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小麦中miR164的靶基因鉴定及其在衰老过程中的表达
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作者 王玉杰 顾鹏程 +9 位作者 许静玉 胡尚钦 汪军成 姚立蓉 司二静 马小乐 杨轲 张宏 王化俊 李葆春 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期407-414,共8页
miR164是植物中一种重要的非编码RNA,对植物的生长发育具有重要作用。为了解miR164靶基因与小麦衰老的关系,本研究通过在线软件对小麦中miR164家族成员进行了鉴定并对其进行生物信息学和表达分析。结果表明,从小麦中共鉴定出13个miR164... miR164是植物中一种重要的非编码RNA,对植物的生长发育具有重要作用。为了解miR164靶基因与小麦衰老的关系,本研究通过在线软件对小麦中miR164家族成员进行了鉴定并对其进行生物信息学和表达分析。结果表明,从小麦中共鉴定出13个miR164家族成员,其不均匀分布在9条染色体上。系统进化分析表明,13个小麦miR164与同属于禾本科单子叶植物的水稻亲缘关系较近。13个Tae-miR164均能形成稳定的二级结构,成熟序列碱基具有高保守性,仅有3个Tae-miR164成员在第21位存在差异,成熟序列产生于前体中具有碱基高保守性的第1~21位。Tae-miR164的靶基因中,有18个为NAC转录因子,占所有靶基因总数的75%,表明Tae-miR164的主要靶基因为NAC转录因子。Tae-miR164家族成员在小麦叶片中的表达量明显高于其他组织;在小麦叶片衰老过程中,与其他Tae-miR164靶基因相比,有3个Tae-miR164靶基因表达差异显著,其ID分别为TraesCS4A02G225100、TraesCS5B02G054800和TraesCS5A02G04910,其中TraesCS5A02G04910为NAC转录因子,推测NAC转录因子与小麦叶片衰老密切相关。比较不同物种中miR164家族成员数量,发现miR164家族成员数量与物种基因组大小和物种亲缘关系无关。 展开更多
关键词 mir164 小麦 衰老 靶基因 NAC
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The miR164-TaNAC14 module regulates root development and abiotic-stress tolerance in wheat seedlings 被引量:1
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作者 CHI Qing DU Lin-ying +6 位作者 MA Wen NIU Ruo-yu WU Bao-wei GUO Li-jian MA Meng LIU Xiang-li ZHAO Hui-xian 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2023年第4期981-998,共18页
Previous studies have revealed the miR164 family and the miR164-targeted NAC transcription factor genes in rice(Oryza sativa)and Arabidopsis that play versatile roles in developmental processes and stress responses.In... Previous studies have revealed the miR164 family and the miR164-targeted NAC transcription factor genes in rice(Oryza sativa)and Arabidopsis that play versatile roles in developmental processes and stress responses.In wheat(Triticum aestivum L.),we found nine genetic loci of tae-miR164(tae-MIR164 a to i)producing two mature sequences that downregulate the expression of three newly identified target genes of TaNACs(TaNAC1,TaNAC11,and TaNAC14)by the cleavage of the respective mRNAs.Overexpression of tae-miR164 or one of its target genes(TaNAC14)demonstrated that the miR164-TaNAC14 module greatly affects root growth and development and stress(drought and salinity)tolerance in wheat seedlings,and TaNAC14 promotes root growth and development in wheat seedlings and enhances drought tolerance,while tae-miR164 inhibits root development and reduces drought and salinity tolerance by downregulating the expression of TaNAC14.These findings identify the miR164-TaNAC14 module as well as other taemiR164-regulated genes which can serve as new genetic resources for stress-resistance wheat breeding. 展开更多
关键词 Triticum aestivum L. tae-mir164 mir164-targeted TaNACs mir164-TaNAC14 module growth and development abiotic-stress tolerance
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香蕉miR164-NAC调控模块的鉴定与分析
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作者 朱虹 曾俊 +5 位作者 孔祥锦 彭宽 朱孝扬 温玲蓉 屈红霞 蒋跃明 《广东农业科学》 CAS 2023年第9期1-15,共15页
【目的】了解香蕉MIR164和NAC基因家族以及miR164-NAC调控模块在香蕉后熟和低温胁迫应答过程中扮演的角色,为其在香蕉品种改良和分子育种方面的研究提供理论基础。【方法】以‘巴西蕉’为试材,通过高通量测序结合生物信息学分析,利用miR... 【目的】了解香蕉MIR164和NAC基因家族以及miR164-NAC调控模块在香蕉后熟和低温胁迫应答过程中扮演的角色,为其在香蕉品种改良和分子育种方面的研究提供理论基础。【方法】以‘巴西蕉’为试材,通过高通量测序结合生物信息学分析,利用miRBase、NCBI数据库以及Clustal、TBtools、MCScanX、iTOL等软件对香蕉miR164和NAC家族成员的染色体定位、结构、理化性质及系统发育关系等进行分析。通过降解组测序验证并结合转录组数据,明确了香蕉中多个miR164-NAC调控模块。分别设置后熟和低温实验,利用小分子RNA杂交和qRT-PCR分析miR164-NAC调控模块在香蕉后熟和冷害两种过程中的表达模式。【结果】在香蕉中共鉴定出6个miR164家族成员,其中4个位于编码基因内部、2个位于基因间区。系统进化分析发现,测序丰度较高的多条香蕉MIR164s基因前体均与番木瓜聚为一类,暗示香蕉MIR164基因家族的起源与双子叶植物更为接近。香蕉基因组共编码222个NACs成员,不均匀分布在所有11条染色体上。在香蕉NACs中共鉴定出134对同源基因,包括4对串联重复基因和130对区段复制重复基因,表明香蕉NACs基因进化的主要动力来源于区段复制事件。针对香蕉、拟南芥和水稻NACs蛋白比较系统发育的分析,将该家族划分为23个亚群,结合转录组数据证实香蕉NACs基因存在广泛的冗余性和表达特异性。理化分析结果表明,几乎所有香蕉NACs蛋白均为亲水性,且仅有不到15%属于稳定蛋白。验证了香蕉中miR164-NAC176/165调控模块,香蕉miR164的积累受乙烯诱导且随果实后熟逐渐增强,而该调控模块中受miR164负调控的MaNAC176/165基因在果实后熟过程中的表达量逐渐降低。冷害条件下,香蕉miR164同样被明显诱导,导致其靶向的MaNAC176和MaNAC165也出现不同程度的下调表达。【结论】MaNAC176和MaNAC165很可能是香蕉后熟的转录抑制子,而miR164通过负调控MaNAC176/165促进香蕉后熟。同时,这一模块也很可能是香蕉发生冷害的一个关键调控通路。确定了香蕉后熟和冷害响应的关键miR164-NAC候选模块,可为后续的克隆及功能分析奠定基础。 展开更多
关键词 香蕉 后熟 低温胁迫响应 mir164-NAC调控模块 鉴定分析
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缺磷条件下白羽扇豆排根发育与生长素及miR164的关系 被引量:6
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作者 朱毅勇 曾后清 +2 位作者 董彩霞 尹晓明 沈其荣 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期317-322,共6页
以缺磷条件下白羽扇豆为材料,观察了外源生长素NAA和生长素运输的抑制剂NPA对白羽扇豆排根形成及其活性的影响,同时运用基因芯片与RT-PCR的方法分析了生长素信号转导途径中转录因子NAC1以及调控NAC1表达的上游microRNA164(miR164)在不... 以缺磷条件下白羽扇豆为材料,观察了外源生长素NAA和生长素运输的抑制剂NPA对白羽扇豆排根形成及其活性的影响,同时运用基因芯片与RT-PCR的方法分析了生长素信号转导途径中转录因子NAC1以及调控NAC1表达的上游microRNA164(miR164)在不同发育阶段排根中的表达变化,以探讨白羽扇豆在缺磷时排根形成与发育的调控机制。结果表明,缺磷胁迫下排根大量形成与生长素及其运输有关,排根NAC1的表达在初生阶段上调,成熟后下调,并受其上游的miR164的负调控,而排根衰老后则上述基因的表达都减弱。研究发现,在缺磷诱导的排根发生至发育成熟过程中,miR164、NAC1、生长素与排根发育之间很可能组成了一个级联系统,从而控制排根的发生与发育。 展开更多
关键词 白羽扇豆 排根 生长素 mir164 NAC1
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葡萄miR164家族生物信息学分析及靶基因预测 被引量:4
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作者 王丽丽 葛金涛 +1 位作者 刘兴满 赵统利 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期441-446,共6页
MicroRNAs(miRNAs)对植物抗逆及生长发育过程起着重要的调控作用,而miR164是植物特有的miRNA,它对应的靶基因主要是NAC转录因子家族。采用生物信息学方法对葡萄以及其他几个物种的miR164家族成员前体进行进化分析、前体二级结构预测、... MicroRNAs(miRNAs)对植物抗逆及生长发育过程起着重要的调控作用,而miR164是植物特有的miRNA,它对应的靶基因主要是NAC转录因子家族。采用生物信息学方法对葡萄以及其他几个物种的miR164家族成员前体进行进化分析、前体二级结构预测、成熟序列碱基保守性分析以及在葡萄NAC转录因子家族71个成员中进行靶基因预测分析。结果表明:葡萄miR164家族成员的前体序列与双子叶植物聚在一个分支,符合进化规律;葡萄miR164家族4个成员前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,成熟序列的碱基保守性较高;葡萄miR164家族成员对应的NAC家族靶基因有2个(GSVIVT01007982001与GSVIVT01020478001),经在NCBI进行BLAST分析,发现均与植物的根发育相关。这暗示着葡萄miR164家族与其靶基因在植物的抗逆过程中发挥重要的调控作用。 展开更多
关键词 葡萄 mir164 靶基因 抗逆 生物信息学
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毛竹miR164b前体的克隆及其在叶形态建成中的功能分析 被引量:3
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作者 王丽丽 李利超 +2 位作者 孙化雨 赵韩生 高志民 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期551-557,共7页
microRNA(miRNA)参与植物多种生理代谢过程,在调控植物形态建成中发挥着重要作用。miR164作为植物特有的miRNA,其主要的靶基因是NAC转录因子,参与调控植物茎、叶顶端分生组织的建立、器官的分化和植株衰老等过程。本研究以毛竹(Phyllost... microRNA(miRNA)参与植物多种生理代谢过程,在调控植物形态建成中发挥着重要作用。miR164作为植物特有的miRNA,其主要的靶基因是NAC转录因子,参与调控植物茎、叶顶端分生组织的建立、器官的分化和植株衰老等过程。本研究以毛竹(Phyllostachys edulis(Carr.)Lehaie)为材料,从中分离出miR164b的前体序列(82 bp),二级结构分析结果发现该前体序列能够形成稳定的茎环结构,其成熟序列(21 bp)产生于茎环结构5'端的臂上,且碱基具有较高的保守性。本研究还构建了由Ca MV 35S启动,包含毛竹miR164b前体序列的植物表达载体,并转化野生型拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh),获得了转基因植株。结果表明,转基因植株生长瘦弱,莲座叶数量明显减少,叶片变小且叶片边缘锯齿减少,更加光滑。实时定量PCR分析结果显示,转基因拟南芥中毛竹miR164b的表达量极显著上升,而拟南芥内源靶基因CUC1与CUC2的表达量极显著下降。表明毛竹miR164b通过调节CUC1和CUC2的表达来参与植物叶形态建成过程。研究结果可为利用miRNA开展竹子分子育种提供参考。 展开更多
关键词 毛竹 mir164b 前体 叶形态建成
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光皮桦miR164及其靶基因NAC1在低氮胁迫中的表达分析 被引量:4
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作者 吴骏 张俊红 +2 位作者 黄蒙慧 朱敏慧 童再康 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期155-162,共8页
氮是植物生长发育所必需的大量营养元素,植物缺氮后严重影响地上部分生物量的积累,因此,揭示植物如何抵抗或适应低氮胁迫的分子机制具有重要意义。杨树(Populus tremula×P.alba)NAC1(NAM,ATAF,CUC1)基因位于调控网络上游,在低氮环... 氮是植物生长发育所必需的大量营养元素,植物缺氮后严重影响地上部分生物量的积累,因此,揭示植物如何抵抗或适应低氮胁迫的分子机制具有重要意义。杨树(Populus tremula×P.alba)NAC1(NAM,ATAF,CUC1)基因位于调控网络上游,在低氮环境下调控下游关键基因的表达,进而调控根系生长以抵抗低氮胁迫。本文以光皮桦(Betula luminifera)G49-3无性系组培苗为材料,探讨了miR164及其靶基因NAC1对低氮胁迫的响应。通过RACE技术克隆了光皮桦NAC1基因(Gen Bank登录号:KT900889),全长1497 bp,编码358个氨基酸,N端具有高度保守的NAM结构域;运用5′-RACE验证了NAC1为miR164靶基因,切割位点在第10和11位碱基之间;采用q RT-PCR分析miR164与靶基因NAC1在低氮胁迫时的表达模式,发现miR164表达在根中的低氮处理前期(4 d)受到抑制,而后升高,而茎叶中表达模式与根不同;靶基因NAC1与miR164表达水平呈负相关,且在恢复实验组(重新添加全营养液)中,根中miR164表达上升,NAC1显示出相应的表达变化,暗示miR164及其靶基因NAC1可能在低氮胁迫响应中发挥调控功能。本研究结果有助于揭示miR164对NAC1在低氮胁迫响应中转录后水平的分子调控机制,为进一步研究miR164-NAC1在低氮胁迫响应中的功能提供有价值的信息。 展开更多
关键词 光皮桦 低氮胁迫 mir164 靶基因 表达分析
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茶树miR164a及其靶基因的鉴定与表达分析 被引量:2
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作者 孔雷 朱向向 +3 位作者 王屹玮 谢小芳 江昌俊 李叶云 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期547-558,共12页
植物miR164通过负调控靶基因NAC转录因子(NAC transcription factors)参与植物生长发育调控和逆境胁迫等复杂的生理过程。利用茶树microRNA高通量测序和降解组测序,对茶树miR164a及其靶基因NAC1进行了克隆、序列分析与鉴定,并对其在叶... 植物miR164通过负调控靶基因NAC转录因子(NAC transcription factors)参与植物生长发育调控和逆境胁迫等复杂的生理过程。利用茶树microRNA高通量测序和降解组测序,对茶树miR164a及其靶基因NAC1进行了克隆、序列分析与鉴定,并对其在叶片发育、高温和低温胁迫中表达模式进行了研究。茶树miR164a前体序列长度为126 bp,成熟序列21 bp。CsNAC1ORF框长度912 bp,编码303个氨基酸,在CsNAC1蛋白的N端有典型NAM结构域,C端有Csn-miR164a识别位点。RLM-5′RACE验证CsNAC1为茶树miR164a的靶基因。荧光定量表达分析表明,Csn-miR164a在芽中表达量最高,第7叶中最低。在高温和低温胁迫下,Csn-miR164a都下调表达,而CsNAC1表达水平上升,CsNAC1与Csn-miR164a呈现负相关。研究表明茶树miR164a及其靶基因CsNAC1可能与茶树生长及抗逆相关。 展开更多
关键词 茶树 靶基因 温度胁迫 mir164a NAC
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大豆miR164家族的生物信息学分析 被引量:3
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作者 滕露 于月华 +2 位作者 何茹月 陈全家 倪志勇 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期704-709,共6页
microRNA164是一个高度保守的miRNA家族,广泛参与植物的细胞和生理过程。本论文旨在采用生物信息学方法,了解大豆miR164基因家族在大豆生长发育及逆境胁迫应答过程中扮演的重要角色,为其在大豆的分子育种和品种改良方面的研究提供理论... microRNA164是一个高度保守的miRNA家族,广泛参与植物的细胞和生理过程。本论文旨在采用生物信息学方法,了解大豆miR164基因家族在大豆生长发育及逆境胁迫应答过程中扮演的重要角色,为其在大豆的分子育种和品种改良方面的研究提供理论基础。利用miRNA、Plant MicroRNA Database、PLACE和NCBI数据库以及Clustal X2. 0、MEGA 5. 0和DNAMAN软件对gma-miR164基因家族的序列情况、染色体定位、靶基因调控功能、启动子元件、二级结构和系统发育树进行生物信息学分析。在miRBase中搜索到11条gma-miR164基因同源序列,分别分布在7条染色体上,其中以位于Chr3上的序列最多,共有3条,位于Chr10和Chr19上各有2条,而在Chr02、Chr09、Chr18和Chr20上各有1条。11个gma-miR164基因家族成员共预测到6个靶基因,均为NAC转录因子。gma-miR164基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构。启动子中顺式调控元件分析表明,ABRE、DRE、MYB和MYC这4个元件在gma-miR164基因家族启动子序列中分布不均,其中以MYB和MYC元件数目居多。本研究为探寻miR164基因家族在逆境胁迫应答中的调控作用提供了数据基础和理论依据。 展开更多
关键词 大豆 mir164家族 生物信息学 启动子分析
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利用靶拟态合成和Gateway技术构建水稻miR164c沉默突变体 被引量:1
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作者 吴多 周艳 +3 位作者 宋傲群 刘浏 史筱靓 姜孝成 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2016年第1期24-29,共6页
以水稻基因组DNA为模板,PCR扩增得到与miR399互补的Os MIM399后,改造成与miR164c互补的靶拟态序列Os MIM164c,经测序分析后连入p GWC载体,获得入门载体p GWC-Os MIM164c;利用Gateway技术,将入门载体p GWC-Os MIM164c经LR反应连接到植物... 以水稻基因组DNA为模板,PCR扩增得到与miR399互补的Os MIM399后,改造成与miR164c互补的靶拟态序列Os MIM164c,经测序分析后连入p GWC载体,获得入门载体p GWC-Os MIM164c;利用Gateway技术,将入门载体p GWC-Os MIM164c经LR反应连接到植物表达载体GCS中,获得GCS-Os MIM164c表达载体,经农杆菌介导将该表达载体导入水稻品种Kasalath的愈伤组织中,组织培养后获得再生植株并进行目的基因的PCR鉴定,Real Time PCR方法检测阳性突变体植株中miR164c的表达量.研究结果表明,miR164c在突变体植株中的表达量显著低于野生型,说明miR164c沉默突变体构建成功. 展开更多
关键词 靶拟态 GATEWAY技术 mir164c 沉默突变体 水稻
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miR164c和miR168b的表达与水稻种子活力的相关性研究 被引量:1
11
作者 秦美林 罗枫雪 +2 位作者 刘连胜 曾之扬 姜孝成 《激光生物学报》 CAS CSCD 2013年第2期166-173,共8页
目的:探讨miRNA的表达差异与水稻种子活力的相关性。方法:通过人工老化处理获得不同活力的水稻种子,然后运用real time qPCR技术,对不同活力种子的胚中miR164c和miR168b的表达量进行相对定量分析。结果:水稻种子随活力下降至丧失活力以... 目的:探讨miRNA的表达差异与水稻种子活力的相关性。方法:通过人工老化处理获得不同活力的水稻种子,然后运用real time qPCR技术,对不同活力种子的胚中miR164c和miR168b的表达量进行相对定量分析。结果:水稻种子随活力下降至丧失活力以前,miR164c的表达量也相应下降;但丧失活力的种子中,miR164c的表达量显著回升。miR168b的表达量则随着种子活力的降低而呈先升后降的模式;在死种子中,miR168b的表达量维持在较低的水平。结论:初步推测miR164c和miR168b的表达量与调控水稻种子活力的变化相关,但它们的调控机制可能存在差异。 展开更多
关键词 mir164c mir168b 水稻 种子活力
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桑树miR164及靶基因NAC在甘露醇和NaCl胁迫中的表达分析 被引量:4
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作者 孙志超 谢岩 +4 位作者 杨帆 黄露 夏爱华 杨贵明 李季生 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期856-863,共8页
为探索miR164及靶基因在非生物胁迫响应中的分子机制,本研究以冀桑3号为试材,进行Na Cl和甘露醇处理,采用生物信息学、5'-RACE及RT-q PCR技术进行分析。通过在线网站预测,发现在桑树NAC基因家族中存在3个基因(Morus012149、Morus013... 为探索miR164及靶基因在非生物胁迫响应中的分子机制,本研究以冀桑3号为试材,进行Na Cl和甘露醇处理,采用生物信息学、5'-RACE及RT-q PCR技术进行分析。通过在线网站预测,发现在桑树NAC基因家族中存在3个基因(Morus012149、Morus013575与Morus006482,分别命名为CUC2、NAC100a与NAC100b)为miR164的靶基因。运用5'-RACE技术验证了3个NAC基因为miR164靶基因,其切割位点主要集中于与miRNA互补位点的第10和第11位碱基之间。使用RT-q PCR技术检测miR164及靶基因在不同组织部位的表达水平,结果表明,miR164在茎和雄花中通过调控CUC2、NAC100a和NAC100b表达发挥生物学功能。用甘露醇处理桑树幼苗,在低浓度下(150 mmol·L-1)miR164在叶片中表达量显著高于对照组,高浓度下(300 mmol·L-1)miR164表达量接近于对照组;用Na Cl处理,miR164在叶片中的表达水平随着处理浓度的增大而增加。3个靶基因在不同处理不同浓度下表达水平不同。本研究结果有助于揭示桑树miR164及靶基因NAC的抗逆作用,为进一步深入研究miR164对NAC在非生物胁迫响应中的分子调控机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 桑树 非生物胁迫 mir164 NAC RT-QPCR
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miR164a及其靶基因PeNAC1相互作用研究 被引量:6
13
作者 王浩然 李爽爽 +3 位作者 乐丽娜 匡华琳 黄敏仁 陈英 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期29-33,共5页
miRNA参与了生物体重要的基因表达调控过程,其中miR164通过对标靶NAC(NAM/ATAF/CUC)基因家族的精细调控,在植物激素信号传导、生长发育以及胁迫应答中起着重要作用。为了验证杨树中miR164a和其预测靶基因Pe NAC1间是否也存在这一相互作... miRNA参与了生物体重要的基因表达调控过程,其中miR164通过对标靶NAC(NAM/ATAF/CUC)基因家族的精细调控,在植物激素信号传导、生长发育以及胁迫应答中起着重要作用。为了验证杨树中miR164a和其预测靶基因Pe NAC1间是否也存在这一相互作用,笔者采用PCR技术克隆了毛果杨(Populus trichocarpa)miR164a的前体序列Ptc-MIR164a,并通过RNA fold(http://rna.tbi.univie.ac.at/)在线软件对其进行了miRNA二级结构分析。结果表明:该序列能形成典型的二级茎环结构,预示其在细胞内能被加工为成熟的miR164a。进一步借鉴动物细胞miRNA研究中荧光素酶报告基因法,利用高效的杨树原生质体瞬时表达体系,验证了PtcMIR164a对其预测靶基因Pe NAC1的标靶作用;同时,也建立了一种比较简单、直观的植物miRNA靶标基因的鉴定方法。 展开更多
关键词 mir164a Ptc-mir164a PE NAC1 靶标基因 毛果杨
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西瓜miR164b靶基因鉴定及其对黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染应答的分析 被引量:5
14
作者 孙玉燕 何艳军 +2 位作者 牛晓伟 崔狄 范敏 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期482-492,共11页
将miR164b序列与西瓜基因组进行比对,获得miR164b前体Pre-miR164b基因并克隆。Pre-miR164b长度为97 bp,含有完整的茎环结构。Pre-miR164b启动子区含有光响应元件、赤霉素响应元件、乙烯响应元件、水杨酸响应元件、真菌诱导响应元件等多... 将miR164b序列与西瓜基因组进行比对,获得miR164b前体Pre-miR164b基因并克隆。Pre-miR164b长度为97 bp,含有完整的茎环结构。Pre-miR164b启动子区含有光响应元件、赤霉素响应元件、乙烯响应元件、水杨酸响应元件、真菌诱导响应元件等多个顺式作用元件。降解组测序获得miR164b的4个靶基因,均注释为NAC转录因子基因,剪切位点位于miR164b序列5′端第10位碱基。miR164b及靶基因在黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)侵染不同时间的表达模式不同,靶基因Cla018596的表达模式与miR164b呈负相关,而Cla019099、Cla023219和Cla023357的表达模式与miR164b没有相关性。 展开更多
关键词 西瓜 mir164 NAC 降解组测序 表达模式
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鹰嘴豆miR164基因家族的生物信息学分析及靶基因预测 被引量:1
15
作者 于月华 冯紫平 +3 位作者 郑崇珂 倪志勇 邱红伟 赵勇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第5期1409-1414,共6页
miR164是植物特有的一类miRNA,参与调控植物的生长发育和对逆境胁迫的响应。为深入理解Car-miR164的功能和调控机制,本研究通过全基因组手段鉴定鹰嘴豆Car-miR164家族成员并预测靶基因功能,在PmiREN中获得Car-miR164家族5个成员的序列,... miR164是植物特有的一类miRNA,参与调控植物的生长发育和对逆境胁迫的响应。为深入理解Car-miR164的功能和调控机制,本研究通过全基因组手段鉴定鹰嘴豆Car-miR164家族成员并预测靶基因功能,在PmiREN中获得Car-miR164家族5个成员的序列,通过染色体定位技术表明其位于鹰嘴豆Ca3、Ca4和Ca7三条染色体上。通过多序列比对发现Car-miR164家族5个成员的21 bp成熟序列的一致性很高,仅在5'端第13、17和21个核苷酸处存在差异。二级结构分析表明Car-miR164家族5个成员的前体序列都能形成稳定的茎环结构,成熟的miRNA序列均位于5'端。进化树分析表明水稻、拟南芥、苜蓿、大豆和鹰嘴豆中miR164家族成员主要聚为3个分支,Car-MIR164a与Mtr-MIR164j聚在一个分支,其他4个Car-MIR164聚在另外一个分支。靶基因预测表明Car-miR164家族5个成员的靶基因为鹰嘴豆NAC转录因子家族成员NAC09、NAC11和NAC57。转录组数据分析表明在鹰嘴豆8个不同组织中Car-miR164b/c/e的表达量比Car-miR164a/d高。本实验为进一步研究鹰嘴豆Car-miR164家族成员及其靶基因提供理论依据。 展开更多
关键词 鹰嘴豆 mir164 靶基因
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植物miR164家族研究进展 被引量:9
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作者 牟桂萍 纪春艳 +1 位作者 许东林 周国辉 《生命科学》 CSCD 2013年第5期532-538,共7页
miRNA是真核细胞中一类长约22nt的非编码小分子RNA,它们可通过碱基序列互补配对与靶mRNA分子结合并将后者降解,从而对靶基因实施转录后水平负调控,在生物发育调节及抗逆反应中发挥重要作用。miR164家族是植物特有的一类miRNA,其主要的... miRNA是真核细胞中一类长约22nt的非编码小分子RNA,它们可通过碱基序列互补配对与靶mRNA分子结合并将后者降解,从而对靶基因实施转录后水平负调控,在生物发育调节及抗逆反应中发挥重要作用。miR164家族是植物特有的一类miRNA,其主要的靶基因是植物NAC家族转录因子。从miR164的特点、对NAC家族的调控、表达时序及组织分布特征和对环境及生物胁迫的响应,以及miR164及其靶基因的验证方法等方面,作一简要综述。 展开更多
关键词 MICRORNA mir164 基因调控 靶基因
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Pri-osa-miR164c转化介导水稻‘Kasalath’基因组和种子抗老化能力的变化 被引量:1
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作者 龚贤 曹丽娟 +4 位作者 曾亚 周诗琪 黄科瑞 朱苗 姜孝成 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期817-826,共10页
基因工程技术是未来提高种子抗老化能力的理想途径。种子人工老化试验结果表明,水稻(Oryza sativa)‘Kasalath’与其农杆菌转导pri-osa-miR164c突变体株系L8-1-2和L8-2-6-1的种子抗老化能力存在显著差异。q RTPCR和基因组重测序分析显示... 基因工程技术是未来提高种子抗老化能力的理想途径。种子人工老化试验结果表明,水稻(Oryza sativa)‘Kasalath’与其农杆菌转导pri-osa-miR164c突变体株系L8-1-2和L8-2-6-1的种子抗老化能力存在显著差异。q RTPCR和基因组重测序分析显示,一方面, L8-1-2和L8-2-6-1种子的miR164c表达量分别低于和高于野生型;另一方面, L8-1-2和L8-2-6-1的基因组发生了大量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)和插入/缺失(insertion/deletion, InDel)突变且存在显著差异。因此推测pri-osa-miR164c导入‘Kasalath’后引起miR164c的差异表达和基因组变异可能是突变体株系L8-1-2、L8-2-6-1种子抗老化能力或种子活力发生变化的一个重要原因。 展开更多
关键词 水稻种子 抗老化能力 遗传转化 mir164c 基因组变异
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火龙果miR164b-NAC调控关系在非生物胁迫下的应答作用 被引量:1
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作者 余欢欢 杨鵾 +2 位作者 沈天娇 侯黔东 文晓鹏 《生物技术》 CAS 2021年第3期209-216,共8页
[目的]探究火龙果中miR164b及其靶基因NAC在应答非生物胁迫下的表达模式和调控机制。[方法]利用PCR技术克隆hpo-miR164b前体序列及HpNAC序列。采用在线网站对hpo-miR164b、HpNAC进行生物信息学分析,运用qRT-PCR方法探究hpo-miR164b及Hp... [目的]探究火龙果中miR164b及其靶基因NAC在应答非生物胁迫下的表达模式和调控机制。[方法]利用PCR技术克隆hpo-miR164b前体序列及HpNAC序列。采用在线网站对hpo-miR164b、HpNAC进行生物信息学分析,运用qRT-PCR方法探究hpo-miR164b及HpNAC在高温42℃、低温4℃、100 mmol/L NaCl及0.38 mmol/L ABA等非生物胁迫下的转录变化规律。[结果]获得长度为334 bp的hpo-MIR164b茎环前体,该序列可形成典型的茎环结构,hpomiR164b和hpo-miR164b*位于两个相反臂上;HpNAC基因的开放阅读框为1092 bp,编码363个氨基酸,保守结构域NAM位于ORF的49-423 bp位置。qRT-PCR结果表明,在高温和高盐处理下,hpo-miR164b均上调表达;在低温处理下,hpo-miR164b先下调后上调;而在ABA处理下,hpo-miR164b上调表达。HpNAC的表达趋势则与hpo-miR164b相反。[结论]hpo-miR164对HpNAC基因具有负调控作用,且miR164-NAC在火龙果应答非生物逆境过程中发挥了重要作用。 展开更多
关键词 火龙果 mir164 HpNAC 非生物胁迫 表达分析
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小麦miR164及其靶基因NAC的克隆与表达载体构建 被引量:1
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作者 张凤芝 张丽婷 +9 位作者 汤文静 许华宇 苏佳乐 陈梦瑶 时明坤 吴一平 任永哲 王志强 辛泽毓 林同保 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期3160-3167,共8页
miRNA对植物的生长发育及逆境适应起到重要的调控作用。为探究miR164基因的功能及其参与胁迫的响应机制,我们首先检测了小麦miR164及其靶基因NAC2D在受到内质网胁迫后表达水平的变化,并通过克隆miR164及NAC家族的几个基因(NAC6A,NAC2D,N... miRNA对植物的生长发育及逆境适应起到重要的调控作用。为探究miR164基因的功能及其参与胁迫的响应机制,我们首先检测了小麦miR164及其靶基因NAC2D在受到内质网胁迫后表达水平的变化,并通过克隆miR164及NAC家族的几个基因(NAC6A,NAC2D,NAC8,NAC1),分别构建其表达载体。分析表明:miR164与NAC2D在受到内质网胁迫诱导剂二硫苏糖醇(DTT)处理后,miR164上调表达,NAC2D下调表达,而经内质网胁迫缓解剂熊去氧胆酸(UDCA)处理后,两基因表达水平变化呈现出相反的趋势,表明miR164可能参与小麦幼苗内质网胁迫响应的调控。进而我们对NAC家族的几个基因分别进行克隆,并成功构建了它们的植物表达载体,为进一步探索miR164的功能及其调控机制提供了重要基础。 展开更多
关键词 mir164 NAC 基因克隆 载体构建
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