊群体间大部分个体间亲缘关系较远。主成分分析结果揭示子午岭黑山羊群体内部不存在明显分化,系统发育树结果说明子午岭黑山羊群体公羊可大致分为6个家系,所有家系公羊数量较少。子午岭黑山羊群体的近交系数FROH为0.0496,说明子午岭黑山羊群体内部近交程度相对较低。综上所述,子午岭黑山羊群体遗传多样性较低,大部分个体间亲缘关系较远,群体内近交程度较低,后期应注意后代的选育,避免血统流失。 展开更多
关键词 子午岭黑山羊 简化基因组测序 群体结构 遗传多样性 家系结构 亲缘关系
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基于GBS测序技术分析云上黑山羊主配公羊亲缘关系及近交系数
5
作者 李子健 江炎庭 +4 位作者 兰蓉 朱兰 叶朗惠 龚翔 欧阳依娜 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3447-3460,共14页
[目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力。[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的... [目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力。[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的100只主配公羊进行测序,并使用BWA、SAMTOOLS、PLINK v 1.90、Gmatrix v 2、Mega X等软件进行质控后高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点鉴定、主成分分析(PCA)、状态同源距离矩阵(identical by state,IBS)和G矩阵构建、群体进化树分析、亲缘系数计算及近交系数估计。[结果]GBS质控后共获得215926个高质量SNPs位点;共检测到8692条连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),长度在10.59~591.23 Mb之间,平均长度245.74 Mb。云上黑山羊主配公羊群体平均IBS遗传距离为0.118±0.011,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致。结合群体进化树和亲缘关系分析,100只云上黑山羊被分为三大支和28个家系,其中家系2、11、13、14、16、17、18、20、23、24、25仅有1只公羊,XD、ZY、ML、SB、TJ核心育种场分别有18、10、8、5和8个家系;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.099641,29只公羊的近交系数<0.0625,39只公羊的近交系数在0.0625~0.125之间,32只公羊近交系数>0.125,存在较大的近交累积。[结论]100只云上黑山羊主配公羊被分为28个家系,其中11个家系仅有1只公羊,应加强繁育防止其血统的流失,配种方案制定中应关注近交系数>0.125的个体,防止近交衰退,同时根据不同的育种目标合理进行种公羊的交换。 展开更多
关键词 云上黑山羊主配公羊 简化基因组测序(gbs) 亲缘关系 近交系数
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抗感染治疗对GBS感染胎膜早破孕妇妊娠结局的影响
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作者 张影 《航空航天医学杂志》 2024年第7期801-803,共3页
目的 探讨B群链球菌(group B streptococcus, GBS)感染胎膜早破孕妇采取抗感染治疗对妊娠结局的影响。方法 选取2020年02月-2023年02月收治的70例GBS感染胎膜早破孕妇为研究对象,根据分娩阶段是否抗感染治疗分组,其中未接受抗感染干预... 目的 探讨B群链球菌(group B streptococcus, GBS)感染胎膜早破孕妇采取抗感染治疗对妊娠结局的影响。方法 选取2020年02月-2023年02月收治的70例GBS感染胎膜早破孕妇为研究对象,根据分娩阶段是否抗感染治疗分组,其中未接受抗感染干预的35例患者纳入感染未治疗组,接受抗感染干预的35例患者纳入感染治疗组;另择取同期GBS阴性的产检正常健康孕妇30例为对照组。分析GBS感染胎膜早破孕妇菌株耐药性,比较三组孕妇妊娠结局及新生儿结局,对比三组孕妇分娩前、后凝血功能。结果 70例GBS感染胎膜早破孕妇GBS菌株敏感率最高的抗感染药物是青霉素,其次是头孢唑林及克林霉素。较之感染未治疗组,感染治疗组和对照组剖宫产率、宫内污染率、新生儿感染率均明显更低,对照组羊水污染率也明显更低,P<0.05;较之对照组,分娩前感染治疗组和感染未治疗组孕妇PT、INR、APTT水平均明显更低,FIB水平均明显更高,P<0.05;较之分娩前,分娩后三组孕妇PT、INR、APTT水平均明显更高,FIB水平均明显更低,P<0.05;较之感染未治疗组,感染治疗组与对照组孕妇PT、INR、APTT水平均明显更高,FIB水平均明显更低,P<0.05;分娩后感染治疗组孕妇PT、INR、APTT水平均明显高于感染未治疗组和对照组,FIB水平均明显低于感染未冶疗组和对照组,P<0.05。结论 GBS感染胎膜早破孕妇采取抗感染治疗可明显改善其妊娠结局及新生儿结局。 展开更多
关键词 抗感染治疗 gbs感染 胎膜早破 妊娠结局
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基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析 被引量:10
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作者 董世武 王天骄 +3 位作者 刘华淼 王磊 唐丽昕 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2422-2430,共9页
旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体... 旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23943582个,质控过滤后得到SNP位点31630个。对31630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood,ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。 展开更多
关键词 gbs 梅花鹿 马鹿 杂交鹿 SNP 鉴别
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利用GBS技术研究240份宽皮柑橘的系统演化 被引量:28
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作者 王小柯 江东 孙珍珠 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1666-1673,共8页
【目的】GBS(genotyping-by-sequencing)是一种高效而经济的SNP(单核苷酸多态性)发掘和基因分型技术。采用GBS技术对240份宽皮柑橘进行基因分型,以阐明一些野生宽皮柑橘和地方品种的遗传背景,为其起源和演化研究提供更可靠的证据。【方... 【目的】GBS(genotyping-by-sequencing)是一种高效而经济的SNP(单核苷酸多态性)发掘和基因分型技术。采用GBS技术对240份宽皮柑橘进行基因分型,以阐明一些野生宽皮柑橘和地方品种的遗传背景,为其起源和演化研究提供更可靠的证据。【方法】选用国家柑橘种质重庆资源圃保存的具有广泛遗传多样性和地理起源的240份宽皮柑橘作为材料,利用Eco R I限制性内切酶消化基因组DNA后构建GBS文库;然后进行Illumina HiSeqPE150二代测序获得短读序列,通过BWA软件将序列映射到克里曼丁参考基因组上,再利用SAMTOOLS软件鉴定SNP位点。依据SNP的基因分型结果,采用邻近法构建系统演化树,并进行主成分分析。【结果】利用GBS简化基因组测序技术对240份宽皮柑橘进行测序,共获得96.3 Gb的测序数据,平均每个样本测序数据为401.26 Mb,经过测序深度为4X、Miss0.2、次要等位基因频率(MAF)>0.01的筛选条件过滤,最后共获得了114 200个高质量的SNP位点。主成分分析结果显示240份宽皮柑橘被分为4大类,其中温州蜜柑亚群、野生宽皮柑橘亚群可明显区分于其他宽皮柑橘。利用系统演化树可将240份宽皮柑橘划分到11个类群中。系统演化树和主成分分析都揭示了不同地理来源和特定形态的宽皮柑橘在遗传水平上存在明显的差异,比如来源于日本的温州蜜柑、欧美的克里曼丁橘及其杂种后代,以及中国南方的野生宽皮柑橘由于地理分布不同而形成了较为独特的类型,彼此间能够相互区分开。进化树结果表明中国南、北不同地域的宽皮柑橘可能存在不同的演化路径,南岭山脉及南方地区的野生宽皮柑橘、酸橘和目前南方地区栽培的砂糖橘存在较近的起源演化联系,而北方宽皮柑橘的演化却与宽皮柑橘中的古老地方品种存在紧密联系。人工杂交育种、长期的人工选择和驯化形成了不同类型的宽皮柑橘,同时也导致宽皮柑橘遗传多样性的增加。另外,一些宽皮柑橘资源中的可疑亲本也通过GBS技术得以准确鉴定。本研究表明沃柑与金诺橘有较近的亲缘关系。【结论】GBS技术用于柑橘种质资源的基因分型高效可靠,建立的系统演化树可以对240份宽皮柑橘进行准确划分,与用植物形态学划分的结果高度吻合。另外,GBS技术用于资源材料的准确鉴定和亲缘关系的研究,可为柑橘植物新品种权的保护提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 gbs 宽皮柑橘 系统演化 品种鉴定
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采用GBS-seq技术构建甜瓜高密度遗传图谱 被引量:4
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作者 张学军 杨文莉 +5 位作者 张永兵 张健 郭丽霞 杨永 李寐华 伊鸿平 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1828-1838,共11页
【目的】构建甜瓜高密度遗传图谱,为研究甜瓜重要性状基因定位及功能分析奠定基础。【方法】以甜瓜材料K7-4(高抗霜霉病)和K7-2(高感霜霉病)为亲本,杂交再自交得到F 2分离群体。构建GBS文库并进行双末端测序,使用滑动窗口的方法进行基... 【目的】构建甜瓜高密度遗传图谱,为研究甜瓜重要性状基因定位及功能分析奠定基础。【方法】以甜瓜材料K7-4(高抗霜霉病)和K7-2(高感霜霉病)为亲本,杂交再自交得到F 2分离群体。构建GBS文库并进行双末端测序,使用滑动窗口的方法进行基因型分型,SAM TOOLS软件检测SNP位点,采用Joinmap 4.0软件进行排图,用perl SVG模块绘制连锁图,用win QTL cart 2.5进行QTL检验,根据复合区间作图法,使用R/qtl软件包进行QTL定位。【结果】构建了总长为4823.55 cM的遗传图谱,标记间平均遗传距离为1.43 cM。在苗期、生长中期和生长后期共检测到26个与甜瓜霜霉病性状相关的QTL。【结论】基于GBS-seq技术获得了甜瓜高密度遗传图谱,最终将抗霜霉病基因关联到CM3.5.1_scaffold00005上的6,831,227~7,830,935 bp,约1Mb的区间范围内。 展开更多
关键词 甜瓜 gbs 遗传图谱 霜霉病 QTL
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基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析 被引量:2
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作者 王小萍 刘飞 +7 位作者 李明红 张厅 赖谦 刘晓 熊元元 唐晓波 李春华 王云 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期1141-1149,共9页
[目的]研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构,揭示其遗传分化特征。[方法]利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序,基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及... [目的]研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构,揭示其遗传分化特征。[方法]利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序,基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析。[结果]65份野生茶树测序共获得74.48G数据,540633846条高质量reads,通过比对获得769893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个,多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267~0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514~0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632~0.1328和0.0404~0.1233多态性信息含量(PIC)介于0.0312~0.1025,香农指数(Shi)为0.0576~0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042~0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群,而PCA分析则可划分为4个亚群。[结论]65份野生茶树遗传多样性指数较低,亲缘关系较近,存在频繁的基因交流。本研究可为后续表型性状关联分析和品种选育提供依据。 展开更多
关键词 gbs测序 古蔺 野生茶树 遗传多样性 遗传结构
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基于GBS技术的中华绒螯蟹的遗传特征分析 被引量:6
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作者 高祥刚 鲍相渤 高美玲 《安徽农业科学》 CAS 2017年第36期80-82,共3页
[目的]研究中华绒螯蟹经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成的影响。[方法]基于下一代GBS测序技术,利用SNP标记对辽河家系、辽河野生、长江群体、海南群体、黄河群体进行遗传特征分析。[结果]经过条... [目的]研究中华绒螯蟹经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成的影响。[方法]基于下一代GBS测序技术,利用SNP标记对辽河家系、辽河野生、长江群体、海南群体、黄河群体进行遗传特征分析。[结果]经过条件为测序深度4×、Miss0.5、次要等位基因频率(MAF)>0.05的过滤后,共获得652 746个高质量的SNP位点用于群体的遗传分析,各群体平均观测杂合度(Ho)为0.084 4~0.124 9,平均期望杂合度(He)为0.097 4~0.200 3,群体平均π值(Pi)为0.158 3~0.254 4,群体Fi的平均测量值(Fis)为0.054 2~0.238 43。两两群体间遗传分化指数Fst值结合系统发生树,可以看出,长江群体与海南群体的遗传距离较近,分化较小,表示海南的中华绒螯蟹苗种可能来自长江流域。[结论]该研究揭示了不同水系中华绒螯蟹的遗传差异,探讨了其遗传多样性水平,为中华绒鳌蟹资源的合理开发利用与保护提供理论依据。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 gbs SNP 遗传多样性 种群结构
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基于GBS技术的新杨绿壳纯系蛋鸡SNPs检测 被引量:2
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作者 张彩云 王晓亮 +3 位作者 涂盈盈 叶绍辉 姚俊峰 杨长锁 《中国家禽》 北大核心 2018年第13期7-10,共4页
研究选取291只新杨绿壳纯系蛋鸡,利用Hi Seq2500测序仪对试验鸡群进行GBS测序,检测群体SNPs。结果获得267.402 Gb有效数据,平均每个样本918.910 Mb,平均测序深度为10.15,平均覆盖度为15.46%,Q30≥85%。经过严格过滤后,最终鉴定421 142... 研究选取291只新杨绿壳纯系蛋鸡,利用Hi Seq2500测序仪对试验鸡群进行GBS测序,检测群体SNPs。结果获得267.402 Gb有效数据,平均每个样本918.910 Mb,平均测序深度为10.15,平均覆盖度为15.46%,Q30≥85%。经过严格过滤后,最终鉴定421 142个高质量SNPs(MAF≥5%),其中4 682个(1.11%)SNPs位于外显子上,8 727个(2.07%)位于基因上下游1 kb区域内,183 821个(43.65%)SNPs在内含子区域,位于基因间的SNPs有220 779个(52.42%)。将这些高质量SNPs与db SNP库进行比对,发现45 034个新的SNPs,约占总SNPs的10.4%。研究表明,GBS技术适用于新杨绿壳纯系蛋鸡基因组的SNPs开发,成本低,可为后续经济性状的全基因组关联分析和全基因组选择提供更丰富的遗传标记。 展开更多
关键词 gbs SNP 新杨绿壳纯系蛋鸡
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基于GBS的虚拟教室系统设计研究 被引量:3
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作者 秦敏 沈颖 张际平 《现代教育技术》 CSSCI 2010年第1期130-133,共4页
GBS是一种典型的"情境学习"模式,需要设计故事情节、构建真实场景。但是在传统教室中有些情节或场景很难出现,而利用虚拟现实技术就可以实现场景再造。该文通过设计虚拟教室系统的开发框架和方案,探讨了Creator与Vega Prime... GBS是一种典型的"情境学习"模式,需要设计故事情节、构建真实场景。但是在传统教室中有些情节或场景很难出现,而利用虚拟现实技术就可以实现场景再造。该文通过设计虚拟教室系统的开发框架和方案,探讨了Creator与Vega Prime软件在虚拟教室系统开发中的关键技术运用,构建了具有友好交互功能的虚拟教室系统。文章还介绍了利用虚拟教室系统开展GBS教学的教学案例。 展开更多
关键词 虚拟现实技术 虚拟教室 gbs
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川产道地药材受GBS制约效应 被引量:37
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作者 范俊安 易尚平 +4 位作者 张爱军 赵萍萍 罗泽渊 肖小河 李正积 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 1996年第1期12-14,共3页
地质背景系统通过其外延的“岩石→土壤→药用植物”向量系统,完成地质大循环与生物小循环的统一,从而制约道地药材的分布、生长发育及产量和品质。本文首次报道了GBS对黄连等川产道地药材的制约效应。
关键词 四川 道地药材 黄连 地质背景系统
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空肠弯曲菌致GBS动物模型的建立 被引量:1
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作者 薛峰 曾德新 +5 位作者 徐飞 杨跃飞 王小波 张小荣 李震中 蒋原 《中国动物检疫》 CAS 2015年第2期19-23,共5页
[目的]利用巴马小香猪构建空肠弯曲菌致GBS的动物模型。[方法]选取致人GBS源空肠弯曲菌株,采用3×1012 cfu/m L、3×1011 cfu/m L、3×1010 cfu/m L、3×109 cfu/m L等浓度对4组巴马小型猪灌胃攻毒,每头猪攻毒10m L,同... [目的]利用巴马小香猪构建空肠弯曲菌致GBS的动物模型。[方法]选取致人GBS源空肠弯曲菌株,采用3×1012 cfu/m L、3×1011 cfu/m L、3×1010 cfu/m L、3×109 cfu/m L等浓度对4组巴马小型猪灌胃攻毒,每头猪攻毒10m L,同时设立对照组。从第二周开始定期采集组织样及血液样本,通过免疫学检测及组织病理切片判定病变情况。[结果]免疫学检测发现,在16份攻毒组样品中有12份血清中GM1-Ig G抗体检测阳性,阳性检出率为81.25%。但是,并没有显著的攻毒浓度梯度差异。病理组织切片H/E染色显示,抗体阳性试验猪的大脑出现了噬神经元、小血管周围间隙增宽、神经中央染色溶解等现象;切片LFB染色显示,在发病模型动物的小脑白质和腰膨大出现了轻度脱髓鞘现象。[结论]结果表明空肠弯曲菌诱导GBS的浓度在3×109 cfu/m L^3×1012 cfu/m L均可,组织样本及血液采集在攻毒后4~5周较理想。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 gbs 巴马小香猪 动物模型
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GBS育种分析系统在家畜育种学实验教学中的应用 被引量:6
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作者 白俊艳 杨又兵 李广录 《畜牧与饲料科学》 2018年第3期97-100,共4页
国内外的家畜育种学发展迅速,新理论和新研究成果不断涌现,新方法和新技术在生产中发挥了越来越大的作用,因此,家畜育种学的内容也在不断丰富。河南科技大学动物科技学院在家畜育种学实验教学中普遍存在缺乏综合性实践性的实验以及实验... 国内外的家畜育种学发展迅速,新理论和新研究成果不断涌现,新方法和新技术在生产中发挥了越来越大的作用,因此,家畜育种学的内容也在不断丰富。河南科技大学动物科技学院在家畜育种学实验教学中普遍存在缺乏综合性实践性的实验以及实验课上学生的动手操作积极性不高的现象。针对以上问题,该研究将GBS育种分析系统在家畜育种学的实验教学中进行应用,具体应用在单性状育种值估计、多性状育种值估计、近交系数计算、选配计划等方面。通过以上实验教学改革以后,提高了学生参加家畜育种学实验课程的积极性,增长了学生的专业技能。 展开更多
关键词 gbs育种分析系统 家畜育种学 育种值估计 近交系数
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基于GBS技术开展柚类资源群体遗传评价并发掘酸含量相关基因 被引量:1
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作者 江东 王旭 +3 位作者 李仁静 赵晓东 戴祥生 柳正葳 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1547-1560,共14页
【目的】弄清我国柚类种质资源的起源与演化、群体遗传结构和多样性水平,高效利用柚类自然资源群体发掘与果实重要品质性状相关的基因,为柚类种质资源群体的遗传结构研究、起源演化和柚类种质创新提供重要的理论及实践依据。【方法】利... 【目的】弄清我国柚类种质资源的起源与演化、群体遗传结构和多样性水平,高效利用柚类自然资源群体发掘与果实重要品质性状相关的基因,为柚类种质资源群体的遗传结构研究、起源演化和柚类种质创新提供重要的理论及实践依据。【方法】利用国家果树种质重庆柑橘资源圃中保存的具有广泛遗传多样性和不同地理来源的282份柚类资源作为材料,采用EcoR I限制性内切酶消化基因组DNA后构建GBS文库,然后进行Illumina HiSeq PE150二代测序获得短读序列,通过BWA软件将序列映射到柚参考基因组上,利用SAMTOOLS软件鉴定SNP位点。依据SNP的基因分型结果,进行主成分分析和群体结构分析,并采用邻接法构建系统演化树,分析亚群的遗传多样性水平。选择23个低酸种质和32个高酸种质构成两个群体进行Fst、XP-CLR分析,同时利用282个柚类种质的基因型数据与果实可滴定酸含量的表型数据进行GWAS全基因组关联分析。【结果】利用GBS简化基因组测序技术对282份柚类种质进行测序,获得201.66 Gb的原始测序数据,每个样本的平均测序数据量为0.72 Gb,经过测序深度为5×次要等位基因频率>0.01、Miss0.2的筛选条件过滤,最终获得121726个高质量的SNP位点。主成分分析、群体结构分析和聚类分析均表明282份柚类资源可被分为6个亚群,其中柚与‘清见’杂交群体、葡萄柚等橘柚杂种群体可明显区别于其他真正柚类种质。不同地理来源和特定类型的柚类种质在遗传水平上存在明显差异,来源于泰国、越南等东南亚国家的柚类资源形成了较为独特的类群,与国内的沙田柚类、文旦柚类、垫江柚类等群体能够明显区分开。在中国南方的大部分柚类种质中有来自于越南柚的基因渗入,表明越南是柚的原始起源中心。另外,一些来源不清的柚类种质也通过GBS技术得以准确鉴定。Fst、XP-CLR选择性清除分析发现在7号染色体上的强烈选择信号区域中包含有丙酮酸脱氢酶复合物二氢硫辛酰赖氨酸残基乙酰转移酶(PDH-E2)和铝激活苹果酸转运蛋白(ALMT9),涉及柠檬酸的合成和运输。GWAS全基因组关联分析在2号染色体上鉴定了一个与果实酸度高度关联的区域。【结论】GBS技术为研究柚的系统发育和演化提供了一种可靠和高效的方法。本研究表明人工杂交育种、长期人工选择和驯化、地理隔离是形成不同类型柚类种质的驱动力,同时也是导致柚类种质遗传分化和多样性增加的重要原因。通过Fst、XP-CLR选择性清除和全基因组关联分析鉴定了多个与柚类果实柠檬酸含量相关的候选基因,为柚类的遗传改良和育种提供了重要的基因资源。 展开更多
关键词 gbs 柚系统演化 果实酸度调控基因 GWAS
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静脉滴注丙种球蛋白治疗急性进展期GBS的临床研究 被引量:5
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作者 李春怀 梁东 +3 位作者 李海波 梁志学 李天云 郭秀静 《中风与神经疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 1995年第4期236-236,221,共2页
静脉滴注丙种球蛋白治疗急性进展期GBS的临床研究李春怀,梁东,李海波,梁志学,李天云,郭秀静我科自1993年始收治GBS患儿40例,用IVIG和激素治疗20例,对照组用血浆和激素治疗20例,现抖结果报告如下:1对象和... 静脉滴注丙种球蛋白治疗急性进展期GBS的临床研究李春怀,梁东,李海波,梁志学,李天云,郭秀静我科自1993年始收治GBS患儿40例,用IVIG和激素治疗20例,对照组用血浆和激素治疗20例,现抖结果报告如下:1对象和方法1.1对象40例住院患儿随机选... 展开更多
关键词 gbs 神经系统疾病 丙种球蛋白 药物疗法
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新生儿GBS感染的影响因素及预防对策 被引量:1
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作者 刘大伟 高艳 《中国医药指南》 2023年第19期49-52,共4页
目的探讨新生儿B族链球菌(GBS)感染的相关影响因素及预防对策。方法选取2019年3月至2021年9月我院收治的新生儿GBS感染患儿共98例作为研究对象,根据患儿的发病时间将其分为早发组(63例)与迟发组(35例),其中早发组患儿在7 d内发病,迟发... 目的探讨新生儿B族链球菌(GBS)感染的相关影响因素及预防对策。方法选取2019年3月至2021年9月我院收治的新生儿GBS感染患儿共98例作为研究对象,根据患儿的发病时间将其分为早发组(63例)与迟发组(35例),其中早发组患儿在7 d内发病,迟发组患儿在7 d之后发病。分析对比两组GBS患儿并发肺炎、脑膜炎以及败血症的发生率,采用Logistic回归分析新生儿GBS感染的相关影响因素,药敏测试GBS对青霉素、万古霉素以及红霉素药物的耐药性及敏感性,观察两组患儿使用药物治疗后的恢复情况。结果两组GBS患儿并发脑膜炎、败血症、败血症合并脑膜炎以及败血症合并肺炎脑膜炎的发生率对比无明显差异(P>0.05),早发组患儿并发肺炎、败血症合并肺炎的发生率明显高于迟发组(P<0.05);通过对两组新生儿GBS感染影响因素行Logistic回归分析得出,新生儿发生胎膜早破、阴道分娩是导致GBS感染的主要影响因素;GBS耐药性及敏感性分析显示,GBS对青霉素以及万古霉素的敏感性较高,对红霉素等药物的耐药性较高;两组GBS患儿通过药物治疗后恢复情况良好,脑脊液生化指标理想。结论经阴道分娩以及胎膜早破是导致新生儿GBS感染的主要影响因素,患儿临床表现主要为肺炎、败血症等症状,通过对治疗药物的药敏性测试发现,青霉素药物治疗敏感性最高,可结合患儿具体病情以及临床治疗方式进行对症治疗。 展开更多
关键词 新生儿 gbs感染 影响因素 预防对策
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基于GBS的教学设计的方法——中小学教师自主开发信息技术教育课程和教材的方法 被引量:7
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作者 徐晓东 穆肃 余丽 《电化教育研究》 CSSCI 北大核心 2003年第2期64-68,共5页
根据“基于目标的学习计划”开发一种可用于设计中小学信息技术教育的课程或教材的方法。这种方法包括 :确定需要获取的信息技术教育中的目标技能 ;根据这一技能的特征设计主题故事 ,并以故事为主线策划学习活动 ;在活动中通过应用目标... 根据“基于目标的学习计划”开发一种可用于设计中小学信息技术教育的课程或教材的方法。这种方法包括 :确定需要获取的信息技术教育中的目标技能 ;根据这一技能的特征设计主题故事 ,并以故事为主线策划学习活动 ;在活动中通过应用目标技能解决问题并完成课题 ,从而达到掌握目标技能或使目标技能熟练化之目的。这里的目标技能总体概括可表述为 :“灵活运用信息与信息技术技能”。这一学习的特点是在反复运用中获取“灵活运用信息与信息技术技能”的 ,因为灵活运用信息与信息技术的技能是在“知识”加“类似认识场面” 展开更多
关键词 gbs 教学设计 中小学教师 信息技术教育 目标技能 教材开发 学习计划
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